BioSWR - Semantic Web services Registry for Bioinformatics

Article About the Authors Metrics Comments Related Content Abstract Introduction Functionality Implementation Discussion Acknowledgments Author Contributions References Reader Comments (0) Figures Abstract Despite of the variety of available Web services registries specially aimed at Life Sciences, their scope is usually restricted to a limited set of well-defined types of services. While dedicated registries are generally tied to a particular format, general-purpose ones are more adherent to standards and usually rely on Web Service Definition Language (WSDL). Although WSDL is quite flexible to support common Web services types, its lack of semantic expressiveness led to various initiatives to describe Web services via ontology languages. Nevertheless, WSDL 2.0 descriptions gained a standard representation based on Web Ontology Language (OWL). BioSWR is a novel Web services registry that provides standard Resource Description Framework (RDF) based Web services descriptions along with the traditional WSDL based ones. The registry provides Web-based interface for Web services registration, querying and annotation, and is also accessible programmatically via Representational State Transfer (REST) API or using a SPARQL Protocol and RDF Query Language. BioSWR server is located at http://inb.bsc.es/BioSWR/and its code is available at https://sourceforge.net/projects/bioswr/​under the LGPL license.

Rockfall detection from LIDAR point clouds: A clustering approach using R

The analysis of rockfall characteristics and spatial distribution is fundamental to understand and model the main factors that predispose to failure. In our study we analysed LiDAR point clouds aiming to: (1) detect and characterise single rockfalls; (2) investigate their spatial distribution. To this end, different cluster algorithms were applied: 1a) Nearest Neighbour Clutter Removal (NNCR) in combination with the Expectation?Maximization (EM) in order to separate feature points from clutter; 1b) a density based algorithm (DBSCAN) was applied to isolate the single clusters (i.e. the rockfall events); 2) finally we computed the Ripley's K-function to investigate the global spatial pattern of the extracted rockfalls. The method allowed proper identification and characterization of more than 600 rockfalls occurred on a cliff located in Puigcercos (Catalonia, Spain) during a time span of six months. The spatial distribution of these events proved that rockfall were clustered distributed at a welldefined distance-range. Computations were carried out using R free software for statistical computing and graphics. The understanding of the spatial distribution of precursory rockfalls may shed light on the forecasting of future failures.

Monte Carlo simulation of x-ray spectra generated by kilo-electron-volt electrons

We present a general algorithm for the simulation of x-ray spectra emitted from targets of arbitrary composition bombarded with kilovolt electron beams. Electron and photon transport is simulated by means of the general-purpose Monte Carlo code PENELOPE, using the standard, detailed simulation scheme. Bremsstrahlung emission is described by using a recently proposed algorithm, in which the energy of emitted photons is sampled from numerical cross-section tables, while the angular distribution of the photons is represented by an analytical expression with parameters determined by fitting benchmark shape functions obtained from partial-wave calculations. Ionization of K and L shells by electron impact is accounted for by means of ionization cross sections calculated from the distorted-wave Born approximation. The relaxation of the excited atoms following the ionization of an inner shell, which proceeds through emission of characteristic x rays and Auger electrons, is simulated until all vacancies have migrated to M and outer shells. For comparison, measurements of x-ray emission spectra generated by 20 keV electrons impinging normally on multiple bulk targets of pure elements, which span the periodic system, have been performed using an electron microprobe. Simulation results are shown to be in close agreement with these measurements.

Fate of peat utilization

Peat is an organic substance with the maintenance of a mineral part, what shows it as interesting object for studying. Both organic and mineral parts of peat find application in various fields of activity of the people. Antibacterial properties of peat are known since an antiquity. Today people have expanded a spectrum of application of peat to use of by-products of its processing for reception of rather ecologically harmless fuel. The master theses are focused on peat, as on ambiguous raw materials for processing and fuel manufacture. The purpose of theses to show how much widely applied peat, technologies on its processing and its influence on environment at all stages of its working out.

