Étude et décontamination du transcriptome de novo du nématode doré Globodera rostochiensis

Le nématode doré, Globodera rostochiensis, est un nématode phytoparasite qui peut infecter des plantes agricoles telles la pomme de terre, la tomate et l’aubergine. En raison des pertes de rendement considérables associées à cet organisme, il est justifiable de quarantaine dans plusieurs pays, dont le Canada. Les kystes du nématode doré protègent les œufs qu’ils contiennent, leur permettant de survivre (en état de dormance) jusqu’à 20 ans dans le sol. L’éclosion des œufs n’aura lieu qu’en présence d’exsudats racinaires d’une plante hôte compatible à proximité. Malheureusement, très peu de connaissances sont disponibles sur les mécanismes moléculaires liés à cette étape-clé du cycle vital du nématode doré. Dans cet ouvrage, nous avons utilisé la technique RNA-seq pour séquencer tous les ARNm d’un échantillon de kystes du nématode doré afin d’assembler un transcriptome de novo (sans référence) et d’identifier des gènes jouant un rôle dans les mécanismes de survie et d’éclosion. Cette méthode nous a permis de constater que les processus d’éclosion et de parasitisme sont étroitement reliés. Plusieurs effecteurs impliqués dans le mouvement vers la plante hôte et la pénétration de la racine sont induits dès que le kyste est hydraté (avant même le déclenchement de l’éclosion). Avec l’aide du génome de référence du nématode doré, nous avons pu constater que la majorité des transcrits du transcriptome ne provenaient pas du nématode doré. En effet, les kystes échantillonnés au champ peuvent contenir des contaminants (bactéries, champignons, etc.) sur leur paroi et même à l’intérieur du kyste. Ces contaminants seront donc séquencés et assemblés avec le transcriptome de novo. Ces transcrits augmentent la taille du transcriptome et induisent des erreurs lors des analyses post-assemblages. Les méthodes de décontamination actuelles utilisent des alignements sur des bases de données d’organismes connus pour identifier ces séquences provenant de contaminants. Ces méthodes sont efficaces lorsque le ou les contaminants sont connus (possède un génome de référence) comme la contamination humaine. Par contre, lorsque le ou les contaminants sont inconnus, ces méthodes deviennent insuffisantes pour produire un transcriptome décontaminé de qualité. Nous avons donc conçu une méthode qui utilise un algorithme de regroupement hiérarchique des séquences. Cette méthode produit, de façon récursive, des sous-groupes de séquences homogènes en fonction des patrons fréquents présents dans les séquences. Une fois les groupes créés, ils sont étiquetés comme contaminants ou non en fonction des résultats d’alignements du sous-groupe. Les séquences ambiguës ayant aucun ou plusieurs alignements différents sont donc facilement classées en fonction de l’étiquette de leur groupe. Notre méthode a été efficace pour décontaminer le transcriptome du nématode doré ainsi que d’autres cas de contamination. Cette méthode fonctionne pour décontaminer un transcriptome, mais nous avons aussi démontré qu’elle a le potentiel de décontaminer de courtes séquences brutes. Décontaminer directement les séquences brutes serait la méthode de décontamination optimale, car elle minimiserait les erreurs d’assemblage.

Influence d'un incitatif financier destiné aux médecins de famille sur la gestion du diabète des Néo-Brunswickois

