Uma abordagem sobre infecções endodônticas

As infeções endodônticas envolvem a invasão e multiplicação de microrganismos na polpa dentária e tecidos periapicais sendo responsáveis por dois tipos de patologias: as patologias pulpares e as patologias periapicais. Relativamente às patologias pulpares destacam-se a pulpite reversível, a pulpite irreversível e a necrose pulpar. Quanto às patologias periapicais, destacam-se o abcesso apical agudo, o abcesso apical crónico, a periodontite apical aguda, a periodontite apical crónica, o granuloma perirradicular e o quisto perirradicular. As doenças pulpares e periapicais apresentam manifestações clínicas diferentes que, em conjunto com os sinais e sintomas manifestados pelo paciente permitem diagnosticar o tipo de infeção endodôntica. As infeções endodônticas estão associadas a uma elevada diversidade de bactérias, sendo frequentemente intituladas de infeções endodônticas polimicrobianas. Sabe-se que os microrganismos são a causa principal das doenças pulpares e periapicais e, por esse motivo, o objetivo principal do Tratamento Endodôntico consiste na eliminação dos microrganismos e prevenção da re-infeção. O tratamento das infeções endodônticas baseia-se na preparação químico-mecânica do sistema de canais radiculares – instrumentação e irrigação – seguida da obturação e culminando com a restauração definitiva ou tratamento reabilitador. Este trabalho tem como objetivos adquirir um conhecimento mais amplo relativamente aos tipos de infeções endodônticas, à realização dos diversos diagnósticos e, principalmente, às várias opções de tratamento, disponíveis na área da Endodontia. Para tal foi realizada uma pesquisa bibliográfica baseada em artigos científicos, publicados nas bases de dados PubMed, Scielo e Science Direct bem como em alguns livros relacionados com o tema.

Rice-Infecting Pseudomonas Genomes Are Highly Accessorized and Harbor Multiple Putative Virulence Mechanisms to Cause Sheath Brown Rot

Sheath rot complex and seed discoloration in rice involve a number of pathogenic bacteria that cannot be associated with distinctive symptoms. These pathogens can easily travel on asymptomatic seeds and therefore represent a threat to rice cropping systems. Among the rice-infecting Pseudomonas, P. fuscovaginae has been associated with sheath brown rot disease in several rice growing areas around the world. The appearance of a similar Pseudomonas population, which here we named P. fuscovaginae-like, represents a perfect opportunity to understand common genomic features that can explain the infection mechanism in rice. We showed that the novel population is indeed closely related to P. fuscovaginae. A comparative genomics approach on eight rice-infecting Pseudomonas revealed heterogeneous genomes and a high number of strain-specific genes. The genomes of P. fuscovaginae-like harbor four secretion systems (Type I, II, III, and VI) and other important pathogenicity machinery that could probably facilitate rice colonization. We identified 123 core secreted proteins, most of which have strong signatures of positive selection suggesting functional adaptation. Transcript accumulation of putative pathogenicity-related genes during rice colonization revealed a concerted virulence mechanism. The study suggests that rice-infecting Pseudomonas causing sheath brown rot are intrinsically diverse and maintain a variable set of metabolic capabilities as a potential strategy to occupy a range of environments.

Infecções odontogénicas

Introdução: As infecções odontogénicas constituem uma das patologias mais prevalentes e o principal motivo para a procura de cuidados médico-dentários a nível mundial. Todos os Médicos Dentistas deverão mostrar-se aptos a realizar um rápido diagnóstico bem como decidir de forma eficaz, ponderada e devidamente fundamentada qual o tratamento a aplicar a cada caso tendo consciência que a progressão de uma infecção odontogénica é, muitas vezes, imprevisível e um tratamento tardio ou incorrecto poderá acarretar complicações que implicam risco de vida para o paciente ao comprometer os espaços faciais profundos da cabeça e pescoço. Objectivo: Esta dissertação pretende, recorrendo à literatura existente, auxiliar o Médico Dentista no diagnóstico de uma infecção odontogénica e, essencialmente, evidenciar qual o tratamento preconizado ou considerado mais eficaz para este tipo de infecções orais. Materiais e métodos: Para a execução desta revisão da literatura, foi desenvolvida uma pesquisa, entre Janeiro e Junho de 2016, recorrendo à Biblioteca Ricardo Reis da Universidade Fernando Pessoa e à Biblioteca da Faculdade de Medicina Dentária da Universidade do Porto, ao portal “DGS” e às bases de dados electrónicas: PUBMED, SCIENCEDIRECT e Repositório Institucional da Universidade de Barcelona utilizando, para esse fim, as “palavras-chave” estabelecidas. Em suma, na realização da presente dissertação, foram consultadas três obras literárias e 23 artigos científicos. Conclusão: Segundo a literatura analisada, não existe consenso absoluto sobre qual o antibiótico que deverá ser prescrito no tratamento de infecções odontogénicas. A amoxicilina continua a ser referenciada como primeira linha de tratamento e, a necessidade e as vantagens da associação desta ao ácido clavulânico, são evidenciadas por diversos autores. A clindamicina é o antibiótico que se apresenta como segunda linha de tratamento, em casos de alergia aos beta-lactâmicos.

