Disorder prediction methods, their applicability to different protein targets and their usefulness for guiding experimental studies

The role and function of a given protein is dependent on its structure. In recent years, however, numerous studies have highlighted the importance of unstructured, or disordered regions in governing a protein’s function. Disordered proteins have been found to play important roles in pivotal cellular functions, such as DNA binding and signalling cascades. Studying proteins with extended disordered regions is often problematic as they can be challenging to express, purify and crystallise. This means that interpretable experimental data on protein disorder is hard to generate. As a result, predictive computational tools have been developed with the aim of predicting the level and location of disorder within a protein. Currently, over 60 prediction servers exist, utilizing different methods for classifying disorder and different training sets. Here we review several good performing, publicly available prediction methods, comparing their application and discussing how disorder prediction servers can be used to aid the experimental solution of protein structure. The use of disorder prediction methods allows us to adopt a more targeted approach to experimental studies by accurately identifying the boundaries of ordered protein domains so that they may be investigated separately, thereby increasing the likelihood of their successful experimental solution.

Communicating thematic data quality with web map services

Geospatial information of many kinds, from topographic maps to scientific data, is increasingly being made available through web mapping services. These allow georeferenced map images to be served from data stores and displayed in websites and geographic information systems, where they can be integrated with other geographic information. The Open Geospatial Consortium’s Web Map Service (WMS) standard has been widely adopted in diverse communities for sharing data in this way. However, current services typically provide little or no information about the quality or accuracy of the data they serve. In this paper we will describe the design and implementation of a new “quality-enabled” profile of WMS, which we call “WMS-Q”. This describes how information about data quality can be transmitted to the user through WMS. Such information can exist at many levels, from entire datasets to individual measurements, and includes the many different ways in which data uncertainty can be expressed. We also describe proposed extensions to the Symbology Encoding specification, which include provision for visualizing uncertainty in raster data in a number of different ways, including contours, shading and bivariate colour maps. We shall also describe new open-source implementations of the new specifications, which include both clients and servers.

Upgrading a TCABR data analysis and acquisition system for remote participation using Java, XML, RCP and modern client/server communication/authentication

The TCABR data analysis and acquisition system has been upgraded to support a joint research programme using remote participation technologies. The architecture of the new system uses Java language as programming environment. Since application parameters and hardware in a joint experiment are complex with a large variability of components, requirements and specification solutions need to be flexible and modular, independent from operating system and computer architecture. To describe and organize the information on all the components and the connections among them, systems are developed using the extensible Markup Language (XML) technology. The communication between clients and servers uses remote procedure call (RPC) based on the XML (RPC-XML technology). The integration among Java language, XML and RPC-XML technologies allows to develop easily a standard data and communication access layer between users and laboratories using common software libraries and Web application. The libraries allow data retrieval using the same methods for all user laboratories in the joint collaboration, and the Web application allows a simple graphical user interface (GUI) access. The TCABR tokamak team in collaboration with the IPFN (Instituto de Plasmas e Fusao Nuclear, Instituto Superior Tecnico, Universidade Tecnica de Lisboa) is implementing this remote participation technologies. The first version was tested at the Joint Experiment on TCABR (TCABRJE), a Host Laboratory Experiment, organized in cooperation with the IAEA (International Atomic Energy Agency) in the framework of the IAEA Coordinated Research Project (CRP) on ""Joint Research Using Small Tokamaks"". (C) 2010 Elsevier B.V. All rights reserved.

Managing ServerHotel

This graduate study was assigned by Unisys Oy Ab. The purpose of this study was to find tools to monitor and manage servers and objects in a hosting environment and to remotely connect to the managed objects. Better solutions for promised services were also researched. Unisys provides a ServerHotel service to other businesses which do not have time or resources to manage their own network, servers or applications. Contracts are based on a Service Level Agreement where service level is agreed upon according to the customer's needs. These needs have created a demand for management tools. Unisys wanted to find the most appropriate tools for its hosting environment to fulfill the agreed service level with reasonable costs. The theory consists of literary research focusing on general agreements used in the Finnish IT business, different types of monitoring and management tools and the common protocols used inthem. The theory focuses mainly on the central elements of the above mentioned topics and on their positive and negative features. The second part of the study focuses on general hosting agreements and what management tools Unisys has selected for hosting and why. It also gives a more detailed account of the hosting environment and its features in more detail. Because of the results of the study Unisys decided to use Servers Alive to monitor network and MS applications’ services. Cacti was chosen to monitor disk spaces, which gives us an idea of future disk growth. For remote connections the Microsoft’s Remote Desktop tool was the mostappropriate when the connection was tunneled through Secure Shell (SSH). Finding proper tools for the intended purposes with cost-conscious financial resources proved challenging. This study showed that if required, it is possible to build a professional hosting environment.