Résumé: Problématique : En réponse à la prévalence accrue de la maladie du diabète et au fardeau économique important que représente cette maladie sur le système de santé international, des programmes incitatifs pour les maladies chroniques furent instaurés à travers le monde. Ces programmes visent à inciter les médecins à appliquer les lignes directrices chez leurs patients avec besoin complexe en vue d’améliorer la santé des patients et par la suite de réduire les coûts incombés par le système de santé. Les programmes incitatifs étant nombreux et différents d’un pays à l’autre, les études actuelles ne semblent pas s’entendre sur les répercussions de tels programmes sur la santé des patients atteints de diabète. L’objectif de cette étude est d’évaluer les retombées d’un incitatif financier sur le contrôle glycémique de la population atteinte de diabète du Nouveau-Brunswick, au Canada. Méthodes : Cette étude transversale répétée et de cohorte a été menée grâce à des bases de données administratives du Nouveau-Brunswick contenant des données sur dix ans pour 83 580 patients adultes atteints de diabète et 583 médecins de famille éligibles. La santé des patients a été évaluée au niveau du contrôle glycémique, en mesurant les valeurs moyennes d’A1C annuelles à l’aide de régressions linéaires multivariées. Afin d’évaluer si les médecins changeaient leur pratique avec l’implantation du programme incitatif, nous regardions au niveau de la probabilité de recours annuel à au moins deux tests d’A1C en utilisant des régressions logistiques multivariées. Résultats : La probabilité de recours annuel à au moins deux tests d’A1C était plus élevée dans quatre sous-groupes étudiés : les patients nouvellement diagnostiqués après l’implantation du programme avaient des cotes plus élevées comparées aux nouveaux patients avant l’implantation du programme (OR=1.23 [1.18-1.28]); les patients pour lesquels un médecin avait réclamé l’incitatif comparés aux patients pour lesquels aucun médecin n’avait réclamé l’incitatif (OR=2.73 [2.64-2.81]); les patients pour lesquels un médecin avait réclamé l’incitatif avaient des cotes plus élevées après l’implantation du programme comparé à avant (OR=1.89 [1.80-1.98]); et finalement, les patients suivis par un médecin de famille qui a déjà réclamé l’incitatif avaient des cotes 24% plus élevées (OR=1.24 [1.15-1.34]). Il n’y avait pas de différence dans les valeurs d’A1C annuelles entre les 4 sous-groupes étudiés. Conclusion : L’implantation du programme incitatif a démontré que les médecins ont une meilleure probabilité de prescrire au moins deux tests d’A1C, ce qui suggère une meilleure prise en charge des patients. Cependant, le manque de changement au niveau du contrôle glycémique du patient suggère que l’étude des répercussions de l’incitatif devra être poursuivie afin de voir si elle mène à une amélioration d’issues cliniques chez les patients.

Facteurs individuels et environnementaux associés à la qualité de l’adaptation au début de l’adolescence des enfants qui présentaient des troubles de comportement sévères en bas âge : effet modérateur du genre.

La présente recherche s’intéresse aux élèves du primaire (6-9ans) qui ont des problèmes de comportement, en particulier les filles, et concerne la qualité de leur adaptation lors du passage à l’adolescence. À risque élevé de persistance lorsqu’ils débutent à l’enfance, les problèmes de comportement sévères sont reliés au développement de conséquences négatives futures. Par contre, dans certains cas, les jeunes ne persisteront pas dans une trajectoire de trouble de comportement à l’adolescence. Il reste tout de même à savoir si leur niveau d’adaptation est acceptable. L’étude vise d’abord à identifier, chez des enfants (N=435) en troubles de comportement précoces, des sous-groupes latents selon la qualité de leur adaptation, puis à décrire et comparer les facteurs individuels et environnementaux qui sont associés à la qualité de leur adaptation au début de l’adolescence en vérifiant l’effet modérateur du sexe. Les résultats montrent un modèle à trois classes ; un sous-groupe d’enfants présentant une adaptation positive à l’adolescence, un sous-groupe ayant une adaptation plus négative et un troisième sous-groupe où les enfants, surtout des filles, présentent une adaptation encore plus difficile. De plus, seuls trois facteurs individuels (opposition, agressivité indirecte et performance scolaire) et trois facteurs environnementaux (consommation des parents, discipline coercitive et fréquentation de pairs déviants) prédisent l’appartenance à un sous-groupe. Les résultats soutiennent l’importance d’une meilleure connaissance des facteurs prédicteurs de la qualité d’adaptation afin d’intervenir dès l’apparition des premiers indices du trouble de comportement en ciblant particulièrement les filles.

