In vitro ANTIGIARDIAL ACTIVITY OF THE CYSTEINE PROTEASE INHIBITOR E-64

The quest for new antiparasitic alternatives has led researchers to base their studies on insights into biology, host-parasite interactions and pathogenesis. In this context, proteases and their inhibitors are focused, respectively, as druggable targets and new therapy alternatives. Herein, we proposed to evaluate the in vitro effect of the cysteine protease inhibitor E-64 on Giardia trophozoites growth, adherence and viability. Trophozoites (105) were exposed to E-64 at different final concentrations, for 24, 48 and 72 h at 37 °C. In the growth and adherence assays, the number of trophozoites was estimated microscopically in a haemocytometer, whereas cell viability was evaluated by a dye-reduction assay using MTT. The E-64 inhibitor showed effect on growth, adherence and viability of trophozoites, however, its better performance was detected in the 100 µM-treated cultures. Although metronidazole was more effective, the E-64 was shown to be able to inhibit growth, adherence and viability rates by ≥ 50%. These results reveal that E-64 can interfere in some crucial processes to the parasite survival and they open perspectives for future investigations in order to confirm the real antigiardial potential of the protease inhibitors.

DECREASING PREVALENCE OF THE ACUTE/SUBACUTE CLINICAL FORM OF PARACOCCIDIOIDOMYCOSIS IN MATO GROSSO DO SUL STATE, BRAZIL

With the objective to evaluate the behavior of paracoccidioidomycosis in the last three decades, clinical and epidemiological data of 595 patients admitted to clinical services of the Federal University of Mato Grosso do Sul from 1980 to 2009 were investigated. Gender, age distribution, clinical form, comorbidity with tuberculosis or AIDS, and mortality were compared by decades of clinical admission. It was shown that during the three decades there was a decrease in women percentage, and the same manner occurred a reduction in participants in the age group of 20 to 39 years. Moreover, the acute/subacute forms have been diminished in the period. These fluctuations are closely related and can be simultaneously analyzed. Increased AIDS co-infection prevalence from the first to the second decade was also revealed, coinciding with the appearance of the retroviral epidemic and stabilizing during the third decade. No change in the tuberculosis co-infection rate was observed (overall = 6.9%). It reinforces the importance of this co-morbidity. The overall mortality rate remained steady at 6.7%, not varying significantly from one decade to another. The persistent mortality rate calls attention to the importance of this neglected disease.

Spatial distribution of Malaria indicator in Tanzania

Dissertation submitted in partial fulfillment of the requirements for the Degree of Master of Science in Geospatial Technologies

