Biological interpretation of genome-wide association studies using predicted gene functions.

The main challenge for gaining biological insights from genetic associations is identifying which genes and pathways explain the associations. Here we present DEPICT, an integrative tool that employs predicted gene functions to systematically prioritize the most likely causal genes at associated loci, highlight enriched pathways and identify tissues/cell types where genes from associated loci are highly expressed. DEPICT is not limited to genes with established functions and prioritizes relevant gene sets for many phenotypes.

Indirect comparison meta-analysis of two enoxaparin regimens in patients undergoing major orthopaedic surgery. Impact on the interpretation of thromboprophylactic effects of new anticoagulant drugs.

Two enoxaparin dosage regimens are used as comparators to evaluate new anticoagulants for thromboprophylaxis in patients undergoing major orthopaedic surgery, but so far no satisfactory direct comparison between them has been published. Our objective was to compare the efficacy and safety of enoxaparin 3,000 anti-Xa IU twice daily and enoxaparin 4,000 anti-Xa IU once daily in this clinical setting by indirect comparison meta-analysis, using Bucher's method. We selected randomised controlled trials comparing another anticoagulant, placebo (or no treatment) with either enoxaparin regimen for venous thromboembolism prophylaxis after hip or knee replacement or hip fracture surgery, provided that the second regimen was assessed elsewhere versus the same comparator. Two authors independently evaluated study eligibility, extracted the data, and assessed the risk of bias. The primary efficacy outcome was the incidence of venous thomboembolism. The main safety outcome was the incidence of major bleeding. Overall, 44 randomised comparisons in 56,423 patients were selected, 35 being double-blind (54,117 patients). Compared with enoxaparin 4,000 anti-Xa IU once daily, enoxaparin 3,000 anti-Xa IU twice daily was associated with a reduced risk of venous thromboembolism (relative risk [RR]: 0.53, 95% confidence interval [CI]: 0.40 to 0.69), but an increased risk of major bleeding (RR: 2.01, 95% CI: 1.23 to 3.29). In conclusion, when interpreting the benefit-risk ratio of new anticoagulant drugs versus enoxaparin for thromboprophylaxis after major orthopaedic surgery, the apparently greater efficacy but higher bleeding risk of the twice-daily 3,000 anti-Xa IU enoxaparin regimen compared to the once-daily 4,000 anti-Xa IU regimen should be taken into account.

Conceptual Interpretation of LOM and its Mapping to Common Sense Ontologies

Peer-reviewed

Cultural and textual properties in the translation and interpretation of allusions. An analysis of allusions in Dorothy L. Sayers’ detective novels translated into Finnish in the 1940s and the 1980s

