Target-guided synthesis of metal-based phosphatase inhibitors

Report for the scientific sojourn at the Imperial College of London, United Kingdom, from 2007 to 2009. PTEN is a tumour suppressor enzyme that plays important roles in the PI3K pathway which regulates growth, proliferation and survival and is thus related to many human disorders such as diabetes, neurodegenerative diseases, cardiovascular complications and cancer. It is hence of great interest to understand in detail its molecular behaviour and to find small molecules that can switch on/off its activity. For this purpose, metal complexes have been synthesized and preliminary studies in vivo show that all are capable of inhibiting PTEN.

Desenvolupament d'eines d'alta ressolució per al cribatge (screening) de l'activitat de fàrmacs

Projecte de recerca elaborat a partir d’una estada a la Satandford University, EEUU, entre 2007 i 2009. Els darrers anys, hi ha hagut un avanç espectacular en la tecnologia aplicada a l’anàlisi del genoma i del proteoma (microarrays, PCR quantitativa real time, electroforesis dos dimensions, espectroscòpia de masses, etc.) permetent la resolució de mostres complexes i la detecció quantitativa de diferents gens i proteïnes en un sol experiment. A més a més, la seva importància radica en la capacitat d’identificar potencials dianes terapèutiques i possibles fàrmacs, així com la seva aplicació en el disseny i desenvolupament de noves eines de diagnòstic. L’aplicabilitat de les tècniques actuals, però, està limitada al nivell al que el teixit pot ser disseccionat. Si bé donen valuosa informació sobre expressió de gens i proteïnes implicades en una malaltia o en resposta a un fàrmac per exemple, en cap cas, s’obté una informació in situ ni es pot obtenir informació espacial o una resolució temporal, així com tampoc s’obté informació de sistemes in vivo. L’objectiu d’aquest projecte és desenvolupar i validar un nou microscopi, d’alta resolució, ultrasensible i de fàcil ús, que permeti tant la detecció de metabòlits, gens o proteïnes a la cèl•lula viva en temps real com l’estudi de la seva funció. Obtenint així una descripció detallada de les interaccions entre proteïnes/gens que es donen dins la cèl•lula. Aquest microscopi serà un instrument sensible, selectiu, ràpid, robust, automatitzat i de cost moderat que realitzarà processos de cribatge d’alt rendiment (High throughput screening) genètics, mèdics, químics i farmacèutics (per aplicacions diagnòstiques i de identificació i selecció de compostos actius) de manera més eficient. Per poder realitzar aquest objectius el microscopi farà ús de les més noves tecnologies: 1)la microscopia òptica i d’imatge, per millorar la visualització espaial i la sensibilitat de l’imatge; 2) la utilització de nous mètodes de detecció incloent els més moderns avanços en nanopartícules; 3) la creació de mètodes informàtics per adquirir, emmagatzemar i processar les imatges obtingudes.

Comparison of a multiplexed bead-based assay with an immunofluorescence and an enzyme-immuno assay for the assessment of Epstein-Barr virus serologic status

