Les impacts de la dispersion historique sur la variabilité génétique à différentes échelles spatiales : connaître l'histoire pour mieux comprendre le présent.

La variabilité génétique actuelle est influencée par une combinaison complexe de variables historiques et contemporaines. Dès lors, une interprétation juste de l’impact des processus actuels nécessite une compréhension profonde des processus historiques ayant influencé la variabilité génétique. En se basant sur la prémisse que des populations proches devraient partager une histoire commune récente, nombreuses études, effectuées à petite échelle spatiale, ne prennent pas en considération l’effet potentiel des processus historiques. Cette thèse avait pour but de vérifier la validité de cette prémisse en estimant l’effet de la dispersion historique à grande et à petite échelle spatiale. Le premier volet de cette thèse avait pour but d’évaluer l’impact de la dispersion historique sur la répartition des organismes à grande échelle spatiale. Pour ce faire, les moules d’eau douce du genre flotteurs (Pyganodon spp.) ont servies de modèle biologique. Les moules d'eau douce se dispersent principalement au stade larvaire en tant que parasites des poissons. Une série de modèles nuls ont été développés pour évaluer la co-occurrence entre des parasites et leurs hôtes potenitels. Les associations distinctes du flotteur de Terre-Neuve (P. fragilis) avec des espèces de poissons euryhalins permettent d’expliquer sa répartition. Ces associations distinctes ont également pu favoriser la différenciation entre le flotteur de Terre-Neuve et son taxon soeur : le flotteur de l’Est (P. cataracta). Cette étude a démontré les effets des associations biologiques historiques sur les répartitions à grande échelle spatiale. Le second volet de cette thèse avait pour but d’évaluer l’impact de la dispersion historique sur la variabilité génétique, à petite échelle spatiale. Cette fois, différentes populations de crapet de roche (Ambloplites rupestris) et de crapet soleil (Lepomis gibbosus), dans des drainages adjacents ont servies de modèle biologique. Les différences frappantes observées entre les deux espèces suggèrent des patrons de colonisation opposés. La faible diversité génétique observée en amont des drainages et la forte différenciation observée entre les drainages pour les populations de crapet de roche suggèrent que cette espèce aurait colonisé les drainages à partir d'une source en aval. Au contraire, la faible différenciation et la forte diversité génétique observées en amont des drainages pour les populations de crapet soleil suggèrent une colonisation depuis l’amont, induisant du même coup un faux signal de flux génique entre les drainages. La présente étude a démontré que la dispersion historique peut entraver la capacité d'estimer la connectivité actuelle, à petite échelle spatiale, invalidant ainsi la prémisse testée dans cette thèse. Les impacts des processus historiques sur la variabilité génétique ne sont pas faciles à démontrer. Le troisième volet de cette thèse avait pour but de développer une méthode permettant de les détecter. La méthode proposée est très souple et favorise la comparaison entre la variabilité génétique et plusieurs hypothèses de dispersion. La méthode pourrait donc être utilisée pour comparer des hypothèses de dispersion basées sur le paysage historique et sur le paysage actuel et ainsi permettre l’évaluation des impacts historiques et contemporains sur la variabilité génétique. Les performances de la méthode sont présentées pour plusieurs scénarios de simulations, d’une complexité croissante. Malgré un impact de la différentiation globale, du nombre d’individus ou du nombre de loci échantillonné, la méthode apparaît hautement efficace. Afin d’illustrer le potentiel de la méthode, deux jeux de données empiriques très contrastés, publiés précédemment, ont été ré analysés. Cette thèse a démontré les impacts de la dispersion historique sur la variabilité génétique à différentes échelles spatiales. Les effets historiques potentiels doivent être pris en considération avant d’évaluer les impacts des processus écologiques sur la variabilité génétique. Bref, il faut intégrer l’évolution à l’écologie.

