Produção de sentido na linguagem audiovisual através da montagem

Este texto é sobre os problemas e as soluções associadas com a produção de sentido de modo cinematográfico nos discursos audiovisuais. O enfoque centra-se na resposta à pergunta de como o texto e leitor criam o sentido e não tanto em qual é o significado do texto. Associado a este objectivo propomos identificar os limites expressivos do discurso cinematográfico que não recorre à verbalização e as capacidades que a linguagem cinematográfica tem vindo a desenvolver para exprimir conceitos cada vez mais complexos apesar de a representação visual estar limitada ao registo visual de objectos, pessoas e acções. Este estudo insere-se no campo da retórica visual e da literacia visual que se dedicam ao estudo dos processos através dos quais se produz, manipula e interpreta sentido através das imagens. No entanto porque estamos a estudar um discurso que se organiza no tempo e que contêm a imagem, palavra e som podemos inserir este estudo na disciplina da Retórica cinematográfica que é uma área científica contida dentro da semiótica e que se dedica ao estudo sobre porquê e como é que o discurso audiovisual produz sentido. O motivo que deu origem a este estudo tem origem no ensino de cadeiras sobre linguagem audiovisual a alunos universitários que tiveram doze anos de alfabetização mas nunca reflectiram sobre como se exprimem ideias sem o uso da palavra uma vez que o principal objectivo da escolaridade é tornar os alunos capazes de saberem interpretar e expressarem-se através da linguagem verbal. A consequência deste processo de aprendizagem é que quando se pede a uma pessoa com formação literária para se expressar num discurso audiovisual deparamos com filmes onde o sentido do discurso é feito com base no texto que é verbalizado numa voz off ou nos diálogos que são ditas por personagens de uma ficção.

