Direct visualization of the trimeric structure of the ASIC1a channel, using AFM imaging.

There has been confusion about the subunit stoichiometry of the degenerin family of ion channels. Recently, a crystal structure of acid-sensing ion channel (ASIC) 1a revealed that it assembles as a trimer. Here, we used atomic force microscopy (AFM) to image unprocessed ASIC1a bound to mica. We detected a mixture of subunit monomers, dimers and trimers. In some cases, triple-subunit clusters were clearly visible, confirming the trimeric structure of the channel, and indicating that the trimer sometimes disaggregated after adhesion to the mica surface. This AFM-based technique will now enable us to determine the subunit arrangement within heteromeric ASICs.

Exploring unfrequent events with accelerated molecular dynamics simulations: from photochemistry to drug design

La meva incorporació al grup de recerca del Prof. McCammon (University of California San Diego) en qualitat d’investigador post doctoral amb una beca Beatriu de Pinós, va tenir lloc el passat 1 de desembre de 2010; on vaig dur a terme les meves tasques de recerca fins al darrer 1 d’abril de 2012. El Prof. McCammon és un referent mundial en l’aplicació de simulacions de dinàmica molecular (MD) en sistemes biològics d’interès humà. La contribució més important del Prof. McCammon en la simulació de sistemes biològics és el desenvolupament del mètode de dinàmiques moleculars accelerades (AMD). Les simulacions MD convencionals, les quals estan limitades a l’escala de temps del nanosegon (~10-9s), no son adients per l’estudi de sistemes biològics rellevants a escales de temps mes llargues (μs, ms...). AMD permet explorar fenòmens moleculars poc freqüents però que son clau per l’enteniment de molts sistemes biològics; fenòmens que no podrien ser observats d’un altre manera. Durant la meva estada a la “University of California San Diego”, vaig treballar en diferent aplicacions de les simulacions AMD, incloent fotoquímica i disseny de fàrmacs per ordinador. Concretament, primer vaig desenvolupar amb èxit una combinació dels mètodes AMD i simulacions Car-Parrinello per millorar l’exploració de camins de desactivació (interseccions còniques) en reaccions químiques fotoactivades. En segon lloc, vaig aplicar tècniques estadístiques (Replica Exchange) amb AMD en la descripció d’interaccions proteïna-lligand. Finalment, vaig dur a terme un estudi de disseny de fàrmacs per ordinador en la proteïna-G Rho (involucrada en el desenvolupament de càncer humà) combinant anàlisis estructurals i simulacions AMD. Els projectes en els quals he participat han estat publicats (o estan encara en procés de revisió) en diferents revistes científiques, i han estat presentats en diferents congressos internacionals. La memòria inclosa a continuació conté més detalls de cada projecte esmentat.

Earth's Changing Land

Entre el 14 i el 18 de març de 1998 es va celebrar a Barcelona la conferència Earth’s Changing Land sota la tutela dels programes internacionals Global Change in Terrestrial Ecosystems (GCTE) i Land Use and Land Cover Change (LUCC). L’objectiu principal de la trobada era presentar les darreres aportacions científiques sobre els efectes presents i previsibles del canvi global sobre els ecosistemes terrestres i la societat. Al mateix temps, es volia afavorir l’establiment de ponts de diàleg entre els professionals implicats en el canvi global

III Congreso ibérico sobre gestión y planificación del agua. La directiva marco del agua: realidades y futuros. Sevilla, del 13 al 17 de noviembre de 2002

Entre els dies 13 i 17 de novembre de 2002 va tenir lloc a la ciutat de Sevilla el III Congrés Ibèric sobre Gestió i Planificació de l’Aigua, que, en aquesta ocasió, portava per títol «La Directiva Marc de l’Aigua: realitats i futurs». El congrés fou organitzat per la Fundación Nueva Cultura del Agua, amb la col•laboració de la Universidad de Sevilla i d’una àmplia sèrie d’institucions relacionades amb la investigació o gestió d’aquest recurs. Considerant l’anàlisi i la diagnosi de la situació actual contingudes a les edicions anteriors (Saragossa 1998 i Porto 2000) i l’ampli debat dels últims anys, el III Congrés Ibèric es caracteritza per un plantejament d’avenç i propostes i per incloure alguns dels aspectes de la política de l’aigua menys atesos fins aleshores

Increase of grain and green matter of corn by liming

Despite the fact that aluminum toxicity to crops is eliminated near soil water pH of 5.5, lime recommendation in many regions aims to increase soil pH up to 6.0 or even higher. For highly buffered soils, high rates of limestone are required to raise the pH from 5.5 to 6.0, resulting in additional, sometimes unnecessary, costs. The objective of this study was to evaluate the effect of soil pH on corn yield in a very acid Hapludox. The experiment was carried out in Lages, Southern Brazil, from 1992 to 1996. The soil had water pH of 4.7, Al3+ of 33 mmol c kg-1, O.M. of 45 g kg-1 and lime requirement to pH 6.0 of 9.0 t ha-1. Dolomitic limestone at rates of 0, 4.5, 9.0, 13.5 and 18.0 t ha-1 (equivalent to pure CaCO3) was incorporated into the soil down to 17 cm depth, in 1992. Liming increased linearly the values of soil pH (from 4.7 to 6.6) and Ca and Mg, eliminated Al3+ with rates of 9.0 t ha-1 or higher, decreased slightly Al-CuCl2, Fe and Cu, and did not affect Zn and Mn. Maximum average corn yield for grain (7.9 t ha-1) and for green matter for silage (GM) (59 t ha-1) was obtained, respectively, at soil pH of 6.0 (12 t ha-1 of limestone) and of 6.1 (14 t ha-1 of limestone); maximum economic efficiency for grain was obtained at pH 5.6 (7.5 t ha-1 of limestone). Maximum yield increments due to liming were 17% for grain and 20% for GM.

