Biochemical characterization and DNA binding properties of the MocR family member GabR, a PLP-dependent transcription factor

GabR è un fattore di trascrizione chimerico appartenente alla famiglia dei MocR/GabR, costituito da un dominio N-terminale elica-giro-elica di legame al DNA e un dominio effettore e/o di oligomerizzazione al C-terminale. I due domini sono connessi da un linker flessibile di 29 aminoacidi. Il dominio C-terminale è strutturalmente omologo agli enzimi aminotransferasici fold-type I, i quali, utilizzando il piridossal-5’-fosfato (PLP) come cofattore, sono direttamente coinvolti nel metabolismo degli aminoacidi. L’interazione contemporanea di PLP e acido γ-aminobutirrico (GABA) a GabR fa sì che questa promuova la trascrizione di due geni, gabT e gabD, implicati nel metabolismo del GABA. GabR cristallizza come un omodimero con una configurazione testa-coda. Il legame con la regione promotrice gabTD avviene attraverso il riconoscimento specifico di due sequenze dirette e ripetute (ATACCA), separate da uno spacer di 34 bp. In questo studio sono state indagate le proprietà biochimiche, strutturali e di legame al DNA della proteina GabR di Bacillus subtilis. L’analisi spettroscopica dimostra che GabR interagisce con il PLP formando l’aldimina interna, mentre in presenza di GABA si ottiene l’aldimina esterna. L’interazione fra il promotore gabTD e le forme holo e apo di GabR è stata monitorata mediante Microscopia a Forza atomica (AFM). In queste due condizioni di legame è stata stimata una Kd di circa 40 ηM. La presenza di GABA invece, determinava un incremento di circa due volte della Kd, variazioni strutturali nei complessi GabR-DNA e una riduzione del compattamento del DNA alla proteina, indipendentemente dalla sequenza del promotore in esame. Al fine di valutare il ruolo delle caratteristiche topologiche del promotore, sono state inserite cinque e dieci bp all’interno della regione spacer che separa le due sequenze ripetute dirette riconosciute da GabR. I significativi cambiamenti topologici riscontrati nel frammento aggiunto di cinque bp si riflettono anche sulla forte riduzione dell’affinità di legame verso la proteina. Al contrario, l’inserzione di 10 bp provoca solamente l’allontanamento delle sequenze ripetute dirette. L’assenza quindi di cambiamenti significativi nella topologia di questo promotore fa sì che l’affinità di legame per GabR rimanga pressoché inalterata rispetto al promotore non mutato. L’analisi del potenziale elettrostatico superficiale di GabR mostra la presenza di una fascia carica positivamente che si estende lungo un’intera faccia della proteina. Per verificare l’importanza di questa caratteristica di GabR nel meccanismo di interazione al DNA, sono stati preparati ed indagati i mutanti R129Q e K362-366Q, in cui la carica positiva superficiale risultava indebolita. L’affinità di legame dei mutanti di GabR per il DNA era inferiore rispetto alla proteina non mutata, in particolar modo nel mutante K362-366Q. Le evidenze acquisite suggeriscono che la curvatura intrinseca del promotore ed il corretto orientamento delle sequenze sulla doppia elica, più della distanza che le separa, siano critici per sostenere l’interazione con GabR. Oltre a questo, la superficie positiva di GabR è richiesta per accomodare la curvatura del DNA sul corpo della proteina. Alla luce di questo, l’interazione GabR-gabTD è un esempio di come il riconoscimento specifico di sequenze, la topologia del DNA e le caratteristiche strutturali della proteina siano contemporaneamente necessarie per sostenere un’interazione proteina-DNA stabile.

Descrição morfológica e posicionamento filogenético de um lagarto (Reptilia, Squamata) do Mioceno Inferior da Formação Chichínales, General Roca, Província de Río Negro, Argentina

Embora os escamados sejam comumente encontrados em sítios fossilíferos cenozóicos sul−americanos, materiais esqueléticos completos são raros. Apenas alguns poucos exemplares assim foram registrados, com a maioria dos achados representando materiais fragmentários de crânio e mandíbulas ou vértebras isoladas. Dentre as localidades provedoras de vertebrados fósseis na América do Sul, a Formação Chichínales se destaca pela recente descoberta, em seus sedimentos, de um crânio quase completo de um lagarto teiídeo previamente desconhecido. Dada a fauna associada, a idade da formação é definida como Mioceno Temprano (Colhuehuapense). No presente estudo, conclui−se, através de uma análise filogenética contendo 39 espécies viventes e fósseis de escamados e 149 caracteres osteológicos, que este material pertence a uma nova espécie do gênero contemporâneo Callopistes. Uma descrição morfológica detalhada do fóssil, obtida através de análises estereoscópicas e de microtomografia computadorizada de alta resolução (CT Scan), também é apresentada. A matriz morfológica foi analisada com o auxílio do software TNT Versão 1.1, seguindo o princípio de máxima parcimônia, com todos os caracteres tratados com a mesma pesagem, resultando em quatro árvores igualmente parcimoniosas, que foram então utilizadas para a construção de uma árvore de consenso estrito. Em todas as quatro árvores, o novo táxon posicionou−se dentro da família Teiidae como um membro do clado formado pelas demais espécies viventes de Callopistes. Entretanto, não foi possível estabelecer uma relação de grupo−irmão inequívoca entre as duas espécies de Callopistes presentes na análise e o fóssil. A atual distribuição das duas espécies viventes de Callopistes e a localidade de onde foi recuperado o fóssil em estudo indicam que esse gênero possuía uma distribuição muito mais ampla no passado, chegando a áreas patagônicas cis−Andinas, diferentemente das áreas trans−Andinas de altitude onde as duas espécies atuais estão restritas

