Epigenetic phenotypes distinguish microsatellite-stable and -unstable colorectal cancers

Aberrant DNA methylation is a common phenomenon in human cancer, but its patterns, causes, and consequences are poorly defined. Promoter methylation of the DNA mismatch repair gene MutL homologue (MLH1) has been implicated in the subset of colorectal cancers that shows microsatellite instability (MSI). The present analysis of four MspI/HpaII sites at the MLH1 promoter region in a series of 89 sporadic colorectal cancers revealed two main methylation patterns that closely correlated with the MSI status of the tumors. These sites were hypermethylated in tumor tissue relative to normal mucosa in most MSI(+) cases (31/51, 61%). By contrast, in the majority of MSI(−) cases (20/38, 53%) the same sites showed methylation in normal mucosa and hypomethylation in tumor tissue. Hypermethylation displayed a direct correlation with increasing age and proximal location in the bowel and was accompanied by immunohistochemically documented loss of MLH1 protein both in tumors and in normal tissue. Similar patterns of methylation were observed in the promoter region of the calcitonin gene that does not have a known functional role in tumorigenesis. We propose a model of carcinogenesis where different epigenetic phenotypes distinguish the colonic mucosa in individuals who develop MSI(+) and MSI(−) tumors. These phenotypes may underlie the different developmental pathways that are known to occur in these tumors.

Urinary Biomarkers Indicative of Apoptosis and Acute Kidney Injury in the Critically Ill.

BACKGROUND Apoptosis is a key mechanism involved in ischemic acute kidney injury (AKI), but its role in septic AKI is controversial. Biomarkers indicative of apoptosis could potentially detect developing AKI prior to its clinical diagnosis. METHODS As a part of the multicenter, observational FINNAKI study, we performed a pilot study among critically ill patients who developed AKI (n = 30) matched to critically ill patients without AKI (n = 30). We explored the urine and plasma levels of cytokeratin-18 neoepitope M30 (CK-18 M30), cell-free DNA, and heat shock protein 70 (HSP70) at intensive care unit (ICU) admission and 24h thereafter, before the clinical diagnosis of AKI defined by the Kidney Disease: Improving Global Outcomes -creatinine and urine output criteria. Furthermore, we performed a validation study in 197 consecutive patients in the FINNAKI cohort and analyzed the urine sample at ICU admission for CK-18 M30 levels. RESULTS In the pilot study, the urine or plasma levels of measured biomarkers at ICU admission, at 24h, or their maximum value did not differ significantly between AKI and non-AKI patients. Among 20 AKI patients without severe sepsis, the urine CK-18 M30 levels were significantly higher at 24h (median 116.0, IQR [32.3-233.0] U/L) than among those 20 patients who did not develop AKI (46.0 [0.0-54.0] U/L), P = 0.020. Neither urine cell-free DNA nor HSP70 levels significantly differed between AKI and non-AKI patients regardless of the presence of severe sepsis. In the validation study, urine CK-18 M30 level at ICU admission was not significantly higher among patients developing AKI compared to non-AKI patients regardless of the presence of severe sepsis or CKD. CONCLUSIONS Our findings do not support that apoptosis detected with CK-18 M30 level would be useful in assessing the development of AKI in the critically ill. Urine HSP or cell-free DNA levels did not differ between AKI and non-AKI patients.

Plasma Heme Oxygenase-1 in Patients Resuscitated from out-of-Hospital Cardiac Arrest

Heme oxygenase-1 (HO-1) is an enzyme induced by hypoxia and reperfusion injury, and is associated with organ dysfunction in critically ill patients. Patients resuscitated from out-of-hospital cardiac arrest (OHCA) are subjected to hypoxemia, brain injury, and organ dysfunction. Accordingly, we studied HO-1 among these patients. A total of 143 OHCA patients resuscitated from a shockable initial rhythm and admitted to an ICU were included, with plasma HO-1 measured at ICU admission and at 24 h. We analyzed the associations between plasma HO-1 and time to return of spontaneous circulation (ROSC), 90-day mortality, and 12-month Cerebral Performance Category (CPC). HO-1 plasma concentrations were higher after OHCA compared with controls. HO-1 concentrations at admission and on day 1 associated with ROSC (P = 0.002 to P = 0.003). Admission and day 1 HO-1 plasma concentrations were higher in 90-day non-survivors than in survivors (P = 0.017, 0.026). In addition, poor neurological outcome (CPC 3-5) was associated with higher HO-1 plasma levels at admission (P = 0.024). Admission plasma HO-1 levels had an AUC of 0.623 to predict 90-day mortality and an AUC of 0.611 to predict CPC 3 to 5. In conclusion, we found that higher HO-1 plasma levels are associated with longer ROSC and poor long-term outcome.

