Role on serine protease inhibitors in the pathogenisis of Steinernema carpocapsae

Tese de Doutoramento, Biologia (Biologia Celular e Molecular), 18 de Novembro de 2013, Universidade dos Açores.

Sistema de Visão Stereo Ativo aplicado aos robôs do ISePorto

A presente dissertação endereça o desenvolvimento de um sistema de visão stereo ativo para os robôs de futebol robótico da equipa ISePorto do ISEP, de modo a que estes tirem o máximo partido das câmaras rotativas neles existentes. Este trabalho surge da necessidade de melhorar a capacidade de perceção do ambiente por parte dos robôs, principalmente da perceção da bola quando não está no plano do campo e dos robôs adversários. Esta necessidade surge devido ao aumento da dinâmica que se tem vindo a veri car ultimamente nas competições. Para tal, foram estudados algumas trabalhos relacionados no que diz respeito a sistemas de visão stereo com baselines variáveis e eixos de rotação em ambas as câmaras, bem como fundamentos de visão stereo. Foi proposta uma arquitetura para o sistema de visão ativo de modo a ser aplicado em qualquer robô da equipa MSL (Middle Size League). Para tornar possível a implementação desta arquitetura foi desenvolvido um procedimento para a calibração e determinação em tempo real dos parâmetros extrínsecos do par stereo em função da posição angular dos eixos rotativos do robô. O sistema de visão foi também dotado de capacidade de sincronismo e foram implementadas funcionalidades ao nível de software que possibilitam a deteção de objetos na imagem, a correspondência de objetos presentes nas imagens de ambas as câmaras e consequentemente a determinação das posições tridimensionais desses objetos relativamente ao robô. O sistema desenvolvido foi testado e validado em cenário MSL ao nível de perceção da bola, robôs adversários e linhas do campo. Os resultados obtidos apresentam uma melhoria signi cativa, face à implementação atual dos robôs, na perceção tridimensional da bola quando não está no plano do campo, e dos robôs adversários.

Disseminating data using broadcast when topology is unknown

Consider the problem of disseminating data from an arbitrary source node to all other nodes in a distributed computer system, like Wireless Sensor Networks (WSNs). We assume that wireless broadcast is used and nodes do not know the topology. We propose new protocols which disseminate data faster and use fewer broadcasts than the simple broadcast protocol.

Uma arquitectura para a monitorização de computações paralelas e distribuídas

O recurso à monitorização do comportamento dos programas durante a execução é necessário em diversos contextos de aplicação. Por exemplo, para verificar a utilização dos recursos computacionais durante a execução, para calcular métricas que permitam melhor definir o perfil da aplicação ou para melhor identificar em que pontos da execução estão as causas de desvios do comportamento desejado de um programa e, noutros casos, para controlar a configuração da aplicação ou do sistema que suporta a sua execução. Esta técnica tem sido aplicada, quer no caso de programas sequenciais, quer se trate de programas distribuídos. Em particular, no caso de computações paralelas, dada a complexidade devida ao seu não determinismo, estas técnicas têm sido a melhor fonte de informação para compreender a execução da aplicação, quer em termos da sua correcção, quer na avaliação do seu desempenho e utilização dos recursos computacionais. As principais dificuldades no desenvolvimento e na adopção de ferramentas de monitorização, prendem-se com a complexidade dos sistemas de computação paralela e distribuída e com a necessidade de desenvolver soluções específicas para cada plataforma, para cada arquitectura e para cada objectivo. No entanto existem funcionalidades genéricas que, se presentes em todos os casos, podem ajudar ao desenvolvimento de novas ferramentas e à sua adaptação a diferentes ambientes computacionais. Esta dissertação propõe um modelo para suportar a observação e o controlo de aplicações paralelas e distribuídas (DAMS - Distributed ApplicationsMonitoring System). O modelo define uma arquitectura abstracta de monitorização baseada num núcleo mínimo sobre o qual assentam conjuntos de serviços que realizam as funcionalidades pretendidas em cada cenário de utilização. A sua organização em camadas de abstracção e a capacidade de extensão modular, permitem suportar o desenvolvimento de conjuntos de funcionalidades que podem ser partilhadas por distintas ferramentas. Por outro lado, o modelo proposto facilita o desenvolvimento de ferramentas de observação e controlo, sobre diferentes plataformas de suporte à execução. Nesta dissertação, são apresentados exemplos da utilização do modelo e da infraestrutura que o suporta, em diversos cenários de observação e controlo. Descreve-se também a experimentação realizada, com base em protótipos desenvolvidos sobre duas plataformas computacionais distintas.