Utilization of a Time Domain Simulator in the Technical and Economic Analysis of a Wind Turbine Electric Drive Train

The amount of installed wind power has been growing exponentially during the past ten years. As wind turbines have become a significant source of electrical energy, the interactions between the turbines and the electric power network need to be studied more thoroughly than before. Especially, the behavior of the turbines in fault situations is of prime importance; simply disconnecting all wind turbines from the network during a voltage drop is no longer acceptable, since this would contribute to a total network collapse. These requirements have been a contributor to the increased role of simulations in the study and design of the electric drive train of a wind turbine. When planning a wind power investment, the selection of the site and the turbine are crucial for the economic feasibility of the installation. Economic feasibility, on the other hand, is the factor that determines whether or not investment in wind power will continue, contributing to green electricity production and reduction of emissions. In the selection of the installation site and the turbine (siting and site matching), the properties of the electric drive train of the planned turbine have so far been generally not been taken into account. Additionally, although the loss minimization of some of the individual components of the drive train has been studied, the drive train as a whole has received less attention. Furthermore, as a wind turbine will typically operate at a power level lower than the nominal most of the time, efficiency analysis in the nominal operating point is not sufficient. This doctoral dissertation attempts to combine the two aforementioned areas of interest by studying the applicability of time domain simulations in the analysis of the economicfeasibility of a wind turbine. The utilization of a general-purpose time domain simulator, otherwise applied to the study of network interactions and control systems, in the economic analysis of the wind energy conversion system is studied. The main benefits of the simulation-based method over traditional methods based on analytic calculation of losses include the ability to reuse and recombine existing models, the ability to analyze interactions between the components and subsystems in the electric drive train (something which is impossible when considering different subsystems as independent blocks, as is commonly done in theanalytical calculation of efficiencies), the ability to analyze in a rather straightforward manner the effect of selections other than physical components, for example control algorithms, and the ability to verify assumptions of the effects of a particular design change on the efficiency of the whole system. Based on the work, it can be concluded that differences between two configurations can be seen in the economic performance with only minor modifications to the simulation models used in the network interaction and control method study. This eliminates the need ofdeveloping analytic expressions for losses and enables the study of the system as a whole instead of modeling it as series connection of independent blocks with no lossinterdependencies. Three example cases (site matching, component selection, control principle selection) are provided to illustrate the usage of the approach and analyze its performance.

Macrophomina phaseolina: density and longevity of microsclerotia in soybean root tissues and free on the soil, and competitive saprophytic ability

In field experiments, the density of Macrophomina phaseolina microsclerotia in root tissues of naturally colonized soybean cultivars was quantified. The density of free sclerotia on the soil was determined for plots of crop rotation (soybean-corn) and soybean monoculture soon after soybean harvest. M. phaseolina natural infection was also determined for the roots of weeds grown in the experimental area. To verify the ability of M. phaseolina to colonize dead substrates, senesced stem segments from the main plant species representing the agricultural system of southern Brazil were exposed on naturally infested soil for 30 and 60 days. To quantify the sclerotia, the methodology of Cloud and Rupe (1991) and Mengistu et al. (2007) was employed. Sclerotium density, assessed based on colony forming units (CFU), ranged from 156 to 1,108/g root tissue. Sclerotium longevity, also assessed according to CFU, was 157 days for the rotation and 163 days for the monoculture system. M. phaseolina did not colonize saprophytically any dead stem segment of Avena strigosa,Avena sativa,Hordeum vulgare,Brassica napus,Gossypium hirsutum,Secale cereale,Helianthus annus,Triticosecalerimpaui, and Triticum aestivum. Mp was isolated from infected root tissues of Amaranthus viridis,Bidens pilosa,Cardiospermum halicacabum,Euphorbia heterophylla,Ipomoea sp., and Richardia brasiliensis. The survival mechanisms of M. phaseolina studied in this paper met the microsclerotium longevity in soybean root tissues, free on the soil, as well as asymptomatic colonization of weeds.

