The Role of HBD-2 and HBD-3 in Human T Cell Development

Human β-defensins (hBDs) are a family of cationic peptides able to directly kill a wide range of microorganisms including bacteria, fungi and viruses. In addition to their antimicrobial activities, defensins also contribute to the modulation of both the host innate and adaptive immunity. In this project, we demonstrate that the αCD3/28 co-stimulation of human CD4+ T cells in the presence of 10μg/ml hBD-2 or hBD-3 together causes an up-regulation in numbers of CD4+CD69+CD25+ and CD4+CD69-CD25+ T cell subsets, indicating that the treatment of hBD-2 and 3 enhances CD4+ T cell activation. Consistent with this finding, proliferation assay using CFSE suggests that hBD-2 and hBD-3 treatment in vitro induces the proliferation of CD4+ T cells following by 96hrs culture. Analysis of expression of the regulatory T cells (Tregs) specific marker, FoxP3, reveals a shift in the CD4+CD127-CD25+ Treg subset at 18hrs. However, at the later time point, we found that the percentage of FoxP3+cells decreased in the CD4+CD127-CD25+ Treg population, whereas the presence of the FoxP3+CTLA-4+ Treg subset increased. These data indicate that Treg suppressive function may be potentially defective following the co-incubation of purified T cells with either hBD-2 or hBD-3 for 42hrs in vitro due to the apparent loss of FoxP3 expression. We further characterise the role of hBD-2 and hBD-3 in driving human CD4+ T cells polarisation. Our in vitro data suggests that treatment with hBD-2 and hBD-3 can not only induces effector T cell (Teff) differentiation into RORγt+T-bet+ (Th17/Th1) cells, but can also trigger the differentiation of Treg expressing RORγt and T-bet rather than the master controller of Treg function, FoxP3. This apparent plasticity of T cell phenotype allows them to convert from Treg to Th1/17-like effector T cell phenotype following 18hrs in culture. By 42hrs in culture, treatment with hBD-2 and hBD-3 induced both Teff cell and Treg cell differentiation towards the Th17-like phenotype. Compared with the treatment with hBD-2, treatment with hBD-3 induced a more pronounced effect to increase levels of RORγt in CD4+ T cells. This elevated expression may, in turn, be responsible for the induction of higher IL-17A secretion. Consistent with this idea, it was found that treatment with hBD-3 but not hBD-2 was capable of inducing the higher level of secretion of IL-17A. Additionally, treatment with hBD-3 induced an increased expression of IL-6, which is capable of driving the differentiation of naïve T cells towards IL-17-producing Th17 cells. Functionally, using the Treg suppression assay, the data suggested that hBD-2 may dampen down Treg cell ability to induce suppression of Teff cell activity. Interestingly, co-culture with hBD-2 would also appear to increase Teff cell resistance to Treg immunoregulation in vitro. Further investigation using microarray gene analysis revealed chemokine C-C motif ligand 1 (CCL1) as potential genes responding to hBD-2 treatment. The blockade of CCL1 has been reported to inhibit Treg suppressive function. Thus, this study explored the function of these antimicrobial candidates in regulating CD4+ T cell plasticity which could result in hBD-2 and hBD-3 being able to regulate its own production, but also may regulate Treg and Teff cell development and function, thus strengthening the link between innate and adaptive immunity

Contrôle cortical et postural des muscles multifides : Influence de la lombalgie chronique, des exercices et de la neurostimulation périphérique

La lombalgie chronique (LC) représente de nos jours un fardeau individuel et sociétal énorme. Le contrôle du tronc est complexe, il dépend de l’intégration des afférences périphériques et de l’interaction des régions cérébrales impliquées dans la matrice de la douleur. Les individus souffrant de lombalgie présentent des désordres de contrôle moteur de la colonne vertébrale et une modification de la plasticité du cerveau. Ces altérations semblent réversibles et peuvent être améliorées par différents exercices prescrits en physiothérapie. Par contre, même si les exercices diminuent la douleur, l’effet n’en demeure pas moins modeste. L’utilisation de la neurostimulation magnétique périphérique (rPMS) qui génère des informations sensorielles (entre autres proprioceptives cohérentes avec le contrôle des muscles) et qui agit donc sur l’excitabilité cérébrale et les mécanismes de plasticité pourrait potentialiser les gains atteints grâce aux exercices. L’objectif principal de la thèse est de mieux comprendre le contrôle cortical et postural des muscles du tronc, l’influence de la lombalgie chronique, des exercices et de de la neurostimulation périphérique. La série d’études proposée dans la thèse vise à (i) comprendre les changements présents au niveau du contrôle cortico-moteur des muscles multifides et des ajustements posturaux anticipatoires en lombalgie chronique (étude 1) ainsi que l’influence du côté de la douleur lombaire (étude 2); (ii) déterminer quel type d’exercice utilisé en physiothérapie (global ou isométrique) influence la plasticité corticale (étude 3) et; (iii) déterminer si l’ajout de rPMS potentialise ces effets (étude 4). Les données présentées dans la thèse confirment que les individus avec LC présentent des différences dans le fonctionnement du cortex moteur primaire par rapport aux individus en santé. De plus, le côté de la douleur semble influencer différemment l’excitabilité de base du M1. Enfin, nous avons démontré que l’exercice isométrique agissait de façon spécifique sur la plasticité du M1, ainsi que sur les ajustements posturaux anticipatoires, et que l’ajout des rPMS à l’exercice diminue immédiatement la douleur et modifie le contrôle des muscles multifides. D’autres études sont nécessaires pour confirmer le bénéfice des rPMS chez des populations souffrant de douleur chronique et pour un éventuel transfert clinique.

