The genome sequence of taurine cattle: a window to ruminant biology and evolution.

To understand the biology and evolution of ruminants, the cattle genome was sequenced to about sevenfold coverage. The cattle genome contains a minimum of 22,000 genes, with a core set of 14,345 orthologs shared among seven mammalian species of which 1217 are absent or undetected in noneutherian (marsupial or monotreme) genomes. Cattle-specific evolutionary breakpoint regions in chromosomes have a higher density of segmental duplications, enrichment of repetitive elements, and species-specific variations in genes associated with lactation and immune responsiveness. Genes involved in metabolism are generally highly conserved, although five metabolic genes are deleted or extensively diverged from their human orthologs. The cattle genome sequence thus provides a resource for understanding mammalian evolution and accelerating livestock genetic improvement for milk and meat production.

The genomic distribution of intraspecific and interspecific sequence divergence of human segmental duplications relative to human/chimpanzee chromosomal rearrangements

Background: It has been suggested that chromosomal rearrangements harbor the molecular footprint of the biological phenomena which they induce, in the form, for instance, of changes in the sequence divergence rates of linked genes. So far, all the studies of these potential associations have focused on the relationship between structural changes and the rates of evolution of single-copy DNA and have tried to exclude segmental duplications (SDs). This is paradoxical, since SDs are one of the primary forces driving the evolution of structure and function in our genomes and have been linked not only with novel genes acquiring new functions, but also with overall higher DNA sequence divergence and major chromosomal rearrangements.Results: Here we take the opposite view and focus on SDs. We analyze several of the features of SDs, including the rates of intraspecific divergence between paralogous copies of human SDs and of interspecific divergence between human SDs and chimpanzee DNA. We study how divergence measures relate to chromosomal rearrangements, while considering other factors that affect evolutionary rates in single copy DNA. Conclusion: We find that interspecific SD divergence behaves similarly to divergence of single-copy DNA. In contrast, old and recent paralogous copies of SDs do present different patterns of intraspecific divergence. Also, we show that some relatively recent SDs accumulate in regions that carry inversions in sister lineages.

The Effect of Cigarette Smoking on Diabetic Peripheral Neuropathy: A Systematic Review and Meta-Analysis.

OBJECTIVE: Studies suggest that smoking may be a risk factor for the development of microvascular complications such as diabetic peripheral neuropathy (DPN). The objective of this study was to assess the relationship between smoking and DPN in persons with type 1 or type 2 diabetes. RESEARCH DESIGN AND METHODS: A systematic review of the PubMed, Embase, and Cochrane clinical trials databases was conducted for the period from January 1966 to November 2014 for cohort, cross-sectional and case-control studies that assessed the relationship between smoking and DPN. Separate meta-analyses for prospective cohort studies and case-control or cross-sectional studies were performed using random effects models. RESULTS: Thirty-eight studies (10 prospective cohort and 28 cross-sectional) were included. The prospective cohort studies included 5558 participants without DPN at baseline. During follow-up ranging from 2 to 10 years, 1550 cases of DPN occurred. The pooled unadjusted odds ratio (OR) of developing DPN associated with smoking was 1.26 (95% CI 0.86-1.85; I(2) = 74%; evidence grade: low strength). Stratified analyses of the prospective studies revealed that studies of higher quality and with better levels of adjustment and longer follow-up showed a significant positive association between smoking and DPN, with less heterogeneity. The cross-sectional studies included 27,594 participants. The pooled OR of DPN associated with smoking was 1.42 (95% CI 1.21-1.65; I(2) = 65%; evidence grade: low strength). There was no evidence of publication bias. CONCLUSIONS: Smoking may be associated with an increased risk of DPN in persons with diabetes. Further studies are needed to test whether this association is causal and whether smoking cessation reduces the risk of DPN in adults with diabetes.

Computadores em educação química: estrutura atômica e tabela periódica

In this paper we discuss an approach for two initial topics in Chemistry: atomic structure and periodic table. The focus of this approach is the use of educational software resources in the perspective of teacher's formation.

