Biosynthesis of Yersinia enterocolitica serotype O:3 lipopolysaccharide outer core

Lipopolysacharide (LPS) present on the outer leaflet of Gram-negative bacteria is important for the adaptation of the bacteria to the environment. Structurally, LPS can be divided into three parts: lipid A, core and O-polysaccharide (OPS). OPS is the outermost and also the most diverse moiety. When OPS is composed of identical sugar residues it is called homopolymeric and when it is composed of repeating units of oligosaccharides it is called heteropolymeric. Bacteria synthesize LPS at the inner membrane via two separate pathways, Lipid A-core via one and OPS via the other. These are ligated together in the periplasmic space and the completed LPS molecule is translocated to the surface of the bacteria. The genes directing the OPS biosynthesis are often clustered and the clusters directing the biosynthesis of heteropolymeric OPS often contain genes for i) the biosynthesis of required NDP-sugar precursors, ii) glycosyltransferases needed to build up the repeating unit, iii) translocation of the completed O-unit to the periplasmic side of the inner membrane (flippase) and iv) polymerization of the repeating units to complete OPS. The aim of this thesis was to characterize the biosynthesis of the outer core (OC) of Yersinia enterocolitica serotype O:3 (YeO3). Y. enterocolitica is a member of the Gram-negative Yersinia genus and it causes diarrhea followed sometimes by reactive arthritis. The chemical structure of the OC and the nucleotide sequence of the gene cluster directing its biosynthesis were already known; however, no experimental evidence had been provided for the predicted functions of the gene products. The hypothesis was that the OC biosynthesis would follow the pathway described for heteropolymeric OPS, i.e. a Wzy-dependent pathway. In this work the biochemical activities of two enzymes involved in the NDP-sugar biosynthesis was established. Gne was determined to be a UDP-N-acetylglucosamine-4-epimerase catalyzing the conversion of UDP-GlcNAc to UDP-GalNAc and WbcP was shown to be a UDP-GlcNAc- 4,6-dehydratase catalyzing the reaction that converts UDP-GlcNAc to a rare UDP-2-acetamido- 2,6-dideoxy-d-xylo-hex-4-ulopyranose (UDP-Sugp). In this work, the linkage specificities and the order in which the different glycosyltransferases build up the OC onto the lipid carrier were also investigated. In addition, by using a site-directed mutagenesis approach the catalytically important amino acids of Gne and two of the characterized glycosyltranferases were identified. Also evidence to show the enzymes involved in the ligations of OC and OPS to the lipid A inner core was provided. The importance of the OC to the physiology of Y. enterocolitica O:3 was defined by determining the minimum requirements for the OC to be recognized by a bacteriophage, bacteriocin and monoclonal antibody. The biological importance of the rare keto sugar (Sugp) was also shown. As a conclusion this work provides an extensive overview of the biosynthesis of YeO3 OC as it provides a substantial amount of information of the stepwise and coordinated synthesis of the Ye O:3 OC hexasaccharide and detailed information of its properties as a receptor.

Meio de cultura semi-seletivo para detecção de Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens em solo e sementes de feijoeiro

A murcha-de-curtobacterium, causada pela bactéria Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens (Cff), é um importante problema para o cultivo de feijão (Phaseolus vulgaris L.) na região Centro-Sul do Brasil. A principal forma de disseminação da bactéria é por sementes contaminadas. Embora a ocorrência desta doença seja relativamente recente no Brasil, Cff tem sido disseminado rapidamente nas regiões produtoras de feijão do país. Este trabalho teve como objetivo ajustar o meio de cultura CNS (Corynebacterium Nebraskense Selective Medium) para recuperação e detecção de Cff em solo e sementes de feijoeiro. Suspensões provenientes da lavagem de amostras de solo e sementes contaminadas pela bactéria foram plaqueadas no meio de cultura CNS - modificado. Os ajustes realizados no meio de cultura possibilitaram a recuperação eficiente de Cff presente em solo e sementes contaminadas. As modificações estabelecidas para o meio CNS foram a redução da concentração de sulfato de polimixina para 16 mg/l, exclusão do componente ciclohexamida e substituição do fungicida Daconil 2787-F (530 mg/ml de chlorothalonil) pelo Dacostar 500 (500 mg/ml de chlorothalonil).