Dans cette étude, nous avons testé la performance diagnostique d'une nouvelle technique d'analyse multiplexée qui permet la détection d'anticorps de différentes spécificités dans la même réaction. En l'absence de gold standard, nous avons choisi de comparer la performance diagnostique de l'analyse avec deux méthodes de référance que sont l'IF et EIA, et avec un consensus déterminé selon une règle de majorité entre les trois méthodes.¦393 sérums analysés par IF, conservés par congélation, ont été décongelés pour être analysés par EIA et BBA. Pour chaque sérum, les anticorps recherchés ont été les anti-VCA (Viral Capsid Antigen) IgM, anti-VCA IgG et anti-EBNA (Epstein-Barr Nuclear Associated) IgG. Les échantillons ont été classés en cinq groupes selon les résultats de l'IF : séronégatifs, infections aiguës, infections anciennes et deux types d'indéterminés.¦Pour chaque méthode, le résultat numérique (index ou titre) des analyses est converti en termes de positif, négatif ou douteux. Pour le résultat de chaque type d'anticorps, un consensus est établi selon une règle de majorité entre les trois méthodes, permettant une interprétation du stade de l'infection. Puis l'interprétation de chacune des méthodes a été comparée au consensus. Nous avons également comparé les trois méthodes les unes aux autres concernant la détection des anticorps.¦Globalement, nous observons une bonne corrélation qualitative entre les trois approches pour détecter les anti-VCA IgG et IgM. Pour pour les anti-EBNA IgG, il y a une divergence notable entre l'IF et les deux autres méthodes, l'IF apparaissant moins sensible que les autres méthodes, résultant en un nombre accru d'interprétations indéterminées du stade de l'infection.¦L'origine de cette divergence ne peut être due à une perte d'anticorps liée au stockage de longue durée des échantillons. En effet, EIA et BBA restent plus sensibles que IF, dont l'analyse a été faite sur des sérums frais.¦Cette divergence ne semble pas non plus être due aux différents antigènes utilisés par les trois méthodes. EIA et BBA utilisent le même antigène recombinant EBNA-1, alors que l'IF utilise des "cellules lymphoïdes choisies pour leur production sélective d'antigènes EBNA". Ces cellules sont probablement des cellules infectées par EBV qui devraient exprimer plus d'antigènes de latence que seul EBNA-1. Cette différence devrait donc plutôt en principe résulter en une meilleure sensibilité de l'IF par rapport aux deux autres méthodes.¦Les anti-EBNA IgG peuvent disparaître chez les patients immunocompromis chez qui se produit une réactivation d'EBV. Nous avons donc recherché le status immunitaire des patients du groupe dont les sérums étaient négatifs pour anti-EBNA IgG en IF et positifs par les autres méthodes: seulement 28 des 70 patients étaient immunocompromis.¦Par conséquent, il est probable que dans la majorité de ces résultats discordants, les anticorps anti-EBNA IgG détectés par BBA et EIA sont de vrais positifs non décelés par l'IF.¦En conclusion, BBA est meilleur que la méthode de référance qu'est l'IF, et est égal à EIA en ce qui concerne la performance diagnostique. En outre, ces deux nouvelles méthodes offrent une économie de temps en raison de manipulations moindres, et ne requièrent aucune formation en microscopie à fluorescence. Elles sont également plus économes en échantillons que IF. BBA a l'avantage de n'avoir besoin que de deux analyses pour donner un diagnostique, alors que IF et EIA ont en besoin d'une par anticorps. Enfin, BBA dispose de contrôles internes permettant de reconnaître les liaisons non antigène-spécifiques des anticorps. Par contre, BBA nécessite l'achat d'un lecteur par cytométrie de flux assez coûteux.

Environmental Tax on Products and Services Based on Their Carbon Footprint: A Case Study of the Pulp and Paper Sector

The main aim of this work is to define an environmental tax on products and services based on their carbon footprint. We examine the relevance of conventional life cycle analysis (LCA) and environmentally extended input-output analysis (EIO) as methodological tools to identify emission intensities of products and services on which the tax is based. The short-term price effects of the tax and the policy implications of considering non-GHG are also analyzed. The results from the specific case study on pulp production show that the environmental tax rate based on the LCA approach (1,8%) is higher than both EIO approaches (0,8% for product and 1,4% for industry approach), but they are comparable. Even though LCA is more product specific and provides detailed analysis, EIO would be the more relevant approach to apply economy wide environmental tax. When the environmental tax considers non-GHG emissions instead of only CO2, sectors such as agriculture, mining of coal and extraction of peat, and food exhibit higher environmental tax and price effects. Therefore, it is worthwhile for policy makers to pay attention on the implication of considering only CO2 tax or GHG emissions tax in order for such a policy measure to be effective and meaningful. Keywords: Environmental tax; Life cycle analysis; Environmental input-output analysis.

Family-based affirmative action? Subversion and resilience strategies of gay father families

The present doctoral dissertation is aimed at analyzing how and with what consequences gay father families and their children’s schools negotiate possible differences in the construction of family and gender at home and in the families’ social milieus. This objective fits in with the broader goal of researching how family-school interactons are influenced by the social context such as hegemonic masculinity (Connell, 2002). The thesis is based on qualitative fieldwork carried out with 18 nonheterosexual parent families in Spain, comprising 30 interviews with 44 people. The principal participant group were 14 de novo (adoptive and surrogacy) gay father families with resident preadolescent children. The findings revealed that all the de novo families assumed open communication strategies at school with inclusive consequences: apart from incidental questions and reactions of surprise, the children did not suffer homophobic bullying. The analisis showed that the necessary condition for inclusion was not the open communication but rather illocutionary orientation (Habermas, 1984; Soler & Flecha, 2010), understood as the parents’ sensitivity to the attitudes of their children and schools. The schools received the families in an inclusive manner, which, however, was only receptive and not proactive, therefore some of the families (reconstituted ones), coerced by the social context, got excluded. Gender relations at home were predominantly androgynous, and outside home predominantly traditional, yet the children negotiated this difference with inclusive consequences. They participated in hegemonic collective practices, thus confirming the thesis on the similarity between homo- and heterosexual-parent families (Golombok, 2006). Consistently, also the families’ identity politics was “assimilationist” and non-queer. Admittedly, the analisis showed that such a politics was increased by social expectations. Still, the findings suggest that educational and other family policies should draw on broad agendas of gender and family diversity rather than on the politics of difference and the unique status of LGB families.

