Development of new molecular methods for the diagnosis and the study of viral diseases of fish

The increase in aquaculture operations worldwide has provided new opportunities for the transmission of aquatic viruses. The occurrence of viral diseases remains a significant limiting factor in aquaculture production and for the sustainability. The ability to identify quickly the presence/absence of a pathogenic organism in fish would have significant advantages for the aquaculture systems. Several molecular methods have found successful application in fish pathology both for confirmatory diagnosis of overt diseases and for detection of asymptomatic infections. However, a lot of different variants occur among fish host species and virus strains and consequently specific methods need to be developed and optimized for each pathogen and often also for each host species. The first chapter of this PhD thesis presents a complete description of the major viruses that infect fish and provides a relevant information regarding the most common methods and emerging technologies for the molecular diagnosis of viral diseases of fish. The development and application of a real time PCR assay for the detection and quantification of lymphocystivirus was described in the second chapter. It showed to be highly sensitive, specific, reproducible and versatile for the detection and quantitation of lymphocystivirus. The use of this technique can find multiple application such as asymptomatic carrier detection or pathogenesis studies of different LCDV strains. The third chapter, a multiplex RT-PCR (mRT-PCR) assay was developed for the simultaneous detection of viral haemorrhagic septicaemia (VHS), infectious haematopoietic necrosis (IHN), infectious pancreatic necrosis (IPN) and sleeping disease (SD) in a single assay. This method was able to efficiently detect the viral RNA in tissue samples, showing the presence of single infections and co-infections in rainbow trout samples. The mRT-PCR method was revealed to be an accurate and fast method to support traditional diagnostic techniques in the diagnosis of major viral diseases of rainbow trout.

Modifiche al protocollo di trasporto LTP per migliorarne le prestazioni in presenza di perdite elevate

La presente tesi si pone come obiettivo quello di analizzare il protocollo LTP (in particolare in ION) e proporre dei miglioramenti utili al caso in cui siano presenti perdite elevate. Piu in dettaglio, una prima parte introduttiva motiva l'inefficacia del TCP/IP in ambito interplanetario e introduce l'architettura DTN Bundle Protocol (Cap.1). La tesi prosegue con la descrizione delle specifiche del protocollo LTP (Cap.2), in particolar modo evidenziando come un bundle venga incapsulato in un blocco LTP, come questo sia successivamente diviso in tanti segmenti LTP e come questi vengano successivamente inviati con il protocollo UDP o con un protocollo analogo. Viene quindi presentata un'approfondita analisi delle penalizzazioni dovute alle perdite dei segmenti LTP, sia di tipo dati che di segnalazione (Cap. 3). Quest'analisi permette di dimostrare la criticita degli effetti delle perdite, in particolare per quello che riguarda i segmenti LTP di segnalazione. Mentre in presenza di perdite basse tali effetti hanno in media un impatto minimo sul tempo di consegna di un blocco LTP (quindi del bundle in esso contenuto), in quanto avvengono raramente, in presenza di perdite elevate rappresentano un collo di bottiglia per il tempo di consegna di un blocco LTP. A tal proposito sono state proposte alcune modifiche che permettono di migliorare le prestazioni di LTP (Cap. 4) compatibilmente con le specifiche RFC in modo da garantire l'interoperabilita con le diverse implementazioni del protocollo. Successivamente nel Cap. 5 viene mostrato come sono state implementate le modifiche proposte in ION 3.4.1. Nel capitolo finale (Cap. 6) sono presenti i risultati numerici relativi ad alcuni test preliminari eseguiti confrontando la versione originale del protocollo con le versioni modificate contenenti i miglioramenti proposti. I test sono risultati molto positivi per elevate perdite, confermando cosi la validita dell'analisi e dei miglioramenti introdotti.