Caractérisation clinique et par la tomographie d’émission par positrons quantitative du trouble de l’acquisition de la coordination

Résumé : Le trouble de l’acquisition de la coordination (TAC), d’étiologie encore indéterminée, est une anomalie neurologique affectant environ 6% des enfants de l'âge scolaire. Le TAC se manifeste essentiellement par un déficit au niveau des exécutions motrices. Le présent travail de recherche comporte deux volets portant sur le TAC. Premièrement, une étude clinique sur 129 sujets âgés de 4 à 18 ans a permis de classifier les caractéristiques du TAC en sous-groupes cliniques. Trente-trois caractéristiques du TAC, les plus fréquemment rapportées dans la littérature, ont été recensées chez nos sujets. L'application d'évaluations statistiques a permis de faire ressortir trois classes essentielles. Le deuxième volet consistait à identifier les régions cérébrales impliquées dans une tâche motrice à l'aide de l'imagerie par la tomographie d'émission par positrons (TEP). Deux sujets avec TAC et deux sujets normaux ont été étudiés en deux séances d'imagerie TEP dont l'une au repos et l'autre en tapotant du pouce sur les doigts de la main gauche non-dominante. Les analyses du premier volet ont montré, entre autres, que le TAC touchait 3.17 garçons pour une fille, que tous les sujets étaient lents, que 47% des sujets étaient gauchers ou ambidextres alors que seulement 10% sont gauchers dans la population générale, que 26% avaient une dyspraxie verbale, et que 83% avaient été diagnostiqués anxieux. Les sujets ont été classés en trois sous-groupes: 1- maladroits et autres caractéristiques, sans problème de langage; 2- trouble de l’estime de soi et relation avec les pairs; 3- difficulté de langage. En imagerie, les structures cérébrales ont été classées selon leur captation du 18F-fluorodesoxyglucose (FDG) dans les hémisphères droit et gauche, avant et après l'activation, et en comparaison avec les sujets normaux. Trois types de structures cérébrales sont ressortis avec les statistiques: des structures activées, celles relativement non sollicitées et des structures désactivées. Il y avait plus de variations dans la captation du FDG chez les sujets avec TAC que chez les normaux. En conclusion, la caractérisation des sujets avec TAC par le diagnostic clinique et par l'imagerie peut procurer un plan de thérapie adéquat et ciblé étant donné que le TAC a un large spectre et pourrait coexister avec d'autres déficits cérébraux.

Analyse de sensibilité de l’effet d’un programme de prévention avec randomisation : application de trois techniques d’appariement pour balancer les groupes contrôle et expérimental : distance de Mahanalobis, score de propension et algorithme génétique

Les analyses effectuées dans le cadre de ce mémoire ont été réalisées à l'aide du module MatchIt disponible sous l’environnent d'analyse statistique R. / Statistical analyzes of this thesis were performed using the MatchIt package available in the statistical analysis environment R.

Analyse de la dotation en lits par groupes diagnostiques : exemple du service d'obstétrique dans les hôpitaux de zone

Ce document présente le modèe utilisé par le Service de la santé publique du canton de Vaud pour l'estimation du nombre de lits de court séjour et propose un enrichissement de ce modèle par l'utilisation de la statistique médicale VESKA. L'exemple présenté est celui de l'obstétrique, mais vaut pour d'autres secteurs de l'activité médico-hospitalières.

Caractérisation des microparticules dans les concentrés érythrocytaires : une analyse des antigènes de groupe sanguins par cytométrie de flux

Cette thèse a pour but de caractériser les microparticules isolées à partir des concentrés érythrocytaires et plus précisément de déterminer la présence d'antigènes de groupes sanguins à leur surface. Elle est divisée en trois parties, sous forme d'articles publiés à partir d'un travail de recherche mené au Centre de Transfusion Sanguine d'Epalinges. Dans l'article « Microparticles in stored red blood cells : an approach using flow cytometry and proteomic tools » publié dans Vox Sanguinis en 2008, il est question de la lésion de stockage des globules rouges. Grâce à des techniques alliant la cytométrie de flux et la protéomique, il a été montré que la génération de microparticules augmente au cours du stockage des concentrés érythrocytaires et que leur composition se modifie au cours du temps. L'article de revue « Analysis and clinical relevance of microparticles from red blood cells » publié dans Current Opinion in Hematology en 2010, explique les mécanismes de formation et d'élimination des microparticules de globules rouges. Il fait une revue des implications cliniques liées à la génération de microparticules et discute leur conséquences potentielles dans le domaine de la médecine transfusionnelle. L'article « Red blood cell microparticles and blood group antigens : an analysis by flow cytometry » publié dans Blood Transfusion en 2012, décrit l'étude des antigènes de groupe sanguins à la surface des microparticules générées à partir de concentrés érythrocytaires après ajout de calcium ionophore. Les résultats de cette étude indiquent que les antigènes de groupes sanguins appartenant aux systèmes RH, KEL, JK, FY, MNS, LE et LU sont présents à la surface des microparticules. Ces antigènes pourraient potentiellement être source d'allo-immunisation après transfusion.