Modernité, pouvoirs et droit

Formée tout à la fois en droit et en science politique, Andrée Lajoie manifeste dans l’ensemble de son œuvre une attention soutenue et singulière aux pouvoirs et aux rapports de pouvoir, et par conséquent aux jeux de pouvoir qui accompagnent aussi bien la production du droit que son instrumentalisation et les différents modes de mobilisation auxquels il se prête. Ses analyses empiriques des décisions de la Cour suprême du Canada, par exemple, mettent en lumière la puissance surdéterminante des idéologies dominantes, lorsque le tribunal doit prendre position dans des causes impliquant les droits de minorités, qu’il s’agisse des gais et lesbiennes, des Amérindiens canadiens, des femmes ou du Québec. L’intérêt qu’elle a porté aux problèmes de gouvernance dans les communautés autochtones du Québec surgissait d’une même perception de la fabrique sociale faite des déséquilibres et des disparités dans l’accès aux commandes décisionnelles dans ces sociétés, comme dans tout autre d’ailleurs.

L’orientation mentale maternelle : relation avec le développement du langage et de la théorie de l’esprit chez les enfants de 2 à 4 ans

L’étude de l’orientation mentale (OM), soit l’habileté des parents à concevoir et à traiter leur enfant comme un individu disposant d’une vie mentale autonome et active (Meins, 1997), a gagné en intérêt grâce à la démonstration de ses associations avec plusieurs sphères du développement de l’enfant, entre autres avec le style d’acquisition linguistique chez les enfants de 20 mois ainsi que le développement de la théorie de l’esprit chez les enfants d’âge préscolaire (p. ex., Meins & Fernyhough, 1999). En dépit de ces résultats, l’étude du développement du vocabulaire et des stades initiaux de la théorie de l’esprit chez les enfants a été négligée dans cette littérature. La présente thèse est composée de trois articles empiriques et vise à combler certaines lacunes de la littérature actuelle. Le premier article vise à examiner les liens longitudinaux entre l’OM maternelle et le vocabulaire expressif chez les enfants de 2 ans. Les deuxième et troisième articles ont pour but d’évaluer les relations longitudinales entre l’OM maternelle, la sécurité d’attachement des enfants et les toutes premières articulations de la théorie de l’esprit chez les enfants de 2 ans, puis 2 ans plus tard, avec la théorie de l’esprit chez les enfants de 4 ans. Les données des trois articles proviennent de cinq visites effectuées au domicile de 84 dyades mère-enfant. À 12 mois, l’OM maternelle a été mesurée lors de jeux libres mère-enfant à l’aide du système de codification de Meins et al. (2001). À 15 mois, la sécurité d’attachement de l’enfant a été mesurée par un observateur avec le Q-Sort d’attachement (Waters & Deane, 1985). À 2 ans, les mères ont évalué le langage de leur enfant à l’aide des inventaires MacArthur du développement de la communication (Dionne, Tremblay, Boivin, Laplante, & Pérusse, 2003). Finalement, la théorie de l’esprit de l’enfant a été mesurée à 2 et 4 ans à l’aide de diverses tâches expérimentales (Carlson, Mandell, & Williams, 2004). Les résultats du premier article indiquent que l’OM maternelle est associée au développement du vocabulaire expressif des enfants de 2 ans. Les résultats des deuxième et troisième articles indiquent que la compréhension des enfants de 2 et 4 ans aux tâches de théorie de l’esprit est associée à l’OM maternelle. De plus, ces deux articles ont démontré que les garçons, mais pas les filles, présentant des comportements d’attachement davantage sécures ont obtenu de meilleures performances à une tâche demandant la compréhension des perspectives visuelles de leur mère à 2 ans et de celles d’une étrangère à 4 ans. En conclusion, les résultats de la thèse suggèrent que l’utilisation que les mères font de commentaires mentaux à 12 mois semble favoriser l’acquisition de mots dans le vocabulaire expressif de leur enfant à 2 ans ainsi que le développement d’une meilleure compréhension aux tâches de théorie de l’esprit à 2 et 4 ans.

La relation d’activation père-enfant, les problèmes intériorisés et l’anxiété chez les enfants d’âge préscolaire.