Outbreaks of an ulcerative and haemorrhagic disease in Arctic char Salvelinus alpinus caused by Aeromonas salmonicida subsp. smithia

Arctic char Salvelinus alpinus farmed in different places in Austria and free of the viral diseases viral haemorrhagic septcaemia (VHS), infectious haematopoietic necrosis (IHN) and infectious pancreatic necrosis (IPN) experienced disease and mortality. Diseased fish showed skin ulceration and pathological signs of sepsis. Aeromonas sp. was isolated as pure culture from the kidney of freshly euthanized diseased fish. Three independent isolates from outbreaks that occurred on 2 of the affected farms were analyzed phylogenetically by DNA sequence analysis of the rrs and gyrB genes and phenotypically with biochemical reactions. All 3 isolates were identified as Aeromonas salmonicida subsp. smithia. Analysis of virulence genes in these isolates revealed the presence of a Type III secretion system as well as several related virulence effector genes including aexT, encoding the Aeromonas exotoxin AexT, aopP and aopH. These genes are characteristic for virulent strains of typical and atypical subspecies of A. salmonicida.

Class-Conditional Probabilistic Principal Component Analysis: application to gender recognition

Este trabajo presenta una solución al problema del reconocimiento del género de un rostro humano a partir de una imagen. Adoptamos una aproximación que utiliza la cara completa a través de la textura de la cara normalizada y redimensionada como entrada a un clasificador Näive Bayes. Presentamos la técnica de Análisis de Componentes Principales Probabilístico Condicionado-a-la-Clase (CC-PPCA) para reducir la dimensionalidad de los vectores de características para la clasificación y asegurar la asunción de independencia para el clasificador. Esta nueva aproximación tiene la deseable propiedad de presentar un modelo paramétrico sencillo para las marginales. Además, este modelo puede estimarse con muy pocos datos. En los experimentos que hemos desarrollados mostramos que CC-PPCA obtiene un 90% de acierto en la clasificación, resultado muy similar al mejor presentado en la literatura---ABSTRACT---This paper presents a solution to the problem of recognizing the gender of a human face from an image. We adopt a holistic approach by using the cropped and normalized texture of the face as input to a Naïve Bayes classifier. First it is introduced the Class-Conditional Probabilistic Principal Component Analysis (CC-PPCA) technique to reduce the dimensionality of the classification attribute vector and enforce the independence assumption of the classifier. This new approach has the desirable property of a simple parametric model for the marginals. Moreover this model can be estimated with very few data. In the experiments conducted we show that using CCPPCA we get 90% classification accuracy, which is similar result to the best in the literature. The proposed method is very simple to train and implement.

