Estimation des longueurs de branche et artefact sur la datation moléculaire

La phylogénie moléculaire fournit un outil complémentaire aux études paléontologiques et géologiques en permettant la construction des relations phylogénétiques entre espèces ainsi que l’estimation du temps de leur divergence. Cependant lorsqu’un arbre phylogénétique est inféré, les chercheurs se focalisent surtout sur la topologie, c'est-à-dire l’ordre de branchement relatif des différents nœuds. Les longueurs des branches de cette phylogénie sont souvent considérées comme des sous-produits, des paramètres de nuisances apportant peu d’information. Elles constituent cependant l’information primaire pour réaliser des datations moléculaires. Or la saturation, la présence de substitutions multiples à une même position, est un artefact qui conduit à une sous-estimation systématique des longueurs de branche. Nous avons décidé d’estimer l‘influence de la saturation et son impact sur l’estimation de l’âge de divergence. Nous avons choisi d’étudier le génome mitochondrial des mammifères qui est supposé avoir un niveau élevé de saturation et qui est disponible pour de nombreuses espèces. De plus, les relations phylogénétiques des mammifères sont connues, ce qui nous a permis de fixer la topologie, contrôlant ainsi un des paramètres influant la longueur des branches. Nous avons utilisé principalement deux méthodes pour améliorer la détection des substitutions multiples : (i) l’augmentation du nombre d’espèces afin de briser les plus longues branches de l’arbre et (ii) des modèles d’évolution des séquences plus ou moins réalistes. Les résultats montrèrent que la sous-estimation des longueurs de branche était très importante (jusqu'à un facteur de 3) et que l’utilisation d'un grand nombre d’espèces est un facteur qui influence beaucoup plus la détection de substitutions multiples que l’amélioration des modèles d’évolutions de séquences. Cela suggère que même les modèles d’évolution les plus complexes disponibles actuellement, (exemple: modèle CAT+Covarion, qui prend en compte l’hétérogénéité des processus de substitution entre positions et des vitesses d’évolution au cours du temps) sont encore loin de capter toute la complexité des processus biologiques. Malgré l’importance de la sous-estimation des longueurs de branche, l’impact sur les datations est apparu être relativement faible, car la sous-estimation est plus ou moins homothétique. Cela est particulièrement vrai pour les modèles d’évolution. Cependant, comme les substitutions multiples sont le plus efficacement détectées en brisant les branches en fragments les plus courts possibles via l’ajout d’espèces, se pose le problème du biais dans l’échantillonnage taxonomique, biais dû à l‘extinction pendant l’histoire de la vie sur terre. Comme ce biais entraine une sous-estimation non-homothétique, nous considérons qu’il est indispensable d’améliorer les modèles d’évolution des séquences et proposons que le protocole élaboré dans ce travail permettra d’évaluer leur efficacité vis-à-vis de la saturation.

Pour une utilisation optimale des données personnelles à des fins de recherche : vers un réseau de ressources collectives

Thèse par articles. Articles (4) annexés à la thèse en fichiers complémentaires.

Le redoublement, la réussite scolaire et l’objectif de la Scolarisation Primaire Universelle (SPU) d’ici à 2015 dans le cadre de l’Éducation Pour Tous (EPT) : cas du Sénégal à partir des données longitudinales du PASEC