Kulttuuriset ja tekstuaaliset tekijät alluusioiden kääntämisessä ja tulkinnassa. Alluusiot Dorothy L. Sayersin 1940- ja 1980-luvuilla suomennetuissa salapoliisiromaaneissa Väitöskirja käsittelee alluusioiden kääntämistä ja tulkintaa. Alluusio on intertekstuaalinen viittaus, jonka tulkitsemiseen tarvitaan implisiittistä tietoa tutuksi oletetusta viittauskohteesta. Käännösongelma alluusiosta tulee, mikäli kohdekulttuurin lukijat eivät tunne viittauskohdetta eivätkä voi päätellä alluusion merkitystä. Tutkimus pyrkii kuitenkin uuden analyysimenetelmän avulla osoittamaan, että vieraat alluusiot eivät välttämättä johda tulkintaongelmiin. Väitöskirja jakautuu kahteen osaan: analyysimenetelmän kehittämiseen (luvut 1-5) sekä tapaustutkimukseen (luvut 6-7). Kehitetyn menetelmän avulla pystytään analysoimaan aikaisempaa tarkemmin, millaisia tulkintamahdollisuuksia alluusiot tarjoavat eri lukijakunnille ja miten lähdetekstin alluusioiden kulttuuriset ja tekstuaaliset piirteet korreloivat käännösstrategioiden kanssa. Tapaustutkimus selvittää, millaisia tulkintamahdollisuuksia Dorothy L. Sayersin 1940- ja 1980-luvuilla suomennettujen salapoliisiromaanien alluusiot tarjosivat aikansa suomalaisille lukijoille. Tavoitteena on myös hahmottaa, miten suomentajien käännösratkaisut ja alluusioiden tulkintamahdollisuudet liittyvät toisaalta lähdetekstin alluusioiden piirteisiin ja toisaalta kohdekulttuurin kontekstiin. Tapaustutkimus tarjoaa näin uutta tietoa suomennoskirjallisuuden ja salapoliisiromaanien historiasta. Analyysimenetelmä määrittelee aikaisempaa alluusioita ja intertekstuaalisuutta käsitelleen tutkimuksen pohjalta ne kulttuuriset ja tekstuaaliset piirteet, jotka vaikuttavat alluusioiden kääntämiseen ja tulkintaan. Kulttuurisessa mielessä alluusio voi olla tietylle lukijakunnalle tuttu tai tuntematon. Tekstuaalisia tekijöitä ovat alluusion muodon ja tyylin tunnusmerkillisyys sekä alluusion pintamerkityksen koherenttius uudessa tekstikontekstissa, ilman tietoa viittauskohteesta. Alluusioiden tulkinnassa on perinteisesti erotettu toisaalta allusiivinen tulkintamahdollisuus, jossa alluusio on lukijoille tuttu ja yhdistettävissä viittauskohteeseensa, toisaalta kulttuuritöyssy, jonka muodostaa lukijoille tuntematon ja pintamerkitykseltään inkoherentti alluusio. Tutkimuksessa määritellään kulttuuristen ja tekstuaalisten tekijöiden perusteella lisäksi kaksi muuta mahdollisuutta. Pseudo-allusiivisessa tulkinnassa tuntematon alluusio erottuu ympäröivästä tekstikontekstista tyyliltään ja on koherentti ainakin kuvaannollisessa mielessä ilman viittauskohdettaan. Ei-allusiivisessa tulkinnassa taas vieras alluusio sulautuu kontekstiin sekä muodoltaan että merkitykseltään niin, ettei lukija edes huomaa mahdollista alluusiota. Tulkintamahdollisuuksien jakauma antaa yleiskuvan siitä, miten tietty lukijakunta pystyi tulkitsemaan tekstin alluusioita. Lisäksi analyysi tarkastelee lähdetekstin ja käännöksen välillä tulkintamahdollisuuksissa tapahtuneita muutoksia sekä niiden vaikutusta tulkinnan vaatimaan vaivannäköön (effort) ja alluusion funktioihin. Tapaustutkimus perehtyy Sayers-suomennosten kulttuurikonteksteihin tarkastelemalla salapoliisiromaanien asemaa suomalaisessa kirjallisuusjärjestelmässä, suomennoksilta odotettuja piirteitä sekä suomentajien ammattikuvaa, taustoja ja työoloja. Tulosten perusteella alluusioiden kääntäminen oli vaativa tehtävä sekä 1940- että 1980-luvun suomentajille. Lähdetekstien alluusioista 60–70 prosenttia oli todennäköisesti kohdelukijoille vieraita. Molempina aikakausina suomennoksilta odotettiin silti sekä kielellistä sujuvuutta että lähdetekstin merkitysten välittämistä. 1940-luvun suomentajien tehtävää vaikeutti lisäksi mm. se, että suomentaminen oli enimmäkseen sivutoimista ja englanti oli harvoin parhaiten hallittu vieras kieli. Nämä olosuhteet lienevät vaikuttaneet etenkin vähäarvoisena pidetyn salapoliisikirjallisuuden suomennoksiin. 1980-luvulla suomentajien aikataulut olivat realistisempia, englannin taidot parempia ja päätoiminen suomentaminen mahdollista. Myös salapoliisiromaanien arvostus oli lisääntynyt. Sekä 1940- että 1980-luvun suomennoksissa kohdelukijoille vieraitakin alluusioita oli usein säilytetty, mikäli ne olivat koherentteja ilman viittauskohdettaan. Sen sijaan vieraita ja pintamerkitykseltään epäselviä alluusioita oli muokattu tai poistettu. Kuitenkin 1980-luvun suomentajat säilyttivät lähdetekstin alluusioita useammin ja tarkemmin kuin 1940-luvun suomentajat. Varsinkin poisjättämistä esiintyi 1940-luvun suomennoksissa enemmän. Alluusioiden tulkintamahdollisuudet olivat kaikissa käännöksissä muuttuneet sikäli, että melko harvat suomennetut alluusiot olivat enää kohdelukijoiden tunnistettavissa. Toisaalta myös kulttuuritöyssyt olivat harvinaisia. Erot 1940- ja 1980-luvun suomennosten välillä näkyivätkin pseudo-allusiivisissa ja ei-allusiivisissa tulkintamahdollisuuksissa. 1980-luvun suomennoksissa vieraat alluusiot oli johdonmukaisesti säilytetty niin, että käännetyt alluusiot voitiin tulkita pseudo-alluusioiksi. Sen sijaan 1940-luvun suomennoksissa vieraita alluusioita oli usein muokattu tai jätetty pois tavalla, joka johti ei-allusiiviseen tulkintaan. Kohdelukijoiden kannalta 1980-luvun suomennettujen alluusioiden tulkitseminen lienee vaatinut jonkin verran enemmän vaivaa. Toisaalta pseudo-allusiivisten käännösten pohjalta oli useimmiten mahdollista rakentaa koherentti tulkinta, ja monesti ne jopa välittivät samankaltaisia funktioita kuin lähdetekstin alluusiot. 1940-luvun suomennosten muokkaukset ja poistot periaatteessa helpottivat tulkintaa, mutta mahdollisia kulttuuritöyssyjä esiintyi edelleen, jopa kääntäjän tekemien muutosten seurauksena. 1940-luvun suomennoksissa myös käännettyjen alluusioiden funktiot olivat muuttuneet enemmän lähdetekstin alluusioihin nähden. Kaiken kaikkiaan 1980-luvun suomennokset olivat lähempänä oman aikansa hyvän käännöksen piirteitä. Toisaalta alluusioiden muokkaaminen sai 1940-luvun suomennokset muistuttamaan enemmän perinteistä arvoituksen ratkaisuun keskittyvää salapoliisiromaania, joten tältä osin ne lienevät vastanneet kohdelukijoiden odotuksia. Kulttuurikontekstin vaikutus siis näkyi sekä käännösstrategioissa että käännettyjen alluusioiden tulkintamahdollisuuksissa. Tutkimustuloksissa korostui kuitenkin myös se, että lähdetekstin alluusion pintamerkitys saattaa vaikuttaa käännösratkaisuihin. Lisäksi käännetyt pseudo-alluusiot saattavat välittää samankaltaisia funktioita kuin lähdetekstin alluusiot. Toisin kuin yleensä on esitetty, kohdelukijoille vieraiden alluusioiden säilyttäminen saattaakin siis olla toimiva ratkaisu.