INTERVENÇÕES LÚDICAS COM MÃES DE RECÉM-NASCIDOS PRÉ-TERMO HOSPITALIZADOS

Esta pesquisa investiga a influência de intervenções lúdicas na diminuição da ansiedade materna com mães de recém-nascidos pré-termo hospitalizados, em um hospital universitário da Grande São Paulo. São estudadas 30 mães que tiveram parto prematuro, com faixa etária entre 16 e 40 anos e escolaridade até 2º grau, por meio de estudo avaliativo-interventivo-evolutivo. Inicia-se por uma entrevista psicológica semidirigida, com o objetivo de traçar o histórico gestacional, seguida de aplicação da Escala de Ansiedade, Depressão e Irritabilidade IDA, visando identificar o nível de ansiedade materna e do Inventário de Percepção Neonatal IPN-I para verificar a expectativa das mães em relação ao comportamento de choro, alimento e vômito de seus bebês pré-termo. A seguir são efetuadas intervenções grupais lúdicas em 16 encontros, um a cada semana, de 60 minutos, segundo modelo piagetiano, que estimula processos afetivosemocionais e cognitivos. Os dados relativos ao histórico gestacional revelam que 75% das mães encontram-se na segunda gestação e já sofreram aborto ou óbito fetal; têm ida de gestacional média de 31 semanas; peso médio do bebê ao nascer de 1.640g. e tempo de internação médio de 39,93 dias. Na análise do IDA em relação à ansiedade, 75% delas apresentam escore de alta intensidade (11,25), também alto quanto à depressão (10); o escore médio (3,73) da irritabilidade exteriorizada acompanha o da irritabilidade interiorizada (3,23). A correlação entre depressão e ansiedade indica que uma reação emocional segue a outra, não havendo diferença significativa importante entre ambas (p=0,306). O IPN-I comprova que as 30 mães têm expectativas em relação ao próprio filho similares aos bebês em geral, mostrando escores médios de 8,63 e 9,20, respectivamente, confirmados pelo escore 10,0 apontado em 75% da amostra, o que configura uma alta expectativa quanto aos aspectos de sono, alimentação e vômito dos bebês. A análise qualitativa revela que a criação de grupos lúdicos mostra-se favorável, com alta adesão e motivação das mães, favorecendo a diminuição da ansiedade, a adaptação à realidade vivida e a interação mãe-bebê de forma saudável durante a internação. O estudo apresenta a trajetória interventiva de três casos emblemáticos de diferentes níveis de ansiedade, ilustrando esta evolução. Estes dados sugerem que esta modalidade de intervenção caracterize-se como uma medida de prevenção, promoção e preservação da saúde física e psíquica da mãe e do recémnascido prematuro, com repercussões na família e na sociedade.(AU)

INTERVENÇÕES LÚDICAS COM MÃES DE RECÉM-NASCIDOS PRÉ-TERMO HOSPITALIZADOS

Esta pesquisa investiga a influência de intervenções lúdicas na diminuição da ansiedade materna com mães de recém-nascidos pré-termo hospitalizados, em um hospital universitário da Grande São Paulo. São estudadas 30 mães que tiveram parto prematuro, com faixa etária entre 16 e 40 anos e escolaridade até 2º grau, por meio de estudo avaliativo-interventivo-evolutivo. Inicia-se por uma entrevista psicológica semidirigida, com o objetivo de traçar o histórico gestacional, seguida de aplicação da Escala de Ansiedade, Depressão e Irritabilidade IDA, visando identificar o nível de ansiedade materna e do Inventário de Percepção Neonatal IPN-I para verificar a expectativa das mães em relação ao comportamento de choro, alimento e vômito de seus bebês pré-termo. A seguir são efetuadas intervenções grupais lúdicas em 16 encontros, um a cada semana, de 60 minutos, segundo modelo piagetiano, que estimula processos afetivosemocionais e cognitivos. Os dados relativos ao histórico gestacional revelam que 75% das mães encontram-se na segunda gestação e já sofreram aborto ou óbito fetal; têm ida de gestacional média de 31 semanas; peso médio do bebê ao nascer de 1.640g. e tempo de internação médio de 39,93 dias. Na análise do IDA em relação à ansiedade, 75% delas apresentam escore de alta intensidade (11,25), também alto quanto à depressão (10); o escore médio (3,73) da irritabilidade exteriorizada acompanha o da irritabilidade interiorizada (3,23). A correlação entre depressão e ansiedade indica que uma reação emocional segue a outra, não havendo diferença significativa importante entre ambas (p=0,306). O IPN-I comprova que as 30 mães têm expectativas em relação ao próprio filho similares aos bebês em geral, mostrando escores médios de 8,63 e 9,20, respectivamente, confirmados pelo escore 10,0 apontado em 75% da amostra, o que configura uma alta expectativa quanto aos aspectos de sono, alimentação e vômito dos bebês. A análise qualitativa revela que a criação de grupos lúdicos mostra-se favorável, com alta adesão e motivação das mães, favorecendo a diminuição da ansiedade, a adaptação à realidade vivida e a interação mãe-bebê de forma saudável durante a internação. O estudo apresenta a trajetória interventiva de três casos emblemáticos de diferentes níveis de ansiedade, ilustrando esta evolução. Estes dados sugerem que esta modalidade de intervenção caracterize-se como uma medida de prevenção, promoção e preservação da saúde física e psíquica da mãe e do recémnascido prematuro, com repercussões na família e na sociedade.(AU)

