Comparative transcriptomics of early dipteran development

BACKGROUND: Modern sequencing technologies have massively increased the amount of data available for comparative genomics. Whole-transcriptome shotgun sequencing (RNA-seq) provides a powerful basis for comparative studies. In particular, this approach holds great promise for emerging model species in fields such as evolutionary developmental biology (evo-devo). RESULTS: We have sequenced early embryonic transcriptomes of two non-drosophilid dipteran species: the moth midge Clogmia albipunctata, and the scuttle fly Megaselia abdita. Our analysis includes a third, published, transcriptome for the hoverfly Episyrphus balteatus. These emerging models for comparative developmental studies close an important phylogenetic gap between Drosophila melanogaster and other insect model systems. In this paper, we provide a comparative analysis of early embryonic transcriptomes across species, and use our data for a phylogenomic re-evaluation of dipteran phylogenetic relationships. CONCLUSIONS: We show how comparative transcriptomics can be used to create useful resources for evo-devo, and to investigate phylogenetic relationships. Our results demonstrate that de novo assembly of short (Illumina) reads yields high-quality, high-coverage transcriptomic data sets. We use these data to investigate deep dipteran phylogenetic relationships. Our results, based on a concatenation of 160 orthologous genes, provide support for the traditional view of Clogmia being the sister group of Brachycera (Megaselia, Episyrphus, Drosophila), rather than that of Culicomorpha (which includes mosquitoes and blackflies).

Rakennusinvestointien käsittelyprosessin tehostaminen

Suomen valtionhallinnon maaliskuussa 2005 julkaisemat tuloksellisuuden tavoitteet koskettavat kaikkia hallinnonaloja. Maa- ja metsätalousministeriön ohjeistamat Työvoima- ja elinkeinokeskusten maaseutuosastot ovat yksikköjä, joita vaikuttavuus- ja tuloksellisuustavoitteet velvoittavat. Tehokasta elintarviketuotantoa ja maatalouden kustannuskehityksen hallintaa voidaan tarkastella kiinteiden tuotannontekijöiden, kuten maatalousrakennusten ja investointituilla tuetun rakentamisen, vaikuttavuuden kautta. Työn tavoitteena oli tehostaa rakennusinvestointien käsittelyprosessia: kehittää sekä tehostamisen menetelmiä että työväline toiminnan ohjaukseen maa- ja metsätalousministeriölle. Ratkaisuja etsittiin teorian ja empirian pohjalta kehitettävien käsitteistöjen ja menetelmien avulla. Teoriaosuudessa haettiin kirjallisuudesta välineitä joilla prosesseja voitaisiin analysoida, mitata ja kehittää. Prosessimallinnukset, Italian vastaavan järjestelmän tutkimus ja Suomen rakennustoimelle tehty kysely muodostavat empiirisen aineiston, jonka perusteella lopulliset tehostamisen keinot ja konstruktiot kehitettiin. Tehostamisen menetelmäksi kehitettiinaluehallinnolle sovellettu suorituskyvyn mittausjärjestelmä, panosprisma. Tuloksellisuus, vaikuttavuus ja laatu riippuvat työn tuottamisen lähtökohdista. Prosessia voidaan tehostaa kiinnittämällä huomiota tulosohjaukseen, asiakirjojen saatavuuteen ja laatuun, neuvonnan oikea-aikaiseen ajoittuvuuteen ja riittävyyteen sekä tietojärjestelmien kehittämiseen. Näiden avulla voidaan saavuttaa käsittelyprosessin aika- ja kustannussäästöjä, tukivarojen käyttöön saaminen ja hyödynnettävyys paranevat ja tukipäätöksen tuottamisen asiakaspalveluprosessi tehostuu.

