Model-based clustering in gene expression microarrays: An application to breast cancer data

In microarray studies, the application of clustering techniques is often used to derive meaningful insights into the data. In the past, hierarchical methods have been the primary clustering tool employed to perform this task. The hierarchical algorithms have been mainly applied heuristically to these cluster analysis problems. Further, a major limitation of these methods is their inability to determine the number of clusters. Thus there is a need for a model-based approach to these. clustering problems. To this end, McLachlan et al. [7] developed a mixture model-based algorithm (EMMIX-GENE) for the clustering of tissue samples. To further investigate the EMMIX-GENE procedure as a model-based -approach, we present a case study involving the application of EMMIX-GENE to the breast cancer data as studied recently in van 't Veer et al. [10]. Our analysis considers the problem of clustering the tissue samples on the basis of the genes which is a non-standard problem because the number of genes greatly exceed the number of tissue samples. We demonstrate how EMMIX-GENE can be useful in reducing the initial set of genes down to a more computationally manageable size. The results from this analysis also emphasise the difficulty associated with the task of separating two tissue groups on the basis of a particular subset of genes. These results also shed light on why supervised methods have such a high misallocation error rate for the breast cancer data.

The value of screening in siblings of patients with abdominal aortic aneurysm

Objectives. This study aimed to determine the incidence of abdominal aortic aneurysm (AAA) in a large group of siblings of Australian AAA patients to determine if screening in this group is justified. Methods. 1254 siblings of 400 index AAA patients were identified and offered aortic ultrasound screening. An age and sex matched control group was recruited from patients having abdominal CT scans for non-vascular indications. AAA was defined by an infrarenal aortic diameter of greater than or equal to3 cm or a ratio of the infrarenal to suprarenal aortic diameter of greater than or equal to2.0. A ratio of 1.0-1.5 was considered normal, and a ratio of >1.5 to

The value of idiosyncratic markers and changes to conserved tRNA sequences from the mitochondrial genome of hard ticks (Acari: Ixodida: Ixodidae) for phylogenetic inference

Idiosyncratic markers are features of genes and genomes that are so unusual that it is unlikely that they evolved more than once in a lineage of organisms. Here we explore further the potential of idiosyncratic markers and changes to typically conserved tRNA sequences for phylogenetic inference. Hard ticks were chosen as the model group because their phylogeny has been studied extensively. Fifty-eight candidate markers from hard ticks ( family Ixodidae) and 22 markers from the subfamily Rhipicephalinae sensu lato were mapped onto phylogenies of these groups. Two of the most interesting markers, features of the secondary structure of two different tRNAs, gave strong support to the hypothesis that species of the Prostriata ( Ixodes spp.) are monophyletic. Previous analyses of genes and morphology did not strongly support this relationship, instead suggesting that the Prostriata is paraphyletic with respect to the Metastriata ( the rest of the hard ticks). Parallel or convergent evolution was not found in the arrangements of mitochondrial genes in ticks nor were there any reversals to the ancestral arthropod character state. Many of the markers identified were phylogenetically informative, whereas others should be informative with study of additional taxa. Idiosyncratic markers and changes to typically conserved nucleotides in tRNAs that are phylogenetically informative were common in this data set, and thus these types of markers might be found in other organisms.

Clinical and economic impact of exercise electrocardiography and exercise echocardiography in clinical practice

Background Patients with known or suspected coronary disease are often investigated to facilitate risk assessment. We sought to examine the cost-effectiveness of strategies based on exercise echocardiography and exercise electrocardiography. Methods and results We studied 7656 patients undergoing exercise testing; of whom half underwent exercise echocardiography. Risk was defined with the Duke treadmill score for those undergoing exercise electrocardiography alone, and by the extent of ischaemia by exercise echocardiography. Cox proportional hazards models, risk adjusted for pretest likelihood of coronary artery disease, were used to estimate time to cardiac death or myocardial infarction. Costs (including diagnostic and revascularisation procedures, hospitalisations, and events) were calculated, inflation-corrected to year 2000 using Medicare trust fund rates and discounted at a rate of 5%. A decision model was employed to assess the marginal cost effectiveness (cost/life year saved) of exercise echo compared with exercise electrocardiography. Exercise echocardiography identified more patients as low-risk (51% vs 24%, p<0.001), and fewer as intermediate- (27% vs 51%, p<0.001) and high-risk (22% vs 4%); survival was greater in low- and intermediate- risk and less in high-risk patients. Although initial procedural costs and revascularisation costs (in intermediate- high risk patients) were greater, exercise echocardiography was associated with a greater incremental life expectancy (0.2 years) and a lower use of additional diagnostic procedures when compared with exercise electrocardiography (especially in lower risk patients). Using decision analysis, exercise echocardiography (Euro 2615/life year saved) was more cost effective than exercise electrocardiography. Conclusion Exercise echocardiography may enhance cost-effectiveness for the detection and management of at risk patients with known or suspected coronary disease. (C) 2003 Published by Elsevier Science Ltd on behalf of The European Society of Cardiology.