Meio semi-seletivo para detectar Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli em sementes de feijoeiro e sua erradicação através do tratamento de sementes com o fungicida tolylfluanid

Estudou-se a eficiência do meio semi-seletivo desenvolvido para Xanthomonas axonopodis pv. malvacearum (Xam) do algodoeiro, com algumas modificações, na detecção de Xanthomonas axonopodis pv. phaseoli (Xap) em sementes de feijoeiro, bem como a eficiência do fungicida tolylfluanid na erradicação de Xap através do tratamento de sementes. Foram utilizadas sementes naturalmente infectadas por Xap, procedentes de diferentes municípios do Estado do Paraná. Houve o desenvolvimento de colônias bacterianas ao redor das sementes infectadas sob meio semi-seletivo entre seis e 12 dias de incubação. A freqüência de recuperação de colônias da bactéria em relação ao meio Agar nutriente (AN) variou entre 30 a 112%. O crescimento de Xap foi inibido a concentrações entre 54 a 1500 ppm do fungicida tolylfluanid. A bactéria foi recuperada das sementes não tratadas em meio semi-seletivo, mas não das sementes tratadas em solução do fungicida tolylfluanid (1,20g/L água). Em casa de vegetação, das 400 sementes tratadas com tolylfluanid não foi produzida nenhuma planta com sintomas da doença até 30 dias após a semeadura, enquanto que 9,75% das sementes não tratadas apresentaram sintomas de Xap. Em um outro experimento, das 1200 sementes não tratadas um total de 7,08% e 11,67% das plantas mostraram-se com sintomas da doença, enquanto que das sementes tratadas 0,5% e 2,4% apresentaram sintomas, 26 e 46 dias após a semeadura, respectivamente.

Conditions for different autonomy regimes in the world : a fuzzy-set application

Avhandlingen behandlar temat territoriell autonomi ur ett globalt perspektiv. Syftet är dels att kartlägga de territoriella autonomierna i världen och dels att visa hur en ny metod som fuzzy-set kan användas inom ämnesområdet jämförande politik. Forskningsproblemet är att försöka finna de bakgrundsfaktorer som förklarar uppkomsten av territoriell autonomi som sådant. Territoriella autonomier ses som särlösningar inom stater. Dessa regioner har erhållit en specialställning i förhållande till andra regioner inom respektive stat och även i förhållande till centralmakten i övrigt. Regionerna kan därför ses som undantag inom det enhetliga federala, regionala eller decentraliserade systemet inom en viss stat ifråga. En kartläggning visar att det finns 65 specialregioner fördelade på 25 stater i världen. De flesta av dessa utgörs av öar. Resultaten visar att det finns två vägar vilka leder till territoriell autonomi i allmänhet. Den ena vägen är en kombination av etnisk särprägel och liten befolkningsmängd, medan den andra vägen utgörs av kombinationen av historiska orsaker och geografiskt avstånd. Båda vägar är lika giltiga och förutsättningen är en demokratisk miljö.

Semi-selective medium for Fusarium graminearum detection in seed samples

Fungi of the genus Fusarium cause a variety of difficult to control diseases in different crops, including winter cereals and maize. Among the species of this genus Fusarium graminearum deserves attention. The aim of this work was to develop a semi-selective medium to study this fungus. In several experiments, substrates for fungal growth were tested, including fungicides and antibiotics such as iprodiona, nystatin and triadimenol, and the antibacterial agents streptomycin and neomycin sulfate. Five seed samples of wheat, barley, oat, black beans and soybeans for F. graminearum detection by using the media Nash and Snyder agar (NSA), Segalin & Reis agar (SRA) and one-quarter dextrose agar (1/4PDA; potato 50g; dextrose 5g and agar 20g), either unsupplemented or supplemented with various concentrations of the antimicrobial agents cited above. The selected components and concentrations (g.L-1) of the proposed medium, Segalin & Reis agar (SRA-FG), were: iprodiona 0.05; nystatin 0,025; triadimenol 0.015; neomycin sulfate 0.05; and streptomycin sulfate, 0.3 added of ¼ potato sucrose agar. In the isolation from seeds of cited plant species, the sensitivity of this medium was similar to that of NSA but with de advantage of maintaining the colony morphological aspects similar to those observed in potato-dextrose-agar medium.