Elinkaarimallin kokonaistaloudellisuus julkisten tilapalveluiden järjestämisessä

Kuntasektorin toimintaympäristön muutostenseurauksena kunnat ovat joutuneet etsimään uusia tapoja järjestää palveluita. Yksi uusista tilapalveluiden toteutusvaihtoehdoista on elinkaarimalli, jossa yksityinen sektori vastaa vähintään hankkeen suunnittelusta, rakentamisesta sekä kiinteistöpalveluista. Julkisen sektorin hankintoja säätelee hankintalaki, joka velvoittaa hyväksymään tarjouksista sen, joka on kokonaistaloudellisesti edullisin tai hinnaltaan halvin. Kaupungin näkökulmasta kokonaistaloudellisuuteen vaikuttavat tarjoushinnan lisäksi myös hankintamallien laadullisista eroista, riskien siirrosta sekä yksityisen ja julkisen sektorin välisistä kilpailueroista aiheutuvat taloudelliset vaikutukset. Tämän diplomityön tavoitteena oli rakentaa toteutusmallien vertailuun laskentamalli, jossa huomioidaan elinkaarikustannusten lisäksi muut kokonaistaloudellisuuteen vaikuttavat elementit. Aiheesta julkaistuin kirjallisuuden perusteella rakennettua teoreettista laskentamallia sovelletaan Espoossa sijaitsevaan elinkaarimallilla toteutettuun tilapalveluhankkeeseen, Kaivomestariin. Vertailua varten rakennettavalla vaihtoehtoisella toteutusmallilla, verrokkilla, kuvataan Kaivomestarin kokonaisuutta vastaavan Espoon kaupungin tavanomaisen tuotannon kustannuksia. Työn tutkimustulosten perusteella elinkaarimalli näyttää hieman tavanomaista tuotantoa kalliimmalta vaihtoehdolta järjestää tilapalveluita julkiselle sektorille. Toisaalta molemmilla toteutusmalleilla saavutetaan useita sellaisia tekijöitä, joiden taloudellisia vaikutuksia ei ole huomioitu vertailussa. Yleisesti voidaankin todeta toteutusmallien vertailun olevan erittäin vaikeaa ja haastavaa, eikä tulosten perusteella toteutusmalleja voida täysin yksiselitteisesti ja luotettavasti asettaa kokonaistaloudelliseen edullisuusjärjestykseen.

MUTANTES DE LARANJA - 'PÊRA' COM NÚMERO REDUZIDO DE SEMENTES, OBTIDOS ATRAVÉS DE MUTAÇÕES INDUZIDAS

A obtenção de cultivares de citros com pequeno número de sementes é importante quando o objetivo é a produção de frutas para o consumo in natura. O objetivo deste trabalho foi o de avaliar, por três anos (1997, 1998 e 1999), o número médio de sementes e 15 outras características agronômicas, de 127 mutantes putativos de laranja-'Pêra', selecionados após irradiação de borbulhas com raios-gama e 8 plantas selecionadas do controle não irradiado. Os mutantes foram divididos em 16 grupos baseados nos tipos de mutações observados e em cada grupo, como controle comum, foram incluídas plantas de laranja-'Pêra' comercial. Observou-se que 46 mutantes putativos e uma planta do controle não irradiado (PSC) apresentaram redução significativa no número de sementes por fruto, nos três anos consecutivos, sendo que 15 mutantes apresentaram frutos com média entre uma e duas sementes e 9 mutantes, frutos com média inferior a uma semente. Dentre estes 9 mutantes, os de número 27, 28 e 58, que apresentaram também alterações significativas no diâmetro de copa ou na altura de planta, além do 59 e 101, que não apresentaram alterações nas outras 15 características avaliadas, possuem um maior potencial para serem lançados como novos mutantes de laranja-'Pêra' com pequeno número de sementes.

Federal Dynamics in Times of Economic and Financial Crisis

The global economic and financial crisis is a challenge for all governments, but particularly for federal states because divided and/or shared territorial powers make federations susceptible to coordination problems in fiscal policy making. This article explores the effects of the ongoing crisis on federal relations. Three kinds of problems that may become the cause of federal tensions and conflicts are evoked: opportunism of subgovernments, centralisation and erosion of solidarity among members of the federation. Our analysis of fiscal policies and federal conflicts of 11 federations between 2007 and the present reveals three kinds of coordination problems: shirking in the use of federal government grants, rent-seeking in equalisation payments, and over-borrowing and over-spending. Our results show that shirking remained limited to few cases and occurred only in the first part of the crisis. However, rent-seeking and over-borrowing and over-spending led to a reduction of solidarity among subgovernments and to increased regulation of the fiscal discretion of the members of the federation. Subsequently, tensions in federal relations increased - although only in one case did this challenged the federal order.

