A robust algorithm for segmenting fluorescence images and its application to single-molecule counting

La microscopie par fluorescence de cellules vivantes produit de grandes quantités de données. Ces données sont composées d’une grande diversité au niveau de la forme des objets d’intérêts et possèdent un ratio signaux/bruit très bas. Pour concevoir un pipeline d’algorithmes efficaces en traitement d’image de microscopie par fluorescence, il est important d’avoir une segmentation robuste et fiable étant donné que celle-ci constitue l’étape initiale du traitement d’image. Dans ce mémoire, je présente MinSeg, un algorithme de segmentation d’image de microscopie par fluorescence qui fait peu d’assomptions sur l’image et utilise des propriétés statistiques pour distinguer le signal par rapport au bruit. MinSeg ne fait pas d’assomption sur la taille ou la forme des objets contenus dans l’image. Par ce fait, il est donc applicable sur une grande variété d’images. Je présente aussi une suite d’algorithmes pour la quantification de petits complexes dans des expériences de microscopie par fluorescence de molécules simples utilisant l’algorithme de segmentation MinSeg. Cette suite d’algorithmes a été utilisée pour la quantification d’une protéine nommée CENP-A qui est une variante de l’histone H3. Par cette technique, nous avons trouvé que CENP-A est principalement présente sous forme de dimère.

La résistance à venir : exploration théorique autour du mouvement Occupy

Cette recherche, par une approche deleuzienne – mais aussi inspirée des écrits de Guattari, Foucault, Bergson et Massumi –, vise à approfondir le bagage théorique associé au concept de résistance. En abordant les notions de néolibéralisme, de démocratie et de société de contrôle, une conceptualisation particulière du pouvoir est développée : non pas un biopouvoir – ayant force sur la vie – mais un ontopouvoir – ayant force de vie. À travers l’étude micropolitique du mouvement de contestation Occupy (2011), les concepts d’affect, d’événement, de préfiguration, de devenir, de structure et de consensus sont travaillés, et des possibilités résistantes sont cartographiées et théorisées. En somme, cette synthèse conceptuelle élabore une forme de résistance radicalement autre que celles préconisées par la démocratie (néo)libérale représentative ou la politique identitaire : une résistance intrinsèquement créative tournée vers ce qui n’existe pas encore.

Théorie du langage et esthétique totalisante dans l’œuvre poétique de Christophe Tarkos

Cette thèse prend pour objet le nouage entre l’autoréflexivité et la mise en forme esthétique dans la poésie de Christophe Tarkos, produite dans les années 1990. Elle met en lumière les rapports entre l’élaboration d’une théorie du langage au sein de cette œuvre poétique et ses visées esthétiques totalisantes. Il s’agit d’identifier les principes générateurs de la théorie et de fournir une analyse de ses fondements qui s’ancrent dans la crise de la représentation moderne commençant dans la deuxième moitié du dix-neuvième siècle. Les motifs de la crise revisités par Tarkos inscrivent sa poésie dans une historicité, et notre thèse tente d’interpréter cette actualisation dans une œuvre qui donne forme au monde et à la mémoire individuelle. L’hypothèse qui chapeaute notre étude est que la théorie du langage favorise l’intelligibilité de l’œuvre totalisante en lui offrant un support réflexif. Notre thèse, qui privilégie une méthode fondée sur l’analyse des textes, se divise en trois parties. La première propose une recension de la réception critique de l’œuvre, dont nous retraçons les grandes lignes d’interprétation, de Christian Prigent à Jean-Michel Espitallier. Tout en plaçant Tarkos dans le champ poétique français, cette étape nous permet de positionner notre recherche par rapport à certains lieux communs de la critique. La deuxième partie vise à étudier la théorie du langage de Tarkos à partir de ses manifestes principaux (Le Signe =, Manifeste chou, Ma langue est poétique et La poésie est une intelligence) qui révèlent plusieurs principes, pouvoirs et limites de la langue et de la poésie. Afin de montrer la spécificité du concept de la « pâte-mot » de Tarkos, nous l’étudions dans un dialogue avec la figure de la « pâte » langagière chez la poète française Danielle Collobert. La troisième partie propose une étude de la volonté et de l’esthétique totalisantes dans l’œuvre de Tarkos, qui cherche à donner forme au réel. En effet, la poésie répond à l’excès du réel par diverses stratégies. Tout en voulant représenter son caractère débordant par une énonciation logorrhéique ou en usant de procédés comme celui de la répétition, elle cherche à le maîtriser dans des formes textuelles stables comme des fragments de prose « carrés » (Carrés, Caisses), dans des listes énumératives (Anachronisme) ou dans des réseaux d’images. La volonté totalisante chez Tarkos semble également prendre origine dans un sentiment d’urgence qui concerne, en dernière instance, une bataille contre la finitude.