LiveUpdate : gestor de descargas

La función principal de LiveUpdate será la de descargar actualizaciones mediante un servidor remoto permitiendo tener un control integral de todas las descargas disponibles. El desarrollo del proyecto estará marcado por la tecnología en la que se basa, Windows Presentation Foundation (WPF) para la creación de interfaces gráficas enriquecidas, y el lenguaje en que se sustenta, C#. La metodología utilizada estará caracterizada por el modelo Modelo‐Vista‐VistaModelo (MVVM) y los estándares corporativos que Mitsubishi aplica en su software. Finalmente, el sistema también dispondrá de soporte multiidioma pudiendo visualizar idiomas con caracteres no latinos como el ruso (cirílico) o el japonés (katakana, hiragana).

Information and Communication Technology (ICT) Strategy (PDF 383 KB)

The Information and Communications Technology (ICT) Vision Statement, issued for consultation in July 2001, describes a long-term vision for the use of ICT in the Health and Personal Social Services (HPSS). Responses to the consultation strongly supported the Strategy Vision. The ICT Strategy for the HPSS is aimed at delivering the Vision. It is based on analysis of the current use of ICT in the service and consultation with service users, those directly involved in health and social care, and the Department for Health, Personal Social Services and Public Safety (DHSSPS / the Department). Developments under way and planned elsewhere, particularly in England, Scotland, Wales and the Republic of Ireland, have been reviewed. Suppliers of ICT products and services were invited to present their perspectives on the future of ICT in health and social care. åÊ

Hyperhomocysteinemia is independently associed with albuminuria in the population-based CoLaus study

L'homocystéine est un molécule potentiellement atherogénique et est considéré comme facteur de risque indépendant pour les maladies cardiovasculaires. Pour les patients avec une maladie rénale chronique ou en général avec une fonction rénale diminuée le taux d'homocystéine dans le sérum est élevé. L'acide urique est associé avec un risque augmenté de développer une maladie rénale et prédit la mortalité pour les patients avec une maladie rénale chronique. Le but de cette étude était d'évaluer l'association entre des taux sériques d'homocystéine élevés est la présence d'une fonction rénale diminuée, exprimé par une filtration glomérulaire diminuée ou une albuminurie dans une sélection de la population de Lausanne. Nous avons aussi investigué l'effet de l'acide urique sur cette relation. Pour évaluer si l'association entre l'homocystéine est l'albuminurie pourra être causal, nous avons en même temps investigué l'association entra l'albuminurie est le polymorphisme du gène de la methylènetetrafolate réductase (MTHFR) fortement corrélé avec les taux sériques de l'homocystéine. L'étude CoLaus est transversale et basée sur la population. Elle représente une sélection aléatoire, non stratifié de la population générale de la ville de Lausanne, Suisse, âgée 35-75 ans (n=56.694). 5913 personnes étaient incluses dans l'analyse. La prévalence de l'albuminurie augmente dans les catégories de taux sériques croissants d'homocystéine. L'acide urique est associé avec la concentration sérique de l'homocystéine. Hyperhomocystéinémie et des taux sérique d'acide urique augmentés sont associés avec l'albuminurie, indépendant de l'hypertonie et du diabète. Dans cette étude basée sur une large population, l'association entre des taux sérique elevés d'homocystéine et la prévalence augmentée de l'albuminurie est indépendante de la fonction glomérulaire, indiquant que cette association n'est pas simplement la conséquence de la fonction rénale réduite. Hyperhomocystéinémie est associé avec un risque doublé pour une albuminurie, ce qu'est similaire au risque associé à l'hypertonie ou au diabète type 2. Cette association est indépendante de l'acide urique. Ce résultat suggère que l'hyperhomocystéinémie est un marqueur indépendant des la dysfonction rénale. Individus avec le polymorphisme du MTHFR associé avec des concentrations sériques élevées d'homocystéine sont associé avec un risque augmenté pour une albuminurie. Tous ces résultats supportent l'hypothèse que l'homocystéine cause des dommages rénaux.