Analyse des conséquences sociales québécoises de l’exportation d’eau en vrac du Québec vers les États-Unis

L’eau est un enjeu majeur en environnement autant d’un point de vue de sa qualité que de sa quantité. Cependant, des pénuries d’eau douce se font de plus en plus sentir à travers le monde. Par ailleurs, les États-Unis n’en sont pas exemptés. En effet, l’ouest du pays constate que les réserves diminuent constamment. Dans le passé, une compagnie californienne s’était déjà tournée vers le Canada afin d’en acheter une certaine quantité en vrac dans le dessein d’en assurer son approvisionnement. Le Québec, étant un voisin des Américains, ne peut se permettre d’écarter la question de l’exportation d’eau en vrac, d’autant plus qu’il est évident qu’une activité de cette envergure crée des impacts sur l’environnement et la société. C’est pourquoi cet essai a pour objectif d’identifier si la vente de l’eau douce en vrac du Québec vers les États-Unis implique des conséquences pour les citoyens québécois. Une analyse multicritère a été réalisée afin d’atteindre l’objectif principal de cet l’essai. Cette dernière consiste en l’évaluation des différents aspects de l’exportation d’eau douce selon une optique sociale. Ainsi, neuf critères ont été créés. Ils sont répartis en quatre catégories, soit sociale, économique, législative et les relations internationales. Suite aux résultats obtenus lors de l’évaluation des critères, il est possible d’affirmer que la vente de l’eau québécoise aurait des incidences sur la population. Cette analyse nous permet de conclure que, d’un côté, les citoyens accordent une grande valeur à la ressource et qu’ils seraient plutôt d’accord à exporter l’eau. Néanmoins, d’un autre côté, les critères concernant la relation de pouvoir entre le pays amont et celui aval ainsi que les conséquences qu’implique l’Accord de libre-échange nord-américain viennent causer des répercussions négatives pour les citoyens. Les principales conséquences négatives concernent davantage le milieu international. Par contre, le Québec a peu ou pas d’influence à ce niveau, c’est pourquoi l’ensemble des recommandations effectuées porte sur des dispositions que la province pourrait envisager à l’interne afin de limiter les incidences sur sa population et son environnement. L’accent est donc mis sur des mesures permettant de mieux gérer la ressource et de la consommer de manière responsable. Ainsi, il est recommandé de mettre en place une gestion intégrée de l’eau par bassin versant, de fixer une quantité maximale pour l’exportation, d’installer des compteurs d’eau, de revoir la facturation de l’eau et, finalement, communiquer l’information aux citoyens dans l’optique de les renseigner, mais aussi de les impliquer dans la protection de l’eau au Québec.

Modélisation en bandes C et X de la rétrodiffusion de couverts de neige sèche : évaluation de l’apport de l’approximation quasi-cristalline pour les milieux denses.