Semi-selective culture medium for Exserohilum turcicum isolation from corn seeds

Northern corn leaf blight, caused by Exserohilum turcicum (Et), is a disease of widespread occurrence in regions where corn, sweetcorn and popcorn are grown. This disease has great potential to cause damage and has been studied for years, but the association of its causal agent with seeds remains unconfirmed. Thus, the availability of a sensitive method to detect and quantify the inoculum in seeds, even at low incidence, is essential. The aim of this study was to develop a method to detect and quantify the presence of the fungus infecting and infesting corn and popcorn seeds. Artificially and naturally infected seeds were employed to develop the medium. The semi-selective medium was composed of carbendazim (active ingredient) (60 mg/L), captan (30 mg/L), streptomycin sulfate (500 mg/L) and neomycin sulfate (600 mg/L) aggregated to the medium lactose casein hydrolysate agar medium. By using this, Et was detected in naturally infected corn seeds, showing 0.124% incidence, in four out of ten analyzed samples. In addition, 1.04 conidia were detected per infested seed. By means of isolation, pathogenicity test, morphological characterization and comparison with descriptions of the species in the literature, the fungus isolated from the seeds was confirmed to be Et. Both infection and infestation were considered low; thus, for studies of Et detection in corn seeds, the use of semi-selective medium and more than 1,200 seeds/sample is suggested.

Meios de cultura semi-seletivos para Macrophomina phaseolina

Macrophomina phaseolina (Tassi) Golidanich é um fungo habitante do solo importante economicamente devido ao amplo número de espécies de plantas que infectam e da dificuldade do seu controle. Vários estudos envolvendo densidade de inóculo, taxonomia, sobrevivência, necessitam de meios de cultura seletivo ou semi-seletivo. O objetivo do trabalho foi avaliar 16 meios de cultura quanto à especificidade a este patógeno, proporcionando maior porcentagem de detecção do seu crescimento e menor número de contaminações, para substituir o meio semi-seletivo RB modificado, rotineiramente utilizado em estudos deste patógeno. O meio semi-seletivo RB modificado é bastante eficiente e contém em sua composição o fungicida metalaxyl (inibidor de oomycetos), que atualmente não se encontra disponível comercialmente em formulação simples, sem adição do Mancozeb ou Clorotalonil que inibem o crescimento do fungo M. phaseolina. Os meios de cultura avaliados foram repicados com o inóculo do fungo produzido em substrato areno-orgânico, contido em bolsas de náilon, recuperados após 30 dias de um solo não autoclavado, contido em uma bandeja. Cada meio de cultura avaliado tiveram 7 repetições, representadas por uma placa de Petri. Para as comparações das médias das porcentagens do crescimento de M. phaseolina e do número de contaminantes foi utilizado o teste de Scott-knott a 5% de probabilidade e os valores em porcentagem foram transformados em arc sem (√/100). Dentre os meios de cultura avaliados os MSTP 1 [(BDA com tetraciclina 50 mg.L-1 mais propamocarb a 1 mL.L-1(Previcur N® 72,2% p.a.)], MSRP 0,5 (BDA com rifampicina 100 mg.L-1 mais fungicida propamocarb a 0,5 mL.L-1) e MSRP 1 (BDA com rifampicina 100 mg.L-1 mais fungicida propamocarb a 1 mL.L-1) proporcionaram maior porcentagem e detecção do fungo M. phaseolina e menor número de contaminações por outros fungos e bactérias. Estes meios de cultura semi-seletivos podem ser utilizados em futuros trabalhos visando estudos epidemiológicos e de medidas de controle do fungo M. phaseolina.