As percepções dos professores de química geral sobre a seleção e a organização conceitual em sua disciplina

The teaching of general chemistry involves both the choice and the organization of its concepts. Although College Teachers make their choices, frequently the text books play an important role in this selection. In the present project we intend to show what are Teachers' perceptions of conceptual organization and selection as well as their perceptions of how to teach general chemistry. This demonstration is carried out through the use of metaphors from new information technologies.

Química e filosofia: rumo a uma frutífera colaboração

This review seeks to present a brief history of the philosophy of chemistry and the major issues discussed in the framework of this emerging discipline of philosophy of science, such as the question of physicalist reductionism and physical and chemical causality. In this vein, it also addresses the current debate over relevant issues of chemical world such as atomic orbitals, molecular structure, chemical bonding, models and explanations, as well as the foundations of the periodic table. Finally, the importance of the link between the philosophy of chemistry and chemistry education is analyzed, especially in relation to teacher training.

RESISTÊNCIA AO CISALHAMENTO DAS JUNTAS ADESIVAS PRODUZIDAS COM TRÊS DIFERENTES ESPÉCIES DE MADEIRAS E ADESIVOS VINÍLICOS PARA APLICAÇÕES NÃO ESTRUTURAIS

Os adesivos utilizados na colagem de madeiras para aplicações não estruturais normalmente contêm uma emulsão de poli(acetato de vinila) (PVAc) estabilizada com poli(álcool vinílico) e alguns aditivos. A ligação adesiva formada com essa classe de adesivo é pobre quando exposta à umidade e à temperatura. Nesse contexto, a classificação prévia dos adesivos utilizados para aplicações não estruturais, com resistência à umidade e à temperatura, é muito importante para a qualidade e durabilidade das juntas adesivas. Neste trabalho, foi estudada a influência de três espécies de madeiras (Fagus sylvatica L., Mimosa scabrella Bentham e Micropholis cf. venulosa Mart. & Eichler) na resistência ao cisalhamento das juntas adesivas preparadas com três adesivos vinílicos, sintetizados com diferentes concentrações do N-butoximetilacrilamida (NBMA). Os ensaios de resistência ao cisalhamento, na linha de colagem, foram realizados sob diferentes ciclos de acondicionamento das juntas adesivas. Os resultados indicaram que há diferenças significativas na resistência de colagem das juntas adesivas e na porcentagem de falha na madeira provocada, tanto pela espécie de madeira quanto pelo tipo de adesivo utilizado. Os adesivos produzidos foram classificados de acordo com a classe de durabilidade, após várias etapas de acondicionamento. Os valores mais altos de resistência ao cisalhamento foram observados nas juntas coladas com as madeiras de Micropholis cf. venulosa Mart. & Eichler e Fagus sylvatica L., com o adesivo AD-3. O menor valor de resistência ao cisalhamento foi observado nas juntas adesivas preparadas com a madeira da espécie Mimosa scabrella Bentham. A madeira Micropholis cf. venulosa Mart. & Eichler mostrou-se mais adequada para a substituição da madeira Fagus sylvatica L.

Origin of successive cambia on stem in three species of Menispermaceae

The lianas observed in this study, Abuta convexa (Vell.) Diels, Abuta imene (Mart.) Eichler, and Chondrodendron platiphyllum (A. St.-Hil.) Miers, all have successive cambia in their stems. The terminology applied to stem histology in species with successive cambia is as diverse as the interpretations of the origins of this cambial variant. Therefore, this study specifically investigates the origin of successive cambia through a developmental analysis of the above-mentioned species, including an analysis of the terminology used to describe this cambial variation. For the first time, we have identified several developmental stages giving rise to the origins of successive cambia in this family. First, the pericycle originates in 1-3 layers of conjunctive tissue. After the differentiation of the first ring, the conjunctive tissue undergoes new divisions, developing approximately 10 rows of parenchyma cells. In the middle portion, a layer of sclereids is formed, again subdividing the conjunctive tissue into two parts: internal and external. New cambia originate in the internal part, from which new secondary vascular strands will originate, giving rise to the second successive vascular ring of the stem. The external part remains parenchymatous during the installation of the second ring and will undergo new periclinal division, repeating the entire process. New cambia will originate from the neoformed strands, which will form only rays. In the literature, successive cambia are formed by a meristem called "diffuse lateral meristem."However, based on the species of Menispermaceae studied in this report, it is demonstrated that the diffuse lateral meristem is the pericycle itself.

