La conception du "dialogue" de Mikhaïl Bakhtine et ses sources sociologiques (l'exemple des "Problèmes de l'oeuvre de Dostoïevski" [1929])

Résumé: L'article porte sur la conception du « dialogue » de Mikhaïl Bakhtine dans laquelle s'articulent deux groupes d'idées : 1) la notion de « dialogue » en tant que forme de l'interaction verbale interindividuelle (l'échange des répliques) et 2) la notion de « dialogisme » comme principe qui prévoit un rapport particulier entre le « Moi » (le « Je ») et l'« Autrui ». Son but consiste à 1) analyser ces notions au sens de Bakhtine, en s'appuyant sur le texte russe des Problèmes de l'oeuvre de Dostoïevski (1929) ; et à 2) montrer leurs sources sociologiques (principalement russes). Il y est également question de la notion de « polyphonie » introduite par Bakhtine pour caractériser la particularité de la construction des romans de Dostoïevski et d'une facette des réflexions bakhtiniennes sur le rôle de la « polyphonie » chez Dostoïevski, contenues dans le texte russe de 1929, abandonnées dans la version de 1963 et, de ce fait, méconnues des chercheurs francophones n'ayant accès qu'à la traduction des Problèmes de la poétique de Dostoïevski (1963). This paper examines the conception of "dialogue" elaborated by Mikhaïl Bakhtin in which are articulated two groups of ideas : 1) the notion of "dialogue" as a form of verbal interindividual interaction (an exchange of speech) and 2) the notion of "dialogism" as a principle which implies a relation between the "Me" (the "I") and the "Other". Its aim is 1) to analyse these notions in the sens of Bakhtin, on the base of russian text of Problems of Dostoyevsky's Art (1929) and 2) to show their sociological (mainly russian) origins. The paper also deals with the notion of "polyphony" introduced by Bakhtin to characterize the particularity of Dostoyevsky's method of constructing novels and with one facet of bakhtinian reflections (expounded in the text of 1929, omitted in the version of 1963, thereby unknown by francophone researchers who have access only to the translation of Problems of Dostoyevsky's Poetics (1963)) on the role of "polyphony" in Dostoyevsky's works.

EADock : design of a new molecular docking algorithm and some of its applications