Infecções cervicais profundas, casuística do serviço de otorrinolaringologia do Hospital Prof. Doutor Fernando Fonseca

As infecções cervicais profundas constituem um verdadeiro desafio clínico, permanecendo na actualidade um problema relevante de saúde. Objectivo: Análise estatística dos internamentos com diagnóstico de celulite/abcesso cervical no Serviço de Otorrinolaringologia do Hospital Prof. Doutor Fernando Fonseca. Material e métodos: Avaliação de processos clínicos referentes a internamentos com o diagnóstico de entrada de celulite/ abcesso cervical, entre 2001-2011. Resultados: Neste período foram internados 80 doentes com média de idade de 44 anos. As infecções odontogénicas foram responsáveis por 83,3% das etiologias detectadas. O tempo médio de internamento foi de 8,72 dias. 94% dos doentes foram medicados com antibioterapia de acção dupla e em 22,5% recorreu-se à drenagem cervical. Conclusão: Ainda hoje as infecções cervicais profundas constituem casos de gravidade acrescida, com índice de mortalidade elevado. A infecção odontogénica constitui a sua principal etiologia. A instituição de antibioterapia endovenosa precoce e eventual drenagem cirúrgica são fundamentais no tratamento desta condição.

Crianças com infecções respiratórias agudas: como são cuidadas em casa?

Objetivou-se, neste estudo exploratório/descritivo, identificar conhecimentos e necessidades dos cuidadores da criança com Infecção Respiratória Aguda (IRA) através de uma amostra de 129 crianças atendidas no serviço de crescimento e desenvolvimento de uma unidade de saúde. Foram aplicados formulários junto aos cuidadores, em seu domicílio, nos meses de fevereiro e março de 2002. Os cuidadores eram do sexo feminino, a maioria jovem, com ensino fundamental incompleto e com renda de 1 a 2 salários. Em relação aos primeiros cuidados com a criança doente, 48,2% dos cuidadores procuram o médico, 36,6% medicam por conta própria e 13,2% utilizam fitoterápicos. Como medidas de prevenção contra pneumonia em crianças com IRA leve, os cuidadores utilizam medidas de senso comum e sabem reconhecer sinais de gravidade das doenças, por experiências anteriores, revelando uma lacuna do conhecimento dos principais sinais e sintomas de doenças graves do trato respiratório

Stenosis triggers spread of helical Pseudomonas biofilms in cylindrical flow systems

Biofilms are multicellular bacterial structures that adhere to surfaces and often endow the bacterial population with tolerance to antibiotics and other environmental insults. Biofilms frequently colonize the tubing of medical devices through mechanisms that are poorly understood. Here we studied the helicoidal spread of Pseudomonas putida biofilms through cylindrical conduits of varied diameters in slow laminar flow regimes. Numerical simulations of such flows reveal vortical motion at stenoses and junctions, which enhances bacterial adhesion and fosters formation of filamentous structures. Formation of long, downstream-flowing bacterial threads that stem from narrowings and connections was detected experimentally, as predicted by our model. Accumulation of bacterial biomass makes the resulting filaments undergo a helical instability. These incipient helices then coarsened until constrained by the tubing walls, and spread along the whole tube length without obstructing the flow. A three-dimensional discrete filament model supports this coarsening mechanism and yields simulations of helix dynamics in accordance with our experimental observations. These findings describe an unanticipated mechanism for bacterial spreading in tubing networks which might be involved in some hospital-acquired infections and bacterial contamination of catheters.

