DNA from historical and trophy samples provides insights into white shark population origins and genetic diversity

Characterizing genetic variation by retrospective genotyping of trophy or historical artifacts from endangered species is an important conservation tool. Loss of genetic diversity in top predators such as the white shark Carcharodon carcharias remains an issue, exacerbated in this species by declining, sometimes isolated philopatric populations. We successfully sequenced mitochondrial DNA (mtDNA) D-loop from osteodentine of contemporary South African white shark teeth (from 3 jaws), and from 34 to 129 yr old dried cartilage and skin samples from 1 Pacific Ocean and 5 Mediterranean sharks. Osteodentine-derived sequences from South African fish matched those derived from an individual’s finclips, but were generally of poorer quality than those from skin and cartilage of historical samples. Three haplotypes were identified from historical Mediterranean samples (n = 5); 2 individuals had unique sequences and 3 shared the contemporary Mediterranean haplotype. Placement of previously undescribed mtDNA haplotypes from historical material within both the Mediterranean and Pacific clades fits with the accepted intra-specific phylogeny derived from contemporary material, verifying our approaches. The utility of our methodology is in its provision of additional genetic resources from osteodentine (for species lacking tooth pulp) and cartilage of rare and endangered species held in often uncurated, contemporary and historical dry collections. Such material can usefully supplement estimates of connectivity, population history, and stock viability. We confirm the depauperate haplotype diversity of historical Mediterranean sharks, consistent with founding by a small number of Pacific colonizers. The consequent lack of diversity suggests serious challenges for the maintenance of this top predator and the Mediterranean ecosystem.

Aprendizaje a través de las Controversias del Museo Tres ejemplos canadienses

La controversia ha acechado siempre a los museos, en especial, pero desde luego no de forma exclusiva, a aquellos museos de arte que exponen el arte moderno y contemporáneo. Probablemente siempre habrá controversias, ya que son ocasiones en las que el museo ha de enfrentarse directamente a un interrogatorio público sobre sus decisiones y procesos, a menudo demasiado ocultas y con frecuencia mal entendidas. Dado el creciente reconocimiento de que ya no es suficiente para los museos coleccionar, conservar y mostrar, sino más bien que los museos deben ahora comprometerse fundamental y directamente con sus comunidades, ¿cómo pueden los museos gestionar la controversia? ¿Pueden los museos aprender de la controversia para descubrir formas mejores de trabajar con sus públicos? Este artículo examinará tres controversias en los museos canadienses – Los cantos del espíritu, Voz de Fuego y Vanitas o El vestido de carne - en un intento de analizar estas preguntas usando los conceptos ANT de Bruno Latour.

Relaciones interétnicas en el Fuerte San José (Patagonia, siglo XVIII). Una aproximación comparativa

El presente trabajo tiene por objeto presentar la primera aproximación a las relaciones interétnicas en el escenario del Fuerte San José y el Puesto de la Fuente, desde una perspectiva histórica y arqueológica. En particular, presentaremos los primeros resultados de las investigaciones históricas respecto de la problemática mencionada, sobre la base de información inédita analizada hasta el momento. Para ello nos centraremos en los primeros diez años de vida en el Fuerte (1779-1789) y estableceremos una comparación con los otros dos asentamientos que formaron parte del plan de poblamiento español de las costa patagónica (siglo XVIII): el Fuerte Nuestra Señora del Carmen y la Nueva Colonia de Floridablanca, a los efectos de destacar la particularidad del Fuerte San José en el marco de la variabilidad de la estructuración de las relaciones interétnicas en las colonias patagónicas.

