How confident can we be that orthologs are similar, but paralogs differ?

Homologous genes are classified into orthologs and paralogs, depending on whether they arose by speciation or duplication. It is widely assumed that orthologs share similar functions, whereas paralogs are expected to diverge more from each other. But does this assumption hold up on further examination? We present evidence that orthologs and paralogs are not so different in either their evolutionary rates or their mechanisms of divergence. We emphasize the importance of appropriately designed studies to test models of gene evolution between orthologs and between paralogs. Thus, functional change between orthologs might be as common as between paralogs, and future studies should be designed to test the impact of duplication against this alternative model.

Le lien entre consommation de psychotropes et délinquance : rapport de synthèse

4. Résumés 4.1. Consommation de psychotropes et délinquance dans une perspective comparative internationale 4.1.1. Titre original de la publication et indications bibliographiques : Ribeaud, Denis (2003). << Drug use and crime >>, In: Junger-Tas, J., I. Marshall & D. Ribeaud : Delinquency in an International Perspective : The International Self-Reported Delinquency Study (ISRD), 65-90. Monsey (NY) USA & The Hague, NL: Criminal Justice Press & Kugler Publications. 4.1.2. Résumé Il s'agit ici d'un chapitre dans une monographie portant sur des analyses comparatives menées avec les données de l'International Self-Reported Delinquency Study (ISRD). Le but primaire de cette étude était d'étudier différences et similarités entre différents pays occidentaux d'une part quant à la prévalence et à l'incidence de différents types de délinquance juvénile et d'autre part quant aux facteurs de risques et aux causes de cette délinquance. L'étude a été menée - selon le pays - soit sur la base d'interviews personnelles standardisées soit sur la base de questionnaires écrits et complétés en classe. En tout, l'échantillon analysé comprend 10'843 jeunes âgés entre 14 et 21 ans et provenant des pays Suivants: Belgique, Allemagne, Angleterre et Pays de Galles, Finlande, Italie, Pays-Bas, Irlande du Nord, Portugal, Espagne, Etats-Unis, Suisse. De plus amples informations sur la méthodologie de cette étude se trouvent au deuxième chapitre de l'ouvrage. Le chapitre portant sur la consommation de psychotropes ainsi que sur le lien entre consommation de psychotropes et délinquance traite les questions de recherche esquissées au chapitre précédent. Elles sont brièvement récapitulées ci-dessous ensemble avec les méthodes choisies pour les analyses correspondantes ainsi que les résultats qui en ont découlé. La première question - d'ordre méthodologique - porte sur l'appréciation de la validité externe des taux de prévalence trouvés dans l'échantillon ISRD. La validité externe a été établie en corrélant les taux de prévalence ISRD avec ceux trouvés dans cinq autres études présentant des taux méthodologiquement comparables. Les résultats suggèrent que la validité externe peut être caractérisée de satisfaisante pour autant que les comparaisons soient menées avec des séries de données de qualité - soit d'un niveau de standardisation - comparable à celle des données ISRD. La validité des données ayant été établie, nous avons ensuite comparé la prévalence de la consommation de cannabis et d'un groupe de substances dites « dures » (héroïne, cocaïne, LSD, amphétamines et autres produits stupéfiants de synthèse) entre les différents échantillons étudiés. Les résultats montrent tout d'abord des différences fort prononcées entre les différents pays et villes étudiés. Ensuite, on constate une corrélation prononcée entre les taux de consommation de cannabis et ceux d'autres stupéfiants. De manière générale, les pays anglophones présentent les taux de consommation les plus élevés. Les taux de consommation de « drogues dures » plus élevé dans ces pays s'expliquent pour une bonne partie du fait de la disponibilité dans ces pays de produits stupéfiants de synthèse encore largement inconnus à l'époque sur le continent. Nous avons ensuite étudié les différences de sexe par rapport à la consommation de psychotropes. Dans le groupe des 14 à 18 ans qui est typiquement celui avec les taux de délinquance les plus élevés, ces différences sont plus atténuées que pour d'autres types de délinquance juvénile. En comparant les différents échantillons l'on décèle à nouveau de grandes variations entre les pays étudiés : Contrairement aux autres échantillons, l'Angleterre, la Finlande, les Etats-Unis et l'Allemagne ne présentent quasiment pas de différences entre les sexes. Dans le groupe des 19 à 21 ans les différences entre les sexes sont nettement plus marquées. Nous avons tenté d'expliquer cette interaction entre âge et sexe avec une socialisation différentielle des sexes à l'usage de stupéfiants : Ainsi les filles seraient plutôt initiées à la consommation par des partenaires plus âgées, alors que les garçons apprendraient l'usage de stupéfiants plutôt par des pairs du même âge. L'analyse de l'âge d'initiation à la consommation des différentes substances présente des similarités frappantes entre les échantillons étudiés Plus une substances est proscrites et plus sa consommation est marginalisée, plus élevé est l'âge d'initiation. C'est ainsi que la consommation d'alcool débute en moyenne à 13,5 ans, celle de cannabis 15,0 et celle d'autres stupéfiants à 15,8 ans. Les âges d'initiation aux stupéfiants sont le plus bas aux Etats-Unis, suivi de l'Angleterre et des pays ibériques. De manière générale, nous avons pu déceler une forte corrélation négative entre l'âge d'initiation à la consommation d'une substance illicite et le taux de prévalence : Plus ce taux de consommation est élevé dans un pays donné, plus l'âge d'initiation est bas. Cela suggère que l'âge d'initiation est lié à la disponibilité d'une substance. Concernant le « chevauchement » entre la consommation de différentes substances, nous avons à nouveau constaté de grande similarités entre les différents échantillons : Presque tous les consommateurs de cannabis sont aussi consommateurs d'alcool, alors que l'inverse n'est pas le cas. Similairement, presque tous les consommateurs de « drogues dures » ont déjà fait usage de cannabis, [ors qu'inversement la majorité des consommateurs de cannabis n'a mais utilisé d'autres stupéfiants. En tenant compte que biographiquement la consommation d'alcool et de cannabis précède .11e d'autres stupéfiants, ces observations nous mènent à conclure que la consommation d'alcool et de cannabis est une condition quasiment nécessaire, mais non suffisante, à l'initiation à d'autres stupéfiants. Fous discuterons plus bas les différences du niveau de chevauchement âtre les échantillons. Nos analyses sur le lien entre consommation de psychotropes et délinquance montrent qu'il existe, dans tous les échantillons, une corrélation prononcée entre consommation de stupéfiants d'une part, et e délinquance violente et contre la propriété d'autre part. Afin 'élucider un éventuel ordre causal entre les délits contre la propriété et la consommation de stupéfiants, nous avons ensuite étudié la séquence e leurs âges d'initiation respectifs. Typiquement, la commission de délits contre la propriété précède la consommation de substances licites. Par contre, si on limite l'analyse