The paternity of the price-quality 'value map'

In the literature on firm strategy and product differentiation, consumer price-quality trade-offs are sometimes represented using consumer 'value maps'. These involve the geometric representation of indifferent price and quality combinations as points along curves that are concave to the 'quality' axis. In this paper, it is shown that the value map for price-quality tradeoffs may be derived from a Hicksian compensated demand curve for product quality. The paper provides the theoretical link between analytical methods employed in the existing literature on firm strategy and competitive advantage with the broader body of economic analysis.

Characterization of E-cadherin endocytosis in isolated MCF-7 and Chinese hamster ovary cells - The initial fate of unbound E-cadherin

The endocytosis of E-cadherin has recently emerged as an important determinant of cadherin function with the potential to participate in remodeling adhesive contacts. In this study we focused on the initial fate of E-cadherin when it predominantly exists free on the cell surface prior to adhesive binding or incorporation into junctions. Surface-labeling techniques were used to define the endocytic itinerary of E-cadherin in MCF-7 cells and in Chinese hamster ovary cells stably expressing human E-cadherin. We found that in this experimental system E-cadherin entered a transferrin-negative compartment before transport to the early endosomal compartment, where it merged with classical clathrin-mediated uptake pathways. E-cadherin endocytosis was inhibited by mutant dynamin, but not by an Eps15 mutant that effectively blocked transferrin internalization. Furthermore, sustained signaling by the ARF6 GTPase appeared to trap endocytosed E-cadherin in large peripheral structures. We conclude that in isolated cells unbound E-cadherin on the cell surface is predominantly endocytosed by a clathrin-independent pathway resembling macropinocytotic internalization, which then fuses with the early endosomal system. Taken with earlier reports, this suggests the possibility that multiple pathways exist for E-cadherin entry into cells that are likely to reflect cell context and regulation.

Water table waves in an unconfined aquifer: Experiments and modeling

[1] Comprehensive measurements are presented of the piezometric head in an unconfined aquifer during steady, simple harmonic oscillations driven by a hydrostatic clear water reservoir through a vertical interface. The results are analyzed and used to test existing hydrostatic and nonhydrostatic, small-amplitude theories along with capillary fringe effects. As expected, the amplitude of the water table wave decays exponentially. However, the decay rates and phase lags indicate the influence of both vertical flow and capillary effects. The capillary effects are reconciled with observations of water table oscillations in a sand column with the same sand. The effects of vertical flows and the corresponding nonhydrostatic pressure are reasonably well described by small-amplitude theory for water table waves in finite depth aquifers. That includes the oscillation amplitudes being greater at the bottom than at the top and the phase lead of the bottom compared with the top. The main problems with respect to interpreting the measurements through existing theory relate to the complicated boundary condition at the interface between the driving head reservoir and the aquifer. That is, the small-amplitude, finite depth expansion solution, which matches a hydrostatic boundary condition between the bottom and the mean driving head level, is unrealistic with respect to the pressure variation above this level. Hence it cannot describe the finer details of the multiple mode behavior close to the driving head boundary. The mean water table height initially increases with distance from the forcing boundary but then decreases again, and its asymptotic value is considerably smaller than that previously predicted for finite depth aquifers without capillary effects. Just as the mean water table over-height is smaller than predicted by capillarity-free shallow aquifer models, so is the amplitude of the second harmonic. In fact, there is no indication of extra second harmonics ( in addition to that contained in the driving head) being generated at the interface or in the interior.

