Développements et applications de méthodes computationnelles pour l'étude de l'agrégation des protéines amyloïdes

Les protéines sont au coeur de la vie. Ce sont d'incroyables nanomachines moléculaires spécialisées et améliorées par des millions d'années d'évolution pour des fonctions bien définies dans la cellule. La structure des protéines, c'est-à-dire l'arrangement tridimensionnel de leurs atomes, est intimement liée à leurs fonctions. L'absence apparente de structure pour certaines protéines est aussi de plus en plus reconnue comme étant tout aussi cruciale. Les protéines amyloïdes en sont un exemple marquant : elles adoptent un ensemble de structures variées difficilement observables expérimentalement qui sont associées à des maladies neurodégénératives. Cette thèse, dans un premier temps, porte sur l'étude structurelle des protéines amyloïdes bêta-amyloïde (Alzheimer) et huntingtine (Huntington) lors de leur processus de repliement et d'auto-assemblage. Les résultats obtenus permettent de décrire avec une résolution atomique les interactions des ensembles structurels de ces deux protéines. Concernant la protéine bêta-amyloïde (AB), nos résultats identifient des différences structurelles significatives entre trois de ses formes physiologiques durant ses premières étapes d'auto-assemblage en environnement aqueux. Nous avons ensuite comparé ces résultats avec ceux obtenus au cours des dernières années par d'autres groupes de recherche avec des protocoles expérimentaux et de simulations variés. Des tendances claires émergent de notre comparaison quant à l'influence de la forme physiologique de AB sur son ensemble structurel durant ses premières étapes d'auto-assemblage. L'identification des propriétés structurelles différentes rationalise l'origine de leurs propriétés d'agrégation distinctes. Par ailleurs, l'identification des propriétés structurelles communes offrent des cibles potentielles pour des agents thérapeutiques empêchant la formation des oligomères responsables de la neurotoxicité. Concernant la protéine huntingtine, nous avons élucidé l'ensemble structurel de sa région fonctionnelle située à son N-terminal en environnement aqueux et membranaire. En accord avec les données expérimentales disponibles, nos résultats sur son repliement en environnement aqueux révèlent les interactions dominantes ainsi que l'influence sur celles-ci des régions adjacentes à la région fonctionnelle. Nous avons aussi caractérisé la stabilité et la croissance de structures nanotubulaires qui sont des candidats potentiels aux chemins d'auto-assemblage de la région amyloïde de huntingtine. Par ailleurs, nous avons également élaboré, avec un groupe d'expérimentateurs, un modèle détaillé illustrant les principales interactions responsables du rôle d'ancre membranaire de la région N-terminal, qui sert à contrôler la localisation de huntingtine dans la cellule. Dans un deuxième temps, cette thèse porte sur le raffinement d'un modèle gros-grain (sOPEP) et sur le développement d'un nouveau modèle tout-atome (aaOPEP) qui sont tous deux basés sur le champ de force gros-grain OPEP, couramment utilisé pour l'étude du repliement des protéines et de l'agrégation des protéines amyloïdes. L'optimisation de ces modèles a été effectuée dans le but d'améliorer les prédictions de novo de la structure de peptides par la méthode PEP-FOLD. Par ailleurs, les modèles OPEP, sOPEP et aaOPEP ont été inclus dans un nouveau code de dynamique moléculaire très flexible afin de grandement simplifier leurs développements futurs.

Voix de femmes

L’attention à la production littéraire des femmes est sûrement l’une des constantes les plus visibles de l’œuvre critique de Pierre Nepveu. Qu’on pense aux préfaces qu’il a signées pour des recueils de Nicole Brossard, France Théoret, Hélène Dorion, à ses lectures de Suzanne Jacob, Élise Turcotte, Marie Uguay, aux nombreux compte rendus qu’il leur consacre dans « La poésie immédiate » mais aussi de celles qu’il appelle « les recluses », Marie de l’Incarnation, Laure Conan, Emily Dickinson. Cette attention n’est cependant précédée d’aucune précaution historique ou salut idéologique, les écrits des femmes sont là d’emblée, porteurs non de leur poids institutionnel grandissant mais d’idées et de formes qui inspirent manifestement la réflexion de l’essayiste, sa pratique de la critique, sa vision de la littérature, du Québec, de l’Amérique. Plus qu’une influence, c’est cette prégnance du féminin que je voudrais donner à lire brièvement à travers quelques exemples tirés de « L’écologie du réel », « Intérieurs du Nouveau monde » et « Lectures des lieux ». [Introduction]