Viestitaktiikan kehittyminen yhtymän viestijärjestelmän käyttöönoton jälkeen

Tutkimus käynnistyi Maanpuolustuskorkeakoulun taktiikan laitoksen esittäessä aihepiiriä tutkittavaksi. Tutkimuksen tavoitteena on ollut lisätä tietämystä viestitaktiikan kehittymisestä yhtymän viestijärjestelmän käyttöönoton jälkeen 1980 – 2000-luvuilla osana operatiivistaktisten toimintaperiaatteiden ja -tapojen kehittymistä. Tutkimuksella on pyritty syventämään tietämystä taktisten periaatteiden muutoksista viestitaktiikan näkökulmasta. Tutkimuksessa tarkasteltiin maavoimien YVI-järjestelmillä varustettujen yhtymien viestitaktiikkaa sekä niissä tapahtuneita muutoksia. Muutoksia tarkasteltaessa tutkimuksessa keskityttiin käsitykseen viestitaktiikasta, viestitaktisiin periaatteisiin sekä viestipäällikköön ja hänen toimintakenttäänsä. Viestitaktisia periaatteita ja niissä tapahtuneita muutoksia vertailtiin myös yleisiin taktisiin periaatteisiin ja niiden painotuksissa tapahtuneisiin muutoksiin. Tutkimus on luonteeltaan kvalitatiivinen. Tutkimusongelmia lähestyttiin fenomenografisella tutkimusotteella, jossa tavoitteena on kuvailla, analysoida ja ymmärtää erilaisia käsityksiä ilmiöistä sekä käsitysten keskinäisistä suhteista. Lähdeaineiston muodostivat 18 viestitaktiikan asiantuntijan kokemusperäiset käsitykset viestitaktiikasta ja sen kehittymisestä YVIjärjestelmien käyttöönoton jälkeen. Käsityksistä muodostettiin merkitys- ja kuvauskategorioiden sekä tutkijan esiymmärryksen pohjalta induktiivisen päättelyn avulla tutkimuksen varsinaiset johtopäätökset. Tutkimushenkilöiden käsitysten sekä taktiikan ja viestitaktiikan aikaisempien määritelmien perusteella johtopäätöksenä määritettiin, että viestitaktiikka on tehtävän toteuttamiseen käytettävissä olevan viestillisen kapasiteetin optimaalista suunnittelua, soveltamista ja käyttöä viestivoimana haluttujen päämäärien saavuttamiseksi ja viestitaisteluiden voittamiseksi. Viestitaktikointi edellyttää viestitaisteluun liittyvien keinojen tuntemista sekä taitoa soveltaa niitä käytännössä. Tutkimustulosten perusteella keskeisiksi viestitaktisiksi periaatteiksi tärkeysjärjestyksessä muodostuivat - päämäärän ja tehtävän selkeys - varautuminen odottamattomiin tilanteen vaihteluihin - yksinkertaisuus - aktiivisuus ja oma-aloitteisuus. Keskeisiksi merkitystään lisänneiksi viestitaktisiksi periaatteiksi muodostuivat - voimien vaikutuksen keskittäminen - joukkojen ja voimien jakaminen (reservi) - varautuminen odottamattomiin tilanteen vaihteluihin - salaaminen ja harhauttaminen - turvallisuus. Selkeimpänä viestipäällikön tehtävien muutoksena pidettiin siirtymistä yksityiskohtaisesta viestiyhteyksien suunnittelijasta kokonaisvaltaiseksi yhtymän viestitoiminnan johtajaksi. Tutkimustulosten ja aikaisempien määritelmien perusteella johtopäätöksenä määritettiin, että viestipäällikkö johtaa yhtymän viestitoimintaa komentajan antamien vaatimusten mukaisesti ja vastaa yhtymän johtoryhmän jäsenenä viestitaktisista ratkaisuista haluttujen päämäärien saavuttamiseksi ja viestitaisteluiden voittamiseksi. Viestipäälliköltä edellytetään viestitaisteluun liittyvien keinojen tuntemista sekä taitoa soveltaa niitä käytännössä. Tutkimuksen mukaan yhtymän viestitaktiikkaan merkittävimmin vaikuttaneita tekijöitä olivat yhtymän viestijärjestelmien käyttöönotto, uusien esikunta- ja viestiyksiköiden kehittäminen, kiinteän viestiverkon ja johtamisjärjestelmäalan merkityksen kasvaminen, käytettävien tekniikoiden kehittyminen sekä joukkojen ja johtoportaiden tiedonsiirtotarpeiden kasvaminen. Viestitaktiikan osalta voidaan todeta deterministisen näkemyksen taistelusta ja taistelutilasta muuttuneen yleisten taktisten periaatteiden muutosten mukaisesti aikaisempaa monimuotoisempaan ja rohkeampaan, voluntaarisempaan, suuntaan.