Effects of heat treatment on the nutritional value of raw soybean selected for low trypsin inhibitor activity

1. Two broiler experiments and a layer experiments were conducted on Kunitz trypsin inhibitor (Kti) soybeans (SB) of low trypsin inhibitor (TI) activity to determine their nutritive value when included as mash in least-cost poultry diets. 2. Experiment 1 compared chick performance on the Kti or raw SB using a commercial full-fat SB meal (FFSBM) and a solvent extracted SB meal (SBM) as controls during a 20 d experimental period. Broiler experiment 2 compared Kti and raw SB, non-steamed, or steam-pelleted with and without DL-methionine supplementation added to every treatment containing 170 g SB/kg. For each broiler experiment the levels of each SB were 70, 120 and 170 g/kg with the control birds fed only 170 g SB/kg. 3. The layer experiment, compared steam-pelleted Kti and raw SB against a non-steamed Kti and raw SB each fed at two levels (70 and 110 g/kg) x 30 replicates from 29 weeks of age for 19 weeks in a completely randomised design. Production parameters were measured when diets were formulated to contain minimum required specifications and calculated apparent metabolisable energy (AME). At the completion of each trial, 2 broiler birds from each cage and 5 layer birds per treatment were killed, weighed, and their liver and pancreas weighed. 4. Both broiler experiments indicated that production parameters on the Kti SB treatments were significantly lower (P < 0.05) than on the two commercial control SB treatments. However, the Kti treatments were superior to the raw SB treatments. 5. Pancreas weight increased with increasing inclusion of both raw and Kti SB, suggesting that a TI was causing the depression in performance. The AME of the Kti SB was similar to that of commercial FFSB meal. After steam conditioning, the raw SB meal AME value of 9.5 MJ/kg dry matter (DM) was improved to 14.1 MJ/kg DM by reduced TI activity, but this AME improvement with TI activity reduction, plus the supplementation with DL-methionine on birds fed the raw SB had no effect (P > 0.05) on any parameter evaluated in experiment 2. 6. The layer experiment showed that hens on the Kti SB treatments had significantly greater live weight gain (LWG), egg weight and daily egg mass than birds given raw SB. A reduced food intake (FI) was observed in the Kti treatments but egg mass was generally similar to that on the FFSB control diet, indicating that Kti SB supported excellent egg production at an inclusion of 110 g/kg. The depressed performance observed for broiler chicks suggest that younger birds are more susceptible to the effects of SB TI.

Forma????o de carreiras para a gest??o p??blica contempor??nea: o caso dos especialistas em pol??ticas p??blicas e gest??o governamental

O artigo analisa o curso de forma????o inicial para a carreira de Especialista em Pol??ticas P??blicas e Gest??o Governamental (EPPGG), recentemente reformulado. Conclui-se que as mudan??as realizadas no curso, tendo em vista os problemas enfrentados em edi????es anteriores, os desafios contempor??neos da administra????o p??blica, a crescente complexidade dos problemas e as demandas da sociedade, proporcionaram respostas bastante adequadas. No entanto, persistem in??meros desafios, dentre os quais se destacam o aprimoramento do ensino de aplica????o e novas tecnologias. Ao longo das nove edi????es do curso, percebe-se que os principais objetivos do projeto inicial da carreira permaneceram, mesmo com todas as descontinuidades administrativas. Preservaram-se o perfil generalista e as policompet??ncias na forma????o do EPPGG, a fim de permitir ao profissional uma vis??o abrangente e integrada dos complexos problemas da administra????o p??blica e desenvolver a capacidade de analisar, decidir e buscar os melhores resultados em prol do cidad??o, conduzindo as rela????es e as atividades profissionais de acordo com os princ??pios da ??tica p??blica.

O trabalho e a competência industriosa no beneficiamento de granitos : uma cartografia ergológica

