Biochemical characterization and DNA binding properties of the MocR family member GabR, a PLP-dependent transcription factor

GabR è un fattore di trascrizione chimerico appartenente alla famiglia dei MocR/GabR, costituito da un dominio N-terminale elica-giro-elica di legame al DNA e un dominio effettore e/o di oligomerizzazione al C-terminale. I due domini sono connessi da un linker flessibile di 29 aminoacidi. Il dominio C-terminale è strutturalmente omologo agli enzimi aminotransferasici fold-type I, i quali, utilizzando il piridossal-5’-fosfato (PLP) come cofattore, sono direttamente coinvolti nel metabolismo degli aminoacidi. L’interazione contemporanea di PLP e acido γ-aminobutirrico (GABA) a GabR fa sì che questa promuova la trascrizione di due geni, gabT e gabD, implicati nel metabolismo del GABA. GabR cristallizza come un omodimero con una configurazione testa-coda. Il legame con la regione promotrice gabTD avviene attraverso il riconoscimento specifico di due sequenze dirette e ripetute (ATACCA), separate da uno spacer di 34 bp. In questo studio sono state indagate le proprietà biochimiche, strutturali e di legame al DNA della proteina GabR di Bacillus subtilis. L’analisi spettroscopica dimostra che GabR interagisce con il PLP formando l’aldimina interna, mentre in presenza di GABA si ottiene l’aldimina esterna. L’interazione fra il promotore gabTD e le forme holo e apo di GabR è stata monitorata mediante Microscopia a Forza atomica (AFM). In queste due condizioni di legame è stata stimata una Kd di circa 40 ηM. La presenza di GABA invece, determinava un incremento di circa due volte della Kd, variazioni strutturali nei complessi GabR-DNA e una riduzione del compattamento del DNA alla proteina, indipendentemente dalla sequenza del promotore in esame. Al fine di valutare il ruolo delle caratteristiche topologiche del promotore, sono state inserite cinque e dieci bp all’interno della regione spacer che separa le due sequenze ripetute dirette riconosciute da GabR. I significativi cambiamenti topologici riscontrati nel frammento aggiunto di cinque bp si riflettono anche sulla forte riduzione dell’affinità di legame verso la proteina. Al contrario, l’inserzione di 10 bp provoca solamente l’allontanamento delle sequenze ripetute dirette. L’assenza quindi di cambiamenti significativi nella topologia di questo promotore fa sì che l’affinità di legame per GabR rimanga pressoché inalterata rispetto al promotore non mutato. L’analisi del potenziale elettrostatico superficiale di GabR mostra la presenza di una fascia carica positivamente che si estende lungo un’intera faccia della proteina. Per verificare l’importanza di questa caratteristica di GabR nel meccanismo di interazione al DNA, sono stati preparati ed indagati i mutanti R129Q e K362-366Q, in cui la carica positiva superficiale risultava indebolita. L’affinità di legame dei mutanti di GabR per il DNA era inferiore rispetto alla proteina non mutata, in particolar modo nel mutante K362-366Q. Le evidenze acquisite suggeriscono che la curvatura intrinseca del promotore ed il corretto orientamento delle sequenze sulla doppia elica, più della distanza che le separa, siano critici per sostenere l’interazione con GabR. Oltre a questo, la superficie positiva di GabR è richiesta per accomodare la curvatura del DNA sul corpo della proteina. Alla luce di questo, l’interazione GabR-gabTD è un esempio di come il riconoscimento specifico di sequenze, la topologia del DNA e le caratteristiche strutturali della proteina siano contemporaneamente necessarie per sostenere un’interazione proteina-DNA stabile.

