Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of a class II phospholipase D from Loxosceles intermedia venom

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Measurement of the ratio of the p(p)over-bar -> W + c-jet cross section to the inclusive p(p)over-bar -> W + jets cross section

We present a measurement of the fraction of inclusive W +jets events produced with net charm quantum number 11, denoted W + c-jet, in p collisions at root s = 1.96 TeV using approximately 1 fb(-1) of data collected by the do detector at the Fermilab Tevatron Collider. We identify the W +jets events via the leptonic W boson decays. Candidate W + c-jet events are selected by requiring a jet containing a muon in association with a reconstructed W boson and exploiting the charge correlation between this muon and W boson decay lepton to perform a nearly model-independent background subtraction. We measure the fraction of W + c-jet events in the inclusive W +jets sample for jet PT > 20 GeV and pseudorapidity |eta| < 2.5 to be 0.074 +/- 0.019(stat.) +/-(0.012)(0.014) (syst.), in agreement with theoretical predictions. The probability that background fluctuations could produce the observed fraction of W + c-jet events is estimated to be 2.5 x 10(-4), which corresponds to a 3.5 sigma statistical significance. Published by Elsevier B.V.

Measurement of the Lifetime of the B-c(+/-) Meson in the Semileptonic Decay Channel

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Measurement of gamma + b + X and gamma + c + X Production Cross Sections in pp > Collisions at s=1.96 TeV

First measurements of the differential cross sections d(3)sigma/(dp(T)(gamma)dy(gamma)dy(jet)) for the inclusive production of a photon in association with a heavy quark (b, c) jet are presented, covering photon transverse momenta 30 < p(T)(gamma)< 150 GeV, photon rapidities |y(gamma)|< 1.0, jet rapidities |y(jet)|< 0.8, and jet transverse momenta p(T)(jet)> 15 GeV. The results are based on an integrated luminosity of 1 fb(-1) in pp collisions at s=1.96 TeV recorded with the D0 detector at the Fermilab Tevatron Collider. The results are compared with next-to-leading order perturbative QCD predictions.

Aporphine and bisaporphine alkaloids from Aristolochia lagesiana var. intermedia

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)

Kinetic and mechanistic characterization of the Sphingomyelinases D from Loxosceles intermedia spider venom

Envenomation by arachnids of the genus Loxosceles leads to local dermonecrosis and serious systemic toxicity mainly induced by sphingomyelinases D (SMase D). These enzymes catalyze the hydrolysis of sphingomyelin resulting in the formation of ceramide-phosphate and choline as well as the cleavage of lysophosphatidyl choline generating the lipid mediator lysophosphatidic acid. We have, previously, cloned and expressed two functional SMase D isoforms, named P1 and P2, from Loxosceles intertnedia venom and comparative protein sequence analysis revealed that they are highly homologous to SMase I from Loxosceles laeta which folds to form an (alpha/beta)(8) barrel. In order to further characterize these proteins, pH dependence kinetic experiments and chemical modification of the two active SMases D isoforms were performed. We show here that the amino acids involved in catalysis and in the metal ion binding sites are strictly conserved in the SMase D isoforms from L. intermedia. However, the kinetic studies indicate that SMase P1 hydrolyzes sphingomyelin less efficiently than P2, which can be attributed to a substitution at position 203 (Pro-Leu) and local amino acid substitutions in the hydrophobic channel that could probably play a role in the substrate recognition and binding. (c) 2005 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Effect of topical application of 5-FU on the corneoscleral limbus of rabbits

• Aim: To observe the effects of topical application of 5-fluorouracil (5-FU) on the rabbits corneal limbus. • Methods: 5-FU was applied topically to the corneoscleral region of rabbits eyes. The animals were sacrificed immediately or 7, 15, 30 and 60 days later, and tissues were submitted to histological examination. • Results: All animals presented corneoscleral deepithelization close to the site of application during the immediate post-operative period, whereas on the 4th postoperative day ulceration was no longer present. Histological examination showed absence of epithelium and slight edema. After one week (G2), 2 animals presented epithelial defects, thickened epithelium with larger basal cells and loose chromatin, and slight subepithelial edema. The remaining groups showed no alterations. • Conclusion: The 5-FU topically on the corneoscleral limbus postpone the epitelization.

