Expression analysis and in silico characterization of intronic long noncoding RNAs in renal cell carcinoma: emerging functional associations

Abstract Background Intronic and intergenic long noncoding RNAs (lncRNAs) are emerging gene expression regulators. The molecular pathogenesis of renal cell carcinoma (RCC) is still poorly understood, and in particular, limited studies are available for intronic lncRNAs expressed in RCC Methods Microarray experiments were performed with custom-designed arrays enriched with probes for lncRNAs mapping to intronic genomic regions. Samples from 18 primary RCC tumors and 11 nontumor adjacent matched tissues were analyzed. Meta-analyses were performed with microarray expression data from three additional human tissues (normal liver, prostate tumor and kidney nontumor samples), and with large-scale public data for epigenetic regulatory marks and for evolutionarily conserved sequences. Results A signature of 29 intronic lncRNAs differentially expressed between RCC and nontumor samples was obtained (false discovery rate (FDR) <5%). A signature of 26 intronic lncRNAs significantly correlated with the RCC five-year patient survival outcome was identified (FDR <5%, p-value ≤0.01). We identified 4303 intronic antisense lncRNAs expressed in RCC, of which 22% were significantly (p <0.05) cis correlated with the expression of the mRNA in the same locus across RCC and three other human tissues. Gene Ontology (GO) analysis of those loci pointed to 'regulation of biological processes’ as the main enriched category. A module map analysis of the protein-coding genes significantly (p <0.05) trans correlated with the 20% most abundant lncRNAs, identified 51 enriched GO terms (p <0.05). We determined that 60% of the expressed lncRNAs are evolutionarily conserved. At the genomic loci containing the intronic RCC-expressed lncRNAs, a strong association (p <0.001) was found between their transcription start sites and genomic marks such as CpG islands, RNA Pol II binding and histones methylation and acetylation. Conclusion Intronic antisense lncRNAs are widely expressed in RCC tumors. Some of them are significantly altered in RCC in comparison with nontumor samples. The majority of these lncRNAs is evolutionarily conserved and possibly modulated by epigenetic modifications. Our data suggest that these RCC lncRNAs may contribute to the complex network of regulatory RNAs playing a role in renal cell malignant transformation.

Microbial Translocation Is Associated with Extensive Immune Activation in Dengue Virus Infected Patients with Severe Disease

Background: Severe dengue virus (DENV) disease is associated with extensive immune activation, characterized by a cytokine storm. Previously, elevated lipopolysaccharide (LPS) levels in dengue were found to correlate with clinical disease severity. In the present cross-sectional study we identified markers of microbial translocation and immune activation, which are associated with severe manifestations of DENV infection. Methods: Serum samples from DENV-infected patients were collected during the outbreak in 2010 in the State of Sa˜o Paulo, Brazil. Levels of LPS, lipopolysaccharide binding protein (LBP), soluble CD14 (sCD14) and IgM and IgG endotoxin core antibodies were determined by ELISA. Thirty cytokines were quantified using a multiplex luminex system. Patients were classified according to the 2009 WHO classification and the occurrence of plasma leakage/shock and hemorrhage. Moreover, a (non-supervised) cluster analysis based on the expression of the quantified cytokines was applied to identify groups of patients with similar cytokine profiles. Markers of microbial translocation were linked to groups with similar clinical disease severity and clusters with similar cytokine profiles. Results: Cluster analysis indicated that LPS levels were significantly increased in patients with a profound pro-inflammatory cytokine profile. LBP and sCD14 showed significantly increased levels in patients with severe disease in the clinical classification and in patients with severe inflammation in the cluster analysis. With both the clinical classification and the cluster analysis, levels of IL-6, IL-8, sIL-2R, MCP-1, RANTES, HGF, G-CSF and EGF were associated with severe disease. Conclusions: The present study provides evidence that both microbial translocation and extensive immune activation occur during severe DENV infection and may play an important role in the pathogenesis.