La compréhension et la modélisation de l’interaction de l’onde électromagnétique avec la neige sont très importantes pour l’application des technologies radars à des domaines tels que l’hydrologie et la climatologie. En plus de dépendre des propriétés de la neige, le signal radar mesuré dépendra aussi des caractéristiques du capteur et du sol. La compréhension et la quantification des différents processus de diffusion du signal dans un couvert nival s’effectuent à travers les théories de diffusions de l’onde électromagnétique. La neige, dans certaines conditions, peut être considérée comme un milieu dense lorsque les particules de glace qui la composent y occupent une fraction volumique considérable. Dans un tel milieu, les processus de diffusion par les particules ne se font plus de façon indépendante, mais de façon cohérente. L’approximation quasi-cristalline pour les milieux denses est une des théories élaborées afin de prendre en compte ces processus de diffusions cohérents. Son apport a été démontré dans de nombreuses études pour des fréquences > 10 GHz où l’épaisseur optique de la neige est importante et où la diffusion de volume est prédominante. Par contre, les capteurs satellitaires radar présentement disponibles utilisent les bandes L (1-2GHz), C (4-8GHz) et X (8-12GHz), à des fréquences principalement en deçà des 10 GHz. L’objectif de la présente étude est d’évaluer l’apport du modèle de diffusion issu de l’approximation quasi-cristalline pour les milieux denses (QCA/DMRT) dans la modélisation de couverts de neige sèches en bandes C et X. L’approche utilisée consiste à comparer la modélisation de couverts de neige sèches sous QCA/DMRT à la modélisation indépendante sous l’approximation de Rayleigh. La zone d’étude consiste en deux sites localisés sur des milieux agricoles, près de Lévis au Québec. Au total 9 champs sont échantillonnés sur les deux sites afin d’effectuer la modélisation. Dans un premier temps, une analyse comparative des paramètres du transfert radiatif entre les deux modèles de diffusion a été effectuée. Pour des paramètres de cohésion inférieurs à 0,15 à des fractions volumiques entre 0,1 et 0,3, le modèle QCA/DMRT présentait des différences par rapport à Rayleigh. Un coefficient de cohésion optimal a ensuite été déterminé pour la modélisation d’un couvert nival en bandes C et X. L’optimisation de ce paramètre a permis de conclure qu’un paramètre de cohésion de 0,1 était optimal pour notre jeu de données. Cette très faible valeur de paramètre de cohésion entraîne une augmentation des coefficients de diffusion et d’extinction pour QCA/DMRT ainsi que des différences avec les paramètres de Rayleigh. Puis, une analyse de l’influence des caractéristiques du couvert nival sur les différentes contributions du signal est réalisée pour les 2 bandes C et X. En bande C, le modèle de Rayleigh permettait de considérer la neige comme étant transparente au signal à des angles d’incidence inférieurs à 35°. Vu l’augmentation de l’extinction du signal sous QCA/DMRT, le signal en provenance du sol est atténué d’au moins 5% sur l’ensemble des angles d’incidence, à de faibles fractions volumiques et fortes tailles de grains de neige, nous empêchant ainsi de considérer la transparence de la neige au signal micro-onde sous QCA/DMRT en bande C. En bande X, l’augmentation significative des coefficients de diffusion par rapport à la bande C, ne nous permet plus d’ignorer l’extinction du signal. La part occupée par la rétrodiffusion de volume peut dans certaines conditions, devenir la part prépondérante dans la rétrodiffusion totale. Pour terminer, les résultats de la modélisation de couverts de neige sous QCA/DMRT sont validés à l’aide de données RADARSAT-2 et TerraSAR-X. Les deux modèles présentaient des rétrodiffusions totales semblables qui concordaient bien avec les données RADARSAT-2 et TerraSAR-X. Pour RADARSAT-2, le RMSE du modèle QCA/DMRT est de 2,52 dB en HH et 2,92 dB en VV et pour Rayleigh il est de 2,64 dB en HH et 3,01 dB en VV. Pour ce qui est de TerraSAR-X, le RMSE du modèle QCA/DMRT allait de 1,88 dB en HH à 2,32 dB en VV et de 2,20 dB en HH à 2,71 dB en VV pour Rayleigh. Les valeurs de rétrodiffusion totales des deux modèles sont assez similaires. Par contre, les principales différences entre les deux modèles sont bien évidentes dans la répartition des différentes contributions de cette rétrodiffusion totale.

L'organisation sociale des femelles chamois (Rupicapra rupicapra) dans une aire protégée

L’organisation sociale est un élément important dans la biologie d’une espèce. Dans le monde animal, il existe différents types d’organisation sociale. Certaines espèces affichent un comportement solitaire, tandis que d’autres sont grégaires. Lorsque la socialité est favorisée, une organisation sociale de type communautaire peut prendre forme, où les liens d’associations sont majoritairement entre les individus des mêmes communautés. Ces liens peuvent être modulés par des associations préférentielles, par des stratégies comportementales ou par un apparentement génétique. Cependant, l’organisation sociale est soumise à des changements avec la mortalité, les naissances, l’immigration et l’émigration des individus. Ces variables démographiques peuvent altérer les relations sociales et par le fait même l’organisation sociale. L’analyse des réseaux sociaux est utilisée pour représenter et analyser la structure sociale d’une population. Cette technique permet de quantifier la structure de communauté d’un réseau. En utilisant une base de données d’observations obtenues sur plusieurs années, mon projet de maitrise explore l’organisation sociale chez les femelles chamois (Rupicapra rupicapra) au Parc des Alpes Maritimes, Italie. La base de tous les comportements sociaux est l’association. L’interaction dyadique entre deux individus est la principale voie pour le transfert de l'information. En utilisant ces associations, j’ai reconstruit, sur une base annuelle, la structure sociale des femelles chamois. Une fois la structure sociale établie, j’ai discerné les différentes communautés présentes dans la population. J’ai ensuite effectué une analyse de stabilité des communautés et déterminé si la composition des communautés répondait à un apparentement génétique. Les chamois femelles ont une organisation sociale impliquant des communautés avec de multiples liens d’associations à l’intérieur, mais quelque peu dirigés à l’extérieur de ces communautés. Les relations sociales d’une femelle chamois sont généralement conservées d’une année à l’autre. De plus, ces communautés attestent d’une grande stabilité inter annuelle. Peu d’individus changent de communauté d’une année à l’autre. Le changement de communauté est associé avec un faible nombre de liens d’associations et également avec des groupes de faible taille. Les communautés détectées ne semblent pas être basées sur un apparentement génétique. Grâce à l’analyse des réseaux sociaux, mes travaux de maîtrise sont les premiers à quantifier statistiquement l’organisation sociale des femelles chamois. Grâce à l’exploration de l’organisation sociale de ces femelles chamois, nos résultats apporteront de nouvelles informations sur les ongulés alpins et permettront une gestion adéquate des populations.