L’Éducation Pour Tous mobilise la communauté internationale et les gouvernements depuis 1990. Cet engagement global renouvelé en 2000 sous l’auspice de l’UNESCO puis des Nations-Unies, porte notamment sur un objectif de base : l’universalisation de la scolarisation primaire complète pour tous les enfants d’âge scolaire à l’horizon de 2015. Plusieurs études sur la réalisation de cet objectif montrent que les pays en développement sont les plus à risque et que les progrès accomplis dans la plupart de ces pays, pourraient être plus importants si la pratique du redoublement faisait davantage l’objet de régulation et de contrôle. Cela contribuerait à améliorer la réussite scolaire et accroître la rétention des élèves au sein des systèmes éducatifs. La pratique du redoublement est en effet une tradition dans plusieurs systèmes éducatifs. Elle est particulièrement prépondérante dans certains groupes de pays ou régions, notamment en Afrique francophone au sud du Sahara. Dans ces pays, le PASEC - Programme d’Analyse des Systèmes Éducatifs de la CONFEMEN (Conférence des Ministres de l’Éducation Nationale des pays ayant le français en partage) - œuvre à améliorer l’accès à une éducation de qualité pour tous, par exemple, en informant les politiques sur la situation nationale du redoublement. Cette recherche sur le redoublement, la réussite scolaire et l’objectif de la Scolarisation Primaire Universelle (SPU) privilégie la dimension pédagogique, l’analyse empirique et étudie le cas du Sénégal. Elle présente et discute les indicateurs internationaux de suivi de l’objectif de la SPU, fait le point de l’état des connaissances sur le redoublement et la réussite scolaire et montre le défi que représente la réalisation de l’objectif de la SPU notamment dans les pays francophones d’Afrique sub-Saharienne. Exploitant les données existantes de l’enquête longitudinale de suivi de cohorte du PASEC au Sénégal entre 1995 et 2000, cette recherche examine le parcours scolaire des élèves en vue de la réalisation de l’objectif de la SPU. L’examen effectué combine des approches d’analyse transversale et longitudinale du redoublement et des apprentissages par rapport aux caractéristiques personnelles, familiales et scolaires de l’élève. Les résultats d’analyse montrent des variabilités, notamment par rapport aux caractéristiques personnelles de l’élève et à celles de sa classe et de son milieu de scolarisation. L’analyse longitudinale du redoublement s’est appuyée sur le diagramme de flux scolaire et a permis de produire un ensemble d’indicateurs d’efficacité interne du système éducatif du Sénégal. Pour la cohorte étudiée, du fait de l’importance des redoublements et des abandons scolaires, il faut en moyenne 9,4 années de scolarité pour que l’élève progresse du deuxième au sixième (dernier) grade du primaire. Seulement 39% de l’effectif de la cohorte survivent au dernier grade ce qui suggère que si cette tendance se maintenait, le Sénégal serait à risque de ne pas réaliser l’objectif de la SPU. Une évaluation de la situation courante à partir de données plus récentes serait requise. Le diagramme de flux scolaire constitue un outil de planification de l’éducation et représente de ce fait un important levier aux mains des autorités politiques pour agir sur les paramètres du système éducatif (paramètres liés à la qualité de l’éducation, à l’efficacité interne, etc.) afin de répondre à des objectifs spécifiques ou d’étapes pouvant conduire, par exemple, à la réalisation de l’objectif de la SPU.

Indigo : une approche multi-stratégique et adaptative pour un alignement sémantique intégrant le contexte des données à apparier

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Surveillance de maladies chroniques à l'aide des données administratives : cas de l'asthme au Québec

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Perceptions infirmières quant à la réalisation de la collecte des données auprès de la clientèle à l'urgence, étape préalable à la formulation du jugement clinique infirmier