Los braquiópodos del Toarciense Inferior (Jurásico) en el área de Rabaçal-Condeixa (Portugal): distribución estratigráfica y paleobiogeografía

Se estudian los braquiópodos del Toarciense Inferior de la región de Rabaçal-Condeixa (Cuenca Lusitánica). En la Zona Polymorphum se ha registrado un conjunto muy diverso que incluye taxones de las provincias Noroeste Europea y Mediterránea. También se han encontrado en esta zona las especies típicas de la llamada “Fauna de Koninckella”, supuestamente asociada a ambientes profundos o pobres en oxígeno. Los Braquiópodos desaparecen en los primeros niveles de la Zona Levisoni, cuando comienza la sedimentación del miembro Calizas nodulosas en plaquetas de la Formación S. Gião. La recuperación coincide con el registro de Soaresirhynchia bouchardi, seguido de formas características de la “Fauna Española” - especies de Telothyris, Homoeorhynchia y Choffatirhynchia - que se encuentran también en los primeros niveles de la Zona Bifrons.

Aproximação facial forense: relação entre as estruturas ósseas e a porção inferior do nariz

Este trabalho teve o propósito de avaliar a relação entre a cartilagem alar e a abertura piriforme a partir de imagens de tomografia computadorizada cone-beam e a relação do nariz com o padrão esquelético vertical da face. A pesquisa foi realizada com 96 imagens de indivíduos de ambos os sexos (49 masculino e 47 feminino), com idades entre 18 e 65 anos classificados de acordo com sua tipologia facial. Para a realização das marcações e mensurações de interesse foi utilizado o software OsiriX. A tipologia facial foi acessada através de três metodologias: índice facial, ângulo goníaco e proporção entre as alturas faciais. No corte axial da imagem de tomografia computadorizada, foram aferidas quatro grandezas lineares: largura do nariz externo, distância entre as inserções alares, extensão da base da abertura piriforme e máxima largura da abertura piriforme. Todas as grandezas foram mensuradas por dois examinadores em concordância. A análise dos resultados obtidos mostrou que há correlação entre as larguras do nariz externo e da abertura piriforme e entre a base da cavidade nasal e a distância entre as inserções alares. A largura da abertura piriforme aumenta proporcionalmente mais que a do nariz. Além disso, a tipologia facial longa associa-se à largura nasal.

Las plataformas carbonatadas y sistemas deltaicos del Aptiense-Albiense inferior del noroeste de Cantabria: registro de cambios paleoambientales y eventos anóxicos

En este trabajo se estudian los materiales del Aptiense-Albiense Inferior del sector occidental de la cuenca (sub-cuenca) Nor-Cantábrica (borde nor-occidental de la cuenca Vasco-Cantábrica), con especial énfasis en el estudio del reflejo sedimentario de los cambios paleoclimáticos acontecidos durante el intervalo de tiempo estudiado. El enfoque multidisciplinar de esta tesis, abarcando estudios estratigráficos, sedimentológicos, bioestratigráficos, paleontológicos, quimioestratigráficos, paleogeográficos y paleotectónicos, ha permitido abordar un análisis integral tanto del reflejo sedimentario que pudieron tener los cambios paleoclimáticos globales en los ambientes someros de plataforma carbonatada y terrígena, como del papel que tuvieron los factores globales, regionales y locales en el control de la sedimentación y del relevo de plataformas carbonatadas y sistemas deltaicos. Las perturbaciones ambientales y climáticas globales acaecidas durante el intervalo de estudio son: el calentamiento global relacionado con el Evento Anóxico Oceánico del Aptiense Inferior (OAE 1a), el interludio frío o cold-snap del Aptiense Superior, y el calentamiento global relacionado con el Evento Anóxico Oceánico del Albiense Inferior (OAE 1b)...