Polyporus squamosus (Huds.) Fr from different origins: chemical characterization, screening of the bioactive properties and specific antimicrobial effects against Pseudomonas aeruginosa

Wild mushrooms are mainly collected during the rainy season and valued as a nutritious food and sources of natural medicines and nutraceuticals. The aim of this study was to determine the chemical composition and bioactive properties (antioxidant, antimicrobial and cytotoxicity) of Polyporus squamosus from two different origins, Portugal and Serbia. The sample from Portugal showed higher contents of as protein (17.14 g/100 g), fat (2.69 g/100 g), ash (3.15 g/100 g) and carbohydrates (77.02 g/100 g); the same sample gave the highest antioxidant activity: highest reducing power, DPPH radical scavenging activity, and lipid peroxidation inhibition in both β-carotene/linoleate and TBARS assay. These results could be related to its higher content in total tocopherols (1968.65 μg/100 g) and phenolic compounds (1.29 mg/100 g). Both extracts exhibited antibacterial activity against all the tested organisms. The samples from Serbia gave higher overall antibacterial activity and showed excellent antibiofilm activity (88.30 %). Overall, P. squamosus methanolic extracts possessed antioxidant, antimicrobial, antibiofilm and anti-quorum sensing activity, and without toxicity for liver cells. This investigation highlights alternatives to be explored for the treatment of bacterial infections, in particular against Pseudomonas aeruginosa. This study provides important results for the chemical and bioactive properties, especially antimicrobial activity of the mushroom P. squamosus. Moreover, to the authors’ knowledge this is the first report on sugars, organic acids, and individual phenolic compounds in P. squamosus.

Pseudomonas fluorescentes provenientes da rizosfera de solanáceas no controle de Ralstonia solanacearum em tomateiro

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2015.

PAMP-triggered immunity against Pseudomonas syringae involves microRNA-mediated regulation of several uncharacterized R genes

Two main types of noncoding small RNA molecules have been found in plants: microRNAs (miRNAs) and small interfering RNAs (siRNAs). They differ in their biogenesis and mode of action, but share similar sizes (20-24 nt). Their precursors are processed by Dicer-Like RNase III (dcl) proteins present in Arabidopsis thaliana, and in their mature form can act as negative regulators of gene expression, being involved in a vast array of plant processes, including plant development, genomic integrity or response to stress. Small-RNA mediated regulation can occurs at transcriptional level (TGS) or at post-transcriptional level (PTGS). In recent years, the role of gene silencing in the regulation of expression of genes related to plant defence responses against bacterial pathogens is becoming clearer. Comparisons carried out in our lab between the expression profiles of different mutants affected in gene silencing, and plants challenged with Pseudomonas syringae pathovar tomato DC3000, led us to identify a set of uncharacterized R genes, belonging to the TIR-NBS-LRR gene family, differentially expressed in these conditions. Through the use of bioinformatics tools, we found a miRNA* of 22 nt putatively responsible for down-regulating expression of these R genes through the generation of siRNAs. We have also found that the corresponding pri-miRNA is down-regulated after PAMP-perception in a SA-dependent manner. We also demonstrate that plants with altered levels of miRNA* (knockdown lines or overexpression lines) exhibit altered PTI-associated phenotypes, suggesting a role for this miRNA* in this defence response against bacteria. In addition we identify one of the target genes as a negative regulator of defence response against Pseudomonas syringae.

Mutational and acquired carbapenem resistance mechanisms in multidrug resistant Pseudomonas aeruginosa clinical isolates from Recife, Brazil

An investigation was carried out into the genetic mechanisms responsible for multidrug resistance in nine carbapenem- resistant Pseudomonas aeruginosa isolates from different hospitals in Recife, Brazil. Susceptibility to antimicrobial agents was determined by broth microdilution. Polymerase chain reaction (PCR) was employed to detect the presence of genes encoding β-lactamases, aminoglycoside-modifying enzymes (AMEs), 16S rRNA methylases, integron-related genes and OprD. Expression of genes coding for efflux pumps and AmpC cephalosporinase were assessed by quantitative PCR. The outer membrane proteins were separated by sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis. The blaSPM-1, blaKPC-2 and blaGES-1 genes were detected in P. aeruginosa isolates in addition to different AME genes. The loss of OprD in nine isolates was mainly due to frameshift mutations, premature stop codons and point mutations. An association of loss of OprD with the overexpression of MexAB-OprM and MexXYOprM was observed in most isolates. Hyper-production of AmpC was also observed in three isolates. Clonal relationship of the isolates was determined by repetitive element palindromic-PCR and multilocus sequence typing. Our results show that the loss of OprD along with overexpression of efflux pumps and β-lactamase production were responsible for the multidrug resistance in the isolates analysed.