à de sérieux délits contre la propriété, on trouvera que, typiquement, l'initiation à la consommation de stupéfiants précédera ce type de délinquance. Ceci pourrait donc indiquer que la commission de délits sérieux contre la propriété est une cause directe du besoin d'argent généré par une consommation de stupéfiants habituelle (délinquance « économico compulsive ») ou du moins indiquer une plus forte attache dans un milieu délinquant du fait de la consommation de substances illicites (stade du « renforcement mutuel »). Un des buts des analyses comparatives présentées dans ce chapitre était aussi de déceler un éventuel impact des différentes politiques en matière de stupéfiants sur les taux de consommation. De manière générale, aucun lien n'a pu être établi entre le niveau de répression de la consommation et les taux de consommation. En effet, les taux de consommation les plus élevés ainsi que les âges d'initiation les plus bas ont été décelés pour les Etats-Unis, soit un des pays occidentaux poursuivant probablement une des plus strictes politiques en matière de stupéfiants autant licites qu'illicites, en particulier en ce qui concerne les mineurs. D'autre part, la politique en matière de cannabis relativement libérale que poursuivent les Pays-Bas génère des taux de consommation correspondant à la moyenne occidentale. Cependant, les différents résultats trouvés pour les Pays-Bas indiquent que la politique de séparation du marché du cannabis de ceux d'autres stupéfiants poursuivie dans ce pays semble avoir atteint ses buts à différents niveaux. Alors que le taux de consommation de cannabis n'est pas plus élevé que dans la moyenne européenne, le taux de consommation d'autres stupéfiants se trouve être parmi les plus bas décelés dans les échantillons analysés, de même que le taux de « chevauchement » entre la consommation de cannabis et celle d'autres stupéfiants. Par ailleurs, il semble que cette politique de séparation a aussi un effet bénéfique sur l'âge d'initiation à la consommation d'autres stupéfiants puisque aux Pays-Bas cet âge se trouve être parmi les plus élevés. Ces observations semblent donc indiquer qu'aux Pays-Bas la limite séparant la consommation de cannabis de celle d'autres stupéfiants semble plus « difficile » à franchir que dans d'autres pays. A l'autre extrême du spectre des politiques en matière de stupéfiants, on constate que la politique plus globalement répressive menée aux Etats-Unis est associée à un chevauchement beaucoup plus prononcé entre la consommation de cannabis et celle d'autres stupéfiants. En d'autres termes, il semble que plus une politique en matière de stupéfiants est indifféremment répressive, plus elle facilitera le passage de la consommation de cannabis à celle d'autres stupéfiants, sans pour autant diminuer le niveau global de consommation, alors qu'une politique tentant de séparer les différents marchés en se montrant plus tolérante envers certaines substances moins addictives limitera le taux de ceux passant à usage de substances plus nocives. Nous sommes bien évidemment conscients qu'il s'agit ici de considérations rudimentaires basées sur une comparaison des extrêmes. C'est pourquoi, dans le chapitre final de l'ouvrage, nous avons tenté d'indiquer quels efforts devraient être entrepris afin de mieux opérationnaliser les politiques nationales en matière de stupéfiants. En effet, ce n'est que sur la base de tels efforts de standardisation qu'une analyse comparative quantitative satisfaisant à des critères scientifiques plus rigoureux deviendrait possible et permettrait dès lors de mieux dégager l'impact des politiques mises en oeuvre. 4.1.3. Contribution personnelle à cette recherche Le projet ISRD a été conçu entre 1988 et 1990 par un groupe de chercheurs qui s'était initialement rencontré dans le cadre d'un atelier international de l'OTAN sur les méthodes avancées organisé par le prof. Malcolm W. Klein et le Centre de recherche et de documentation du Ministère de la Justice des Pays-Bas (WODC). Par la suite c'est ce -même ministère qui sous l'égide du Prof. Josine Junger-Tas s'est chargé de la coordination du projet. La récolte de données dans les différents pays s'est déroulée entre 1991 et 1992 sous la direction des groupes de recherches nationaux respectifs. Après la parution du premier volume sur cette recherche en 1994 (Junger-Tas et al., 1994) présentant les résultats individuellement au niveau de chaque pays, le WODC s'est chargé d'assembler les bases de données des différents échantillons en une seule base de donnée en vue des analyses comparatives. Faute de fonds, il fallu attendre une requête du Prof. Martin Killias auprès du FNRS pour reprendre les travaux. C'est dans le cadre du projet ainsi octroyé que j'ai réalisé entre septembre 1999 et juin 2002, ensemble avec les Prof. Josine Junger-Tas et Ineke Haen Marshall, ma recherche sur la base de données ISRO. La première tâche a consisté à achever les efforts de standardisation entamés par le WODC. Bien qu'<< invisibles >>, ce n'est que sur la base de ces fastidieux travaux que des analyses comparatives dignes de ce nom ont été rendues possible. De manière générale, les données ont été standardisées par rapport aux populations retenues dans l'échantillon, par rapport aux modalités des réponses - certains chercheurs avaient opté pour d'autres formats de réponses que leurs collègues - ainsi que par rapport à la codification des valeurs manquantes. Dans un deuxième temps, nous avons créé différents indicateurs de la délinquance juvénile (variables dépendantes) ainsi qu'une série de variables explicatives sur la base de recodifications et recombinaisons des variables originales. Ce n'est qu'après ces travaux préparatifs décrits en détail au chapitre 2 de l'ouvrage que les analyses proprement dites ont été effectuées. Ainsi, ma contribution à l'ouvrage en question a consisté à standardiser la base de données tel que nous l'avions reçue du WODC, ensuite à créer des variables en vue des analyses comparatives et finalement à effectuer tolites les analyses présentées dans l'ouvrage sauf celles du chapitre 7. Pour ce qui est des travaux de rédaction, j'y ai contribué comme auteur unique du chapitre 5, soit celui faisant partie de la présente thèse de doctorat, ainsi que comme co-auteur des chapitres 1, 2, 6 et 8. 4.2. Le lien « drogue-criminalité » dans la perspective de la théorie du contrôle de soi de Gottfredson et Hirschi 4.2.1. Titre original de la publication et indications bibliographiques Ribeaud, Denis & Eisner, Manuel (2006). « The "drug-crime link" from a self-control perspective: An empirical test in a Swiss youth sample », European Journal of Criminology, 3 (1), 33-68. 