Création interactive de mondes virtuels : combiner génération procédurale et contrôle utilisateur intuitif

Réalisé en cotutelle avec l'Université de Grenoble.

Mechanisms of translation regulation in long-term synaptic plasticity

Les souvenirs sont encodés dans le cerveau grâce aux configurations uniques de vastes réseaux neuronaux. Chaque connexion dans ces circuits est apte à être modifiée. Ces changements durables s’opèrent au niveau des synapses grâce à une synthèse de protéines de novo et génèrent ce qu’on nomme des traces mnésiques. Plusieurs preuves indiquent que, dans certaines formes de plasticité synaptique à long terme, cette synthèse a lieu dans les dendrites près des synapses activées plutôt que dans le corps cellulaire. Cependant, les mécanismes qui régulent cette traduction de protéines demeurent encore nébuleux. La phase d’initiation de la traduction est une étape limitante et hautement régulée qui, selon plusieurs chercheurs, constitue la cible principale des mécanismes de régulation de la traduction dans la plasticité synaptique à long terme. Le présent projet de recherche infirme cette hypothèse dans une certaine forme de plasticité synaptique, la dépression à long terme dépendante des récepteurs métabotropiques du glutamate (mGluR-LTD). À l’aide d’enregistrements électrophysiologiques de neurones hippocampiques en culture couplés à des inhibiteurs pharmacologiques, nous montrons que la régulation de la traduction implique les étapes de l’élongation et de la terminaison et non celle de l’initiation. De plus, nous démontrons grâce à des stratégies de knockdown d’expression d’ARN que la protéine de liaison d’ARNm Staufen 2 joue un rôle déterminant dans la mGluR-LTD induite en cultures. Dans leur ensemble, les résultats de la présente étude viennent appuyer un modèle de régulation de la traduction locale de protéines qui est indépendante de l’initiation.

L’émission des comportements inadaptés au travail : adaptation ou explication quant à la relation entre la perception de la justice organisationnelle et la santé psychologique des individus au travail

La présente thèse de doctorat porte sur la relation entre la perception de la justice organisationnelle, l’émission de comportements inadaptés au travail et la santé psychologique des individus au travail. En plus de développer un outil de mesure des comportements inadaptés au travail et d’entreprendre un processus de validation de celui-ci, le présent travail propose que les comportements inadaptés au travail puissent occuper un rôle soit protecteur ou explicatif dans la relation qui unit la perception de la justice organisationnelle avec la santé psychologique des individus au travail. Au sein de cette thèse, le premier article recense la documentation scientifique quant aux variables de la perception de la justice organisationnelle, de l’émission des comportements inadaptés au travail et de la santé psychologique des individus au travail, ainsi que les liens qui unissent ces variables. Aussi, les modèles conceptuels des rôles modérateur et médiateur des comportements inadaptés au travail sont proposés au sein de la relation entre la perception de la justice organisationnelle et la santé psychologique des individus au travail. Le deuxième article a pour objectif de développer un outil de mesure des comportements inadaptés au travail et de tester ses propriétés psychométriques. Ainsi, des analyses statistiques exploratoires et confirmatoires ont été effectuées. Afin d’appuyer la valeur critériée de l’outil proposé, une analyse corrélationnelle a été réalisée avec le critère de l’adaptation. Certaines valeurs psychométriques de l’outil sont validées par les résultats obtenus. Le troisième article examine empiriquement les modèles conceptuels des rôles anticipés des comportements inadaptés au travail dans la relation entre la perception de la justice organisationnelle et la santé psychologique des individus au travail. La perception de la justice organisationnelle a été vue sous les composantes distributive, procédurale, informationnelle et interpersonnelle. De son côté, la santé psychologique des individus a été observée par le biais des éléments du bien-être et de la détresse psychologique au travail. Les différentes analyses de régressions multiples hiérarchiques ont permis d’observer l’absence du rôle modérateur des comportements inadaptés au travail. Pour sa part, l’utilisation du test de Sobel a démontré la présence du rôle médiateur des comportements inadaptés au travail dans certaines relations. Plus exactement, celles-ci sont la relation entre la justice interpersonnelle et le bien-être psychologique au travail, la relation entre la justice interpersonnelle et la détresse psychologique au travail, ainsi que la relation entre la justice distributive et la détresse psychologique au travail. Finalement, la conclusion de la thèse présente une synthèse des résultats et expose les limites et pistes de recherches futures.