Signature optique des ferroaimants de Hall quantiques dans la bicouche de graphène

Un moyen permettant d'identifier expérimentalement les phases du gaz d'électrons bidimensionnel de la bicouche de graphène en empilement bernal au remplissage $\nu = 3$ est recherché lorsque le biais électrique entre les couches est varié. À ce remplissage, si on se concentre aux basses énergies, il est possible de ne s'intéresser qu'aux deux niveaux de Landau composant le niveau $N=0$ qui sont de même spin et de même vallée, mais d'orbitale différente. Puisque la texture du pseudospin orbital de ce système change selon la phase, il est attendu que le couplage avec le champ électrique de la lumière devrait changer. La dispersion des modes collectifs de chaque phase est calculée dans l'approximation GRPA (generalized random-phase approximation) dans le domaine en biais où chacune domine respectivement. L'absorption optique pour des polarisations linéaires en direction x et en direction y ainsi que pour des polarisations circulaires gauche et droite est calculée. La rotation de Faraday et l'effet Kerr sont également calculés. Des différences entre les phases sont remarquées au niveaux de la fréquence des photons qui sont absorbés, de l'amplitude de l'absorption et de la rotation de la polarisation ainsi que la sensibilité à certains types de polarisation. L'effet des modes collectifs dans les phases considérées est cependant moindre que celui qui est prédit dans un calcul qui ne tient pas compte de l'interaction de Coulomb.

The role of metalinguistic awareness and of L2 proficiency in positive lexical transfer from English (L2) to German (L3) by French-speaking Quebeckers

Il a été avancé que des apprenants expérimentés développeraient des niveaux élevés de conscience métalinguistique (MLA), ce qui leur faciliterait l’apprentissage de langues subséquentes (p.ex., Singleton & Aronin, 2007). De plus, des chercheurs dans le domaine de l’acquisition des langues tierces insistent sur les influences positives qu’exercent les langues précédemment apprises sur l’apprentissage formel d’une langue étrangère (p.ex., Cenoz & Gorter, 2015), et proposent de délaisser le regard traditionnel qui mettait l’accent sur l’interférence à l’origine des erreurs des apprenants pour opter pour une vision plus large et positive de l’interaction entre les langues. Il a été démontré que la similarité typologique ainsi que la compétence dans la langue source influence tous les types de transfert (p.ex., Ringbom, 1987, 2007). Cependant, le défi méthodologique de déterminer, à la fois l’usage pertinent d’une langue cible en tant que résultat d’une influence translinguistique (p.ex., Falk & Bardel, 2010) et d’établir le rôle crucial de la MLA dans l’activation consciente de mots ou de constructions reliés à travers différentes langues, demeure. La présente étude avait pour but de relever ce double défi en faisant appel à des protocoles oraux (TAPs) pour examiner le transfert positif de l’anglais (L2) vers l’allemand (L3) chez des Québécois francophones après cinq semaines d’enseignement formel de la L3. Les participants ont été soumis à une tâche de traduction développée aux fins de la présente étude. Les 42 items ont été sélectionnés sur la base de jugements de similarité et d’imagibilité ainsi que de fréquence des mots provenant d’une étude de cognats allemands-anglais (Friel & Kennison, 2001). Les participants devaient réfléchir à voix haute pendant qu’ils traduisaient des mots inconnus de l’allemand (L3) vers le français (L1). Le transfert positif a été opérationnalisé par des traductions correctes qui étaient basées sur un cognat anglais. La MLA a été mesurée par le biais du THAM (Test d’habiletés métalinguistiques) (Pinto & El Euch, 2015) ainsi que par l’analyse des TAPs. Les niveaux de compétence en anglais ont été établis sur la base du Michigan Test (Corrigan et al., 1979), tandis que les niveaux d’exposition ainsi que l’intérêt envers la langue et la culture allemandes ont été mesurés à l’aide d’un questionnaire. Une analyse fine des TAPs a révélé de la variabilité inter- et intra-individuelle dans l’activation consciente du vocabulaire en L2, tout en permettant l’identification de niveaux distincts de prise de conscience. Deux modèles indépendants de régressions logistiques ont permis d’identifier les deux dimensions de MLA comme prédicteurs de transfert positif. Le premier modèle, dans lequel le THAM était la mesure exclusive de MLA, a déterminé cette dimension réflexive comme principal prédicteur, suivie de la compétence en anglais, tandis qu’aucune des autres variables indépendantes pouvait prédire le transfert positif de l’anglais. Dans le second modèle, incluant le THAM ainsi que les TAPs comme mesures complémentaires de MLA, la dimension appliquée de MLA, telle que mesurée par les TAPs, était de loin le prédicteur principal, suivie de la dimension réflexive, telle que mesurée par le THAM, tandis que la compétence en anglais ne figurait plus parmi les facteurs ayant une influence significative sur la variable réponse. Bien que la verbalisation puisse avoir influencé la performance dans une certaine mesure, nos observations mettent en évidence la contribution précieuse de données introspectives comme complément aux résultats basés sur des caractéristiques purement linguistiques du transfert. Nos analyses soulignent la complexité des processus métalinguistiques et des stratégies individuelles, ce qui reflète une perspective dynamique du multilinguisme (p.ex., Jessner, 2008).

