Complete DNA sequence of Kuraishia capsulata illustrates novel genomic features among budding yeasts (Saccharomycotina)

The numerous yeast genome sequences presently available provide a rich source of information for functional as well as evolutionary genomics but unequally cover the large phylogenetic diversity of extant yeasts. We present here the complete sequence of the nuclear genome of the haploid-type strain of Kuraishia capsulata (CBS1993(T)), a nitrate-assimilating Saccharomycetales of uncertain taxonomy, isolated from tunnels of insect larvae underneath coniferous barks and characterized by its copious production of extracellular polysaccharides. The sequence is composed of seven scaffolds, one per chromosome, totaling 11.4 Mb and containing 6,029 protein-coding genes, ~13.5% of which being interrupted by introns. This GC-rich yeast genome (45.7%) appears phylogenetically related with the few other nitrate-assimilating yeasts sequenced so far, Ogataea polymorpha, O. parapolymorpha, and Dekkera bruxellensis, with which it shares a very reduced number of tRNA genes, a novel tRNA sparing strategy, and a common nitrate assimilation cluster, three specific features to this group of yeasts. Centromeres were recognized in GC-poor troughs of each scaffold. The strain bears MAT alpha genes at a single MAT locus and presents a significant degree of conservation with Saccharomyces cerevisiae genes, suggesting that it can perform sexual cycles in nature, although genes involved in meiosis were not all recognized. The complete absence of conservation of synteny between K. capsulata and any other yeast genome described so far, including the three other nitrate-assimilating species, validates the interest of this species for long-range evolutionary genomic studies among Saccharomycotina yeasts.

Comparative genomics of emerging pathogens in the Candida glabrata clade

BACKGROUND: Candida glabrata follows C. albicans as the second or third most prevalent cause of candidemia worldwide. These two pathogenic yeasts are distantly related, C. glabrata being part of the Nakaseomyces, a group more closely related to Saccharomyces cerevisiae. Although C. glabrata was thought to be the only pathogenic Nakaseomyces, two new pathogens have recently been described within this group: C. nivariensis and C. bracarensis. To gain insight into the genomic changes underlying the emergence of virulence, we sequenced the genomes of these two, and three other non-pathogenic Nakaseomyces, and compared them to other sequenced yeasts. RESULTS: Our results indicate that the two new pathogens are more closely related to the non-pathogenic N. delphensis than to C. glabrata. We uncover duplications and accelerated evolution that specifically affected genes in the lineage preceding the group containing N. delphensis and the three pathogens, which may provide clues to the higher propensity of this group to infect humans. Finally, the number of Epa-like adhesins is specifically enriched in the pathogens, particularly in C. glabrata. CONCLUSIONS: Remarkably, some features thought to be the result of adaptation of C. glabrata to a pathogenic lifestyle, are present throughout the Nakaseomyces, indicating these are rather ancient adaptations to other environments. Phylogeny suggests that human pathogenesis evolved several times, independently within the clade. The expansion of the EPA gene family in pathogens establishes an evolutionary link between adhesion and virulence phenotypes. Our analyses thus shed light onto the relationships between virulence and the recent genomic changes that occurred within the Nakaseomyces.

PhylomeDB v4: zooming into the plurality of evolutionary histories of a genome

Phylogenetic trees representing the evolutionary relationships of homologous genes are the entry point for many evolutionary analyses. For instance, the use of a phylogenetic tree can aid in the inference of orthology and paralogy relationships, and in the detection of relevant evolutionary events such as gene family expansions and contractions, horizontal gene transfer, recombination or incomplete lineage sorting. Similarly, given the plurality of evolutionary histories among genes encoded in a given genome, there is a need for the combined analysis of genome-wide collections of phylogenetic trees (phylomes). Here, we introduce a new release of PhylomeDB (http://phylomedb.org), a public repository of phylomes. Currently, PhylomeDB hosts 120 public phylomes, comprising >1.5 million maximum likelihood trees and multiple sequence alignments. In the current release, phylogenetic trees are annotated with taxonomic, protein-domain arrangement, functional and evolutionary information. PhylomeDB is also a major source for phylogeny-based predictions of orthology and paralogy, covering >10 million proteins across 1059 sequenced species. Here we describe newly implemented PhylomeDB features, and discuss a benchmark of the orthology predictions provided by the database, the impact of proteome updates and the use of the phylome approach in the analysis of newly sequenced genomes and transcriptomes.

