Conservation of the Eurasian Lynx (Lynx lynx) in a fragmented landscape - habitat models, dispersal and potential distribution

Abstract: The expansion of a recovering population - whether re-introduced or spontaneously returning - is shaped by (i) biological (intrinsic) factors such as the land tenure system or dispersal, (ii) the distribution and availability of resources (e.g. prey), (iii) habitat and landscape features, and (iv) human attitudes and activities. In order to develop efficient conservation and recovery strategies, we need to understand all these factors and to predict the potential distribution and explore ways to reach it. An increased number of lynx in the north-western Swiss Alps in the nineties lead to a new controversy about the return of this cat. When the large carnivores were given legal protection in many European countries, most organizations and individuals promoting their protection did not foresee the consequences. Management plans describing how to handle conflicts with large predators are needed to find a balance between "overabundance" and extinction. Wildlife and conservation biologists need to evaluate the various threats confronting populations so that adequate management decisions can be taken. I developed a GIS probability model for the lynx, based on habitat information and radio-telemetry data from the Swiss Jura Mountains, in order to predict the potential distribution of the lynx in this mountain range, which is presently only partly occupied by lynx. Three of the 18 variables tested for each square kilometre describing land use, vegetation, and topography, qualified to predict the probability of lynx presence. The resulting map was evaluated with data from dispersing subadult lynx. Young lynx that were not able to establish home ranges in what was identified as good lynx habitat did not survive their first year of independence, whereas the only one that died in good lynx habitat was illegally killed. Radio-telemetry fixes are often used as input data to calibrate habitat models. Radio-telemetry is the only way to gather accurate and unbiased data on habitat use of elusive larger terrestrial mammals. However, it is time consuming and expensive, and can therefore only be applied in limited areas. Habitat models extrapolated over large areas can in turn be problematic, as habitat characteristics and availability may change from one area to the other. I analysed the predictive power of Ecological Niche Factor Analysis (ENFA) in Switzerland with the lynx as focal species. According to my results, the optimal sampling strategy to predict species distribution in an Alpine area lacking available data would be to pool presence cells from contrasted regions (Jura Mountains, Alps), whereas in regions with a low ecological variance (Jura Mountains), only local presence cells should be used for the calibration of the model. Dispersal influences the dynamics and persistence of populations, the distribution and abundance of species, and gives the communities and ecosystems their characteristic texture in space and time. Between 1988 and 2001, the spatio-temporal behaviour of subadult Eurasian lynx in two re-introduced populations in Switzerland was studied, based on 39 juvenile lynx of which 24 were radio-tagged to understand the factors influencing dispersal. Subadults become independent from their mothers at the age of 8-11 months. No sex bias neither in the dispersal rate nor in the distance moved was detected. Lynx are conservative dispersers, compared to bear and wolf, and settled within or close to known lynx occurrences. Dispersal distances reached in the high lynx density population - shorter than those reported in other Eurasian lynx studies - are limited by habitat restriction hindering connections with neighbouring metapopulations. I postulated that high lynx density would lead to an expansion of the population and validated my predictions with data from the north-western Swiss Alps where about 1995 a strong increase in lynx abundance took place. The general hypothesis that high population density will foster the expansion of the population was not confirmed. This has consequences for the re-introduction and recovery of carnivores in a fragmented landscape. To establish a strong source population in one place might not be an optimal strategy. Rather, population nuclei should be founded in several neighbouring patches. Exchange between established neighbouring subpopulations will later on take place, as adult lynx show a higher propensity to cross barriers than subadults. To estimate the potential population size of the lynx in the Jura Mountains and to assess possible corridors between this population and adjacent areas, I adapted a habitat probability model for lynx distribution in the Jura Mountains with new environmental data and extrapolated it over the entire mountain range. The model predicts a breeding population ranging from 74-101 individuals and from 51-79 individuals when continuous habitat patches < 50 km2 are disregarded. The Jura