Biocontrol of Sclerotinia sclerotiorum and white mold of soybean using saprobic fungi from semi-arid areas of Northeastern Brazil

ABSTRACTThe incidence and the levels of yield loss caused by the white mold of soybean (caused by the fungus Sclerotinia sclerotiorum) have increased in areas of higher altitude at Cerrado and Southern Brazil, causing yield losses of up to 60%. The aim of this study was to select saprobic fungi with the potential to control the white mold of soybean. First, in vitroantagonism screening was carried out to test eight saprobic fungi against S. sclerotiorum. Assessment of S. sclerotiorum mycelial growth was done at four and seven days after its placement on the culture medium. The isolate showing greatest antagonistic effect in all tests/assessments was Myrothecium sp. An in vivo experiment was conducted in a greenhouse and growth chamber, where plants previously treated with eight saprobic fungi were artificially inoculated with S. sclerotiorum. The fungal culture medium (potato-dextrose) and the commercial resistance inducer acibenzolar-S-methyl were used as controls. In the in vivotests, severity of the white mold was assessed at 8, 14 and 21 days after inoculation. The highest reduction percentage in the lesion length was observed for the treatment with Myrothecium sp. (70%), which has the greater potential to be used as biocontrol agent of soybean under the conditions of this experiment.

Solving Leontief Input-Output Model with Trapezoidal Fuzzy Numbers and Gauss-Seidel Algorithm

In this work a fuzzy linear system is used to solve Leontief input-output model with fuzzy entries. For solving this model, we assume that the consumption matrix from di erent sectors of the economy and demand are known. These assumptions heavily depend on the information obtained from the industries. Hence uncertainties are involved in this information. The aim of this work is to model these uncertainties and to address them by fuzzy entries such as fuzzy numbers and LR-type fuzzy numbers (triangular and trapezoidal). Fuzzy linear system has been developed using fuzzy data and it is solved using Gauss-Seidel algorithm. Numerical examples show the e ciency of this algorithm. The famous example from Prof. Leontief, where he solved the production levels for U.S. economy in 1958, is also further analyzed.

Packaging concept development for an assortment of medical device products

Diplomityön tavoitteena oli kehittää Wipak Oy:n valmistamille sterilointipakkauksille tulevaisuuden pakkauskonsepti. Sterilointipakkaukset luokitellaan lääkelaitedirektiivin mukaan lisätarvikkeiksi luokan 1 lääkelaitteille, ja tämä näkökulma oli vahvasti mukana konseptin kehityksessä. Lähtökohtana pakkauskonseptin suunnittelulle oli tuotteiden arvoketjussa, eli pakata tuotteet siten että pakkausten avulla voidaan tuottaa lisäarvoa arvoketjun toimijoille. Tavoitteena oli parantaa pakkausten viestintää, toimivuutta/tehokkuutta toimitusketjussa sekä vahvistaa brändin imagoa myynti- ja kuljetuspakkauksen avulla. Lääkinnälliset laitteet ja tarvikkeet ovat lainsäädännön ja normien avulla tarkasti säädeltyjä. Näiden normien vaatimukset asettavat perusteet myynti- ja kuljetuspakkausten kehittämiselle. Tämän lisäksi suunnittelussa on huomioitu asiakkaiden toiveet ja kehitystarpeet. Kirjallisuusosuudessa on keskitytty lääkinnällisten laitteiden pakkausyksiköiden toimintoihin sekä niiden kehitysnäkymiin. Pääpaino on ollut pakkausmerkintöjen ja jäljitettävyyden kehittämisellä, koska tietojen automaattisen tunnistuksen hyödyntäminen lääkintälaitteiden pakkausten arvoketjussa on kasvava trendi. Manuaalisesti tehtävät tuotevirtojen kirjaukset ketjun eri toimijoiden osalta lisäävät riskejä jäljitettävyyden kannalta ja aiheuttavat lisätyötä ja – kustannuksia ketjun kaikille osapuolille. Ehdotus uudesta pakkauskonseptista on kehitetty näiden tietojen pohjalta. Ehdotuksessa on huomioitu lainsäädännöstä ja ketjun toimijoilta tulevat tarpeet, sekä alan tulevaisuuden kehitysnäkymät. Ehdotetun pakkauskonseptin avulla saadaan lisättyä myynti- ja kuljetuspakkausten tehokkuutta, parannettua jäljitettävyyttä ja helpotettu arvoketjun alavirran toimijoiden työtä lisäämällä erillinen sisäpakkaus myyntiyksikön sisälle. Työssä on lisäksi selvitetty pakkauskonseptin kustannusvaikutukset tuotteiden hintaan. Lopussa on ehdotettu jatkotoimenpiteet suunnitelman implementoimisesta käytäntöön.