A propósito de um disco

Este trabalho destina-se às provas para obtenção do Estatuto de Especialista na Escola Superior de Música, Artes e Espectáculo do Instituto Politécnico do Porto. Com ele pretendo abordar a música portuguesa para clarinete e electrónica, com a qual gravei o meu último disco que acaba de ser editado pela Miso Records. O propósito não é falar apenas sobre o disco em si mas, sobretudo, da música que lhe dá corpo. Descrever um pouco esta música, que envolve um instrumento com 300 anos, que é o clarinete, e uma tecnologia que evolui todos os dias, centrado nos seus aspectos performativos. Este disco acabou por ser uma consequência de um processo que é, fundamentalmente, de performance e de tudo o que a precede e envolve. É isso que tentarei explorar aqui. Há mais de 10 anos que tinha o objectivo de explorar, enquanto intérprete, o repertório para clarinete solo e electrónica. No entanto, esse desejo foi sendo sucessivamente adiado por diversas razões que se prendem fundamentalmente com a especificidade de um projeto desta natureza e com as necessidades de vária ordem que exige. As condições para a realização desse projeto pessoal começaram a criar-se em 2007, com o aparecimento do Sond’Ar-te Electric Ensemble e com a minha integração nesse grupo. Sendo um agrupamento criado no seio da Miso Music Portugal com o propósito de fazer fundamentalmente música mista, estava encontrado o parceiro ideal para que pudesse fazer música para clarinete e electrónica com regularidade. Por se tratar de uma instituição que privilegia sobretudo a criação e divulgação da música e dos músicos portugueses, o repertório a trabalhar começou por ser, naturalmente, o de compositores portugueses que já tivessem obras ou que estivessem a compor para clarinete e electrónica. Com a realização de vários concertos, bem como a estreia e rodagem de algumas obras, em 2009 decidimos fazer a gravação de 6 dessas obras para posterior edição em disco. Essa gravação, realizada em Dezembro de 2009, acaba de ser editado pela Miso Records e são essas obras que decidi explorar neste trabalho. Escolhi este repertório por várias razões, sendo as mais importantes o conhecimento das obras e da sua história enquanto intérprete, tendo mesmo estado envolvido em algumas delas desde o seu início, e a proximidade pessoal e musical que mantenho com os compositores. Para este trabalho procurei fazer uma resenha da história das obras e explorar dois aspectos que me parecem pertinentes neste tipo de repertório: por um lado, a relação que é absolutamente necessária entre intérprete e compositor para a criação desta música e por outro, um novo paradigma que surge, naturalmente, da relação dos compositores com o público, pelo seu envolvimento direto com o som que é produzido. Para isso, para além da experiência pessoal, contei com o envolvimento dos compositores na resposta a um questionário que lhes enviei. Esse questionário foi elaborado com o objectivo de explorar dois aspectos: as diferenças entre a electrónica em tempo real e em tempo diferido e também o do papel dos intérpretes na motivação para a composição e como catalisadores e fontes de informação técnica para o trabalho dos compositores. Começarei por abordar a música mista, na sua envolvente performativa. Antes de mais, importa delimitar conceitos e compreender o que é este tipo de música. Poderemos, neste caso concreto, considerar a música que foi, e continua a ser, composta para clarinete e electrónica. No entanto, entendo por música mista toda a música que relaciona a electrónica com instrumentos ditos acústicos. Embora reconhecendo que esta é uma forma um pouco ambígua de definir o conceito, será porventura a que se explicará por poucas palavras e de uma forma simples. Digo ambígua porque se considerarmos que a música electrónica, para ser escutada, tem de passar por processos acústicos de difusão, teríamos aqui um problema para definir o que é e o que não é acústico. Consideremos então os instrumentos tradicionais, sem qualquer processo eléctrico ou electrónico na sua origem sonora, como acústicos, ainda que para efeitos de difusão conjunta com a electrónica sejam, em muitos casos, amplificados e/ou equalizados de forma a poder obter-se uma interpretação coesa e optimizar-se uma sonoridade conjunta. Neste caso, que é o da música mista para clarinete de compositores portugueses, começaria por abordar os aspectos performativos dividindo-os em duas classes importantes que se prendem com a forma como a electrónica é apresentada: em tempo real ou em tempo diferido. Se a música com electrónica em tempo real depende do sinal emitido pelo instrumento, e a partir daí a electrónica é processada e gerada através de programas como Max/MSP, o mais utilizado hoje em dia, a música electrónica em tempo diferido está toda predefinida à partida e é apresentada em suporte físico, sob a forma de um ou vários ficheiros áudio que são difundidos ao longo da performance. Há também quem utilize os dois processos de forma concorrente e complementar na mesma obra.

Produção de sentido de modo cinematográfico : por favor ler antes de tocar numa câmara

Os limites inerentes à produção de sentido de modo cinematográfico nos discursos audiovisuais deriva dos conceitos não se deixarem filmar explicitamente Tese É possível produzir sentido conceptual através de modos não-verbais. Fundamentação Identificar e descrever como é que apesar das ideias não se deixarem filmar, existem formas de comunicação não-verbal que podem ser usadas no interior do discurso audiovisual e que permitem a produção de sentido conceptual complexo. Método 1º Identificar os limites da linguagem visual comparativamente à linguagem verbal 2º Apontar soluções no âmbito da linguagem corporal e o uso da roupa. A capacidade da narrativa ser portadora de significados implícitos para lá dos factos expostos recorrendo a Robert McKee e à noção de controlling idea e ao autor Robert Turner e a noção de parábola e projeção. Edição em continuidade e a representação do pensamento, e memórias dos personagens. Montagem e respetiva capacidade para criar metáforas, contrastes, negações e blending de conceitos. A montagem vertical e a capacidade do efeito Kuleshov também se aplicar á relação imagem / som. Relevância? Discursos audiovisuais que baseiam o respectivo significado na palavra não são necessariamente maus, mas são pobres no sentido que não usam as outras formas de produção de sentido próprias da linguagem cinematográfica.