Load balancing solution and evaluation of F5 content switch equipment

The Thesis focused on hardware based Load balancing solution of web traffic through a load balancer F5 content switch. In this project, the implemented scenario for distributing HTTPtraffic load is based on different CPU usages (processing speed) of multiple member servers.Two widely used load balancing algorithms Round Robin (RR) and Ratio model (weighted Round Robin) are implemented through F5 load balancer. For evaluating the performance of F5 content switch, some experimental tests has been taken on implemented scenarios using RR and Ratio model load balancing algorithms. The performance is examined in terms of throughput (bits/sec) and Response time of member servers in a load balancing pool. From these experiments we have observed that Ratio Model load balancing algorithm is most suitable in the environment of load balancing servers with different CPU usages as it allows assigning the weight according to CPU usage both in static and dynamic load balancing of servers.

Social Media, Privacy, and the Academic Classroom

We live in a world full of social media and portable technology that allows for the effortless access to, and sharing of, information. While this constant connection can be viewed as a benefit by some, there have been recent, sometimes embarrassing, instances throughout the world that show just how quickly any expectation of privacy can be destroyed. From pictures of poorly dressed shoppers at a grocery store to customers recording interactions with their servers at restaurants, the internet is full of media (all with the potential to go viral) created and posted without consent of all parties captured. This risk to privacy is not just limited to retail and restaurants, as being in any situation amongst people puts you at risk, including being in an academic classroom. Anyone providing in-class instruction, be they professor or librarian, can be at risk for this type of violation of privacy. In addition, the students in the class are also at risk for being unwittingly captured by their classmates. To combat this, colleges and universities are providing recommendations to faculty regarding this issue, such as including suggested syllabus statements about classroom recording by students. In some instances, colleges and universities have instituted formal policies with strict penalties for violators. An overview of current privacy law as it relates to an academic setting is discussed as well as recent, newsworthy instances of student recording in the classroom and the resulting controversies. Additionally, there is a discussion highlighting various recommendations and formal policies that have been issued and adopted by colleges and universities around the country. Finally, advice is offered about what librarians can do to educate students, faculty, and staff about the privacy rights of others and the potential harm that could come from posting to social media and the open web images and video of others without their consent.

Adaptive, Decentralized, And Real-Time Sampling Strategies For Resource Constrained Hydraulic And Hydrologic Sensor Networks

We discuss the development and performance of a low-power sensor node (hardware, software and algorithms) that autonomously controls the sampling interval of a suite of sensors based on local state estimates and future predictions of water flow. The problem is motivated by the need to accurately reconstruct abrupt state changes in urban watersheds and stormwater systems. Presently, the detection of these events is limited by the temporal resolution of sensor data. It is often infeasible, however, to increase measurement frequency due to energy and sampling constraints. This is particularly true for real-time water quality measurements, where sampling frequency is limited by reagent availability, sensor power consumption, and, in the case of automated samplers, the number of available sample containers. These constraints pose a significant barrier to the ubiquitous and cost effective instrumentation of large hydraulic and hydrologic systems. Each of our sensor nodes is equipped with a low-power microcontroller and a wireless module to take advantage of urban cellular coverage. The node persistently updates a local, embedded model of flow conditions while IP-connectivity permits each node to continually query public weather servers for hourly precipitation forecasts. The sampling frequency is then adjusted to increase the likelihood of capturing abrupt changes in a sensor signal, such as the rise in the hydrograph – an event that is often difficult to capture through traditional sampling techniques. Our architecture forms an embedded processing chain, leveraging local computational resources to assess uncertainty by analyzing data as it is collected. A network is presently being deployed in an urban watershed in Michigan and initial results indicate that the system accurately reconstructs signals of interest while significantly reducing energy consumption and the use of sampling resources. We also expand our analysis by discussing the role of this approach for the efficient real-time measurement of stormwater systems.