Utilitarisme et christianisme: une triple mise en perspective

L'auteur esquisse la relation de l'utilitarisme et du christianisme sous l'angle triple des rapports entre le bien et le salut, le sacrifice et le sujet, la souffrance réduite ou affrontée. Le trépied ainsi proposé ne constitue pas une cage de fer, à laquelle toute comparaison et toute lecture devraient se soumettre ou se refuser, mais seulement une possible structure de dialogue et de débat, devant faciliter et fructifier l'interpellation réciproque de la morale utilitariste et de l'éthique chrétienne.

IV Col·loqui Internacional Problemes i Mètodes de Literatura Catalana Antiga. Història i llegenda al Renaixement (Universitat de Girona, 8-11 de juliol del 2002)

Crònica IV Col·loqui Internacional Problemes i Mètodes de Literatura Catalana Antiga. Història i llegenda al Renaixement (Universitat de Girona, 8-11 de juliol del 2002)

Iron oxides in plinthic soils on sedimentary deposits in northeastern Brazil

This study was conducted to examine the distribution and nature of Fe oxides in plinthic soils on the sediments of Barreiras Group (in the state of Piauí) and Itapecuru Formation (in the state of Maranhão) in Northeastern Brazil. Four pedons were selected: a "plinthic, dystrophic, epieutrophic Gray Podzolic with low activity clay" and a "dystrophic Plinthosol with low activity clay" (both Plinthic Kandiustalfs) on the Barreiras sediments, as well as an "eutrophic Plinthosol with low activity clay" and an "allic Plinthosol with low activity clay" (both Plinthustalfs) on the Itapecuru sediments. Soil samples were fractionated into > 2 mm (pisoliths), water-stable aggregates (plinthite) and matrices; the aggregates and matrices were further fractionated into sand, silt and clay sizes. Dithionite extractable iron (Fe d) and aluminum (Al d), as well as oxalate extractable iron (Fe o), were determined for all fractions, and X-ray diffraction analyses were performed on the pisoliths. It was observed that the Plinthustalfs contain more iron oxides, exhibit more extensive plinthite development and have a greater potential for further plinthite development than the Kandiustalfs. The distribution of values for the Fe d indicates that plinthite formation and induration in all soils were accompanied by an enrichment of Fe oxides in all particle size fractions. This Fe segregation was accompanied by aggregation of particles leading to a greater degree of crystallinity, as indicated by analysis of the ratios of Al d:Fe d. Larger ratios of goethite to hematite, and relatively smaller amounts of silicates in the more mature pisoliths were revealed by X-ray diffraction analysis. Ratios of Al d:Fe d were larger in the Kandiustalfs than in the Plinthustalfs, and also larger than expected for Al-substituted Fe oxides. According to ratios of Al d:Fe d, Fe mobilization in all soils has likely occurred under reducing conditions, facilitated by organic matter on the soil surface.

The inflammasomes: guardians of the body.

The innate immune system relies on its capacity to rapidly detect invading pathogenic microbes as foreign and to eliminate them. The discovery of Toll-like receptors (TLRs) provided a class of membrane receptors that sense extracellular microbes and trigger antipathogen signaling cascades. More recently, intracellular microbial sensors have been identified, including NOD-like receptors (NLRs). Some of the NLRs also sense nonmicrobial danger signals and form large cytoplasmic complexes called inflammasomes that link the sensing of microbial products and metabolic stress to the proteolytic activation of the proinflammatory cytokines IL-1beta and IL-18. The NALP3 inflammasome has been associated with several autoinflammatory conditions including gout. Likewise, the NALP3 inflammasome is a crucial element in the adjuvant effect of aluminum and can direct a humoral adaptive immune response. In this review, we discuss the role of NLRs, and in particular the inflammasomes, in the recognition of microbial and danger components and the role they play in health and disease.

Toll-like receptor 3 is necessary for dsRNA adjuvant effects.

Toll-like receptors (TLR) recognize pathogen associated molecular patterns, and the binding of their specific ligands triggers a proinflammatory response that helps to fight invading microorganisms, and can be harnessed to increase vaccine efficiency. The present study demonstrates that double-stranded RNA is a promising vaccine adjuvant able to increase both proliferation and activation of antigen-specific CD8(+) T cells. Importantly, TLR3 is required for this adjuvant effect, as TLR3 deficient recipients failed to enhance proliferation of adoptively transferred TCR transgenic CD8(+) T cells in the presence of double-stranded RNA. Finally, this study also shows that, in contrast to previous reports in humans, TLR3 does not exert direct costimulatory activity on CD8(+) T cells in mice.

Informe sobre les X Jornades d'Arxivística de Catalunya: "Els arxivers com (ens) comuniquem?" (Terrassa, 19, 20 i 21 de maig de 2005)

Com ja és costum des de fa vint anys (1985-2005), pel maig l'Associació d'Arxivers de Catalunya (AAC) convoca els seus associats i la comunitat arxivística en general a les Jornades d'Arxivística de Catalunya. Enguany han estat les desenes i amb el títol "Els arxivers com (ens) comuniquem?" s'han dut a terme els dies 19, 20 i 21 de maig a la ciutat de Terrassa. L'objectiu de les X Jornades ha estat doble: en primer lloc, s'ha volgut reflexionar sobre les estratègies de què disposen els arxivers per fer difusió de la seva activitat professional ("com comuniquem") i a continuació s'ha produït el debat sobre la comunicació intraprofessional dels arxivers ("com ens comuniquem").