The effect of sucrose on protein stability and fibrillation of prion and S6 protein

Aggregation and fibrillation of proteins have a great importance in medicine and industry. Misfolding and aggregation are the basis of many neurodegenerative diseases like Alzheimer and Parkinson. Osmolytes are molecules that can accumulate within cells and act as protective agents and they can inclusively act as protein stabilizers when cells are exposed to stress conditions. Osmolytes can also act as protein stabilizers in vitro. In this work, two different proteins were studied, the ribosomal protein from Thermus thermophilus and the mouse prion protein. The existence of an unstructured N-terminal on the prion protein does not affect its stability. The effect of the osmolyte sucrose on the fibrillation and stabilization of these two proteins was studied through kinectic and equilibrium measurements. It was shown that sucrose is able to compact the native structure of S6 protein in fibrillization conditions. Sucrose affects also folding and unfolding kinetic of S6 protein, delaying unfolding and increasing folding rate constants. The mechanism of stabilization by sucrose is non-specific because it is distributed for all protein structure, as it was demonstrated by a protein engineering approach. Sucrose delays the process of formation and elongation of S6 and prion protein from mouse. This delay is the result of the compaction of the native structure refered above. However, cellular toxicity studies have shown that fibrils formed in the presence of sucrose are more toxic to neuronal cells.

Certificação e eficiência energética em grandes edifícios de serviços

No conjunto dos equipamentos sociais, entendidos como centros de serviço aos cidadãos, é importante destacar as piscinas, que são infra-estruturas que representam uma importante mais-valia para os munícipes, na medida em que proporcionam um acréscimo na qualidade de vida daqueles que as procuram, quer para puro lazer como para prática de desporto ou mesmo para fins terapêuticos. No entanto, a este tipo de instalações está geralmente associado um elevado custo de exploração e manutenção, devido, em grande parte, a consideráveis consumos de energia e de água. São de destacar alguns fatores decisivos que estão na origem deste problema: Falta de preocupações de eficiência e de conservação de energia na conceção dos edifícios e dos sistemas de apoio energéticos; Elevadas necessidades de calor para aquecer grandes volumes de ar e/ou água durante todo o ano; Elevada taxa de ocupação dos recintos; Falta de preocupação e hábitos de poupança de energia e de água pelos utilizadores. Do ponto de vista estritamente económico, as piscinas municipais não são lucrativas, podendo dizer-se mesmo que representam um centro de custo permanente para as autarquias. Na melhor das hipóteses, as receitas de utilização poderão cobrir parte das despesas de exploração. Geralmente, a maior fatia da despesa está associada à fatura energética, sendo por isso vital a sua redução com vista a assegurar o funcionamento pleno e contínuo daquele tipo de infra-estruturas. Sendo um equipamento social e de recreio de uma população, torna-se necessário combater estes elevados custos não pelo acréscimo de valor pago por utilizador mas sim reduzindo os custos através da utilização racional do mesmo. Sendo o Mestrado que agora finalizo orientado para a problemática dos Edifícios, parece-me ser de grande interesse a utilização de um grande edifício como estes para finalizar o mesmo. Assim sendo este Estagio pressupõe a elaboração de uma análise técnica às Piscinas Municipais de Quarteira, bem como a sua Simulação Dinâmica no âmbito da Certificação Energética dos Edifícios. Esta análise será efetuada aos sistemas existentes no Complexo bem como tipo de utilização do mesmo. No Relatório será também exposta a metodologia utilizada bem como a análise económica e financeira às medidas de eficiência energética propostas para melhoria na utilização do edifício.

Comportamento in vitro de formulações lipossomais de um aminoglicosídeo com actividade anti-parasitária: citotoxicidade e interacção lipossoma-célula