El surgimiento de HTML5; un nuevo paradigma en los estándares Web

Gracias al crecimiento, expansión y popularización de la World Wide Web, su desarrollo tecnológico tiene una creciente importancia en la sociedad. La simbiosis que protagonizan estos dos entornos ha propiciado una mayor influencia social en las innovaciones de la plataforma y un enfoque mucho más práctico. Nuestro objetivo en este artículo es describir, caracterizar y analizar el surgimiento y difusión del nuevo estándar de hipertexto que rige la Web; HTML5. Al mismo tiempo exploramos este proceso a la luz de varias teorías que aúnan tecnología y sociedad. Dedicamos especial atención a los usuarios de la World Wide Web y al uso genérico que realizan de los Medios Sociales o "Social Media". Sugerimos que el desarrollo de los estándares web está influenciado por el uso cotidiano de este nuevo tipo de tecnologías y aplicaciones. 

Oxygen targeting in preterm infants using the Masimo SET Radical pulse oximeter

BACKGROUND: A pretrial clinical improvement project for the BOOST-II UK trial of oxygen saturation targeting revealed an artefact affecting saturation profiles obtained from the Masimo Set Radical pulse oximeter.

METHODS: Saturation was recorded every 10 s for up to 2 weeks in 176 oxygen dependent preterm infants in 35 UK and Irish neonatal units between August 2006 and April 2009 using Masimo SET Radical pulse oximeters. Frequency distributions of % time at each saturation were plotted. An artefact affecting the saturation distribution was found to be attributable to the oximeter's internal calibration algorithm. Revised software was installed and saturation distributions obtained were compared with four other current oximeters in paired studies.

RESULTS: There was a reduction in saturation values of 87-90%. Values above 87% were elevated by up to 2%, giving a relative excess of higher values. The software revision eliminated this, improving the distribution of saturation values. In paired comparisons with four current commercially available oximeters, Masimo oximeters with the revised software returned similar saturation distributions.

CONCLUSIONS: A characteristic of the software algorithm reduces the frequency of saturations of 87-90% and increases the frequency of higher values returned by the Masimo SET Radical pulse oximeter. This effect, which remains within the recommended standards for accuracy, is removed by installing revised software (board firmware V4.8 or higher). Because this observation is likely to influence oxygen targeting, it should be considered in the analysis of the oxygen trial results to maximise their generalisability.

Identity Text: an educational intervention to foster cultural interaction

Background: Sociocultural theories state that learning results from people participating in contexts where social interaction is facilitated. There is a need to create such facilitated pedagogical spaces where participants share their ways of knowing and doing. The aim of this exploratory study was to introduce pedagogical space for sociocultural interaction using ‘Identity Text’.
Methods: Identity texts are sociocultural artifacts produced by participants, which can be written, spoken, visual, musical, or multimodal. In 2013, participants of an international medical education fellowship program were asked to create their own Identity Texts to promote discussion about participants’ cultural backgrounds. Thematic analysis was used to make the analysis relevant to studying the pedagogical utility of the intervention.
Result: The Identity Text intervention created two spaces: a ‘reflective space’ helped
participants reflect on sensitive topics like institutional environments, roles in
interdisciplinary teams, and gender discrimination. A ‘narrative space’ allowed
participants to tell powerful stories that provided cultural insights and challenged cultural hegemony; they described the conscious and subconscious transformation in identity that evolved secondary to struggles with local power dynamics and social demands involving the impact of family, peers and country of origin.
Conclusion: Whilst the impact of providing pedagogical space using Identity Text on
cognitive engagement and enhanced learning requires further research, the findings of
this study suggest that it is a useful pedagogical strategy to support cross-cultural
education.

E-Government Collaboration in the Swedish Public Sector : Multiple Studies on Collaboration Facilitators and Collaboration Modes