O intuito inicial desta pesquisa foi acompanhar processos de trabalho à luz do referencial teórico da Ergologia e, portanto, concebendo o trabalho como relação dialética entre técnica e ação humana. O objetivo era cartografar o trabalho no processo de beneficiamento de granitos em uma organização de grande porte localizada no Espírito Santo e, após algum tempo em campo, o problema delineou- se do seguinte modo: como se constitui a competência industriosa no beneficiamento de granitos em uma organização de grande porte? A pesquisa justifica-se uma vez que, a despeito da relevância econômica, o cenário capixaba de rochas ornamentais apresenta problemas precários no que diz respeito à gestão. Para os Estudos Organizacionais, a relevância é reforçada pelo fato de aproximar desta área a abordagem ergológica e demarcar no debate sobre competência a noção de competência industriosa, ainda não explorada nesse campo de estudo. Para realização da pesquisa, foi praticada uma cartografia ergológica, a partir da articulação das pistas cartográficas com o referencial teórico-conceitual da Ergologia, sendo utilizadas como técnicas: observação participante durante 6 meses, com uma média de 3 visitas a campo por semana; 8 entrevistas semiestruturadas e em profundidade de cerca de 50 minutos cada com trabalhadores operacionais; uma entrevista com gerente de produção e outra com representante da área de Gestão de Pessoas; conversas com os demais trabalhadores, a fim de enriquecer o diário de campo; novas conversas e observações ao final da análise, para confrontação-validação com os trabalhadores. A sistematização dos procedimentos de análise pode ser assim descrita: a) leituras flutuantes com objetivo de fazer emergirem aspectos centrais relacionados às duas dimensões do trabalho, técnica e ação humana; b) leituras em profundidade com objetivo de fazer emergirem singularidades e especificidades relativas à dialética entre ambas; c) leituras em profundidade com objetivo de fazer emergirem aspectos relativos aos ingredientes da competência industriosa. A despeito da não delimitação de categorias analíticas e subcategorias, a partir da análise emergiram cinco eixos analíticos: 1) os procedimentos a serem empregados no processo de beneficiamento de granitos, englobando: as etapas do beneficiamento; as funções a serem desempenhadas e as tarefas a serem desenvolvidas; as normas regulamentadoras; os conhecimentos técnicos necessários para programação e operação de máquinas; a ordem de produção prescrita pelo setor comercial; 2) o trabalho real, diferenciado do trabalho como emprego de procedimentos pelo foco dado à ação humana no enfrentamento de situações reais, repletas de eventos e variabilidades, em todo o processo, englobando: preparo de carga; laminação; serrada; levigamento; resinagem; polimento-classificação; retoque; fechamento de pacote; ovada de contêiner; 3) diferentes modos de usos de si que, em tendência, são responsáveis pela constituição do agir em competência em cada etapa do processo, na dialética entre técnica e ação humana; 4) o modo como cada ingrediente da competência industriosa atua e se constitui, bem como sua concentração, em tendência, em cada etapa do processo, a partir dos tipos de usos de si que, também em tendência, são mais responsáveis pelo agir em competência, apresentando assim o perfil da competência industriosa no beneficiamento de granitos na empresa em análise; 5) dois possíveis fatores potencializadores dos ingredientes da competência industriosa, a saber, a transdução e os não-humanos. A partir de todo o exposto, as últimas considerações problematizam aspectos relativos ao debate sobre competências e práticas de gestão de pessoas a partir da competência compreendida da seguinte forma: mestria no ato de tirar partido do meio e de si para gerir situações de trabalho, em que a ação consiste na mobilização de recursos dificilmente perceptíveis e descritíveis, inerentes ao trabalhador, porém constituídos e manifestos por usos de si por si e pelos outros no e para o ato real de trabalho, marcadamente num nível infinitesimal, diante de situações que demandam aplicação de protocolos concomitante à gestão de variabilidades e eventos em parte inantecipáveis e inelimináveis.

Efeito da adição de óleo essencial de pimenta rosa (Schinus terebinthifolius Raddi) microencapsulado em queijo minas frescal

