Predicting gene ontology annotations of orphan GWAS genes using protein-protein interactions

Background: The number of genome-wide association studies (GWAS) has increased rapidly in the past couple of years, resulting in the identification of genes associated with different diseases. The next step in translating these findings into biomedically useful information is to find out the mechanism of the action of these genes. However, GWAS studies often implicate genes whose functions are currently unknown; for example, MYEOV, ANKLE1, TMEM45B and ORAOV1 are found to be associated with breast cancer, but their molecular function is unknown. Results: We carried out Bayesian inference of Gene Ontology (GO) term annotations of genes by employing the directed acyclic graph structure of GO and the network of protein-protein interactions (PPIs). The approach is designed based on the fact that two proteins that interact biophysically would be in physical proximity of each other, would possess complementary molecular function, and play role in related biological processes. Predicted GO terms were ranked according to their relative association scores and the approach was evaluated quantitatively by plotting the precision versus recall values and F-scores (the harmonic mean of precision and recall) versus varying thresholds. Precisions of similar to 58% and similar to 40% for localization and functions respectively of proteins were determined at a threshold of similar to 30 (top 30 GO terms in the ranked list). Comparison with function prediction based on semantic similarity among nodes in an ontology and incorporation of those similarities in a k nearest neighbor classifier confirmed that our results compared favorably. Conclusions: This approach was applied to predict the cellular component and molecular function GO terms of all human proteins that have interacting partners possessing at least one known GO annotation. The list of predictions is available at http://severus.dbmi.pitt.edu/engo/GOPRED.html. We present the algorithm, evaluations and the results of the computational predictions, especially for genes identified in GWAS studies to be associated with diseases, which are of translational interest.

Evolution of Surface Roughness During Electropolishing

The characteristics of surface roughness span a range of length scales determined by the nature of the surface generation process. The mechanism by which material is removed at a length scale determines the roughness at that scale. Electropolishing preferentially reduces the peaks of surface protuberances at sub-micron length scales to produce smooth surfaces. The material removal in electropolishing occurs by two different mechanisms of anodic leveling and microsmoothing. Due to insufficient lateral resolution, individual contribution of these two mechanisms could not be measured by conventional roughness measurement techniques and parameters. In this work, we utilize the high lateral resolution offered by Atomic force microscopy along with the power spectral density method of characterization, to study the evolution of roughness during electropolishing. The power spectral density show two corner frequencies indicating the length scales over which the two mechanisms operate. These characteristic frequencies are found to be a function of the electropolishing time and hence can be used to optimize the electropolishing process.

BELIEF PROPAGATION FOR OPTIMAL EDGE COVER IN THE RANDOM COMPLETE GRAPH

We apply the objective method of Aldous to the problem of finding the minimum-cost edge cover of the complete graph with random independent and identically distributed edge costs. The limit, as the number of vertices goes to infinity, of the expected minimum cost for this problem is known via a combinatorial approach of Hessler and Wastlund. We provide a proof of this result using the machinery of the objective method and local weak convergence, which was used to prove the (2) limit of the random assignment problem. A proof via the objective method is useful because it provides us with more information on the nature of the edge's incident on a typical root in the minimum-cost edge cover. We further show that a belief propagation algorithm converges asymptotically to the optimal solution. This can be applied in a computational linguistics problem of semantic projection. The belief propagation algorithm yields a near optimal solution with lesser complexity than the known best algorithms designed for optimality in worst-case settings.

El derecho entre ciencia y jurisprudencia

Resumen: El autor introduce su trabajo con una serie de precisiones semánticas acerca de los conceptos principales que definen el objeto de su indagación: derecho, ciencia y jurisprudencia. Critica la noción de ciencia aplicada al derecho, y la aspiración a la certeza que ella conlleva y que pretende ser realizada por el positivismo y la ideología política de la soberanía según el modelo moderno y de la Revolución Francesa. Y pone de manifiesto las contradicciones en las que incurren las diversas corrientes positivistas. En el núcleo teórico de la investigación, contrapone convencionalismo y realismo, para pasar luego a analizar las concepciones modernas y contemporáneas de jurisprudencia y la concepción de Francesco Gentile acerca de lo que él denomina “geometría legal”. La conclusión pretende mostrar que los errores de perspectiva acerca del derecho y la jurisprudencia terminan necesariamente en la desnaturalización del derecho y, en definitiva, en la injusticia.

El viejo, el amor y la hermosa como texto espectacular

Resumen: Inspirada por el Diálogo entre Amor y un viejo, de Rodrigo Cota, Interlocutores senex et amor mulierque pulcra forma es una muy interesante obra concebida para su puesta en escena; sin embargo, no posee acotación autoral alguna, lo que implica que el texto espectacular debe extraerse de la construcción semántica-formal de los signos verbales discursivos en voz de los personajes, que son los que comportan los requisitos necesarios de dramaticidad. A partir de estos signos analizaré varios aspectos contenidos en la estructura, que determino tripartita, de inicio, nudo y desenlace; por ejemplo, la actio (gestus, motus y vultus corporales), la pronuntiatio, la representación de los espacios ficcionales, y elementos obligados de caracterización. Comentaré, también, el espacio para la puesta; habré de aducir condicionantes culturales tanto para la caracterización (corporal y de indumentaria), como para los tipos de gestualidad que deben realizarse en escena (mediante el apoyo de preceptivas retóricas y obras iconográficas). No dejaré del lado la descodificación semántica asociada con todos los elementos referidos.