The utilization bound of non-preemptive rate-monotonic scheduling in controller area networks is 25%

Consider a distributed computer system comprising many computer nodes, each interconnected with a controller area network (CAN) bus. We prove that if priorities to message streams are assigned using rate-monotonic (RM) and if the requested capacity of the CAN bus does not exceed 25% then all deadlines are met.

Using a prioritized MAC protocol to efficiently compute aggregated quantities

Consider a distributed computer system such that every computer node can perform a wireless broadcast and when it does so, all other nodes receive this message. The computer nodes take sensor readings but individual sensor readings are not very important. It is important however to compute the aggregated quantities of these sensor readings. We show that a prioritized medium access control (MAC) protocol for wireless broadcast can compute simple aggregated quantities in a single transaction, and more complex quantities with many (but still a small number of) transactions. This leads to significant improvements in the time-complexity and as a consequence also similar reduction in energy “consumption”.

Experimental assessment of pressure drop in air stripping columns

One important step in the design of air stripping operations for the removal of VOC is the choice of operating conditions, which are based in the phase ratio. This parameter sets on directly the stripping factor and the efficiency of the operation. Its value has an upper limit determined by the flooding regime, which is previewed using empirical correlations, namely the one developed by Eckert. This type of approach is not suitable for the development of algorithms. Using a pilot scale column and a convenient solution, the pressure drop was determined in different operating conditions and the experimental values were compared with the estimations. This particular research will be incorporated in a global model for simulating the dynamics of air stripping using a multi variable distributed parameter system.

Consumo inteligente de energia elétrica

Trabalho Final de Mestrado para obtenção do grau de Mestre em Engenharia de Redes de Comunicação e Multimédia

Nevirapine in an animal model of pre-diabetes: study of drug pharmacokinetic and its effects on fasting glycemia and insulin resistance

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Biotecnologia

Sex differences in the fetal heart rate variability indices of twins

Aims: To evaluate the differences in linear and complex heart rate dynamics in twin pairs according to fetal sex combination [male-female (MF), male-male (MM), and female-female (FF)]. Methods: Fourteen twin pairs (6 MF, 3 MM, and 5 FF) were monitored between 31 and 36.4 weeks of gestation. Twenty-six fetal heart rate (FHR) recordings of both twins were simultaneously acquired and analyzed with a system for computerized analysis of cardiotocograms. Linear and nonlinear FHR indices were calculated. Results: Overall, MM twins presented higher intrapair average in linear indices than the other pairs, whereas FF twins showed higher sympathetic-vagal balance. MF twins exhibited higher intrapair average in entropy indices and MM twins presented lower entropy values than FF twins considering the (automatically selected) threshold rLu. MM twin pairs showed higher intrapair differences in linear heart rate indices than MF and FF twins, whereas FF twins exhibited lower intrapair differences in entropy indices. Conclusions: The results of this exploratory study suggest that twins have sex-specific differences in linear and nonlinear indices of FHR. MM twins expressed signs of a more active autonomic nervous system and MF twins showed the most active complexity control system. These results suggest that fetal sex combination should be taken into consideration when performing detailed evaluation of the FHR in twins.

Inducción sistémica de la biosintesis de metabolitos secundarios en plantas aromáticas mediada por rizobacterias. Systemic induction of secondary metablolites biosynthesis in aromatic plants by rhizobacteria.