Visualização e manipulação de informação em ambientes 3D imersivos

Ainda antes da invenção da escrita, o desenho foi utilizado para descrever a realidade, tendo evoluído ao longo dos tempos, ganhando mais qualidade e pormenor e recorrendo a suportes cada vez mais evoluídos que permitissem a perpetuação dessa imagem: dessa informação. Desde as pinturas rupestres, nas paredes de grutas paleolíticas, passando pelos hieróglifos, nos templos egípcios, nas gravuras das escrituras antigas e nos quadros sobre tela, a intenção sempre foi a de transmitir a informação da forma mais directa e perceptível por qualquer indivíduo. Nos dias de hoje as novas tecnologias permitem aceder à informação com uma facilidade nunca antes vista ou imaginada, estando certamente ainda por descobrir outras formas de registar e perpetuar a informação para as gerações vindouras. A fotografia está na origem das grandes evoluções da imagem, permitindo capturar o momento, tornando-o “eterno”. Hoje em dia, na era da imagem digital, além de se mostrar a realidade, é possível incorporar na imagem informação adicional, de modo a enriquecer a experiência de visualização e a maximizar a aquisição do conhecimento. As possibilidades da visualização em três dimensões (3D) vieram dar o realismo que faltava ao formato de fotografia original. O 3D permite a imersão do espectador no ambiente que, a própria imagem retrata, à qual se pode ainda adicionar informação escrita ou até sensorial como, por exemplo, o som. Esta imersão num ambiente tridimensional permite ao utilizador interagir com a própria imagem através da navegação e exploração de detalhes, usando ferramentas como o zoom ou ligações incorporados na imagem. A internet é o local onde, hoje em dia, já se disponibilizam estes ambientes imersivos, tornando esta experiência muita mais acessível a qualquer pessoa. Há poucos anos ainda, esta prática só era possível mediante o recurso a dispositivos especificamente construídos para o efeito e que, por isso, apenas estavam disponíveis a grupos restritos de utilizadores. Esta dissertação visa identificar as características de um ambiente 3D imersivo e as técnicas existentes e possíveis de serem usadas para maximizar a experiência de visualização. Apresentar-se-ão algumas aplicações destes ambientes e sua utilidade no nosso dia-a-dia, antevendo as tendências futuras de evolução nesta área. Serão apresentados exemplos de ferramentas para a composição e produção destes ambientes e serão construídos alguns modelos ilustrativos destas técnicas, como forma de avaliar o esforço de desenvolvimento e o resultado obtido, comparativamente com formas mais convencionais de transmitir e armazenar a informação. Para uma avaliação mais objectiva, submeteram-se os modelos produzidos à apreciação de diversos utilizadores, a partir da qual foram elaboradas as conclusões finais deste trabalho relativamente às potencialidades de utilização de ambientes 3D imersivos e suas mais diversas aplicações.

A realidade virtual como factor de atracção para a engenharia

O objectivo da Realidade Virtual é simples de entender mas muito difícil de implementar: criar ambientes completamente indiferenciáveis do mundo real com os quais se possa interagir de um modo natural. Desde a criação do Sensorama por Morton Heiling em 1962, passando pela difusão do conceito pelo público geral na década de 90 até os dias de hoje, a evolução da Realidade Virtual tem sido constante. Este conjunto de tecnologias tem estado envolvido por uma certa descrença por parte da sociedade, motivada pelas grandes expectativas que lhe foram atribuídas e pelo estado de desenvolvimento do hardware aquando do seu auge. No entanto, actualmente assiste-se a um ressurgimento do seu interesse no público geral com a introdução de imagem estereoscópica no cinema ou o sucesso dos controladores da consola Nintendo Wii. Hoje em dia as suas aplicações são muito variadas: desde o treino de pilotos de avião ao tratamento de fobias, passando pela industria do entretenimento e a visita virtual de locais com interesse histórico ou turístico. O objectivo desta tese de mestrado é explorar uma área que ainda não tem sido muito abrangida pela Realidade Virtual e que cobre também aspectos educacionais e lúdicos de modo a ser um factor de atracção para os estudantes do ensino secundário: a simulação de instrumentos musicais. Para tal foi implementado um sistema capaz de simular instrumentos musicais de percussão (uma bateria) utilizando imagem estereoscópica, som posicional e interfaces com o utilizador realistas. Os resultados obtidos nas sessões de avaliação efectuadas por alunos recentemente ingressados no ensino superior demonstram que o sistema desenvolvido, bem como a inovação em interfaces do utilizador com os dispositivos electrónicos de uma forma geral, constituem um meio efectivo na sua motivação para a escolha de um curso na área da engenharia.