(Table 1) Stable oxygen and carbon isotopic ratios of tree rings, and tree ring width of white spruce (Picea glauca), Ennadai Lake

Stable isotope ratios from tree rings and peatland mosses have become important proxies of past climate variations. We here compare recent stable carbon and oxygen isotope ratios in cellulose of tree rings from white spruce (Picea glauca), growing near the arctic tree line; and cellulose of Sphagnum fuscum stems, growing in a hummock of a subarctic peatland, in west-central Canada. Results show that carbon isotopes in S. fuscum correlate significantly with July temperatures over the past ~20 yr. The oxygen isotopes correlate with both summer temperature and precipitation. Analyses of the tree-ring isotopes revealed summer temperatures to be the main controlling factor for carbon isotope variations, whereas tree-ring oxygen isotope ratios are controlled by a combination of spring temperatures and precipitation totals. We also explore the potential of combining high-frequency (annual) climate signals derived from long tree-ring series with low-frequency (decadal to centennial) climate signals derived from the moss remains in peat deposits. This cross-archive comparison revealed no association between the oxygen isotopes, which likely results from the varying sensitivity of the archives to different seasons. For the carbon isotopes, common variance could be achieved through adjustments of the Sphagnum age model within dating error.

Teiskon maiseman- ja luonnonhoidon yleissuunnitelma

Perinteisen karjatalouden muovaamat perinnebiotoopit, kuten kedot, niityt, hakamaat ja metsälaitumet, ovat monimuotoisimpia luontoympäristöjämme. Hoidon myötä arvokkaat maisemat säilyvät avoimina. Härkää sarvista on ylimaakunnallinen hanke, jonka tavoitteena on arvokkaiden kohteiden laidunnushoidon järjestäminen. Tampereen Teisko on valittu yhdeksi hankkeen kohdealueista, joille on laadittu maiseman- ja luonnonhoidon yleissuunnitelma. Yleissuunnitelmassa ovat mukana arvokkaat perinnebiotoopit, jotka on inventoitu 1990-luvulla. Lisäksi mukaan on valittu kohteita, jotka ovat lajistoltaan monimuotoisia, riittävän suuria laidunnuskohteiksi tai sijaitsevat maisemallisesti keskeisillä paikoilla. Suunnitelma sisältää tietoa hoitomenetelmistä ja rahoitusmahdollisuuksista, ja niistä on myös tiedotettu suunnittelun aikana. Tavoitteena on saada kohteita hoidon piiriin, innostaa maanomistajia ja löytää kohteille hoitajiksi karjatilallisia ja paikallisia yhdistyksiä. Mahdolliset hoitotoimenpiteet perustuvat täysin vapaaehtoisuuteen. Hankkeen puitteissa voidaan avustaa kohteiden hoidon suunnittelussa ja rahoitusten hakemisessa. Yleissuunnittelun maastotyöt ja tiedotus toteutettiin kesän ja syksyn 2010 aikana. Härkää sarvista- hankkeen toiminta-aika on 1.6.2009–31.5.2012. Hanketta toteuttavat Keski-Suomen, Pirkanmaan, Etelä-Pohjanmaan ja Etelä-Savon ELY-keskukset sekä alueelliset ProAgriat.

Finnish Preclinical and Clinical Medical Students as Strategic L2 English Learners: Language Learning Strategies and Communicating with Patients

This thesis focused on medical students’ language learning strategies for patient encounters. The research questions concerned the types of learning strategies that medical students use and the differences between the preclinical students and the clinical students, two groups who have had varying amounts of experience with patients. Additionally, strategy use was examined through activity systems to gain information on the context of language learning strategy use in order to learn language for patient encounters. In total, 130 first-year medical students (preclinical) and 39 fifth-year medical students (clinical) participated in the study by filling in a questionnaire on language learning strategies. In addition, two students were interviewed in order to create activity systems for the medical students at different stages of their studies. The study utilised both quantitative and qualitative research methods; the analysis of the results relies on Oxford’s Strategic Self-Regulation Model in the quantitative part and on activity theory in the qualitative part. The theoretical sections of the study introduced earlier research and theories regarding English for specific purposes, language learning strategies and activity theory. The results indicated that the medical students use affective, sociocultural-interactive and metasociocultural-interactive strategies often and avoid using negative strategies, which hinder language learning or cease communication altogether. Slight differences between the preclinical and clinical students were found, as clinical students appear to use affective and metasociocultural-interactive strategies more frequently compared to the preclinical students. The activity systems of the two students interviewed were rather similar. The students were at different stages of their studies, but their opinions were very similar. Both reported the object of learning to be mutual understanding between the patient and the doctor, which in part explains the preference for strategies that support communication and interaction. The results indicate that the nature of patient encounters affects the strategy use of the medical students at least to some extent.