Perspectives et défis de la gestion durable du sous-sol en Suisse : analyse des droits de propriété et d'usages relatifs à l'espace souterrain et aux éléments physiques du sous-sol

La présente publication s'intéresse à un nouveau domaine de recherche des politiques environnementales. Elle se propose de théoriser et d'analyser le sous-sol comme une ressource naturelle potentiellement menacée. Le sous-sol suisse est depuis quelques années l'objet d'une forte intensification des demandes d'utilisation. Une pression démographique croissante s'exerce sur le Plateau, entrainant une augmentation du nombre d'infrastructures. Parallèlement, l'accroissement général de la valeur des terrains dans les villes pousse à une utilisation accrue de l'espace souterrain. Les progrès techniques rendent possible l'implantation d'infrastructures dans presque tous les contextes géologique. Enfin, la volonté politique et sociale de voir certains ouvrages ou substances, comme les déchets nucléaires, enterrés peut s'avérer déterminante. L'approche théorique privilégiée dans cette étude pour aborder le thème de la gestion durable de l'exploitation du sous-sol est celle, développée à l'IDHEAP, des « Régimes institutionnels de ressources » (RIR). Cette démarche se caractérise par sa volonté d'aborder la gestion d'une ressource de manière globale, en faisant fi des découpages territoriaux et institutionnels. Les résultats de l'analyse des juridictions cantonales et fédérales indiquent un risque clair de surexploitation de la ressource. En cause, le flou qui règne autour de la définition des droits de propriété du sous-sol et la faible coordination des politiques publiques concernées. L'étude se conclut sur une mise en perspective des possibilités de régulation qui s'offrent aux décideurs politiques, s'ils décident de prendre en charge le risque de surexploitation du sous-sol.

Place de la spectrophotométrie du LCR dans la suspicion d'hémorragie sous-arachnoïdiennenon traumatique (HSA) : analyse rétrospective des spectrophotométries positives au CHUVentre le 1.01.2005 et le 18.11.2010

Introduction : L'HSA d'origine anévrismale est une pathologie au pronostic sombre, tout retard diagnostique exposant le patient à un risque élevé de récidives hémorragiques potentiellement fatales. La sensibilité du CT scanner étant jugée insuffisante dans cette indication, la majorité des recommandations actuelles préconisent la réalisation systématique d'une ponction lombaire après toute imagerie cérébrale négative. L'analyse spectrophotométrique du LCR permet en effet de différencier un saignement récent dans l'espace sous-arachnoïdien d'une ponction lombaire traumatique par détection de bilirubine. Or, le caractère invasif de cet examen et son manque de spécificité posent des difficultés en pratique. De plus, l'excellente sensibilité des CT de dernières générations, du moins dans les premières heures suivant la survenue de l'HSA, remet en question le dogme d'une PL systématique dans l'algorithme diagnostique d'une céphalée suspecte. Objectif : Evaluer le rendement diagnostique de la spectrophotométrie du LCR dans le cadre d'une suspicion d'HSA après une imagerie normale, afin d'en préciser les indications. Méthode : Étude monocentrique et rétrospective au Centre Hospitalier Universitaire Vaudois de Lausanne du 1er janvier 2005 au 18 novembre 2010. Extraction de toutes les spectrophotométries positives et analyse approfondie des dossiers concernés. Dans un second temps, et durant la même période, revue de tous les séjours hospitaliers comportant le diagnostic d'HSA , afin d'extraire en particulier les HSA dont le diagnostic a été établi par spectrophotométrie en raison d'une imagerie initiale négative ou non conclusive. Résultats : 869 PL du 1er janvier 2005 au 18 novembre 2010. 36 (4.1%) examens positifs (concentration de bilirubine dans le LCR > 0.3 μmol/l), dont 14 (38.9%) dans un contexte d'HSA (valeur prédictive positive de 38.9%). Sur les 14 cas positifs, 3 ont été diagnostiqués exclusivement par la PL, mais aucune dans un cadre d'HSA anévrismale. Dans la même périodepériode, 235 HSA diagnostiquées, dont 7 (2.9%) avec une imagerie cérébrale initiale négative. Sur ces 7 cas, seuls 2 ont été diagnostiqués comme une HSA d'origine anévrismale. La sensibilité du CT dans notre recherche atteint donc 99.15%. Discussion : Sur les 36 spectrophotométries positives, 22 se sont révélées a posteriori faussement positives, confirmant dès lors la faible spécificité et la faible valeur prédictive positive de l'analyse spectrophotométrique du LCR . Ces faux positifs entraînent la réalisation d'examens invasifs (angiographie cérébrale conventionnelle), dont les complications sont bien décrites. Bien que les résultats ne nous permettent pas de chiffrer le nombre potentiel d'HSA manquées faute d'un examen du LCR, aucun cas d'HSA d'origine anévrismale n'a été diagnostiqué sur la base exclusive de la PL durant la période étudiée. Cette faible spécificité appuie l'idée de développer un score clinique prédictif afin de ne réserver la PL qu'aux patients jugés à haut risque d'HSA. La PL garde néanmoins un rôle dans la détection des HSA d'origine non anévrismales. Conclusions : Lors d'une suspicion clinique d'HSA, le rendement diagnostique de l'analyse du LCR après un angio- CT cérébral normal est faible, tout comme son impact sur la prise en charge, au prix d'un nombre important de faux positifs. La PL reste certainement indiquée face à des céphalées suspectes évoluant depuis plus de 24 heures. Toutefois, au vu de l'excellente valeur prédictive négative d'un CT cérébral réalisé précocement et interprété par un neuroradiologue, cet examen ne devrait être réservé qu'aux situations à haut risque d'HSA. A cet égard, le développement d'un score prédictif validé permettrait de mieux sélectionner les candidats à une PL.