Immunomodulation of human monocytes following exposure to Lutzomyia intermedia saliva

Abstract Background Sand fly saliva contains potent and complex pharmacologic molecules that are able to modulate the host's hemostatic, inflammatory, and immune systems. In this study, we evaluated the effects of salivary gland sonicate (SGS) of Lutzomyia intermedia, the natural vector of Leishmania braziliensis, on monocytes obtained from the peripheral blood mononuclear cells (PBMC) of healthy volunteers. We investigated the effects of sand fly saliva on cytokine production and surface molecule expression of LPS-stimulated human monocytes uninfected or infected with L. braziliensis. Results Pre-treatment of non-infected human monocytes with L. intermedia SGS followed by LPS-stimulation led to a significant decrease in IL-10 production accompanied by a significant increase in CD86, CD80, and HLA-DR expression. Pre-treatment with SGS followed by LPS stimulation and L. braziliensis infection led to a significant increase in TNF-α, IL-6, and IL-8 production without significant alterations in co-stimulatory molecule expression. However, pre-treatment with L. intermedia SGS did not result in significant changes in the infection rate of human monocytes. Conclusion Our data indicate that L. intermedia saliva is able to modulate monocyte response, and, although this modulation is dissociated from enhanced infection with L. braziliensis, it may be associated with successful parasitism.

Timing attack di Paul C. Kocher: attacco al sistema di sicurezza RSA mediante strumenti di statistica

In questa tesi ho voluto descrivere il Timing Attack al sistema crittografico RSA, il suo funzionamento, la teoria su cui si basa, i suoi punti di forza e i punti deboli. Questo particolare tipo di attacco informatico fu presentato per la prima volta da Paul C. Kocher nel 1996 all’“RSA Data Security and CRYPTO conferences”. Nel suo articolo “Timing Attacks on Implementations of Diffie-Hellman, RSA, DSS, and Other Systems” l’autore svela una nuova possibile falla nel sistema RSA, che non dipende da debolezze del crittosistema puramente matematiche, ma da un aspetto su cui nessuno prima di allora si era mai soffermato: il tempo di esecuzione delle operazioni crittografiche. Il concetto è tanto semplice quanto geniale: ogni operazione in un computer ha una certa durata. Le variazioni dei tempi impiegati per svolgere le operazioni dal computer infatti, necessariamente dipendono dal tipo di algoritmo e quindi dalle chiavi private e dal particolare input che si è fornito. In questo modo, misurando le variazioni di tempo e usando solamente strumenti statistici, Kocher mostra che è possibile ottenere informazioni sull’implementazione del crittosistema e quindi forzare RSA e altri sistemi di sicurezza, senza neppure andare a toccare l’aspetto matematico dell’algoritmo. Di centrale importanza per questa teoria diventa quindi la statistica. Questo perché entrano in gioco molte variabili che possono influire sul tempo di calcolo nella fase di decifrazione: - La progettazione del sistema crittografico - Quanto impiega la CPU ad eseguire il processo - L’algoritmo utilizzato e il tipo di implementazione - La precisione delle misurazioni - Ecc. Per avere più possibilità di successo nell’attaccare il sistema occorre quindi fare prove ripetute utilizzando la stessa chiave e input differenti per effettuare analisi di correlazione statistica delle informazioni di temporizzazione, fino al punto di recuperare completamente la chiave privata. Ecco cosa asserisce Kocher: “Against a vulnerable system, the attack is computationally inexpensive and often requires only known ciphertext.”, cioè, contro sistemi vulnerabili, l’attacco è computazionalmente poco costoso e spesso richiede solo di conoscere testi cifrati e di ottenere i tempi necessari per la loro decifrazione.

La trasformata veloce di Fourier (FFT): analisi e implementazione in C++

La trasformata di Fourier (FT) è uno strumento molto potente implementato, oggi, in un enorme numero di tecnologie. Il suo primo esempio di applicazione fu proprio il campionamento e la digitalizzazione di segnali analogici. Nel tempo l'utilizzo della FT è stato ampliato a più orizzonti in ambito digitale, basti pensare che il formato di compressione '.jpg' utilizza una FT bidimensionale, mentre uno degli ultimi esempi di applicazione si ha nell'imaging digitale in ambito medico (risonanza magnetica nucleare, tomografia assiale computerizzata TAC ecc...). Nonostante gli utilizzi della FT siano molto diversificati il suo basilare funzionamento non è mai cambiato: essa non fa altro che modificare il dominio di una funzione del tempo (un segnale) in un dominio delle frequenze, permettendo così lo studio della composizione in termini di frequenza, ampiezza e fase del segnale stesso. Parallelamente all'evoluzione in termini di applicazioni si è sviluppato uno studio volto a migliorare e ottimizzare la computazione della stessa, data l'esponenziale crescita del suo utilizzo. In questa trattazione si vuole analizzare uno degli algoritmi di ottimizzazione più celebri e utilizzati in tal senso: la trasformata veloce di Fourier (Fast Fourier Transformation o FFT). Si delineeranno quindi le caratteristiche salienti della FT, e verrà introdotto l'algoritmo di computazione tramite linguaggio C++ dedicando particolare attenzione ai limiti di applicazione di tale algoritmo e a come poter modificare opportunamente la nostra funzione in modo da ricondurci entro i limiti di validità.