Kansainvälistymistukien vertailututkimus

Tutkimuksen tarkoituksenaoli selvittää kansainvälistymistukien käyttöä eri Euroopan maissa. Tarkempaan tutkimukseen otettiin Saksan kaikki osavaltiot ja Ruotsi. Samalla selvitettiin myös niitä kansainvälisen kaupan sääntöjä ja määräyksiä, joita asetetaan, jotta tuet eivät vääristä kilpailua. Tällä tavalla oli tarkoitus löytää uusia 'hyviä käytäntöjä, Suomen seuraavan EU-ohjelmakauden ohjelmien kehittämiseksi. Tutkimuksessa kävi ilmi, että eri maat ja alueet painottavat yritystensä viennin- tai kansainvälistymisen tukemista eri lailla. Joillain alueille ei ole juuri minkäänlaista tukiohjelmaa, kun taas varsinkin Saksassa tukiohjelmatovat laajoja. Yhteistä kaikille ohjelmille on, että tukipäätökset ovat usein pienempiä kuin Suomessa. Toisaalta Suomessakin päätöksien koot ovat yleensä huomattavasti pienempiä kuin olisi mahdollista lain perusteella tehdä. Kokonaisuutena Suomen järjestelmä toimii hyvin ja sen avulla voidaan nytkin saavuttaa hyviä tuloksia. Jatkossa on kuitenkin kiinnitettävä huomiota siihen, että kehitämme ohjelmia erityisesti pienimpien yritysten kansainvälistymistä varten.

A web ontologies framework for digital rights management

In order to improve the management of copyright in the Internet, known as Digital Rights Management, there is the need for a shared language for copyright representation. Current approaches are based on purely syntactic solutions, i.e. a grammar that defines a rights expression language. These languages are difficult to put into practise due to the lack of explicit semantics that facilitate its implementation. Moreover, they are simple from the legal point of view because they are intended just to model the usage licenses granted by content providers to end-users. Thus, they ignore the copyright framework that lies behind and the whole value chain from creators to end-users. Our proposal is to use a semantic approach based on semantic web ontologies. We detail the development of a copyright ontology in order to put this approach into practice. It models the copyright core concepts for creation, rights and the basic kinds of actions that operate on content. Altogether, it allows building a copyright framework for the complete value chain. The set of actions operating on content are our smaller building blocks in order to cope with the complexity of copyright value chains and statements and, at the same time, guarantee a high level of interoperability and evolvability. The resulting copyright modelling framework is flexible and complete enough to model many copyright scenarios, not just those related to the economic exploitation of content. The ontology also includes moral rights, so it is possible to model this kind of situations as it is shown in the included example model for a withdrawal scenario. Finally, the ontology design and the selection of tools result in a straightforward implementation. Description Logic reasoners are used for license checking and retrieval. Rights are modelled as classes of actions, action patterns are modelled also as classes and the same is done for concrete actions. Then, to check if some right or license grants an action is reduced to check for class subsumption, which is a direct functionality of these reasoners.

The Challenges Of Implementing High Performance Work Practices In The Nonprofit Sector

The last economic crisis raised huge challenges for nonprofit organizations. It is now critical for nonprofit organizations to show not only their social legitimacy but also their efficiency and competency to claim for grants (Kearns, Bell, Deem, & McShane, 2012). High Performance Work Practices (HPWP) are a way to foster performance and thus to answer challenges nonprofit organizations are currently facing. However, such practices have until then only been considered for the corporate world. The entire philosophy behind nonprofit organizations contrasts radically from the for-profit sector. Human resources management in particular may differ as well. The aim of this article is precisely to analyze the challenges of implementing HPWP in nonprofit organizations. In order to explore those challenges, we study the HR practices of a nonprofit organization based in UK that struggles against poverty. Discussion of results highlights good practices that should be applied along the nonprofit sector.