eggNOG v4.0: nested orthology inference across 3686 organisms

With the increasing availability of various 'omics data, high-quality orthology assignment is crucial for evolutionary and functional genomics studies. We here present the fourth version of the eggNOG database (available at http://eggnog.embl.de) that derives nonsupervised orthologous groups (NOGs) from complete genomes, and then applies a comprehensive characterization and analysis pipeline to the resulting gene families. Compared with the previous version, we have more than tripled the underlying species set to cover 3686 organisms, keeping track with genome project completions while prioritizing the inclusion of high-quality genomes to minimize error propagation from incomplete proteome sets. Major technological advances include (i) a robust and scalable procedure for the identification and inclusion of high-quality genomes, (ii) provision of orthologous groups for 107 different taxonomic levels compared with 41 in eggNOGv3, (iii) identification and annotation of particularly closely related orthologous groups, facilitating analysis of related gene families, (iv) improvements of the clustering and functional annotation approach, (v) adoption of a revised tree building procedure based on the multiple alignments generated during the process and (vi) implementation of quality control procedures throughout the entire pipeline. As in previous versions, eggNOGv4 provides multiple sequence alignments and maximum-likelihood trees, as well as broad functional annotation. Users can access the complete database of orthologous groups via a web interface, as well as through bulk download.

Organización de la reanimación cardiopulmonar intrahospitalaria. Situación actual en España.

La parada cardiorrespiratoria (PCR) dentro del hospital es considerada una emergencia vital y está demostrado que existe una relación directa entre la respuesta asistencial y la mortalidad asociada a este evento. Los resultados del tratamiento de la PCR son un indicador de calidad de los centros sanitarios. En el caso en concreto de España, la mayoría de hospitales no disponen de un sistema organizado e integral de atención a la PCR. A pesar de los avances en medicina y tecnológicos, la tasa de supervivencia no ha variado significativamente en los últimos 30 años por lo que se ha de considerar como un problema social, económico y sanitario de gran magnitud que cabe abordar con todas las herramientas disponibles. Objetivos: Conocer cómo se organiza la reanimación cardiopulmonar (RCP) dentro del hospital y conocer los planes integrales de RCP publicados por los hospitales españoles. Metodología: Se realiza una revisión de la literatura a través de las bibliotecas indexadas Pubmed y Web of Science mediante criterios de inclusión/exclusión, uso de operadores booleanos y búsqueda bibliográfica manual. Además se realiza una entrevista a un médico referente nacional en la investigación sobre RCP. Resultados: Se han encontrado 7 planes integrales para la atención a la PCR y solo 2 de ellos están avalados por el Plan Nacional de RCP (PNRCP), miembro del Consejo Español de RCP (CERCP). Conclusiones: Existe una falta de publicaciones por parte de los hospitales españoles sobre planes integrales para la organización de la RCP que cumplan los criterios de calidad necesarios. Si bien todos los hospitales disponen de protocolos propios dirigidos a sus profesionales para la actuación en caso de PCR, estos son de uso interno y solo tienen en común entre ellos el hecho de seguir las recomendaciones de las guías del European Resuscitation Council (ERC). III Es necesario que los centros sanitarios fomenten y compartan su actividad investigadora sobre el tema. Palabras clave: parada cardíaca hospitalaria, resucitación cardiopulmonar, Plan hospitalario de resucitación.