Áudio digital: uma abordagem ao áudio pela perspectiva de ensino

A sociedade contemporânea tem acompanhado a evolução da Internet, ligando cada vez mais pessoas que exigem mais dela a cada dia que passa e desencadeando uma proliferação tecnológica nunca antes observada. A utilização de recursos, como vídeo e áudio na Internet, tem ganho nos últimos anos um crescente interesse. No entanto, constata-se a carência ou falta de recursos educativos digitais na área do áudio, que sejam capazes de apresentar uma pedagogia eficiente face a um tema muito complexo e extenso, para todos aqueles que queiram aprender de forma mais aprofundada o áudio como componente de engenharia. Na internet, sites de vídeos como Youtube ensinam a usar software de edição de áudio como Audacity, conceitos sobre som e áudio. Contudo, todos estão espalhados, sendo que a maior parte deles não possui fundamentos científicos ou uma bibliografia que acompanhe os conteúdos que leccionam. A proposta desta investigação é pesquisar sobre conhecimentos e recursos de áudio, integrando-os num produto Learning Object, Investigar noções teóricas sobre o som, equipamentos e técnicas usadas na área, assim como obter melhores resultados num espaço para a gravação que o aluno poderia fazer, aglomerando esses conceitos num protótipo mediamente desenvolvido. Foi necessária uma investigação extensa nesta área e avaliar e investigar a possibilidade de um recurso educativo, como o DALCH, capaz de proporcionar uma aprendizagem efectiva dos conceitos relacionados com áudio, que é um conceito complexo. Uma vez realizada essa investigação, foi necessário desenvolver, testar e avaliar um produto Learning Object, que apresentasse o áudio na sua globalidade, desde conceitos básicos até conceitos inerentes à própria produção. Foi possível aferir que esta solução pode contribuir para a formação desses alunos mediante uma experiência de aprendizagem agradável e intuitiva.

Morfometria do trato vocal por ressonância magnética: simulação de padrões patológicos articulatórios

Introdução – A análise da forma ou morfometria de estruturas anatómicas, como o trato vocal, pode ser efetuada a partir de imagens bidimensionais (2D) como de aquisições volumétricas (3D) de ressonância magnética (RM). Esta técnica de imagem tem vindo a ter uma utilização crescente no estudo da produção da fala. Objetivos – Demonstrar como pode ser efetuada a morfometria do trato vocal a partir da imagem por ressonância magnética e ainda apresentar padrões anatómicos normais durante a produção das vogais [i a u] e dois padrões articulatórios patológicos em contexto simulado. Métodos – As imagens consideradas foram recolhidas a partir de aquisições 2D (Turbo Spin-eco) e 3D (Flash Gradiente-Eco) de RM em quatro sujeitos durante a produção das vogais em estudo; adicionalmente procedeu-se à avaliação de duas perturbações articulatórias usando o mesmo protocolo de RM. A morfometria do trato vocal foi extraída com recurso a técnicas manuais (para extração de cinco medidas articulatórias) e automáticas (para determinação de volumes) de processamento e análise de imagem. Resultados – Foi possível analisar todo o trato vocal, incluindo a posição e a forma dos articuladores, tendo por base cinco medidas descritivas do posicionamento destes órgãos durante a produção das vogais. A determinação destas medições permitiu identificar quais as estratégias mais comummente adotadas na produção de cada som, nomeadamente a postura articulatória e a variação de cada medida para cada um dos sujeitos em estudo. No contexto de voz falada intersujeitos, foi notória a variabilidade nos volumes estimados do trato vocal para cada som e, em especial, o aumento do volume do trato vocal na perturbação articulatória de sigmatismo. Conclusão – A imagem por RM é, sem dúvida, uma técnica promissora no estudo da fala, inócua, não-invasiva e que fornece informação fiável da morfometria do trato vocal.