Yleismittarikortin prototyypin suunnittelu modulaariseen testauslaitteeseen

Tämä diplomityö on osa erään yrityksen sisäistä tuotekehitysprojektia. Projektin päämäärä oli kehittää ja tuoda markkinoille uusi modulaarinen testilaite. Markkinoille tuotava laite voi asiakkaan toivomuksesta pitää sisällään jännitelujuus-, eristysvastus- ja vuotovirtamittarin. Tämän lisäksi uuteen testilaitteeseen on mahdollista lisätä muita sisäisiä rele- ja mittalaitekortteja mm. yleismittarimoduulin. Diplomityössä perehdytään elektroniikan eri suureiden mittaamiseen, sekä syvennytään modulaarisen testilaitteen yleismittarikortin prototyypin suunnitteluun. Prototyypin tuli vastata tarkkuudeltaan ja nopeudeltaan markkinoiden johtavien mittalaitevalmistajien tarjoamia yleiskäyttöön tarkoitettuja järjestelmäyleismittareita. Työn lopputuloksena syntyi digitaaliyleismittarikortin prototyyppi. Käytännön syistä prototyyppikortin mittaustulokset ja tulosten käsittely on rajattu kokonaan pois tästä kirjallisesta dokumentista.

Near-Threshold Computing

Valmistustekniikoiden kehittyessä IC-piireille saadaan mahtumaan yhä enemmän transistoreja. Monimutkaisemmat piirit mahdollistavat suurempien laskutoimitusmäärien suorittamisen aikayksikössä. Piirien aktiivisuuden lisääntyessä myös niiden energiankulutus lisääntyy, ja tämä puolestaan lisää piirin lämmöntuotantoa. Liiallinen lämpö rajoittaa piirien toimintaa. Tämän takia tarvitaan tekniikoita, joilla piirien energiankulutusta saadaan pienennettyä. Uudeksi tutkimuskohteeksi ovat tulleet pienet laitteet, jotka seuraavat esimerkiksi ihmiskehon toimintaa, rakennuksia tai siltoja. Tällaisten laitteiden on oltava energiankulutukseltaan pieniä, jotta ne voivat toimia pitkiä aikoja ilman akkujen lataamista. Near-Threshold Computing on tekniikka, jolla pyritään pienentämään integroitujen piirien energiankulutusta. Periaatteena on käyttää piireillä pienempää käyttöjännitettä kuin piirivalmistaja on niille alunperin suunnitellut. Tämä hidastaa ja haittaa piirin toimintaa. Jos kuitenkin laitteen toiminnassa pystyään hyväksymään huonompi laskentateho ja pienentynyt toimintavarmuus, voidaan saavuttaa säästöä energiankulutuksessa. Tässä diplomityössä tarkastellaan Near-Threshold Computing -tekniikkaa eri näkökulmista: aluksi perustuen kirjallisuudesta löytyviin aikaisempiin tutkimuksiin, ja myöhemmin tutkimalla Near-Threshold Computing -tekniikan soveltamista kahden tapaustutkimuksen kautta. Tapaustutkimuksissa tarkastellaan FO4-invertteriä sekä 6T SRAM -solua piirisimulaatioiden avulla. Näiden komponenttien käyttäytymisen Near-Threshold Computing –jännitteillä voidaan tulkita antavan kattavan kuvan suuresta osasta tavanomaisen IC-piirin pinta-alaa ja energiankulusta. Tapaustutkimuksissa käytetään 130 nm teknologiaa, ja niissä mallinnetaan todellisia piirivalmistusprosessin tuotteita ajamalla useita Monte Carlo -simulaatioita. Tämä valmistuskustannuksiltaan huokea teknologia yhdistettynä Near-Threshold Computing -tekniikkaan mahdollistaa matalan energiankulutuksen piirien valmistaminen järkevään hintaan. Tämän diplomityön tulokset näyttävät, että Near-Threshold Computing pienentää piirien energiankulutusta merkittävästi. Toisaalta, piirien nopeus heikkenee, ja yleisesti käytetty 6T SRAM -muistisolu muuttuu epäluotettavaksi. Pidemmät polut logiikkapiireissä sekä transistorien kasvattaminen muistisoluissa osoitetaan tehokkaiksi vastatoimiksi Near- Threshold Computing -tekniikan huonoja puolia vastaan. Tulokset antavat perusteita matalan energiankulutuksen IC-piirien suunnittelussa sille, kannattaako käyttää normaalia käyttöjännitettä, vai laskea sitä, jolloin piirin hidastuminen ja epävarmempi käyttäytyminen pitää ottaa huomioon.

