Protein interaction studies point to new functions for Escherichia coli glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase

Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) is considered a multifunctional protein with defined functions in numerous mammalian cellular processes. GAPDH functional diversity depends on various factors such as covalent modifications, subcellular localization, oligomeric state and intracellular concentration of substrates or ligands, as well as protein-protein interactions. In bacteria, alternative GAPDH functions have been associated with its extracellular location in pathogens or probiotics. In this study, new intracellular functions of E. coli GAPDH were investigated following a proteomic approach aimed at identifying interacting partners using in vivo formaldehyde cross-linking followed by mass spectrometry. The identified proteins were involved in metabolic processes, protein synthesis and folding or DNA repair. Some interacting proteins were also identified in immunopurification experiments in the absence of cross-linking. Pull-down experiments and overlay immunoblotting were performed to further characterize the interaction with phosphoglycolate phosphatase (Gph). This enzyme is involved in the metabolism of 2-phosphoglycolate formed in the DNA repair of 3"-phosphoglycolate ends generated by bleomycin damage. We show that interaction between Gph and GAPDH increases in cells challenged with bleomycin, suggesting involvement of GAPDH in cellular processes linked to DNA repair mechanisms.

Papaya seedlings growth using a low-cost, automatic watering controller

The study assessed growth and physiological parameters of 'Sunrise Golden' and 'Tainung 01' papaya seedlings grown in 280mL plastic tubes and watered using a low-cost automatic irrigation system adjusted to operate at substrate water tension for starting irrigation (STI) of 3.0, 6.0 or 9.0 kPa. The water depths applied by the dripping system and drainage were monitored during germination and seedling growth. Germination, emergence velocity index (EVI), leaf area, plant height, shoot and root dry weight, stomatal conductance, relative water content (RWC) and relative chlorophyll content (RCC) were evaluated. Soil nutrient levels were determined by electrical conductivity (EC). Water use efficiency (WUE) corresponded to the ratio of plant dry mass to depth of water applied. STI settings did not affect papaya germination or EVI. System configuration to 3.0 and 6.0 kPa STI exhibited the highest drainage and lowest EC and RCC, indicating soil nutrient loss and plant nutrient deficiency. Drainage was greater in tubes planted with the 'Tainung 01' variety, which developed smaller root systems and lower stomatal conductance than 'Sunrise Golden' seedlings. The highest values for shoot dry weight and WEU were obtained at 6.0 kPa STI for 'Sunrise Golden' (0.62 g and 0.69 g L-1) and at 9.0 kPa in 'Tainung 01' (0.35 g and 0.82 g L-1). RWC at 9.0 kPa STI was lower than at 3.0 kPa in both varieties. The results indicate that the low-cost technology developed for irrigation automation is promising. Even so, new studies are needed to evaluate low-flow irrigation systems as well as the nutrient and water needs of different papaya varieties.

Cost Models for Routing and Wavelength Assignment in Wavelength-Division Multiplexing Optical Net

WDM (Wavelength-Division Multiplexing) optiset verkot on tällä hetkellä suosituin tapa isojen määrän tietojen siirtämiseen. Jokaiselle liittymälle määrätään reitin ja aallonpituus joka linkin varten. Tarvittavan reitin ja aallon pituuden löytäminen kutsutaan RWA-ongelmaksi. Tämän työn kuvaa mahdollisia kustannuksen mallein ratkaisuja RWA-ongelmaan. Olemassa on paljon erilaisia optimoinnin tavoitteita. Edellä mainittuja kustannuksen malleja perustuu näillä tavoitteilla. Kustannuksen malleja antavat tehokkaita ratkaisuja ja algoritmeja. The multicommodity malli on käsitelty tässä työssä perusteena RV/A-kustannuksen mallille. Myöskin OB käsitelty heuristisia menetelmiä RWA-ongelman ratkaisuun. Työn loppuosassa käsitellään toteutuksia muutamalle mallille ja erilaisia mahdollisuuksia kustannuksen mallein parantamiseen.