Temperamento divergente em bovinos está associado à alteração no amaciamento de carne e atividade inibitória de calpastatina

Embora muitos avanços tenham ocorrido no entendimento dos fatores que afetam a maciez, a incidência de carne dura ainda é significativa. Animais mais reativos apresentam carnes mais duras, porém o mecanismo que determina este efeito ainda não foi estabelecido. Presume-se que o maior estresse nos animais reativos aumente a atividade de calpastatina afetando o amaciamento post mortem. Com objetivo de testar esta hipótese, foram avaliadas correlações da força de cisalhamento (FC), temperamento e temperatura corporal obtida de noventa e seis novilhos Nelore castrados, com cerca de 20 meses de idade. O temperamento foi baseado nas variáveis velocidade de fuga (VF) e escore de tronco (ET) avaliadas 3 - 4 semanas antes do abate (Manejo 1) e 2 dias pré-abate (Manejo 2). A análise de componentes principais com as variáveis de temperamento obtidas em ambos os manejos resultou em dois índices: índice de temperamento (IT) e índice de habituação (IH). Estes índices apresentaram maior correlação com a FC do que a VF. O IH apresentou correlação negativa e positiva com FC e pH (P < 0,05), respectivamente. A temperatura retal foi positivamente correlacionada com IT e negativamente com FC. A termografia infravermelho de várias regiões corporais apresentou correlações baixas com IT ou FC. Dois grupos divergentes quanto à FC (extremos da população para FC), cada qual com 6 novilhos, foram comparados para variáveis de temperamento, expressão dos genes CAPN1, CAST, CAST1 e CAST2, e características de carne. O grupo de alta FC (AFC) apresentou maior (P< 0,05) VF, ET, IT e índice de temperamento com base na média da VF e ET (ITM). Os grupos de AFC e baixa FC (BFC) não diferiram (P > 0,05) para comprimento de sarcômero e pH final, mas tiveram diferenças no amaciamento post mortem, com diferenças em maciez que persistiram em todos os tempos de maturação (2, 16 e 30 dias post mortem; P < 0,05). O grupo AFC apresentou maior atividade inibitória de calpastatina total 48 h post mortem medida no M. triceps brachii (P < 0,05), embora diferenças não tenham sido observadas no M. longissimus lumborum (P > 0,05). No entanto, o grupo AFC teve no M. longissimus maior expressão de CAST do que o grupo de BFC (P < 0,05). Em conclusão, temperamentos divergentes têm impacto na atividade de calpastatina que influência o amaciamento post mortem.

Transcription of liver X receptor is down-regulated by 15-deoxy-Δ12,14-prostaglandin J2 through oxidative stress in human neutrophils

Liver X receptors (LXRs) are ligand-activated transcription factors of the nuclear receptor superfamily. They play important roles in controlling cholesterol homeostasis and as regulators of inflammatory gene expression and innate immunity, by blunting the induction of classical pro-inflammatory genes. However, opposite data have also been reported on the consequences of LXR activation by oxysterols, resulting in the specific production of potent pro-inflammatory cytokines and reactive oxygen species (ROS). The effect of the inflammatory state on the expression of LXRs has not been studied in human cells, and constitutes the main aim of the present work. Our data show that when human neutrophils are triggered with synthetic ligands, the synthesis of LXRα mRNA became activated together with transcription of the LXR target genes ABCA1, ABCG1 and SREBP1c. An inflammatory mediator, 15-deoxy-Δ12,14-prostaglandin J2 (15dPGJ2), hindered T0901317-promoted induction of LXRα mRNA expression together with transcription of its target genes in both neutrophils and human macrophages. This down-regulatory effect was dependent on the release of reactive oxygen species elicited by 15dPGJ2, since it was enhanced by pro-oxidant treatment and reversed by antioxidants, and was also mediated by ERK1/2 activation. Present data also support that the 15dPGJ2-induced serine phosphorylation of the LXRα molecule is mediated by ERK1/2. These results allow to postulate that down-regulation of LXR cellular levels by pro-inflammatory stimuli might be involved in the development of different vascular diseases, such as atherosclerosis.

Transcription of diary entries, 1801-1803

A note indicates that White originally made these entries in his copies of the Massachusetts Register. It is unclear who prepared these transcriptions; they do not appear to be in White's hand.

Twentieth century transcription of inventories by Thaddeus William Harris, 1845 July 25-1852 July 3, and undated

Transcription of inventories of College silver completed by Harris in 1845 and 1852, as well as an undated list of silver.