Procédés toponymiques chez Michon, Millet et Bergounioux

Dans la perspective d’un réexamen du rôle du nom propre dans « le pacte autobiographique », quelle place faire à ces autres noms que sont les toponymes ? Exception faite, bien sûr, de quelques textes canoniques — au premier rang desquels « Noms de pays : le nom » —, qui constituent eux-mêmes des théories littéraires du nom propre, le toponyme, objet privilégié de l’onomastique historique, reste le parent pauvre des études sur le nom propre littéraire, qui ne le retiennent généralement qu’au titre de la mimesis, comme l’un des effets de réel les plus attestables, marqueur d’un espace référentiel soit familier, soit dépaysant. Parallèlement, les études sur le biographique, qu’elles portent sur les biographies, les autobiographies ou les autofictions, s’interrogent moins sur le lieu que sur le milieu ou la famille du sujet dont l’histoire est racontée. [Introduction]

Paratexte numérique : la fin de la distinction entre réalité et fiction?

L’idée que je voudrais essayer d’explorer est la suivante : les éléments paratextuels ont une fonction de seuil entre le hors-texte et le texte; par ce biais, ils nous permettent aussi le passage entre le niveau extradiégétique et le niveau diégétique, et, finalement, dans le cas de la littérature, entre réalité et fiction. Si ce modèle est assez défini dans le cas de l’édition papier, l’espace numérique a tendance à le rendre de plus en plus flou. Dans le Web, tout est texte et/ou paratexte; le même élément textuel (une adresse URL, par exemple) peut servir pour déclarer un passage à la fiction ou pour nous faire acheter quelque chose sur un site de ventes en ligne, ou encore pour regarder la météo ou pour gérer notre compte en banque.

Developmental, morphological, and behavioural plasticity in the reproductive strategies of stink bugs and their egg parasitoids

L’environnement façonne la physiologie, la morphologie et le comportement des organismes par l’entremise de processus écologiques et évolutifs complexes et multidimensionnels. Le succès reproducteur des animaux est déterminé par la valeur adaptative d’un phénotype dans un environnement en modification constante selon une échelle temporelle d’une à plusieurs générations. De plus, les phénotypes sont façonnés par l’environnement, ce qui entraine des modifications adaptatives des stratégies de reproduction tout en imposant des contraintes. Dans cette thèse, considérant des punaises et leurs parasitoïdes comme organismes modèles, j’ai investigué comment plusieurs types de plasticité peuvent interagir pour influencer la valeur adaptative, et comment la plasticité des stratégies de reproduction répond à plusieurs composantes des changements environnementaux (qualité de l’hôte, radiation ultraviolette, température, invasion biologique). Premièrement, j’ai comparé la réponse comportementale et de traits d’histoire de vie à la variation de taille corporelle chez le parasitoïde Telenomus podisi Ashmead (Hymenoptera : Platygastridae), démontrant que les normes de réaction des comportements étaient plus souvent positives que celles des traits d’histoires de vie. Ensuite, j’ai démontré que la punaise prédatrice Podisus maculiventris Say (Hemiptera : Pentatomidae) peut contrôler la couleur de ses œufs, et que la pigmentation des œufs protège les embryons du rayonnement ultraviolet; une composante d’une stratégie complexe de ponte qui a évoluée en réponse à une multitude de facteurs environnementaux. Puis, j’ai testé comment le stress thermique affectait la dynamique de la mémoire du parasitoïde Trissolcus basalis (Wollaston) (Hymenoptera : Platygastridae) lors de l’apprentissage de la fiabilité des traces chimiques laissées par son hôte. Ces expériences ont révélé que des températures hautes et basses prévenaient l’oubli, affectant ainsi l’allocation du temps passé par les parasitoïdes dans des agrégats d’hôtes contenant des traces chimiques. J’ai aussi développé un cadre théorique général pour classifier les effets de la température sur l’ensemble des aspects comportementaux des ectothermes, distinguant les contraintes des adaptations. Finalement, j’ai testé l’habileté d’un parasitoïde indigène (T. podisi) à exploiter les œufs d’un nouveau ravageur invasif en agriculture, Halyomorpha halys Stål (Hemiptera : Pentatomidae). Les résultats ont montré que T. podisi attaque les œufs de H. halys, mais qu’il ne peut s’y développer, indiquant que le ravageur invasif s’avère un « piège évolutif » pour ce parasitoïde. Cela pourrait indirectement bénéficier aux espèces indigènes de punaises en agissant comme un puits écologique de ressources (œufs) et de temps pour le parasitoïde. Ces résultats ont des implications importantes sur la réponse des insectes, incluant ceux impliqués dans les programmes de lutte biologique, face aux changements environnementaux.

