Optimization of peptide nucleic acid fluorescence in situ hybridization (PNA-FISH) for the detection of bacteria: the effect of pH, dextran sulfate and probe concentration

Fluorescence in situ hybridization (FISH) is a molecular technique widely used for the detection and characterization of microbial populations. FISH is affected by a wide variety of abiotic and biotic variables and the way they interact with each other. This is translated into a wide variability of FISH procedures found in the literature. The aim of this work is to systematically study the effects of pH, dextran sulfate and probe concentration in the FISH protocol, using a general peptide nucleic acid (PNA) probe for the Eubacteria domain. For this, response surface methodology was used to optimize these 3 PNA-FISH parameters for Gram-negative (Escherichia coli and Pseudomonas fluorescens) and Gram-positive species (Listeria innocua, Staphylococcus epidermidis and Bacillus cereus). The obtained results show that a probe concentration higher than 300 nM is favorable for both groups. Interestingly, a clear distinction between the two groups regarding the optimal pH and dextran sulfate concentration was found: a high pH (approx. 10), combined with lower dextran sulfate concentration (approx. 2% [w/v]) for Gram-negative species and near-neutral pH (approx. 8), together with higher dextran sulfate concentrations (approx. 10% [w/v]) for Gram-positive species. This behavior seems to result from an interplay between pH and dextran sulfate and their ability to influence probe concentration and diffusion towards the rRNA target. This study shows that, for an optimum hybridization protocol, dextran sulfate and pH should be adjusted according to the target bacteria.

Understanding adaptation to pH in an industrially relevant glycoside hydrolase family 8 xylanase

Dissertação de mestrado em Genética Molecular

Engineering a commercial cold-adapted xylanase for improved low pH stability

Dissertação de mestrado em Genética Molecular

Effect of pH on Candida tropicalis virulence factors

Dissertação de mestrado em Bioengenharia

Optische pH-Messung unter Einsatz immobilisierter Styrylacridin-Farbstoffe

Optical pH sensor, styrylacridine dyes, fibre optics, immobilization of acidochromic dyes, porous glass

Quasi-integrals and the origin of bursting pH oscillations in an enzyme model system

Bursting Oscillation, Mixed-Mode oscillation, Slow Manifold, Quasi-Integral, slow-fast analysis, QSSA

"O pH de soluções de ácido acético, cítrico, oxálico e tartárico"

O presente trabalho descreve os dados obtidos sôbre a determinação do pH em soluções, desde 0,005 até 0,50 molar de ácido acético, ácido cítrico, ácido oxálico e ácido tartárico. Os dados obtidos experimentalmente, quando expressos em função de pC, isto é, em função de log log 1/C apresentaram uma relação linear. Por outro lado, calculando-se o pH das diversas soluções dos ácidos estudados, através de duas equações, uma do primeiro grau e outra do segundo grau, observou-se que os resultados calculados pela segunda equação apresentaram valores muito próximos aos determinados experimentalmente, conquanto no cálculo tenha sido usada apenas, a primeira constante termodinâmica de ionização, para os ácido cítrico, oxálico e tartárico. Uma vez que o valor do pH determinado e o do pH calculado constituem uma função linear do pC, foram estabelecidas duas equações de regressão para cada ácido estudado. Na primeira equação de regressão o pH determinado figura como variável dependente e na segunda, o pH calculado é a variável dependente. Nas duas equações o pC é a variável independente.

Estudos sôbre a alimentação mineral do cafeeiro: XX. efeito da variação de pH no desenvolvimento e composição química do cafeeiro (Coffea arabica L., var. Mundo Nôvo) cultivado em solução nutritiva

Plantas jovens de Coffea arabica L., var. Mundo Nôvo foram cultivadas em solução nutritiva, sob o efeito de diferentes variações de pH (4,0 a 7,5) do substrato, a fim de se constatar o desenvolvimento e composição mineral. A melhor faixa de pH para o crescimento em altura, número de fôlhas, pêso da matéria fresca e sêca é de 4,0 a 6,0. A quantidade total de todos os macronutrientes absorvidos pelo cafeeiro diminui à medida que o pH se eleva.

Extração do alumínio trocável e o pH do solo

O alumínio trocável e o hidrogênio "eletrovalente" foram extraídos e determinados em diversas amostras de solos, atraves de percolação contínua com solução 1 N de KC1. Em seguida, após a extração do alumínio e hidrogênio "eletrovalente", determinou-se o pH dos solos e suspensão aquosa e procedeu-se a extração do hidrogênio "covalente" com solução 1 N de acetato decálcio, com pH = 7,0, em algumas das amostras estudadas. Como era de se esperar, a remoção do alumínio trocável e do hidrogênio "eletrovalente" elevou o pH de todas as amostras de solo. No entanto, em alguns dos solos estudados, os valores do pH (de 5,05 a 6,25), após a remoção dos citados íons, evidenciaram a influência de outros componentes da acidez do solo sôbre o pH.

Estudos sobre a correção da acidez do solo causada pelo Al+3 trocável. I. Efeitos sobre o pH, Al+3 e H+ trocáveis em solos das séries Sertãozinho e Monte Olimpo e das unidades 2 e 18

Ê descrito um ensaio de incubação com a finalidade de estudar os efeitos da adição de CaCO3 sobre o pH e Al³+ e H+ trocáveis de 4 terras, servindo-se do método do Al³+ trocàvel para a determinação das doses de CaCO3. De um modo geral, se encontrou uma forte elevação nos índices pH das terras e redução nos teores de Al³+ e de H+ trocáveis das mesmas, à medida em que se aumentavam as quantidades de CaCO3 empregadas. A dose 1 de CaCO3, que correspondia à quantidade de cálcio estequiometricamente igual à de Al³+ trocável presente em cada terra, foi suficiente para elevar o pH de todas elas ao redor de 5,7. O teor de Al³+ trocável, contudo, em uma delas permaneceu acima do nível considerado não tóxico às plantas.

Influência da interação do ph da solução de metabisulfito de potássio e da remoção da película externa, na elaboração de banana passa

Este trabalho teve por objetivo encontrar meios de controlar o escurecimento enzímico catalizado pelo polifenoloxidase na elaboração de banana passa. As bananas foram tratadas com SO2, através da sua imersão em uma solução de metabisulfito de potássio. As variáveis estudadas desta solução foram, sua concentração, temperatura, pH e tempo de imersão, bem como sua interação com a remoção da panícula externa dos frutos. Concluiu-se que o melhor tratamento foi o da imersão por 10 minutos na solução de metabisulfito a 2%, aquecida a 40°C, independente do controle do pH. A interação do pH da solução com a remoção da película externa da banana não teve influência no controle do escurecimento.

A determinação espectrofotométrica do cobalto pelo método da 2,2'-dipiridil cetoxima (I) - estudos sobre o reativo, pH e tampão

No presente trabalho foi desenvolvida a primeira fase dos estudos experimentais do método da 2,2'-dipiridil cetoxima, para a determinação do cobalto. Os ensaios foram conduzidos em soluções puras e dentre os aspectos estudados constam; o reativo, preparo, concentração e conservação; o pH, influencia sobre a formação e extração do composto colorido; o sistema tampão, influencia sobre a reação, eficiência e escolha. Numa seqüência, serão apresentados posteriormente estudos sobre solventes, influência de diversos ions e aplicação do método em análises de plantas.