Symmetry breaking in the genetic code: Finite groups

We investigate the possibility of interpreting the degeneracy of the genetic code, i.e., the feature that different codons (base triplets) of DNA are transcribed into the same amino acid, as the result of a symmetry breaking process, in the context of finite groups. In the first part of this paper, we give the complete list of all codon representations (64-dimensional irreducible representations) of simple finite groups and their satellites (central extensions and extensions by outer automorphisms). In the second part, we analyze the branching rules for the codon representations found in the first part by computational methods, using a software package for computational group theory. The final result is a complete classification of the possible schemes, based on finite simple groups, that reproduce the multiplet structure of the genetic code. (C) 2010 Elsevier Ltd. All rights reserved.

Symmetry in biology: from genetic code to stochastic gene regulation

Mathematical models, as instruments for understanding the workings of nature, are a traditional tool of physics, but they also play an ever increasing role in biology - in the description of fundamental processes as well as that of complex systems. In this review, the authors discuss two examples of the application of group theoretical methods, which constitute the mathematical discipline for a quantitative description of the idea of symmetry, to genetics. The first one appears, in the form of a pseudo-orthogonal (Lorentz like) symmetry, in the stochastic modelling of what may be regarded as the simplest possible example of a genetic network and, hopefully, a building block for more complicated ones: a single self-interacting or externally regulated gene with only two possible states: ` on` and ` off`. The second is the algebraic approach to the evolution of the genetic code, according to which the current code results from a dynamical symmetry breaking process, starting out from an initial state of complete symmetry and ending in the presently observed final state of low symmetry. In both cases, symmetry plays a decisive role: in the first, it is a characteristic feature of the dynamics of the gene switch and its decay to equilibrium, whereas in the second, it provides the guidelines for the evolution of the coding rules.

The Translation of the -ing form in the Novel The Da Vinci Code

This essay deals with the translation into Swedish of the ing-form in the popular novel The Da Vinci Code. The reason for looking at the -ing form is that it is a grammatical structure which is difficult to render in Swedish since there is no exact equivalent, at least not one which is used in the same manner as the English. The aim is to find out how the translator has dealt with the ing-form and also to find out whether there are any instances where the context has been altered due to the manner in which the translation has been carried out.

The Da Vinci Code : En arketypisk saga : En djupstrukturell studie med didaktisk inriktning

Syftet med uppsatsen är att visa på likheten mellan Dan Browns The Da Vinci Code och sagans struktur, aktörer och handling, samt att påvisa romanens didaktiska möjligheter. Utifrån Vladimir Propps sagoteori och Northrop Fryes arketyper och historiska kategorisering samt ett studium av populärromanens likheter med sagan utifrån Ulla Lundqvists undersökning görs en strukturalistisk analys. Vidare har en mindre enkätundersökning gjorts för att skapa en uppfattning om hur en grupp elever på en gymnasieskolan uppfattat romanens didaktiska möjligheter. Resultatet visar att The Da Vinci Code innehåller sagans struktur, med endast några få avvikelser från den kronologiska ordningen, samt att romanens aktörer överrensstämmer med Propps teori och Fryes arketyper. Handlingen uppvisar tydliga inslag från sagan, och överrensstämmer med de sagoelement som Lundqvists undersökning visar, så som exempelvis dualism, magi, i överförd bemärkelse, och ett lyckligt slut. Den didaktiska undersökningen visar att eleverna uppfattar att romanen, trots kritiken kring dess fiktion, kan bidra till att ge kunskaper i ämnen som historia, religion och språk.

En utvärdering av Android och Iphone : För utveckling av webbtjänstunderstödda applikationer ämnade för intern distribution

Tack vare bättre och bättre förutsättningar för utveckling av mobila applikationer, samt utbredning av internetbaserade tjänster, presenteras här ett underlag inför val av mobil utvecklingsplattform. De undersökta plattformarna är Android och Iphone på grund av deras växande utbredning på smartphonemarknaden. Studien presenterar förutsättningar för att utveckla webbtjänst-understödda applikationer för intern distribuering. Ett visuellt tilltalande användargränssnitt är också i fokus för den typen av applikation studien riktar sig mot.Vi har kommit fram till att Android är lättare att lära sig om man kommer ifrån en Java- eller .Netmiljö samt lättare att distribuera. Iphone har däremot bättre stöd för att utveckla grafiskt tilltalande applikationer. Båda plattformarna har dock bristfälligt stöd för kommunikation via webbtjänster. Detta resultat uppnåddes genom litteraturstudier, samt en fallstudie där vi utvecklade applikationer med fokus på just webbtjänstkommunikation, intern distribuering samt ett tilltalande användargränssnitt.