La relation d’activation père-enfant est une nouvelle théorisation du lien d’attachement au père faisant référence au pôle exploration. Cette relation se développe dès la deuxième année de l’enfant et principalement à travers les jeux physiques. La relation d’activation met prioritairement l’accent sur l’ouverture au monde et permet alors de répondre avant tout au besoin de l’enfant d’être stimulé et de se surpasser, venant compléter ses besoins de sécurité premiers. L’objectif de la présente thèse est d’étudier les liens entre la relation d’activation au père et le développement socio-affectif des enfants à l’âge préscolaire, plus précisément en matière de problèmes intériorisés (PI) et d’anxiété. Deux articles empiriques composent cette thèse. Le premier a été réalisé avec un échantillon de convenance composé de 51 dyades père-enfant. Les analyses démontrent les liens anticipés entre la sous-activation et les PI : les enfants sous-activés ont significativement plus de PI que les enfants activés. Également, l’association initialement observée entre le score d’activation et les PI reste significative même après avoir contrôlé pour certaines variables comme le sexe et le tempérament de l’enfant ainsi que les comportements parentaux. Plus les enfants étaient activés positivement dans leur relation avec leur père, moins ils présentaient de PI. Enfin, l’exploration des liens entre la relation d’activation et les sous-échelles des PI a révélé un lien unique avec l’anxiété. Le deuxième article a été réalisé avec 49 familles issues d’une population clinique (c.-à-d. service de pédopsychiatrie). Il est le premier à mettre en lien l’activation au père, l’attachement à la mère et l’anxiété chez l’enfant d’âge préscolaire. Les analyses confirment les résultats déjà existants en matière d’attachement mère-enfant et d’anxiété; ce sont les enfants insécurisés, plus précisément les enfants insécurisés-ambivalents et insécurisés-désorganisés-contrôlants du sous-type caregiving qui présentent le plus d’anxiété. Les hypothèses concernant les liens entre l’anxiété et l’activation ne sont quant à elles pas confirmées. Enfin, un effet de modération de la relation d’activation père-enfant est mis en évidence sur l’association entre l’attachement à la mère et l’anxiété chez l’enfant; la relation d’activation peut être considérée comme un facteur de protection ou de risque. Les résultats de la présente thèse sont discutés à la lumière de la théorie de l’attachement et de deux modèles étiologiques de l’anxiété (c.-à-d. modèle de psychopathologie développementale et modèle évolutionniste). Cette thèse pourrait mener au développement de programmes de prévention et d’intervention qui prendraient en considération les deux figures parentales.

Histoire formelle du jeu d’aventure sur ordinateur (le cas de l’Amérique du Nord de 1976-1999)

Cette étude s’intéresse à l’évolution formelle du jeu d’aventure de 1976 à 1999. Elle se propose de mieux comprendre les facteurs historiques contribuant à l’apparition du genre, son institution et ses transformations. La recherche est fondée sur l’analyse du discours de la presse spécialisée en jeux d’ordinateur et d’un corpus étendu d’œuvres. L’une des thèses proposées est que l’identité générique du jeu d’aventure est fondée sur une expérience vidéoludique demeurant relativement constante malgré des variations importantes de formes. Cette expérience est assurée par la reproduction des principaux éléments d’une architecture générale de design de jeu inaugurée par Adventure en 1977. Les variations formelles ponctuelles résultent d’une négociation entre la volonté de s’adapter aux changements de contexte de l’écologie du jeu d’ordinateur et la résistance d’une architecture ludique établie. La pertinence d’une histoire d’un genre vidéoludique est justifiée au premier chapitre en fonction de l’état actuel des connaissances sur l’histoire du jeu vidéo et du jeu d’aventure. On y précise également le cadre théorique, la méthodologie et les sources étudiées. Le deuxième chapitre s’intéresse à la genèse d’Adventure de Crowther et Woods (1976; 1977) en fonction des diverses pratiques culturelles dans lesquelles l’œuvre s’inscrit. Cette analyse permet d’en dégager l’architecture ludique. Le troisième chapitre porte sur le « tournant narratif » du jeu d’aventure ayant lieu au début des années 1980. On y décrit différents facteurs historiques poussant le genre vers l’enchâssement d’histoires pré-écrites afin d’en faire un véhicule narratif. Le quatrième chapitre décrit le contexte du « tournant graphique », passage du jeu d’aventure d’une représentation textuelle à un régime visuel, ainsi que ses conséquences expérientielles. Le « tournant ergonomique » décrit au cinquième chapitre traite de l’apparition du modèle « pointer et cliquer » en fonction des avancées des connaissances concernant les interactions humain-machine ainsi que de la maturation du design de jeu comme pratique autonome. Le dernier chapitre relate l’apogée du jeu d’aventure au début de la révolution multimédia sous ses formes de film interactif et « Myst-like » puis du ralentissement – voire de l’arrêt – de son évolution formelle.