Os sistemas de veiculação de fármacos, presentemente, apresentam-se como uma alternativa viável às terapias convencionais. De entre os diversos sistemas de transporte passíveis de associar substâncias farmacologicamente activas, destacam-se os de base lipídica, em particular, os lipossomas, os quais constituem um dos sistemas mais estudados e com maior sucesso, comprovado pelo número de produtos em fase clínica ou já aprovados para utilização em humanos. Os lipossomas são estruturas constituídas por membranas lipídicas organizadas em bicamadas, fechadas e concêntricas, que permitem a encapsulação de moléculas hidrofílicas no espaço interno aquoso e hidrofóbicas na bicamada lipídica. No presente trabalho, foram desenvolvidas metodologias com vista à encapsulação em lipossomas do aminoglicosídeo, a Paromomicina (PRM). Este fármaco está indicado para o tratamento de doenças infecciosas nomeadamente parasitárias e bacterianas. Algumas das principais desvantagens resultantes da sua utilização em clínica são, o reduzido tempo de circulação na corrente sanguínea, rápida excreção renal e consequentemente insuficiente concentração intracelular do fármaco. Como forma de ultrapassar algumas das desvantagens apresentadas, foram desenvolvidas formulações lipossomais de PRM com vista a melhorar o desempenho deste antibiótico. Para tal, foram preparadas e caracterizadas diversas formulações lipossomais de PRM com vista à selecção daquelas que apresentem maiores valores de eficácia de encapsulação (E.E.), e superior estabilidade. Com as formulações seleccionadas foram realizados estudos in vitro de interacção lipossoma-célula, utilizando uma linha celular humana monocítica leucémica, THP-1. De entre as formulações desenvolvidas e seleccionadas para os estudos in vitro de a formulação DPPC:DPPG, foi uma das que apresentou uma E.E. superior a 80% e valores de internalização celular superiores a 90%.

Palinostratigrafia e isótopos estáveis do Jurássico da Bacia Algarvia e da Carrapateira

A biostratigrafia de dinoflagelados, do Jurássico da Bacia Algarvia e do Afloramento Mesozoico da Carrapateira, foi efetuada com base no estudo palinológico de 482 amostras, provenientes de quinze sucessões margo-calcárias da sub-bacia ocidental, sub-bacia oriental e de duas sondagens offshore da Bacia Algarvia, e da Baía das Três Angras no Afloramento Mesozoico da Carrapateira. As amostras recolhidas do Jurássico Inferior revelaram-se pobres em palinomorfos devido, principalmente, à natureza dolomítica destas sucessões carbonatadas. Os resíduos orgânicos das amostras pertencentes ao Jurássico Médio e Superior são, geralmente, abundantes e possuem palinomorfos bem preservados. Foram identificadas 57 espécies de quistos de dinoflagelados, 5 espécies de esporos, 9 espécies de pólenes, 1 género de acritarcas e 1 género de algas. Os novos dados palinostratigráficos, com base em quistos de dinoflagelados, são consistentes com as Cronozonas de amonites descritas para estas sucessões. As palinofloras de dinoflagelados revelam afinidades com a província do Tétis. Na Bacia Algarvia não foi registada a presença das principais formas marcadoras das biozonas do NW da Europa e as associações recuperadas revelaram-se significativamente menos diversas do que associações contemporâneas conhecidas noutros locais. Este facto estará relacionado com fatores paleogeográficos e com as condições restritas que prevaleceram na Bacia Algarvia durante o Jurássico. A partir da análise de palinofácies verificou-se a existência de uma grande similaridade entre os ambientes deposicionais em todas as sucessões analisadas, verificando-se a existência de uma variação entre ambientes de plataforma proximal a intermédia, sempre com forte influência continental. Os perfis quimiostratigráficos,de δ13C e δ18O, obtidos da análise de rocha total, das sucessões carbonatadas do Bajociano superior - Kimmeridgiano inferior, mostram uma tendência geral semelhante às curvas δ13C e δ18O globais para este intervalo, no domínio tetisiano. Excursões negativas de δ13C foram observadas em Benaçoitão e na Baía das Três Angras. No entanto, estes terão sido eventos locais, que não têm relação com a curva global δ13C, tendo sido interpretados como o resultado da entrada de grande quantidade de 12C para a bacia, cuja origem pode estar associada à degradação e oxidação da matéria orgânica e/ou meteorização das áreas continentais em consequência de variações do nível do mar.