Modulation de l'expression de Sirt-1 induite par l'endothéline-1 dans les cellules musculaires lisses vasculaires

Au cours des maladies cardiovasculaires (MCV), il peut se produire divers problèmes de santé, telle que l’insuffisance cardiaque ou encore l’HTA. Ces phénomènes se caractérisent, entre autres, par une augmentation de synthèse d’endotheline-1 (ET-1), un neuropeptide synthétisé par les cellules endothéliales ayant un effet vasoconstricteur sur les cellules musculaires lisses vasculaires (CMLV). Ainsi, la surexpression de ce vasopeptide, mène à terme, au maintien de l’HTA aggravée des sujets, précédée ou concomitante à l’athérosclérose ou à la resténose, cliniquement illustrées par une prolifération et une migration anormale des CMLV de la media vers l’intima des vaisseaux sanguins. Parallèlement, il a été observé que la protéine sirtuine-1 (Sirt-1), membre de la famille des protéines histones déacétylases (HDAC), présente des propriétés anti-athérosclérotiques par sa capacité d’atténuer la prolifération et la migration des CMLV. Des travaux récents ont aussi montré qu’au cours de l’HTA la protéine Sirt-1 est faiblement exprimée dans les CMLV. Son implication dans le développement des pathologies vasculaires semble apparente, mais des études demeurent nécessaires pour décrire son rôle exact dans la pathogenèse des MCV. Dans cette optique, l’objectif de cette étude a été d’observer la variation d’expression de Sirt-1 dans les CMLV, isolées de l’aorte ascendante de rat, en réponse à l’ET-1. On a remarqué qu’une heure de stimulation des CMLV avec l’ET-1 induit une diminution de l’expression de Sirt-1 via l’activation des récepteurs ETA. Ces résultats suggèrent que la capacité d’ET-1 à atténuer l’expression de Sirt-1 serait un éventuel mécanisme d’action avec des effets favorisant les MCV.