Executive functions profile in extreme eating/weight conditions: from anorexia nervosa to obesity

Extreme weight conditions (EWC) groups along a continuum may share some biological risk factors and intermediate neurocognitive phenotypes. A core cognitive trait in EWC appears to be executive dysfunction, with a focus on decision making, response inhibition and cognitive flexibility. Differences between individuals in these areas are likely to contribute to the differences in vulnerability to EWC. The aim of the study was to investigate whether there is a common pattern of executive dysfunction in EWC while comparing anorexia nervosa patients (AN), obese subjects (OB) and healthy eating/weight controls (HC).

Cost allocation of corporate IT-services

Cost allocation is an inescapable problem in nearly every organization and in nearly every facet of accounting. Within large corporations there are several different types of units, like profit-making business units and non-profit service units. In order to evaluate the performance of the business units and to fund the operations of service units, the expenses of service production need to be allocated to the business units benefiting from the services.The objective of this thesis was to find good and fair allocating factors for the costs of corporate wide IT services. In order to reach this objective, the cost allocation process was studied in general and an overview of cost structure was established. All possible cost driver candidates were mapped and their good and bad properties were weighed. The cost allocation problem was handled separately according to organizational division of corporate IT department: infrastructure, administrative systems, sales system and e-business. The emphasis was on two largest cost groups: infrastructure costs and sales system costs. As a result of the study an allocation model is presented. It contains categorization of the costs, selected cost drivers and cost distributions for the current year.

Tuote- ja asiakaskannattavuus energiayhtiössä

Työn tavoitteena oli määrittää oikeudenmukaiset ja toteutettavissa olevat tavat allokoida Fortum Marketsin kustannuksia sekä tuloja laskentakohteille. Laskentakohteita ovat sähkötuotteet ja –asiakkaat. Fortum Marketsin talouden analysoinnin tueksi pitää kehittää asiakaskannattavuuslaskenta. Tarpeet yhä tarkemmasta asiakkaiden ja tuotteiden tulosseurannasta ovat kasvaneet tiukentuvan kilpailutilanteen myötä. Päätöksenteon tueksi tarvitaan tarkempaa ja monipuolisempaa informaatiota kuin mitä kirjanpito pystyy tarjoamaan. Asiakaskannattavuuden analysointi ja asiakastietojen hallinta on Fortum Marketsin erittäin tärkeä kehittämiskohde. Kun asiakkuudesta saadaan informaatiota riittävällä tasolla, voidaan tätä käyttää hyödyksi asiakkuuksien organisoinnin ohjaus- ja kehittämisvälineenä. Toimintolaskenta on yksiväline, jonka avulla kustannukset voidaan kohdistaa laskentakohteille. Toimintolaskennan raportit asiakaskannattavuudesta ovat johdolle työkalu strategiseen suunnitteluun. Tässä tutkielmassa suunniteltu laskenta on ensiaskel asiakaskannattavuuslaskennassa. Suunniteltu laskentamalli voisi olla tietojärjestelmäratkaisun sisällöllinen tavoitekuva, joka tiedon yhä lisääntyessä tarkentuisi jatkossa tuote- ja asiakaskannattavuusmittaristoksi.Jatkokehittämisen tavoitteena on määrittää markkina- ja kilpailutilanteen huomioiva asiakkuuksien arvoa mittaava laskentamalli. Tietojärjestelmäkehityksessä olisi ratkaistava, missä asiakaskannattavuuslaskenta toteutetaan.

