Blood culture-based diagnosis of bacteraemia: state of the art.

Blood culture remains the best approach to identify the incriminating microorganisms when a bloodstream infection is suspected, and to guarantee that the antimicrobial treatment is adequate. Major improvements have been made in the last years to increase the sensitivity and specificity and to reduce the time to identification of microorganisms recovered from blood cultures. Among other factors, the introduction in clinical microbiology laboratories of the matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry technology revolutionized the identification of microorganisms whereas the introduction of nucleic-acid-based methods, such as DNA hybridization or rapid PCR-based test, significantly reduce the time to results. Together with traditional antimicrobial susceptibility testing, new rapid methods for the detection of resistance mechanisms respond to major epidemiological concerns such as methicillin-resistant Staphylococcus aureus, extended-spectrum β-lactamase or carbapenemases. This review presents and discusses the recent developments in microbial diagnosis of bloodstream infections based on blood cultures.

Avaliação agronômica de parentais e híbridos de maracujazeiro- amarelo

O presente trabalho objetiva determinar o potencial agronômico de genótipos de maracujazeiro-amarelo, visando a identificar e selecionar híbridos promissores. O experimento foi conduzido em área de produção no município de Cruz das Almas (BA), em delineamento de blocos casualizados, com três repetições, 41 genótipos (30 híbridos e 11 parentais), com parcela de 4 plantas. As características avaliadas foram: produtividade; número de frutos; massa média de frutos; espessura de casca; rendimento de suco; produtividade de suco e teor de sólidos solúveis totais. Houve diferença significativa entre os genótipos a 1% de probabilidade pelo teste F, para todas as variáveis em estudo, exceto para a característica rendimento de suco (p<0,06). Os genótipos avaliados apresentaram altas amplitudes para todas as características, o que indica situação favorável para a seleção dos melhores para recomendação. Contudo, observou-se que a maioria das características adequadas para uma boa cultivar de maracujazeiro está presente em diferentes genótipos, com existência de algumas correlações indesejáveis. Dentre as correlações genotípicas positivas de maior importância, estão PROD x NF (0,78) e PROD x PRSUC (0,81). Entretanto, a utilização de índices de seleção de Mulamba & Mock e a distância genótipo-ideótipo possibilitou a indicação de três híbridos (H09-10, H09-14 e H09-20) que apresentaram médias elevadas e equilibradas para as sete características avaliadas, devendo ser validados em outras regiões de produção do maracujazeiro-amarelo.

AVALIAÇÃO AGRONÔMICA DE LINHAGENS E HÍBRIDOS DE MAMOEIRO

RESUMOObjetivou-se avaliar o potencial agronômico de híbridos e linhagens de mamoeiros sintetizados pela Embrapa Mandioca e Fruticultura, visando a identificar e a selecionar genótipos com boas características agronômicas, passíveis de exploração no programa de melhoramento genético e uso direto no sistema de produção de mamão. O trabalho foi conduzido em área do Setor de Campos Experimentais da Embrapa Mandioca e Fruticultura, em Cruz das Almas - BA. Foram avaliados 22 genótipos (oito linhagens, doze híbridos e duas testemunhas: Sunrise Solo e Tainung nº 1) em delineamento de blocos casualizados, com quatro repetições, contendo seis plantaspor parcela, totalizando 528 plantas no ensaio. Para a maioria dos caracteres, observaram-se diferenças significativas a 1% e 5% de probabilidade, exceto para diâmetro do caule (DC). A linhagem L60 e o híbrido H10.60 destacaram-se com as menores médias para a altura da planta (AP) e a altura de inserção dos primeiros frutos (AIPF), e não diferiram estatisticamente entre si. As linhagens L10 e L72, e os híbridos H10.26, H10.60 e H10.72 apresentaram maiores médias de números de frutos comerciais (NFC) que a testemunha Sunrise Solo. Para produtividade (PROD), observou-se ampla variabilidade entre os tratamentos, sendo que 75% dos híbridos e linhagens superaram as testemunhas. Mais de 50% dos genótipos apresentaram médias de sólidos solúveis (SS) superiores a 12°Brix. Com o objetivo de reunir características favoráveis para o desenvolvimento de novas variedades, as linhagens e os híbridos que apresentaram comportamentos satisfatórios para os principais caracteres foram: L60 e H10.60, para AIPF e AP; L10, L72, H10.26, H10.60 e H10.72, para NFC; L10, H10.72, H26.72, H33.56 e H36.45 para PROD; e L26, L36, H10.26, H10.60 e H60.72, para SS.

COMPORTAMENTO ESPACIAL DAS VARIÁVEIS PRODUÇÃO, VOLUME DE COPA E DIÂMETRO DE CAULE DA VARIEDADE MAXI GALA COM A UTILIZAÇÃO DA TÉCNICA DE COKRIGAGEM SOBRE POMAR COMERCIAL EM VACARIA-RS