What is editorialization?

Cet article présente les résultats de huit ans de travail sur le concept d’éditorialisation, réalisés dans le cadre du séminaire international « Écritures numériques et éditorialisation » que j’ai coorganisé avec Nicolas Sauret depuis 2008. Je propose de définir l’éditorialisation comme l’ensemble des dynamiques qui produisent l’espace numérique. Ces dynamiques peuvent être comprises comme les interactions d’actions individuelles et collectives avec un environnement numérique. À partir de cette définition je propose de décrire le fonctionnement des instances d’autorité dans l’espace numérique.

S'orienter dans le virtuel

Fictif, artificiel, imaginaire, trompeur, immatériel, irréel, impalpable, invisible, mystérieux... Lorsque l’on pense au virtuel, une foule d’idées nous submerge. Concept aux valeurs sémantiques multiformes et aux différents usages, sa signification reste floue et son sens en perpétuel mouvement. Qu’est-ce « réellement » que le virtuel? Quel rapport entre le sens philosophique et son emploi dans le domaine du numérique? Quelles sont ses implications politiques? Quelle conception de la réalité en découle? Ce livre se veut une cartographie offrant des repères stables pour s’orienter et naviguer à travers le concept de virtuel. L’effet d’un phare en plein brouillard…

Égarements. Amour, mort et identités numériques

Êtes-vous prêt à partir en voyage? Une quête qui a pour but de répondre à une question qui d’universelle finit par sembler banale. Un voyage à la recherche de nos identités. Qui suis-je? Ou plutôt : c’est quoi, moi? Ici ni carte, ni plan. A l’écart des sentiers battus, il nous faudra naviguer jusqu’à l’égarement, à l’affût des traces que chacun laisse. L’égarement est la condition de possibilité de ce parcours. Sur ce chemin qui n’en est pas un, quelques étapes indispensables : l’amour, la mort. Comment contribuent-ils à produire notre identité? De cet égarement en naîtra un second, en apparence bien plus dépaysant, celui qui nous mènera à parcourir l’espace virtuel engendré par nos existences numériques. C’est ici semble-t-il, entre profils, pseudonymes, avatars et traces numériques, que se joue aujourd’hui le jeu de l’identité.

La virtualité d'Internet : une tentative d'éclaircissement terminologique

Depuis plusieurs années le mot « virtuel » est utilisé pour caractériser des pratiques quotidiennes liées à l’emploi des nouvelles technologies et en particulier d’Internet. Mais qu’est-ce qui est virtuel en Internet ? Pour répondre à cette question il faut d’abord remonter aux racines philosophiques de ce mot et essayer d’éclaircir sa signification. C’est la tentative proposée dans cette article.

Le train est l'ancêtre d'Internet

Nous sommes fascinés par le train et le cinéma, fascination provoquée parce que tous les deux donnent l’impression du mouvement réel, un mouvement technique qu’on est capable de gérer : lorsqu’on regarde un film, on peut toujours faire un arrêt sur image. L’approche philosophique nous permet aussi de relier Internet dans ce mouvement qui va du train au cinéma. Le Web est un flux de données, ses contenus ne sont jamais stables à l’opposé des contenus des autres médias. Et ce qui nous passionne dans le numérique et fait la force d’Internet, c’est qu’il nous donne l’illusion du réel et que nous pouvons facilement le gérer. Cela pose le problème de la mission de créer des archives du Web, qui peut sembler irréaliste tant le matériel concerné est vaste et non structuré : ne serait-ce pas trahir ce mouvement perpétuel ? Ou alors, on peut considérer que le Web est une trahison du continu du réel et les archives la structure la plus appropriée pour appréhender ce nouveau média…