Depuis l’adoption de la Loi 90 en 2002, la Loi sur les infirmières et infirmiers (LII, article 36) confère une autonomie élargie aux infirmières en reconnaissant, notamment, leur compétence et leur responsabilité à l’égard de l’évaluation clinique qui est représentée dans cette loi comme l’assise de l’exercice infirmier (Pellerin, 2009; OIIQ, 2010). La collecte des données constitue une étape fondamentale du processus d’évaluation clinique (Dillon, 2007; Doyon, Brûlé & Cloutier, 2002; Pellerin, 2009; Weber & Kelley, 2007). L’infirmière d’urgence a une responsabilité majeure à l’égard de la collecte des données. En effet, elle œuvre auprès de clientèles de tous âges qui présentent des problèmes de santé variés, aigus et parfois urgents et doit souvent intervenir, sur la base de son évaluation clinique, avant qu’un diagnostic n’ait été établi ou que le patient n’ait été vu par le médecin (Newberry & Criddle, 2005). Or, malgré toute l’importance que revêtent dorénavant l’évaluation clinique et la collecte des données au sens de la loi, ce rôle de l’infirmière semble tarder à s’actualiser dans la pratique clinique. Le but de cette étude qualitative descriptive consiste à explorer les perceptions d’infirmières, de gestionnaires en soins infirmiers et d’infirmières ressources cliniques d’urgence relativement à la réalisation de la collecte des données. La norme clinique « collecte des données » (assessment) de l’Emergency Nurses Association (1999) constitue le cadre de référence de l’étude. Cinq entrevues individuelles semi-dirigées de 60 minutes ainsi qu’un groupe de discussion de 90 minutes ont été réalisés auprès d’infirmières d’urgence. Un deuxième groupe de discussion a également réuni deux gestionnaires en soins infirmiers et deux infirmières ressources cliniques de l’urgence. Les données recueillies ont été analysées selon l’approche proposée par Miles et Huberman (2003). Les résultats obtenus démontrent que les infirmières considèrent la collecte des données comme un aspect fondamental de leur pratique à l’urgence, qui contribue à améliorer la qualité et la sécurité des soins dispensés. Or, les résultats révèlent également que leur compréhension de la collecte des données est variable, que leur pratique est aléatoire et largement influencée par le modèle biomédical. Plusieurs facteurs influencent la pratique des infirmières relativement à la collecte des données notamment : la conception individuelle de la collecte des données et du rôle infirmier, les relations et l’interaction avec les membres de l’équipe des soins infirmiers et les autres professionnels ainsi que le soutien de l’organisation et des gestionnaires en soins infirmiers. Ce dernier facteur semble prépondérant dans le contexte de l’urgence et démontre que le soutien des gestionnaires et des infirmières ressources cliniques influence de façon importante la pratique dans les milieux cliniques. Cette étude propose des pistes de réflexion sur la formation académique, la formation continue, l’administration des soins infirmiers et la collaboration interprofessionnelle qui pourraient faciliter l’actualisation du rôle des infirmières à l’égard de la collecte des données et de l’évaluation clinique afin d’améliorer la qualité des soins dispensés à l’urgence.

Accroissement de la prévalence du TDA/H, de la consommation de psychostimulants et des symptômes dépressifs : l’importance du contexte social évaluée à partir des effets d’âge, de période et de cohorte

La présente thèse de doctorat visait d’abord à valider les résultats des études antérieures démontrant un accroissement de la prévalence des problèmes de santé mentale et ensuite, à évaluer l’importance du contexte social dans l’explication des changements de prévalence, à partir des effets d’âge, de période et de cohorte. L’atteinte de ces objectifs s’est faite à partir de deux études empiriques, chacune ciblant sa propre problématique en santé mentale. La première étude, basée sur les données de l’Enquête longitudinale nationale sur les enfants et les jeunes (ELNEJ) de Statistique Canada, a permis de conclure à un accroissement réel de la prévalence du diagnostic de trouble déficitaire de l’attention/hyperactivité (TDA/H) et de la consommation de psychostimulants chez les enfants canadiens entre 1994 et 2007. Toutefois, cette tendance n’est ni constante, ni universelle, puisque des effets de période et d’âge apparaissent clairement : l’augmentation des prévalences est uniquement remarquée dans les années 2000, et survient seulement chez les enfants d’âge scolaire. L’identification d’inégalités de prévalence dues à la période historique et à l’âge des enfants souligne l’importance du contexte social dans la problématique du diagnostic de TDA/H et de la consommation de psychostimulants. La seconde étude a été réalisée à partir des données du Panel Study of Belgian Households (PSBH) et cherchait à expliquer l’accroissement des symptômes dépressifs observé ces vingt dernières années chez les adultes belges. L’utilisation de l’analyse multiniveaux longitudinale permettant la distinction des effets d’âge et des effets de cohortes a été privilégiée. Bien que l’intensité des symptômes dépressifs ait varié de manière relativement importante chez les individus au cours des années 1990, nos conclusions démontrent que les symptômes auto-rapportés de dépression sont davantage associés aux conditions de vie, qu’à la personnalité. L’augmentation résulte d’un effet de la succession des cohortes, où les individus des cohortes les plus récentes rapportent toujours une plus grande intensité de symptômes dépressifs que les individus des cohortes précédentes. Les membres d’une même cohorte de naissance partagent donc des expériences communes à un âge similaire, ce qui a un impact durable sur leurs comportements et sur leur santé mentale. De manière générale, les résultats des deux articles empiriques ont, chacun à leur manière, confirmé la réalité de l’accroissement des problèmes de santé mentale dans les sociétés occidentales contemporaines, et permis de constater que la prévalence diffère selon l’âge et la cohorte de naissance des individus, ainsi que selon la période historique, renforçant ainsi l’hypothèse de l’importance des facteurs sociaux dans l’étiologie des problèmes de santé mentale. Bien que la nature de ces facteurs n’ait pu être testée de manière directe, de nombreuses explications sociales furent tout de même proposées. À cet égard, des changements dans les normes comportementales associées à l’âge, dans les normes sociales, dans la conceptualisation des troubles mentaux, des modifications dans la sphère éducative, ainsi que des innovations pharmacologiques, médicales et technologiques constituent des explications sociales aux effets d’âge, de période et de cohorte qui ont été observés.