Espaços urbanos de festa e a morfologia do lugar: requalificação do Largo da Achada na Camacha (Madeira)

O presente estudo surgiu de acordo com o trabalho que foi realizado durante o período de estágio na Câmara Municipal de Santa Cruz, mais precisamente a requalificação do Largo da Achada localizado na Camacha, freguesia do Concelho de Santa Cruz, Madeira. Este espaço está intimamente ligado a atividades de cariz lúdico e festivo e como tal, houve a necessidade de se realizar uma reflexão sobre o que são espaços urbanos de festa, para poder estabelecer-se a relação existente entre as atividades festivas e o “lugar”, isto é, tentar perceber a influência que estas atividades têm na construção dos espaços urbanos e na sua forma. Esta questão é fundamental para se definirem estratégias de como intervir neste tipo de espaço. Para tal procedeu-se ao estudo de alguns casos distintos onde se faz uma breve análise de algumas festas em espaços diferentes de modo a tentar perceber até que ponto as alterações na morfologia, tanto no interior como na periferia destes, podem introduzir mudanças nas tradições e vice-versa. Para cada estudo de caso identifica-se a principal romaria ou procissão associada ao lugar, de forma a tentar perceber as relações e a influência que o desenho dos espaços abertos e das artérias que os ligam exercem neste tipo de atividades e de que maneiras estas relações interferem com o quotidiano. No decorrer do levantamento bibliográfico chegou-se à conclusão que os autores não eram unânimes quanto à classificação dos diferentes tipos de espaços de festa o que levou à necessidade de propor uma nova classificação que se apresentasse mais de acordo com o espaço que se pretende requalificar. O estudo tem especial enfoque na categoria de espaços de festa consolidados que integra os espaços que têm a sua origem na própria festa, pois são os que melhor se identificam com a requalificação do Largo da Achada. Como resultado deste estudo e da caracterização biofísica, cultural e do espaço urbano, surge então a proposta de requalificação do largo.

Effects of active pharmaceutical ingredients in mussel mytilus galloprovincialis

More than 3000 types of active pharmaceutical ingredients (APIs) are applied in Human and veterinary medicine practice. These compounds are considered an emergent class of environmental contaminants with the ability to cause damage and unexpected effects to aquatic organisms, namely in species of high commercial value. APIs are ubiquitous in the environment being frequently detected in influents and effluents of waste water treatment plants (WWTPs), surface waters and more distressingly in the public tap water in concentrations ranging from ng to μg.L-1. Considering these premises, the present thesis focused on APIs detection in the Arade river water, the impact of summer period in APIs’ concentration alterations applying the passive sampler device, POCIS (polar organic compound integrative sampler), as well as, the assessment of the effects caused by non-steroidal anti-inflammatory drugs (NSAID) ibuprofen (IBU) and diclofenac (DCF) and antidepressant selective serotonin reuptake inhibitor (SSRI) fluoxetine as single and mixture exposures along with a classical contaminant copper (Cu) on a non-target species, mussel Mytilus galloprovincialis. For this purpose, a multibiomarker approach was applied namely including biomarkers of oxidative stress (antioxidant enzymes activities of superoxide dismutase – SOD, catalase – CAT, glutathione reductase – GR and Phase II glutathione-S-transferase), damage - lipid peroxidation (LPO), neurotoxic effects (through the activity of acetylcholinesterase enzyme - AChE) and endocrine disruption (through vitellogenin-like proteins measurement applying the indirect method of alkali-labile phosphate - ALP) after exposure of mussel species’ to selected APIs at environmental relevant concentrations. The main results highlighted the occurrence of 19 APIs in the river Arade from several distinct therapeutic classes. Stimulant caffeine, antiasthmatic theophylline, NSAID ibuprofen and analgesic paracetamol presented the highest concentrations. Summer impact was inconclusive due to each API transient concentration in each month. The multibiomarker results revealed distinct responses towards each selected API (as single exposure or as mixtures) that were tissue and time dependent. Several multistressor interactions were proposed for each biomarker. The results also revealed APIs potential to induce oxidative stress, LPO, neurotoxicity and endocrine disruption even at extremely low concentrations on a species extremely vulnerable to APIs presence highlighting the urgency on the development of methodologies able to prevent its entrance in the aquatic environment.