John Locke : las posesiones o los derechos políticos como garantía de la libertad

Este artículo busca reflexionar sobre las garantías que el contrato social de John Locke ofrece a la libertad. Así, apartándose de la corriente de interpretación dominante, se intenta realizar una aproximación hermenéutica a su obra que de cuenta del campo semántico en el cual se desarrolla. De esta manera, aflorará la propia voz del autor permitiendo dilucidar cuál es el contenido y el alcance de la libertad en el contrato social lockeano.

Incidencia de la matriz de creencias compartidas y la centralidad sociocognitiva en la construcción de significados y formación de consensos

Resumen: El modelo de la Muestra de la Información sostiene que la probabilidad de que cierta información sea mencionada en un grupo es mayor si se encuentra disponible en muchos miembros que en uno solo. La información compartida en la matriz de creencias preexistente a la interacción social, tiene mayor probabilidad de ser expresada, repetida y validada por consentimiento e influye en el producto grupal. Objetivos: cuantificar el impacto de la matriz de creencias compartidas en los procesos de negociación de significados y comprender cualitativamente este proceso. Sujetos: Participaron 225 estudiantes de Psicología de la Universidad Nacional de Mar del Plata consensuando sobre la relación significativa entre 9 conceptos académicos.El conocimiento previo compartido fue operativizado usando la Centralidad Sociocognitiva. El mapeo de las redes semánticas de los participantes, su inter influencia y evolución en las diferentes instancias de la negociación, el tratamiento analítico de comparación cuali y cuantitativa y su resolución gráfica, se realiza por medio de métodos especiales desarrollados sobre Análisis de Redes Sociales. Resultados: Las predicciones de influencia social entre pares y la visualización de la evolución de las redes semánticas de los participantes y los grupos, arrojan resultados robustos y sugerentes para su aplicación a diversos ámbitos de interacción social y comunicacional.

La oda latina a Venus de Garcilaso de la Vega: adopción de la tradición clásica y su traducción española como relación de transitividad

Resumen: Garcilaso de la Vega, siguiendo el canon pedagógico humanista, se constituyó en un poeta que no solo adoptó la tradición de la lírica clásica en la absorción de temas y motivos, sino que también ensayó la composición de odas, a la manera horaciana, en lengua latina. Estas composiciones, regidas por las reglas métricas que se enseñaban en las escuelas de gramática y retórica, conservan la estructura estrófica y la rigurosa alternancia de sílabas breves y largas. El interés filológico en torno de estos poemas, por los cuales Garcilaso fue elogiado por los intelectuales de su época, es tardío ya que en las primeras ediciones de la obra del toledano no aparecen; será a finales del siglo XIX cuando se ponga la mirada sobre ellos y se comprenderá cuál es la importancia del contexto italiano de composición y el compromiso del poeta con lo clásico. Este cruce de imaginarios, que tiene como límite último la producción poética de Garcilaso, puede entenderse como un ejercicio de traducibilidad entre el sentido de un sistema semiótico adoptado, como es en este caso la utilización de la lengua latina, y la posibilidad de decir algo de ello, lo que implica producir significación; asimismo este juego de traspasos enunciativos se completa con la traducción a la lengua española de las odas latinas de Garcilaso. En consecuencia, los objetivos de la presente comunicación están orientados a analizar los dos pasos de la actividad semántica que se opera en toda relación de traducción: en este caso entre la oda a Venus creada por el poeta hispano y la versión de Nemesia Matarrodona Vizcaíno, quien transpone al español el texto garcilasiano en la edición de Sotelo Salas, del año 1976.

El viaje omnipresente : su funcionalidad discursiva en los relatos culturales de la segunda modernidad

Número monográfico: El viaje y sus discursos

Evaluación de la memoria semántica

Resumen: La memoria semántica permite almacenar información acerca del significado de los objetos, las palabras y del mundo en general. Este conocimiento se altera en pacientes con Demencia Semántica, Enfermedad de Alzheimer y encefalitis por virus herpes, entre otros. El compromiso de la información semántica debe ser evaluado con herramientas que contemplen los diferentes aspectos que sustentan su organización. El objetivo del presente trabajo es hacer una revisión exhaustiva de las diferentes tareas que permiten indagar el procesamiento semántico e indicar aquellas que han sido diseñadas o adaptadas para ser usadas en la población rioplatense.

El hombre en cuanto persona

Resumen: El artículo examina el concepto de persona, en sus fuentes aporéticas y en el pensamiento de Santo Tomás de Aquino para, finalmente, analizar algunas de sus propiedades en orden a fundamentar una teoría de la imputación. La primera parte comienza con la consideración de los orígenes semánticos, históricos y teológicos de los términos persona e hypóstasis. Trata luego el problema teórico que este concepto implica para el pensamiento moderno, teniendo en cuenta el empobrecimiento de su Metafísica, como consecuencia del nominalismo, el principio de inmanencia y una deficiente concepción de la experiencia. Por último, se toman en consideración algunas consecuencias que dicho empobrecimiento tienen en el pensamiento contemporáneo. La segunda parte está dedicada a exponer la doctrina tomista que de un modo teóricamente definitivo dio solución, con elementos ontológicos aristotélicos, a los problemas planteados en la época Patrística. Se analiza el concepto de sustancia individual (o suppositum), que en la definición de persona opera analógicamente como género próximo, y el de naturaleza espiritual individuada, que opera como diferencia específica. Finalmente, se aportan textos del Aquinate acerca de la definición y de las diferencias conceptuales y ontológicas entre naturaleza y persona. En la tercera parte se exponen algunas propiedades, dividiéndolas en cuatro grupos de tesis: 1°) la persona como sujeto de atribución y dueña de sus proyectos vitales; 2°) como sujeto ontológicamente abierto al mundo, a los semejantes y a Dios; 3°) como sujeto consciente, libre y autónomo; 4°) el carácter ético de la persona, como sujeto de imputación y responsabilidad.