C'era una volta una fabbrica: Un progetto per il recupero e la valorizzazione della corderia di Viserba

Una delle immagini iconiche del nostro pensiero è un noto quadro di Giorgio De Chirico: “Archeologi”. Manichini antropomorfi, freddi e sgradevoli sono i custodi di quell’antichità d’oro rappresentata in questo caso dagli elementi dell’architettura classica. La nostra generazione impersona oggi l’essenza di quei manichini raccontati da De Chirico: a cambiare è il contenuto architettonico e storico che portano con sè, ma l’esigenza umana di ricordare il passato e valorizzarlo resta immutata. Figli dell’epoca industriale e del consumismo, ora tocca a noi ripiantare le radici storiche del tempo che fu, che ancora oggi hanno tanta influenza sulla vita di tutti. L’ordine dei templi classici è stato sovvertito da quello delle grandi industrie abbandonate, i luoghi del culto e della preghiera pagana hanno lasciato il posto alle sale dei “rituali” fordisti e del sudore del lavoro. Siamo architetti di archeologie sommerse dall’ignoranza della nostra epoca e, attraverso di esse, tentiamo di ricucire le città dalle ferite che noi stessi le abbiamo causato.

Genotyping of human and porcine Yersinia enterocolitica, Yersinia intermedia, and Yersinia bercovieri strains from Switzerland by amplified fragment length polymorphism analysis

In this study, 231 strains of Yersinia enterocolitica, 25 strains of Y. intermedia, and 10 strains of Y. bercovieri from human and porcine sources (including reference strains) were analyzed using amplified fragment length polymorphism (AFLP), a whole-genome fingerprinting method for subtyping bacterial isolates. AFLP typing distinguished the different Yersinia species examined. Representatives of Y. enterocolitica biotypes 1A, 1B, 2, 3, and 4 belonged to biotype-related AFLP clusters and were clearly distinguished from each other. Y. enterocolitica biotypes 2, 3, and 4 appeared to be more closely related to each other (83% similarity) than to biotypes 1A (11%) and 1B (47%). Biotype 1A strains exhibited the greatest genetic heterogeneity of the biotypes studied. The biotype 1A genotypes were distributed among four major clusters, each containing strains from both human and porcine sources, confirming the zoonotic potential of this organism. The AFLP technique is a valuable genotypic method for identification and typing of Y. enterocolitica and other Yersinia spp.

Effective treatment of advanced colorectal cancer by rapamycin and 5-FU/oxaliplatin monitored by TIMP-1

AIM: The mTOR-inhibitor rapamycin has shown antitumor activity in various tumors. Bedside observations have suggested that rapamycin may be effective as a treatment for colorectal carcinomatosis. METHODS: We established an orthotopic syngenic model by transplanting CT26 peritoneal tumors in Balb/C mice and an orthotopic xenograft model by transplanting SW620 peritoneal tumors in nu/nu mice. Expression levels of tissue inhibitor of matrix-metalloproteinases 1 (TIMP-1) in the tumor and serum was determined by enzyme-linked immunosorbent assay. RESULTS: Rapamycin significantly suppressed growth of syngenic and xenografted peritoneal tumors. The effect was similar with intraperitoneal or oral rapamycin administration. Tumor suppression was further enhanced when rapamycin was combined with 5-fluorouracil and/or oxaliplatin. The combination treatment showed no acute toxicity. TIMP-1 serum levels correlated well (CC = 0.75; P < 0.01) with rapamycin treatment. CONCLUSIONS: Rapamycin suppressed advanced stage colorectal cancer, even with oral administration. Combining rapamycin with current chemotherapy regimens significantly increased antitumor efficacy without apparent toxicity. The treatment efficacy correlated with serum TIMP-1 levels, suggesting its potential as a surrogate marker in future clinical trials.