Screening for biological activities with application in aquaculture in halophytes from the Algarve coastline

Infectious diseases often hamper the production of aquatic organisms in aquaculture systems, causing economical losses, environmental problems and consumer safety issues. The conventional way aquaculture producers had to control pathogens was by means of synthetic antibiotics and chemicals. This procedure had consequences in the emergence of more resilient pathogens, drug contamination of seafood products and local ecosystems. To avoid the repercussions of antibiotic use, vaccination has greatly replaced human drugs in western fish farms. However there is still massive unregulated antibiotic use in third world fish farms, so less expensive therapeutic alternatives for drugs are desperately needed. An alternative way to achieve disease control in aquaculture is by using natural bioactive organic compounds with antibiotic, antioxidant and/or immunostimulant properties. Such diverse biomolecules occur in bacteria, algae, fungi, higher plants and other organisms. Fatty acids, nucleotides, monosaccharides, polysaccharides, peptides, polyphenols and terpenoids, are examples of these substances. One promising source of bioactive compounds are salt tolerant plants. Halophytes have more molecular resources and defence mechanisms, when compared with other tracheophytes, to deal with the oxidative stresses of their habitat. Many halophytes have been used as a traditional food and medical supply, especially by African and Asian cultures. This scientific work evaluated the antibiotic, antioxidant, immunostimulant and metal chelating properties of Atriplex halimus L., Arthrocnemum macrostachyum Moric., Carpobrotus edulis L., Juncus acutus L. and Plantago coronopus L., from the Algarve coast. The antibiotic properties were tested against Listonella anguillarum, Photobacterium damselae piscicida and Vibrio fischeri. The immunostimulant properties were tested with cytochrome c and Griess assays on Sparus aurata head-kidney phagocytes. J. acutus ether extract inhibited the growth of P. damselae piscicida. A. macrostachyum, A. halimus, C. edulis, Juncus acutus and P. coronopus displayed antioxidant, copper chelating and iron chelating properties. These plants show potential as sources of bioactive compounds with application in aquaculture and in other fields.

Development of chitosan packaging films with carvacrol and grape seed extract as antimicrobial and antioxidant agents

In order to produce packaging films with a broad spectrum of action on microorganisms, the effect of two antimicrobial (AM) to be included in the films, carvacrol and GSE were studied separately on different microorganisms. Carvacrol was more effective against the grampositive bacteria than against the gram-negative bacterium. GSE was not effective against yeast. Subsequently, a search for optimal combinations of carvacrol, GSE and the addition of chitosan (as a third component with film forming properties) was carried out. Response surface analysis showed several synergetic effects and three optimal AM combinations (OAMC) were obtained for each microorganism. The experimental validation confirmed that the optimal solutions found can successfully predict the response for each microorganism. The optimization of mixtures of the three components, but this time, using the same concentration for all microorganisms, was also studied to obtain an OAMC with wide spectrum of activity. The results of the response surface analysis showed several synergistic effects for all microorganisms. Three OAMC, OAMC-1, OAMC-2, OAMC-3, were found to be the optimal mixtures for all microorganisms. The radical scavenging activity (RSA) of the different agents was then compared with a standard antioxidant (AOX) BHT, at different concentrations; as also at the OAMC. The RSA increased in the following order: chitosandel for the release of GA based on Fick’s law successfully fitted the experimental data and GA diffusion coefficients, assumed to be Arrhenius temperature dependent were obtained for each film. This work will contribute to the development of environmentally friendly packaging films, resulting in improved food preservation and shelf-life extension.

Study of sewage sludge aimed at agricultural soil amendment by thermogravimetric analysis and fourier-transform infrared spectroscopy

Thermal degradation and gaseous products evolving from the pyrolysis of sewage sludge, aimed at agricultural soil amendment, were investigated using Thermogravimetric Analysis in conjunction with Fourier Transform Infrared Analysis (TG-FTIR). The materials were studied in temperatures ranging from 30 to 800 ºC. Furthermore infrared spectra of sewage sludge samples were performed as a complementary technique. In parallel the sewage sludge was spiked with ibuprofen in order to test whether the mentioned techniques are able to detect the drug. Thermal analysis showed the range of 200-400ºC as the most characteristic for weight loss, corresponding with the organic matter volatilization, while the range of 500-800ºC was also characteristic and due to the volatilization of carbonates. On the other hand, ibuprofen-spiking tests identified at temperature range (150-250ºC) where the compound totally volatilizes, therefore, in this work, the detection of ibuprofen by TGA was established for concentrations higher than 0.5 g/kg sludge, concentration 102 times higher than the concentrations measured by other authors in regular sewage sludge (Martín, et al., 2010). A correlation has been found between the ibuprofen concentrations in the sludge and the intensity of the absorption bands, both for FT-IR spectra at the maximum emission temperature for ibuprofen (232ºC) as for the FT-IR spectra of the non-pyrolyzed samples.