Deep learning of representations and its application to computer vision

L’objectif de cette thèse par articles est de présenter modestement quelques étapes du parcours qui mènera (on espère) à une solution générale du problème de l’intelligence artificielle. Cette thèse contient quatre articles qui présentent chacun une différente nouvelle méthode d’inférence perceptive en utilisant l’apprentissage machine et, plus particulièrement, les réseaux neuronaux profonds. Chacun de ces documents met en évidence l’utilité de sa méthode proposée dans le cadre d’une tâche de vision par ordinateur. Ces méthodes sont applicables dans un contexte plus général, et dans certains cas elles on tété appliquées ailleurs, mais ceci ne sera pas abordé dans le contexte de cette de thèse. Dans le premier article, nous présentons deux nouveaux algorithmes d’inférence variationelle pour le modèle génératif d’images appelé codage parcimonieux “spike- and-slab” (CPSS). Ces méthodes d’inférence plus rapides nous permettent d’utiliser des modèles CPSS de tailles beaucoup plus grandes qu’auparavant. Nous démontrons qu’elles sont meilleures pour extraire des détecteur de caractéristiques quand très peu d’exemples étiquetés sont disponibles pour l’entraînement. Partant d’un modèle CPSS, nous construisons ensuite une architecture profonde, la machine de Boltzmann profonde partiellement dirigée (MBP-PD). Ce modèle a été conçu de manière à simplifier d’entraînement des machines de Boltzmann profondes qui nécessitent normalement une phase de pré-entraînement glouton pour chaque couche. Ce problème est réglé dans une certaine mesure, mais le coût d’inférence dans le nouveau modèle est relativement trop élevé pour permettre de l’utiliser de manière pratique. Dans le deuxième article, nous revenons au problème d’entraînement joint de machines de Boltzmann profondes. Cette fois, au lieu de changer de famille de modèles, nous introduisons un nouveau critère d’entraînement qui donne naissance aux machines de Boltzmann profondes à multiples prédictions (MBP-MP). Les MBP-MP sont entraînables en une seule étape et ont un meilleur taux de succès en classification que les MBP classiques. Elles s’entraînent aussi avec des méthodes variationelles standard au lieu de nécessiter un classificateur discriminant pour obtenir un bon taux de succès en classification. Par contre, un des inconvénients de tels modèles est leur incapacité de générer deséchantillons, mais ceci n’est pas trop grave puisque la performance de classification des machines de Boltzmann profondes n’est plus une priorité étant donné les dernières avancées en apprentissage supervisé. Malgré cela, les MBP-MP demeurent intéressantes parce qu’elles sont capable d’accomplir certaines tâches que des modèles purement supervisés ne peuvent pas faire, telles que celle de classifier des données incomplètes ou encore celle de combler intelligemment l’information manquante dans ces données incomplètes. Le travail présenté dans cette thèse s’est déroulé au milieu d’une période de transformations importantes du domaine de l’apprentissage à réseaux neuronaux profonds qui a été déclenchée par la découverte de l’algorithme de “dropout” par Geoffrey Hinton. Dropout rend possible un entraînement purement supervisé d’architectures de propagation unidirectionnel sans être exposé au danger de sur- entraînement. Le troisième article présenté dans cette thèse introduit une nouvelle fonction d’activation spécialement con ̧cue pour aller avec l’algorithme de Dropout. Cette fonction d’activation, appelée maxout, permet l’utilisation de aggrégation multi-canal dans un contexte d’apprentissage purement supervisé. Nous démontrons comment plusieurs tâches de reconnaissance d’objets sont mieux accomplies par l’utilisation de maxout. Pour terminer, sont présentons un vrai cas d’utilisation dans l’industrie pour la transcription d’adresses de maisons à plusieurs chiffres. En combinant maxout avec une nouvelle sorte de couche de sortie pour des réseaux neuronaux de convolution, nous démontrons qu’il est possible d’atteindre un taux de succès comparable à celui des humains sur un ensemble de données coriace constitué de photos prises par les voitures de Google. Ce système a été déployé avec succès chez Google pour lire environ cent million d’adresses de maisons.

Cardiac cell fate control by the imidazoline I1 receptor/nischarin : application in cardiac pathology