Modelos morfológicos tridimensionais por IRM do tracto vocal para as principais vogais do Português Europeu

O entendimento da produção da fala tem sido ampla mente procurado, recorrendo à imagem por ressonância magnética (IRM), mas não é totalmente conhecido, particularmente no que diz respeito aos sons do Português Europeu (PE). O principal objectivo deste estudo foi a caracterização das vogais do PE. Com base na IRM recolheram-se conjuntos de imagens bidimensionais, em cinco posições articulatórias distintas, durante a produção sustentada do som. Após extracção de contornos do tracto vocal procedeu-se à reconstrução tridimensional, constatando-se que a IRM fornece in formação morfológica útil e com considerável precisão acerca da posição e forma dos diferentes articuladores da fala.

Formar intérpretes à distância: o ensino da interpretação remota e de teleconferência no ISCAP

No ano lectivo 2007-2008, foi inaugurado o novo Mestrado em Tradução e Interpretação Especializadas no Instituto Superior de Contabilidade e Administração do Porto/Politécnico do Porto. Aquando da criação deste Mestrado, reformulado a partir da antiga Licenciatura homónima, foi integrada a unidade curricular ―Interpretação Remota e de Teleconferência‖, já como resultado de investigação realizada, no que concerne a influência da imagem sobre o processo de aprendizagem dos estudantes-intérpretes. Este ensaio pretende dar conta do desenvolvimento e da implementação desta unidade curricular, de duas perspectivas metodológicas distintas: por um lado, através do relato de estratégias pedagógicas e de experiências realizadas; por outro, através de uma reflexão científico-pedagógica gerada por este relato, apoiada por trabalhos de investigação recentes sobre interpretação remota (IR) e a comunicação No ano lectivo 2007-2008, foi inaugurado o novo Mestrado em Tradução e Interpretação Especializadas no Instituto Superior de Contabilidade e Administração do Porto/Politécnico do Porto. Aquando da criação deste Mestrado, reformulado a partir da antiga Licenciatura homónima, foi integrada a unidade curricular ―Interpretação Remota e de Teleconferência‖, já como resultado de investigação realizada, no que concerne a influência da imagem sobre o processo de aprendizagem dos estudantes-intérpretes. Este ensaio pretende dar conta do desenvolvimento e da implementação desta unidade curricular, de duas perspectivas metodológicas distintas: por um lado, através do relato de estratégias pedagógicas e de experiências realizadas; por outro, através de uma reflexão científico-pedagógica gerada por este relato, apoiada por trabalhos de investigação recentes sobre interpretação remota (IR) e a comunicação No ano lectivo 2007-2008, foi inaugurado o novo Mestrado em Tradução e Interpretação Especializadas no Instituto Superior de Contabilidade e Administração do Porto/Politécnico do Porto. Aquando da criação deste Mestrado, reformulado a partir da antiga Licenciatura homónima, foi integrada a unidade curricular ―Interpretação Remota e de Teleconferência‖, já como resultado de investigação realizada, no que concerne a influência da imagem sobre o processo de aprendizagem dos estudantes-intérpretes. Este ensaio pretende dar conta do desenvolvimento e da implementação desta unidade curricular, de duas perspectivas metodológicas distintas: por um lado, através do relato de estratégias pedagógicas e de experiências realizadas; por outro, através de uma reflexão científico-pedagógica gerada por este relato, apoiada por trabalhos de investigação recentes sobre interpretação remota (IR) e a comunicaçãoNo ano lectivo 2007-2008, foi inaugurado o novo Mestrado em Tradução e Interpretação Especializadas no Instituto Superior de Contabilidade e Administração do Porto/Politécnico do Porto. Aquando da criação deste Mestrado, reformulado a partir da antiga Licenciatura homónima, foi integrada a unidade curricular ―Interpretação Remota e de Teleconferência‖, já como resultado de investigação realizada, no que concerne a influência da imagem sobre o processo de aprendizagem dos estudantes-intérpretes. Este ensaio pretende dar conta do desenvolvimento e da implementação desta unidade curricular, de duas perspectivas metodológicas distintas: por um lado, através do relato de estratégias pedagógicas e de experiências realizadas; por outro, através de uma reflexão científico-pedagógica gerada por este relato, apoiada por trabalhos de investigação recentes sobre interpretação remota (IR) e a comunicação em ambientes virtuais/multimédia. Em comparação com a interpretação tout court, a IR consiste numa modalidade relativamente recente, apenas viável com o avanço tecnológico. As reacções dos intérpretes profissionais a esta forma de trabalho nem sempre têm sido positivas, considerando que o esforço mental e físico exigido pela interpretação é acrescido de outros conhecimentos mais tecnológicos, de uma parafernália de equipamentos e de condições de recepção de som e imagem por vezes insatisfatórias. Queixam-se, igualmente, de um sentimento de alienação, conferido quer pela sua própria ausência física, quer pela ausência física da audiência e/ou do orador. Neste sentido, é fundamental preparar os estudantes-intérpretes para diferentes situações comunicativas, recorrendo a diversas tecnologias e abordagens pedagógicas. Tentaremos, pois, responder a questões tais como: Que necessidades deve preencher uma unidade curricular desta natureza? Que peso conferir ao desempenho linguístico, comparativamente à capacidade de lidar com a interpretação à distância? Quais as estratégias pedagógicas preferenciais? Que metodologias contribuem para um processo de ensino-aprendizagem mais rico e mais profícuo? Como transmitir aos estudantes-intérpretes a diferença entre a interpretação ‗em presença‘ e a interpretação remota ou ‗à distância‘?