Uma perspetiva atual sobre a esquizofrenia

A origem da esquizofrenia representa um dilema para muitos investigadores, sendo que até hoje a sua proveniência tem sido relacionada com diversos fatores, particularmente, ambientais, genéticos e associados aos neurotransmissores. Ao longo dos últimos anos, foram desenvolvidos diversos estudos no sentido de compreender a etiologia da esquizofrenia e qual o tratamento adequado. Contudo, surgem ainda constantemente dúvidas que dificultam a elaboração de um diagnóstico específico e permitam um tratamento personalizado. Algo que dificulta o diagnóstico da esquizofrenia é o facto dos sintomas característicos desta serem muito semelhantes aos descritos, associados a outras perturbações, tais como a perturbação esquizofreniforme, a perturbação esquizoafetiva, a perturbação esquizotípica de personalidade e a perturbação bipolar afetiva. A esquizofrenia caracteriza-se por um conjunto de sinais e sintomas (positivos ou negativos). A elaboração de um diagnóstico requer que os sintomas aferidos estejam presentes durante um período de um mês (ou mais curto no caso do tratamento ser bem sucedido), sendo que alguns sinais de perturbação deverão persistir durante pelo menos 6 meses. Atualmente, podem distinguir-se sete subtipos de esquizofrenia, nomeadamente, o tipo catatónico, o tipo desorganizado ou hebefrénico, o tipo paranóide, o tipo indiferenciado, o tipo residual, a depressão pós-esquizofrénica e o tipo simples. O tratamento habitual da esquizofrenia baseia-se, principalmente, na utilização de antipsicóticos típicos e atípicos. Este trabalho permitiu, através da análise de casos de estudo de uma amostra de 6 indivíduos em tratamento no Centro Hospitalar Psiquiátrico de Lisboa, analisar a terapêutica medicamentosa prescrita em cada caso. Através desta tese, pretende-se apresentar uma perspetiva atual acerca da Esquizofrenia, tendo em conta: fatores que dificultam o seu diagnóstico, a sua origem e o tratamento aconselhado, incluindo a terapêutica medicamentosa utilizada habitualmente e algumas inovações relacionadas com a mesma.

Relatório de atividade profissional: desenvolvimento de novos produtos em áreas de destino - o caso do birdwatching no Algarve