Les biens communs sans tragédie : effets de la pression sociale et des convictions

Pourquoi faire un effort pour la communauté sans rien recevoir en retour? C’est habituellement par conviction ou pour répondre à une norme sociale. En s’intéressant au problème du recyclage, nous définissons un modèle de comportement qui intègre ces deux facteurs. Nous déterminons sous quelles conditions un individu décide d’agir bénévolement, puis nous étudions comment ce comportement se propage dans la population. Cela nous permet de déduire comment un gouvernement doit pondérer ses efforts entre la publicité et la consigne pour tendre vers un taux de recyclage parfait au coût minimal. Nous prouvons aussi que dans certaines circonstances, il est préférable de ne pas encourager la participation au bien public. En effet, à mesure que plus de gens y participent, des tensions sociales émergent entre ceux qui font un effort et ceux qui n’en font pas. Celles-ci peuvent être assez fortes pour contrebalancer les bénéfices attendus du bien public

Un outil d’évaluation neurocognitive des interactions humain-machine

De plus en plus de recherches sur les Interactions Humain-Machine (IHM) tentent d’effectuer des analyses fines de l’interaction afin de faire ressortir ce qui influence les comportements des utilisateurs. Tant au niveau de l’évaluation de la performance que de l’expérience des utilisateurs, on note qu’une attention particulière est maintenant portée aux réactions émotionnelles et cognitives lors de l’interaction. Les approches qualitatives standards sont limitées, car elles se fondent sur l’observation et des entrevues après l’interaction, limitant ainsi la précision du diagnostic. L’expérience utilisateur et les réactions émotionnelles étant de nature hautement dynamique et contextualisée, les approches d’évaluation doivent l’être de même afin de permettre un diagnostic précis de l’interaction. Cette thèse présente une approche d’évaluation quantitative et dynamique qui permet de contextualiser les réactions des utilisateurs afin d’en identifier les antécédents dans l’interaction avec un système. Pour ce faire, ce travail s’articule autour de trois axes. 1) La reconnaissance automatique des buts et de la structure de tâches de l’utilisateur, à l’aide de mesures oculométriques et d’activité dans l’environnement par apprentissage machine. 2) L’inférence de construits psychologiques (activation, valence émotionnelle et charge cognitive) via l’analyse des signaux physiologiques. 3) Le diagnostic de l‘interaction reposant sur le couplage dynamique des deux précédentes opérations. Les idées et le développement de notre approche sont illustrés par leur application dans deux contextes expérimentaux : le commerce électronique et l’apprentissage par simulation. Nous présentons aussi l’outil informatique complet qui a été implémenté afin de permettre à des professionnels en évaluation (ex. : ergonomes, concepteurs de jeux, formateurs) d’utiliser l’approche proposée pour l’évaluation d’IHM. Celui-ci est conçu de manière à faciliter la triangulation des appareils de mesure impliqués dans ce travail et à s’intégrer aux méthodes classiques d’évaluation de l’interaction (ex. : questionnaires et codage des observations).