4.2.2. Résumé Cet article se propose d'explorer dans quelle mesure un déficit du contrôle de soi (« low self-control ») est propre à expliquer le lien empiriquement bien établi entre consommation de psychotropes et délinquance. Sur la base d'un échantillon représentatif de plus de 2'600 élèves de 9erne du canton de Zurich (cf. Eisner et al., 2000) nous nous proposons de réanalyser la dimensionalité de l'échelle du contrôle de soi développée par Grasmick et al. (1993) au moyen d'analyses factorielles confirmatoires. Ces analyses nous ont mené à un modèle factoriel de second ordre composé de cinq dimensions. Ce modèle suggère que tels que le réclament Gottfredson et Hirschi dans leur publication originale (1990) les traits de la personnalité « impulsivité », « goût du risque », « manque de tolérance aux frustrations >), « égocentrisme » ainsi que « préférence pour des activités physique » peuvent effectivement être conçus comme les éléments d'un unique trait sous-jacent de la personnalité, soit le « déficit de contrôle de soi ». Toutefois, en désaccord avec la théorie, nos analyses ont montré qu'une sixième caractéristique prétendument constituante du « déficit de contrôle de soi », soit une « préférence pour des tâches aisées », ne peut être empiriquement conçue comme telle. Le modèle de mesure du « déficit de contrôle de soi » ainsi établi est ensuite utilisé comme variable explicative de deux dimensions comportementales, soit la consommation de substances psychoactives d'une part et la délinquance générale d'autre part. Les résultats indiquent que le « déficit de contrôle de soi » est un prédicteur aussi puissant que stable des deux types de comportements à problème, ceci corroborant donc la théorie de Gottfredson et Hirschi. Toutefois, bien que le « déficit de contrôle de soi » explique une part substantielle de la corrélation entre les deux dimensions comportementales - soit le lien entre consommation de psychotropes et délinquance - il reste une corrélation résiduelle substantielle entre ces deux types de comportements. Diverses considérations théoriques nous ont mené à la conclusion que cette corrélation résiduelle est plus probablement attribuable à des facteurs dynamiques (« state dependent factors », Nagin et Paternoster, 2000) qu'a d'autres facteurs stables de la personnalité (concept de la « population heterogeneity », Nagin et Paternoster, 2000) Nous avons par ailleurs analysé dans quelle mesure chaque sous-dimension du « déficit de contrôle de soi » est apte à expliquer la consommation de substances psychoactives, la délinquance ainsi que le lien entre les deux. Ces analyses suggèrent qu'au niveau de la prédiction de ces deux types de comportements, le « déficit de contrôle de soi » pourrait être réduit à un construit bidimensionnel composé des traits de l'« impulsivité » et du « goût du risque ». L'article se conclut par une discussion des résultats trouvés dans le contexte de la recherche passée ainsi que du débat théorique en cours. En particulier, j'ai tenté de démontrer comment le modèle proposé par Brochu (1995) peut être conçu comme une tentative d'intégration des modèles théoriques centrés sur les différences stables dans la population (« population heterogeneity ») - parmi lesquels aussi la théorie du « déficit du contrôle de soi » et ceux s'intéressant plutôt aux facteurs dynamiques (« state dependence ») et comment ce modèle permet de réconcilier ces deux approches à priori contradictoires. 4.2.3. Contribution personnelle à cette recherche L'étude zurichoise à la base de cette contribution a été menée sous la direction du Prof. Manuel Eisner entre 1999 et 2000 et financée par la Département de l'éducation du Canton de Zurich. Le questionnaire ainsi que la méthodologie de l'étude à la base de l'étude ont été développés par l'Institut de recherche criminologique de Basse-Saxonie (KFN). Il convient cependant d'indiquer ici que c'est au Prof. Eisner que revient le mérite d'avoir ajouté l'échelle de Grasmick et al. au questionnaire. Ayant fait d'emblée partie de l'équipe de recherche, j'ai eu l'occasion de participer autant à l'adaptation du questionnaire qu'a la planification et la coordination de la récolte de données. En particulier, le domaine de l'échantillonnage m'a été entièrement confié. La saisie ainsi que la préparation des données ont été assurées par le KFN. Ma contribution à l'article en question comprend autant sa conception, la réalisation des analyses, ainsi que sa rédaction. La contribution de mon co-auteur, Manuel Eisner, a tout d'abord consisté en sa fonction de directeur de recherche de même que, dans la version finale soumise à l'European Journal of Criminology, dans la relecture critique de l'article et dans la co-rédaction des conclusions. 4.3. Effets à long terme des essais avec prescription d'héroïne sur la délinquance des consommateurs d'héroïne traités 4.3.1. Titre original de la publication et indications bibliographiques Ribeaud, Denis (2004). « Long-term impacts of the Swiss heroin prescription trials on crime of treated heroin users >), Journal of Drug Issues, 34 (1), 163-194. 4.3.2. Résumé Dans le cadre des projets suisses avec prescription d'héroïne (PROVE, 1994-1996) plus de 1'000 consommateurs d'héroïne gravement dépendants ont été enrôlés autant dans le programme de traitement que dans son évaluation scientifique. Alors que les effets à court et à moyen terme avaient été analysés en détail dans des études précédentes (cf. Killias et al., 1999; Uchtenhagen et al., 1999), peu de données étaient disponibles sur les effets du programme à plus long terme, les données sur les participants ayant interrompu le programme étant particulièrement rares. Afin de remplir partiellement cette lacune, en été 2000, les fichiers de police de tous les participants au programme - soit donc aussi de ceux qui l'avaient quitté entre-temps - ont été saisis auprès des onze corps de police recouvrant toutes les localités où un programme avec prescription d'opiacés avait été mis en place. Sur la base de ces données, notre article analyse les effets à long terme - soit sur une période de 48 mois après l'admission - du programme PROVE sur la délinquance et, dans une certaine mesure, sur les comportements addictifs des participants. Avant la présentation des résultats proprement dit, nous avançons quelques réflexions méthodologiques sur la validité des données de police comme indicateurs de l'évolution de l'implication délinquante, l'argument principal étant qu'il est peu probable que le déclin général observé soit lié à une diminution de la dénonciation de délits par la police puisque le déclin constaté pour les délits typiquement découverts et dénoncés par la police (p. ex. infractions contre la LStup) est presque identique à celui observé pour les délits typiquement dénoncés par la population générale et le commerce (p. ex. vols et cambriolages). Toutefois nous constatons que cette congruence n'est que partielle pour ce qui est de la période avant le début du traitement et tentons d'expliquer cette dissimilarité. Les résultats suggèrent que la prescription d'héroïne est à la source d'un déclin prononcé et stable de l'implication délinquante des personnes traitées. Un désistement similaire peut être observé pour une large gamme de délits et pour différentes sous-populations - par rapport à l'âge, au sexe, à la consommation d'autres substances et à la durée du traitement. Bien que la diminution la plus prononcée soit observée dans le groupe de ceux traités sans interruption, il semble toutefois que les effets du traitement persistent dans la période post-traitement. Il est en particulier intéressant de noter que les taux post-traitement pour possession d'héroïne se stabilisent à un niveau bas, ceci indiquant que la majorité de ceux ayant quitté le programme ne reprennent pas leur consommation d'héroïne. Comme le suggèrent certaines analyses complémentaires, il semble que cette stabilisation est en particulier due à la capacité du programme de rediriger la majorité des patients vers des traitements alternatifs une fois que ceux-ci ont quitté le programme. 