938 resultados para Domain-specific programming languages


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The creation, preservation, and degeneration of cis-regulatory elements controlling developmental gene expression are fundamental genome-level evolutionary processes about which little is known. In this study, critical differences in cis-regulatory elements controlling the expression of the sea urchin aboral ectoderm-specific spec genes were identified and explored. In genomes of species within the Strongylocentrotidae family, multiple copies of a repetitive sequence element termed RSR were present, but RSRs were not detected in genomes of species outside Strongylocentrotidae. RSRs are invariably associated with spec genes, and in Strongylocentrotus purpuratus, the spec2a RSR functioned as a transcriptional enhancer displaying greater activity than RSRs from the spec1 or spec2c paralogs. Single base-pair differences at two cis-regulatory elements within the spec2a RSR greatly increased the binding affinities of four transcription factors: SpCCAAT-binding factor at one element and SpOtx, SpGoosecoid, and SpGATA-E at another. The cis-regulatory elements to which SpCCAAT-binding factor, SpOtx, SpGoosecoid, and SpGATA-E bound were recent evolutionary acquisitions that could act either to activate or repress transcription, depending on the cell type. These elements were found in the spec2a RSR ortholog in Strongylocentrotus pallidus but not in the RSR orthologs of Strongylocentrotus droebachiensis or Hemicentrotus pulcherrimus. These results indicate that spec genes exhibit a dynamic pattern of cis-regulatory element evolution while stabilizing selection preserves their aboral ectoderm expression domain. ^

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Heregulins constitute a family of growth factors belonging to the epidermal growth factor (EGF) family. Breast cancers that overexpress specific members of the EGF receptor family (EGFR, ErbB2, ErbB3, ErbB4) have increased metastatic potential, and Heregulin-β1 (HRGβ1), a ligand for ErbB3 and ErbB4, has also been shown to induce metastasis-related properties in breast cancer cells in vitro. The secreted form of the HRGβ1 is composed of five distinct structural domains, including the N-terminal domain, an immunoglobulin-like domain (IgG-like), a glycosylation domain, an EGF-like domain, and a β1-specific domain. Of these, the EGF-like domain is well characterized for its function in metastasis-related properties as well as its structure. However, the contributions of the other HRGβ1 domains in breast cancer metastasis remains unclear. ^ To investigate this, HRGβ1 proteins with targeted domain deletions were purified and subjected to assays for metastasis-related properties, including aggregation, invasion, activation of EGFR family members, and motility of breast cancer cells. These assays showed that retaining the EGF-like domain of HRGβ1 is important for activation of EGFRs. Interestingly, the HRGβ1 protein lacking the IgG-like domain (NGEB) led to a decrease in breast cancer cell motility, indicating the IgG-like domain modulates cell motility, an important step in cancer metastasis. ^ To understand the underlying mechanisms, I performed protein sequence and structural analysis of HRGβ1 and identified that the IgG-like domain of HRGβ1 shares sequence homology and three-dimensional structural similarity with the IgG-like domain of TRIO. TRIO is a cytoplasmic protein that directly associates with RhoA, a GTPase involved in cell reorganization and cell motility. Therefore, I hypothesized that HRGβ1 may translocate inside the breast cancer cells through receptor mediated endocytosis and bind to RhoA via its IgG-like domain. I show wild type HRGβ1 but not NGEB binds RhoA in vitro and in vivo, leading to RhoA activation. Inhibition of HRG-β1 internalization via endocytosis disrupted HRGβ1 binding to RhoA. Additionally, breast cancer cell motility induced by HRG-β1 is reduced after treatment with inhibitors to both endocytosis and RhoA function, similar to levels seen with NGEB treatment. ^ Thus, in addition to the well-known role of HRGβ1 as an extracellular stimulator of the EGFR family members, HRGβ1 also functions within the cell as a binding partner and activator of RhoA to modulate cancer cell motility. ^