La Plataforma Triásica Alpujárride (Zonas Internas de la Cordillera Bética, España)

A partir de estudios estratigráficos, centrados en la sucesión triásica alpujárride de la Sierra de Gádor (Almería, Cordillera Bética) y su correlación con otros sectores, proponemos una columna estratigráfica sintética para la Plataforma Triásica Alpujárride. Esta columna estaría dividida en dos formaciones: una metasiliciclástica basal (subdividida en tres miembros: inferior, intermedio y superior) y una metacarbonática suprayacente (subdivididida en seis miembros, numerados del 1 al 6 de muro a techo). Esta plataforma habría sufrido una evolución morfológica en tres fases: Fase 1 de rampa homoclinal (Anisiense-Ladiniense); Fase 2 de plataforma fallada (Ladiniense-Carniense); y Fase 3 de plataforma orlada (Noriense). Además, a partir del análisis sedimentario de las asociaciones de facies reconocidas en la sucesión triásica de la Sierra de Gádor proponemos su división en cuatro secuencias deposicionales para el intervalo comprendido entre el Anisiense y el Noriense. La primera secuencia comprendería los miembros inferior e intermedio de la formación metasiliciclástica; la segunda secuencia deposicional incluiría el miembro superior de la formación metasiliciclástica y los miembros 1 y 2 de la formación metacarbonática; la tercera secuencia constaría de los miembros 3 y 4, mientras que la cuarta secuencia estaría constituida por los miembros 5 y 6.

Braquiópodos del Jurásico Inferior del norte de España en la colección Jiménez de Cisneros

Se actualizan sistemáticamente las especies de braquiópodos del Jurásico Inferior procedentes de varias localidades del N y NE de España alojados en la colección Jiménez de Cisneros, refiriéndolas a contextos actualmente contrastados, dotándolas así de un conveniente marco lito- y cronoestratigráfico. Se encuentran representados especímenes de la Rama Castellana y Aragonesa de la Cordillera Ibérica, Asturias, Pirineos y la Cordillera costera Catalana. La actualización ha permitido identificar 18 especies distintas desde el Sinemuriense al Aaleniense basal, contextualizándolas y comparándolas paleobiogeográficamente con el conjunto de plataformas que ocupaban los paleomárgenes de la Subplaca Ibérica durante el Jurásico Inferior.

Análisis paleoambiental de una sección del Plioceno Inferior en la Cuenca de Águilas (Cordillera Bética oriental)

La sección de El Barcelón, localizada en el sector interno del Arco de Águilas (Cordillera Bética oriental), registra la reinundación pliocena. Consta de una unidad basal de conglomerados, A, y una unidad B de margas limosas y areniscas glauconíticas. Los rasgos icnológicos esculpidos sobre los bloques de la unidad A, atribuibles a la icnofacies de Entobia, sugieren una transgresión rápida. En la unidad B se han reconocido tres asociaciones de foraminíferos bentónicos: una asociación I propia de ambientes epibatiales, seguida de la II, propia de medios circalitorales, y finalmente, una asociación III, infralitoral. En general, las asociaciones apuntan a condiciones eutróficas, con estrés ambiental, y a episodios de corrientes energéticas en el fondo.

A new member of Morganella.

v.32:no.6(1969)

A collection of the most approved pieces of music from various authors: transcribed while member of Harvard University, from July 1789 to July 1793

John Pierce kept this journal while he was a student at Harvard College. It consists of manuscript musical scores with annotations indicating the occasions at which the music was performed. These occasions included commencements, public exhibitions and Dudleian lectures. A note indicates that one anthem was prepared by Samuel Holyoke at Pierce's request, to be performed at Pierce's class commencement exercises, held on July 13, 1793. Several annotations were made in May 1794, the year following Pierce's graduation. There is a table of contents on the last page.

Register of the Inferior Court, 1759-1763

Contains the Inferior Court's register of debtor's cases heard for the Mayor's Court for the following counties: Orange County, Suffolk County, Westchester County, Ulster County, Duchess County, and Queens County, in New York state. The register, kept by William Wickham, cites parties to the action, sentencing, court costs, and has a name index at the end.

Member State BITS after the Treaty of Lisbon: solid foundation or first victims of EU investment policy? Research Paper in Law, 02/2012

[Introduction.] This paper discusses the uncertain future of Member State BITs with third countries in the light of the developing EU investment policy. The question will be examined on the basis of the proposed Regulation establishing transitional arrangements for bilateral investment agreements between Member States and third countries presented by the Commission on 7 July 20101 and the European Parliament’s Position adopted at first reading on 10 May 2011.2 The proposed Regulation and the Commission Communication of the same day are meant to be the “first steps in the development of an EU international investment policy”.3 The first chapters present the legal framework relevant for this question and its evolution to better understand the particular challenges of this transition process. The second chapter examines the relationship of EU law and investment law, with a brief introduction of the notion of investment law and the scope of the EU’s new investment competence. The third chapter outlines the legal framework for the continuation and termination of treaties under international and EU law. The fourth chapter concerns BITs, first covering the particular nature of BITs and then the CJEU’s judgments in the BIT Cases of 2009. The fifth chapter consists of a step by step analysis of the different provisions of the proposed Regulation.