4.3.3. Contribution personnelle à cette recherche L'article en question fait partie d'une recherche mandatée par l'Office fédéral de la santé publique (OFSP) en 1999. S'agissant d'une étude de suivi au premier mandat d'évaluation criminologique du programme PROVE par l'OFSP, sa méthodologie était prédéfinie d'emblée. L'équipe de recherche dirigée par le Prof. Martin Killias et constituée de Marcelo Aebi et de moi-même - ainsi que de quelques autres collaborateurs et étudiants chargés de la récolte proprement dite - a toutefois revu et amélioré le schéma de récolte développé lors de la première étude. J'ai ensuite participé à cette étude en tant que coordinateur de la récolte de données dans les corps de police suisses alémaniques impliqués (à l'exception de Bâle-Ville). La coordination de la saisie et la préparation des données ont été principalement assurées par Marcelo Aebi. Par la suite j'ai mené une première analyse de ces données qui a abouti à une première publication (Ribeaud Aebi, 2001). Certains résultats ont aussi été présentés dans le rapport de recherche correspondant (Killias et al., 2002). L'article présenté ici se distingue des publications susmentionnées par une réanalyse approfondie des données de police récoltées en 2000. J'en ai entièrement assuré la conception, les analyses ainsi que la rédaction. 4.4. La diminution de la délinquance dans le cadre des essais suisses avec prescription d'héroïne: Est-elle due à la réintégration sociale des personnes traitées ? 4.4.1. Titre original de la publication et indications bibliographiques Ribeaud, Denis (2005). « Gibt es einen Delinquenzrückgang durch soziale Reintegration im Rahmen der schweizerischen Heroin-verschreibungsversuche? >), Sucht, 51 (2), 76-87. 4.4.2. Résumé Le but de cet article est d'examiner si la diminution de la délinquance des personnes traitées dans le cadre des essais suisses avec prescription d'héroïne (PROVE) est accompagnée, au niveau de l'individu, d'une évolution complémentaire des indicateurs de la situation sociale et des comportements addictifs de ces personnes, ceci entre autre dans le but de vérifier si le désistement observé est attribuable à un processus de réintégration sociale. Afin de vérifier cette hypothèse générale, nous avons tout d'abord fusionné la base contenant les données des interviews de suivi sur les comportements délinquants avec celle portant sur le domaine des comportements addictifs et sur l'intégration sociale et économique des patients. En effet, avant cette recherche, ces deux bases de données n'avaient jamais été analysées conjointement au niveau individuel. Qui plus est, les résultats publiés sur ces deux domaines ne se basaient pas sur les mêmes échantillons, rendant donc les comparaisons entre les deux domaines quelque peu hasardeuses. C'est pourquoi nous avons, sur la base de ces données fusionnées, tout d'abord vérifié s'il s'en dégageait les mêmes lignes de développement que celles observées dans les publications originales, soit Killias et al. (2003) et Uchtenhagen et al. (1999). À une exception près qui concernait l'intégration professionnelle, nous avons pu reproduire les résultats originaux. Nous avons ensuite procédé à la vérification de l'hypothèse centrale en nous concentrant sur le groupe des patients ayant indiqué des activités délinquantes avant l'entrée dans le programme. L'analyse, techniquement basée sur des régressions logistiques bivariées, consistait à examiner, pour chaque indicateur de la situation sociale et des comportements addictifs, s'il y avait un parallélisme entre désistement et réintégration sociale ou comportements addictifs. Plus concrètement, il s'agissait d'examiner si, par exemple, ceux qui ne présentaient plus de délinquance pendant le traitement étaient surreprésentés dans le groupe de ceux qui avaient trouvé un emploi ou qui en avaient toujours eu un. Les résultats nous ont mené à une vue différenciée du phénomène de désistement, en ce sens que le retrait de la « scène de la drogue » ne peut être confondu avec une réintégration socio-économique : En effet, alors que la diminution de la délinquance va de pair avec un retrait de la « scène de la drogue » et des comportements addictifs correspondants, nous n'avons pas pu observer un parallélisme équivalent entre désistement et réintegration sociale telle qu'indiquée par des indicateurs comme l'emploi, la dépendance d'aides financières ou encore la situation de logement. Nos analyses nous mènent à la conclusion que la réduction de la délinquance s'explique essentiellement par le fait de la relâche de compulsions économiques engendrées par la prescription d'héroïne et non du fait d'une réintégration sociale. Des publications récentes sur l'évolution à long terme de la situation sociale des personnes traitées (cf. semblent d'ailleurs indiquer que, même après plusieurs années de traitement, l'intégration socio-économique des patients ne s'est guère améliorée. Ceci suggère que l'appui psychosocial offert aux patients et qui était censé assurer leur réintégration ne s'est montré guère efficace. Ces résultats sont aussi intéressant au niveau théorique : En effet, alors qu'ils corroborent le concept de délinquance « économico-compulsive », telle que décrit par Brochu (1995), ils sont en opposition autant avec la théorie du « contrôle de soi » de Gottfredson et Hirschi (1990), qui n'offre pas les instruments théoriques nécessaires à l'explication d'une pareil « implosion » de l'activité délinquante, qu'avec la théorie du contrôle social de Hirschi (1969) qui aurait laissé supposer que la diminution de la délinquance devrait aller de pair avec un renforcement des liens avec la société conventionnelle. 4.4.3. Contribution personnelle à cette recherche S'agissant d'une réanalayse de données récoltées entre 1994 et 1996, soit avant mon arrivée à l'IPSC, il est évident que je n'ai pas eu l'occasion de participer à la conception générale du projet PROVE, au développement des instruments, ainsi qu'a la récolte de données. Ma première tâche a consisté à assembler les données de suivi de l'évaluation criminologique, soit de l'étude menée à l'IPSC, avec celles de l'évaluation du développement psychosocial, soit l'étude menée à l'Institut Kir Suchtforschung (ISF). Comme pour l'étude ISRD, ces travaux préparatoires se sont avérés fort délicats et de longue haleine L'idée de recherche m'était venue en constatant que, d'une part, nous disposions de résultats acquis concernant l'effet bénéfique du programme PROVE sur la diminution de la délinquance des personnes traitées, ainsi que sur différents domaines de leurs situation sociale, et que d'autre part, peu de connaissances étaient acquises sur les mécanismes du processus de désistement. Disposant de données longitudinales prospectives pour les deux domaines comportementaux, ce ne fût plus qu'un petit pas que de conclure qu'une analyse de la coévolution au niveau individuel entre les comportements délinquants, d'une part, et certains indicateurs du domaine psychosocial, d'autre part, pourrait s'avérer utile pour la détection de tels mécanismes. C'est sur la base de cette réflexion et de ces travaux préparatoires que j'ai ensuite analysé les données et que j'ai présenté des premiers résultats au colloque de l'Association des criminologues de langue française (AICLF) en 2002. L'article finalement soumis auprès de « Sucht » se base sur un affinement de ces analyses initiales.