Market entry patterns of Finnish SMEs entering China

In 2011 China became the world’s second largest economy overtaking Japan. With its rapidly growing middle class buying diverse goods from consumption products to sophisticated technology and luxury products, it is also the fastest growing export market in the world. The purpose of this study is to examine what types of market entry modes Finnish SMEs use in China, which factors affect on their decisions and whether they have switched or combined the strategies after entering China. The goal is to understand the relevance of the entry mode choice related to the internationalization process and to evaluate how well it suits the Chinese business environment. The empirical part of the study is a semi structured qualitative analysis of six case companies that represent different industry fields. The cases were selected based on the recent literature about the Finnish industry fields China is interested in to gain knowledge and expertise from. Companies included in the study are an architect office, two pharmaceutical development companies, an ICT company, a plastic mechanics company and a clean tech company. The results of this study indicated that the market entry patterns of Finnish SMEs in China differ from each other based on the factors related to company’s background, mode concerns and Chinese market influences.

Estrutura genética espacial de duas populações naturais de Myracrodruon urundeuva M. Allemão na região semi-árida, Brasil

Para determinar se a distribuição espacial dos genótipos é aleatória ou se está estruturada, utilizou-se a autocorrelação espacial dos genótipos para investigar dados alozímicos de duas populações naturais de Myracrodruon urundeuva do semi-árido brasileiro (Estação Ecológica do Seridó/RN, com 1.166,38/ha e Sítio Mata dos Alves/PB com 84/ha). A primeira população encontra-se em áreas mais preservadas, enquanto a segunda está em uma área fragmentada. O programa utilizado foi o "Autocorr". A autocorrelação estimada para os locos polimórficos foi realizada nos indivíduos adultos. Foram analisados dois alelos na Estação Ecológica do Seridó e quatro no Sítio Mata dos Alves. Utilizaram-se de três métodos para o pareamento de indivíduos a serem comparados: conexão de Gabriel (Ig), vizinho mais próximo (Ivmp) e comparações dentro de classes de distâncias preestabelecidas. Os resultados obtidos para Ig e Ivmp (Pgm-2: 0,032 e 0,236; Est-1: 0,263 e 0,242, respectivamente) na estação ecológica e Ig e Ivmp (Pgm-1: -0,349 e -0,288; Pgm-2: -0,341 e-0,278; Est-1: -0,349 e -0,284 e Mdh-1: -0,345 e 0,282, respectivamente) no sítio não mostraram a presença de estruturação genética espacial, o que possibilita pressupor que exista uma distribuição aleatória dos genótipos dentro delas. O mesmo foi detectado para as comparações dentro de classes de distâncias preestabelecidas. Os resultados mantiveram o mesmo padrão encontrado para algumas populações naturais de espécies arbóreas tropicais já estudadas.