Une approche algorithmique des difficultés de raisonnement clinique : étude d’utilité, d’acceptabilité et de faisabilité

Résumé: INTRODUCTION Si les cliniciens enseignants détectent aisément les difficultés des apprenants, ils sont souvent peu outillés pour les étapes subséquentes, du diagnostic à la remédiation. Quoique des outils aient été développés pour les guider face aux difficultés de raisonnement clinique de leurs apprenants, ces outils peuvent être moins familiers des cliniciens et moins adaptés à des contextes de supervision ponctuelle et de soins aigus comme l’urgence. Nous avons donc développé une application algorithmique, à partir de la taxonomie d’Audétat et al. (2010), pour guider les cliniciens enseignants juste-à-temps face aux difficultés de raisonnement clinique. MÉTHODOLOGIE Une étude descriptive interprétative a été réalisée afin d’évaluer l’utilité, l’acceptabilité et la faisabilité d’utiliser cette application à l’urgence. Des entrevues semi-dirigées ont été menées auprès d’un échantillon de convenance de douze urgentistes, avant et après une période d’essai de l’outil de trois mois. RÉSULTATS L’application a été perçue comme particulièrement utile pour préciser les difficultés de raisonnement clinique des apprenants. Utiliser l’outil a été considérée acceptable et faisable en contexte d’urgence, en particulier grâce au format mobile. DISCUSSION Ces résultats suggèrent que l’outil peut être considéré utile pour faciliter l’identification des difficultés des apprenants, mais aussi pour offrir un soutien professoral accessible. Le format mobile et algorithmique semble avoir été un facteur facilitant, ce format étant déjà utilisé par les cliniciens pour consulter ponctuellement de l’information lors de la résolution de problèmes cliniques. CONCLUSION L’étude a démontré globalement une bonne utilité, acceptabilité et faisabilité de l’outil dans un contexte de supervision ponctuelle en soins aigus, ce qui soutient son utilisation par les cliniciens enseignants dans ce contexte. L’étude corrobore également l’intérêt d’un format mobile et algorithmique pour favoriser le transfert de connaissances en pédagogie médicale.

Novel inhibitors of the tRNA-dependent amidotransferase of "Helicobacter pylori": Peptides generated by phage display and dipeptide-like compounds