Inbound marketing in practice. Case study: Lainaaja.fi

The general purpose of the thesis was to describe and explain the particularities of inbound marketing methods and the key advantages of those methods. Inbound marketing can be narrowed down to a set of marketing strategies and techniques focused on pulling prospects towards a business and its products on the Internet by producing useful and relevant content to prospects. The main inbound marketing methods and channels were identified as blogging, content publishing, search engine optimization and social media. The best way to utilise these methods is producing great content that should cover subjects that interest the target group, which is usually a composition of buyers, existing customers and influencers, such as analysts and media The study revealed increase in Lainaaja.fi traffic and referral traffic sources that was firmly confirmed as statistically significant, while number of backlinks and SERP placement were clearly positively correlated, but not statistically significant. The number of new registered users along with new loan applicants and deposits did not show correlation with increased content producing. The conclusion of the study shows inbound marketing campaign clearly increasing website traffic and plausible help on getting better search engine results compared to control period. Implications are clear; inbound marketing is an activity that every business should consider implementing. But just producing content online is not enough; equal amount of work should be put into turning the visitors into customers. Further studies are recommended on using inbound marketing combined with monitoring of landing pages and conversion optimization to incoming visitors.

Hot tool temperature analysis though infrared images

Textile manufacture occupies a prominent place in the national economy. Because of its importance researches have been made on the development of new materials, equipment and methods used in the production process. The cutting of textiles starts in the basic stage, to be followed by the process of the making of clothes and other articles. In the hot cutting of fabric, one of the variables of great importance in the control of the process is the contact temperature between the tool and the fabric. This work presents a technique for the measurement of the temperature based on the processing of infrared images. With this purpose, it was developed a system which is composed of an infrared camera, a framegrabber PC board and a software which analyses the punctual temperature in the cut area enabling the operator to achieve the necessary control of other variables involved in the process.

Arduino-pohjainen OBD2-lukija SAE J1850 VPW protokollatuella

Kandidaatintyössä toteutetaan OBD2 (On-Board Diagnostics 2) -lukija ajoneuvon päästöjenhallintajärjestelmän diagnostiikkatiedoille yleiskäyttöisellä mikro-ohjaimella. Lukija tukee tiedonsiirtoprotokollana SAE J1850 VPW protokollaa. Mikro-ohjaimena on Atmel Corporationin AVR ATMega328. Työn tavoitteena on havainnoida vastaantulevia käytännön ongelmia ja haasteita mikro-ohjaimen käytöllä tiedonsiirtoprotokollan toteutukseen, ja verrata toteutettua järjestelmää kaupallisiin OBD2-lukijoihin. Työn johtopäätöksenä havaitaan mikro-ohjaimen suorituskyvyn rajoitteet ja sen tuomat toiminnan epävarmuustekijät. Työssä myös todetaan, että mikro-ohjain soveltuu tiedonsiirtoprotokollan toteutukseen kun rajoitteet otetaan huomioon. Kaupallisiin lukijoihin verrattuna yleiskäyttöiseen mikro-ohjaimeen perustuva toteutettu järjestelmä on kalliimpi ja toiminnoiltaan suppeampi. Mikro-ohjaimeen perustuva järjestelmä on kuitenkin muokattavissa ja laajennettavissa tarvittaessa, jolloin toteutukseen voidaan saada kaupallisista järjestelmistä mahdollisesti puuttuvia ominaisuuksia, kuten valmistajakohtaisia protokollia ja toimintoja, joita ei ole määritelty OBD2:ssa. Yhtenä esimerkkinä tällaisesta toiminnosta voi mainita ajoneuvoissa yleistyvän sähköisen käsijarrun säätöä ohjaavat komennot jarruhuoltoa varten.