Minimização do impacto ambiental do processo de curtume de pele de bovino

O presente trabalho teve como objectivo a minimização do impacto ambiental do processo de curtume da pele de bovino. A indústria de curtumes transforma a pele, material putrescível, em couro, material nobre, termicamente estável e imputrescível. A transformação da pele em couro origina uma carga poluente apreciável quer quanto a efluentes líquidos quer quanto a resíduos sólidos. O fluxo produtivo da indústria de curtumes pode dividir-se em quatro sectores: ribeira, curtume, tinturaria e acabamento, sendo que os três primeiros geram efluentes líquidos com elevada carga poluente. Neste trabalho, foram avaliadas as fases do processo que geram efluentes líquidos: molho, caleiro, curtume e tinturaria. Na avaliação do processo do molho testou-se uma protease e uma lipase contra um molhante e um desengordurante tradicional, agentes químicos normalmente utilizados no molho mas menos biodegradáveis que as enzimas testadas. Salienta-se o bom resultado obtido quanto à eficiência do molho Na avaliação do processo de caleiro testaram-se várias alternativas no sentido da redução da quantidade de sulfureto de sódio utilizada e da minimização da carga poluente. Entre as alternativas, depilação por oxidação, depilação enzimática com e sem destruição do pêlo, elegeu-se a depilação enzimática sem destruição do pêlo que conduziu a resultados com menor impacto ambiental, nomeadamente a redução da % da quantidade de sulfureto de sódio, sendo a redução da carga poluente de 4,19 % de sulfureto, 32.80% de sólidos suspensos totais (SST),27.09% de sólidos totais (ST) e de 76.90% da carência química de oxigénio (CQO) no efluente de caleiro. No processo do curtume da pele é utilizado crómio como agente de curtume em cerca de 80% das peles tratadas, sendo este metal problemático em termos ambientais. No sentido de reduzir a quantidade de crómio utilizada no processo foi realizado um planeamento factorial onde as variáveis a estudar foram a concentração de crómio e a temperatura, tendo este como objectivo observar qual a quantidade mínima de crómio necessária para termos um produto final nas condições desejadas e gerando um menor impacto ambiental. Concluiu-se desenvolvendo um processo que mostra ser possível reduzir a quantidade de sal de crómio de 7% para 5%, além de ter um impacto ambiental claramente menos agressivo nos efluentes de curtume gerado. Este processo quando comparado com o processo tradicional permite a redução de 27% na CQO, 79% nos SST, 11% nos ST e 38% no teor de crómio Na avaliação do processo de tinturaria foi estudado um processo compacto contra o processo tradicional, tendo-se concluído pelo menor impacto ambiental do processo estudado, nomeadamente ao nível da redução do consumo de água e da carga poluente gerada. A comparação dos dois processos, no que respeita à carga poluente gerada, permitiu concluir por uma redução de 39% da CQO, 50% dos SST, e 12% dos ST quando aplicado o processo compacto Por fim foi feita uma avaliação do impacto ambiental do efluente global gerado pelos processos considerados com menor impacto ambiental contra o processo tradicional, normalmente aplicado na indústria. A aplicação do conjunto dos processos desenvolvidos, quando comparada com a aplicação do conjunto dos processos tradicionais, mostra uma redução de 1% no sulfureto, 40% na CQO, 60 % nos SST, 42 % no crómio e 11% nos ST, mostrando claramente que é possível reduzir a carga poluente da indústria de curtumes atuando no processo. Este trabalho mostrou a importância de atuar no processo para minimizar os custos de tratamento e mesmo de investimento dos efluentes da indústria de curtumes. Importa salientar que os processos desenvolvidos necessitam de validação a uma escala semi-industrial.

HAND-FOOT-AND-MOUTH DISEASE EPIDEMIOLOGICAL STATUS AND RELATIONSHIP WITH METEOROLOGICAL VARIABLES IN GUANGZHOU, SOUTHERN CHINA, 2008-2012

Hand-foot-and-mouth disease (HFMD) is becoming one of the extremely common airborne and contact transmission diseases in Guangzhou, southern China, leading public health authorities to be concerned about its increased incidence. In this study, it was used an ecological study plus the negative binomial regression to identify the epidemic status of HFMD and its relationship with meteorological variables. During 2008-2012, a total of 173,524 HFMD confirmed cases were reported, 12 cases of death, yielding a fatality rate of 0.69 per 10,000. The annual incidence rates from 2008 to 2012 were 60.56, 132.44, 311.40, 402.76, and 468.59 (per 100,000), respectively, showing a rapid increasing trend. Each 1 °C rise in temperature corresponded to an increase of 9.47% (95% CI 9.36% to 9.58%) in the weekly number of HFMD cases, while a one hPa rise in atmospheric pressure corresponded to a decrease in the number of cases by 7.53% (95% CI -7.60% to -7.45%). Similarly, each one percent rise in relative humidity corresponded to an increase of 1.48% or 3.3%, and a one meter per hour rise in wind speed corresponded to an increase of 2.18% or 4.57%, in the weekly number of HFMD cases, depending on the variables considered in the model. These findings revealed that epidemic status of HFMD in Guangzhou is characterized by high morbidity but low fatality. Weather factors had a significant influence on the incidence of HFMD.