Comparaisons intersexes dans l'estimation des distances

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Estimation des paramètres biophysiques des cultures agricoles par télédétection aéroportée

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Analyse des données et étude systématique de la réponse des détecteurs dans le cadre du projet PICASSO

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Bootstrap for panel data models with an application to the evaluation of public policies

Le but de cette thèse est d étendre la théorie du bootstrap aux modèles de données de panel. Les données de panel s obtiennent en observant plusieurs unités statistiques sur plusieurs périodes de temps. Leur double dimension individuelle et temporelle permet de contrôler l 'hétérogénéité non observable entre individus et entre les périodes de temps et donc de faire des études plus riches que les séries chronologiques ou les données en coupe instantanée. L 'avantage du bootstrap est de permettre d obtenir une inférence plus précise que celle avec la théorie asymptotique classique ou une inférence impossible en cas de paramètre de nuisance. La méthode consiste à tirer des échantillons aléatoires qui ressemblent le plus possible à l échantillon d analyse. L 'objet statitstique d intérêt est estimé sur chacun de ses échantillons aléatoires et on utilise l ensemble des valeurs estimées pour faire de l inférence. Il existe dans la littérature certaines application du bootstrap aux données de panels sans justi cation théorique rigoureuse ou sous de fortes hypothèses. Cette thèse propose une méthode de bootstrap plus appropriée aux données de panels. Les trois chapitres analysent sa validité et son application. Le premier chapitre postule un modèle simple avec un seul paramètre et s 'attaque aux propriétés théoriques de l estimateur de la moyenne. Nous montrons que le double rééchantillonnage que nous proposons et qui tient compte à la fois de la dimension individuelle et la dimension temporelle est valide avec ces modèles. Le rééchantillonnage seulement dans la dimension individuelle n est pas valide en présence d hétérogénéité temporelle. Le ré-échantillonnage dans la dimension temporelle n est pas valide en présence d'hétérogénéité individuelle. Le deuxième chapitre étend le précédent au modèle panel de régression. linéaire. Trois types de régresseurs sont considérés : les caractéristiques individuelles, les caractéristiques temporelles et les régresseurs qui évoluent dans le temps et par individu. En utilisant un modèle à erreurs composées doubles, l'estimateur des moindres carrés ordinaires et la méthode de bootstrap des résidus, on montre que le rééchantillonnage dans la seule dimension individuelle est valide pour l'inférence sur les coe¢ cients associés aux régresseurs qui changent uniquement par individu. Le rééchantillonnage dans la dimen- sion temporelle est valide seulement pour le sous vecteur des paramètres associés aux régresseurs qui évoluent uniquement dans le temps. Le double rééchantillonnage est quand à lui est valide pour faire de l inférence pour tout le vecteur des paramètres. Le troisième chapitre re-examine l exercice de l estimateur de différence en di¤érence de Bertrand, Duflo et Mullainathan (2004). Cet estimateur est couramment utilisé dans la littérature pour évaluer l impact de certaines poli- tiques publiques. L exercice empirique utilise des données de panel provenant du Current Population Survey sur le salaire des femmes dans les 50 états des Etats-Unis d Amérique de 1979 à 1999. Des variables de pseudo-interventions publiques au niveau des états sont générées et on s attend à ce que les tests arrivent à la conclusion qu il n y a pas d e¤et de ces politiques placebos sur le salaire des femmes. Bertrand, Du o et Mullainathan (2004) montre que la non-prise en compte de l hétérogénéité et de la dépendance temporelle entraîne d importantes distorsions de niveau de test lorsqu'on évalue l'impact de politiques publiques en utilisant des données de panel. Une des solutions préconisées est d utiliser la méthode de bootstrap. La méthode de double ré-échantillonnage développée dans cette thèse permet de corriger le problème de niveau de test et donc d'évaluer correctement l'impact des politiques publiques.