A Cidade e as Serras enquanto peça radiofónica: a semântica de uma paisagem sonora

Dos três meios de comunicação tradicionais, a rádio apresenta-se como aquele em que a investigação académica é quantitativamente menos significativa. Esta constatação é verdadeira para o panorama nacional, mas também internacional. As análises denotam uma maior preponderância para o aprofundamento de estudos relativos à informação que é veiculada pelo meio radiofónico, mas pouco interesse tem existido para a questão da relação criativa implicada entre o ouvinte e o som. A presente comunicação tem como principal objectivo destacar o poder da sonoplastia no desencadear de uma multiplicidade de significações. Desta forma, pretende-se explorar a estética sonora de uma reportagem radiofónica sem nunca esquecer o modo como o som complementa a palavra falada. Para tal analisar-se-á a peça A Cidade e as Serras, da autoria de João Paulo Guerra, construída com base no último romance de Eça de Queirós. Ao nível sonoro, o enfoque desta apresentação privilegiará não só o modo como a riqueza da prosa queirosiana foi reproduzida na reportagem radiofónica de João Paulo Guerra, mas também os métodos utilizados pelo sonoplasta para “pintar” a reportagem de acordo com as paisagens sonoras potenciadas pela obra original.

A Cidade e as Serras enquanto peça radiofónica: a semântica de uma paisagem sonora

Dos três meios de comunicação tradicionais, a rádio apresenta-se como aquele em que a investigação académica é quantitativamente menos significativa. Esta constatação é verdadeira para o panorama nacional, mas também internacional. As análises denotam uma maior preponderância para o aprofundamento de estudos relativos à informação que é veiculada pelo meio radiofónico, ou para os desafios impostos pela tecnologia digital, mas pouco interesse tem existido para a questão da relação criativa implicada entre o ouvinte e o som. A presente comunicação tem como principal objectivo destacar o poder da sonoplastia no desencadear de uma multiplicidade de significações. Desta forma, pretende-se explorar a estética sonora de uma reportagem radiofónica sem nunca esquecer o modo como o som complementa a palavra falada. Para tal, analisar-se-á a peça A Cidade e as Serras, da autoria de João Paulo Guerra, construída com base no último romance de Eça de Queirós. Ao nível sonoro, o enfoque desta apresentação privilegiará a exploração das categorias classificatórias que delinearam o World Soundscape Project – concebido no final da década de 1960, por um grupo de investigadores da Simon Fraser University do Canadá –, e a consequente viabilidade do entrosamento do conceito de paisagem sonora na análise da reportagem radiofónica.