Newly Automated System For Integrated Assessment Of The Conditions Of Underwater Gas Pipelines

An underwater gas pipeline is the portion of the pipeline that crosses a river beneath its bottom. Underwater gas pipelines are subject to increasing dangers as time goes by. An accident at an underwater gas pipeline can lead to technological and environmental disaster on the scale of an entire region. Therefore, timely troubleshooting of all underwater gas pipelines in order to prevent any potential accidents will remain a pressing task for the industry. The most important aspect of resolving this challenge is the quality of the automated system in question. Now the industry doesn't have any automated system that fully meets the needs of the experts working in the field maintaining underwater gas pipelines. Principle Aim of this Research: This work aims to develop a new system of automated monitoring which would simplify the process of evaluating the technical condition and decision making on planning and preventive maintenance and repair work on the underwater gas pipeline. Objectives: Creation a shared model for a new, automated system via IDEF3; Development of a new database system which would store all information about underwater gas pipelines; Development a new application that works with database servers, and provides an explanation of the results obtained from the server; Calculation of the values MTBF for specified pipelines based on quantitative data obtained from tests of this system. Conclusion: The new, automated system PodvodGazExpert has been developed for timely and qualitative determination of the physical conditions of underwater gas pipeline; The basis of the mathematical analysis of this new, automated system uses principal component analysis method; The process of determining the physical condition of an underwater gas pipeline with this new, automated system increases the MTBF by a factor of 8.18 above the existing system used today in the industry.

ORPIS: um modelo de consistência de conteúdo replicado em servidores Web distribuídos

O surgimento de novas aplicações que utilizam o protocolo HTTP nas suas transações e a crescente popularidade da World Wide Web (WWW) provocaram pesquisas pelo aumento do desempenho de servidores Web. Para tal, uma das alternativas propostas neste trabalho é utilizar um conjunto de servidores Web distribuídos que espalham a carga de requisições entre vários computadores, atuando como um só associado a uma estratégia de replicação de conteúdo. Um dos problemas centrais a ser resolvido em servidores Web distribuídos é como manter a consistência das réplicas de conteúdo entre os equipamentos envolvidos. Esta dissertação apresenta conceitos fundamentais envolvendo o tema replicação de conteúdo em servidores Web distribuídos. São mostrados detalhes sobre arquitetura de servidores Web distribuídos, manutenção da consistência em ambientes de servidores Web distribuídos, uso de replicação e formas de replicação. Além disso, são citados alguns trabalhos correlatos ao propósito de manter réplicas consistentes em ambientes de servidores Web distribuídos. Este trabalho tem por objetivo propor um modelo de manutenção da consistência de conteúdo em servidores Web distribuídos com características de transparência e autonomia. O modelo, denominado One Replication Protocol for Internet Servers (ORPIS), adota uma estratégia de propagação otimista porque não existe sincronismo no envio das atualizações para as réplicas. Este trabalho apresenta os principais componentes tecnológicos empregados na Web, além dos problemas causados pela escalabilidade e distribuição inerentes a esse ambiente. São descritas as principais técnicas de aumento de desempenho de servidores Web que atualmente vêm sendo utilizadas. O modelo ORPIS é descrito, sendo apresentados seus pressupostos, elencados seus componentes e detalhados os seus algoritmos de funcionamento. Este trabalho dá uma visão geral sobre a implementação e os testes realizados em alguns módulos do protótipo do modelo, caracterizando o ambiente de desenvolvimento do protótipo e detalhes da implementação. São enumerados os atributos e métodos das classes do protótipo e definidas as estruturas de dados utilizadas. Além disso, apresentam-se os resultados obtidos da avaliação funcional dos módulos implementados no protótipo. Um ponto a ser salientado é a compatibilidade do modelo ORPIS aos servidores Web existentes, sem a necessidade de modificação em suas configurações. O modelo ORPIS é baseado na filosofia de código aberto. Durante o desenvolvimento do protótipo, o uso de software de código aberto proporcionou um rápido acesso às ferramentas necessárias (sistema operacional, linguagens e gerenciador de banco de dados), com possibilidade de alteração nos códigos fonte como uma alternativa de customização.