Estimation des corrélations phylogénétiques entre paramètres d'évolution moléculaire et Traits d'histoire de vie

Depuis quelques années, l'évolution moléculaire cherche à caractériser les variations et l'intensité de la sélection grâce au rapport entre taux de substitution synonyme et taux de substitution non-synonyme (dN/dS). Cette mesure, dN/dS, a permis d'étudier l'histoire de la variation de l'intensité de la sélection au cours du temps ou de détecter des épisodes de la sélection positive. Les liens entre sélection et variation de taille efficace interfèrent cependant dans ces mesures. Les méthodes comparatives, quant a elle, permettent de mesurer les corrélations entre caractères quantitatifs le long d'une phylogénie. Elles sont également utilisées pour tester des hypothèses sur l'évolution corrélée des traits d'histoire de vie, mais pour être employées pour étudier les corrélations entre traits d'histoire de vie, masse, taux de substitution ou dN/dS. Nous proposons ici une approche combinant une méthode comparative basée sur le principe des contrastes indépendants et un modèle d'évolution moléculaire, dans un cadre probabiliste Bayésien. Intégrant, le long d'une phylogénie, sur les reconstructions ancestrales des traits et et de dN/dS nous estimons les covariances entre traits ainsi qu'entre traits et paramètres du modèle d'évolution moléculaire. Un modèle hiérarchique, a été implémenté dans le cadre du logiciel coevol, publié au cours de cette maitrise. Ce modèle permet l'analyse simultané de plusieurs gènes sans perdre la puissance donnée par l'ensemble de séquences. Un travail deparallélisation des calculs donne la liberté d'augmenter la taille du modèle jusqu'à l'échelle du génome. Nous étudions ici les placentaires, pour lesquels beaucoup de génomes complets et de mesures phénotypiques sont disponibles. À la lumière des théories sur les traits d'histoire de vie, notre méthode devrait permettre de caractériser l'implication de groupes de gènes dans les processus biologique liés aux phénotypes étudiés.

Comment appliquer les règles de protection des données aux transferts de données personnelles dans une société à la fois globale mais également multi-économique et multiculturelle ?

Dans son texte, l’auteur répond à une question posée lors d’une Conférence organisée conjointement par l’US Department of Commerce et le Groupe de l’article 29 et qui appelle à déterminer la façon dont les règles de protection des données doivent s’appliquer lors des transferts de données personnelles dans une société globale, multi-économique et multiculturelle. La question est pertinente dans une telle société, caractérisée par le besoin, d’une part d’assurer, sans considération de frontières, un certain régime de protection des données et d’autre part, de respecter la diversité des réalités économiques et culturelles qui se côtoient de plus en plus. L’auteur rappelle d’abord comment l’Europe a progressivement mis en place le système du droit à la protection des données personnelles. Il explique ensuite comment l’Union européenne a considéré la question de la réglementation des flux transfrontières pour en arriver au développement d’un système de protection adéquat et efficace lors des transferts de données hors de l’Union européenne. Toutefois, un tel système mis en place ne semble plus répondre de nos jours à la réalité des flux transfrontières, d’où la nécessité éventuelle de le réformer.

La protection des données de santé des athlètes dans le cadre de la lutte contre le dopage

Le dopage fait l’objet d’une intense lutte par les autorités sportives. Cet article s’intéresse à l’encadrement des renseignements personnels des athlètes qui y sont soumis. En effet, la lutte au dopage s’opère principalement par le traitement des nombreuses informations de santé que les athlètes fournissent dans le cadre de certaines procédures. L’article étudie dans une première partie les fondements de la lutte antidopage et la structure du sport aux niveaux international et canadien dans le but de contextualiser l’analyse de la protection des renseignements personnels. La seconde partie porte dans un premier temps sur le cadre général de la protection des renseignements personnels, puis sur les deux « outils » de la lutte au dopage : les autorisations pour usage à des fins thérapeutiques et les contrôles antidopage. Dans le premier cas, la protection des renseignements personnels s’effectue selon le modèle des aires de partage, où plusieurs personnes ont un accès simultané aux renseignements afin de fournir une prestation donnée. Dans le second cas, la protection est plus classique mais a la particularité de se confondre partiellement avec les mesures visant à protéger l’intégrité ­ et la validité ­ des contrôles.