Vaasan kaukolämmön kehittämissuunnitelma

Tämän työn tarkoituksena on tarkastella tulevaisuuden kehitysnäkymien vaikutusta Vaasan kaukolämpötoimintaan. Komartekin Flowra 32 verkostolaskentaohjelman avulla tutkitaan kaukolämpöverkon siirtokykyä nykyisissä ja tulevaisuuden kuormitustilanteissa. Työn yhteydessä laaditaan kaukolämmityksen kasvuennuste seuraavalle kymmenelle vuodelle ja selvitetään mitoituslämpötilaa -29°C vastaava teho tilastollisen analyysin avulla. Lisäksi tutkitaan mahdollisia ratkaisuja huippu- ja varatehon tuottamiseksi. Tarkastelun kohteena on myös lämmön lyhytaikaisvarastoinnin kannattavuus energianhankintajärjestelmässä. Kaukolämpöverkon siirtokyky on tarkastelun perusteella kohtalaisen hyvä, mutta liittymistehojen kasvaessa paine-erot verkon häntäpäässä jäävät liian alhaisiksi. Paras ratkaisu paine-ero ongelmaan on rakentaa välipumppaamo Hovioikeudenpuistoon. Tarkastelun perusteella kaukolämmön varatehon lisätarve on kymmenen vuoden kuluttua noin 40 MW ja varatehoksi on kannattavinta rakentaa raskasta polttoöljyä käyttävä lämpökeskus. Lämmön lyhytaikaisvarastointi on nykyisillä energianhinnoilla kohtalaisen kannattavaa varsinkin, jos Kauppa- ja teollisuusministeriö myöntää hankkeelle täyden 30%:n investointiavustuksen.

Yhdysliikennepisteen suunnittelu

Langattomien lähiverkkotekniikoiden yleistyessä langattomien verkkojen ja palveluiden kysyntä on kasvanut nopeasti. Varsinkin vuonna 1997 julkistettu IEEE:n 802.11b-standardi on mahdollistanut langattomien verkkotekniikoiden nopean kehityksen. Tässä työssä esitetään suunnitelma kahden verkon välisen rajapinnan rakenteesta ja to-teutuksesta. Rajapintaa kutsutaan yhdysliikennepisteeksi. Sen pääasiallisena tehtävänä on toimia solmupisteenä kaikelle verkkojen väliselle tietoliikenteelle ja hallinnoida niin sisäverkkoa käyttäjineen kuin ulkoverkon puolelle kytkettyjä operaattoreita. Yhdyslii-kennepisteen tehtävänä on tunnistaa sisäverkon käyttäjät, auktorisoida heidät yhteis-työssä operaattorien kanssa, huolehtia sisäverkon käyttäjien verkko-osoitteista ja toimia verkkoliikenteen välittäjänä. Yhdysliikennepiste kykenee reitittämään käyttäjän oikealle operaattorille ja huolehtii siitä, että käyttäjällä on pääsy palveluihin, joiden käyttämiseen tällä on valtuutus. Työssä määritellään yhdysliikennepisteen rajapinnat sekä siihen liitettäviä operaattoreita että sisäverkkoon tarjottavia peruspalveluita varten. Lisäksi määritellään yhdysliikenne-pisteen sisäiset rajapinnat. Yhdysliikennepiste ei rajoita käytettyä verkkotekniikkaa, mutta tässä työssä keskitytään IEEE 802.11b -standardin mukaisiin WLAN-verkkoihin. Yhden tai useamman operaattorin verkkoja on olemassa sekä langallisessa että langat-tomissa ympäristöissä. Näissä verkoissa jokainen Internet-operaattori huolehtii kuiten-kin vain omista asiakkaistaan. Sisäverkko on suljettu, siihen pääsevät liittymään vain operaattorin omat asiakkaat. Työn tuloksena syntynyt yhdysliikennepiste on ratkaisu, jonka avulla voidaan rakentaa monioperaattorialueverkko, joka on avoin kaikille sen käyttäjille.