Hinnoittelutyökalu muunneltavia väliseinäratkaisuja suunnittelevalle ja toimittavalle liiketoimintayksikölle

Työn tavoitteena on kehittää rakennusteollisuudessa toimivalle liiketoimintayksikölle yksinkertainen ja nopeasti käytettävä hinnoittelutyökalu, jolla pystytään hinnoittelemaan useita erilaisia tuotevariaatioita. Hinnoittelutyökalun tarkoituksena on toimia kustannuslaskentatyökaluna, hinnoittelutyökaluna sekä projektien jälkiseurannan tukena analysoinnissa. Näiden toimintojen lisäksi hinnoittelutyökalun on kyettävä vertailemaan sekä budjetoituja eli laskettuja kustannuksia että syntyneitä kustannuksia toisiinsa. Työ toteutetaan excel –taulukkolaskentapohjaisena, jonka etuina on muunneltavuus sekä kustannustehokkuus. Työssä käsitellään hinnoittelun teoriaa sekä tuotekustannuslaskentaa joka on onnistuneen hinnoitteluprosessin perusta. Hinnoittelu ei perustu yksin tuotekohtaisiin kustannuksiin, vaan hinnoittelussa on otettava huomioon myös vallitseva markkinatilanne sekä asiakkaiden hintaherkkyys.Työssä käydään läpi hinnoittelutyökalun rakentaminen sekä sen toiminnan eri vaiheet. Työn tuloksena saadaan toimiva, yrityksen tarpeisiin räätälöity hinnoittelu- ja analysointityökalu. Työ on tuonut yritykselle hinnoittelutyökalun lisäksi oheishyötyjä kuten toimintojen järkeistymistä ja asioiden syvällisempää miettimistä. Toimenpide ehdotuksena yritystä kannustetaan jatkamaan hyvin alkanutta kehittymistä kohti rationalisoituneempaa yritystä.

Cost-Efficiency of Birch Sprinkling in Kraft Pulping

Työn tavoitteena oli selvittää koivun kasteluvarastoinnin kannattavuus selluteollisuudessa. Lisäksi tutkittiin, kuinka kastelu vaikuttaa puuaineeseen varastoinnin aikana ja kuinka koivun kasteluvarastointi vaikuttaa puun kuorintaan ja haketukseen, keitettävyyteen, vaalenevuuteen sekä sellun laatuun. Enocellin puukentälle rakennettiin kasteluvarasto, jossa varastoitiin 40,000 m3sob koivua. Kastelu oli päällä huhtikuusta lokakuuhun asti. Kastelun vaikutusta puuaineen muutoksiin arvioitiin lahotutkimusten avulla. Tehdaskoeajoissa verrattiin tuoretta, kasteluvarastoitua ja kuivavarastoitua koivua. Puuaines säilyi lähes muuttumattomana yhden kesän kasteluvarastoinnissa. Kastellulla koivulla terveen puun osuus oli yli 85 % kesän lopussa, kun se oli alle 20 % kuivavarastoidulla koivulla. Kuorinnan puuhäviö laskee selvästi kastelukoivulla ja myös hakkeen laatu oli parempaa kuin kuivavarastoidulla koivulla. Kastelukoivulla hakkeen kuoripitoisuus oli vain 0.13 %. Kuoren kuiva-aine oli 12 prosenttiyksikköä alhaisempi kuin kuivalla koivulla, mutta kuoren lämpöarvossa ero oli vain 1 €/ADt. Varastointimenetelmällä ei ollut vaikutusta hakkeen keitettävyyteen, mutta tuoreella puulla keitettävyys oli parempi kuin varastoidulla puulla. Sellun asetoniuutepitoisuus oli samalla tasolla tuoreella ja kastellulla puulla. Kuivalla syyspuulla uutetaso oli korkeampi, vaikka hartsisaippuan annostusta nostettiin 10 kg/ADt. Betulinolitaso oli kastellulla puulla erittäin alhainen puun hyvän kuoriutuvuuden vuoksi. Kastellun ja tuoreen puun vaalenevuus oli parempi kuin kuivalla puulla. Aktiivikloorin kulutus oli 3 – 4 kg/ADt alhaisempi kuin kuivalla syyspuulla. Puun varastoinnilla ei ollut vaikutusta sellun laatuun. Koivun kasteluvarastoinnin kannattavuus on erittäin hyvä. Tuotantokustannukset määritettiin tuoreelle, kastellulle, kierrätetylle sekä kuivalle koivulle. Kasteluvarastointi laskee tuotantokustannuksia noin 10 €/ADt verrattuna kierrätettyyn koivuun. Kuivavarastoidun puun käyttö nostaa tuotantokustannuksia noin 5 €/ADt verrattuna kastelukoivuun. Kierrätetyn ja kuivavarastoidun puun kustannusero johtuu kierrätyskustannuksista. Kasteluvarastolle, jota käytettiin kesällä 2004, takaisinmaksuaika on vain 0.4 vuotta. Jos tavoiteltu takaisinmaksuaika olisi kaksi vuotta, niin perusinvestointi 80,000 m3sob varastolle voisi maksaa noin 370 k€.