El uso de microorganismos como inoculantes para incrementar la disponibilidad y toma de nutrientes por parte de los cultivos, es una nueva tecnología que ha dado buenos resultados, observándose un incremento en la emergencia, vigor, mayor desarrollo en la parte aérea y de raíces, registrándose aumentos considerables de los rendimientos en cultivos de interés comercial. Esto es debido a que los microorganismos PGPR (Plant Growth promoting rhizobacteria) sintetizan ciertas sustancias reguladoras del crecimiento como giberelinas, citoquininas y auxinas; las cuales estimulan la densidad y longitud de los pelos radicales, aumentando así la cantidad y longitud de las raíces de los vegetales. Así, se incrementa la capacidad de absorción de agua y nutrientes, haciendo que las plantas sean más vigorosas, productivas y tolerantes a condiciones climáticas adversas, como sequías o heladas. Otro factor benéfico es que ciertos microorganismos solubilizan nutrientes poco móviles en el suelo como el caso del fósforo, segundo nutriente, después del nitrógeno en importancia para el crecimiento de los cultivos. Estos microorganismos también tienen una función muy importante en el control natural de agentes patógenos, a través de la inducción del sistema de defensa en las plantas, aumentando su resistencia a enfermedades, a través de la producción de compuestos bacterianos como antibióticos y sideróforos. Los variados mecanismos mediante los cuales la acción PGPR se lleva a cabo no son plenamente conocidos y, por lo tanto, es necesario determinar con precisión su efecto particular en la biología de la planta beneficiada. Las plantas aromáticas y medicinales inoculadas con microorganismos (rizobacterias) registran un incremento en varios parámetros de crecimiento vegetal (peso fresco parte aérea, peso seco de raíz, número de hojas, etc) y en el rendimiento de aceite esencial (AE). El aumento de la síntesis, y la variación de los porcentajes relativos de los componentes principales de AE en plantas aromáticas, como efecto de la inoculación, podría considerarse como una respuesta defensiva de la planta frente a la colonización de microorganismos dado que varios AE poseen propiedades antimicrobianas. El incremento de estos metabolitos también se ha registrado como respuesta frente a la herbivoría. En el presente proyecto se propone dilucidar la existencia de una relación entre las defensas inducidas por rizobacterias con la producción de metabolitos secundarios en plantas aromaticas y medicinales. The use of microorganisms as inoculants to increase the availability and nutrient uptake by crops, is a new technology that has been successfully applied, with an increase in the emergence, vigor, greater development in the shoot and roots, recording significant increases in yields of crop with commercial interest. This is because microorganisms PGPR (Plant Growth Promoting rhizobacteria) synthesize certain growth regulating substances such as gibberellins, cytokinins and auxins, which stimulate the density and length of root hairs, increasing the number and length of roots. Thus, increase the capacity of absorbing water and nutrients, make the plants more vigorous, productive and tolerant to adverse climatic conditions such as drought or frost.Another beneficial factor is that some microorganisms solubilize nutrients mobile in the soil as the case of phosphorus, second nutrient after nitrogen important for plant growth. These organisms also have an important role in the natural control of pathogens through the induction of the plants defense system, increasing their resistance to disease through the production of compounds such as antibiotics and bacterial siderophores. The various mechanisms by which PGPR action takes place are not fully known and therefore it is necessary to accurately determine its particular effect on the biology of the specific plant benefit. Aromatic and medicinal plants inoculated with microorganisms (rhizobacteria) recorded an increase in several parameters of plant growth (shoot fresh weight, root dry weight, leaf number, etc) and essential oil yield (AE). The increase in the biosynthesis, and changes in the relative percentages of the main components of AE in aromatic plants inoculated with rizobacterias, could be regarded as a plant defense response against microbial colonization, since several AE have antimicrobial properties. The increase of these metabolites have also been recorded as a response to herbivory.