A Agricultura de Precisão (AP) permite a utilização de diferentes ferramentas na obtenção de informações, e estas otimizam a tomada de decisão por parte do produtor, impactando positivamente na receita final. O objetivo do trabalho foi verificar o comportamento das variáveis produção (PROD), volume de copa (VC) e diâmetro de caule (DC) da variedade Maxi Gala com a utilização da técnica da cokrigagem. O experimento foi conduzido em uma área de 0,90 hectare de produção comercial da variedade Maxi Gala, na Fazenda São Paulino, da empresa RASIP, em Vacaria-RS, apresentando como coordenadas geográficas 28º31’17” de latitude sul e 50º49’17” de longitude oeste, durante as safras de 2010/2011 e 2011/2012. Coletaram-se 75 amostras para cada variável, em uma malha de 12 m na entrelinha e 10 m na linha. As variáveis avaliadas foram produção por planta , volume de copa e diâmetro de caule. Foram feitas a análise estatística descritiva dos dados e a análise espacial através dos semivariogramas. De posse dos modelos ajustados, realizou-se a interpolação pelo método da krigagem. Após, foi realizada a correlação simples dos parâmetros e elaborado os semivariogramas cruzados para interpolação, pela técnica da cokrigagem. Os parâmetros PROD versus DCapresentaram média correlação na variedade Maxi Gala, na safra de 2011. Nas safras de 2011 e 2012, os parâmetros VC versus DC também apresentaram média correlação. A técnica da cokrigagem pode ser uma ferramenta daAP a ser utilizada pela cultura da macieira no levantamento de informações.Verificou-se que houve resposta e redução na coleta de amostras das variáveis mais difíceis; na safra de 2011, reduziu-se a coleta de 15 amostras da PROD, e na safra de 2012, reduziu-se a coleta de 20 amostras do VC.

Impact of round-the-clock CSF Gram stain on empirical therapy for suspected central nervous system infections.

The impact of round-the-clock cerebrospinal fluid (CSF) Gram stain on overnight empirical therapy for suspected central nervous system (CNS) infections was investigated. All consecutive overnight CSF Gram stains between 2006 and 2011 were included. The impact of a positive or a negative test on empirical therapy was evaluated and compared to other clinical and biological indications based on institutional guidelines. Bacterial CNS infection was documented in 51/241 suspected cases. Overnight CSF Gram stain was positive in 24/51. Upon validation, there were two false-positive and one false-negative results. The sensitivity and specificity were 41 and 99 %, respectively. All patients but one had other indications for empirical therapy than Gram stain alone. Upon obtaining the Gram result, empirical therapy was modified in 7/24, including the addition of an appropriate agent (1), addition of unnecessary agents (3) and simplification of unnecessary combination therapy (3/11). Among 74 cases with a negative CSF Gram stain and without formal indication for empirical therapy, antibiotics were withheld in only 29. Round-the-clock CSF Gram stain had a low impact on overnight empirical therapy for suspected CNS infections and was associated with several misinterpretation errors. Clinicians showed little confidence in CSF direct examination for simplifying or withholding therapy before definite microbiological results.

Cryptococcus neoformans meningitis with negative cryptococcal antigen: Evaluation of a new immunochromatographic detection assay.

Detection of cryptococcal antigen in serum or cerebrospinal fluid allows cryptococcal meningitis diagnosis within few hours with >90% sensitivity. In an HIV-positive patient with Cryptococcus neoformans meningitis, initial antigen detection by immunoagglutination was negative. We thus evaluated a new immunochromatographic detection assay that exhibited a higher sensitivity.

Comparison of Inoculation with the InoqulA and WASP Automated Systems with Manual Inoculation.

The quality of sample inoculation is critical for achieving an optimal yield of discrete colonies in both monomicrobial and polymicrobial samples to perform identification and antibiotic susceptibility testing. Consequently, we compared the performance between the InoqulA (BD Kiestra), the WASP (Copan), and manual inoculation methods. Defined mono- and polymicrobial samples of 4 bacterial species and cloudy urine specimens were inoculated on chromogenic agar by the InoqulA, the WASP, and manual methods. Images taken with ImagA (BD Kiestra) were analyzed with the VisionLab version 3.43 image analysis software to assess the quality of growth and to prevent subjective interpretation of the data. A 3- to 10-fold higher yield of discrete colonies was observed following automated inoculation with both the InoqulA and WASP systems than that with manual inoculation. The difference in performance between automated and manual inoculation was mainly observed at concentrations of >10(6) bacteria/ml. Inoculation with the InoqulA system allowed us to obtain significantly more discrete colonies than the WASP system at concentrations of >10(7) bacteria/ml. However, the level of difference observed was bacterial species dependent. Discrete colonies of bacteria present in 100- to 1,000-fold lower concentrations than the most concentrated populations in defined polymicrobial samples were not reproducibly recovered, even with the automated systems. The analysis of cloudy urine specimens showed that InoqulA inoculation provided a statistically significantly higher number of discrete colonies than that with WASP and manual inoculation. Consequently, the automated InoqulA inoculation greatly decreased the requirement for bacterial subculture and thus resulted in a significant reduction in the time to results, laboratory workload, and laboratory costs.

Development and evaluation of double locus sequence typing for molecular epidemiological investigations of Clostridium difficile.

Despite the development of novel typing methods based on whole genome sequencing, most laboratories still rely on classical molecular methods for outbreak investigation or surveillance. Reference methods for Clostridium difficile include ribotyping and pulsed-field gel electrophoresis, which are band-comparing methods often difficult to establish and which require reference strain collections. Here, we present the double locus sequence typing (DLST) scheme as a tool to analyse C. difficile isolates. Using a collection of clinical C. difficile isolates recovered during a 1-year period, we evaluated the performance of DLST and compared the results to multilocus sequence typing (MLST), a sequence-based method that has been used to study the structure of bacterial populations and highlight major clones. DLST had a higher discriminatory power compared to MLST (Simpson's index of diversity of 0.979 versus 0.965) and successfully identified all isolates of the study (100 % typeability). Previous studies showed that the discriminatory power of ribotyping was comparable to that of MLST; thus, DLST might be more discriminatory than ribotyping. DLST is easy to establish and provides several advantages, including absence of DNA extraction [polymerase chain reaction (PCR) is performed on colonies], no specific instrumentation, low cost and unambiguous definition of types. Moreover, the implementation of a DLST typing scheme on an Internet database, such as that previously done for Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa ( http://www.dlst.org ), will allow users to easily obtain the DLST type by submitting directly sequencing files and will avoid problems associated with multiple databases.