Genomic Signatures and Antiviral Drug Susceptibility Profile of A(H1N1)pdm09

Background: Genetic changes in influenza surface and internal genes can alter viral fitness and virulence. Mutation trend analysis and antiviral drug susceptibility profiling of A(H1N1)pdm09 viruses is essential for risk assessment of emergent strains and disease management. Objective: To profile genomic signatures and antiviral drug resistance of A(H1N1)pdm09 viruses and to discuss the potential role of mutated residues in human host adaptation and virulence. Study design: A(H1N1)pdm09 viruses circulating in Portugal during pandemic and post-pandemic periods and 2009/2010 season. Viruses were isolated in MDCK-SIAT1 cell culture and subjected to mutation analysis of surface and internal proteins, and to antiviral drug susceptibility profiling. Results: The A(H1N1)pdm09 strains circulating during the epidemic period in Portugal were resistant to amantadine. The majority of the strains were found to be susceptible to oseltamivir and zanamivir, with five outliers to neuraminidase inhibitors (NAIs) identified. Specific mutation patterns were detected within the functional domains of internal proteins PB2, PB1, PA, NP, NS1, M1 and NS2/NEP, which were common to all isolates and also some cluster-specific. Discussion: Modification of viral genome transcription, replication and apoptosis kinetics, changes in antigenicity and antiviral drug susceptibility are known determinants of virulence. We report several point mutations with putative roles in viral fitness and virulence, and discuss their potential to result in more virulent phenotypes. Monitoring of specific mutations and genetic patterns in influenza viral genes is essential for risk assessing emergent strains, disease epidemiology and public health implications.

Estudo Focado no Utilizador de Software Gratuito para Modelação e Visualização 3D Realista

Computação gráfica um campo que tem vindo a crescer bastante nos últimos anos, desde áreas como cinematográficas, dos videojogos, da animação, o avanço tem sido tão grande que a semelhança com a realidade é cada vez maior. Praticamente hoje em dia todos os filmes têm efeitos gerados através de computação gráfica, até simples anúncios de televisão para não falar do realismo dos videojogos de hoje. Este estudo tem como objectivo mostrar duas alternativas no mundo da computação gráfica, como tal, vão ser usados dois programas, Blender e Unreal Engine. O cenário em questão será todo modelado de raiz e será o mesmo nos dois programas. Serão feitos vários renders ao cenário, em ambos os programas usando diferentes materiais, diferentes tipos de iluminação, em tempo real e não de forma a mostrar as várias alternativas possíveis.

TOXOPLASMOSIS IN MEXICO: EPIDEMIOLOGICAL SITUATION IN HUMANS AND ANIMALS

Toxoplasmosis is a parasitic disease widely distributed throughout the world, infecting a wide variety of animal species including humans. In Mexico, this parasite has been detected in different parts of the country, particularly in the tropical areas where the parasite can remain infective for long periods of time due to the environmental conditions (i.e. high temperature and humidity over the whole year). Several epidemiological studies have been conducted in both human and animal populations, but despite the wide distribution of the agent in the country, there is a significant lack of knowledge on the parasite transmission, treatment alternatives and control measures. The lack of feral cat populations and control measures in sites of meat production for human consumption are playing a role that has led to the wide spread of the disease in the country, particularly in tropical areas of Southeastern Mexico. For these reasons, this manuscript aims to review the published information on relevant epidemiological aspects of infection with T. gondii in humans and animals from Mexico.