Effects of selected post harvest processes on brown crab (Cancerpagurus L.) and European lobster (Homarus gammarus L.) from Irish Crustacean Fisheries

The crustacean fishery is important to the socio economics of rural and island communities around Ireland; with brown crab (Cancer pagurus) and European lobster (.Homarus gammarus) being the most valuable shellfish species. Brown crab and lobster are marketed live with the majority being exported from Ireland to southern Europe. Post capture processes used in Ireland are very subjective but promote fresh, live products. Common practices used in the crustacean fishery include nicking of brown crab and long term storage of lobster. This study showed that nicking resulted in elevated mean lactate levels of 17.90% (StDev ± 1.74) and elevated mean glucose levels of 120.55 % (StDev ± 0.26) with mean circulating bacteria levels 9 times greater in nicked crab. Nicking resulted in 96.3% increase in tissue necrosis and a subsequent reduction in product quality. These factors possibly compromise the host’s defense system, which may ultimately reduce the animal’s ability to cope with additional stressors caused by post-harvest processes. Long term storage allows lobster to be stored until the market is less saturated and prices are higher. This investigation found that some lobsters contracted bacterial biofilms as a result of long term storage. Bacteria isolated from biofilms were identified as Arcobacter and Campylobacterales with identity and alignment scores of 80% andd 88% respectively.

Enabling dCache to use preexistent mass storage systems

A mesura que la investigació depèn cada vegada més dels computadors, l'emmagatzematge de dades comença a convertir-se en un recurs escàs per als projectes, i suposa una gran part del cost total. Alguns projectes intenten resoldre aquest problema emprant emmagatzament distribuït. És doncs necessari que alguns centres proveeixin de grans quantitats d'emmagatzematge massiu de baix cost basat en cintes magnètiques. L'inconvenient d'aquesta solució és que el rendiment disminueix, particularment a l'hora de tractar-se de grans quantitats d'arxius petits. El nostre objectiu és crear un híbrid entre un sistema d'alt cost i rendiment basat en discs, i un de baix cost i rendiment basat en cintes. Per això, unirem dCache, un sistema d'emmagatzematge distribuït, amb Castor, un sistema d'emmagatzematge jeràrquic, creant sistemes de fitxers virtuals que contindran grans quantitats d'arxius petits per millorar el rendiment global del sistema.

Regulation of monocyte functional heterogeneity by miR-146a and Relb.

Monocytes serve as a central defense system against infection and injury but can also promote pathological inflammatory responses. Considering the evidence that monocytes exist in at least two subsets committed to divergent functions, we investigated whether distinct factors regulate the balance between monocyte subset responses in vivo. We identified a microRNA (miRNA), miR-146a, which is differentially regulated both in mouse (Ly-6C(hi)/Ly-6C(lo)) and human (CD14(hi)/CD14(lo)CD16(+)) monocyte subsets. The single miRNA controlled the amplitude of the Ly-6C(hi) monocyte response during inflammatory challenge whereas it did not affect Ly-6C(lo) cells. miR-146a-mediated regulation was cell-intrinsic and depended on Relb, a member of the noncanonical NF-κB/Rel family, which we identified as a direct miR-146a target. These observations not only provide mechanistic insights into the molecular events that regulate responses mediated by committed monocyte precursor populations but also identify targets for manipulating Ly-6C(hi) monocyte responses while sparing Ly-6Clo monocyte activity.

The influence of hydrocortisone on cellular defence mechanisms of Biomphalaria glabrata

Since the internal defense system of mollusks consists of cellular and humoral mechanisms, we examined the role of hydrocortisone in mollusks defense cells and the influence of this steroid on the development of Schistosoma mansoni in its intermediary host. Hydrocortisone had an immunosuppressive action in Biomphalaria glabrata, as reflected in the reduced number of defense cells and the altered cell physiology. Histopathological analysis showed that hydrocortisone facilitated the intramolluscan development of S. mansoni, by reducing the extent of the inflammatory response, seen as a greater number of viable sporocysts with no surrounding hemocytes.