Mountains could once be part of a metapopulation, as potential corridors exist to the adjoining areas (Alps, Vosges Mountains, and Black Forest). Monitoring of the population size, spatial expansion, and the genetic surveillance in the Jura Mountains must be continued, as the status of the population is still critical. ENFA was used to predict the potential distribution of lynx in the Alps. The resulting model divided the Alps into 37 suitable habitat patches ranging from 50 to 18,711 km2, covering a total area of about 93,600 km2. When using the range of lynx densities found in field studies in Switzerland, the Alps could host a population of 961 to 1,827 residents. The results of the cost-distance analysis revealed that all patches were within the reach of dispersing lynx, as the connection costs were in the range of dispersal cost of radio-tagged subadult lynx moving through unfavorable habitat. Thus, the whole Alps could once be considered as a metapopulation. But experience suggests that only few disperser will cross unsuitable areas and barriers. This low migration rate may seldom allow the spontaneous foundation of new populations in unsettled areas. As an alternative to natural dispersal, artificial transfer of individuals across the barriers should be considered. Wildlife biologists can play a crucial role in developing adaptive management experiments to help managers learning by trial. The case of the lynx in Switzerland is a good example of a fruitful cooperation between wildlife biologists, managers, decision makers and politician in an adaptive management process. This cooperation resulted in a Lynx Management Plan which was implemented in 2000 and updated in 2004 to give the cantons directives on how to handle lynx-related problems. This plan was put into practice e.g. in regard to translocation of lynx into unsettled areas. Résumé: L'expansion d'une population en phase de recolonisation, qu'elle soit issue de réintroductions ou d'un retour naturel dépend 1) de facteurs biologiques tels que le système social et le mode de dispersion, 2) de la distribution et la disponibilité des ressources (proies), 3) de l'habitat et des éléments du paysage, 4) de l'acceptation de l'espèce par la population locale et des activités humaines. Afin de pouvoir développer des stratégies efficaces de conservation et de favoriser la recolonisation, chacun de ces facteurs doit être pris en compte. En plus, la distribution potentielle de l'espèce doit pouvoir être déterminée et enfin, toutes les possibilités pour atteindre les objectifs, examinées. La phase de haute densité que la population de lynx a connue dans les années nonante dans le nord-ouest des Alpes suisses a donné lieu à une controverse assez vive. La protection du lynx dans de nombreux pays européens, promue par différentes organisations, a entraîné des conséquences inattendues; ces dernières montrent que tout plan de gestion doit impérativement indiquer des pistes quant à la manière de gérer les conflits, tout en trouvant un équilibre entre l'extinction et la surabondance de l'espèce. Les biologistes de la conservation et de la faune sauvage doivent pour cela évaluer les différents risques encourus par les populations de lynx, afin de pouvoir rapidement prendre les meilleuresmdécisions de gestion. Un modèle d'habitat pour le lynx, basé sur des caractéristiques de l'habitat et des données radio télémétriques collectées dans la chaîne du Jura, a été élaboré afin de prédire la distribution potentielle dans cette région, qui n'est que partiellement occupée par l'espèce. Trois des 18 variables testées, décrivant pour chaque kilomètre carré l'utilisation du sol, la végétation ainsi que la topographie, ont été retenues pour déterminer la probabilité de présence du lynx. La carte qui en résulte a été comparée aux données télémétriques de lynx subadultes en phase de dispersion. Les jeunes qui n'ont pas pu établir leur domaine vital dans l'habitat favorable prédit par le modèle n'ont pas survécu leur première année d'indépendance alors que le seul individu qui est mort dans l'habitat favorable a été braconné. Les données radio-télémétriques sont souvent utilisées pour l'étalonnage de modèles d'habitat. C'est un des seuls moyens à disposition qui permette de récolter des données non biaisées et précises sur l'occupation de l'habitat par des mammifères terrestres aux moeurs discrètes. Mais ces méthodes de- mandent un important investissement en moyens financiers et en temps et peuvent, de ce fait, n'être appliquées qu'à des zones limitées. Les modèles d'habitat sont ainsi souvent extrapolés à de grandes surfaces malgré le risque d'imprécision, qui résulte des variations des caractéristiques et de la disponibilité de l'habitat d'une zone à l'autre. Le pouvoir de prédiction de l'Analyse Ecologique de la Niche (AEN) dans les zones où les données de présence n'ont pas été prises en compte dans le calibrage du modèle a été analysée dans le cas du lynx en Suisse. D'après les résultats obtenus, la meilleure mé- thode pour prédire la distribution