Life-style factors associated with overweight and obesity among Spanish adults

OBJECTIVES To assess the relationship between life styles and eating habits with the overweight and obesity prevalence in a Spanish adult population. METHODS A population-based, cross-sectional study conducted on 2640 subjects older than 15 years, in Cádiz (Spain). Surveys were conducted in subjects' homes to obtain life styles, eating habits, and anthropometric data. Logistic regression has been used to study the association between the life style variables and overweight and obesity. RESULTS Prevalence of overweight and obesity in Cadiz is 37% and 17%, respectively; higher in males and increases with age. BMI has an inverse relationship with educational level (PR = 2.3, 1.57-2.38). The highest levels of obesity are associated with daily alcohol consumption (PR = 1.39, 1.29-1.50), greater consumption of television,and sedentary pursuit (PR 1.5, 1.07-1.24). A lower prevalence of obesity is observed among those with active physical activity (10.9% vs 21.6%), with differences between sex. Following a slimming diet is more frequent in the obese and in women but dedicate more hours than men to passive activities. In men is greater the consumption of alcohol, high energy foods and snacks. Overweight and obesity is associated with the male sex (OR = 3.35 2.75-4.07), high consumption of alcohol (OR = 1.38 1.03-1.86) and watching television (OR = 1.52 1.11-2.07), and foods likes bread and cereals (OR = 1.47 1.13-1.91). Exercise activities is a protective factor (OR = 0.76 0.63-0.98). CONCLUSIONS Life styles factors associated with overweight and obesity present different patterns in men and women and is necessary to understand them to identify areas for behavioural intervention in overweight and obesity patients.

Th1 and Th17 hypercytokinemia as early host response signature in severe pandemic influenza.

INTRODUCTION Human host immune response following infection with the new variant of A/H1N1 pandemic influenza virus (nvH1N1) is poorly understood. We utilize here systemic cytokine and antibody levels in evaluating differences in early immune response in both mild and severe patients infected with nvH1N1. METHODS We profiled 29 cytokines and chemokines and evaluated the haemagglutination inhibition activity as quantitative and qualitative measurements of host immune responses in serum obtained during the first five days after symptoms onset, in two cohorts of nvH1N1 infected patients. Severe patients required hospitalization (n = 20), due to respiratory insufficiency (10 of them were admitted to the intensive care unit), while mild patients had exclusively flu-like symptoms (n = 15). A group of healthy donors was included as control (n = 15). Differences in levels of mediators between groups were assessed by using the non parametric U-Mann Whitney test. Association between variables was determined by calculating the Spearman correlation coefficient. Viral load was performed in serum by using real-time PCR targeting the neuraminidase gene. RESULTS Increased levels of innate-immunity mediators (IP-10, MCP-1, MIP-1beta), and the absence of anti-nvH1N1 antibodies, characterized the early response to nvH1N1 infection in both hospitalized and mild patients. High systemic levels of type-II interferon (IFN-gamma) and also of a group of mediators involved in the development of T-helper 17 (IL-8, IL-9, IL-17, IL-6) and T-helper 1 (TNF-alpha, IL-15, IL-12p70) responses were exclusively found in hospitalized patients. IL-15, IL-12p70, IL-6 constituted a hallmark of critical illness in our study. A significant inverse association was found between IL-6, IL-8 and PaO2 in critical patients. CONCLUSIONS While infection with the nvH1N1 induces a typical innate response in both mild and severe patients, severe disease with respiratory involvement is characterized by early secretion of Th17 and Th1 cytokines usually associated with cell mediated immunity but also commonly linked to the pathogenesis of autoimmune/inflammatory diseases. The exact role of Th1 and Th17 mediators in the evolution of nvH1N1 mild and severe disease merits further investigation as to the detrimental or beneficial role these cytokines play in severe illness.

Birth and expression evolution of mammalian microRNA genes.