Cost Estimation of Engineering Environment Services

Työn tavoitteena oli kehittää tutkittavan insinööriyksikön projektien kustannusestimointiprosessia, siten että yksikön johdolla olisi tulevaisuudessa käytettävänään tarkempaa kustannustietoa. Jotta tämä olisi mahdollista, ensin täytyi selvittää yksikön toimintatavat, projektien kustannusrakenteet sekä kustannusatribuutit. Tämän teki mahdolliseksi projektien kustannushistoriatiedon tutkiminen sekä asiantuntijoiden haastattelu. Työn tuloksena syntyi kohdeyksikön muiden prosessien kanssa yhteensopiva kustannusestimointiprosessi sekä –malli.Kustannusestimointimenetelmän ja –mallin perustana on kustannusatribuutit, jotka määritellään erikseen tutkittavassa ympäristössä. Kustannusatribuutit löydetään historiatietoa tutkimalla, eli analysoimalla jo päättyneitä projekteja, projektien kustannusrakenteita sekä tekijöitä, jotka ovat vaikuttaneet kustannusten syntyyn. Tämän jälkeen kustannusatribuuteille täytyy määritellä painoarvot sekä painoarvojen vaihteluvälit. Estimointimallin tarkuutta voidaan parantaa mallin kalibroinnilla. Olen käyttänyt Goal – Question – Metric (GQM) –menetelmää tutkimuksen kehyksenä.

The Human Mesenchymal Stromal Cell-Derived Osteocyte Capacity to Modulate Dendritic Cell Functions Is Strictly Dependent on the Culture System.

In vitro differentiation of mesenchymal stromal cells (MSC) into osteocytes (human differentiated osteogenic cells, hDOC) before implantation has been proposed to optimize bone regeneration. However, a deep characterization of the immunological properties of DOC, including their effect on dendritic cell (DC) function, is not available. DOC can be used either as cellular suspension (detached, Det-DOC) or as adherent cells implanted on scaffolds (adherent, Adh-DOC). By mimicking in vitro these two different routes of administration, we show that both Det-DOC and Adh-DOC can modulate DC functions. Specifically, the weak downregulation of CD80 and CD86 caused by Det-DOC on DC surface results in a weak modulation of DC functions, which indeed retain a high capacity to induce T-cell proliferation and to generate CD4(+)CD25(+)Foxp3(+) T cells. Moreover, Det-DOC enhance the DC capacity to differentiate CD4(+)CD161(+)CD196(+) Th17-cells by upregulating IL-6 secretion. Conversely, Adh-DOC strongly suppress DC functions by a profound downregulation of CD80 and CD86 on DC as well as by the inhibition of TGF-β production. In conclusion, we demonstrate that different types of DOC cell preparation may have a different impact on the modulation of the host immune system. This finding may have relevant implications for the design of cell-based tissue-engineering strategies.

Cost-effectiveness of a community pharmacist intervention in patients with depression: a randomized controlled trial (PRODEFAR study)