Migração de aplicações móveis híbridas para Android nativo

Durante os últimos anos tem-se assistido a um crescimento exponencial da utilização dos dispositivos móveis. Atualmente, a presença destes dispositivos está tão consolidada na sociedade em que nos encontramos que é praticamente impossível estar num espaço público sem encontrar uma pessoa a utilizar um exemplar deste tipo de dispositivos, na forma de um Smartphone ou um Tablet. Nesse sentido, um grande número de organizações de desenvolvimento de software tem vindo a apostar na criação de aplicações para servir este mercado com enorme potencial. De forma a iniciar o desenvolvimento aplicacional nesta área, cabe às organizações escolherem a metodologia de desenvolvimento que mais se adapta às suas necessidades e ao contexto que desejam explorar. Por vezes, a abordagem adotada acaba por ser tornar inadaptada a longo prazo, podendo as aplicações começar a apresentar níveis de desempenho e problemas comportamentais indesejados, de acordo com as alterações realizadas e as necessidades evidenciadas no seu processo de evolução, sendo necessário explorar outras alternativas metodológicas. No contexto apresentado surge a temática da presente dissertação, que se propõe à criação de um plano de migração tecnológica genérico direcionado a um conjunto aplicações móveis em estudo, desenvolvidas através de uma metodologia híbrida, adaptada ao desenvolvimento de aplicações compatíveis com as diversas plataformas móveis. O plano devia então ser construído com o intuito de efetuar a migração das aplicações para uma metodologia nativa, adaptada ao desenvolvimento de aplicações móveis específicas a uma determinada plataforma móvel, que no presente caso seria sob a plataforma Android. No decorrer do trabalho realizado foram desenvolvidos mecanismos e componentes genéricos que permitiram implementar um módulo de migração responsável por construir um projeto nativo base de Android através de um projeto híbrido, construído segundo as suas tecnologias específicas. Finalizada a implementação, foram realizados testes comparativos entre a aplicação alvo de migração e o protótipo nativo conseguido e foi apresentada uma série de resultados que permitiram concluir a adequação da metodologia nativa para ultrapassar a problemática evidenciada. Além disso, foi também possível concluir que o sistema de migração genérico resultante do trabalho desta dissertação permite reduzir significativamente o tempo de desenvolvimento necessário em migrações de outras aplicações que se enquadrem na mesma problemática.

Adaptation and Localization of Open Source ERPs - The case of Parties in OFBiz

O software tem vindo a tornar-se uma parte importante de qualquer empresa, cobrindo várias áreas funcionais, tais como manufaturação, vendas ou recursos humanos. O facto de uma empresa possuir um software capaz de ligar todas ou a maior parte das suas áreas funcionais e de acomodar as suas regras de negócio permite que estas tenham acesso a dados em tempo real nos quais se podem basear para tomar decisões. Estes tipos de software podem ser categorizados como Enterprise resource planning (ERP). Tendo em conta que estes tipos de software têm um papel importante dentro de uma empresa, a aquisição dos mesmos é algo que deve ser bem estudado. As grandes empresas normalmente optam pela aquisição de soluções comerciais uma vez que estas tendem a ter mais funcionalidades, maior suporte e certificações. Os ERPs comerciais representam, no entanto, um esforço elevado para que a sua compra possa ser feita, o que limita a possibilidade de aquisição dos mesmos por parte de pequenas ou médias empresas. No entanto, tal como acontece com a maior parte dos tipos de software, existem alternativas open-source. Se nos colocássemos na posição de uma pequena empresa, a tentar iniciar o seu negócio em Portugal, que tipo de ERP seria suficiente para os nossos requisitos? Teríamos que optar por comprar uma solução comercial, ou uma solução open-source seria suficiente? E se optássemos por desenvolver uma solução à medida? Esta tese irá responder a estas questões focando-se apenas num dos componentes base de qualquer ERP, a gestão de entidades. O componente de gestão de entidades é responsável por gerir todas as entidades com as quais a empresa interage abrangindo colaboradores, clientes, fornecedores, etc. A nível de funcionalidades será feita uma comparação entre um ERP comercial e um ERP open-source. Como os ERPs tendem a ser soluções muito genéricas é comum que estes não implementem todos os requisitos de um negócio em particular, como tal os ERPs precisam de ser extensíveis e adaptáveis. Para perceber até que ponto a solução open-source é extensível será feita uma análise técnica ao seu código fonte e será feita uma implementação parcial de um gerador de ficheiros de auditoria requerido pela lei Portuguesa, o SAF-T (PT). Ao estudar e adaptar a solução open-source podemos especificar o que teria que ser desenvolvido para podermos criar uma solução à medida de raiz.