MicroRNAs (miRNAs) are major post-transcriptional regulators of gene expression, yet their origins and functional evolution in mammals remain little understood due to the lack of appropriate comparative data. Using RNA sequencing, we have generated extensive and comparable miRNA data for five organs in six species that represent all main mammalian lineages and birds (the evolutionary outgroup) with the aim to unravel the evolution of mammalian miRNAs. Our analyses reveal an overall expansion of miRNA repertoires in mammals, with threefold accelerated birth rates of miRNA families in placentals and marsupials, facilitated by the de novo emergence of miRNAs in host gene introns. Generally, our analyses suggest a high rate of miRNA family turnover in mammals with many newly emerged miRNA families being lost soon after their formation. Selectively preserved mammalian miRNA families gradually evolved higher expression levels, as well as altered mature sequences and target gene repertoires, and were apparently mainly recruited to exert regulatory functions in nervous tissues. However, miRNAs that originated on the X chromosome evolved high expression levels and potentially diverse functions during spermatogenesis, including meiosis, through selectively driven duplication-divergence processes. Overall, our study thus provides detailed insights into the birth and evolution of mammalian miRNA genes and the associated selective forces.

Comparative genomics of ParaHox clusters of teleost fishes: gene cluster breakup and the retention of gene sets following whole genome duplications.

BACKGROUND: The evolutionary lineage leading to the teleost fish underwent a whole genome duplication termed FSGD or 3R in addition to two prior genome duplications that took place earlier during vertebrate evolution (termed 1R and 2R). Resulting from the FSGD, additional copies of genes are present in fish, compared to tetrapods whose lineage did not experience the 3R genome duplication. Interestingly, we find that ParaHox genes do not differ in number in extant teleost fishes despite their additional genome duplication from the genomic situation in mammals, but they are distributed over twice as many paralogous regions in fish genomes. RESULTS: We determined the DNA sequence of the entire ParaHox C1 paralogon in the East African cichlid fish Astatotilapia burtoni, and compared it to orthologous regions in other vertebrate genomes as well as to the paralogous vertebrate ParaHox D paralogons. Evolutionary relationships among genes from these four chromosomal regions were studied with several phylogenetic algorithms. We provide evidence that the genes of the ParaHox C paralogous cluster are duplicated in teleosts, just as it had been shown previously for the D paralogon genes. Overall, however, synteny and cluster integrity seems to be less conserved in ParaHox gene clusters than in Hox gene clusters. Comparative analyses of non-coding sequences uncovered conserved, possibly co-regulatory elements, which are likely to contain promoter motives of the genes belonging to the ParaHox paralogons. CONCLUSION: There seems to be strong stabilizing selection for gene order as well as gene orientation in the ParaHox C paralogon, since with a few exceptions, only the lengths of the introns and intergenic regions differ between the distantly related species examined. The high degree of evolutionary conservation of this gene cluster's architecture in particular - but possibly clusters of genes more generally - might be linked to the presence of promoter, enhancer or inhibitor motifs that serve to regulate more than just one gene. Therefore, deletions, inversions or relocations of individual genes could destroy the regulation of the clustered genes in this region. The existence of such a regulation network might explain the evolutionary conservation of gene order and orientation over the course of hundreds of millions of years of vertebrate evolution. Another possible explanation for the highly conserved gene order might be the existence of a regulator not located immediately next to its corresponding gene but further away since a relocation or inversion would possibly interrupt this interaction. Different ParaHox clusters were found to have experienced differential gene loss in teleosts. Yet the complete set of these homeobox genes was maintained, albeit distributed over almost twice the number of chromosomes. Selection due to dosage effects and/or stoichiometric disturbance might act more strongly to maintain a modal number of homeobox genes (and possibly transcription factors more generally) per genome, yet permit the accumulation of other (non regulatory) genes associated with these homeobox gene clusters.

Estimation of the lateral correlation structure of subsurface water content from surface-based ground-penetrating radar reflection images

Over the past decade, significant interest has been expressed in relating the spatial statistics of surface-based reflection ground-penetrating radar (GPR) data to those of the imaged subsurface volume. A primary motivation for this work is that changes in the radar wave velocity, which largely control the character of the observed data, are expected to be related to corresponding changes in subsurface water content. Although previous work has indeed indicated that the spatial statistics of GPR images are linked to those of the water content distribution of the probed region, a viable method for quantitatively analyzing the GPR data and solving the corresponding inverse problem has not yet been presented. Here we address this issue by first deriving a relationship between the 2-D autocorrelation of a water content distribution and that of the corresponding GPR reflection image. We then show how a Bayesian inversion strategy based on Markov chain Monte Carlo sampling can be used to estimate the posterior distribution of subsurface correlation model parameters that are consistent with the GPR data. Our results indicate that if the underlying assumptions are valid and we possess adequate prior knowledge regarding the water content distribution, in particular its vertical variability, this methodology allows not only for the reliable recovery of lateral correlation model parameters but also for estimates of parameter uncertainties. In the case where prior knowledge regarding the vertical variability of water content is not available, the results show that the methodology still reliably recovers the aspect ratio of the heterogeneity.

FABP4 Dynamics in Obesity: Discrepancies in Adipose Tissue and Liver Expression Regarding Circulating Plasma Levels.

BACKGROUND FABP4 is predominantly expressed in adipose tissue, and its circulating levels are linked with obesity and a poor atherogenic profile. OBJECTIVE In patients with a wide BMI range, we analyze FABP4 expression in adipose and hepatic tissues in the settings of obesity and insulin resistance. Associations between FABP4 expression in adipose tissue and the FABP4 plasma level as well as the main adipogenic and lipolytic genes expressed in adipose tissue were also analyzed. METHODS The expression of several lipogenic, lipolytic, PPAR family and FABP family genes was analyzed by real time PCR. FABP4 protein expression in total adipose tissues and its fractions were determined by western blot. RESULTS In obesity FABP4 expression was down-regulated (at both mRNA and protein levels), with its levels mainly predicted by ATGL and inversely by the HOMA-IR index. The BMI appeared as the only determinant of the FABP4 variation in both adipose tissue depots. FABP4 plasma levels showed a significant progressive increase according to BMI but no association was detected between FABP4 circulating levels and SAT or VAT FABP4 gene expression. The gene expression of FABP1, FABP4 and FABP5 in hepatic tissue was significantly higher in tissue from the obese IR patients compared to the non-IR group. CONCLUSION The inverse pattern in FABP4 expression between adipose and hepatic tissue observed in morbid obese patients, regarding the IR context, suggests that both tissues may act in a balanced manner. These differences may help us to understand the discrepancies between circulating plasma levels and adipose tissue expression in obesity.