Collaboration in the public sector is imperative to achieve e-government objectives such as improved efficiency and effectiveness of public administration and improved quality of public services. Collaboration across organizational and institutional boundaries requires public organizations to share e-government systems and services through for instance, interoperable information technology and processes. Demands on public organizations to become more open also require that public organizations adopt new collaborative approaches for inviting and engaging citizens in governmental activities. E-government related collaboration in the public sector is challenging, however, and collaboration initiatives often fail. Public organizations need to learn how to collaborate since forms of e-government collaboration and expected outcomes are mostly unknown. How public organizations can collaborate and the expected outcomes are thus investigated in this thesis by studying multiple collaboration cases on the acquisition and implementation of a particular e-government investment (digital archive). This thesis also investigates how e-government collaboration can be facilitated through artifacts. It is done through a case study, where objects that cross boundaries between collaborating communities in the public sector are studied, and by designing a configurable process model integrating several processes for social services. By using design science, this thesis also investigates how an m-government solution that facilitates collaboration between citizens and public organizations can be designed. The thesis contributes to literature through describing five different modes of interorganizational collaboration in the public sector and the expected benefits from each mode. It also contributes with an instantiation of a configurable process model supporting three open social e-services and with evidence of how it can facilitate collaboration. This thesis further describes how boundary objects facilitate collaboration between different communities in an open government design initiative. It contributes with a designed mobile government solution, thereby providing proof of concept and initial design implications for enabling collaboration with citizens through citizen sourcing (outsourcing a governmental activity to citizens through an open call). This thesis also identifies research streams within e-government collaboration research through a literature review and the thesis contributions are related to the identified research streams. This thesis gives directions for future research by suggesting that future research should focus further on understanding e-government collaboration and how information and communication technology can facilitate collaboration in the public sector. It is suggested that further research should investigate m-government solutions to form design theories. Future research should also examine how value can be co-created in e-government collaboration.

Development of Imaging Mass Spectrometry Analysis of Lipids in Biological and Clinically Relevant Applications