Young Firms and R&D subsidies in Catalonia

Based on four different public R&D calls from the Catalan government, this article evaluates the propensity of entrants and young firms to apply for R&D public grants and, as compared to their counterparts, their capacity for obtaining subsides. This analysis is particularly relevant since entrants and young firms encounter greater market difficulties. Our sample contains 22,139 firms and corresponds to a merge of two databases: one from the Catalan agency responsible for promoting private innovation (ACC1Ó) and the other from the Mercantile Register. Merging these databases has two advantages. Firstly, participants and non-participants in the public R&D call (“InnoEmpresa”) are included and, secondly, it provides us with information at firm and project level. The period of observation is between 2006 and 2010, since some explanatory variables are lagged by one period. We apply a two-step methodology. Our results show that entrants and young firms show a lower propensity to apply for R&D subsidies and to obtain R&D public grants. Firm size, exports and participation in a previous call show a positive impact on the likelihood of applying, and firms located in the Barcelona metropolitan area have a greater propensity to apply. Additionally, project quality and R&D cooperative reports presented jointly with other partners have a positive impact on the likelihood of obtaining the R&D subsidy. Finally, firms that have previously obtained an R&D subsidy do not exhibit a greater propensity for obtaining subsequent grants. Keywords: R&D subsidies, entrants and young firms Classification JEL: L53, L25, O38

EMQAL: Erasmus Mundus Master in Quality in Analytical Laboratories

The Erasmus Mundus Master in Quality in Analytical Laboratories (EMQAL) is a two-year Joint Master Degree. The course is funded by the European Commission through the Erasmus Mundus Programme, providing a number of attractive scholarships for European and non-European students. EMQAL prepares professionals for analytical laboratories, focusing on laboratory management and quality systems, along with complementing their technical knowledge. The EMQAL aims at training students in the most relevant issues concerning quality systems and management in analytical laboratories, and to become an expert in: Quality management, Analytical methods and Data Analysis. EMQAL promotes mobility. The students will attend one academic year of lectures in one of the European universities of the EMQAL consortium, and a 12 months master thesis at other European university, with the possibility to spend three-months in one of the non-EU partners. The language of instruction and examination is English. Further information is available at www.emqal.org.

Com ha de ser l'economia del coneixement?

Catalunya ha apostat per una política de recerca que cada dia aconsegueix bons resultats. Aquesta setmana s'ha fet públic que 14 investigadors que treballen en centres i universitats catalanes han rebut les prestigioses 'Starting Grants de l'European Research Council'. El resultat és destacable si es considera que tot l'Estat espanyol, amb Catalunya, n'ha rebut 29. Catalunya està per sobre de Dinamarca, Àustria, Finlàndia, Noruega, Portugal, Irlanda, Grècia, Hongria, Turquia, Polònia i Eslovàquia

La innovació defineix l'Europa de dues velocitats

A Catalunya la recerca bàsica està bastant desenvolupada i els indicadors mostren que la qualitat és relativament alta. Els resultats de la mobilitat tampoc no són dolents. En tenim molts exemples. Comentaré el darrer. El de la concessió dels ajuts a investigadors avançats (Advanced Grants), de 2,5 a 3,5 milions d'euros, de l'European Reserch Council. Fa pocs dies se'n van publicar els resultats. Investigadors que treballen a l'Estat espanyol van rebre quinze ajuts. D'aquests, set treballen a centres catalans. En aquesta convocatòria, un 47% dels ajuts de l'Estat vénen a Catalunya.

Absoluts i relatius

L'11 de març vaig participar en una jornada que el PSC va organitzar al Parlament per confrontar opinions sobre la iniciativa legislativa popular que proposa prohibir els conreus transgènics a Catalunya. Vull reflexionar sobre la principal diferència que vaig copsar entre les posicions enfrontades [...].