Bodyweight and migration-related differences in motor abilities in preschool children "Ballabeina"

Introduction: Motor abilities in schoolchildren have been decreasing in the last two decades (Bös, 2003, Tomkinson et al., 2003). This may be related to the dramatic increase in overweight and adiposity during the same time period. Children of migrant background are especially affected (Lasserre et al., 2007). But little is known about the relationship between BMI and migration background and motor abilities in preschool children. Methods/Design We carried out a cross-sectional analysis with 665 children (age 5.1 ± 0.6 years; 49.8 % female) of 40 randomly selected kindergarten classes from German and French speaking regions in Switzerland with a high migrant background. We investigated BMI, cardiorespiratory fitness (20 m shuttle run), static (displacement of center of pressure (COP)) and dynamic (balancing forward on a beam) postural control and overall fitness (obstacle course). Results: Of the children, 9.6 % were overweight, 10.5 % were obese (Swiss national percentiles) and 72.8 % were of migrant background (at least one parent born outside of Switzerland). Mean BMI from children of non-migrant background was 15.5 ± 1.1 kg/m2, while migrant children had a mean BMI of 15.8 ± 1.7 kg/m2 (p=0.08). Normal-weight children performed better in cardiorespiratory fitness (3.1 ± 1.4 vs. 2.6 ± 1.1 stages, p<0.001), overall fitness (18.9 ± 4.4 vs. 20.8 ± 4.6 sec, p<0.001) and in dynamic balance (4.9 ± 3.5 vs. 3.8 ± 2.5 steps, p<0.001) compared to overweight and obese children, while the latter had less postural sway (COP: 956 ± 302 vs. 1021 ± 212 mm, p=0.008). There was a clear inverse dose-response relationship between weight status and dynamic motor abilities. There were no significant differences in most tested motor abilities between non-migrant and migrant. The latter performed less well in only one motor test (overall fitness: 20.2 ± 5.2 vs. 18.3 ± 3.5 sec, p<0.001). These findings persisted after adjustment for BMI. Conclusion In preschool children, differences in motor abilities are already present between normal weight and overweight/obese children. However, migrant children demonstrate similar motor abilities compared to non-migrant children for almost all tests, despite their slightly higher BMI.

Adiposity, hormone replacement therapy use and breast cancer risk by age and hormone receptor status: a large prospective cohort study.

INTRODUCTION Associations of hormone-receptor positive breast cancer with excess adiposity are reasonably well characterized; however, uncertainty remains regarding the association of body mass index (BMI) with hormone-receptor negative malignancies, and possible interactions by hormone replacement therapy (HRT) use. METHODS Within the European EPIC cohort, Cox proportional hazards models were used to describe the relationship of BMI, waist and hip circumferences with risk of estrogen-receptor (ER) negative and progesterone-receptor (PR) negative (n = 1,021) and ER+PR+ (n = 3,586) breast tumors within five-year age bands. Among postmenopausal women, the joint effects of BMI and HRT use were analyzed. RESULTS For risk of ER-PR- tumors, there was no association of BMI across the age bands. However, when analyses were restricted to postmenopausal HRT never users, a positive risk association with BMI (third versus first tertile HR = 1.47 (1.01 to 2.15)) was observed. BMI was inversely associated with ER+PR+ tumors among women aged ≤49 years (per 5 kg/m2 increase, HR = 0.79 (95%CI 0.68 to 0.91)), and positively associated with risk among women ≥65 years (HR = 1.25 (1.16 to 1.34)). Adjusting for BMI, waist and hip circumferences showed no further associations with risks of breast cancer subtypes. Current use of HRT was significantly associated with an increased risk of receptor-negative (HRT current use compared to HRT never use HR: 1.30 (1.05 to 1.62)) and positive tumors (HR: 1.74 (1.56 to 1.95)), although this risk increase was weaker for ER-PR- disease (Phet = 0.035). The association of HRT was significantly stronger in the leaner women (BMI ≤22.5 kg/m2) than for more overweight women (BMI ≥25.9 kg/m2) for, both, ER-PR- (HR: 1.74 (1.15 to 2.63)) and ER+PR+ (HR: 2.33 (1.84 to 2.92)) breast cancer and was not restricted to any particular HRT regime. CONCLUSIONS An elevated BMI may be positively associated with risk of ER-PR- tumors among postmenopausal women who never used HRT. Furthermore, postmenopausal HRT users were at an increased risk of ER-PR- as well as ER+PR+ tumors, especially among leaner women. For hormone-receptor positive tumors, but not for hormone-receptor negative tumors, our study confirms an inverse association of risk with BMI among young women of premenopausal age. Our data provide evidence for a possible role of sex hormones in the etiology of hormone-receptor negative tumors.

Dietary fibre intake and risks of cancers of the colon and rectum in the European prospective investigation into cancer and nutrition (EPIC).

BACKGROUND Earlier analyses within the EPIC study showed that dietary fibre intake was inversely associated with colorectal cancer risk, but results from some large cohort studies do not support this finding. We explored whether the association remained after longer follow-up with a near threefold increase in colorectal cancer cases, and if the association varied by gender and tumour location. METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS After a mean follow-up of 11.0 years, 4,517 incident cases of colorectal cancer were documented. Total, cereal, fruit, and vegetable fibre intakes were estimated from dietary questionnaires at baseline. Hazard ratios (HRs) and 95% confidence intervals (CIs) were estimated using Cox proportional hazards models stratified by age, sex, and centre, and adjusted for total energy intake, body mass index, physical activity, smoking, education, menopausal status, hormone replacement therapy, oral contraceptive use, and intakes of alcohol, folate, red and processed meats, and calcium. After multivariable adjustments, total dietary fibre was inversely associated with colorectal cancer (HR per 10 g/day increase in fibre 0.87, 95% CI: 0.79-0.96). Similar linear associations were observed for colon and rectal cancers. The association between total dietary fibre and risk of colorectal cancer risk did not differ by age, sex, or anthropometric, lifestyle, and dietary variables. Fibre from cereals and fibre from fruit and vegetables were similarly associated with colon cancer; but for rectal cancer, the inverse association was only evident for fibre from cereals. CONCLUSIONS/SIGNIFICANCE Our results strengthen the evidence for the role of high dietary fibre intake in colorectal cancer prevention.