A pimenta rosa é o fruto da aroeira (Schinus terebinthifolius Raddi), uma planta nativa do Brasil. A extração e caracterização do seu óleo essencial viabiliza a sua utilização industrial. Este trabalho teve como objetivo avaliar o efeito da adição de óleo essencial de pimenta rosa em queijo Minas Frescal . Foram identificados 95,36% dos constituintes do óleo essencial, sendo o δ-careno-3 o componente majoritário. O óleo essencial de pimenta rosa apresentou características antioxidante (2,53 ± 0,28 μmols de trolox por mL de óleo) e antimicrobiana para o desenvolvimento de Staphylococcus aureus. Foi observado, no teste de difusão em ágar, a formação do halo de inibição de 1,35 ± 0,32 cm, e na análise de concentração inibitória mínima, o valor de 3,13%. O óleo essencial é sensível à degradação no meio em que se encontra, portanto necessita de processos tecnológicos para assegurar sua ação. Para proteger o óleo essencial foi realizada a microencapsulação por meio da secagem por spray dryer. O óleo foi microencapsulado utilizando três formulações com diferentes concentrações de goma arábica, maltodextrina e amido modificado como papel de parede. As microcápsulas obtidas foram analisadas quanto às suas características físico-químicas e morfológicas e foi selecionada uma formulação para posterior adição ao queijo Minas Frescal. A formulação com 5% de amido modificado, 10% de maltodextrina e 5% de goma arábica foi selecionada. Para definição da concentração de óleo essencial que foi utilzada no queijo, foi realizado teste sensorial de ordenação-preferência, visto que a concentração inibitória mínima (3,13%) era muito alta para ser utilizada nos queijos. A formulação com 0,01% de óleo essencial foi a preferida e utilizada para fabricação dos queijos. Foram elaborados e caracterizados os queijos controle (CO) e o queijo com adição das microcápsulas de óleo essencial de pimenta rosa (OEPR). Em relação às características físico-químicas, os queijos CO e OEPR só apresentaram diferença significativa em relação à umidade (P= 0,0021; α=0,05). O queijo OEPR teve boa aceitação sensorial com média de aceitação global de 7,6 ± 0,97, não apresentando diferença significativa, ao nível de 95% de confiança, do queijo controle (7,6 ± 1,18). Para avaliar a capacidade do óleo essencial de pimenta rosa microencapsulado em inibir o desenvolvimento de S. aureus, foram inoculadas nos queijos CO e OEPR concentrações iniciais de 106 UFG.g. Os queijos foram armazenados em BOD à temperatura de 4 ± 1 °C até realização das análises, que ocorreram nos tempos: 0, 3, 6, 9, 12, 15 e 30 dias. Houve redução de 1,53 ciclos Log no queijo adicionado de óleo essencial de pimenta rosa. De acordo com os resultados obtidos, conclui-se que o óleo essencial de pimenta rosa é uma alternativa viável de utilização em queijo Minas Frescal , devido ao seu potencial antioxidante, antimicrobiano e à sua aceitação sensorial.

A representação social da violência de gênero contra a mulher no Espírito Santo

O objetivo principal deste trabalho é analisar como os meios de comunicação ajudam a construir a representação social da violência de gênero contra a mulher no Espírito Santo, que lidera o ranking nacional de feminicídios, com taxa de 9,8 homicídios para cada 100 mil mulheres. Elegemos como corpus de pesquisa notícias sobre violência de gênero no ES, veiculadas no ano de 2013, nos jornais A Gazeta e A Tribuna. Em hipótese, acreditamos que essas notícias ajudam a construir representações sociais acerca da violência de gênero a partir da apresentação de estereótipos de vítima e agressor na sociedade, da individualização do problema da violência, da associação desse problema às classes sociais menos privilegiadas e da apresentação do crime de violência de gênero como crime passional. O estudo dessas notícias apresenta-se como algo complexo, do qual não participam apenas informações de ordem linguística, mas também de carácter social, histórico, cultural e cognitivo, uma vez que a análise discursiva não pode ser dissociada do contexto, dos atores sociais e das instituições envolvidas na produção da notícia, bem como das ideologias presentes nesse processo. Por esse motivo, assumimos como base teórica de nossa investigação uma proposta multidisciplinar: a Teoria Sociocognitiva de Teun A. van Dijk (1999a; 2011a; 2012; 2014b). Ademais, contamos com as contribuições dos estudos sobre gênero e discurso de Cameron (1985, 1997), Wodak (1997), West, Lazar e Kramarae (2000), Fernández Díaz (2003), Lazar (1993, 2005, 2007), Magalhães (2005; 2009), Heberle, Ostermann e Figueiredo (2006). Além das análises discursivo-analíticas, também utilizamos o programa de linguística de corpus WordSmith Tools para realizar análises quantitativas. Os resultados das análises nos levaram à confirmação das hipóteses iniciais: o discurso das notícias reforça estereótipos de vítima e agressor, típicos de uma estrutura social patriarcal, na qual é atribuída à vítima ou aos vícios (álcool e drogas) a responsabilidade da violência sofrida; além disso, a violência de gênero é apresentada como um problema individual e associada às classes sociais menos favorecidas; e, por último, o discurso das notícias apresenta grande parte dos crimes de violência de gênero como crimes passionais.