Proliferative signaling initiated in ACTH receptors

This article reviews recent results of studies aiming to elucidate modes of integrating signals initiated in ACTH receptors and FGF2 receptors, within the network system of signal transduction found in Y1 adrenocortical cells. These modes of signal integration should be central to the mechanisms underlying the regulation of the G0->G1->S transition in the adrenal cell cycle. FGF2 elicits a strong mitogenic response in G0/G1-arrested Y1 adrenocortical cells, that includes a) rapid and transient activation of extracellular signal-regulated kinases-mitogen-activated protein kinases (ERK-MAPK) (2 to 10 min), b) transcription activation of c-fos, c-jun and c-myc genes (10 to 30 min), c) induction of c-Fos and c-Myc proteins by 1 h and cyclin D1 protein by 5 h, and d) onset of DNA synthesis stimulation within 8 h. ACTH, itself a weak mitogen, interacts with FGF2 in a complex manner, blocking the FGF2 mitogenic response during the early and middle G1 phase, keeping ERK-MAPK activation and c-Fos and cyclin D1 induction at maximal levels, but post-transcriptionally inhibiting c-Myc expression. c-Fos and c-Jun proteins are mediators in both the strong and the weak mitogenic responses respectively triggered by FGF2 and ACTH. Induction of c-Fos and stimulation of DNA synthesis by ACTH are independent of PKA and are inhibited by the PKC inhibitor GF109203X. In addition, ACTH is a poor activator of ERK-MAPK, but c-Fos induction and DNA synthesis stimulation by ACTH are strongly inhibited by the inhibitor of MEK1 PD98059.

Academics as parents--parents as academics : a study of the integration of intellectual and child-care labours /

Discussions concerning the challenges of combining work and family are certainly not new, and still actively continue. There is, however, a silence in the related literature regarding a comprehensive description of integrating specifically university academic ~. work and family responsibilities. This silence is especially evident for men who are parents as well as academics. With the participation of 4 key informants, this qualitative research study gave voice to men and women who participate in the academic labour of a Canadian university as professors, and as graduate students, along with the parenting labour of at least 1 child under the age of7. Methodology was developed to reveal in-depth perspectives regarding the work practices employed by 4 key informants as they combined intellectual and child-care responsibilities. Multiple data collection methods included journal reflections, day time observation sessions, a focus group, and a final evaluation questionnaire. Using research findings, together with information extrapolated from Three Models of the Family (Eichler, 1997), this study also took steps toward developing a Proposed "Three Models of the University," to offer explanation for the work practices of the key informants as academics/parents, and also for future consideration in university policy formation.

Cahier des charges fonctionnel pour la conception et l’évaluation des plans d’intervention