Desenvolvimento de modelo matemático de otimização logística para o transporte multimodal de safras agrícolas pelo corredor centro-oeste

Este artigo apresenta um modelo matemático de otimização logística para o transporte multimodal de safras agrícolas pelo corredor Centro-Oeste. Tal ferramenta foi desenvolvida no contexto de três amplos projetos de pesquisa financiados pela FINEP e executados por um grupo de universidades. O modelo, conhecido genericamente como Modelo de fluxo de Custo Mínimo Multiproduto, considera a otimização de fluxos em rede, para os produtos açúcar, álcool, milho, soja, óleo de soja, farelo de soja e trigo. O modelo proposto para estimativa dos fluxos inter-regionais mostrou-se uma ferramenta factível para fins de avaliação do potencial de utilização da multimodalidade. A análise destes resultados gera importantes subsídios para a seleção dos locais com potencial para instalação de mecanismos e equipamentos de transferência de cargas, além de auxiliar no dimensionamento dessas infraestruturas. Também é um resultado importante do ferramental desenvolvido a identificação das zonas de cargas que apresentam potencial captável pelas ferrovias, hidrovias e dutovias, ou seja, possibilita a identificação das regiões que revelam potencial para uso da multimodalidade.

Acto de presentación del libro "Siguiendo el rastro del arquitecto " en la Biblioteca de Arquitectura de la ULPGC

Evento celebrado el 30 de abril de 2010 que consistió en la presentación del libro "Siguiendo el rastro del arquitecto", a cargo de D. Héctor López Campos por la Biblioteca de Arquitectura, D. Eduardo Cáceres Morales por el Departamento de Arte, Ciudad y Territorio, D. Francisco Ortega Andrade por el Departamento de Construcción Arquitectónica, D. Alberto Bravo de Laguna Socorro por el Departamento de Expresión Gráfica y Proyectos Arquitectónicos y D. Enrique Solana Suárez como Director de la Escuela de Arquitectura. A continuación tuvo lugar el reconocimiento a la labor de Dña. Delia López Martín como bibliotecaria de Arquitectura con la participación del personal de la Biblioteca y posteriormente una intervención musical a cargo de Jonás García (guitarra) y Beneharo Déniz (flauta) que interpretaron el Concierto para flauta y guitarra de Astor Piazzola "Historia del tango". El acto fue presidido por D. José Regidor García, Rector de la Universidad de Las Palmas de Gran Canaria.

Precondicionamiento de sistemas de ecuaciones de matrices variables en la modelización de campos de viento

Eliminadas las páginas en blanco del pdf

Ensayo sobre la reforma del sector eléctrico : tecnología y competencia

Programa de doctorado: Economía

Recolonización vegetal en campos de cultivo abandonados de la Cuenca del Barranco de la Virgen Azuaje (Gran Canaria)

Doctorado en Medioambiente. La fecha de publicación es la fecha de lectura

Análisis del coste económico del uso de la superficie de césped sintético por futbolista en campos de fútbol públicos. Estudio de casos

[ES]El presente artículo ahonda en el análisis de la realidad acerca de los costes de reponer y utilizar superficies deportivas de césped artificial, centrando sus indagaciones en el caso del fútbol, deporte mayoritario en cuanto a participación en España. La metodología empleada en el análisis se basa en un estudio de casos, buscando esclarecer principalmente, el coste de un único uso por jugador y por equipo en un campo de fútbol de césped artificial. En el estudio que nos ocupa, hemos basado la investigación en dos espacios deportivos completamente opuestos en cuanto a su ocupación, al objeto de conocer el importe económico a satisfacer por cada usuario o equipo. El estudio posee unos objetivos muy concretos que se centran en procesar el análisis y conseguir datos reveladores de la realidad de las superficies sintéticas de fútbol, así como determinar y validar unos indicadores que son la base del estudio.

Entorno de simulación aplicado al estudio, comprensión y control del fenómeno de la realimentación acústica

[ES]El diseño de entornos de simulación aplicados al estudio, aprendizaje y adquisición de competencias es un campo de trabajo activo en todos los niveles educativos. Los sucesivos avances experimentados por las Tecnologías de la Información y Comunicaciones (TIC), las plataformas que las sustentan y los estudios e investigaciones llevadas a cabo en el campo de la Interacción Persona Ordenador (Human Computer Interaction, HCI), soportan y hacen posible la realización de herramientas como la que aquí proponemos. Se trata de un entorno de simulación que ha sido diseñado con dos grandes objetivos: fomentar el aprendizaje activo y mejorar el rendimiento académico, como los más destacados. Para ello hemos elegido la Realimentación Acústica en los sistemas de refuerzo sonoro, fenómeno que exige un estudio detallado de los parámetros que lo controlan, que presentado de la forma que aquí proponemos permitirá un mejor aprovechamiento del escaso tiempo disponible para la experimentación en situaciones reales.