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Esta tesis doctoral explora la construcción de algunos aspectos enunciativos relacionados con la heterogeneidad lingüístico-cultural presentes en la narrativa de la escritora chicana Sandra Cisneros [n. 1954]. Más específicamente, esta investigación tiene como objetivo principal explicar el fenómeno de la desterritorialización de la lengua a partir del examen de la conformación de espacios lingüístico-culturales intersticiales a lo largo del desarrollo de la obra de Cisneros [1984, 1991, 2002], que conforma el corpus de nuestro trabajo. Nuestra hipótesis rectora indica que en la escritura de Cisneros. La constitución de la heterogeneidad y la gesta del sentido son ineludiblemente interlingües. Así, proponemos que la heterogeneidad interlingüe es la categoría que permite explicar la complejidad discursivo-enunciativa característica de nuestro corpus. A partir del concepto de heterogeneidad[es] enunciativa[s] elaborado por Authier-Revuz [1984]. Definimos la heterogeneidad interlingüe como un fenómeno enunciativo que se inscribe en el ámbito del dialogismo interdiscursivo [Bajtin [1952-3] 1982] y que se manifiesta a través de las marcas y formas que surgen en el discurso a través de los procesos de negociación y traducción Iingüistico-culturales actualizados en el encuentro constante y constitutivo de distintas lenguas. Según entendemos, la heterogeneidad interlingüe se articula a partir de tres dimensiones que se encuentran en permanente interacción: la conformación de una imagen discursiva o ethos [Ducrot, [1984] 1986; Amossy, 1999] asociado al responsable de la enunciación de la totalidad de los textos narrativos [Iocutor-Autor], la institución de sitios -formas y marcas- que se presentan como heterogéneos desde un punto de vista lingüístico-cultural y la configuración de una practica de lectura particular que exige una competencia discursivo-cultural de parte del lector que debe completar el sentido del texto y también del discurso. En atención alas dimensiones aludidas, esta tesis otorga atención específica a los siguientes aspectos: la constitución interlingüe de la paratextualidad, la alternancia de lenguas, los distintos modos de presencia de la traducción, los enunciados paremiológicos y la dimensión reflexiva de la enunciación. Entre los objetivos centrales de nuestra investigación, se cuentan: 1. la elaboración de un andamiaje teórico-metodológico pluridisciplinario que permita dar cuenta de las particularidades discursivas de nuestro corpus y ser referencia para el análisis de otras escrituras de minorías y narrativas de frontera; 2. la contribución al desarrollo de los estudios del discurso [Authier-Revuz, 1984, 1995; Ducrot. [1984] 1986, 2004] a través de la incorporación de la noción de interlingüismo a la discusión de la constitución de la heterogeneidad y de la gesta del sentido discursivo; 3. la articulación del concepto de desterritorializacion [Deleuze y Guattari, [1975] 1998] con algunas nociones originadas en los modelos provenientes de la teoría de la Frontera [Hicks, 1991; Arteaga, 1997] y de la teoría discursiva de Authier-Revuz [1984, 1995]. En cuanto a los objetivos particulares, este trabajo de tesis se propone examinar las distintas formas y marcas de la heterogeneidad interlingüe presentes en la narrativa de Cisneros y ofrecer un panorama analítico que pondere la evolución de la obra de la escritora chicana en relación con la construcción del responsable de la enunciación, los sitios de la heterogeneidad y la practica de lectura singular que impone esta escritura