La politique québécoise de l’adaptation scolaire confirme que le plan d’intervention (PI) constitue l’outil privilégié pour répondre aux besoins des élèves handicapés ou en difficulté d’adaptation ou d’apprentissage. Toutefois, la recension des écrits nous informe que le plan d’intervention est encore loin d’être efficace. Le Ministère de l’Éducation, des Loisirs et des Sports du Québec (MELS, 2004) ainsi que l’Office of Special Education and Rehabilitative Services des U.S. department of Education (dans Eichler, 1999) ont bien identifié et présenté explicitement cinq à six fonctions du PI mais, aucun des deux organismes ne définit ce qu’est une fonction, à quoi elle sert, son importance relative et ce qu’elle implique. De plus, on retrouve, explicitement ou implicitement, soit dans le cadre de référence pour l’établissement des PI (MELS, 2004), soit dans la revue de la littérature, soit dans les milieux de pratique plusieurs autres fonctions que le PI remplit ou devrait remplir. Ce flou entourant le concept de fonction entraîne un manque de rigueur dans la conception des PI, car « lorsque la totalité des fonctions a été identifiée, elle permet le développement d’un produit répondant à l’usage attendu » (Langevin et coll., 1998). Il y a d’emblée une somme de fonctions qu’un PI remplit déjà et d’autres sûrement à remplir. Or, cela n’a pas été élucidé, précisé et validé. Le but de la présente recherche a été de définir les rôles du PI au regard des besoins de ses différents utilisateurs. Les objectifs spécifiques ont été les suivants, 1) Identifier les différents utilisateurs d’un PI, 2) Identifier les besoins des différents utilisateurs d’un PI, 3) Identifier les fonctions qu’un PI doit remplir afin de satisfaire les besoins de ses utilisateurs, 4) Créer un cahier des charges fonctionnel pour la conception et l’évaluation d’un PI, 5) Identifier certains coûts reliés à la conception d’un PI. Afin d’atteindre les objectifs précités, nous avons eu recours à la méthode de l’analyse de la valeur pédagogique (AVP) (Langevin, Rocque et Riopel, 2008). La méthode d’AVP comportait une analyse des besoins des différents utilisateurs potentiels, une analyse de la recension des écrits, une analyse des encadrements légaux, une analyse de produits types et une analyse écosystémique. En conclusion, nous avons identifié les différents utilisateurs potentiels d’un PI, identifié les différents besoins de ces utilisateurs, identifié les fonctions qu’un PI doit remplir pour satisfaire leurs besoins, crée un cahier des charges fonctionnel (CdCF) pour la conception et l’évaluation des PI et identifié certains coûts liés à la conception d’un PI. Le CdCF pourra servir à concevoir des PI et à évaluer leur efficience. Une partie du CdCF pourra aussi remplir un rôle prescriptif pour la conception d’outil de soutien à l’élaboration du PI. Enfin, le CdCF pourra servir à la formation et à la recherche en éducation.

Ordnung hilffen. Vorreformatorische Geschlechterordnung: Erste deutsche Bibel und Der Ackermann aus Böhmen