IT­-Forensisk undersökning av flyktigt minne : På Linux och Android enheter

Att kunna gör en effektiv undersökning av det flyktiga minnet är något som blir viktigare ochviktigare i IT-forensiska utredningar. Dels under Linux och Windows baserade PC installationermen också för mobila enheter i form av Android och enheter baserade andra mobila opperativsy-stem.Android använder sig av en modifierad Linux-kärna var modifikationer är för att anpassa kärnantill de speciella krav som gäller för ett mobilt operativsystem. Dessa modifikationer innefattardels meddelandehantering mellan processer men även ändringar till hur internminnet hanteras ochövervakas.Då dessa två kärnor är så pass nära besläktade kan samma grundläggande principer användas föratt dumpa och undersöka minne. Dumpningen sker via en kärn-modul vilket i den här rapportenutgörs av en programvara vid namn LiME vilken kan hantera bägge kärnorna.Analys av minnet kräver att verktygen som används har en förståelse för minneslayouten i fråga.Beroende på vilken metod verktyget använder så kan det även behövas information om olika sym-boler. Verktyget som används i det här examensarbetet heter Volatility och klarar på papperet avatt extrahera all den information som behövs för att kunna göra en korrekt undersökning.Arbetet avsåg att vidareutveckla existerande metoder för analys av det flyktiga minnet på Linux-baserade maskiner (PC) och inbyggda system(Android). Problem uppstod då undersökning avflyktigt minne på Android och satta mål kunde inte uppnås fullt ut. Det visade sig att minnesanalysriktat emot PC-plattformen är både enklare och smidigare än vad det är mot Android.

Road network and GPS tracking with data processing and quality assessment

GPS technology has been embedded into portable, low-cost electronic devices nowadays to track the movements of mobile objects. This implication has greatly impacted the transportation field by creating a novel and rich source of traffic data on the road network. Although the promise offered by GPS devices to overcome problems like underreporting, respondent fatigue, inaccuracies and other human errors in data collection is significant; the technology is still relatively new that it raises many issues for potential users. These issues tend to revolve around the following areas: reliability, data processing and the related application. This thesis aims to study the GPS tracking form the methodological, technical and practical aspects. It first evaluates the reliability of GPS based traffic data based on data from an experiment containing three different traffic modes (car, bike and bus) traveling along the road network. It then outline the general procedure for processing GPS tracking data and discuss related issues that are uncovered by using real-world GPS tracking data of 316 cars. Thirdly, it investigates the influence of road network density in finding optimal location for enhancing travel efficiency and decreasing travel cost. The results show that the geographical positioning is reliable. Velocity is slightly underestimated, whereas altitude measurements are unreliable.Post processing techniques with auxiliary information is found necessary and important when solving the inaccuracy of GPS data. The densities of the road network influence the finding of optimal locations. The influence will stabilize at a certain level and do not deteriorate when the node density is higher.

Clean Code vs Dirty Code : Ett fältexperiment för att förklara hur Clean Code påverkar kodförståelse

Stora och komplexa kodbaser med bristfällig kodförståelse är ett problem som blir allt vanligare bland företag idag. Bristfällig kodförståelse resulterar i längre tidsåtgång vid underhåll och modifiering av koden, vilket för ett företag leder till ökade kostnader. Clean Code anses enligt somliga vara lösningen på detta problem. Clean Code är en samling riktlinjer och principer för hur man skriver kod som är enkel att förstå och underhålla. Ett kunskapsglapp identifierades vad gäller empirisk data som undersöker Clean Codes påverkan på kodförståelse. Studiens frågeställning var: Hur påverkas förståelsen vid modifiering av kod som är refaktoriserad enligt Clean Code principerna för namngivning och att skriva funktioner? För att undersöka hur Clean Code påverkar kodförståelsen utfördes ett fältexperiment tillsammans med företaget CGM Lab Scandinavia i Borlänge, där data om tidsåtgång och upplevd förståelse hos testdeltagare samlades in och analyserades. Studiens resultat visar ingen tydlig förbättring eller försämring av kodförståelsen då endast den upplevda kodförståelsen verkar påverkas. Alla testdeltagare föredrar Clean Code framför Dirty Code även om tidsåtgången inte påverkas. Detta leder fram till slutsatsen att Clean Codes effekter kanske inte är omedelbara då utvecklare inte hunnit anpassa sig till Clean Code, och därför inte kan utnyttja det till fullo. Studien ger en fingervisning om Clean Codes potential att förbättra kodförståelsen.

On processing GPS tracking data of car-movements in Borlänge, Sweden

The advancement of GPS technology enables GPS devices not only to be used as orientation and navigation tools, but also to track travelled routes. GPS tracking data provides essential information for a broad range of urban planning applications such as transportation routing and planning, traffic management and environmental control. This paper describes on processing the data that was collected by tracking the cars of 316 volunteers over a seven-week period. The detailed information is extracted. The processed data is further connected to the underlying road network by means of maps. Geographical maps are applied to check how the car-movements match the road network. The maps capture the complexity of the car-movements in the urban area. The results show that 90% of the trips on the plane match the road network within a tolerance.

Reliability of GPS based traffic data: an experimental evaluation

GPS tracking of mobile objects provides spatial and temporal data for a broad range of applications including traffic management and control, transportation routing and planning. Previous transport research has focused on GPS tracking data as an appealing alternative to travel diaries. Moreover, the GPS based data are gradually becoming a cornerstone for real-time traffic management. Tracking data of vehicles from GPS devices are however susceptible to measurement errors – a neglected issue in transport research. By conducting a randomized experiment, we assess the reliability of GPS based traffic data on geographical position, velocity, and altitude for three types of vehicles; bike, car, and bus. We find the geographical positioning reliable, but with an error greater than postulated by the manufacturer and a non-negligible risk for aberrant positioning. Velocity is slightly underestimated, whereas altitude measurements are unreliable.