Structure and kinetics of phosphonopyruvate hydrolase from Variovorax sp. Pal2: New insight into the divergence of catalysis within the PEP mutase/isocitrate lyase superfamily .

Phosphonopyruvate (P-pyr) hydrolase (PPH), a member of the phosphoenolpyruvate (PEP) mutase/isocitrate lyase (PEPM/ICL) superfamily, hydrolyzes P-pyr and shares the highest sequence identity and functional similarity with PEPM. Recombinant PPH from Variovorax sp. Pal2 was expressed in Escherichia coli and purified to homogeneity. Analytical gel filtration indicated that the protein exists in solution predominantly as a tetramer. The PPH pH rate profile indicates maximal activity over a broad pH range.The steady-state kinetic constants determined for a rapid equilibrium ordered kinetic mechanism with Mg+2 binding first (Kd =140 ± 40 M), are kcat = 105 ± 2 s-1 and P-pyr Km = 5 ± 1 M. PEP (slow substrate kcat = 2 × 10-4 s-1), oxalate, and sulfopyruvate are competitive inhibitors with Ki values of 2.0 ± 0.1 mM, 17 ± 1 M, and 210 ± 10 M, respectively. Three PPH crystal structures have been determined, that of a ligand-free enzyme, the enzyme bound to Mg2+ and oxalate (inhibitor), and the enzyme bound to Mg2+ and P-pyr (substrate). The complex with the inhibitor was obtained by cocrystallization, whereas that with the substrate was obtained by briefly soaking crystals of the ligand-free enzyme with P-pyr prior to flash cooling. The PPH structure resembles that of the other members of the PEPM/ICL superfamily and is most similar to the functionally related enzyme, PEPM. Each monomer of the dimer of dimers exhibits an (/)8 barrel fold with the eighth helix swapped between two molecules of the dimer. Both P-pyr and oxalate are anchored to the active site by Mg2+. The loop capping the active site is disordered in all three structures, in contrast to PEPM, where the equivalent loop adopts an open or disordered conformation in the unbound state but sequesters the inhibitor from solvent in the bound state. Crystal packing may have favored the open conformation of PPH even when the enzyme was cocrystallized with the oxalate inhibitor. Structure alignment of PPH with other superfamily members revealed two pairs of invariant or conservatively replaced residues that anchor the flexible gating loop. The proposed PPH catalytic mechanism is analogous to that of PEPM but includes activation of a water nucleophile with the loop Thr118 residue.

¿Barreras invisibles? Actitudes de los estudiantes universitarios ante sus compañeros con discapacidad

El presente trabajo analiza los conocimientos, opiniones y actitudes de los estudiantes universitarios sobre sus compañeros con discapacidad. La integración educativa y social de estos estudiantes es objeto de preocupación y estudio en todo el sistema educativo español, incluida la enseñanza superior en la que 21.942 universitarios con discapacidad se encontraban matriculados en el curso 2013-2014. El estudio se realiza en el marco de dos Proyectos de Innovación Educativa[1] de la Universidad de Málaga en los que se examinaron las actitudes del personal docente e investigador, el alumnado en general y el alumnado con discapacidad de esta institución. En este artículo se recogen las perspectivas de los estudiantes sin discapacidad, necesarias para medir el grado de aceptación dentro de las aulas universitarias. Se empleó una encuesta suministrada mediante correo electrónico a la totalidad de la población de estudiantes de la Universidad de Málaga (N= 32.464). El tamaño de la muestra fue de 620 estudiantes, por lo que trabajamos con un margen de error del 3,9% para la estimación de los porcentajes con un nivel de confianza del 95%. Los datos, analizados mediante análisis estadístico, visibilizan la importancia de un elevado grado de información y conocimiento así como de una experiencia directa con la discapacidad. Ambas circunstancias se traducen en actitudes más positivas y favorables. Tan solo el 20% de los alumnos manifestó haber recibido en alguna ocasión cualquier tipo de información sobre este asunto por parte de la Universidad; no obstante, la mayoría valora positivamente la presencia de alumnos con discapacidad en la Universidad, la posibilidad de contar ellos como compañeros de clase y el enriquecimiento que supone esta convivencia dentro del aula. Se discuten posibles acciones para mejorar las actitudes hacia los estudiantes con discapacidad. Además, se plantea incluir una perspectiva que promueva el empoderamiento de estos estudiantes. [1] PIE 10-135 y PIE 13-103.

Uso problemático de las redes sociales en estudiantes universitarios

Los avances que están produciéndose en el ámbito académico con el surgimiento de herramientas de la Web 2.0 y el empleo masivo por parte de los estudiantes de la redes sociales para comunicarse entre ellos, está haciendo que el panorama educativo se encuentre ante unos desafíos a los que tiene que dar respuesta. La investigación que aquí se presenta tuvo como objetivo principal analizar el estado del empleo de la redes sociales por parte alumnado universitario, así como los posibles malos hábitos y usos problemáticos de las mismas. Se utilizó como instrumento de recogida de información un cuestionario “ad hoc” con un total de 23 ítems. Se concluye que el alumnado en general no posee malos hábitos en el empleo de las redes sociales, igualmente los resultados obtenidos ponen de manifiesto que su utilización no está plenamente integrada en las instituciones universitarias de educación superior, así como que los estudiantes no las emplean/usan como herramienta fundamental para las resolución de cuestiones académicas.

Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of naphthalene dioxygenase from Rhodococcus sp strain NCIMB 12038

The three-component naphthalene dioxygenase (NDO) enzyme system carries out the first step in the aerobic degradation of naphthalene to (+)-cis-(1R,2S)-dihydroxy-1,2-dihydronaphthalene by Rhodococcus sp. strain NCIMB 12038. The terminal oxygenase component (naphthalene 1,2-dioxygenase) that catalyzes this reaction belongs to the aromatic ring hydroxylating dioxygenase family and has been crystallized. These enzymes utilize a mononuclear nonheme iron centre to catalyze the addition of dioxygen to their respective substrates. In this reaction, two electrons, two protons and a dioxygen molecule are consumed. The Rhodococcus enzyme has only 33 and 29% sequence identity to the corresponding alpha- and beta-subunits of the NDO system of Pseudomonas putida NCIMB 9816-4, for which the tertiary structure has been reported. In order to determine the three-dimensional structure of the Rhodococcus NDO, diffraction-quality crystals have been prepared by the hanging-drop method. The crystals belongs to space group P2(1)2(1)2(1), with unit-cell parameters a = 87.5, b = 144, c = 185.6 Angstrom, alpha = beta = gamma = 90degrees, and diffract to 2.3 Angstrom resolution.

Expression of the phosphonoalanine-degradative gene cluster from Variovorax sp Pal2 is induced by growth on phosphonoalanine and phosphonopyruvate

The phosphonopyruvate hydrolase (PalA) found in Variovorax sp., Pal2, is a novel carbon-phosphorus bond cleavage enzyme, which is expressed even in the presence of high levels of phosphate, thus permitting phosphonopyruvate to be used as the sole carbon and energy source. Analysis of the regions adjacent to the palA gene revealed the presence of the five structural genes that constitute the 2-amino-3-phosphonopropionic acid (phosphonoalanine)-degradative operon. Reverse transcriptase-PCR (RT-PCR) experiments demonstrated that all five genes in the operon are transcribed as a single mRNA and that their transcription is induced by phosphonoalanine or phosphonopyruvate. Transcriptional fusions of the regulatory region of the phosphonoalanine degradative operon with the gfp gene were constructed. Expression analysis indicated that the presence of a LysR-type regulator (encoded by the palR gene) is essential for the transcription of the structural genes of the operon. Similar gene clusters were found in the sequenced genomes of six bacterial species from the Alpha-, Beta- and Gammaproteobacteria, and analysis of metagenomic libraries revealed that sequences related to palA are widely spread in the marine environment.

Cloning and characterization of a novel cis-naphthalene dihydrodiol dehydrogenase gene (narB) from Rhodococcus sp NCIMB12038

Rhodococcus sp. NCIMB112038 can utilize naphthalene as its sole carbon and energy source. The gene encoding cis-naphthalene dihydrodiol dehydrogenase (narB) of this strain has been cloned and sequenced. Expression of NCIMB12038 cis-naphthalene dihydrodiol dehydrogenase was demonstrated in Escherichia coli cells. narB encodes a putative protein of 271 amino acids and shares 39% amino acid identity with the cis-naphthalene dihydrodiol dehydrogenase from Pseudomonas putida G7. Comparison of NarB with some putative cis-dihydrodiol dehydrogenases from Rhodococcus species revealed significant differences between these proteins. NarB together with two other proteins forms a new group of cis-dihydrodiol dehydrogenases. (C) 2000 Federation of European Microbiological Societies. Published by Elsevier Science B.V. All rights reserved.

Experiencia colaborativa de enseñanza y aprendizaje entre estudiantes de diferentes ámbitos universitarios. Narrativa en torno a los Desayunos Donostia-Barcelona

El texto presenta una experiencia socioconstruccionista que une el trabajo entre estudiantes de Bellas Artes de la Universidad de Barcelona y de Magisterio de la Universidad del País Vasco. Un trabajo colaborativo entre docentes y estudiantes que conllevó compartir conocimientos y saberes a través del uso de nuevas tecnologías de la información y la comunicación (Skype y Blogs). El foco del artículo está situado en las relaciones de enseñanza y aprendizaje propias y singulares de una experiencia concreta, y en lo que se deriva de ello en el desarrollo de identidades de discentes y docentes; en esta línea, surgieron temas vinculados con: las posicionamientos emergentes, los modos de colocarse en los espacios de aprendizaje, las formas de relacionarse con los conocimientos, resistencias y potenciales del uso de nuevas tecnologías, etc. El texto está articulado en dos partes: una primera en la que brevemente se muestra el anclaje teórico que sustentó el trabajo (la investigación narrativa, y el trabajo educativo basado en Leaning by Desing); y una segunda parte que, llevando por título Desayunos Donostia–Barcelona y con una retórica basada en la novela de ficción, presenta experiencias significativas que hablan de los encuentros entre estudiantes y docentes. Dichas experiencias se inscriben dentro de las actividades de los grupos de innovación docente Indaga-t (2010PID-UB/33) y Elkarrikertuz (IT433-10), y es el resultado de trabajos colaborativos entre docentes e investigadores miembros de los mismos.El texto, que parte de la relación entre los grupos de innovación Indaga-t (2010PID-UB/33) y Elkarrikertuz (IT433-10), muestra una experiencia de colaboración que permite a los estudiantes establecer puentes entre diferentes comunidades y entre dos lugares de aprendizaje supuestamente alejados como son las facultades de Bellas Artes y Magisterio. Además nos ha ofrecido la oportunidad de construir experiencias de aprendizaje donde hemos aprendido a trabajar de un modo colaborativo entre docentes y estudiantes.

Purification and characterization of a novel naphthalene dioxygenase from Rhodococcus sp strain NCIMB12038

We report here the characterization of the catalytic component (ISPNAR) of a new naphthalene dioxygenase from Rhodococcus sp. strain NCIMB12038. The genes encoding the two subunits of ISPNAR are not homologous to their previously characterized counterparts in Pseudomonas. The deduced amino acid sequences have only 33 and 29% identity with the corresponding subunits in Pseudomonas putida NCIB 9816-4, for which the tertiary structure has been reported.