Die Dissertation leistet einen Beitrag zur Konstruktion von Geschlechterverhältnissen in der Ehe vor der Reformation. Untersucht werden zwei Texte des 15. Jahrhunderts: Die sogenannte Erste deutsche Bibel (EDB) und die Dichtung Der Ackermann aus Böhmen von Johannes von Tepl. Die Wort-für-Wort-Analyse beider Texte hat aus der zeitgebundenen deutschen Sprachgestalt spezifi-sche Denkfiguren erschlossen. Zentral ist die Gestaltung des Verhältnisses zwischen Gott und Menschen als Rechtsbeziehung Lehen. Das erste Kapitel analysiert und interpretiert die für Ehe- und Geschlechterkonzepte grund-legenden Aussagen von Genesis 1 - 4,1 und den Kanon der fünf Weisheitsbücher der EDB mit folgenden Ergebnissen: 1. Die EDB ist als Rechtsbuch zu lesen, dessen Zentrum die göttliche Herrschaft mit ihrer Rechts-ordnung ist. In diesem Rahmen wird für Mann und Frau die Ordnung Paar definiert. 2. Beide Geschlechter sind gleichwertig. Das kommt in ihren jeweiligen Handlungsfeldern (Werkordnungen) zum Ausdruck. 3. Der Begriff hilffen für die Ehefrau bedeutet Hilfe zum Heil ihres Mannes und eine spezifische Gottesnähe. Dies ist ein entscheidender Unterschied zu Luthers Bibelübersetzung, welche die Frau als untergeordnete Gehilfin des Mannes gestaltet. (Anhang III stellt die EDB-Verse der Lu-therübersetzung von 1545 gegenüber.) 4. Der Sündenfall wird als Rechtsbruch beschrieben, der den Wechsel von der Schöpfungsord-nung im Paradies zur Weltordnung auslöst, die mit den Urteilen Gottes über Frau und Mann beginnt (Genesis 3). Die Urteile fassen die Ehe in einem Diagonalkreuz, welches vier Faktoren untrennbar verbindet: Herrschaft mit Unterordnung sowie hilffen (Gebären) mit Tod. Die Ge-schlechterunterschiede sind konstituierend für die Ehe im Diagonalkreuz. In der EDB lassen sich drei Paarkonstellationen unterscheiden: die Ehe im Diagonalkreuz zwischen dem guten weib und dem weisen Mann, die Ehe ohne Diagonalkreuz zwischen dem un-weib und dem unweisen Mann und die nichteheliche Geschlechterbeziehung zwischen dem gemeinem weib und dem ee-brecher. Das zweite Kapitel der Dissertation vergleicht die alttestamentarischen Ehekonzepte der EDB mit denen der Dichtung Ackermann aus Böhmen. Die rhetorische Form des Streitgesprächs zwischen Witwer und hern Tot zeigt die Struktur eines deutschrechtlichen Prozesses. In diesem Rahmen gewinnen die gegensätzlichen Aussagen über die Ehe die Bedeutung von Rechtspositionen, die in konträren göttlichen Herrschaftsordnungen verortet werden. Die vom Witwer vertretene Herrschaftsordnung beruht auf der alttestamentarischen Rechtsordnung der EDB, während die Positionen des hern Tot diese Rechtsordnung verkehren, indem er die Herrschaftsordnung der Welt als sein Eigen definiert. Ein weiteres Ergebnis des Vergleichs zwischen der EDB und dem Ackermann aus Böhmen ist, dass sowohl die alttestamentarischen Bücher als auch die Dichtung Rechtsfiguren präsentieren. Entscheidend sind in beiden Texten die Urteile Gottes, die jeweils einen Paradigmenwechsel kon-stituieren. In der EDB wird nach dem Sündenfall die (paradiesische) Rechtsordnung in die Rechtsordnung ee gewandelt. Im Ackermann wird die alttestamentarische Rechtsordnung ee der EDB durch die ordenung Tod ersetzt, mit der zugleich die Ordnung Paar nicht mehr gilt. Die Urtei-le Gottes in der EDB definieren das Paar als zweigeschlechtlichen Menschen, das Urteil im Ackermann charakterisiert zwei Einzelmenschen: Mann oder Frau. Damit wird die zentrale Bedeutung der Ehefrau als hilffen zum Heil ihres Mannes aufgehoben, weil die wechselseitige Angewiesenheit von Mann und Frau nicht mehr gegeben ist. Insofern ist hier ein wichtiger Schritt zum reformatorischen Eheverständnis zu erkennen.