La moxonidine, un médicament antihypertenseur sympatholytique de type imidazolinique, agit au niveau de la médulla du tronc cérébral pour diminuer la pression artérielle, suite à l’activation sélective du récepteur aux imidazolines I1 (récepteur I1, aussi nommé nischarine). Traitement avec de la moxonidine prévient le développement de l’hypertrophie du ventricule gauche chez des rats hypertendus (SHR), associé à une diminution de la synthèse et une élévation transitoire de la fragmentation d’ADN, des effets antiprolifératifs et apoptotiques. Ces effets se présentent probablement chez les fibroblastes, car l’apoptose des cardiomyocytes pourrait détériorer la fonction cardiaque. Ces effets apparaissent aussi avec des doses non hypotensives de moxonidine, suggérant l’existence d’effets cardiaques directes. Le récepteur I1 se trouvé aussi dans les tissus cardiaques; son activation ex vivo par la moxonidine stimule la libération de l’ANP, ce qui montre que les récepteurs I1 cardiaques sont fonctionnels malgré l’absence de stimulation centrale. Sur la base de ces informations, en plus du i) rôle des peptides natriurétiques comme inhibiteurs de l’apoptose cardiaque et ii) des études qui lient le récepteur I1 avec la maintenance de la matrix extracellulaire, on propose que, à part les effets sympatholytiques centrales, les récepteurs I1 cardiaques peuvent contrôler la croissance-mort cellulaire. L’activation du récepteur I1 peut retarder la progression des cardiopathies vers la défaillance cardiaque, en inhibant des signaux mal adaptatifs de prolifération et apoptose. Des études ont été effectuées pour : 1. Explorer les effets in vivo sur la structure et la fonction cardiaque suite au traitement avec moxonidine chez le SHR et le hamster cardiomyopathique. 2. Définir les voies de signalisation impliquées dans les changements secondaires au traitement avec moxonidine, spécifiquement sur les marqueurs inflammatoires et les voies de signalisation régulant la croissance et la survie cellulaire (MAPK et Akt). 3. Explorer les effets in vitro de la surexpression et l’activation du récepteur I1 sur la survie cellulaire dans des cellules HEK293. 4. Rechercher la localisation, régulation et implication dans la croissance-mort cellulaire du récepteur I1 in vitro (cardiomyocytes et fibroblastes), en réponse aux stimuli associés au remodelage cardiaque : norépinephrine, cytokines (IL-1β, TNF-α) et oxydants (H2O2). Nos études démontrent que la moxonidine, en doses hypotensives et non-hypotensives, améliore la structure et la performance cardiaque chez le SHR par des mécanismes impliquant l’inhibition des cytokines et des voies de signalisation p38 MAPK et Akt. Chez le hamster cardiomyopathique, la moxonidine améliore la fonction cardiaque, module la réponse inflammatoire/anti-inflammatoire et atténue la mort cellulaire et la fibrose cardiaque. Les cellules HEK293 surexprimant la nischarine survivent et prolifèrent plus en réponse à la moxonidine; cet effet est associé à l’inhibition des voies ERK, JNK et p38 MAPK. La surexpression de la nischarine protège aussi de la mort cellulaire induite par le TNF-α, l’IL-1β et le H2O2. En outre, le récepteur I1 s’exprime dans les cardiomyocytes et fibroblastes, son activation inhibe la mort des cardiomyocytes et la prolifération des fibroblastes induite par la norépinephrine, par des effets différentiels sur les MAPK et l’Akt. Dans des conditions inflammatoires, la moxonidine/récepteur aux imidazolines I1 protège les cardiomyocytes et facilite l’élimination des myofibroblastes par des effets contraires sur JNK, p38 MAPK et iNOS. Ces études démontrent le potentiel du récepteur I1/nischarine comme cible anti-hypertrophique et anti-fibrose à niveau cardiaque. L’identification des mécanismes cardioprotecteurs de la nischarine peut amener au développement des traitements basés sur la surexpression de la nischarine chez des patients avec hypertrophie ventriculaire. Finalement, même si l’effet antihypertenseur des agonistes du récepteur I1 centraux est salutaire, le développement de nouveaux agonistes cardiosélectifs du récepteur I1 pourrait donner des bénéfices additionnels chez des patients non hypertendus.

Synthesis of transition metal N-heterocyclic carbene complexes and applications in catalysis

Les ligands de carbènes N-hétérocycliques (NHC) qui possèdent une symétrie C1 attirent beaucoup l’attention dans la littérature. Le présent projet de recherche propose de synthétiser une nouvelle série de ligands NHC C1-symétriques avec deux groupements N-alkyles qui exploitent un relais chiral. Un protocole modulaire et efficace pour la synthèse des sels d’imidazolium chiraux qui servent comme préligands pour les NHC a été développé. Quelques-uns de ces nouveaux ligands ont été installés sur le cuivre et de l’or, créant de nouveaux complexes chiraux. Les nouveaux complexes à base de cuivre ont été évalués comme catalyseurs pour le couplage oxydatif de 2-naphthols. Les ligands C1-symmétriques ont fourni des meilleurs rendements que les ligands C2-symmétriques. Au cours de l’optimisation, des additifs ont été évalués; les additifs à base de pyridine ont fourni des énantiosélectivités modérées tandis que les additifs à base de malonate ont donné des meilleurs rendements de la réaction de couplage oxydatif. Ultérieurement, les additifs à base de malonate ont été appliqués envers l’hétérocouplage de 2-naphthols. Le partenaire de couplage qui est riche en électrons est normalement en grand excès à cause de sa tendance à dégrader. Avec le bénéfice de l’additif, les deux partenaires de couplage peuvent être utilisés dans des quantités équivalentes. La découverte de l’effet des additifs a permis le développement d’un protocole général pour l’hétérocouplage de 2-naphthols.