Le jour où la Terre en avait vu d'autres. Tome 1 ; suivi de La tension ajarienne

La partie création de ce mémoire se veut soutenue par une tension narrative reliée à la curiosité suscitée par le personnage principal, de prime abord énigmatique, qui se dévoile de façon capricieuse par un changement constant de focalisation et de temporalité. Nathan vit à une ère où l’humanité a frôlé l’extinction, et où tout est à repenser après l’annihilation du virus ramenant les morts à la vie. N’ayant pas été témoin de ces horreurs, ses plus grandes préoccupations concernent son cheminement vers l’authenticité. Saltimbanque de métier, il voyage de communauté en communauté, où chacune a fait ses choix pour recréer le monde. Sa volonté de prôner l’art dans un processus de reconstruction sociale et sa poursuite d’une image perdue le pousseront toujours plus loin dans ses pérégrinations; vers des réalités qui le conduiront à redéfinir son univers. La partie essai s’interroge sur les procédés formant la tension narrative des romans d’Émile Ajar, pseudonyme laissant deviner la plume expérimentée de Romain Gary qui se réinvente dans l’anonymat. L’attention est centrée sur les jeux de narration, le rôle actanciel des personnages et l’orchestration formelle des récits, à savoir s’ils sont assez similaires pour lier les opus et les constituer en une série unifiée. Cette réflexion à la recherche de l’essence de l’oeuvre ajarienne, touchante par ses antihéros souvent démunis dans leur quête existentielle, a été une inspiration pour la rédaction de Le jour où la Terre en avait vu d’autres. Les rêves de Nathan sont racontés à la première personne, rejoignant certaines modalités ajariennes où la psyché des protagonistes se révèle par une narration au “je”. Les questionnements sur la tension narrative ont été déclencheurs de cette première démarche d’écriture romanesque, même si elle est située dans un cadre complètement autre et use d’une plume bien différente de celle d’Ajar.

L’idiotie du réel : de Clément Rosset à Hong Sangsoo

Nous nous intéresserons dans ce présent mémoire à l’« idiotie » du réel à partir de deux œuvres, celle du philosophe français Clément Rosset et celle du cinéaste sud-coréen, Hong Sangsoo. Nous poserons comme hypothèse que ces deux auteurs, à travers leurs théorie du réel, qu’elle soit philosophique ou esthétique, arrivent à un constat commun : le réel est « idiot », non pas au sens d’imbécile, mais en son sens premier c’est-à-dire « singulier, sans reflets ni doubles » (Rosset). Pour vérifier cette hypothèse nous procéderons d’abord par la construction d’un cadre théorique réalisé à partir de la définition rossetienne du réel. Ce cadre nous permettra de problématiser à la fois l’utilisation du zoom, la construction narrative, ainsi que les jeux temporels propres aux films de Hong, et ce, à partir de trois films du cinéaste : « Le pouvoir de la province de Kangwon » (1998), « Night and Day » (2007) et « Matins calmes à Séoul » (2011). Enfin il sera question, dans la dernière partie de ce mémoire, d’observer quelles peuvent être les conséquences engendrées par le fait de reconnaître ou non l’idiotie de toute réalité, à la fois dans des termes philosophiques mais également au plan de la prise d’images photographiques ou cinématographiques.

Algorithmes d’apprentissage profonds supervisés et non-supervisés: applications et résultats théoriques

La liste des domaines touchés par l’apprentissage machine s’allonge rapidement. Au fur et à mesure que la quantité de données disponibles augmente, le développement d’algorithmes d’apprentissage de plus en plus puissants est crucial. Ce mémoire est constitué de trois parties: d’abord un survol des concepts de bases de l’apprentissage automatique et les détails nécessaires pour l’entraînement de réseaux de neurones, modèles qui se livrent bien à des architectures profondes. Ensuite, le premier article présente une application de l’apprentissage machine aux jeux vidéos, puis une méthode de mesure performance pour ceux-ci en tant que politique de décision. Finalement, le deuxième article présente des résultats théoriques concernant l’entraînement d’architectures profondes nonsupervisées. Les jeux vidéos sont un domaine particulièrement fertile pour l’apprentissage automatique: il estf facile d’accumuler d’importantes quantités de données, et les applications ne manquent pas. La formation d’équipes selon un critère donné est une tˆache commune pour les jeux en lignes. Le premier article compare différents algorithmes d’apprentissage à des réseaux de neurones profonds appliqués à la prédiction de la balance d’un match. Ensuite nous présentons une méthode par simulation pour évaluer les modèles ainsi obtenus utilisés dans le cadre d’une politique de décision en ligne. Dans un deuxième temps nous présentons une nouvelleméthode pour entraîner des modèles génératifs. Des résultats théoriques nous indiquent qu’il est possible d’entraîner par rétropropagation des modèles non-supervisés pouvant générer des échantillons qui suivent la distribution des données. Ceci est un résultat pertinent dans le cadre de la récente littérature scientifique investiguant les propriétés des autoencodeurs comme modèles génératifs. Ces résultats sont supportés avec des expériences qualitatives préliminaires ainsi que quelques résultats quantitatifs.