Effect of starter culture and inulin addition on microbial viability, texture, and chemical characteristics of whole or skim milk Kefir

The effect of inulin addition and starters (Kefir grains or commercial starter culture) on the microbial viability, texture, and chemical characteristics of Kefir beverages prepared with whole or skim milk was evaluated during refrigerated storage. The type of starter did not influence microbial viability during the storage of the beverages, but the chemical and textural changes (decreases in pH, lactose concentration, and inulin and increased acidity, firmness, and syneresis) were more pronounced in the formulations fermented with grains than those fermented with the starter culture. The addition of inulin did not influence acidity or viability of lactic acid bacteria, but in general, its effect on the survival of acetic acid bacteria, Lactococcus and yeasts, firmness, and syneresis depended on the type of milk and starter culture used. Generally, the yeast, acetic acid bacteria, and Leuconostoc counts increased or remained unchanged, while the total population of lactic acid bacteria and Lactococcus were either reduced by 1 to 2 logs or remained unchanged during storage.

Salted lamb meat blanket of Petrolina-Pernambuco, Brazil: process and quality

Salted lamb meat blanket, originated from boning, salting, and drying of whole lamb carcass, was studied aiming at obtaining information that support the search for guarantees of origin for this typical regional product from the city of Petrolina-Pernambuco-Brazil. Data from three processing units were obtained, where it was observed the use of a traditional local technology that uses salting, an ancient preservation method; however, with a peculiar boning technique, resulting in a meat product with great potential for exploitation in the form of meat blanket. Based on the values of pH (6.22 ± 0.22), water activity (0.97 ± 0.02), and moisture (69.86 ± 2.26) lamb meat blanket is considered a perishable product, and consequently it requires the use of other preservation methods combined with salt, which along with the results of the microbiological analyses (absence of Salmonella sp, score <10 MPN/g of halophilic bacteria, total coliforms between 6.7 × 10³ and 5.2 × 10(6) FUC/g, and Staphylococcus from 8.1 × 10³ CFU/g at uncountable) reinforce the need of hygienic practices to ensure product safety. These results, together with the product notoriety and the organization of the sector are important factors in achieving Geographical Indication of the Salted lamb Meat blanket of Petrolina.

Virtuaaliprototyypin käyttö roottorin dynamiikan analysoinnissa

Työn tavoitteena oli selvittää kaupallisen dynamiikansimulointiohjelmiston so-veltuvuus roottoridynamiikan analysointiin. Työssä keskityttiin erityisesti rootto-rin dynamiikkaan vaikuttavien epäideaalisuuksien mallintamiseen. Simulointitu-losten tarkkuutta selvitettiin mittauksilla. Lisäksi vertailtiin yleiskäyttöisen dyna-miikan simulointiohjelmiston ja roottoridynamiikan erikoisohjelmiston teoriaa. Tutkittava roottori oli paperikoneen putkitela. Telan joustavuus kuvattiin ele-menttimenetelmällä ratkaistujen moodien avulla. Elementtimallissa huomioitiin telan vaipan seinämänpaksuusvaihtelu, joka vaikuttaa telan massa- ja jäykkyysja-kaumaan. Dynamiikkaohjelmistossa mallinnettiin telan tuennasta tulevat herätteet. Dynamiikkaohjelmistona käytettiin ADAMS:ia ja FEM-ohjelmana ANSYS:stä. Tuloksista havaittiin käytetyn menetelmän soveltuvan roottoridynamiikan ana-lysointiin ja roottorin epäideaalisuuksien mallintamiseen. Simulointimallilla saa-tiin esille murtolukukriittiset pyörimisnopeudet ja telan kriittinen pyörimisnopeus vastasi hyvin mittaustuloksia.