Tea consumption and incidence of type 2 diabetes in Europe: the EPIC-InterAct case-cohort study.

BACKGROUND In previous meta-analyses, tea consumption has been associated with lower incidence of type 2 diabetes. It is unclear, however, if tea is associated inversely over the entire range of intake. Therefore, we investigated the association between tea consumption and incidence of type 2 diabetes in a European population. METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS The EPIC-InterAct case-cohort study was conducted in 26 centers in 8 European countries and consists of a total of 12,403 incident type 2 diabetes cases and a stratified subcohort of 16,835 individuals from a total cohort of 340,234 participants with 3.99 million person-years of follow-up. Country-specific Hazard Ratios (HR) for incidence of type 2 diabetes were obtained after adjustment for lifestyle and dietary factors using a Cox regression adapted for a case-cohort design. Subsequently, country-specific HR were combined using a random effects meta-analysis. Tea consumption was studied as categorical variable (0, >0-<1, 1-<4, ≥ 4 cups/day). The dose-response of the association was further explored by restricted cubic spline regression. Country specific medians of tea consumption ranged from 0 cups/day in Spain to 4 cups/day in United Kingdom. Tea consumption was associated inversely with incidence of type 2 diabetes; the HR was 0.84 [95%CI 0.71, 1.00] when participants who drank ≥ 4 cups of tea per day were compared with non-drinkers (p(linear trend) = 0.04). Incidence of type 2 diabetes already tended to be lower with tea consumption of 1-<4 cups/day (HR = 0.93 [95%CI 0.81, 1.05]). Spline regression did not suggest a non-linear association (p(non-linearity) = 0.20). CONCLUSIONS/SIGNIFICANCE A linear inverse association was observed between tea consumption and incidence of type 2 diabetes. People who drink at least 4 cups of tea per day may have a 16% lower risk of developing type 2 diabetes than non-tea drinkers.

Evolutionary histories of expanded peptidase families in Schistosoma mansoni

Schistosoma mansoni is one of the three main causative agents of human schistosomiasis, a major health problem with a vast socio-economic impact. Recent advances in the proteomic analysis of schistosomes have revealed that peptidases are the main virulence factors involved in the pathogenesis of this disease. In this context, evolutionary studies can be applied to identify peptidase families that have been expanded in genomes over time in response to different selection pressures. Using a phylogenomic approach, we searched for expanded endopeptidase families in the S. mansoni predicted proteome with the aim of contributing to the knowledge of such enzymes as potential therapeutic targets. We found three endopeptidase families that comprise leishmanolysins (metallopeptidase M8 family), cercarial elastases (serine peptidase S1 family) and cathepsin D proteins (aspartic peptidase A1 family). Our results suggest that the Schistosoma members of these families originated from successive gene duplication events in the parasite lineage after its diversification from other metazoans. Overall, critical residues are conserved among the duplicated genes/proteins. Furthermore, each protein family displays a distinct evolutionary history. Altogether, this work provides an evolutionary view of three S. mansoni peptidase families, which allows for a deeper understanding of the genomic complexity and lineage-specific adaptations potentially related to the parasitic lifestyle.

Role of the HCF-1 basic region in sustaining cell proliferation.

BACKGROUND: The human herpes simplex virus-associated host cell factor 1 (HCF-1) is a conserved human transcriptional co-regulator that links positive and negative histone modifying activities with sequence-specific DNA-binding transcription factors. It is synthesized as a 2035 amino acid precursor that is cleaved to generate an amino- (HCF-1(N)) terminal subunit, which promotes G1-to-S phase progression, and a carboxy- (HCF-1(C)) terminal subunit, which controls multiple aspects of cell division during M phase. The HCF-1(N) subunit contains a Kelch domain that tethers HCF-1 to sequence-specific DNA-binding transcription factors, and a poorly characterized so called "Basic" region (owing to a high ratio of basic vs. acidic amino acids) that is required for cell proliferation and has been shown to associate with the Sin3 histone deacetylase (HDAC) component. Here we studied the role of the Basic region in cell proliferation and G1-to-S phase transition assays. METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS: Surprisingly, much like the transcriptional activation domains of sequence-specific DNA-binding transcription factors, there is no unique sequence within the Basic region required for promoting cell proliferation or G1-to-S phase transition. Indeed, the ability to promote these activities is size dependent such that the shorter the Basic region segment the less activity observed. We find, however, that the Basic region requirements for promoting cell proliferation in a temperature-sensitive tsBN67 cell assay are more stringent than for G1-to-S phase progression in an HCF-1 siRNA-depletion HeLa-cell assay. Thus, either half of the Basic region alone can support G1-to-S phase progression but not cell proliferation effectively in these assays. Nevertheless, the Basic region displays considerable structural plasticity because each half is able to promote cell proliferation when duplicated in tandem. Consistent with a potential role in promoting cell-cycle progression, the Sin3a HDAC component can associate independently with either half of the Basic region fused to the HCF-1 Kelch domain. CONCLUSIONS/SIGNIFICANCE: While conserved, the HCF-1 Basic region displays striking structural flexibility for controlling cell proliferation.

Circulating antioxidant defences are decreased in healthy people after a high-fat meal.

The aim of this study was to examine the responses of uric acid, antioxidant defences and pro-oxidant variables after a high-fat meal. Twenty-five healthy persons without criteria for the metabolic syndrome, underwent a high-fat meal with Supracal (60 g fat). Measurements were made at baseline and 3 h after the meal of TAG, uric acid, HDL-cholesterol, total proteins and oxidative stress. Following the high-fat meal, we detected a significant increase in pro-oxidative variables and a decrease in antioxidative variables. The uric acid concentrations were significantly lower after the high-fat meal and the reduction correlated significantly with the oxidative stress variables. The inverse relation between reduced uric acid and increased carbonylated proteins remained in multiple regression analysis. We conclude that uric acid is a powerful antioxidant and its reduction following a high-fat meal may be related with its acute antioxidative action.