Neuroendocrine Tumors (NETs): A population-based study of incidence and survival in Girona province, 1994-2004

Els tumors neuroendocrins (TNEs) són un grup de neoplàsies poc freqüents i heterogènies i amb un ampli espectre d’agressivitat. Hi ha molt poca informació epidemiològica a nivell mundial, l’objectiu d’aquest estudi ha estat el de reportar-ne les dades a la província de Girona. Hem inclòs tots els codis de la ICD-O3 que codifiquen un TNE, període 1994-2002. Hem identificat 698 tumors. Es reporten les dades tant de la casuística com les taxes d’incidència i supervivència de cada TNE per separat. Els resultats són consistents amb les publicacions europees. El fet d’haver reportat la incidència i la supervivència dels TNEs a Girona contribueix a un millor coneixement d’aquestes neoplàsies.

Interaction of Diocleinae Lectins with Glycoproteins Based in Surface Plasmon Resonance

Interaction of glucose/mannose-binding lectins in solution with immobilized glycoproteins was followed in real time using surface plasmon resonance technology. The lectins which share many biochemical and structural features could be clearly differentiated in terms of their specificity for complex glycoconjugates. The most prominent interaction of the lectins with PHA-E comparing with soybean agglutinin, both glycoproteins exhibiting high mannose oligosaccharides, suggests that the whole structure of the glycoproteins themselves, may interfere in affinity. These findings also support the hypothesis that minor amino acid replacements in the primary sequence of the lectins might be responsible for their divergence in fine specificity and biological activities. This is the first report using surface plasmon resonance technology that evidences differences of Diocleinae lectins in respect their fine glycan-specificity.

Local Distance-Based Generalized Linear Models using the dbstats package for R

This paper introduces local distance-based generalized linear models. These models extend (weighted) distance-based linear models firstly with the generalized linear model concept, then by localizing. Distances between individuals are the only predictor information needed to fit these models. Therefore they are applicable to mixed (qualitative and quantitative) explanatory variables or when the regressor is of functional type. Models can be fitted and analysed with the R package dbstats, which implements several distancebased prediction methods.

Monitor de servidors JMS

El monitor de servidors JMS és un projecte basat en el disseny i implementacio d'una eina GUI, destinada a programadors i equips de proves que treballin amb la tecnología Java Message Service, multiplataforma i multiservidor, que podrà monitoritzar un nombre variat de servidors JMS des de qualsevol sistema que tingui una màquina virtual de Java instal·lada. L'aplicació té com a principal objectiu visualitzar de forma clara i senzilla l'estat global d'un servidor JMS, mostrant les cues i tòpics creats, juntament amb la possibilitat de realitzar accions sobre les mateixes destinacions (enviament i eliminació de missatges residents al servidor) i la creació de gràfiques sobre el tràfic de missatges.

Physically based walking simulation

Hem realitzat l’estudi de moviments humans i hem buscat la forma de poder crear aquests moviments en temps real sobre entorns digitals de forma que la feina que han de dur a terme els artistes i animadors sigui reduïda. Hem fet un estudi de les diferents tècniques d’animació de personatges que podem trobar actualment en l’industria de l’entreteniment així com les principals línies de recerca, estudiant detingudament la tècnica més utilitzada, la captura de moviments. La captura de moviments permet enregistrar els moviments d’una persona mitjançant sensors òptics, sensors magnètics i vídeo càmeres. Aquesta informació és emmagatzemada en arxius que després podran ser reproduïts per un personatge en temps real en una aplicació digital. Tot moviment enregistrat ha d’estar associat a un personatge, aquest és el procés de rigging, un dels punts que hem treballat ha estat la creació d’un sistema d’associació de l’esquelet amb la malla del personatge de forma semi-automàtica, reduint la feina de l’animador per a realitzar aquest procés. En les aplicacions en temps real com la realitat virtual, cada cop més s’està simulant l’entorn en el que viuen els personatges mitjançant les lleis de Newton, de forma que tot canvi en el moviment d’un cos ve donat per l’aplicació d’una força sobre aquest. La captura de moviments no escala bé amb aquests entorns degut a que no és capaç de crear noves animacions realistes a partir de l’enregistrada que depenguin de l’interacció amb l’entorn. L’objectiu final del nostre treball ha estat realitzar la creació d’animacions a partir de forces tal i com ho fem en la realitat en temps real. Per a això hem introduït un model muscular i un sistema de balanç sobre el personatge de forma que aquest pugui respondre a les interaccions amb l’entorn simulat mitjançant les lleis de Newton de manera realista.