Untersuchungen zur Biofilmbildung bei dem klinischen Isolat Enterococcus faecalis 1.10

In der vorliegenden Arbeit wurde die Biofilmbildung bei einem klinischen Isolat von Enterococcus faecalis untersucht. Der Prozess der Biofilmbildung ist in mehrere Abschnitte unterteilt und beinhaltet zu Beginn eine Anhaftung von Zellen an Oberflächen. Dieser adhäsive Schritt wird unter anderem durch Pili vermittelt. Pili bei Grampositiven Mikroorganismen sind kovalent mit der Zellwand verknüpfte Proteinstrukturen, die eine Anheftung an biotische und abiotische Oberflächen sowie den Zell-Zell-Kontakt vermitteln. Bei den Analysen dieser Doktorarbeit lag ein besonderes Interesse bei eben diesen Pili, die für Enterococcus faecalis die Namen Ebp (endocarditis and biofilm associated pili) und Bee (biofilm enhancer in enterococci) tragen. Codiert werden sie durch die entsprechenden ebp-/bee-Loci, deren Aufbau unter den Grampositiven Mikroorganismen hochkonserviert ist. Die Loci bestehen aus Pilusuntereinheiten-codierenden Genen und colokalisierten Pilus-spezifischen Sortase Genen. Während in der Regel drei verschiedene Pilusuntereinheiten vorliegen, kann die Anzahl der Sortasen zwischen einer und zwei variieren. Bei den Experimenten wurde neben einer Komplementationsstudie zu einer Bee-Pilus Defekt-Mutante (1.10.16) das Hauptaugenmerk auf die Analyse des zweiten Pilus (Ebp) gelegt, um die Pilisituation bei Isolat 1.10 im Detail darzustellen Zusätzlich sollten weitere Oberflächenassoziierte Proteinstrukturen bei Isolat 1.10 detektiert werden, die gegebenenfalls an der Biofilmbildung beteiligt sind. Weitere Versuche zur Charakterisierung des Bee-Pilus wurden im Laufe dieser Arbeit durchgeführt, blieben jedoch bisher erfolglos. Die Biofilm-/Pilus-Defekt-Mutante 1.10.16 zeigte aufgrund einer Punktmutation (Pm) in der Pilus-spezifischen Sortase 1 des bee-Locus eine geschwächte Fähigkeit zur Anheftung an abiotische Oberflächen, sowie das Fehlen der Bee2 Untereinheit im Pilus. Nach Komplementation der Mutante (1.10.16K) mit dem Wildtyp-srt1 Gen, wurde die starke Biofilmbildungsfähigkeit zurück erlangt. Die Experimente zeigten, dass der Pilus-Defekt auf die Pm im srt1 Gen zurückzuführen war und der Bee-Pilus in Stamm 1.10.16K wieder korrekt gebildet wurde. Zu sehen war dies in Rasterelektronenmikroskopischen Aufnahmen und ebenfalls im massenspektrometrischen Nachweis aller 3 Pilusuntereinheiten im Bee-Pilus charakteristischen High-Molecular-Weight Komplex (~ 250 kDa). Durch Sequenzierungen konnte gezeigt werden, dass zwei Gene des ebp-Locus (ebpR und ebpC) bei Isolat 1.10 durch die Insertion von IS-Elementen IS1062 und IS6770 inaktiviert wurden. Der proteinbiochemische Nachweis über Pilusspezifische Antikörper gegen die Untereinheiten des Ebp-Pilus verlief negativ. Zusätzlich konnte gezeigt werden, dass die mRNA der beiden inaktivierten Gene nicht gebildet wurde. Dies führte folglich zum vollständigen Verlust des Ebp-Pilus bei Isolat 1.10. Zusammen mit den Ergebnissen der Komplementation konnte somit der große Einfluss mindestens eines intakten Pilus auf die Biofilmbildung gezeigt werden. Sind beide Pili durch Insertionen bzw. Mutationen inaktiviert, kommt es zu einer deutlichen Abnahme der Biofilmbildungsstärke. Dass trotzdem noch ein Biofilm gebildet wurde, zeigt den multifaktoriellen Zusammenhang bzw. Einfluss im Biofilmbildungsprozess. Über das gezielte Markieren von Oberflächenproteinen intakter Zellen mittels der Oberflächenbiotinylierung, konnten in der SDS-PAGE Unterschiede im Bandenmuster im Vergleich zur unbehandelten Probe erkannt werden. Die massenspektrometrische Identifikation dieser Proteine erfolgte bisher nicht, jedoch sind diese vorläufigen Ergebnisse vielversprechender Natur für die Identifikation und Aufklärung der Oberflächenproteinsituation bei Isolat 1.10.

Loss of Anticodon Wobble Uridine Modifications Affects tRNALys Function and Protein Levels in Saccharomyces cerevisiae

In eukaryotes, wobble uridines in the anticodons of tRNALysUUU, tRNAGluUUC and tRNAGlnUUG are modified to 5-methoxy-carbonyl-methyl-2-thio-uridine (mcm5s2U). While mutations in subunits of the Elongator complex (Elp1-Elp6), which disable mcm5 side chain formation, or removal of components of the thiolation pathway (Ncs2/Ncs6, Urm1, Uba4) are individually tolerated, the combination of both modification defects has been reported to have lethal effects on Saccharomyces cerevisiae. Contrary to such absolute requirement of mcm5s2U for viability, we demonstrate here that in the S. cerevisiae S288C-derived background, both pathways can be simultaneously inactivated, resulting in combined loss of tRNA anticodon modifications (mcm5U and s2U) without a lethal effect. However, an elp3 disruption strain displays synthetic sick interaction and synergistic temperature sensitivity when combined with either uba4 or urm1 mutations, suggesting major translational defects in the absence of mcm5s2U modifications. Consistent with this notion, we find cellular protein levels drastically decreased in an elp3uba4 double mutant and show that this effect as well as growth phenotypes can be partially rescued by excess of tRNALysUUU. These results may indicate a global translational or protein homeostasis defect in cells simultaneously lacking mcm5 and s2 wobble uridine modification that could account for growth impairment and mainly originates from tRNALysUUU hypomodification and malfunction.