Chlorophyll fluorescence of tropical tree species in a semi-deciduous forest gap

The characterization of different ecological groups in a forest formation/succession is unclear. To better define the different successional classes, we have to consider ecophysiological aspects, such as the capacity to use or dissipate the light energy available. The main objective of this work was to assess the chlorophyll fluorescence emission of tropical tree species growing in a gap of a semi-deciduous forest. Three species of different ecological groups were selected: Croton floribundus Spreng. (pioneer, P), Astronium graveolens Jacq. (early secondary, Si), and Esenbeckia febrifuga A. Juss. (late secondary, St). The potential (Fv/Fm) and effective (deltaF/Fm') quantum efficiency of photosystem II, apparent electron transport rate (ETR), non-photochemical (qN) and photochemical (qP) quenching of fluorescence were evaluated, using a modulated fluorometer, between 7:30 and 11:00 h. Values of Fv/Fm remained constant in St, decreasing in P and Si after 9:30 h, indicating the occurrence of photoinhibition. Concerning the measurements taken under light conditions (deltaF/Fm', ETR, qP and qN), P and Si showed better photochemical performance, i.e., values of deltaF/Fm', ETR and qP were higher than St when light intensity was increased. Values of qN indicated that P and Si had an increasing tendency of dissipating the excess of energy absorbed by the leaf, whereas the opposite was found for St. The principal component analysis (PCA), considering all evaluated parameters, showed a clear distinction between St, P and Si, with P and Si being closer. The PCA results suggest that chlorophyll fluorescence may be a potential tool to differentiate tree species from distinct successional groups.

Resistência natural de nove madeiras do semi-árido brasileiro a fungos xilófagos em condições de laboratório

Objetivou-se avaliar a resistência natural de nove madeiras do semi-árido brasileiro a fungos xilófagos, em condições de laboratório. As madeiras estudadas foram a algaroba (Prosopis juliflora), o angico (Anadenanthera macrocarpa), a aroeira (Myracrodruon urundeuva), a braúna (Schinopsis brasiliensis), a cássia (Senna siamea), a craibeira (Tabebuia aurea), o cumaru (Amburana cearensis), o ipê (Tabebuia impetiginosa) e o pereiro (Aspidosperma pyrifolium). De cada espécie foram retirados corpos-de-prova de 2,54 x 2,00 x 1,00 cm, com a maior dimensão na direção das fibras, em quatro posições na direção medula-casca. As amostras foram submetidas, por 14 semanas, à ação dos fungos Postia placenta e Neolentinus lepideus. A resistência natural, com exceção da algaroba e do angico (P. placenta), da craibeira (N. lepideus) e da cássia (P. placenta e N. lepideus), foi afetada pela posição na direção medula-casca, sem estar relacionada à densidade das madeiras ensaiadas. A madeira de ipê e a madeira de cerne da aroeira e braúna foram as mais resistentes aos fungos testados. As diferenças entre a resistência natural, exceto para a aroeira e braúna, não estavam associadas à concentração de extrativos solúveis em água quente.

Resistência natural de nove madeiras do semi-árido brasileiro a fungos causadores da podridão-mole

O objetivo desta pesquisa foi avaliar a resistência de nove madeiras de ocorrência no semi-árido brasileiro a fungos de podridão-mole, em condições de laboratório. As madeiras estudadas foram algaroba (Prosopis juliflora), angico (Anadenanthera colubrina var. cebil), aroeira (Myracrodruon urundeuva), braúna (Schinopsis brasiliensis), cássia (Senna siamea), craibeira (Tabebuia aurea), cumaru (Amburana cearensis), pau-d'arco (Tabebuia impetiginosa) e pereiro (Aspidosperma pyrifolium). De cada espécie foram retirados corpos-de-prova de 3,0 x 1,5 x 0,5 cm, com a maior dimensão no sentido das fibras, em quatro posições na direção medula-casca do tronco. As amostras permaneceram por 120 dias sob a ação da microflora natural existente em solo orgânico. A resistência ao apodrecimento da aroeira, braúna e cássia não foi afetada pela posição na direção medula-casca, não esteve relacionada à densidade das madeiras ensaiadas. As madeiras de aroeira e braúna (cerne), pereiro e pau-d'arco apresentaram melhor desempenho. A resistência natural não esteve associada à concentração de extrativos solúveis em água quente.