du lynx dans une zone alpine dépourvue d'indices de présence est de combiner des données provenant de régions contrastées (Alpes, Jura). Par contre, seules les données sur la présence locale de l'espèce doivent être utilisées pour les zones présentant une faible variance écologique tel que le Jura. La dispersion influence la dynamique et la stabilité des populations, la distribution et l'abondance des espèces et détermine les caractéristiques spatiales et temporelles des communautés vivantes et des écosystèmes. Entre 1988 et 2001, le comportement spatio-temporel de lynx eurasiens subadultes de deux populations réintroduites en Suisse a été étudié, basé sur le suivi de 39 individus juvéniles dont 24 étaient munis d'un collier émetteur, afin de déterminer les facteurs qui influencent la dispersion. Les subadultes se sont séparés de leur mère à l'âge de 8 à 11 mois. Le sexe n'a pas eu d'influence sur le nombre d'individus ayant dispersés et la distance parcourue au cours de la dispersion. Comparé à l'ours et au loup, le lynx reste très modéré dans ses mouvements de dispersion. Tous les individus ayant dispersés se sont établis à proximité ou dans des zones déjà occupées par des lynx. Les distances parcourues lors de la dispersion ont été plus courtes pour la population en phase de haute densité que celles relevées par les autres études de dispersion du lynx eurasien. Les zones d'habitat peu favorables et les barrières qui interrompent la connectivité entre les populations sont les principales entraves aux déplacements, lors de la dispersion. Dans un premier temps, nous avons fait l'hypothèse que les phases de haute densité favorisaient l'expansion des populations. Mais cette hypothèse a été infirmée par les résultats issus du suivi des lynx réalisé dans le nord-ouest des Alpes, où la population connaissait une phase de haute densité depuis 1995. Ce constat est important pour la conservation d'une population de carnivores dans un habitat fragmenté. Ainsi, instaurer une forte population source à un seul endroit n'est pas forcément la stratégie la plus judicieuse. Il est préférable d'établir des noyaux de populations dans des régions voisines où l'habitat est favorable. Des échanges entre des populations avoisinantes pourront avoir lieu par la suite car les lynx adultes sont plus enclins à franchir les barrières qui entravent leurs déplacements que les individus subadultes. Afin d'estimer la taille de la population de lynx dans le Jura et de déterminer les corridors potentiels entre cette région et les zones avoisinantes, un modèle d'habitat a été utilisé, basé sur un nouveau jeu de variables environnementales et extrapolé à l'ensemble du Jura. Le modèle prédit une population reproductrice de 74 à 101 individus et de 51 à 79 individus lorsque les surfaces d'habitat d'un seul tenant de moins de 50 km2 sont soustraites. Comme des corridors potentiels existent effectivement entre le Jura et les régions avoisinantes (Alpes, Vosges, et Forêt Noire), le Jura pourrait faire partie à l'avenir d'une métapopulation, lorsque les zones avoisinantes seront colonisées par l'espèce. La surveillance de la taille de la population, de son expansion spatiale et de sa structure génétique doit être maintenue car le statut de cette population est encore critique. L'AEN a également été utilisée pour prédire l'habitat favorable du lynx dans les Alpes. Le modèle qui en résulte divise les Alpes en 37 sous-unités d'habitat favorable dont la surface varie de 50 à 18'711 km2, pour une superficie totale de 93'600 km2. En utilisant le spectre des densités observées dans les études radio-télémétriques effectuées en Suisse, les Alpes pourraient accueillir une population de lynx résidents variant de 961 à 1'827 individus. Les résultats des analyses de connectivité montrent que les sous-unités d'habitat favorable se situent à des distances telles que le coût de la dispersion pour l'espèce est admissible. L'ensemble des Alpes pourrait donc un jour former une métapopulation. Mais l'expérience montre que très peu d'individus traverseront des habitats peu favorables et des barrières au cours de leur dispersion. Ce faible taux de migration rendra difficile toute nouvelle implantation de populations dans des zones inoccupées. Une solution alternative existe cependant : transférer artificiellement des individus d'une zone à l'autre. Les biologistes spécialistes de la faune sauvage peuvent jouer un rôle important et complémentaire pour les gestionnaires de la faune, en les aidant à mener des expériences de gestion par essai. Le cas du lynx en Suisse est un bel exemple d'une collaboration fructueuse entre biologistes de la faune sauvage, gestionnaires, organes décisionnaires et politiciens. Cette coopération a permis l'élaboration du Concept Lynx Suisse qui est entré en vigueur en 2000 et remis à jour en 2004. Ce plan donne des directives aux cantons pour appréhender la problématique du lynx. Il y a déjà eu des applications concrètes sur le terrain, notamment par des translocations d'individus dans des zones encore inoccupées.