Lyhyesti

Tiedonjulkistamisen palkinnot ; Vuoden tieteentekijä ; ERC-rahoitus ; Eurooppalaiset tieteentekijät pohtivat kestävää kehitystä ; Kaksi uutta tiedesatelliittia ; Unettomuuden lääkkeetön hoito ; Nimipäiväluettelot ; Valtakunnallista koulutus- ja tiedepolitiikkaa ; Opintojen sujuminen ; Inhorealisti on selitetty Politiikan sanakirjassa ; Syyskokous ; TSV Turun kirjamessuilla 30.9.-2.10.2011.

OpenAIRE compatibility for DSpace repositories

Workshop at Open Repositories 2014, Helsinki, Finland, June 9-13, 2014

Lyhyesti

Titanic-näyttely Tallinnassa ; Uusin Eurobarometri ; Akateeminen johtaminen ; Bioetiikan tutkimusta rockoopperana ; Verkkosivuja ; Suomen tutkimusinfrastruktuurit ; Ilmakehän pienhiukkaset ; Matti Kuusen syntymästä sata vuotta ; Kannanottoja ; ERC-rahoitus ; Uudet akateemikot.

La enfermedad respiratoria crónica: reflexiones en el contexto del sistema de salud colombiano

La enfermedad respiratoria crónica (ERC) es un problema de salud pública en Colombia, cuya gravedad va en aumento por la presencia de factores de riesgo, como el tabaquismo, que tienden a imponerse en poblaciones cada vez más jóvenes y que con el tiempo generan consecuencias a nivel físico, social y mental. La ERC comprende una serie de entidades clínicas con características propias, dadas por el sufrimiento, el aislamiento social, el deterioro fisiológico y la morbilidad asociada, que contribuyen a la limitación funcional, a la pérdida de la calidad de vida y, en definitiva, pueden convertir al individuo que la padece en un ser dependiente y sin futuro. Lo anterior lleva a un mayor consumo de recursos en salud sin que esto signifique una mejor atención, ya que en muchas oportunidades los esfuerzos aislados, la falta de normatividad, de propuestas sustentadas y el no uso de guías clínicas, entre otras causas, consienten que la intervención realizada esté destinada a paliar los síntomas presentes, pero lejos de abarcar un manejo integral, efectivo y que responda a necesidades individuales. En este artículo se pretende analizar las normas y políticas públicas que cobijan a los pacientes con ERC, los aspectos relacionados con los derechos a un tratamiento integral, seguro y real en el individuo afectado, así como los obstáculos para su realización.

The dynamics of local hiv-1 epidemics: the colombian and belgian cohorts

We aimed to characterize the HIV-1 epidemic of the Belgian and Colombian cohorts using an integrated approach that includes socio-demographic information, clinical data, and viral sequences, analyzed with statistical and phylogenetic approaches.

Caracterización de las variables nutricionales en pacientes incidentes de diálisis peritoneal rts 2011-2012

Los pacientes con enfermedad renal crónica (ERC) terminal se caracterizan por presentar alteraciones nutricionales que se perpetúan independiente de la modalidad de la Terapia de Reemplazo Renal (TRR). En la diálisis peritoneal, tanto APD (automated peritoneal dialysis) como la CAPD (continuous ambulatory peritoneal dialysis) existe un alto riesgo de pérdida de albúmina por el filtrado peritoneal, sin diferencias claras en el estatus nutricional. El presente estudio caracteriza el estado nutricional de los pacientes incidentes en diálisis peritoneal de RTS Bogotá Regional 1, con un seguimiento de un año, para conocer los cambios en las variables nutricionales. Se realizó un estudio de cohortes retrospectivo, analizando 2 grupos según el tipo de diálisis peritoneal escogida (APD o CAPD), con un análisis análisis descriptivo trimestral de las características nutricionales y posteriormente una comparación entre las 2 modalidades de TRR. Encontrando un promedio de edad de 60,8 años, la mayoría hombres y etiología principal nefropatía diabética. La mayoría de las variables nutricionales permanecieron sin cambios durante seguimiento. El Test de equilibrio peritoneal para glucosa y creatinina mostró valores promedio bajo y promedio alto y la mayoría de pacientes un rango nutricional normal. Al comparar APD y CAPD, solo se encontraron de forma aislada, diferencias significativas en algunas variables aisladas. Este es el primer estudio en Colombia que evalúa diferentes aspectos nutricionales en diálisis peritoneal. Aunque con limitaciones metodológicas, es un punto de partida para la realización de estudios más robustos que del estado nutricional de los pacientes en diálisis peritoneal