Cette thèse présente la découverte de nouveaux inhibiteurs de l’amidotransférase ARNt-dépendante (AdT), et résume les connaissances récentes sur la biosynthèse du Gln-ARNtGln et de l’Asn-ARNtAsn par la voie indirecte chez la bactérie Helicobacter pylori. Dans le cytoplasme des eucaryotes, vingt acides aminés sont liés à leur ARNt correspondant par vingt aminoacyl-ARNt synthétases (aaRSs). Ces enzymes sont très spécifiques, et leur fonction est importante pour le décodage correct du code génétique. Cependant, la plupart des bactéries, dont H. pylori, sont dépourvues d’asparaginyl-ARNt synthétase et/ou de glutaminyl-ARNt synthétase. Pour former le Gln-ARNtGln, H. pylori utilise une GluRS noncanonique nommée GluRS2 qui glutamyle spécifiquement l’ARNtGln ; ensuite, une AdT trimérique, la GatCAB corrige le Glu-ARNtGln mésapparié en le transamidant pour former le Gln-ARNtGln, qui lira correctement les codons glutamine pendant la biosynthèse des protéines sur les ribosomes. La formation de l’Asn-ARNtAsn est similaire à celle du Gln-ARNtGln, et utilise la même GatCAB et une AspRS non-discriminatrice. Depuis des années 2000, la GatCAB est considérée comme une cible prometteuse pour le développement de nouveaux antibiotiques, puisqu’elle est absente du cytoplasme de l’être humain, et qu’elle est encodée dans le génome de plusieurs bactéries pathogènes. Dans le chapitre 3, nous présentons la découverte par la technique du « phage display » de peptides cycliques riches en tryptophane et en proline, et qui inhibent l’activité de la GatCAB de H. pylori. Les peptides P10 (CMPVWKPDC) et P9 (CSAHNWPNC) inhibent cette enzyme de façon compétitive par rapport au substrat Glu-ARNtGln. Leur constante d’inhibition (Ki) est 126 μM pour P10, et 392 μM pour P9. Des modèles moléculaires ont montré qu’ils lient le site actif de la réaction de transmidation catalysée par la GatCAB, grâce à la formation d’une interaction π-π entre le résidu Trp de ces peptides et le résidu Tyr81 de la sous-unité GatB, comme fait le A76 3’-terminal de l’ARNt. Dans une autre étude concernant des petits composés contenant un groupe sulfone, et qui mimiquent l’intermédiaire de la réaction de transamidation, nous avons identifié des composés qui inhibent la GatCAB de H. pylori de façon compétitive par rapport au substrat Glu-ARNtGln. Cinq fois plus petits que les peptides cycliques mentionnés plus haut, ces composés inhibent l’activité de la GatCAB avec des Ki de 139 μM pour le composé 7, et de 214 μM pour le composé 4. Ces inhibiteurs de GatCAB pourraient être utiles pour des études mécanistiques, et pourraient être des molécules de base pour le développement de nouvelles classes d’antibiotiques contre des infections causées par H. pylori.

Développement de procédés technologiques pour une intégration 3D monolithique de dispositifs nanoélectroniques sur CMOS

Résumé : Le transistor monoélectronique (SET) est un dispositif nanoélectronique très attractif à cause de son ultra-basse consommation d’énergie et sa forte densité d’intégration, mais il n’a pas les capacités suffisantes pour pouvoir remplacer complètement la technologie CMOS. Cependant, la combinaison de la technologie SET avec celle du CMOS est une voie intéressante puisqu’elle permet de profiter des forces de chacune, afin d’obtenir des circuits avec des fonctionnalités additionnelles et uniques. Cette thèse porte sur l’intégration 3D monolithique de nanodispositifs dans le back-end-of-line (BEOL) d’une puce CMOS. Cette approche permet d’obtenir des circuits hybrides et de donner une valeur ajoutée aux puces CMOS actuelles sans altérer le procédé de fabrication du niveau des transistors MOS. L’étude se base sur le procédé nanodamascène classique développé à l’UdeS qui a permis la fabrication de dispositifs nanoélectroniques sur un substrat de SiO2. Ce document présente les travaux réalisés sur l’optimisation du procédé de fabrication nanodamascène, afin de le rendre compatible avec le BEOL de circuits CMOS. Des procédés de gravure plasma adaptés à la fabrication de nanostructures métalliques et diélectriques sont ainsi développés. Le nouveau procédé nanodamascène inverse a permis de fabriquer des jonctions MIM et des SET métalliques sur une couche de SiO2. Les caractérisations électriques de MIM et de SET formés avec des jonctions TiN/Al2O3 ont permis de démontrer la présence de pièges dans les jonctions et la fonctionnalité d’un SET à basse température (1,5 K). Le transfert de ce procédé sur CMOS et le procédé d’interconnexions verticales sont aussi développés par la suite. Finalement, un circuit 3D composé d’un nanofil de titane connecté verticalement à un transistor MOS est réalisé et caractérisé avec succès. Les résultats obtenus lors de cette thèse permettent de valider la possibilité de co-intégrer verticalement des dispositifs nanoélectroniques avec une technologie CMOS, en utilisant un procédé de fabrication compatible.

Conception d'une situation d'apprentissage qui permettra le passage de l'oral signé à l'écrit chez des apprenants sourds de niveau présecondaire, selon la syntaxe du français de la majorité