Developmental changes in the heavy subunit of neurofilaments in the corpus callosum of the cat.

In the corpus callosum of the cat, the heavy subunit of neurofilaments (NFH) can be demonstrated with the monoclonal antibody NE14, as early as P11, not at P3, and only in a few axons. At P18-19 and more markedly at P29, many more callosal axons have become positive to NE14 and this is similar to what is found in the adult. In contrast, callosal axons become positive to the neurofilament antibody SMI-32 only between P29 and P39 and remain positive in the adult. Treatment with alkaline phosphatase prevents axonal staining with NE14, but results in SMI-32 staining of a few callosal axons as early as P11, but not at P3. Between P11 and P19 the number of axons stained with SMI-32 after alkaline phosphatase treatment increases, in parallel with that of axons stained with NE14. Thus NE14 appears to recognize a phosphorylated form of NFH, while SMI-32 appears to recognize an epitope of NFH which is either masked by phosphate or inaccessible until between P29 and P39, unless the tissue is treated with alkaline phosphatase. These two forms of NFH appear towards the end of the period of massive developmental elimination of callosal axons. They are also synchronous with changes in the spacing of neurofilaments quantified in a separate ultrastructural study. These cytoskeletal changes may terminate the juvenile-labile state of callosal axons and allow further axial growth of the axon.

T-Coffee: a web server for the multiple sequence alignment of protein and RNA sequences using structural information and homology extension.

This article introduces a new interface for T-Coffee, a consistency-based multiple sequence alignment program. This interface provides an easy and intuitive access to the most popular functionality of the package. These include the default T-Coffee mode for protein and nucleic acid sequences, the M-Coffee mode that allows combining the output of any other aligners, and template-based modes of T-Coffee that deliver high accuracy alignments while using structural or homology derived templates. These three available template modes are Expresso for the alignment of protein with a known 3D-Structure, R-Coffee to align RNA sequences with conserved secondary structures and PSI-Coffee to accurately align distantly related sequences using homology extension. The new server benefits from recent improvements of the T-Coffee algorithm and can align up to 150 sequences as long as 10,000 residues and is available from both http://www.tcoffee.org and its main mirror http://tcoffee.crg.cat.

World Library and Information Congress: 75th IFLA General Conference and Assembly.

L"edició del 2009 de la trobada de l"IFLA s"ha celebrat a Milà. La maquinària de l"organització va funcionar amb precisió per a aquest esdeveniment. Després d"anys de regularitat en les trobades per tot el món, l"IFLA funciona com un autòmat, una d"aquestes màquines perfectes, tant que podria continuar uncionant en les formes amb exemplar artifici. És un trobada singular, que aplega, a la vegada, la reunió de l"organització, un congrés mundial i una fira comercial; tot això amanit amb una ciutat diferent cada any i un finançament que depèn de la bona marxa de tot l"esdeveniment. En certa mesura, l"IFLA és un aparador de la professió, al qual assisteixen bibliotecaris de tot el món i de centenars d"institucions, amb tot el que suposa d"artificiositat en la representació d"entitats i promoció; un espai de reflexió, amb ponències i debats de molt variat interès que poden trobar-se, generalment, en altres esdeveniments; i una posada a punt dels treballs de tots els comitès, que tenen un complex desenvolupament previ i una àrdua tasca desenvolupada amb generositat per tots els participants.

Blanc sota negre. Treballs des de l'imperceptible / 3. Freya Powell: I'll smile and I'm not sad. I altres passats presents

Les instal·lacions de vídeo de la primera exposició de Freya Powell a Barcelona conviden a una meditació dels vincles entre la memòria i l'arxiu, l'enregistrament, el repertori i les traces de la Història. En aquesta exposició es tensa un fil entre la memòria dels condemnats a mort nordamericans, la memòria de la Segona Guerra Mundial, la de l'artista pròpia i els diferents mapes del món sota la història colonial. És un fil que pregunta pel nostre vincle no només amb les veus i les paraules arxivades, sinó amb aquelles que volem recollir i rebre.