3 Summary 3. 1 English The pharmaceutical industry has been facing several challenges during the last years, and the optimization of their drug discovery pipeline is believed to be the only viable solution. High-throughput techniques do participate actively to this optimization, especially when complemented by computational approaches aiming at rationalizing the enormous amount of information that they can produce. In siiico techniques, such as virtual screening or rational drug design, are now routinely used to guide drug discovery. Both heavily rely on the prediction of the molecular interaction (docking) occurring between drug-like molecules and a therapeutically relevant target. Several softwares are available to this end, but despite the very promising picture drawn in most benchmarks, they still hold several hidden weaknesses. As pointed out in several recent reviews, the docking problem is far from being solved, and there is now a need for methods able to identify binding modes with a high accuracy, which is essential to reliably compute the binding free energy of the ligand. This quantity is directly linked to its affinity and can be related to its biological activity. Accurate docking algorithms are thus critical for both the discovery and the rational optimization of new drugs. In this thesis, a new docking software aiming at this goal is presented, EADock. It uses a hybrid evolutionary algorithm with two fitness functions, in combination with a sophisticated management of the diversity. EADock is interfaced with .the CHARMM package for energy calculations and coordinate handling. A validation was carried out on 37 crystallized protein-ligand complexes featuring 11 different proteins. The search space was defined as a sphere of 15 R around the center of mass of the ligand position in the crystal structure, and conversely to other benchmarks, our algorithms was fed with optimized ligand positions up to 10 A root mean square deviation 2MSD) from the crystal structure. This validation illustrates the efficiency of our sampling heuristic, as correct binding modes, defined by a RMSD to the crystal structure lower than 2 A, were identified and ranked first for 68% of the complexes. The success rate increases to 78% when considering the five best-ranked clusters, and 92% when all clusters present in the last generation are taken into account. Most failures in this benchmark could be explained by the presence of crystal contacts in the experimental structure. EADock has been used to understand molecular interactions involved in the regulation of the Na,K ATPase, and in the activation of the nuclear hormone peroxisome proliferatoractivated receptors a (PPARa). It also helped to understand the action of common pollutants (phthalates) on PPARy, and the impact of biotransformations of the anticancer drug Imatinib (Gleevec®) on its binding mode to the Bcr-Abl tyrosine kinase. Finally, a fragment-based rational drug design approach using EADock was developed, and led to the successful design of new peptidic ligands for the a5ß1 integrin, and for the human PPARa. In both cases, the designed peptides presented activities comparable to that of well-established ligands such as the anticancer drug Cilengitide and Wy14,643, respectively. 3.2 French Les récentes difficultés de l'industrie pharmaceutique ne semblent pouvoir se résoudre que par l'optimisation de leur processus de développement de médicaments. Cette dernière implique de plus en plus. de techniques dites "haut-débit", particulièrement efficaces lorsqu'elles sont couplées aux outils informatiques permettant de gérer la masse de données produite. Désormais, les approches in silico telles que le criblage virtuel ou la conception rationnelle de nouvelles molécules sont utilisées couramment. Toutes deux reposent sur la capacité à prédire les détails de l'interaction moléculaire entre une molécule ressemblant à un principe actif (PA) et une protéine cible ayant un intérêt thérapeutique. Les comparatifs de logiciels s'attaquant à cette prédiction sont flatteurs, mais plusieurs problèmes subsistent. La littérature récente tend à remettre en cause leur fiabilité, affirmant l'émergence .d'un besoin pour des approches plus précises du mode d'interaction. Cette précision est essentielle au calcul de l'énergie libre de liaison, qui est directement liée à l'affinité du PA potentiel pour la protéine cible, et indirectement liée à son activité biologique. Une prédiction précise est d'une importance toute particulière pour la découverte et l'optimisation de nouvelles molécules actives. Cette thèse présente un nouveau logiciel, EADock, mettant en avant une telle précision. Cet algorithme évolutionnaire hybride utilise deux pressions de sélections, combinées à une gestion de la diversité sophistiquée. EADock repose sur CHARMM pour les calculs d'énergie et la gestion des coordonnées atomiques. Sa validation a été effectuée sur 37 complexes protéine-ligand cristallisés, incluant 11 protéines différentes. L'espace de recherche a été étendu à une sphère de 151 de rayon autour du centre de masse du ligand cristallisé, et contrairement aux comparatifs habituels, l'algorithme est parti de solutions optimisées présentant un RMSD jusqu'à 10 R par rapport à la structure cristalline. Cette validation a permis de mettre en évidence l'efficacité de notre heuristique de recherche car des modes d'interactions présentant un RMSD inférieur à 2 R par rapport à la structure cristalline ont été classés premier pour 68% des complexes. Lorsque les cinq meilleures solutions sont prises en compte, le taux de succès grimpe à 78%, et 92% lorsque la totalité de la dernière génération est prise en compte. La plupart des erreurs de prédiction sont imputables à la présence de contacts cristallins. Depuis, EADock a été utilisé pour comprendre les mécanismes moléculaires impliqués dans la régulation de la Na,K ATPase et dans l'activation du peroxisome proliferatoractivated receptor a (PPARa). Il a également permis de décrire l'interaction de polluants couramment rencontrés sur PPARy, ainsi que l'influence de la métabolisation de l'Imatinib (PA anticancéreux) sur la fixation à la kinase Bcr-Abl. Une approche basée sur la prédiction des interactions de fragments moléculaires avec protéine cible est également proposée. Elle a permis la découverte de nouveaux ligands peptidiques de PPARa et de l'intégrine a5ß1. Dans les deux cas, l'activité de ces nouveaux peptides est comparable à celles de ligands bien établis, comme le Wy14,643 pour le premier, et le Cilengitide (PA anticancéreux) pour la seconde.

Comment parler du divin ? langage mythique et conception des dieux chez Dion de Pruse

Le sophiste Dion de Pruse s'est interrogé sur l'expression du divin dans quatre discours datés entre la seconde moitié du Ier et le début du IIe siècle après J.-C. (Or. XI, XII, XXX et XXXVI). Sa réflexion fait d'abord apparaître un problème de langage : il s'agit de recourir aux symboles qui conviennent le mieux au divin et qui offrent le meilleur medium de communication. Dion cherche, d'une part, à renouveler le langage mythique issu des poèmes d'Homère et d'Hésiode, car celui-ci répand des représentations immorales qui ne correspondent plus à la sensibilité religieuse du Haut Empire et qui sont incompatibles avec l'ordre civique et avec l'image du pouvoir. Il ne souhaite pas, d'autre part, rompre avec les cadres de la piété traditionnelle, et en cela il se présente bien comme un représentant de la Seconde Sophistique impliqué dans le culte traditionnel des dieux et cherchant à diffuser une religion philosophique

Conception rate of artificially inseminated Holstein cows affected by cloudy vaginal mucus, under intense heat conditions

The objective of this work was to obtain prevalence estimates of cloudy vaginal mucus in artificially inseminated Holstein cows raised under intense heat, in order to assess the effect of meteorological conditions on its occurrence during estrus and to determine its effect on conception rate. In a first study, an association was established between the occurrence of cloudy vaginal mucus during estrus and the conception rate of inseminated cows (18,620 services), raised under intense heat (mean annual temperature of 22°C), at highly technified farms, in the arid region of northern Mexico. In a second study, data from these large dairy operations were used to assess the effect of meteorological conditions throughout the year on the occurrence of cloudy vaginal mucus during artificial insemination (76,899 estruses). The overall rate of estruses with cloudy vaginal mucus was 21.4% (16,470/76,899; 95% confidence interval = 21.1-21.7%). The conception rate of cows with clean vaginal mucus was higher than that of cows with abnormal mucus (30.6 vs. 22%). Prevalence of estruses with cloudy vaginal mucus was strongly dependent on high ambient temperature and markedly higher in May and June. Acceptable conception rates in high milk-yielding Holstein cows can only be obtained with cows showing clear and translucid mucus at artificial insemination.