Méthodes de spatialisation sonore et intégration dans le processus de composition

L’espace est un élément peu exploré en musique. Méconnu des compositeurs, il n’est généralement pas pensé comme paramètre musical « composable ». Pourtant si la musique peut être perçue comme une organisation et une succession d’éléments dans le temps, pourquoi ne pourrait-elle pas l’être aussi dans l’espace? Ce travail se veut en quelque sorte un pont entre la recherche et la pratique, qui se construit par la synthèse de l’information que j’ai pu trouver sur chacune des quatre méthodes de spatialisation abordées ici. Dans un premier temps, je traiterai de leur développement, leur fonctionnement et des possibilités d’intégration de ces méthodes dans le processus de composition musicale, notamment en discutant les outils disponibles. Dans un second temps, les pièces Minimale Sédation et Fondations, toutes deux composées en octophonie seront discutées. J’expliquerai leurs processus de composition à travers les intentions, les techniques d’écriture et les outils qui ont menés à leurs créations.

Orientalisme 2.0 : la Révolution verte iranienne en images

Depuis la colonisation jusqu’aux plus récents conflits qui affectent le « Moyen-Orient », le visuel participe à la création d’une image raciale et sexuelle du monde musulman dans laquelle l’Orient « archaïque » est représenté comme l’opposé moral de l’Occident « moderne ». Ce discours nommé Orientalisme (Saïd 1994) transforme l’Orient en objet du savoir et du regard occidental (Nochlin 1989). La peinture, la photographie, et les expositions universelles sont autant de moyens qui permettent d’instaurer un point de vue privilégié de l’Occident sur l’Orient. Avec le Web 2.0 et les technologies mobiles, le partage d’images fait partie intégrale de notre quotidien et celles-ci nous proviennent de partout et de n’importe qui. En considérant que l’Orientalisme est indissociable des techniques modernes de représentation du monde (Mitchell 2013), le présent mémoire souhaite interroger l’impact de ces nouvelles technologies sur la production, la circulation et la réception des images du dit Orient. Nous concentrerons notre étude sur les images captées et partagées depuis les manifestations de la Révolution verte iranienne de juin 2009, entre autres la vidéo de l’assassinat de la jeune Neda Agha Soltan qui a fait la une des médias occidentaux. En prenant comme base les écrits d’Edward Saïd, que nous réviserons par le biais de lectures féministes, nous verrons que l’Orientalisme visuel mute au rythme des changements politiques, culturels et technologiques qu’il rencontre. En plus d’éclairer les images de notre corpus, la question féministe nous permettra d’élargir la définition et les mécanismes de l’Orientalisme proposés par Saïd. Nous démontrerons que tout en ayant le potentiel de bouleverser l’image que construit l’Occident de l’Orient, le Web 2.0 actualise aussi l’Orientalisme visuel sous de nouveaux modes de production du savoir.