Une approche multi-agents pour le développement d'un jeu vidéo

Un système multi-agents est composé de plusieurs agents autonomes qui interagissent entre eux dans un environnement commun. Ce mémoire vise à démontrer l’utilisation d’un système multi-agents pour le développement d’un jeu vidéo. Tout d’abord, une justification du choix des concepts d’intelligence artificielle choisie est exposée. Par la suite, une approche pratique est utilisée en effectuant le développement d’un jeu vidéo. Pour ce faire, le jeu fut développé à partir d’un jeu vidéo mono-agent existant et mo- difié en système multi-agents afin de bien mettre en valeur les avantages d’un système multi-agents dans un jeu vidéo. Le développement de ce jeu a aussi démontré l’applica- tion d’autres concepts en intelligence artificielle comme la recherche de chemins et les arbres de décisions. Le jeu développé pour ce mémoire viens appuyer les conclusions des différentes recherches démontrant que l’utilisation d’un système multi-agents per- met de réaliser un comportement plus réaliste pour les joueurs non humains et bien plus compétitifs pour le joueur humain.

Essays in partial identification and applications to treatment effects and policy evaluation.

Dans cette thèse, je me suis interessé à l’identification partielle des effets de traitements dans différents modèles de choix discrets avec traitements endogènes. Les modèles d’effets de traitement ont pour but de mesurer l’impact de certaines interventions sur certaines variables d’intérêt. Le type de traitement et la variable d’intérêt peuvent être défini de manière générale afin de pouvoir être appliqué à plusieurs différents contextes. Il y a plusieurs exemples de traitement en économie du travail, de la santé, de l’éducation, ou en organisation industrielle telle que les programmes de formation à l’emploi, les techniques médicales, l’investissement en recherche et développement, ou l’appartenance à un syndicat. La décision d’être traité ou pas n’est généralement pas aléatoire mais est basée sur des choix et des préférences individuelles. Dans un tel contexte, mesurer l’effet du traitement devient problématique car il faut tenir compte du biais de sélection. Plusieurs versions paramétriques de ces modèles ont été largement étudiées dans la littérature, cependant dans les modèles à variation discrète, la paramétrisation est une source importante d’identification. Dans un tel contexte, il est donc difficile de savoir si les résultats empiriques obtenus sont guidés par les données ou par la paramétrisation imposée au modèle. Etant donné, que les formes paramétriques proposées pour ces types de modèles n’ont généralement pas de fondement économique, je propose dans cette thèse de regarder la version nonparamétrique de ces modèles. Ceci permettra donc de proposer des politiques économiques plus robustes. La principale difficulté dans l’identification nonparamétrique de fonctions structurelles, est le fait que la structure suggérée ne permet pas d’identifier un unique processus générateur des données et ceci peut être du soit à la présence d’équilibres multiples ou soit à des contraintes sur les observables. Dans de telles situations, les méthodes d’identifications traditionnelles deviennent inapplicable d’où le récent développement de la littérature sur l’identification dans les modèles incomplets. Cette littérature porte une attention particuliere à l’identification de l’ensemble des fonctions structurelles d’intérêt qui sont compatibles avec la vraie distribution des données, cet ensemble est appelé : l’ensemble identifié. Par conséquent, dans le premier chapitre de la thèse, je caractérise l’ensemble identifié pour les effets de traitements dans le modèle triangulaire binaire. Dans le second chapitre, je considère le modèle de Roy discret. Je caractérise l’ensemble identifié pour les effets de traitements dans un modèle de choix de secteur lorsque la variable d’intérêt est discrète. Les hypothèses de sélection du secteur comprennent le choix de sélection simple, étendu et généralisé de Roy. Dans le dernier chapitre, je considère un modèle à variable dépendante binaire avec plusieurs dimensions d’hétérogéneité, tels que les jeux d’entrées ou de participation. je caractérise l’ensemble identifié pour les fonctions de profits des firmes dans un jeux avec deux firmes et à information complète. Dans tout les chapitres, l’ensemble identifié des fonctions d’intérêt sont écrites sous formes de bornes et assez simple pour être estimées à partir des méthodes d’inférence existantes.