O desenvolvimento de novos produtos tem sido apontado como sendo, mais do que um caminho, a forma dos destinos turísticos se rejuvenescerem e fazerem face à crescente competitividade que parece, cada vez mais, caracterizar esta atividade. A região algarvia, com alto grau de especialização no turismo, parece não querer alhear-se desta realidade e tem vindo, paulatinamente, a desenvolver um novo olhar sobre o seu território, os seus recursos, bem como sobre a procura turística (atual e potencial). Sendo tradicionalmente identificado e conotado com o produto sol e mar, o Algarve tem tentado, ao longo dos anos, alargar a base da sua oferta, numa tentativa de atenuar os efeitos da elevada sazonalidade que afeta a região, bem como para serem criadas complementaridades com a oferta principal, valorizando-a. Nesse contexto se justificam as apostas nos restantes produtos consignados como estratégicos para a região no Plano Estratégico Nacional de Turismo (PENT): golfe, meeting industry (congressos e incentivos), turismo náutico, saúde e bem-estar, turismo residencial. Não obstante este esforço, parece ser consensual entre os diversos intervenientes do setor que há ainda trabalho a desenvolver neste campo. De facto a região continua a estar sujeita a uma procura concentrada sobretudo no período de verão, algo facilmente confirmado pela análise dos principais indicadores da atividade turística. Tal parece indiciar uma necessidade de se reforçar a aposta em produtos que contribuam para a diversificação da oferta, sobretudo nos que permitam captar fluxos no período compreendido entre outubro e abril. Atenta a esta necessidade, a Entidade Regional de Turismo do Algarve (ERTA), organismo que chama a si a responsabilidade da gestão do marketing do destino, fez uma aposta fundamentada no desenvolvimento do produto birdwatching na região, processo aqui relatado. Apoiada numa parceria com a associação ambientalista algarvia Almargem, e com a Sociedade Portuguesa para o Estudo das Aves (SPEA), a ERTA começou por identificar as áreas geográficas do Algarve com maior potencialidade para esta prática (hotspots), fazendo um levantamento das necessidades de intervenção para a valorização dos espaços e apontando caminhos para promoção do produto. Os resultados foram refletidos num relatório denominado “Birdwatching no Algarve – propostas de estruturação e organização” (ERTA, 2009b). Ainda no âmbito do desenvolvimento do produto e conscientes da necessidade de recolher alguma informação sobre o birdwatching no Algarve, situação que foi identificada como sendo deficitária, foi ainda apoiado o desenvolvimento de uma dissertação de mestrado (Machado, 2011). Tal veio a possibilitar suprir esta lacuna, bem como ajudar na orientação de algumas das ações a desenvolver, em função dos perfis traçados. Toda a informação apurada, coligida e transposta quer no relatório “Birdwatching no Algarve – propostas de estruturação e organização” (ERTA, 2009b), quer na dissertação desenvolvida pela mestranda veio a demonstrar-se ser extremamente valiosa na fundamentação das opções tomadas, bem como na abordagem a outros parceiros, nomeadamente as câmaras municipais e Instituto de Conservação da Natureza e da Floresta (ICNF), ambos com capacidade de intervenção ao nível da gestão territorial. Conscientes de que o papel da ERTA neste processo deveria ser de dinamizador e de coordenador do processo (até por força da sua definição de competências), tentando que haja coerência e consistência regional, levou a que esta entidade desenvolvesse ainda um conjunto de ações de suporte à boa implementação do projeto por parte dos parceiros, nomeadamente: Identidade visual do subproduto birdwatching – contemplando não só o logótipo criado para o efeito, como o respetivo manual de normas de aplicação do mesmo; Projeto de estruturas-tipo para observação de aves – de forma a tentar evitar que o conjunto de infraestruturas de suporte a esta atividade, aquando do seu desenvolvimento pelas câmaras municipais e ICNF, fossem muito heterogéneos ao longo do território, foi facultado aos parceiros um conjunto de projetos de arquitetura para as estruturas tipo que haviam já sido identificadas no relatório “Birdwatching no Algarve – propostas de estruturação e organização” (ERTA, 2009b): plataformas de observação; observatórios; abrigos; painéis informativos; passadiços; bancos; caixotes de lixo; outros. Não obstante a materialização do projeto em si ter caído num certo impasse, fruto da conjuntura atual, que tem condicionado a possibilidade dos municípios e ICNF intervirem nos seus territórios, edificando infraestruturas, ou fazendo arranjos nas zonas identificadas como prioritárias, várias outras ações têm sido concretizadas: Criação de desdobrável informativo/promocional com a principal informação sobre birdwatching na região; Participação em diversos certames internacionais alusivos a esta prática, promovendo desta forma a região; Criação de guia de birdwatching no Algarve; Organização de diversas fam trips e press trips internacionais, para mostrar o trabalho que tem vindo a ser desenvolvido, bem como as potencialidades da região. Ainda que o projeto de desenvolvimento do birdwatching no Algarve esteja longe da sua conclusão, estamos em crer tratar-se de uma boa aposta na tentativa de alargar a base de produtos turísticos disponíveis na região. De facto, a recetividade evidenciada por todos os intervenientes do setor tem vindo a demonstrar a pertinência da aposta, bem como do acerto na atuação da ERTA no seu papel de gestora do marketing do destino, nomeadamente na vertente de desenvolvimento de novos produtos.