Ferrous iron sensing and responding in Pseudomonas aeruginosa

Controlling iron distribution is important for all organisms, and is key in bacterial pathogenesis. It has long been understood that cystic fibrosis (CF) patient sputum contains elevated iron concentrations. However, anaerobic bacteria have been isolated from CF sputum and hypoxic zones in sputum have been measured. Because ferrous iron [Fe(II)] is stable in reducing, acidic conditions, it could exist in the CF lung. I show that a two-component system, BqsRS, specifically responds to Fe(II) in the CF pathogen, Pseudomonas aeruginosa. Concurrently, a clinical study found that Fe(II) is present in CF sputum at all stages of lung function decline. Fe(II), not Fe(III) correlates with patients in the most severe disease state. Furthermore, transcripts of the newly identified BqsRS were detected in sputum. Two component systems are the main method bacteria interact with their extracellular environment. A typical two-component system contains a sensor histidine kinase, which upon activation phosphorylates a response regulator that then acts as a transcription factor to elicit a cellular response to stimuli. To explore the mechanism of BqsRS, I describe the Fe(II)-sensing RExxE motif in the sensor BqsS and determine the consensus DNA sequence BqsR binds. With the BqsR binding sequence, I identify novel regulon members through bioinformatic and molecular biology techniques. From the predicted function of new BqsR regulon members, I find that Fe(II) elicits a response that globally protects the cells against cationic stressors, including clinically relevant antibiotics. Subsequently, I use BqsR as a case study to determine if promoter outputs can accurately be predicted based only on a deep understanding of a transcriptional activator’s operator or if a broader regulatory context is required for accurate predictions at all genomic loci. This work highlights the importance of Fe(II) as a (micro)environmental factor, even in conditions typically thought of as aerobic. Since the presence of Fe(II) can alter P. aeruginosa’s antibiotic susceptibility, combining the current strategy of targeting Fe(III) with a new approach targeting Fe(II) may help eradicate infections in the CF lung in the future.

Bioorthogonal Noncanonical Amino Acid Tagging for Selective Analysis of the Pseudomonas aeruginosa Proteome

In natural environments, bacterial physiology is frequently characterized by slow metabolic rates and complex cellular heterogeneities. The opportunistic pathogen Pseudomonas aeruginosa provides one such example; P. aeruginosa forms untreatable chronic biofilm infections of the cystic fibrosis lung, where oxygen limitation can lead to states of metabolic dormancy. To better understand the biology of these states, in vitro experiments must be adapted to better recapitulate natural settings. However, low rates of protein turnover and cellular or phenotypic complexity make these systems difficult to study using established methods. Here we adapt the bioorthogonal noncanonical amino acid tagging (BONCAT) method for time- and cell-selective proteomic analysis to the study of P. aeruginosa. Analysis of proteins synthesized in an anoxic dormancy state led to the discovery of a new type of transcriptional regulator which we designated SutA. We performed detailed analyses of SutA’s role in transcription under slow growth states and we elucidated the structural basis for its regulatory behavior. Additionally, we used cell-selective targeting of BONCAT labeling to measure the dynamic proteomic response of an antibiotic-tolerant biofilm subpopulation. Overall this work shows the utility of selective proteomics as applied to bacterial physiology and describes the broad biological insight obtained from that application.

Avaliação da segurança de uso de pseudomonas como biorremediador em áreas degradadas de pastagens.

A integração agricultura pecuária consiste em uma alternativa promissora de produção, pelo aumento da eficiência de utilização de recursos naturais e a preservação do meio ambiente, além de cooperar com a segurança alimentar. Porém, para se obter sucesso em seu uso, a pastagem não deve estar em estádio avançado de degradação. Em áreas já degradadas, pode-se utilizar as Pseudomonas que são rizobactérias promotoras de crescimento. Neste trabalho, foram avaliados os efeitos decorrentes da exposição a P. putida em mamíferos e um invertebrado aquático como sistema teste para avaliação de risco da introdução desses agentes microbiológicos nessas áreas. Não foram encontrados sinais de patogenicidade e infectividade desses agentes microbianos utilizados como biorremediadores. Apesar disso, seria interessante a realização de testes adicionais a fim de garantir a inocuidade dos agentes bem como a sua segurança. Os protocolos empregados fornecem subsídios técnicos para gerenciar os possíveis riscos envolvidos na liberação e/ou uso do produto. Os resultados obtidos, além de sua aplicação na identificação de efeitos prejudiciais à saúde ambiental, poderão subsidiar e orientar avaliações P. putida por agências reguladoras, quanto ao seu uso comercial para fins de biorremediação.

Impacto da utilização de ácido gálhico, ácido ferúlico e eugenol em modo contínuo na suscetibilidade de Pseudomonas aeruginosa

Dissertação de Mestrado, Biologia Molecular e Microbiana, Faculdade de Ciências e Tecnologia, Universidade do Algarve, 2016