As potencialidades da internet no jornalismo digital: Jornal de Notícias vs Diário de Notícias

Dissertação apresentada à Escola Superior de Comunicação Social como parte dos requisitos para obtenção de grau de mestre em Jornalismo.

O YouTube: potencialidades pedagógicas na aprendizagem da Língua Inglesa no 1.º ciclo do ensino básico

Mestrado em Ensino Precoce do Inglês

Automatic learning for the classification of chemical reactions and in statistical thermodynamics

This Thesis describes the application of automatic learning methods for a) the classification of organic and metabolic reactions, and b) the mapping of Potential Energy Surfaces(PES). The classification of reactions was approached with two distinct methodologies: a representation of chemical reactions based on NMR data, and a representation of chemical reactions from the reaction equation based on the physico-chemical and topological features of chemical bonds. NMR-based classification of photochemical and enzymatic reactions. Photochemical and metabolic reactions were classified by Kohonen Self-Organizing Maps (Kohonen SOMs) and Random Forests (RFs) taking as input the difference between the 1H NMR spectra of the products and the reactants. The development of such a representation can be applied in automatic analysis of changes in the 1H NMR spectrum of a mixture and their interpretation in terms of the chemical reactions taking place. Examples of possible applications are the monitoring of reaction processes, evaluation of the stability of chemicals, or even the interpretation of metabonomic data. A Kohonen SOM trained with a data set of metabolic reactions catalysed by transferases was able to correctly classify 75% of an independent test set in terms of the EC number subclass. Random Forests improved the correct predictions to 79%. With photochemical reactions classified into 7 groups, an independent test set was classified with 86-93% accuracy. The data set of photochemical reactions was also used to simulate mixtures with two reactions occurring simultaneously. Kohonen SOMs and Feed-Forward Neural Networks (FFNNs) were trained to classify the reactions occurring in a mixture based on the 1H NMR spectra of the products and reactants. Kohonen SOMs allowed the correct assignment of 53-63% of the mixtures (in a test set). Counter-Propagation Neural Networks (CPNNs) gave origin to similar results. The use of supervised learning techniques allowed an improvement in the results. They were improved to 77% of correct assignments when an ensemble of ten FFNNs were used and to 80% when Random Forests were used. This study was performed with NMR data simulated from the molecular structure by the SPINUS program. In the design of one test set, simulated data was combined with experimental data. The results support the proposal of linking databases of chemical reactions to experimental or simulated NMR data for automatic classification of reactions and mixtures of reactions. Genome-scale classification of enzymatic reactions from their reaction equation. The MOLMAP descriptor relies on a Kohonen SOM that defines types of bonds on the basis of their physico-chemical and topological properties. The MOLMAP descriptor of a molecule represents the types of bonds available in that molecule. The MOLMAP descriptor of a reaction is defined as the difference between the MOLMAPs of the products and the reactants, and numerically encodes the pattern of bonds that are broken, changed, and made during a chemical reaction. The automatic perception of chemical similarities between metabolic reactions is required for a variety of applications ranging from the computer validation of classification systems, genome-scale reconstruction (or comparison) of metabolic pathways, to the classification of enzymatic mechanisms. Catalytic functions of proteins are generally described by the EC numbers that are simultaneously employed as identifiers of reactions, enzymes, and enzyme genes, thus linking metabolic and genomic information. Different methods should be available to automatically compare metabolic reactions and for the automatic assignment of EC numbers to reactions still not officially classified. In this study, the genome-scale data set of enzymatic reactions available in the KEGG database was encoded by the MOLMAP descriptors, and was submitted to Kohonen SOMs to compare the resulting map with the official EC number classification, to explore the possibility of predicting EC numbers from the reaction equation, and to assess the internal consistency of the EC classification at the class level. A general agreement with the EC classification was observed, i.e. a relationship between the similarity of MOLMAPs and the similarity of EC numbers. At the same time, MOLMAPs were able to discriminate between EC sub-subclasses. EC numbers could be assigned at the class, subclass, and sub-subclass levels with accuracies