An application of fuzzy logic for hardware/software partitioning in embedded systems

Hardware/Software partitioning (HSP) is a key task for embedded system co-design. The main goal of this task is to decide which components of an application are to be executed in a general purpose processor (software) and which ones, on a specific hardware, taking into account a set of restrictions expressed by metrics. In last years, several approaches have been proposed for solving the HSP problem, directed by metaheuristic algorithms. However, due to diversity of models and metrics used, the choice of the best suited algorithm is an open problem yet. This article presents the results of applying a fuzzy approach to the HSP problem. This approach is more flexible than many others due to the fact that it is possible to accept quite good solutions or to reject other ones which do not seem good. In this work we compare six metaheuristic algorithms: Random Search, Tabu Search, Simulated Annealing, Hill Climbing, Genetic Algorithm and Evolutionary Strategy. The presented model is aimed to simultaneously minimize the hardware area and the execution time. The obtained results show that Restart Hill Climbing is the best performing algorithm in most cases.

A conceptual map about alternating current circuits

Teachers are deeply concerned on how to be more effective in our task of teaching. We must organize the contents of our specific area providing them with a logical configuration, for which we must know the mental structure of the students that we have in the classroom. We must shape this mental structure, in a progressive manner, so that they can assimilate the contents that we are trying to transfer, to make the learning as meaningful as possible. In the generative learning model, the links before the stimulus delivered by the teacher and the information stored in the mind of the learner requires an important effort by the student, who should build new conceptual meanings. That effort, which is extremely necessary for a good learning, sometimes is the missing ingredient so that the teaching-learning process can be properly assimilated. In electrical circuits, which we know are perfectly controlled and described by Ohm's law and Kirchhoff's two rules, there are two concepts that correspond to the following physical quantities: voltage and electrical resistance. These two concepts are integrated and linked when the concept of current is presented. This concept is not subordinated to the previous ones, it has the same degree of inclusiveness and gives rise to substantial relations between the three concepts, materializing it into a law: The Ohm, which allows us to relate and to calculate any of the three physical magnitudes, two of them known. The alternate current, in which both the voltage and the current are reversed dozens of times per second, plays an important role in many aspects of our modern life, because it is universally used. Its main feature is that its maximum voltage is easily modifiable through the use of transformers, which greatly facilitates its transfer with very few losses. In this paper, we present a conceptual map so that it is used as a new tool to analyze in a logical manner the underlying structure in the alternate current circuits, with the objective of providing the students from Sciences and Engineering majors with another option to try, amongst all, to achieve a significant learning of this important part of physics.

NMR imaging of the diffusion of water at 310 K into semi-IPNs of PEM and Poly(HEMA-co-THFMA)

Magnetic resonance imaging has been used to monitor the diffusion of water at 310 K into a series of semi-IPNs of poly(ethyl methacrylate), PEM, and copolymers of 2-hydroxyethyl methacrylate, HEMA, and tetrahydrofurfuryl methacrylate, THFMA. The diffusion was found to be well described by a Fickian kinetic model in the early stages of the water sorption process, and the diffusion coefficients were found to be slightly smaller than those for the copolymers of HEMA and THFMA, P(HEMA-co-THFMA), containing the same mole fraction of HEMA in the matrix. A second stage sorption process was identified in the later stage of water sorption by the PEM/PTHFMA semi-IPN and for the systems containing a P(HEMA-co-THFMA) component with a mole fraction HEMA of 0.6 or less. This was characterized by the presence of Water near the surface of the cylinders with a longer NMR T-2 relaxation time, which would be characteristic of mobile water, such as water present in large pores or surface fissures. The presence of the drug chlorhexidine in the polymer matrixes at a concentration of 5.625 wt % was found not to modify the properties significantly, but the diffusion coefficients for the water sorption were systematically smaller when the drug was present.