A value chain analysis of tuna industry in Ghana

Every can of tuna purchased by the consumer has taken a long journey before reaching the supermarket shelves. For each can bought there is a lengthy process from sea to shelf. A large proportion of the tuna cans purchased in the European Union come all the way from West Africa; a developing region with a high dependency on fisheries. Amidst an ever-increasing demand for tuna products the global tuna fisheries are set to continue expanding, apparently one of the last natural resource based industries fit to do so in West Africa. Tuna is the biggest fisheries export and dominates the fisheries sector in Ghana, a country situated in West Africa. This thesis aims to understand how this globally important industrial fisheries functions in terms of procedures, practices, Governance and finance. Socioeconomic influences, in the setting of a developing country, were also examined. For these purposes a Value Chain Analysis was employed. A Value Chain Analysis is a tool commonly used to understand how different companies and organizations participate in a domestic policy environment, which directs conclusion in the global economy. This analysis has the potential to allow researchers to fully understand a commodity chain and hence identify realistic opportunities for consequential improvements. Interviews and questionnaires were employed in-field Ghana along with secondary data collection techniques. It was found that the fisheries functions at the production level under influences from large multinational companies and tends to operate with a certain degree of lawlessness. Governance over the value chain is well defined, however implementation is poor or non-existent. The processors, whom are also dominated by multinationals, exert some control over the producers and their sales, however the high value links which are highlighted occur at the retail stage. Socioeconomic dynamics acting in the chain included the lack of communication between the public and private sector, power imbalances amongst players at production, the role of local businesswomen as actors in the chain and the general characteristics of the workers in the industry. Value addition and upgrading are needed the most in Governance over the chain, especially within Monitoring, Control and Surveillance. The results of the study provide a wealth of material about the components of a cost-heavy fishing industry in a developing country; an industry on which many eyes have recently turned due to illegal fishing activities. It highlights clearly where funding and future focus are needed. This value chain can be used as a guide for those that need to comprehend the financial complexities and real life dynamics of the Ghanaian tuna fishing industry today.

Development of a Piggybac based direct reprogramming system for derivation of integration free induced pluripotent stem cells

Induced pluripotent stem cells (iPSc) have great potential for applications in regenerative medicine, disease modeling and basic research. Several methods have been developed for their derivation. The original method of Takahashi and Yamanaka involved the use of retroviral vectors which result in insertional mutagenesis, presence in the genome of potential oncogenes and effects of residual transgene expression on differentiation bias of each particular iPSc line. Other methods have been developed, using different viral vectors (adenovirus and Sendai virus), transient plasmid transfection, mRNA transduction, protein transduction and use of small molecules. However, these methods suffer from low efficiencies; can be extremely labor intensive, or both. An additional method makes use of the piggybac transposon, which has the advantage of inserting its payload into the host genome and being perfectly excised upon re-expression of the transposon transposase. Briefly, a policistronic cassette expressing Oct4, Sox2, Klf4 and C-Myc flanked by piggybac terminal repeats is delivered to the cells along with a plasmid transiently expressing piggybac transposase. Once reprogramming occurs, the cells are re-transfected with transposase and subclones free of tranposon integrations screened for. The procedure is therefore very labor intensive, requiring multiple manipulations and successive rounds of cloning and screening. The original method for reprogramming with the the PiggyBac transposon was created by Woltjen et al in 2009 (schematized here) and describes a process with which it is possible to obtain insert-free iPSc. Insert-free iPSc enables the establishment of better cellular models of iPS and adds a new level of security to the use of these cells in regenerative medicine. Due to the fact that it was based on several low efficiency steps, the overall efficiency of the method is very low (<1%). Moreover, the stochastic transfection, integration, excision and the inexistence of an active way of selection leaves this method in need of extensive characterization and screening of the final clones. In this work we aime to develop a non-integrative iPSc derivation system in which integration and excision of the transgenes can be controlled by simple media manipulations, avoiding labor intensive and potentially mutagenic procedures. To reach our goal we developed a two vector system which is simultaneously delivered to original population of fibroblasts. The first vector, Remo I, carries the reprogramming cassette and GFP under the regulation of a constitutive promoter (CAG). The second vector, Eneas, carries the piggybac transposase associated with an estrogen receptor fragment (ERT2), regulated in a TET-OFF fashion, and its equivalent reverse trans-activator associated with a positive-negative selection cassette under a constitutive promoter. We tested its functionality in HEK 293T cells. The protocol is divided in two the following steps: 1) Obtaining acceptable transfection efficiency into human fibroblasts. 2) Testing the functionality of the construct 3) Determining the ideal concentration of DOX for repressing mPB-ERT2 expression 4) Determining the ideal concentration of TM for transposition into the genome 5) Determining the ideal Windows of no DOX/TM pulse for transposition into the genome 6) 3, 4 and 5) for transposition out of the genome 7) Determination of the ideal concentration of GCV for negative selection We successfully demonstrated that ENEAS behaved as expected in terms of DOX regulation of the expression of mPB-ERT2. We also demonstrated that by delivering the plasmid into 293T HEK cells and manipulating the levels of DOX and TM in the medium, we could obtain puromycin resistant lines. The number of puromycin resistant colonies obtained was significantly higher when DOX as absent, suggesting that the colonies resulted from transposition events. Presence of TM added an extra layer of regulation, albeit weaker. Our PCR analysis, while not a clean as would be desired, suggested that transposition was indeed occurring, although a background level of random integration could not be ruled out. Finally, our attempt to determine whether we could use GVC to select clones that had successfully mobilized PB out of the genome was unsuccessful. Unexpectedly, 293T HEK cells that had been transfected with ENEAS and selected for puromycin resistance were insensitive to GCV.