Palvelutoimittajan kyvykkyyden arviointimalli CAT- Palvelutoimittajan kehittäminen osana hankintamenetelmää

Suorituskyvyn mittaamista on tehty jo kauan yrityksissä. Nyt tämä suuntaus on löytämässä tiensä myös julkiselle sektorille, jossa palvelutoimittajien kyvykkyyden ja suorituskyvyn mittaamista on alettu suunnittelemaan ja laajamittaisemminkin. Toistaiseksi julkisella sektorilla ei ole tutkittu palvelutoimittajankyvykkyyden mittaamista. Tämän tutkimuksen tavoitteena oli antaa Tiehallinnolletoimittajavalinnan ja toimittajan kehittämisen työkalu, kyvykkyyden arviointimalli. Tavoitteena oli antaa myös kattava teoriakatsaus toimittajavalinnasta ja - kehittämisestä. Tutkimuksen teoreettinen osa keskittyy toimittajavalintaan infra-alalla, julkiseen hankintalainsäädäntöön ja toimittajan kehittämiseen. Empiirisessä osassa keskityttiin palvelutoimittajan kyvykkyyden arviointimalliin, CAT:iin, sen kykytekijöihin ja indikaattoreihin sekä mallin modifiointiin. Tiehallinnon malli on pitkälti samansisältöinen kuin Highways Agencyn malli, joskin selkeämpi ja lyhempi. Yksi kykytekijä, toiminnan laatu, lisättiin tässä työssä olevaan arviointimalliin.

Absorption and pharmacokinetics of grapefruit flavanones in beagles

The present study evaluated the pharmacokinetics of three different grapefruit flavanone forms in dog plasma and demonstrated their absorption after an oral intake of a grapefruit extract; pharmacokinetic parameters of these forms were also determined. Ten healthy beagles were administered 70 mg citrus flavonoids as a grapefruit extract contained in capsules, while two additional dogs were used as controls and given an excipient. The grapefruit flavanone naringin, along with its metabolites naringenin and naringenin glucuronide, was detected in dog plasma. Blood samples were collected between 0 and 24 h after administration of the extract. Naringin reached its maximun plasma concentration at around 80 min, whereas naringenin and naringenin glucuronide reached their maximun plasma concentrations at around 20 and 30 min, respectively. Maximum plasma concentrations of naringin, naringenin and naringenin glucuronide (medians and ranges) were 0·24 (0·05 2·08), 0·021 (0·001 0·3) and 0·09 (0·034 0·12) mmol/l, respectively. The areas under the curves were 23·16 l (14·04 70·62) min £ mmol/for nariningin, 1·78 (0·09 4·95) min £ mmol/l for naringenin and 22·5 (2·74 99·23) min £ mmol/l for naringenin glucuronide. The median and range values for mean residence time were 3·3 (1·5 9·3), 2·8 (0·8 11·2) and 8·0 (2·3 13·1) h for naringin, naringenin and naringenin glucuronide, respectively. The results of the present study demonstrate the absorption of grapefruit flavanones via the presence of their metabolites in plasma, thus making an important contribution to the field since the biological activities ascribed to these compounds rely on their specific forms of absorption.

Absorption and pharmacokinetics of green tea catechins in beagles

The present study evaluates for the first time in dogs, the kinetics of green tea catechins and their metabolic forms in plasma and urine. Ten beagles were administered 173 mg (12·35 mg/kg body weight) of catechins as a green tea extract, in capsules. Blood samples were collected during 24 h after intake and urine samples were collected during the following periods of time: 02, 26, 68 and 824 h. Two catechins with a galloyl moiety and three conjugated metabolites were detected in plasma. Most of the detected forms in plasma reached their maximum plasma concentration (Cmax) at around 1 h. Median Cmax for (2)-epigallocatechin-3-gallate (EGCG), (2)-epicatechin-3-gallate (ECG), (2)-epigallocatechin glucuronide (EGCglucuronide), (2)-epicatechin glucuronide (EC-glucuronide), (2)-epicatechin sulphate (EC sulphate) were 0·3 (range 0·11·9), 0·1 (range 00·4), 0·8 (range 0·23·9), 0·2 (range 0·1 1·7) and 1 (range 0·33·4) mmol/l, respectively. The areas under the plasma concentration v. time curves (AUC0!24) were 427 (range 1021185) mmol/l £ min for EGC-glucuronide, 112 (range 53919) mmol/l £ min for EC-sulphate, 71 (range 26306) mmol/l £ min for EGCG, 40 (range 12258) mmol/l £ min for EC-glucuronide and 14 (range 0·1124) mmol/l £ min for ECG. The values of mean residence time (MRT0!24) were 5 (range 216), 2 (range 111), 10 (range 213), 3 (range 216) and 2·4 (range 118) h for EGCG, ECG, EGC-glucuronide, EC-glucuronide and EC sulphate, respectively. In urine, catechins were present as conjugated forms, suggesting bile excretion of EGCG and ECG. Green tea catechins are absorbed following an oral administration and EGC-glucuronide is the metabolic form that remains in the organism for a longer period of time, suggesting that this compound could suffer an enterohepatic cycle.

