Absolute type shaft encoding using LFSR

Maximal-length binary sequences have been known for a long time. They have many interesting properties, one of them is that when taken in blocks of n consecutive positions they form 2ⁿ-1 different codes in a closed circular sequence. This property can be used for measuring absolute angular positions as the circle can be divided in as many parts as different codes can be retrieved. This paper describes how can a closed binary sequence with arbitrary length be effectively designed with the minimal possible block-length, using linear feedback shift registers (LFSR). Such sequences can be used for measuring a specified exact number of angular positions, using the minimal possible number of sensors that linear methods allow.

Desenvolupament d'hidrogels superficials que contenen motius d'adhesió cel·lular

Projecte de recerca elaborat a partir d’una estada al Departament d’Enginyeria Química del Massachusetts Institute of Technology entre abril i octubre del 2006. S’ha dissenyat i sintetitzat uns nous films polimèrics, amb aplicacions en l’àmbit de l’enginyeria de teixits, utilitzant la tècnica anomenada iCVD (initiated Chemical Vapor Deposition), prèviament desenvolupada pel grup receptor. Es tracta d’uns hidrogels superficials de gruix controlable, que incorporen un monòmer fluorat, el qual s’havia estudiat extensament en el grup d’origen. Aquest monòmer es caracteritza per reaccionar molt fàcilment amb pèptids, de manera que aquests queden units covalentment a la superfície. Diferents estratègies pel desenvolupament d’aquests copolímers han estat avaluades, tant des del punt de vista purament sintètic com de la pròpia aplicació. Les condicions de polimerització han estat optimitzades i els hidrogels s’han caracteritzat químicament per tècniques espectroscòpiques (FTIR, XPS), i físicament per angle de contacte i el·lipsometria. D’aquesta manera, s’ha estudiat la capacitat dels hidrogels d’absorbir aigua i alhora augmentar el seu gruix, depenent de la quantitat d’agent reticulant introduït i de la incorporació del nou monòmer. A continuació, s’han optimitzat les condicions de reacció d’aquestes superfícies amb pèptids que incorporen una molècula fluorescent, la qual permet detectar fàcilment per microscòpia de fluorescència si la reacció ha tingut lloc. Una vegada la plataforma ha estat posada a punt, s’han iniciat assajos cel·lulars tant amb fibroblasts embriònics de ratolí com amb cèl·lules humanes umbilicals. Els resultats preliminars suggereixen una morfologia diferent de les cèl·lules segons si es cultiven sobre films modificats amb pèptids que promouen l’adhesió cel·lular o sobre les seves seqüències permutades no actives. Però, el més interessant és que també s’han observat certes diferències depenent si els films contenen el component hidrogel o no, fet que suggeriria un paper actiu d’aquests noves superfícies en el comportament cel·lular.

A public-key cryptosystem based on second order linear sequences

Based on Lucas functions, an improved version of the Diffie-Hellman distribution key scheme and to the ElGamal public key cryptosystem scheme are proposed, together with an implementation and computational cost. The security relies on the difficulty of factoring an RSA integer and on the difficulty of computing the discrete logarithm.

Motion analysis in terms of wireless video capsule endoscopy

El treball presentat suposa una visió general de l'"Endoscopia amb Càpsula de Vídeo Wireless" i la inspecció de sequències de contraccions intestinals amb les últimes tecnologies de visió per computador. Després de la observació preliminar dels fonaments mèdics requerits, la aplicació de visió per computador es presenta en aquestos termes. En essència, aquest treball proveïx una exhaustiva selecció, descripció i avaluació de cert conjunt de mètodes de processament d'imatges respecte a l'anàlisi de moviment, en el entorn de seqüències d'imatges preses amb una càpsula endoscòpica. Finalment, es presenta una aplicació de software per configurar i emprar de forma ràpida i fàcil un entorn experimental.