Hierarchical conditional random fields for parts based models matching

A parts based model is a parametrization of an object class using a collection of landmarks following the object structure. The matching of parts based models is one of the problems where pairwise Conditional Random Fields have been successfully applied. The main reason of their effectiveness is tractable inference and learning due to the simplicity of involved graphs, usually trees. However, these models do not consider possible patterns of statistics among sets of landmarks, and thus they sufffer from using too myopic information. To overcome this limitation, we propoese a novel structure based on a hierarchical Conditional Random Fields, which we explain in the first part of this memory. We build a hierarchy of combinations of landmarks, where matching is performed taking into account the whole hierarchy. To preserve tractable inference we effectively sample the label set. We test our method on facial feature selection and human pose estimation on two challenging datasets: Buffy and MultiPIE. In the second part of this memory, we present a novel approach to multiple kernel combination that relies on stacked classification. This method can be used to evaluate the landmarks of the parts-based model approach. Our method is based on combining responses of a set of independent classifiers for each individual kernel. Unlike earlier approaches that linearly combine kernel responses, our approach uses them as inputs to another set of classifiers. We will show that we outperform state-of-the-art methods on most of the standard benchmark datasets.

Eliminació autotròfica de nitrogen en una pila biològica (microbial fuel cells )

L’aigua i l’energia formen un binomi indissociable. En relació al cicle de l’aigua, des de fa varies dècades s’han desenvolupat diferents formes per recuperar part de l’energia relacionada amb l’aigua, per exemple a partir de centrals hidroelèctriques. No obstant, l’ús d’aquesta aigua també porta associat un gran consum energètic, relacionat sobretot amb el transport, la distribució, la depuració, etc... La depuració d’aigües residuals porta associada una elevada demanda energètica (Obis et al.,2009). En termes energètics, tot i que la despesa elèctrica d’una EDAR varia en funció de diferents paràmetres com la configuració i la capacitat de la planta, la càrrega a tractar, etc... es podria considerar que el rati mig seria d’ aproximadament 0.5 KWh•m-3.Els principals costos d’explotació estan relacionats tant amb la gestió de fangs (28%) com amb el consum elèctric (25%) (50% tractament biològic). Tot i que moltes investigacions relacionades amb el tractament d’aigua residual estan encaminades en disminuir els costos d’operació, des de fa poques dècades s’està investigant la viabilitat de que l’aigua residual fins i tot sigui una font d’energia, canviant la perspectiva, i començant a veure l’aigua residual no com a una problemàtica sinó com a un recurs. Concretament s’estima que l’aigua domèstica conté 9.3 vegades més energia que la necessària per el seu tractament mitjançant processos aerobis (Shizas et al., 2004). Un dels processos més desenvolupats relacionats amb el tractament d’aigües residuals i la producció energètica és la digestió anaeròbia. No obstant, aquesta tecnologia permet el tractament d’altes càrregues de matèria orgànica generant un efluent ric en nitrogen que s’haurà de tractar amb altres tecnologies. Per altre banda, recentment s’està investigant una nova tecnologia relacionada amb el tractament d’aigües residuals i la producció energètica: les piles biològiques (microbial fuel cells, MFC). Aquesta tecnologia permet obtenir directament energia elèctrica a partir de la degradació de substrats biodegradables (Rabaey et al., 2005). Les piles biològiques, més conegudes com a Microbial Fuel Cells (acrònim en anglès, MFC), són una emergent tecnologia que està centrant moltes mirades en el camp de l’ investigació, i que es basa en la producció d’energia elèctrica a partir de substrats biodegradables presents en l’aigua residual (Logan., 2008). Els fonaments de les piles biològiques és molt semblant al funcionament d’una pila Daniell, en la qual es separa en dos compartiments la reacció d’oxidació (compartiment anòdic) i la de reducció (compartiment catòdic) amb l’objectiu de generar un determinat corrent elèctric. En aquest estudi, bàsicament es mostra la posada en marxa d'una pila biològica per a l'eliminació de matèria orgànica i nitrogen de les aigües residuals.