Produção de "single cell oil" por Yarrowia lipolytica : seleção de meios de cultura

Com o crescimento económico e populacional, as necessidades energéticas globais aumentam diariamente. Juntamente com a percepção de que os combustíveis fósseis são finitos e com uma progressiva consciência ambiental, os biocombustíveis são vistos como a alternativa a seguir. A produção de biodiesel a partir da transesterificação de óleos vegetais aumenta a deflorestação e o custo de bens alimentares. Como alternativa, surgem os óleos de origem microbiana – single cell oil (SCO) - acumulados principalmente como triacilgliceróis, a mesma forma dos óleos vegetais, podendo ser utilizados para biodiesel ou como lípidos de alto valor acrescentado. Contudo, a utilização de microrganismos para síntese de lípidos está limitada pelos custos associados ao processo de produção. Este bioprocesso torna-se economicamente mais favorável quando resíduos obtidos a baixo custo são utilizados como fonte de carbono. Assim, o objectivo deste trabalho foi estudar a possibilidade de utilização de subprodutos de diversas indústrias (glicerol bruto e banha de porco) e glicerol puro na produção de SCO, utilizando a levedura Yarrowia lipolytica. Foram realizados ensaios em batch em matraz de 500 mL, matraz de 1000 mL e biorreator de 2 L, de modo a estudar qual o melhor substrato e concentração para produção de SCO. Verificou-se que a banha é o substrato mais eficaz para a acumulação de gordura pela estirpe Y. lipolytica W29, seguida do glicerol bruto, enquanto o glicerol puro mostrou ser a fonte de carbono menos adequada. Encontrou-se um intervalo de concentração de glicerol bruto para produção de SCO, enquanto que a concentração de banha no meio não afeta a acumulação de gordura pelas células. Os ácidos gordos preferencialmente acumulados pelas células em meio com banha e glicerol bruto foram o ácido oleico e o linoleico, respetivamente. Nos meios com glicerol puro e bruto observou-se a produção de ácido cítrico, o que não se verificou em meio com banha.

Assessment of the mineralogenic toxicity of aquatic pollutants

In ecotoxicology a major focus is in the aquatic environment, not only because it presents a great economic value to man but it is an ecosystem widely affected by the growing anthropogenic pollution. Most of the studies performed relate to adverse effects in development, reproductive or endocrine disruption but little is known about the possible effects in bone formation and skeletal development. In this study, we set out to evaluate the effects of 8 aquatic pollutants on the skeletal development using an in vivo system, the zebrafish larvae aged 20 days post-fertilization, through chronic exposure. Several endpoints were considered such as the cumulative mortality, total length, occurrence of skeletal deformities and marker gene expression. We were able to establish LD50 values for some pollutants, like 3-methylcholanthrene, lindane, diclofenac, cobalt and vanadate and found that the total length was not affected by any of the pollutants tested. Cobalt was the most harmful chemical to affect hatching time, severely affecting the ability of the zebrafish embryos to hatch and overall the number of deformities increased upon exposure to tested chemicals but no patterns of deformities were identified. We also propose that 3-methylcholanthrene has an osteogenic effect, affecting osteoblast and osteoclast function and that op levels can act as a mediator of 3-methylcholanthrene toxic stress to the osteoblast. In turn we found naphthalene to probably have a chondrogenic effect. Our results provided new insights into the potential osteotoxicity of environmental pollutants. Future studies should aim at confirming these preliminary data and at determining mechanisms of osteotoxicity.