Background: Non-adherence to antidepressants generates higher costs for the treatment of depression. Little is known about the cost-effectiveness of pharmacist's interventions aimed at improving adherence to antidepressants. The study aimed to evaluate the cost-effectiveness of a community pharmacist intervention in comparison with usual care in depressed patients initiating treatment with antidepressants in primary care. Methods: Patients were recruited by general practitioners and randomized to community pharmacist intervention (87) that received an educational intervention and usual care (92). Adherence to antidepressants, clinical symptoms, Quality-Adjusted Life-Years (QALYs), use of healthcare services and productivity losses were measured at baseline, 3 and 6 months. Results: There were no significant differences between groups in costs or effects. From a societal perspective, the incremental cost-effectiveness ratio (ICER) for the community pharmacist intervention compared with usual care was 1,866 for extra adherent patient and 9,872 per extra QALY. In terms of remission of depressive symptoms, the usual care dominated the community pharmacist intervention. If willingness to pay (WTP) is 30,000 per extra adherent patient, remission of symptoms or QALYs, the probability of the community pharmacist intervention being cost-effective was 0.71, 0.46 and 0.75, respectively (societal perspective). From a healthcare perspective, the probability of the community pharmacist intervention being cost-effective in terms of adherence, QALYs and remission was of 0.71, 0.76 and 0.46, respectively, if WTP is 30,000. Conclusion: A brief community pharmacist intervention addressed to depressed patients initiating antidepressant treatment showed a probability of being cost-effective of 0.71 and 0.75 in terms of improvement of adherence and QALYs, respectively, when compared to usual care. Regular implementation of the community pharmacist intervention is not recommended.

APPLICATION OF OZONE AIMING TO KEEP THE QUALITY OF STRAWBERRIES USING A LOW COST REACTOR

RESUMO O morango é uma fruta de alto valor comercial e tem uma rápida deterioração, como a demanda por produtos saudáveis, seguros sob o ponto de vista microbiológico e livre de produtos químicos aumenta cada vez mais, o método de aplicação do gás ozônio em uma atmosfera controlada foi proposto. O objetivo deste trabalho foi verificar a eficiência do gás ozônio produzido por um reator, a fim de que os pequenos produtores de morangos possam usá-lo, contribuindo, assim, para as economias regionais. Morangos (Fragaria ananassa) variedade Oso Grande, colhidasna região de Minas Gerais foram divididas dois grupos: o primeiro recebeu tratamento com ozônio e o segundo não. No primeiro grupo, o ozônio foi aplicado durante 20 minutos a partir de um reator de Corona. Os frutos foram armazenados a 4 ° C, por períodos de 5, 10 e 15 dias. A qualidade dos frutos foi relata a partir dos níveis de sólidos solúveis totais (SS), acidez titulável (AT ), pH, compostos fenólicos (CF), ácido ascórbico (AA), perda de massa fresca (PM%) e análise microbiológica (AM), em diferentes tempos de armazenamento de frutos ozonizados e não ozonizados. O uso de gás ozônio foi eficiente para a pós-colheita de morango. Os níveis de microrganismos estão dentro dos limites aceitáveis e as propriedades físicas e químicas foram mantidas.

Verkostoitumisen vaikutus yrityksen taloudenohjaukseen

Tapaustutkimuksen tavoitteena on selvittää verkostoitumisen vaikutusta yrityksen taloudenohjaukseen. Tutkielmassa tarkastelun kohteena on suuri metallialan yritys, joka on ulkoistanut tehtaan kunnossapitotoiminnon. Yrityksen taloudenohjausta tarkastellaan prosessien kautta muuttuneessa liiketoimintaympäristössä, joka asettaa vaatimuksia yrityksen johtamisjärjestelmälle. Verkostoitumista tarkastellaan transaktiokustannusteorian perusteella sekä pohditaan yritysjohdon roolia verkostoitumisessa ja verkosto-organisaatiossa. Verkostoitumishankkeen prosessointia varten luotiin ylemmän tason prosessimalli, jonka perusteella verkostoitumisen vaikutuksia yrityksen operatiiviseen ja strategiseen taloudenohjaukseen tarkastellaan.

A Gradient based algorithm for blind inversion of Wiener System using multi-variate score functions

A Wiener system is a linear time-invariant filter, followed by an invertible nonlinear distortion. Assuming that the input signal is an independent and identically distributed (iid) sequence, we propose an algorithm for estimating the input signal only by observing the output of the Wiener system. The algorithm is based on minimizing the mutual information of the output samples, by means of a steepest descent gradient approach.