Absorption and pharmacokinetics of grapefruit flavanones in beagles

The present study evaluated the pharmacokinetics of three different grapefruit flavanone forms in dog plasma and demonstrated their absorption after an oral intake of a grapefruit extract; pharmacokinetic parameters of these forms were also determined. Ten healthy beagles were administered 70 mg citrus flavonoids as a grapefruit extract contained in capsules, while two additional dogs were used as controls and given an excipient. The grapefruit flavanone naringin, along with its metabolites naringenin and naringenin glucuronide, was detected in dog plasma. Blood samples were collected between 0 and 24 h after administration of the extract. Naringin reached its maximun plasma concentration at around 80 min, whereas naringenin and naringenin glucuronide reached their maximun plasma concentrations at around 20 and 30 min, respectively. Maximum plasma concentrations of naringin, naringenin and naringenin glucuronide (medians and ranges) were 0·24 (0·05 2·08), 0·021 (0·001 0·3) and 0·09 (0·034 0·12) mmol/l, respectively. The areas under the curves were 23·16 l (14·04 70·62) min £ mmol/for nariningin, 1·78 (0·09 4·95) min £ mmol/l for naringenin and 22·5 (2·74 99·23) min £ mmol/l for naringenin glucuronide. The median and range values for mean residence time were 3·3 (1·5 9·3), 2·8 (0·8 11·2) and 8·0 (2·3 13·1) h for naringin, naringenin and naringenin glucuronide, respectively. The results of the present study demonstrate the absorption of grapefruit flavanones via the presence of their metabolites in plasma, thus making an important contribution to the field since the biological activities ascribed to these compounds rely on their specific forms of absorption.

Biblio-MetReS: A bibliometric network reconstruction application and server

Background: Reconstruction of genes and/or protein networks from automated analysis of the literature is one of the current targets of text mining in biomedical research. Some user-friendly tools already perform this analysis on precompiled databases of abstracts of scientific papers. Other tools allow expert users to elaborate and analyze the full content of a corpus of scientific documents. However, to our knowledge, no user friendly tool that simultaneously analyzes the latest set of scientific documents available on line and reconstructs the set of genes referenced in those documents is available. Results: This article presents such a tool, Biblio-MetReS, and compares its functioning and results to those of other user-friendly applications (iHOP, STRING) that are widely used. Under similar conditions, Biblio-MetReS creates networks that are comparable to those of other user friendly tools. Furthermore, analysis of full text documents provides more complete reconstructions than those that result from using only the abstract of the document. Conclusions: Literature-based automated network reconstruction is still far from providing complete reconstructions of molecular networks. However, its value as an auxiliary tool is high and it will increase as standards for reporting biological entities and relationships become more widely accepted and enforced. Biblio- MetReS is an application that can be downloaded from http://metres.udl.cat/. It provides an easy to use environment for researchers to reconstruct their networks of interest from an always up to date set of scientific documents.

T-Coffee: a web server for the multiple sequence alignment of protein and RNA sequences using structural information and homology extension

This article introduces a new interface for T-Coffee, a consistency-based multiple sequence alignment program. This interface provides an easy and intuitive access to the most popular functionality of the package. These include the default T-Coffee mode for protein and nucleic acid sequences, the M-Coffee mode that allows combining the output of any other aligners, and template-based modes of T-Coffee that deliver high accuracy alignments while using structural or homology derived templates. These three available template modes are Expresso for the alignment of protein with a known 3D-Structure, R-Coffee to align RNA sequences with conserved secondary structures and PSI-Coffee to accurately align distantly related sequences using homology extension. The new server benefits from recent improvements of the T-Coffee algorithm and can align up to 150 sequences as long as 10 000 residues and is available from both http://www.tcoffee.org and its main mirror http://tcoffee.crg.cat.