SAINT LOUIS ENCEPHALITIS VIRUS IN MATO GROSSO, CENTRAL-WESTERN BRAZIL

The dengue virus (DENV), which is frequently involved in large epidemics, and the yellow fever virus (YFV), which is responsible for sporadic sylvatic outbreaks, are considered the most important flaviviruses circulating in Brazil. Because of that, laboratorial diagnosis of acute undifferentiated febrile illness during epidemic periods is frequently directed towards these viruses, which may eventually hinder the detection of other circulating flaviviruses, including the Saint Louis encephalitis virus (SLEV), which is widely dispersed across the Americas. The aim of this study was to conduct a molecular investigation of 11 flaviviruses using 604 serum samples obtained from patients during a large dengue fever outbreak in the state of Mato Grosso (MT) between 2011 and 2012. Simultaneously, 3,433 female Culex spp. collected with Nasci aspirators in the city of Cuiabá, MT, in 2013, and allocated to 409 pools containing 1-10 mosquitoes, were also tested by multiplex semi-nested reverse transcription PCR for the same flaviviruses. SLEV was detected in three patients co-infected with DENV-4 from the cities of Cuiabá and Várzea Grande. One of them was a triple co-infection with DENV-1. None of them mentioned recent travel or access to sylvatic/rural regions, indicating that transmission might have occurred within the metropolitan area. Regarding mosquito samples, one pool containing one Culex quinquefasciatus female was positive for SLEV, with a minimum infection rate (MIR) of 0.29 per 1000 specimens of this species. Phylogenetic analysis indicates both human and mosquito SLEV cluster, with isolates from genotype V-A obtained from animals in the Amazon region, in the state of Pará. This is the first report of SLEV molecular identification in MT.

On the track of β-lactam resistance: Studies on the regulation of methicillinresistance in Staphylococcus aureus

Dissertação para obtenção do Grau de Doutor em Biologia

PARACOCCIDIOIDOMYCOSIS TREATMENT

SUMMARYConsidered to be an emerging endemic mycosis in Latin America, paracoccidioidomycosis is characterized by a chronic course and involvement of multiple organs in immunocompromised hosts. Infection sequelae are mainly related to pulmonary and adrenal insufficiency. The host-parasite interaction results in different expressions of the immune response depending on parasite pathogenicity, fungal load and genetic characteristics of the host. A few controlled and case series reports have shown that azoles and fast-acting sulfa derivatives are useful treatment alternatives in milder forms of the disease. For moderate/severe cases, more prolonged treatments or even parenteral routes are required especially when there is involvement of the digestive tract mucosa, resulting in poor drug absorption. Although comparative studies have reported that shorter treatment regimens with itraconazole are able to induce cure in chronically-infected patients, there are still treatment challenges such as the need for more controlled studies involving acute cases, the search for new drugs and combinations, and the search for compounds capable of modulating the immune response in severe cases as well as the paradoxical reactions.

Application of ionic liquids and enzymes for the removal of proteinaceous layers from polychrome of works of art and evaluation of the cleaning effectiveness

Dissertação Apresentada na Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade Nova de Lisboa para obtenção do grau de Mestre em Ciências da Conservação, especialização em Pintura

Five-Year Review of an International Clinical Research-Training Program

The exponential increase in clinical research has profoundly changed medical sciences. Evidence that has accumulated in the past three decades from clinical trials has led to the proposal that clinical care should not be based solely on clinical expertise and patient values, and should integrate robust data from systematic research. As a consequence, clinical research has become more complex and methods have become more rigorous, and evidence is usually not easily translated into clinical practice. Therefore, the instruction of clinical research methods for scientists and clinicians must adapt to this new reality. To address this challenge, a global distance-learning clinical research-training program was developed, based on collaborative learning, the pedagogical goal of which was to develop critical thinking skills in clinical research. We describe and analyze the challenges and possible solutions of this course after 5 years of experience (2008-2012) with this program. Through evaluation by students and faculty, we identified and reviewed the following challenges of our program: 1) student engagement and motivation, 2) impact of heterogeneous audience on learning, 3) learning in large groups, 4) enhancing group learning, 5) enhancing social presence, 6) dropouts, 7) quality control, and 8) course management. We discuss these issues and potential alternatives with regard to our research and background.