Ciutadania i drets humans (Disseny de cursos i materials docents per a la educació no universitària)

El projecte Ciutadania i Drets humans és un projecte d’innovació pedagògica dirigit a crear els materials necessaris per a l’ensenyament dels drets humans a l’educació secundària, utilitzant les noves tecnologies. Els continguts del projecte (primer any) són: Dignitat i justícia, Llibertat i seguretat, Igualtat i violència de gènere i Llibertat d’expressió. El mètode per a l’ensenyament parteix de la dinàmica d’estudi de cas. Amb aquesta finalitat els alumnes realitzaran a l’aula, exercicis de representació i anàlisis de diversos casos tractats per tribunals internacionals, nacionals i autonòmics així com instàncies de defensa dels ciutadans. Els alumnes poden desenvolupar habilitats cognitives tals com l’argumentació oral i escrita, la reflexió, el debat, la crítica i la presa de consciència de la diversitat de perspectives. A nivell de contingut tindran els coneixements bàsics dels sistemes de protecció dels drets, tals com el Tribunal Europeu de Drets Humans, el Síndic de Greuges i altres òrgans de garantia. El material elaborat consta d’una web per als alumnes com a eina de suport als continguts treballats a l’aula i una web per al professorat de secundària amb continguts, mètodes i casos, en forma de temes i unitats didàctiques.

L'escola adopta un monument

L’adopció de monuments constitueix una fórmula d’introducció del coneixement i implicació de l’alumnat preuniversitària en el seu context local, poc posada en pràctica al nostre país, però que s’ha mostrat molt productiva en altres països europeus, mitjançant la imbricació dels centres educatius en la valoració i la conservació del patrimoni històric proper en col•laboració amb l’administració municipal i les entitats científiques i culturals. L’objectiu del projecte consisteix en desenvolupar pautes metodològiques i materials didàctics per a l’adopció generalitzada i permanent d’aquest esquema de treball a Catalunya. Per a fer possible la seva implementació ha estat necessari portar a terme una experiència de petita escala per avaluar les seves possibilitats i les adaptacions necessàries per a la nostra pràctica educativa i per crear propostes didàctiques i de difusió. Des d l’any 2004 i fins al juny de 2008, vuit centres educatius d’Educació Primària i Secundària han estat treballant en aquest programa. Al llarg dels darrers quatre cursos escolars, el professorat d’aquests centres i investigadors han treballat junts en la planificació d’activitats, la recollida d’informació d’arxius i centres de recerca, la creació de materials didàctics i la difusió dels objectius i la metodologia del projecte.

Solid-phase synthesis and NMR studies of modified oligonucleotides forming triplex helix and of oligonucleopeptides mimicking the topoisomerase I-DNA covalent complex

Report for the scientific sojourn carried out at the Institut de Biologia Molecular de Barcelona of the CSIC –state agency – from april until september 2007. Topoisomerase I is an essential nuclear enzyme that modulates the topological status of DNA, facilitating DNA helix unwinding during replication and transcription. We have prepared the oligonucleotide-peptide conjugate Ac-NLeu-Asn-Tyr(p-3’TTCAGAAGC5’)-LeuC-CONH-(CH2)6-OH as model compound for NMR studies of the Topoisomerase I- DNA complex. Special attention was made on the synthetic aspects for the preparation of this challenging compound especially solid supports and protecting groups. The desired peptide was obtained although we did not achieve the amount of the conjugate needed for NMR studies. Most probably the low yield is due to the intrinsic sensitive to hydrolysis of the phosphate bond between oligonucleotide and tyrosine. We have started the synthesis and the structural characterization of oligonucleotides carrying intercalating compounds. At the present state we have obtained model duplex and quadruplex sequences modified with acridine and NMR studies are underway. In addition to this project we have successfully resolved the structure of a fusion peptide derived from hepatitis C virus envelope synthesized by the group of Dr. Haro and we have synthesized and started the characterization of a modified G-quadruplex.