Um novo desafio para o judiciário: o juiz líder

A pesquisa versa sobre a importância da liderança para uma eficiente prestação jurisdicional, a qual resulta de um concatenado trabalho de equipe entre o juiz e os servidores de uma determinada unidade judicial. A necessidade de o magistrado contribuir para a formação de uma equipe de alto desempenho para o enfrentamento da intempestividade da prestação jurisdicional, principal problema do Poder Judiciário, buscando as almejadas celeridade e efetividade da justiça. A qualidade da prestação jurisdicional dependerá da gestão imprimida pelo juiz na sua unidade. A pesquisa aponta para a necessidade de o juiz exercer sua atividade meio como um líder, dominando técnicas modernas de gestão e também influenciando sua equipe em busca da excelência. Será analisado o tipo de liderança que melhor se amolda à judicatura, que é a servidora. Nela o magistrado identifica as necessidades de seus funcionários e trata de supri-las, recebendo em troca a máxima dedicação e motivação possíveis. O juiz líder administra sua unidade e forja uma equipe qualificada e motivada. Em face da impossibilidade de conceituar o juiz líder, são apontados os seus traços característicos, que o tornam o novo modelo do juiz brasileiro: o juiz líder servidor. Identificação dessas características na dimensão organizacional, na dimensão interpessoal, bem como as habilidades pessoais que o definem. Por fim, é abordada a necessidade de o Judiciário refletir sobre o atual sistema de recrutamento seletivo dos magistrados, priorizando a escolha sobre pessoas vocacionadas e, após a seleção, investir na constante formação de líderes nos seus quadros que, alinhados, proporcionarão uma justiça célere, humana, justa e efetiva.

Qualidade de vida no serviço público: um programa para a Agência Nacional do Petróleo, Gás Natural e Biocombustíveis - ANP

This study aimed to verify which are the main factors for a Quality of Working Life Program in context of the Agência Nacional do Petróleo, Gás Natural e Biocombustíveis (ANP). For this, a descriptive, an explanatory, a literature, a documentary and a field research was applied. ANP was the universe of the research. The sample consists of 2 Quality of Working Life Program¿s managers: one of Agência Nacional de Águas (ANA), and another one from Agência Nacional de Saúde Suplementar (ANS), as well as managers and servers from ANP. Two semi structured interviews, a mixed questionnaire and a words evoke test were applied. The Quality of Working Life Factors used in this study were: working conditions, health, moral, compensation, participation, internal communication, organization image, headmansubaltern relationship and working organization. It was concluded that relevant factors for a Quality of Working Life Program in ANP are: working organization, working condition, moral, health and organization image.

As organizações sociais no contexto da reforma do Estado: o caso da associação de Comunicação Educativa Roquete Pinto

Diante da incapacidade do Estado em atender às demandas que lhe são exigidas, o governo federal propôs alterações na máquina pública, através do Plano Diretor da Reforma do Aparelho do Estado, de forma a estabelecer novas formas de gestão e novos modelos para as instituições. O objetivo é possibilitar maior interação entre Estado e Sociedade e ao mesmo tempo atingir níveis maiores de eficiência. Em especial, o projeto das Organizações Sociais (OS) pode representar a primeira tentativa de fomentar uma nova espécie de parceria entre o Estado e a Sociedade. Não obstante, existem defeitos na implementação das OS, pois surgiram na prática por iniciativa do governo e não da sociedade civil; o processo de qualificação mostrou-se extremamente centralizador e a composição do Conselho de Administração fortemente comandada pelo poder público. Portanto, as OS devem ser analisadas como um processo em curso, uma possibilidade de vir ainda a se constituir em alternativa eficiente nas áreas de produção e veiculação de radiofusão educativa e cultural, de saúde, de pesquisa científica, de educação e de cultura. Para que atinja os seus objetivos, não se limitando à maior flexibilidade administrativa conquistada, terão de ser revistas e corrigidas as falhas iniciais e introduzidos mecanismos que possibilitem maior controle social da gestão pública. Esta dissertação está voltada para a experiência piloto das OS: a transformação da extinta Fundação Roquette Pinto em ACERP (Associação de Comunicação Educativa Roquette Pinto), I apontando desafios e dificuldades da mudança organizacional, os objetivos e as metas fixados no contrato de gestão e a busca da concretização da implementação de novos valores de direcionamento ao cliente com qualidade. Há críticas em relação ao processo de mudanças adotado, em especial à ausência de planejamento e à dificuldade de diálogo manifestadas pelos dirigentes da ACERP. A mudança organizacional tem importado valores culturais e buscado, a curtíssimo prazo, a modificação de traços de cultura e de comportamento predominantes na organização, provocando o êxodo dos servidores públicos.