La spectrométrie de masse mesure la masse des ions selon leur rapport masse sur charge. Cette technique est employée dans plusieurs domaines et peut analyser des mélanges complexes. L’imagerie par spectrométrie de masse (Imaging Mass Spectrometry en anglais, IMS), une branche de la spectrométrie de masse, permet l’analyse des ions sur une surface, tout en conservant l’organisation spatiale des ions détectés. Jusqu’à présent, les échantillons les plus étudiés en IMS sont des sections tissulaires végétales ou animales. Parmi les molécules couramment analysées par l’IMS, les lipides ont suscité beaucoup d'intérêt. Les lipides sont impliqués dans les maladies et le fonctionnement normal des cellules; ils forment la membrane cellulaire et ont plusieurs rôles, comme celui de réguler des événements cellulaires. Considérant l’implication des lipides dans la biologie et la capacité du MALDI IMS à les analyser, nous avons développé des stratégies analytiques pour la manipulation des échantillons et l’analyse de larges ensembles de données lipidiques. La dégradation des lipides est très importante dans l’industrie alimentaire. De la même façon, les lipides des sections tissulaires risquent de se dégrader. Leurs produits de dégradation peuvent donc introduire des artefacts dans l’analyse IMS ainsi que la perte d’espèces lipidiques pouvant nuire à la précision des mesures d’abondance. Puisque les lipides oxydés sont aussi des médiateurs importants dans le développement de plusieurs maladies, leur réelle préservation devient donc critique. Dans les études multi-institutionnelles où les échantillons sont souvent transportés d’un emplacement à l’autre, des protocoles adaptés et validés, et des mesures de dégradation sont nécessaires. Nos principaux résultats sont les suivants : un accroissement en fonction du temps des phospholipides oxydés et des lysophospholipides dans des conditions ambiantes, une diminution de la présence des lipides ayant des acides gras insaturés et un effet inhibitoire sur ses phénomènes de la conservation des sections au froid sous N2. A température et atmosphère ambiantes, les phospholipides sont oxydés sur une échelle de temps typique d’une préparation IMS normale (~30 minutes). Les phospholipides sont aussi décomposés en lysophospholipides sur une échelle de temps de plusieurs jours. La validation d’une méthode de manipulation d’échantillon est d’autant plus importante lorsqu’il s’agit d’analyser un plus grand nombre d’échantillons. L’athérosclérose est une maladie cardiovasculaire induite par l’accumulation de matériel cellulaire sur la paroi artérielle. Puisque l’athérosclérose est un phénomène en trois dimension (3D), l'IMS 3D en série devient donc utile, d'une part, car elle a la capacité à localiser les molécules sur la longueur totale d’une plaque athéromateuse et, d'autre part, car elle peut identifier des mécanismes moléculaires du développement ou de la rupture des plaques. l'IMS 3D en série fait face à certains défis spécifiques, dont beaucoup se rapportent simplement à la reconstruction en 3D et à l’interprétation de la reconstruction moléculaire en temps réel. En tenant compte de ces objectifs et en utilisant l’IMS des lipides pour l’étude des plaques d’athérosclérose d’une carotide humaine et d’un modèle murin d’athérosclérose, nous avons élaboré des méthodes «open-source» pour la reconstruction des données de l’IMS en 3D. Notre méthodologie fournit un moyen d’obtenir des visualisations de haute qualité et démontre une stratégie pour l’interprétation rapide des données de l’IMS 3D par la segmentation multivariée. L’analyse d’aortes d’un modèle murin a été le point de départ pour le développement des méthodes car ce sont des échantillons mieux contrôlés. En corrélant les données acquises en mode d’ionisation positive et négative, l’IMS en 3D a permis de démontrer une accumulation des phospholipides dans les sinus aortiques. De plus, l’IMS par AgLDI a mis en évidence une localisation différentielle des acides gras libres, du cholestérol, des esters du cholestérol et des triglycérides. La segmentation multivariée des signaux lipidiques suite à l’analyse par IMS d’une carotide humaine démontre une histologie moléculaire corrélée avec le degré de sténose de l’artère. Ces recherches aident à mieux comprendre la complexité biologique de l’athérosclérose et peuvent possiblement prédire le développement de certains cas cliniques. La métastase au foie du cancer colorectal (Colorectal cancer liver metastasis en anglais, CRCLM) est la maladie métastatique du cancer colorectal primaire, un des cancers le plus fréquent au monde. L’évaluation et le pronostic des tumeurs CRCLM sont effectués avec l’histopathologie avec une marge d’erreur. Nous avons utilisé l’IMS des lipides pour identifier les compartiments histologiques du CRCLM et extraire leurs signatures lipidiques. En exploitant ces signatures moléculaires, nous avons pu déterminer un score histopathologique quantitatif et objectif et qui corrèle avec le pronostic. De plus, par la dissection des signatures lipidiques, nous avons identifié des espèces lipidiques individuelles qui sont discriminants des différentes histologies du CRCLM et qui peuvent potentiellement être utilisées comme des biomarqueurs pour la détermination de la réponse à la thérapie. Plus spécifiquement, nous avons trouvé une série de plasmalogènes et sphingolipides qui permettent de distinguer deux différents types de nécrose (infarct-like necrosis et usual necrosis en anglais, ILN et UN, respectivement). L’ILN est associé avec la réponse aux traitements chimiothérapiques, alors que l’UN est associé au fonctionnement normal de la tumeur.

Feminista Frequencies: Tuning In to Chicana Radio Activism in the Pacific Northwest, 1975-1990

Thesis (Ph.D.)--University of Washington, 2016-06

Creating an Empire: Local Political Change at Angamuco, Michoacan, Mexico

Thesis (Ph.D.)--University of Washington, 2016-08

Adaptive Crowd Algorithms for Open-Ended Problems

Thesis (Ph.D.)--University of Washington, 2016-06

Enhancing Quality of Life for People who are Blind or Low Vision Using Computing Technology

Thesis (Ph.D.)--University of Washington, 2016-08

Militant Bodies: Policing Race, Religion, and Violence in the U.S. Sikh Diaspora

Thesis (Ph.D.)--University of Washington, 2016-07

It's Not Rocket Library Science: Design Epistemology and American Librarianship

Thesis (Ph.D.)--University of Washington, 2016-06