Análisis y sintonización de aplicaciones paralelas/distribuidas de bioinformática: caso de estudio mpiBLAST

En termes de temps d'execució i ús de dades, les aplicacions paral·leles/distribuïdes poden tenir execucions variables, fins i tot quan s'empra el mateix conjunt de dades d'entrada. Existeixen certs aspectes de rendiment relacionats amb l'entorn que poden afectar dinàmicament el comportament de l'aplicació, tals com: la capacitat de la memòria, latència de la xarxa, el nombre de nodes, l'heterogeneïtat dels nodes, entre d'altres. És important considerar que l'aplicació pot executar-se en diferents configuracions de maquinari i el desenvolupador d'aplicacions no port garantir que els ajustaments de rendiment per a un sistema en particular continuïn essent vàlids per a d'altres configuracions. L'anàlisi dinàmica de les aplicacions ha demostrat ser el millor enfocament per a l'anàlisi del rendiment per dues raons principals. En primer lloc, ofereix una solució molt còmoda des del punt de vista dels desenvolupadors mentre que aquests dissenyen i evaluen les seves aplicacions paral·leles. En segon lloc, perquè s'adapta millor a l'aplicació durant l'execució. Aquest enfocament no requereix la intervenció de desenvolupadors o fins i tot l'accés al codi font de l'aplicació. S'analitza l'aplicació en temps real d'execució i es considra i analitza la recerca dels possibles colls d'ampolla i optimitzacions. Per a optimitzar l'execució de l'aplicació bioinformàtica mpiBLAST, vam analitzar el seu comportament per a identificar els paràmetres que intervenen en el rendiment d'ella, com ara: l'ús de la memòria, l'ús de la xarxa, patrons d'E/S, el sistema de fitxers emprat, l'arquitectura del processador, la grandària de la base de dades biològica, la grandària de la seqüència de consulta, la distribució de les seqüències dintre d'elles, el nombre de fragments de la base de dades i/o la granularitat dels treballs assignats a cada procés. El nostre objectiu és determinar quins d'aquests paràmetres tenen major impacte en el rendiment de les aplicacions i com ajustar-los dinàmicament per a millorar el rendiment de l'aplicació. Analitzant el rendiment de l'aplicació mpiBLAST hem trobat un conjunt de dades que identifiquen cert nivell de serial·lització dintre l'execució. Reconeixent l'impacte de la caracterització de les seqüències dintre de les diferents bases de dades i una relació entre la capacitat dels workers i la granularitat de la càrrega de treball actual, aquestes podrien ser sintonitzades dinàmicament. Altres millores també inclouen optimitzacions relacionades amb el sistema de fitxers paral·lel i la possibilitat d'execució en múltiples multinucli. La grandària de gra de treball està influenciat per factors com el tipus de base de dades, la grandària de la base de dades, i la relació entre grandària de la càrrega de treball i la capacitat dels treballadors.

Bioinformática: interfaz gráfica para comparación de genomas vía web

El proyecto consiste en un entorno gráfico cuyo fin es el de visualizar, estudiar e interpretar la conservación de código genético existente entre los diferentes genomas. Una interface que permite cargar hasta ocho genomas para ser comparados en detalle, por pares o entre todos ellos a la vez. El gráfico que se muestra en la interfaz, representa los Maximal Unique Matchings entre cada par de genomas, lo que significa coincidencias de la mayor longitud posible no repetidas, en las secuencias de ADN de las especies comparadas. La finalidad es el estudio de las evoluciones que han ido apareciendo entre diferentes organismos o los genes que comparten unas especies con otras.

Teachers' reactions on students' responses: essential for an adequate task monitoring

This research project analyzes the reactions the teacher has on students' responses. Different techniques as discourse markers, types of questions and repair sequences are taken into account, but the author puts a special emphasis on non-verbal communication. To be aware of all these ways of reacting in a class interaction is essential for an adequate task monitoring

Activitats d'avaluació i ensenyament- aprenentatge en aules de secundària AICLE: un estudi de cas

La investigació que es presenta en aquest treball de recerca parteix de la necessitat d'avaluar rigorosament els programes d'innovació AICLE (Aprenentatge Integrat de Contingut i Llengua Estrangera) que es porten a terme en alguns centres educatius de secundària de Catalunya. Les dades de l'anàlisi, recollides en un institut de secundària, tenen com a punt de partida les programacions de tres unitats didàctiques AICLE de ciències en anglès a diferents nivells educatius de l'etapa de secundària obligatòria (ESO). Amb l'objectiu de poder presentar un producte entenedor i fiable s'han realitzat diverses categoritzacions dels continguts curriculars, les quals han possibilitat fer una anàlisi exhaustiva de l'existència o no d'una concordança entre les tasques d'avaluació i les tasques d'aprenentatge en les aules AICLE i alhora analitzar l'adequació d'aquestes tasques per avaluar i promoure l'assoliment de dues de les vuit competències que el currículum català defineix com a bàsiques en el currículum de l'ensenyament secundari obligatori: Cb1 (competència comunicativa) i Cb5 (competència d'aprendre a aprendre)