Prolégomènes à une interprétation de la figure du zombie

Aucune figure, au XXe siècle et aujourd'hui, n'est comparable au zombie. Sa prolifération et sa réitération en font un cas d'étude exceptionnel. Or, une figure est inséparable des discours qui la voient naître. Il existe un subtil et profond arrimage entre la production d'une figure, son interprétation et l'économie de sens qui la voit naître. Ma modeste ambition, dans ce mémoire, s'insère dans une réflexion à caractère épistémologique où les enjeux narratifs et les notions critiques encadrant le phénomène zombie seront interrogés. De même, afin de faire émerger cette économie de sens, les modalités de sens de la métaphore doivent être cernées. Ce mémoire est donc une série de prolégomènes nécessaires à l'intelligence d'un important problème contemporain : l'interprétation d'une figure telle que le zombie. Le premier chapitre est une synthèse des manifestations de la figure et de sa compréhension. Les années 60 opèrent une importante transformation dans le corpus filmique zombie (et d'horreur) qui s'incarne dans Night of the Living Dead, de George Romero. Le second chapitre s'intéresse aux enjeux narratifs et aux notions critiques qui encadrent le phénomène zombie. La distinction entre thématique et esthétisme s'incarne alors dans la séparation stricte entre forme et contenu et se fait sentir dans les interprétations offertes du phénomène de l'horreur et dont les études sur le zombie sont tributaires. Cela fait, je rappellerai la vision de Todorov et d'Ingarden sur la représentation afin de cerner les enjeux véritables d'une interprétation. En définitive, la question sera de savoir si le zombie peut être pris à la lettre. Le troisième chapitre sera le moment d'interroger la métaphore afin qu'émergent les modalités de sens qui lui sont inhérentes. Ce chapitre se divisera en deux parties qui reprennent les moments essentiels de la métaphore : sa production et sa lecture. Pour ce faire, je parcourrai la tradition théorique sur la métaphore afin de saisir la portée de l'affirmation poétique qui établit un rapport métaphorique entre les zombies et les humains. Quelle est la signification de cette affirmation qui assume et guide la mise en récit d'une figure (le zombie), et qui assume et guide une lecture métaphorique de l'être humain? En guise de conclusion, je réfléchirai sur les modalités de la lecture en vue d'une interprétation de la figure du zombie. En ce sens, j'explorerai cette inséparabilité entre la manière, c'est-à-dire la métaphore, et son contenu, c'est-à-dire ses interprétations.

Analyse du comportement hétérogène des usagers dans un réseau

Le nombre important de véhicules sur le réseau routier peut entraîner des problèmes d'encombrement et de sécurité. Les usagers des réseaux routiers qui nous intéressent sont les camionneurs qui transportent des marchandises, pouvant rouler avec des véhicules non conformes ou emprunter des routes interdites pour gagner du temps. Le transport de matières dangereuses est réglementé et certains lieux, surtout les ponts et les tunnels, leur sont interdits d'accès. Pour aider à faire appliquer les lois en vigueur, il existe un système de contrôles routiers composé de structures fixes et de patrouilles mobiles. Le déploiement stratégique de ces ressources de contrôle mise sur la connaissance du comportement des camionneurs que nous allons étudier à travers l'analyse de leurs choix de routes. Un problème de choix de routes peut se modéliser en utilisant la théorie des choix discrets, elle-même fondée sur la théorie de l'utilité aléatoire. Traiter ce type de problème avec cette théorie est complexe. Les modèles que nous utiliserons sont tels, que nous serons amenés à faire face à des problèmes de corrélation, puisque plusieurs routes partagent probablement des arcs. De plus, puisque nous travaillons sur le réseau routier du Québec, le choix de routes peut se faire parmi un ensemble de routes dont le nombre est potentiellement infini si on considère celles ayant des boucles. Enfin, l'étude des choix faits par un humain n'est pas triviale. Avec l'aide du modèle de choix de routes retenu, nous pourrons calculer une expression de la probabilité qu'une route soit prise par le camionneur. Nous avons abordé cette étude du comportement en commençant par un travail de description des données collectées. Le questionnaire utilisé par les contrôleurs permet de collecter des données concernant les camionneurs, leurs véhicules et le lieu du contrôle. La description des données observées est une étape essentielle, car elle permet de présenter clairement à un analyste potentiel ce qui est accessible pour étudier les comportements des camionneurs. Les données observées lors d'un contrôle constitueront ce que nous appellerons une observation. Avec les attributs du réseau, il sera possible de modéliser le réseau routier du Québec. Une sélection de certains attributs permettra de spécifier la fonction d'utilité et par conséquent la fonction permettant de calculer les probabilités de choix de routes par un camionneur. Il devient alors possible d'étudier un comportement en se basant sur des observations. Celles provenant du terrain ne nous donnent pas suffisamment d'information actuellement et même en spécifiant bien un modèle, l'estimation des paramètres n'est pas possible. Cette dernière est basée sur la méthode du maximum de vraisemblance. Nous avons l'outil, mais il nous manque la matière première que sont les observations, pour continuer l'étude. L'idée est de poursuivre avec des observations de synthèse. Nous ferons des estimations avec des observations complètes puis, pour se rapprocher des conditions réelles, nous continuerons avec des observations partielles. Ceci constitue d'ailleurs un défi majeur. Nous proposons pour ces dernières, de nous servir des résultats des travaux de (Bierlaire et Frejinger, 2008) en les combinant avec ceux de (Fosgerau, Frejinger et Karlström, 2013). Bien qu'elles soient de nature synthétiques, les observations que nous utilisons nous mèneront à des résultats tels, que nous serons en mesure de fournir une proposition concrète qui pourrait aider à optimiser les décisions des responsables des contrôles routiers. En effet, nous avons réussi à estimer, sur le réseau réel du Québec, avec un seuil de signification de 0,05 les valeurs des paramètres d'un modèle de choix de routes discrets, même lorsque les observations sont partielles. Ces résultats donneront lieu à des recommandations sur les changements à faire dans le questionnaire permettant de collecter des données.