On blame-freeness and reciprocity: an experimental study

The theory of reciprocity is predicated on the assumption that people are willing to reward nice or kind acts and to punish unkind ones. This assumption raises the question as to how to define kindness. In this paper we offer a new definition of kindness that we call “blame-freeness.” Put most simply, blame-freeness states that in judging whether player i has been kind or unkind to player j in a social situation, player j would have to put himself in the strategic position of player i, while retaining his preferences, and ask if he would have acted in a manner that was worse than i did under identical circumstances. If j would have acted in a more unkind manner than i acted, then we say that j does not blame i for his behavior. If, however, j would have been nicer than i was, then we say that “j blames i” for his actions (i’s actions were blameworthy). We consider this notion a natural, intuitive and empirically relevant way to explain the motives of people engaged in reciprocal behavior. After developing the conceptual framework, we then test this concept in a laboratory experiment involving tournaments and find significant support for the theory.

La cooperación en América del Norte : de las seguridades económica y militar a la bioseguridad (2001-2009)

El nuevo orden internacional derivado de la Guerra Fría se caracterizó por la multiplicación de nuevas amenazas a la seguridad y la construcción de bloques regionales con el propósito de enfrentarlas. Esta investigación plantea que bajo tales circunstancias, en América del Norte, fue adoptada una agenda ampliada y profundizada en materia de seguridad que permitió articular las seguridades económica, militar y la bioseguridad. En este sentido, la configuración de dicha agenda fue posible gracias a la adopción de una retórica neoliberal de seguridad económica desde la puesta en marcha del Tratado de Libre Comercio en 1994, la cual luego del 11 de septiembre de 2001 fue articulada con la agenda de seguridad militar propuesta por el gobierno estadounidense en materia de lucha antiterrorista, que a su turno permitió la adopción de una retórica y unas medidas extraordinarias en materia de bioseguridad, motivada por los ataques bioterroristas con ántrax en EE.UU., el brote de SARS en Canadá y la pandemia de AH1N1 en México.

Un nacionalismo más allá de las fronteras: la transnacionalización del movimiento independentista catalán

La presente investigación tiene como objetivo identificar los procesos que han posibilitado la transnacionalización del movimiento independentista catalán entre 2010 y 2014. Por tal motivo, el análisis de este estudio de caso permitirá comprender con mayor profundidad las dinámicas de transnacionalización de una causa nacional, con las que dicho movimiento ha conseguido conectar lo local con lo global. Para ello, la recolección de datos cualitativos se hace imprescindible en la caracterización de este fenómeno social, a partir del uso de herramientas como la observación participante, entrevistas y el análisis documental. Esto, con el propósito de facilitar la obtención de información proveniente de fuentes primarias y secundarias, respetando la perspectiva de los actores involucrados. De tal manera, será posible evidenciar que estos procesos transnacionales se impulsan mutuamente, propiciando la proyección del debate sobre la independencia fuera de las fronteras catalanas.

Educaçao infantil no Brasil : a perspectiva do acesso e do financiamiento. 'Educación infantil en Brasil: la perspectiva de acceso y financiación'.

Resumen tomado de la publicación