Afterglows, redshifts, and properties of swift gammaray bursts

We present optical, near-IR, and radio follow-up of 16 Swift bursts, including our discovery of nine afterglows and a redshift determination for three. These observations, supplemented by data from the literature, provide an afterglow recovery rate of 52% in the optical/near-IR, much higher than in previous missions (BeppoSAX, HETE-2, INTEGRAL, and IPN). The optical/near-IR afterglows of Swift events are on average 1.8 mag fainter at t = 12 hr than those of previous missions. The X-ray afterglows are similarly fainter than those of pre-Swift bursts. In the radio the limiting factor is the VLA threshold, and the detection rate for Swift bursts is similar to that for past missions. The redshift distribution of pre-Swift bursts peaked at z similar to 1, whereas the six Swift bursts with measured redshifts are distributed evenly between 0.7 and 3.2. From these results we conclude that ( 1) the pre-Swift distributions were biased in favor of bright events and low-redshift events, ( 2) the higher sensitivity and accurate positions of Swift result in a better representation of the true burst redshift and brightness distributions ( which are higher and dimmer, respectively), and (3) similar to 10% of the bursts are optically dark, as a result of a high redshift and/or dust extinction. We remark that the apparent lack of low-redshift, low-luminosity Swift bursts and the lower event rate than prelaunch estimates ( 90 vs. 150 per year) are the result of a threshold that is similar to that of BATSE. In view of these inferences, afterglow observers may find it advisable to make significant changes in follow-up strategies of Swift events. The faintness of the afterglows means that large telescopes should be employed as soon as the burst is localized. Sensitive observations in RIz and near-IR bands will be needed to discriminate between a typical z similar to 2 burst with modest extinction and a high-redshift event. Radio observations will be profitable for a small fraction (similar to 10%) of events. Finally, we suggest that a search for bright host galaxies in untriggered BAT localizations may increase the chance of finding nearby low-luminosity GRBs.

INTERVENÇÕES LÚDICAS COM MÃES DE RECÉM-NASCIDOS PRÉ-TERMO HOSPITALIZADOS

Esta pesquisa investiga a influência de intervenções lúdicas na diminuição da ansiedade materna com mães de recém-nascidos pré-termo hospitalizados, em um hospital universitário da Grande São Paulo. São estudadas 30 mães que tiveram parto prematuro, com faixa etária entre 16 e 40 anos e escolaridade até 2º grau, por meio de estudo avaliativo-interventivo-evolutivo. Inicia-se por uma entrevista psicológica semidirigida, com o objetivo de traçar o histórico gestacional, seguida de aplicação da Escala de Ansiedade, Depressão e Irritabilidade IDA, visando identificar o nível de ansiedade materna e do Inventário de Percepção Neonatal IPN-I para verificar a expectativa das mães em relação ao comportamento de choro, alimento e vômito de seus bebês pré-termo. A seguir são efetuadas intervenções grupais lúdicas em 16 encontros, um a cada semana, de 60 minutos, segundo modelo piagetiano, que estimula processos afetivosemocionais e cognitivos. Os dados relativos ao histórico gestacional revelam que 75% das mães encontram-se na segunda gestação e já sofreram aborto ou óbito fetal; têm ida de gestacional média de 31 semanas; peso médio do bebê ao nascer de 1.640g. e tempo de internação médio de 39,93 dias. Na análise do IDA em relação à ansiedade, 75% delas apresentam escore de alta intensidade (11,25), também alto quanto à depressão (10); o escore médio (3,73) da irritabilidade exteriorizada acompanha o da irritabilidade interiorizada (3,23). A correlação entre depressão e ansiedade indica que uma reação emocional segue a outra, não havendo diferença significativa importante entre ambas (p=0,306). O IPN-I comprova que as 30 mães têm expectativas em relação ao próprio filho similares aos bebês em geral, mostrando escores médios de 8,63 e 9,20, respectivamente, confirmados pelo escore 10,0 apontado em 75% da amostra, o que configura uma alta expectativa quanto aos aspectos de sono, alimentação e vômito dos bebês. A análise qualitativa revela que a criação de grupos lúdicos mostra-se favorável, com alta adesão e motivação das mães, favorecendo a diminuição da ansiedade, a adaptação à realidade vivida e a interação mãe-bebê de forma saudável durante a internação. O estudo apresenta a trajetória interventiva de três casos emblemáticos de diferentes níveis de ansiedade, ilustrando esta evolução. Estes dados sugerem que esta modalidade de intervenção caracterize-se como uma medida de prevenção, promoção e preservação da saúde física e psíquica da mãe e do recémnascido prematuro, com repercussões na família e na sociedade.(AU)