Alineamiento de secuencias genéticas en procesadores multicore

Este trabajo analiza el rendimiento del algoritmo de alineamiento de secuencias conocido como Needleman-Wunsch, sobre 3 sistemas de cómputo multiprocesador diferentes. Se analiza y se codifica el algoritmo serie usando el lenguaje de programación C y se plantean una serie de optimizaciones con la finalidad de minimizar el volumen y el tiempo de cómputo. Posteriormente, se realiza un análisis de las prestaciones del programa sobre los diferentes sistemas de cómputo. En la segunda parte del trabajo, se paraleliza el algoritmo serie y se codifica ayudándonos de OpenMP. El resultado son dos variantes del programa que difieren en la relación entre la cantidad de cómputo y la de comunicación. En la primera variante, la comunicación entre procesadores es poco frecuente y se realiza tras largos periodos de ejecución (granularidad gruesa). En cambio, en la segunda variante las tareas individuales son relativamente pequeñas en término de tiempo de ejecución y la comunicación entre los procesadores es frecuente (granularidad fina). Ambas variantes se ejecutan y analizan en arquitecturas multicore que explotan el paralelismo a nivel de thread. Los resultados obtenidos muestran la importancia de entender y saber analizar el efecto del multicore y multithreading en el rendimiento.

Extracció del mapa de profunditat a partir d'una seqüència d'imatges

Aquest projecte resol les fases inicials d'un altre projecte més gran que té com a objectiu la conversió automàtica de seqüències d'imatges a 3D. El projecte s'ha centrat en la reconstrucció calibrada de col·leccions d'imatges mitjançant la tècnica anomenada structure from motion. Aquesta tècnica forma part de l'àmbit de la visió per computador i s'utilitza per obtenir la posició i l'orientació de les diferents càmeres juntament amb una reconstrucció 3D de l'escena en forma de núvol de punts.

Programació d'aplicacions bioinformàtiques

Avui en dia la biologia aporta grans quantitats de dades que només la informàtica pot tractar. Les aplicacions bioinformàtiques són la més important eina d’anàlisi i comparació que tenim per entendre la vida i aconseguir desxifrar aquestes dades. Aquest projecte centra el seu esforç en l’estudi de les aplicacions dedicades a l’alineament de seqüències genètiques, i més concretament a dos algoritmes, basats en programació dinàmica i òptims: el Needleman&Wunsch i el Smith&Waterman. Amb l’objectiu de millorar el rendiment d’aquests algoritmes per a alineaments de seqüències grans, proposem diferents versions d’implementació. Busquem millorar rendiments en temps i espai. Per a aconseguir millorar els resultats aprofitem el paral·lelisme. Els resultats dels anàlisis de les versions els comparem per obtenir les dades necessàries per valorar cost, guany i rendiment.

Arts Fusió : una proposta didàctica transdisciplinària a través d’un procés d’aprenentatge creatiu

Arts Fusió és un projecte pedagògic entorn a la transdisciplinarietat artística, consistent en una recerca al voltant d'aquest concepte i dels valors formatius que aporta en processos d'aprenentatge creatiu. A partir d'aquí hem creat uns principis metodològics per orientar una didàctica cap a la fusió del teatre, la dansa, la música i les arts visuals. Per posar de manifest els beneficis de la nostra proposta hem realitzat aplicacions didàctiques en educacio artística superior i en educació secundària obligatòria. Metodològicament ens situem en el paradigma de la complexitat i basem les intervencions en una perspectiva qualitativa exploratòria, en concret dintre de la línia de la investigació avaluativa. Com a resultats del treball hem vist que la transdisciplinarietat artística pot actuar com a mitjà i com a fi educatiu segons el context en el que ens trobem.