Clinical utility of standard base excess in the diagnosis and interpretation of metabolic acidosis in critically ill patients

The aims of this study were to determine whether standard base excess (SBE) is a useful diagnostic tool for metabolic acidosis, whether metabolic acidosis is clinically relevant in daily evaluation of critically ill patients, and to identify the most robust acid-base determinants of SBE. Thirty-one critically ill patients were enrolled. Arterial blood samples were drawn at admission and 24 h later. SBE, as calculated by Van Slyke's (SBE VS) or Wooten's (SBE W) equations, accurately diagnosed metabolic acidosis (AUC = 0.867, 95%CI = 0.690-1.043 and AUC = 0.817, 95%CI = 0.634-0.999, respectively). SBE VS was weakly correlated with total SOFA (r = -0.454, P < 0.001) and was similar to SBE W (r = -0.482, P < 0.001). All acid-base variables were categorized as SBE VS <-2 mEq/L or SBE VS <-5 mEq/L. SBE VS <-2 mEq/L was better able to identify strong ion gap acidosis than SBE VS <-5 mEq/L; there were no significant differences regarding other variables. To demonstrate unmeasured anions, anion gap (AG) corrected for albumin (AG A) was superior to AG corrected for albumin and phosphate (AG A+P) when strong ion gap was used as the standard method. Mathematical modeling showed that albumin level, apparent strong ion difference, AG A, and lactate concentration explained SBE VS variations with an R² = 0.954. SBE VS with a cut-off value of <-2 mEq/L was the best tool to diagnose clinically relevant metabolic acidosis. To analyze the components of SBE VS shifts at the bedside, AG A, apparent strong ion difference, albumin level, and lactate concentration are easily measurable variables that best represent the partitioning of acid-base derangements.