up to 92%, 80%, and 70% for independent test sets. The correspondence between chemical similarity of metabolic reactions and their MOLMAP descriptors was applied to the identification of a number of reactions mapped into the same neuron but belonging to different EC classes, which demonstrated the ability of the MOLMAP/SOM approach to verify the internal consistency of classifications in databases of metabolic reactions. RFs were also used to assign the four levels of the EC hierarchy from the reaction equation. EC numbers were correctly assigned in 95%, 90%, 85% and 86% of the cases (for independent test sets) at the class, subclass, sub-subclass and full EC number level,respectively. Experiments for the classification of reactions from the main reactants and products were performed with RFs - EC numbers were assigned at the class, subclass and sub-subclass level with accuracies of 78%, 74% and 63%, respectively. In the course of the experiments with metabolic reactions we suggested that the MOLMAP / SOM concept could be extended to the representation of other levels of metabolic information such as metabolic pathways. Following the MOLMAP idea, the pattern of neurons activated by the reactions of a metabolic pathway is a representation of the reactions involved in that pathway - a descriptor of the metabolic pathway. This reasoning enabled the comparison of different pathways, the automatic classification of pathways, and a classification of organisms based on their biochemical machinery. The three levels of classification (from bonds to metabolic pathways) allowed to map and perceive chemical similarities between metabolic pathways even for pathways of different types of metabolism and pathways that do not share similarities in terms of EC numbers. Mapping of PES by neural networks (NNs). In a first series of experiments, ensembles of Feed-Forward NNs (EnsFFNNs) and Associative Neural Networks (ASNNs) were trained to reproduce PES represented by the Lennard-Jones (LJ) analytical potential function. The accuracy of the method was assessed by comparing the results of molecular dynamics simulations (thermal, structural, and dynamic properties) obtained from the NNs-PES and from the LJ function. The results indicated that for LJ-type potentials, NNs can be trained to generate accurate PES to be used in molecular simulations. EnsFFNNs and ASNNs gave better results than single FFNNs. A remarkable ability of the NNs models to interpolate between distant curves and accurately reproduce potentials to be used in molecular simulations is shown. The purpose of the first study was to systematically analyse the accuracy of different NNs. Our main motivation, however, is reflected in the next study: the mapping of multidimensional PES by NNs to simulate, by Molecular Dynamics or Monte Carlo, the adsorption and self-assembly of solvated organic molecules on noble-metal electrodes. Indeed, for such complex and heterogeneous systems the development of suitable analytical functions that fit quantum mechanical interaction energies is a non-trivial or even impossible task. The data consisted of energy values, from Density Functional Theory (DFT) calculations, at different distances, for several molecular orientations and three electrode adsorption sites. The results indicate that NNs require a data set large enough to cover well the diversity of possible interaction sites, distances, and orientations. NNs trained with such data sets can perform equally well or even better than analytical functions. Therefore, they can be used in molecular simulations, particularly for the ethanol/Au (111) interface which is the case studied in the present Thesis. Once properly trained, the networks are able to produce, as output, any required number of energy points for accurate interpolations.

Natureza de anticorpos precipitantes específicos da paracoccidioidomicose (blastomicose Sul-Americana), revelados por contra-imunoeletroforese

Os Autores estudaram soros de 20 pacientes, portadores de paracoccidioidomicose (blastomicose Sul-Americana), utilizando coluna de Sephadex G-200 para a separação das imunoglobulinas e o método de contra-imunoeletroforese em agarose para a verificação de anticorpos específicos aos fungos. Como antígeno usaram culturas de Paracoccidioides em fase de levedura, tratadas por ultra-som. Os soros dos pacientes que apresentaram 1, 2, 3 ou 4 linhas de precipitação foram separados em coluna e as frações obtidas foram concentradas e examinadas em contra-imunoeletroforese, com o antígeno citado. Verificaram, assim, que apenas as frações com teor conveniente de imunoglobulinas IgG reproduziram os achados obtidos com os soros totais correspondentes; as frações com teor normal de IgA e IgM e com quantidade pequena ou nula de IgG não produziram linha de precipitação. Concluem que os anticorpos precipitantes em gel específicos do Paracoccidioides são do tipo IgG.