Implication des utilisateurs dans le développement des innovations médicales : une analyse sociotechnique de la collaboration et de ses enjeux pour l’organisation des soins

Les changements technologiques ont des effets structurants sur l’organisation des soins dans notre système de santé. Les professionnels de la santé et les patients – les principaux utilisateurs des innovations médicales – sont des acteurs clés dans les trajectoires suivies par les nouvelles technologies en santé. Pour développer des technologies médicales plus efficaces, sécuritaires et conviviales, plusieurs proposent d’intensifier la collaboration entre les utilisateurs et les développeurs. Cette recherche s’intéresse à cette prémisse sur la participation des utilisateurs dans les processus d’innovation médicale. L'objectif général de cette recherche est de mieux comprendre la collaboration entre les utilisateurs et les développeurs impliqués dans la transformation des innovations médicales. Adoptant un cadre d’analyse sociotechnique, cette thèse par articles s’articule autour de trois objectifs : 1) décrire comment la littérature scientifique définit les objectifs, les méthodes et les enjeux de l’engagement des utilisateurs dans le développement des innovations médicales; 2) analyser les perspectives d’utilisateurs et de développeurs de technologies médicales quant à leur collaboration dans le processus d’innovation; et 3) analyser comment sont mobilisés, en pratique, des utilisateurs dans le développement d’une innovation médicale. Le premier objectif s’appuie sur une synthèse structurée des écrits scientifiques (n=101) portant sur le phénomène de la participation des utilisateurs dans les processus d’innovation médicale. Cette synthèse a dégagé les méthodes appliquées ou proposées pour faire participer les utilisateurs, les arguments normatifs véhiculés ainsi que les principaux enjeux soulevés. Le deuxième objectif repose sur l’analyse de trois groupes de discussion délibératifs et d'une plénière impliquant des utilisateurs et des développeurs (n=19) de technologies médicales. L’analyse a permis d’examiner leurs perspectives à l'égard de diverses approches de collaboration dans les processus d'innovation. Le troisième objectif implique l’étude d’une innovation en électrophysiologie lors de la phase de recherche clinique. Cette étude de cas unique s'appuie sur une analyse qualitative d'études cliniques (n=57) et des éditoriaux et synthèses de connaissances dans des revues médicales spécialisées (n=15) couvrant une période de dix ans (1999 à 2008) ainsi que des entrevues semi-dirigées avec des acteurs clés impliqués dans le processus d’innovation (n=3). Cette étude a permis de mieux comprendre comment des utilisateurs donne un sens, s’approprient et légitiment une innovation médicale en contexte de recherche clinique. La contribution générale de cette thèse consiste en une meilleure compréhension de l’apport des utilisateurs dans les processus d’innovation médicale et de sa capacité à aligner plus efficacement le développement technologique avec les objectifs du système de santé.