Nietzsche's will-to-power ontology : an interpretation of Beyond Good and Evil

Abstract: Nietzsche's Will-to-Power Ontology: An Interpretation of Beyond Good and Evil § 36 By: Mark Minuk Will-to-power is the central component of Nietzsche's philosophy, and passage 36 of Beyond Good and Evil is essential to coming to an understanding of it. 1 argue for and defend the thesis that will-to-power constitutes Nietzsche's ontology, and offer a new understanding of what that means. Nietzsche's ontology can be talked about as though it were a traditional substance ontology (i.e., a world made up of forces; a duality of conflicting forces described as 'towards which' and 'away from which'). However, 1 argue that what defines this ontology is an understanding of valuation as ontologically fundamental—^the basis of interpretation, and from which a substance ontology emerges. In the second chapter, I explain Nietzsche's ontology, as reflected in this passage, through a discussion of Heidegger's two ontological categories in Being and Time (readiness-to-hand, and present-at-hand). In a nutshell, it means that the world of our desires and passions (the most basic of which is for power) is ontologically more fundamental than the material world, or any other interpretation, which is to say, the material world emerges out of a world of our desires and passions. In the first chapter, I address the problematic form of the passage reflected in the first sentence. The passage is in a hypothetical style makes no claim to positive knowledge or truth, and, superficially, looks like Schopenhaurian position for the metaphysics of the will, which Nietzsche rejects. 1 argue that the hypothetical form of the passage is a matter of style, namely, the style of a free-spirit for whom the question of truth is reframed as a question of values. In the third and final chapter, 1 address the charge that Nietzsche's interpretation is a conscious anthropomorphic projection. 1 suggest that the charge rests on a distinction (between nature and man) that Nietzsche rejects. I also address the problem of the causality of the will for Nietzsche, by suggesting that an alternative, perspectival form of causality is possible.

The interpretation of music videos : an interactive relationship between medium and viewer

There is a great deal of evidence to support the examination of an interactive relationship between the medium and the viewer in the interpretation of mainstream media. The exact nature of this relationship, however, is not well understood. The current study was carried out to assess the variables that may help explain why certain people interpret media, such as music videos, differently than others. Jensen's concept of reception analysis describes the relationship between the medium and the audience, and thus remains a strong focus within this study. Differences in the interpretation of music videos were investigated as a function of Absorption, gender role, screen size, age and viewing experience. Multiple regression analyses uncovered independent predictions of sexuality and violence scores by absorption and experience, as well as an interaction between absorption and screen size in the sexuality rating of the music videos.

The interpretation of environmental sustainability (ES) by the IOC/Olympic Games 1994-2008

The purpose of this qualitative multi-case study was to examine the interpretation of environmental sustainability (ES) within the Olympic 11 Movement. Two research questions guided the inquiry - first, how has the concept of ES been defined by the International Olympic Committee (lOC), and second, how has the concept of ES been defined and enacted by the Organizing Committees ofthe Olympic Games (OCOGs)? During the past two decades, the International Olympic Committee (lOC) established several policies and programs related to ES. Its actions reflect a broader trend of environmentalism within economic and social spheres around the world (Milton-Smith, 2002). Despite the numerous initiatives, the Olympic Games continue to cause significant environmental damage. Frey, et al. (2007) argued that the Olympic Movement contradicts the fundamental premises of ES because the Games are hosted in a two week time period, are situated in a confined area, and accumulate operating and infrastructure costs in the billions of dollars. Further, Etzion (2007) stated "there is positive and significant correlation between firm siz~ and environmental performance" (p. 642) and in the context of the Olympics the sizeimpact relation is striking. Since 1972, the year the UN launched its international environmental awareness efforts, the Summer Olympics grew to 201 nations (39% increase), 10,500 athletes (32% increase), 28 sports (30% increase), and 302 events (43% increase) (Johnson, 2004; Girginov & Parry, 2005; Upegui, 2008). The proliferation of Games activities counters the ES principles that exist within many of the IOC declarations, policies and programs.