JSreal : un réalisateur de texte pour la programmation web

Site web associé au mémoire: http://daou.st/JSreal

Study of baleen whales’ ecology and interaction with maritime traffic activities to support management of a complex socio-ecological system

Thesis written in co-mentorship with Robert Michaud.

Une nouvelle approche computationnelle pour la découverte des sites de fixation de facteurs de transcription à l’ADN, adaptée aux données de ChIP-chip et de ChIP-séquençage

Les facteurs de transcription sont des protéines spécialisées qui jouent un rôle important dans différents processus biologiques tel que la différenciation, le cycle cellulaire et la tumorigenèse. Ils régulent la transcription des gènes en se fixant sur des séquences d’ADN spécifiques (éléments cis-régulateurs). L’identification de ces éléments est une étape cruciale dans la compréhension des réseaux de régulation des gènes. Avec l’avènement des technologies de séquençage à haut débit, l’identification de tout les éléments fonctionnels dans les génomes, incluant gènes et éléments cis-régulateurs a connu une avancée considérable. Alors qu’on est arrivé à estimer le nombre de gènes chez différentes espèces, l’information sur les éléments qui contrôlent et orchestrent la régulation de ces gènes est encore mal définie. Grace aux techniques de ChIP-chip et de ChIP-séquençage il est possible d’identifier toutes les régions du génome qui sont liées par un facteur de transcription d’intérêt. Plusieurs approches computationnelles ont été développées pour prédire les sites fixés par les facteurs de transcription. Ces approches sont classées en deux catégories principales: les algorithmes énumératifs et probabilistes. Toutefois, plusieurs études ont montré que ces approches génèrent des taux élevés de faux négatifs et de faux positifs ce qui rend difficile l’interprétation des résultats et par conséquent leur validation expérimentale. Dans cette thèse, nous avons ciblé deux objectifs. Le premier objectif a été de développer une nouvelle approche pour la découverte des sites de fixation des facteurs de transcription à l’ADN (SAMD-ChIP) adaptée aux données de ChIP-chip et de ChIP-séquençage. Notre approche implémente un algorithme hybride qui combine les deux stratégies énumérative et probabiliste, afin d’exploiter les performances de chacune d’entre elles. Notre approche a montré ses performances, comparée aux outils de découvertes de motifs existants sur des jeux de données simulées et des jeux de données de ChIP-chip et de ChIP-séquençage. SAMD-ChIP présente aussi l’avantage d’exploiter les propriétés de distributions des sites liés par les facteurs de transcription autour du centre des régions liées afin de limiter la prédiction aux motifs qui sont enrichis dans une fenêtre de longueur fixe autour du centre de ces régions. Les facteurs de transcription agissent rarement seuls. Ils forment souvent des complexes pour interagir avec l’ADN pour réguler leurs gènes cibles. Ces interactions impliquent des facteurs de transcription dont les sites de fixation à l’ADN sont localisés proches les uns des autres ou bien médier par des boucles de chromatine. Notre deuxième objectif a été d’exploiter la proximité spatiale des sites liés par les facteurs de transcription dans les régions de ChIP-chip et de ChIP-séquençage pour développer une approche pour la prédiction des motifs composites (motifs composés par deux sites et séparés par un espacement de taille fixe). Nous avons testé ce module pour prédire la co-localisation entre les deux demi-sites ERE qui forment le site ERE, lié par le récepteur des œstrogènes ERα. Ce module a été incorporé à notre outil de découverte de motifs SAMD-ChIP.