Impactos dos processos de mudanças na cultura organizacional: um estudo na secretaria municipal de economia e finanças da prefeitura de Manaus

A mudança organizacional caracteriza-se por transformações cada vez mais rápidas, profundas e amplas que exercem um impacto direto nos trabalhadores seja do setor público ou do setor privado. Seus efeitos, positivos ou negativos, geram instabilidade e estresse, ou seja, implicam em renúncias, perdas e adaptações. Ao se observar a mudança organizacional como ciclo de existência em que se pode examinar determinados momentos organizacionais, considerados estratégicos, como forma de pensamento e forma de decisão dos dirigentes. As mudanças tecnológicas, mais facilmente visualizadas e implementadas na Secretaria Municipal de Economia e Finanças da Prefeitura Municipal de Manaus, exigem, muitas vezes, uma mudança cultural. O estudo propõe uma vertente teórica que destaca parte dos esforços interpretativos das situações decisórias. A pesquisa empírica tem como objetivo principal verificar a cultura organizacional e a dependência de poder, através da análise de valor e dos interesses compartilhados pelos grupos de servidores da Prefeitura de Manaus. A cultura organizacional será analisada por meio dos seus elementos, ou seja, por meio dos valores compartilhados entre os dirigentes e os demais funcionários dos diversos setores da Secretaria Municipal de Economia e Finanças. Para este estudo, se utilizará uma amostra composta dos representantes dos diversos setores da Secretaria, tais como: Cadastro, Contabilidade, Fiscalização, Finanças, Tributação e Apoio administrativo. Nesse contexto, enfatizar-se-á a importância de se respeitar o ritmo de aprendizado e mudanças individuais estimulando a participação e reduzindo os riscos de ansiedade diante das mudanças organizacionais.

Regionalização da assistência farmacêutica no estado de Goiás : dilemas, incertezas e desafios

O estado de Goiás deu início ao seu processo de regionalização das ações de saúde, seguindo as diretrizes do SUS e as normas preconizadas pela NOAS 2001. O Plano Diretor Regionalização (PDR) está pactuado desde 2002, entretanto ainda não se encontra em pleno funcionamento. As ações de assistência farmacêutica (AF) ainda não foram regionalizadas. Com a intenção que identificar quais ações deveriam ser regionalizadas, as maiores dificuldades para a regionalização desse setor e a necessidade de se regionalizar essas ações, questionou-se os servidores da Secretaria de Estado da Saúde SES-GO, do nível central e regional, que trabalham direta ou indiretamente com ações de AF. Utilizando a escala de Likert para medir a intenção (vontade, desejo) das atitudes desses servidores. Demonstrou–se, nesta pesquisa, a predisposição de realizar regionalmente as ações de programação anual, distribuição de medicamentos aos municípios e avaliação das ações básicas dos municípios da sua região, a neutralidade quanto a regionalização das ações de seleção de medicamentos e a dispensação de medicamentos especiais. Apenas com relação à ação de aquisição regionalizada se encontrou uma predisposição desfavorável, ainda que com a predisposição de concordar com a necessidade da regionalização da assistência farmacêutica estadual. As maiores dificuldades são a carência de recursos humanos, agenda política, programação anual e a estrutura física deficitária das administrações regionais de saúde.

Políticas de recursos humanos da Fundação Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística (IBGE) e a elevação da faixa etária média de seus servidores

Este estudo teve como objetivo conhecer as expectativas dos servidores do Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística (IBGE) em relação às políticas de recursos humanos, dada a elevação da faixa etária da população dos servidores desta instituição. Tomou como ponto de partida os resultados das pesquisas do IBGE - Censo Demográfico e a Pesquisa Nacional de Domicilio - que vêm demonstrando ao longo dos anos a tendência de aumento da esperança de vida da população brasileira. Tendência essa que se reflete na elevação da faixa etária média dos trabalhadores dentro dessa instituição. E ainda, considerou a evolução do papel da Área de Recursos Humanos ao longo dos anos e a sua importância dentro da gestão pública brasileira, dado que sempre teve um lugar de destaque nas diversas reformas administrativas implementadas. Assim, baseado em três vetores: elevação da expectativa de vida do brasileiro, administração de recursos humanos e administração pública brasileira, identificou como o IBGE e seus servidores têm vivenciado a realidade de um quadro de trabalhadores cada vez mais velhos. As entrevistas realizadas com os servidores, analisadas a partir do método da Análise de Conteúdo, revelaram que a questão do envelhecimento, apesar de ter reflexos fortes dentro da instituição, ainda não é claramente destacada dentro das políticas de recursos humanos, o que faz com que os servidores não consigam perceber políticas de RH focadas no envelhecimento do quadro, mostrando-se desmotivados e decepcionados quanto ao tema e ao mesmo tempo ansiosos por mudanças claras e radicais no que tange a gestão das políticas de RH.