Pornspace

Du pornographique au numérique : homologie normative dans deux espaces contraints. La pornographie subvertit les règles de notre « espace principal » : elle implique ainsi la production d’un espace autre, celui que Foucault appelait « hétérotopie ». Beatriz Preciado a déjà souligné cet aspect en proposant le terme de « pornotopie ». L’hétérotopie est un espace réel mais parallèle à « l’espace principal » où se déroule la majorité de la vie sociale. [...]

Réflexions pour une resémantisation du concept de virtuel

Le discours qui sera proposé dans ces pages relève d'une idée particulière de ce que signifie « théorie ». Ma façon d'aborder la notion de « virtuel » n'est pas neutre; je commencerai par une précision sur le titre de ce texte et, en particulier, sur le mot « resémantiser », sur lequel se fonde mon approche théorique. [...]

Après le dernier clic : que signifie mourir sur le web ?

L’expérience de la mort sur le web révèle un paradoxe évident, celui de sites ou de profils abandonnés par leurs ’propriétaires’, des pages qui deviennent alors des cadavres numériques, leur définitive inactivité équivalant à la mort. Il s’agit cependant d’une mort qui ne correspond pas à une disparition. Au contraire, nous sommes devant une mort temporaire, qui continue à être visible même si tout processus d’écriture, l’écriture polymorphe au fondement de notre existence numérique, s’est arrêté.

Introduction

Le concept de « liveness » - ce qui est « live » - recouvre traditionnellement les notions de direct, d'immédiateté, de présence et de coprésence physiques dans le même espace (de l'émetteur et du récepteur), de vivant. Mais pour Auslander, le « live » peut aussi intégrer le « reproduit », le différé, donc le médiatisé, et il donne de cela l'exemple de la télévision - on pourrait ajouter celui de la radio - qui mise, comme le théâtre et contrairement au cinéma, sur son lien immédiat, en temps réel, avec ses auditeurs-spectateurs. [...]

Analyse de la distribution d'Escherichia coli, utilisée comme un marqueur microbiologique, dans un réseau de production porcin.

La présence d’Escherichia coli pathogènes en élevages porcins entraine des retards de croissance et la mortalité. La transmission des E. coli pathogènes entre les élevages et l'abattoir d’un même réseau de production n'est pas bien décrite. La détection des gènes de virulence des E. coli pathogènes pourrait permettre d’identifier un marqueur de contamination dans le réseau. L’objectif de cette étude a été d’identifier un marqueur de contamination E. coli dans un réseau de production porcine défini afin de décrire certains modes de transmission des E. coli pathogènes. Pour ce faire, une région géographique comprenant 10 fermes d’engraissement, un abattoir et un réseau de transport a été sélectionnée. Trois lots de production consécutifs par ferme ont été suivis pendant 12 mois. Des échantillons environnementaux ont été prélevés à l’intérieur et à l’extérieur des fermes (3 visites d’élevage), dans la cour de l’abattoir (2 visites lors de sorties de lot) et sur le camion de transport. La détection des gènes de virulence (eltB, estA, estB, faeG, stxA, stx2A, eae, cnf, papC, iucD, tsh, fedA) dans les échantillons a été réalisée par PCR multiplexe conventionnelle. La distribution temporelle et spatiale des gènes de virulence a permis d’identifier le marqueur de contamination ETEC/F4 défini par la détection d’au moins un gène d’entérotoxine ETEC (estB, estA et eltB) en combinaison avec le gène de l’adhésine fimbriaire (faeG). La distribution des échantillons positifs ETEC/F4 qualifie la cour de l’abattoir comme un réservoir de contamination fréquenté par les transporteurs, vecteurs de contamination entre les élevages. Ceci suggère le lien microbiologique entre l’élevage, les transporteurs et l’abattoir jouant chacun un rôle dans la dissémination des microorganismes pathogènes et potentiellement zoonotiques en production porcine.