La conception de schémas relationnels en analyse criminelle: au-delà de la maîtrise des outils

Des techniques de visualisation sont exploitées dans les enquêtes judiciaires afin de facili- ter le traitement d'affaires d'envergure. Les éléments pertinents de l'enquête sont repré- sentés par des schémas décrivant les relations entre les événements et les entités d'inté- rêt. Les exploitations classiques de ces techniques qui s'apparentent à la construction de graphes, sont par exemple: la représentation de réseaux criminels, de trafics de marchan- dises, de chronologies d'événements, ainsi que la visualisation de relations téléphoniques et financières. Dans ce contexte, la visualisation soutient un nombre importants d'objectifs, tels qu'analyser les traces et les informations collectées, évaluer a posteriori une investiga- tion, aider à qualifier les infractions, faciliter l'appréhension d'un dossier et la prise de déci- sions au cours d'une enquête, voire soutenir une argumentation lors du procès. La pratique intègre des outils logiciels simples qui produisent des graphiques élégants et souvent per- cutants. Cette recherche tend à montrer qu'il existe des disparités étonnantes lors de l'ex- ploitation de ces techniques. Des biais de raisonnement et de perception peuvent être induits, allant jusqu'à provoquer des décisions aux conséquences parfois désastreuses. Pour mettre en évidence ces difficultés, des évaluations ont été effectuées avec des prati- ciens et des étudiants. Elles ont permis d'établir une image empirique de l'étendue des variations de conception et d'interprétation des représentations, ainsi que de leurs impacts sur la prise de décision. La nature et la diversité des concepts à représenter, l'absence de consensus sur la manière de représenter les données, la diversité des solutions visuelles envisageables, les contraintes imposées par les outils exploités et l'absence d'une forma- lisation claire du langage, sont autant de causes supposées des difficultés. Ce constat révèle la nécessité de consolider les méthodes pratiquées.

Le renforcement de la loi fédérale sur la protection des données : le cas de la protection de la vie privée dès la conception (privacy by design)

La protection des données est un élément essentiel d'un Etat de droit et une société démocratique, car elle accorde à chaque individu le droit de disposer de ce qui fait partie de sa sphère privée. Actuellement en Suisse, la loi fédérale sur la protection des données (LPD) est en vigueur depuis 1993. En 2010, l'Office fédéral de la justice a supervisé une évaluation de son efficacité : il en résulte que cette dernière a été prouvée, mais tendra à diminuer fortement dans les années à suivre. Pour causes principales : l'évolution des technologies, caractérisée notamment par le développement des moyens de traitement de données toujours plus variés et conséquents, et un manque d'informations des individus par rapport à la protection des données en générale et à leurs droits. Suite à l'évaluation, cinq objectifs de révision ont été formulés par le Conseil fédéral, dont celui d'intégrer la privacy by design ou « protection de la vie privée dès la conception » dans la loi. Ce concept, qui est également repris dans les travaux européens en cours, est développé à l'origine par l'Information and Privacy Commissionner de l'Ontario (Canada), Ann Cavoukian. Le principe général de la privacy by design est que la protection de la vie privée doit être incluse dans les systèmes traitant les données lors de leur conception. Souvent évoquée comme une solution idéale, répondant au problème de l'inadéquation de la loi par la logique de prévention qu'elle promeut, la privacy by design demeure toutefois un souhait dont l'application n'est que peu analysée. Ce travail cherche justement à répondre à la question de la manière de la mettre en oeuvre dans la législation suisse. Se basant sur les textes et la doctrine juridiques et une littérature dans les domaines de l'économie, l'informatique, la politique et la sociologie des données personnelles, il propose tout d'abord une revue générale des principes et définitions des concepts-clés de la protection des données en Suisse et dans le cadre international. Puis, il propose deux possibilités d'intégration de la privacy by design : la première est une solution privée non contraignante qui consiste à promouvoir le concept et faire en sorte que les responsables de traitement décident par eux-mêmes d'intégrer la privacy by design dans leurs projets ; ce procédé est possible grâce au renforcement du processus de certification déjà en cours. La deuxième option est une solution contraignante visant à intégrer le principe directement dans la loi et de prendre les mesures pour le rendre effectif ; ce travail montre que le développement de la figure du conseiller à la protection des données permet d'atteindre cet objectif. Enfin, des considérations générales sur l'application du principe sont abordées, telles que l'influence des développements en cours dans l'Union européenne sur la Suisse par rapport à la protection des données et la limite posée par le principe de territorialité.