Adhésion thérapeutique en oncologie : persistance, qualité d'exécution et satisfaction des patients sous traitement oral et MEMS®

Introduction: en oncologie apparaissent sur le marché depuis quelques années de nouveaux traitements en formulation orale facilitant l'administration et améliorant la qualité de vie du patient mais augmentant le risque de non adhésion et d'erreurs de posologie. L'observation par MEMS® (Medication Event Monitoring System) permet le suivi et l'encadrement du traitement oral et par le biais d'entretiens semi structurés menés par le pharmacien, ouvre la discussion sur les problèmes révélés par cette prise en charge. Méthode: étude non randomisée prospective uni centrique regroupant 50 patients inclus dans 3 groupes de traitements oncologiques oraux courants (capecitabine, letrozole/exemestane, imatinib/sunitinib) bénéficiant d'un suivi oncologique classique et équipés d'un MEMS® pour un an maximum. La persistance et la qualité d'exécution sont les deux paramètres mesurés grâce aux données récoltées électroniquement. Les entretiens sont dédiés à la prévention de la non adhésion et à la gestion des effets secondaires médicamenteux. La satisfaction est évaluée par un questionnaire à la fin du suivi. Résultats: à ce jour 38 patients ont été inclus dans l'étude. Les données complètes sont disponibles pour les 19 premiers patients dont 10 sous capecitabine et 9 sous letrozole/exemestane. Dans ce collectif l'âge médian est de 66 ans avec une majorité de femmes (11:8). La persistance à 10 jours est de 85% et la qualité d'exécution de 99%. Les toxicités observées supérieures à grade 1 sont 1 syndrome mains-pieds (G3) et 1 syndrome coronarien aigu (G3). Le questionnaire de fin de suivi relève une satisfaction de 85% des patients pour les entretiens proposés (57% utiles, 28% très utiles, 15% inutiles) et le succès quant à l'intégration du MEMS® dans leur quotidien (57% très facile, 43% facile). Conclusion: la persistance et la qualité d'exécution observées dans notre collectif sont excellentes. La satisfaction retrouvée auprès des patients reflète le besoin d'un soutien complémentaire face à la complexité de la maladie oncologique. La gestion pluridisciplinaire profite tant aux patients qu'au binôme médecin-pharmacien par l'amélioration de la communication globale entre les divers acteurs et par l'identification précoce des risques de non adhésion. La poursuite de cette étude et l'analyse des futures données permettra de mesurer le réel impact de notre intervention et de justifier le bénéfice pour des patients sous traitement similaire.