De nos jours, la communication écrite joue un rôle primordial pour tout individu qui désire se faire une place dans la société tant sur le plan personnel que socioprofessionnel. Chez les apprenants sourds, le passage à l’écrit du français de la majorité représente un grand défi et leurs phrases contiennent souvent des erreurs de syntaxe. Par exemple, les apprenants sourds auraient tendance à reproduire à l’écrit la syntaxe de la LSQ croyant que les règles de la grammaire de la phrase sont identiques. Dans cet essai, nous nous interrogeons sur les stratégies à adopter pour amener des adultes sourds gestuels à effectuer un transfert efficace de l’oral signé vers le français écrit. Pour ce faire, une situation d’apprentissage (S.A) destinée aux apprenants sourds de niveau présecondaire a été élaborée. Basée sur l’enseignement stratégique et la grammaire de la phrase de base, cette S.A exploite d’abord les bases du fonctionnement de la langue des signes québécoise (LSQ) pour ensuite introduire les notions de la phrase de base et de ses constituants selon la grammaire rénovée. Cette S.A a ensuite été soumise pour validation et rétroaction à la conseillère pédagogique du Centre d’éducation aux adultes où nous travaillons. Ses commentaires, conjugués aux observations notées lors de la mise à l’essai auprès de trois apprenants, ont permis de prendre conscience des forces de cette S.A et d’apporter des ajustements visant à optimiser l’efficacité des différentes activités d’apprentissage.

Caractérisation des inhibiteurs de DCIR, une lectine de type C participant à la transmission du VIH-1

Le virus de l’immunodéficience humaine de type 1 provoque une infection définitive de l’organisme. Il entraine une déroute du système immunitaire depuis la primo-infection occasionnant ainsi, une déplétion massive des lymphocytes T CD4 (LTCD4). Le DCIR (Dendritic Cell Immuno Receptor) qui constitue le socle de notre travail, est une lectine de type C. Il est exprimé sur les cellules myéloïdes comme les cellules dendritiques mais aussi sur les cellules B, les LTCD4 infectés par le VIH-1 et apoptotiques ainsi que sur les LTCD4 polarisés en Th17. Il constitue un facteur d’attachement et d’internalisation du virus dans la cellule dendritique. Il permet son transfert aux LTCD4 dans les organes lymphoïdes secondaires, jouant ainsi un rôle dans la pathogenèse associée au VIH-1. En plus, le DCIR assure la régulation négative de la réponse cellulaire, favorisant ainsi la propagation et la réplication du virus au détriment de la réponse immunitaire contre le VIH-1. Le rôle que joue le DCIR est dépendant du sentier de signalisation induit à la suite de la phosphorylation des résidus tyrosine de son motif ITIM. Le blocage de DCIR par des inhibiteurs spécifiques pourrait empêcher cette phosphorylation et réduire l’attachement, l’internalisation et le transfert du virus. Nous avons montré que la stimulation des cellules dendritiques et des LTCD4 polarisés en Th17 avec un anticorps anti-DCIR générait un patron de phosphorylation des résidus tyrosine des protéines. De plus, les inhibiteurs de la portion extracellulaire du DCIR inhibent cette activation. Afin de développer une mesure plus directe de l’interaction de DCIR avec ces inhibiteurs, nous avons purifié le DCIR à partir des cellules Raji-CD4-DCIR. En conclusion, ce projet de maitrise montre que l’activation directe de DCIR peut être renversée par des inhibiteurs montrant ainsi leurs spécificités. De plus, le profil d’activation de DCIR est spécifique pour chaque type cellulaire. A long terme, l’inactivation de DCIR par des inhibiteurs efficaces pourrait être une stratégie thérapeutique capable d’inhiber l’infection et de préserver une réponse immunitaire efficace.

Le portfolio d'apprentissage numérique : un outil intégrateur au service du développement de compétences dans le programme Techniques juridiques.

L'objectif principal de cette recherche est de déterminer si le transfert des apprentissages est facilité par l'utilisation d'un tel portfolio, à titre de mesure de soutien à l'apprentissage, puisqu'une problématique a été identifiée chez la population étudiante en Techniques juridiques au Collège Ahuntsic, en ce que la désorganisation des apprentissages et la difficulté à faire des liens entre les cours sont observables. Nous avons donc imaginé une solution possible à cet écueil (développement et utilisation d’un portfolio d’apprentissage numérique) afin d’en déterminer le potentiel comme outil intégrateur pouvant faciliter le développement de compétences, par le support qu’il offre pour réactiver les connaissances antérieures, mobiliser et combiner les ressources, actions qui permettent le transfert des apprentissages.

Modulateur à réseau de Bragg intégré sur silicium pour les télécommunications dans les centres de données et leurs applications