Cells, surfaces and adhesion

This thesis concerns cell adhesion to polymer surfaces with an experimental emphasis on hydrogels. The thesis begins with a review of the literature and a synthesis of recent evidence to describe the process of cell adhesion in a given situation. The importance of understanding integrin-adhesion protein interactions and adhesion protein-surface interactions is emphasised. The experimental chapters describe three areas of investigation. Firstly, in vitro cell culture techniques are used to explore a variety of surfaces including polyethylene glycol methacrylate (PEGMA) substituted hydrogels, sequence distribution modified hydrogels and worn contact lenses. Cell adhesion to PEGMA substituted gels is found to decrease with increases in polyethylene oxide chain length and correlations are made between sequence distribution and adhesion. Worn contact lenses are investigated for their cell adhesion properties in the presence of antibodies to specific adhesion proteins, demonstrating the presence of vitronectin and fibronectin on the lenses. The second experimental chapter addresses divalent cation regulation of integrin mediated cell adhesion. Several cell types and various cations are used. Zinc, previously not regarded as an important cation in the process, is found to inhibit 3T3 cell adhesion to vitronectin that is promoted by other divalent cations. The final experimental chapter concerns cell adhesion and growth on macroporous hydrogels. A variety of freeze-thaw formed porous gels are investiated and found generally to promote cell growth rate.Interpenetrating networkbased gels (IPN) are made porous by elution of dextrin particles of varying size and loading density. These materials provide the basis for synthetic cartilage. Cartilage cells (chondrocytes) plated onto the surface of the porous IPN materials maintain a rounded shape and hence phenotypic function when a critical pore size and density is achieved. In this way, a prospective implant, made porous at the perpendicular edges contacting natural cartilage can be both mechanically stabilised and encourage the maintenance of normal matrix production at the tissue interface.

Paronyms for Accelerated Correction of Semantic Errors

* Work done under partial support of Mexican Government (CONACyT, SNI), IPN (CGPI, COFAA) and Korean Government (KIPA Professorship for Visiting Faculty Positions). The second author is currently on Sabbatical leave at Chung-Ang University.

Dyskusja programowa na łamach czasopism Międzyzakładowego Komitetu Założycielskiego i Zarządu Regionu Wielkopolska NSZZ "Solidarność" w latach 1980-1981

This article analyses the programme discussion in the trade union’s press supported by the trade union’s regional structures: the Inter-Enterprise Founding Committee, and subsequently the Wielkopolska Regional Board of the Independent Self-Governing Trade Union “Solidarność”. The press of „Solidarność” in the Wielkopolska region is distinguished by two groups of articles: reprints from other independent papers and first-time published articles. This article only interprets the latter group of publications. Those articles mainly focused on dominant topics such as discussions on the trade union’s current programme and its organization, the economic reform, the preparation to local self-government elections and the trade union’s global strategy.