Interpretation of the centromere epigenetic mark to maintain genome stability

Le centromère est la région chromosomique où le kinétochore s'assemble en mitose. Contrairement à certaines caractéristiques géniques, la séquence centromérique n'est ni conservée entre les espèces ni suffisante à la fonction centromérique. Il est donc bien accepté dans la littérature que le centromère est régulé épigénétiquement par une variante de l'histone H3, CENP-A. KNL-2, aussi connu sous le nom de M18BP1, ainsi que ces partenaires Mis18α et Mis18β sont des protéines essentielles pour l'incorporation de CENP-A nouvellement synthétisé aux centromères. Des évidences expérimentales démontrent que KNL-2, ayant un domaine de liaison à l'ADN nommé Myb, est la protéine la plus en amont pour l'incorporation de CENP-A aux centromères en phase G1. Par contre, sa fonction dans le processus d'incorporation de CENP-A aux centromères n'est pas bien comprise et ces partenaires de liaison ne sont pas tous connus. De nouveaux partenaires de liaison de KNL-2 ont été identifiés par des expériences d'immunoprécipitation suivies d'une analyse en spectrométrie de masse. Un rôle dans l'incorporation de CENP-A nouvellement synthétisé aux centromères a été attribué à MgcRacGAP, une des 60 protéines identifiées par l'essai. MgcRacGAP ainsi que les protéines ECT-2 (GEF) et la petite GTPase Cdc42 ont été démontrées comme étant requises pour la stabilité de CENP-A incorporé aux centromères. Ces différentes observations ont mené à l'identification d'une troisième étape au niveau moléculaire pour l'incorporation de CENP-A nouvellement synthétisé en phase G1, celle de la stabilité de CENP-A nouvellement incorporé aux centromères. Cette étape est importante pour le maintien de l'identité centromérique à chaque division cellulaire. Pour caractériser la fonction de KNL-2 lors de l'incorporation de CENP-A nouvellement synthétisé aux centromères, une technique de microscopie à haute résolution couplée à une quantification d'image a été utilisée. Les résultats générés démontrent que le recrutement de KNL-2 au centromère est rapide, environ 5 minutes après la sortie de la mitose. De plus, la structure du domaine Myb de KNL-2 provenant du nématode C. elegans a été résolue par RMN et celle-ci démontre un motif hélice-tour-hélice, une structure connue pour les domaines de liaison à l'ADN de la famille Myb. De plus, les domaines humain (HsMyb) et C. elegans (CeMyb) Myb lient l'ADN in vitro, mais aucune séquence n'est reconnue spécifiquement par ces domaines. Cependant, il a été possible de démontrer que ces deux domaines lient préférentiellement la chromatine CENP-A-YFP comparativement à la chromatine H2B-GFP par un essai modifié de SIMPull sous le microscope TIRF. Donc, le domaine Myb de KNL-2 est suffisant pour reconnaître de façon spécifique la chromatine centromérique. Finalement, l'élément reconnu par les domaines Myb in vitro a potentiellement été identifié. En effet, il a été démontré que les domaines HsMyb et CeMyb lient l'ADN simple brin in vitro. De plus, les domaines HsMyb et CeMyb ne colocalisent pas avec CENP-A lorsqu'exprimés dans les cellules HeLa, mais plutôt avec les corps nucléaires PML, des structures nucléaires composées d'ARN. Donc, en liant potentiellement les transcrits centromériques, les domaines Myb de KNL-2 pourraient spécifier l'incorporation de CENP-A nouvellement synthétisé uniquement aux régions centromériques.

Interpretation of quasimolecular L X-rays in heavy-ion collisions

Using a relativistic selfconsistent correlation diagram a first interpretation of the shape and position of L MO X-rays is given within a quasi-adiabatic model.