Récemment, beaucoup d’efforts ont été investis afin de développer des modulateurs sur silicium pour les télécommunications optiques et leurs domaines d’applications. Ces modulateurs sont utiles pour les centres de données à courte portée et à haut débit. Ainsi, ce travail porte sur la caractérisation de deux types de modulateurs à réseau de Bragg intégré sur silicium comportant une jonction PN entrelacée dont le but est de réaliser une modulation de la longueur d’onde de Bragg par le biais de l’application d’un tension de polarisation inverse réalisant une déplétion des porteurs au sein du guide d’onde. Pour le premier modulateur à réseau de Bragg, la période de la jonction PN est différente de celle du réseau de Bragg tandis que le deuxième modulateur à réseau de Bragg a la période de sa jonction PN en accord avec celle du réseau de Bragg. Ces différences apporteront un comportement différent du modulateur impliquant donc une transmission de données de qualité différente et c’est ce que nous cherchons à caractériser. L’avantage de ce modulateur à réseau de Bragg est qu’il est relativement simple à designer et possède un réseau de Bragg uniforme dont on connaît déjà très bien les caractéristiques. La première étape dans la caractérisation de ces modulateurs fut de réaliser des mesures optiques, uniquement, afin de constater la réponse spectrale en réflexion et en transmission. Par la suite, nous sommes passé par l’approche usuelle, c’est à dire en réalisant des mesures DC sur les modulateurs. Ce mémoire montre également les résultats pratiques sur le comportement des électrodes et de la jonction PN. Mais il rend compte également des résultats de la transmission de données de ces modulateurs par l’utilisation d’une modulation OOK et PAM-4 et permet de mettre en évidence les différences en terme d’efficacité de modulation de ces deux modulateurs. Nous discutons alors de la pertinence de ce choix de design par rapport à ce que l’on peut trouver actuellement dans la littérature.

Dynamique de l'oxygène et l'activité microbienne dans les lacs de fonte du pergélisol subarctique

Les lacs de thermokarst (lacs peu profonds créés par le dégel et l’érosion du pergélisol riche en glace) sont un type unique d’écosystèmes aquatiques reconnus comme étant de grands émetteurs de gaz à effet de serre vers l’atmosphère. Ils sont abondants dans le Québec subarctique et ils jouent un rôle important à l’échelle de la planète. Dans certaines régions, les lacs de thermokarst se transforment rapidement et deviennent plus grands et plus profonds. L’objectif de cette étude était d’améliorer la compréhension et d’évaluer quelles variables sont déterminantes pour la dynamique de l’oxygène dans ces lacs. C’est pourquoi j’ai examiné les possibles changements futurs de la dynamique de l’oxygène dans ces lacs dans un contexte de réchauffement climatique. Une grande variété de méthodes ont été utilisées afin de réaliser cette recherche, dont des analyses in situ et en laboratoire, ainsi que la modélisation. Des capteurs automatisés déployés dans cinq lacs ont mesuré l’oxygène, la conductivité et la température de la colonne d’eau en continu de l’été 2012 jusqu’à l’été 2015, à des intervalles compris entre 10 à 60 minutes. Des analyses en laboratoire ont permis de déterminer la respiration et les taux de production bactériens, les variables géochimiques limnologiques, ainsi que la distribution de la production bactérienne entre les différentes fractions de taille des communautés. La température de l’eau et les concentrations d’oxygène dissous d’un lac de thermokarst ont été modélisées avec des données du passé récent (1971) au climat futur (2095), en utilisant un scénario modéré (RCP 4.5) et un scénario plus extrême (RCP 8.5) de réchauffement climatique. Cette recherche doctorale a mis en évidence les conditions anoxiques fréquentes et persistantes présentes dans de nombreux lacs de thermokarst. Aussi, ces lacs sont stratifiés pendant l’hiver comme des concentrations élevées d’ions s’accumulent dans leurs hypolimnions à cause de la formation du couvert de glace (cryoconcentration) et de la libération des ions avec la respiration bactérienne. Les différences de température contribuent également à la stabilité de la stratification. La dynamique de mélange des lacs de thermokarst étudiés était contrastée : la colonne d’eau de certains lacs se mélangeait entièrement deux fois par année, d’autres lacs se mélangeaient qu’une seule fois en automne, alors que certains lacs ne se mélangeaient jamais entièrement. Les populations bactériennes étaient abondantes et très actives, avec des taux respiratoires comparables à ceux mesurés dans des écosystèmes méso-eutrophes ou eutrophes des zones tempérées de l’hémisphère nord. L’érosion des matériaux contenus dans le sol des tourbières pergélisolées procure un substrat riche en carbone et en éléments nutritifs aux populations bactériennes, et ils constituent des habitats propices à la colonisation par des populations de bactéries associées aux particules. Le modèle de la concentration d’oxygène dissous dans un lac a révélé que le réchauffement des températures de l’air pourrait amincir le couvert de glace et diminuer sa durée, intensifiant le transfert de l’oxygène atmosphérique vers les eaux de surface. Ainsi, la concentration en oxygène dissous dans la colonne d’eau de ce lac augmenterait et les périodes de conditions anoxiques pourraient devenir plus courtes. Finalement, cette thèse doctorale insiste sur le rôle des lacs de thermokarst comme des réacteurs biogéochimiques pour la dégradation du carbone organique, qui était retenu dans les sols gelés, en gaz à effet de serre libérés dans l’atmosphère. L’oxygène est un indicateur sensible du mélange de la colonne d’eau et de la dynamique chimique des lacs, en plus d’être une variable clé des processus métaboliques.