Permanent Public Access for Citizens - Finnish Government Publications on a Repository Platform

Poster presented at Open Repositories 2016 in Dublin, Ireland, June 14, 2016

”REHTORI JA PÄIVÄKODIN JOHTAJA Yhtäläisyyksiä vai eroja?”

Tutkimuksen aiheena oli rehtoreiden ja päiväkodin johtajien työnkuvat ja työssä koettu kuormittavuus. Tutkimuksen tavoitteena oli selvittää päiväkodin johtajien ja rehtoreiden työnkuvan yhtäläisyyksiä ja eroja. Lisäksi tutkimme, mikä vie johtajan työpäivässä eniten aikaa. Tutkimuksessa päiväkodin johtajien ja rehtoreiden työtehtävät on jaoteltu kolmeen erilaiseen työtehtävään: hallinnolliset työt, taloushallinnon työt ja yleishallinnon työt. Tutkimus on tehty survey-tutkimuksena. Tutkimusta varten laadimme kyselyn, johon vastasi 61 johtajaa. Vastaajista 34 oli päiväkodin johtajia ja rehtoreita 27. Kyselyyn osallistuneilta ei kysytty henkilötietoja, joten otanta on hyvin sattumanvarainen. Kysely teetettiin Webropol- kyselynä ja julkaistiin eri yhteisöissä sosiaalisessa mediassa. Kyselyn tulokset koottiin diagrammeihin ja avoimet vastaukset teemoiteltiin. Rehtorien ja päiväkodin johtajien työtä vertaillessa rehtorit vastasivat tekevänsä laajempaa työtä. Rehtoreille kuului prosentuaalisesti enemmän tehtäviä kuin päiväkodin johtajille. Suurin ero työssä oli palkkauksessa ja henkilöstöhallinnon tehtävissä. Eniten kuormittavinta johtajan työssä oli kiire, ajan riittämättömyys ja henkilöstön asioiden selvittäminen. Tuloksissa tuli esille myös ammatin positiivinen puoli. Vaikka työ on haastavaa ja kuormittavaa, se on silti innostavaa ja mielenkiintoista. Tämän tutkimuksen tuloksia ei voida yleistää, mutta tulokset antavat viitteitä siitä, että johtajuus koetaan haastavana ammattina. Johtajien vastausten perusteella rehtoreiden ja päiväkodin johtajien työnkuvat poikkeavat hieman. Rehtoreilla työtehtäviä oli hieman enemmän kuin päiväkodin johtajilla. Tulokset ovat yhtenäisessä linjassa aikaisempien tutkimusten kanssa.

Seksuaalivähemmistöihin kuuluvat opettajat heteronormatiivisuutta murtamassa

Tämän tutkimuksen tarkoituksena oli ottaa selvää seksuaalivähemmistöihin kuuluvien opettajien kokemuksista kouluyhteisöissä. Keskeisimpiä tutkittavia asioita olivat, ovatko seksuaalivähemmistöihin kuuluvat opettajat avoimia seksuaalisesta suuntautumisestaan, miten kollegat, esimiehet, oppilaat ja vanhemmat ovat haastateltavien mielestä asiaan suhtautuneet ja pyrkivätkö seksuaalivähemmistöihin kuuluvat opettajat horjuttamaan heteronormatiivista koulumaailmaa. Tutkimus on luonteeltaan laadullinen, ja sen aineisto hankittiin teemahaastattelujen avulla. Haastattelujoukko koostuu 11 eri-ikäisestä ja eri puolella Suomea opettavista seksuaalivähemmistöihin kuuluvista opettajista. Tutkimusaineisto analysoitiin sisällönanalyysin keinoin teemoittelemalla. Tutkimuksen kaikki haastateltavat olivat avoimia seksuaalisesta suuntautumisestaan kollegoilleen. Rehtorille kertomista harkittiin enemmän, ja vain muutama opettaja oli kertonut asiasta oppilailleen. Pääosin opettajat olivat kohdanneet neutraaleja tai positiivisia reaktioita asian kertomisen yhteydessä. Suurin syy, miksi oppilaille haluttiin olla avoimia tai ainakin mietittiin avoimempaa linjaa, oli heteronormatiivisuuden murtaminen sekä halu tarjota roolimalli seksuaalivähemmistöihin kuuluville nuorille. Tutkimuksen tavoitteena on nostaa aihe tietoisen pohdinnan alaisuuteen ja sitä kautta parantaa seksuaalivähemmistöihin kuuluvien opettajien ja oppilaiden hyvinvointia. Vastauksissa nousi esille, että opettajankoulutus ei tarjoa tietoa asian käsittelemiseen. Tuloksia voidaankin hyödyntää myös opettajankoulutuksen sisältöjen päivittämisessä.