The Ets domain transcription factor Erm distinguishes rat satellite glia from Schwann cells and is regulated in satellite cells by neuregulin signaling

Distinct glial cell types of the vertebrate peripheral nervous system (PNS) are derived from the neural crest. Here we show that the expression of the Ets domain transcription factor Erm distinguishes satellite glia from Schwann cells beginning early in rat PNS development. In developing dorsal root ganglia (DRG), Erm is present both in presumptive satellite glia and in neurons. In contrast, Erm is not detectable at any developmental stage in Schwann cells in peripheral nerves. In addition, Erm is downregulated in DRG-derived glia adopting Schwann cell traits in culture. Thus, Erm is the first described transcription factor expressed in satellite glia but not in Schwann cells. In culture, the Neuregulin1 (NRG1) isoform GGF2 maintains Erm expression in presumptive satellite cells and reinduces Erm expression in DRG-derived glia but not in Schwann cells from sciatic nerve. These data demonstrate that there are intrinsic differences between these glial subtypes in their response to NRG1 signaling. In neural crest cultures, Erm-positive progenitor cells give rise to two distinct glial subtypes: Erm-positive, Oct-6-negative satellite glia in response to GGF2, and Erm-negative, Oct-6-positive Schwann cells in the presence of serum and the adenylate cyclase activator forskolin. Thus, Erm-positive neural crest-derived progenitor cells and presumptive satellite glia are able to acquire Schwann cell features. Given the in vivo expression of Erm in peripheral ganglia, we suggest that ganglionic Erm-positive cells may be precursors of Schwann cells.

Les maximes du scribe Ani d'après le papyrus hiératique no IV du Musée de Boulaq avec double transcription, traduction analytique et commentaire perpétuel,

Forms vol.I-II of "L'egyptologie" a monthly periodical of which no more was published.

Après un rêve = After a dream : transcription /

Caption title.

Dictionnaire classique sanscrit-français où sont coordonnés, revisés et complétés les travaux de Wilson, Bopp, Westergaard, Johnson, etc. et contenant le dêvanâgari, sa transcription européene, l'interprétation, les racines et de nombreux rapprochements philologiques,

Mode of access: Internet.

Key to the bibliographical puzzle presented by the Baptist Association minutes of the years 1790 to 1794 listed by Charles Evans in his "American bibliography," with a transcription in full of the record of Baptist Association meetings during these years in the "Universal register of the Baptist denomination in North America," by John Asplund, on which most of these Evans entries are found to be based,

Reproduced from type-written copy.

Parallele des langues de l'Europe et de l'Inde : ou Etude des principales langues romanes germaniques, slavonnes et celtiques comparées entre elles et a la langue sanscrite, avec un essai de transcription générale /

Mode of access: Internet.

Catalog of radio recordings : a transcription service for schools /

Includes index.

Tau haplotypes regulate transcription and are associated with Parkinson's disease

A primary haplotype (H1) of the microtubule-associated protein Tau (MAPT) gene is associated with Parkinson's disease (PD). However, the mechanism for disease susceptibility remains unknown. We examined the promoter region of MAPT and identified single nucleotide polymorphisms and insertions of 1 to 11 nucleotides. These polymorphisms corresponded to the previously characterized haplotypes, H1 and H2, as well as a novel variant of the H1 haplotype, H1'. As observed in other studies, we demonstrated a significant association with the H1/H1 promoter genotype and PD in a cohort of 206 idiopathic late-onset cases. This is in contrast with a panel of 13 early-onset PD patients, for whom we did not detect any mutations in MAPT. By examining single nucleotide polymorphisms in adjacent genes, we showed that linkage disequilibrium does not extend beyond the MAPT haplotype to neighboring genes. To define the mechanism of disease susceptibility, we examined the transcriptional activity of the promoter haplotypes using a luciferase reporter assay. We demonstrated in two human cell lines, SK-N-MC and 293, that the H1 haplotype was more efficient at driving gene expression than the H2 haplotype. Our data suggest that an increase in expression of the MAPT gene is a susceptibility factor in idiopathic PD.