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Esta tesis doctoral explora la construcción de algunos aspectos enunciativos relacionados con la heterogeneidad lingüístico-cultural presentes en la narrativa de la escritora chicana Sandra Cisneros [n. 1954]. Más específicamente, esta investigación tiene como objetivo principal explicar el fenómeno de la desterritorialización de la lengua a partir del examen de la conformación de espacios lingüístico-culturales intersticiales a lo largo del desarrollo de la obra de Cisneros [1984, 1991, 2002], que conforma el corpus de nuestro trabajo. Nuestra hipótesis rectora indica que en la escritura de Cisneros. La constitución de la heterogeneidad y la gesta del sentido son ineludiblemente interlingües. Así, proponemos que la heterogeneidad interlingüe es la categoría que permite explicar la complejidad discursivo-enunciativa característica de nuestro corpus. A partir del concepto de heterogeneidad[es] enunciativa[s] elaborado por Authier-Revuz [1984]. Definimos la heterogeneidad interlingüe como un fenómeno enunciativo que se inscribe en el ámbito del dialogismo interdiscursivo [Bajtin [1952-3] 1982] y que se manifiesta a través de las marcas y formas que surgen en el discurso a través de los procesos de negociación y traducción Iingüistico-culturales actualizados en el encuentro constante y constitutivo de distintas lenguas. Según entendemos, la heterogeneidad interlingüe se articula a partir de tres dimensiones que se encuentran en permanente interacción: la conformación de una imagen discursiva o ethos [Ducrot, [1984] 1986; Amossy, 1999] asociado al responsable de la enunciación de la totalidad de los textos narrativos [Iocutor-Autor], la institución de sitios -formas y marcas- que se presentan como heterogéneos desde un punto de vista lingüístico-cultural y la configuración de una practica de lectura particular que exige una competencia discursivo-cultural de parte del lector que debe completar el sentido del texto y también del discurso. En atención alas dimensiones aludidas, esta tesis otorga atención específica a los siguientes aspectos: la constitución interlingüe de la paratextualidad, la alternancia de lenguas, los distintos modos de presencia de la traducción, los enunciados paremiológicos y la dimensión reflexiva de la enunciación. Entre los objetivos centrales de nuestra investigación, se cuentan: 1. la elaboración de un andamiaje teórico-metodológico pluridisciplinario que permita dar cuenta de las particularidades discursivas de nuestro corpus y ser referencia para el análisis de otras escrituras de minorías y narrativas de frontera; 2. la contribución al desarrollo de los estudios del discurso [Authier-Revuz, 1984, 1995; Ducrot. [1984] 1986, 2004] a través de la incorporación de la noción de interlingüismo a la discusión de la constitución de la heterogeneidad y de la gesta del sentido discursivo; 3. la articulación del concepto de desterritorializacion [Deleuze y Guattari, [1975] 1998] con algunas nociones originadas en los modelos provenientes de la teoría de la Frontera [Hicks, 1991; Arteaga, 1997] y de la teoría discursiva de Authier-Revuz [1984, 1995]. En cuanto a los objetivos particulares, este trabajo de tesis se propone examinar las distintas formas y marcas de la heterogeneidad interlingüe presentes en la narrativa de Cisneros y ofrecer un panorama analítico que pondere la evolución de la obra de la escritora chicana en relación con la construcción del responsable de la enunciación, los sitios de la heterogeneidad y la practica de lectura singular que impone esta escritura

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Esta tesis doctoral explora la construcción de algunos aspectos enunciativos relacionados con la heterogeneidad lingüístico-cultural presentes en la narrativa de la escritora chicana Sandra Cisneros [n. 1954]. Más específicamente, esta investigación tiene como objetivo principal explicar el fenómeno de la desterritorialización de la lengua a partir del examen de la conformación de espacios lingüístico-culturales intersticiales a lo largo del desarrollo de la obra de Cisneros [1984, 1991, 2002], que conforma el corpus de nuestro trabajo. Nuestra hipótesis rectora indica que en la escritura de Cisneros. La constitución de la heterogeneidad y la gesta del sentido son ineludiblemente interlingües. Así, proponemos que la heterogeneidad interlingüe es la categoría que permite explicar la complejidad discursivo-enunciativa característica de nuestro corpus. A partir del concepto de heterogeneidad[es] enunciativa[s] elaborado por Authier-Revuz [1984]. Definimos la heterogeneidad interlingüe como un fenómeno enunciativo que se inscribe en el ámbito del dialogismo interdiscursivo [Bajtin [1952-3] 1982] y que se manifiesta a través de las marcas y formas que surgen en el discurso a través de los procesos de negociación y traducción Iingüistico-culturales actualizados en el encuentro constante y constitutivo de distintas lenguas. Según entendemos, la heterogeneidad interlingüe se articula a partir de tres dimensiones que se encuentran en permanente interacción: la conformación de una imagen discursiva o ethos [Ducrot, [1984] 1986; Amossy, 1999] asociado al responsable de la enunciación de la totalidad de los textos narrativos [Iocutor-Autor], la institución de sitios -formas y marcas- que se presentan como heterogéneos desde un punto de vista lingüístico-cultural y la configuración de una practica de lectura particular que exige una competencia discursivo-cultural de parte del lector que debe completar el sentido del texto y también del discurso. En atención alas dimensiones aludidas, esta tesis otorga atención específica a los siguientes aspectos: la constitución interlingüe de la paratextualidad, la alternancia de lenguas, los distintos modos de presencia de la traducción, los enunciados paremiológicos y la dimensión reflexiva de la enunciación. Entre los objetivos centrales de nuestra investigación, se cuentan: 1. la elaboración de un andamiaje teórico-metodológico pluridisciplinario que permita dar cuenta de las particularidades discursivas de nuestro corpus y ser referencia para el análisis de otras escrituras de minorías y narrativas de frontera; 2. la contribución al desarrollo de los estudios del discurso [Authier-Revuz, 1984, 1995; Ducrot. [1984] 1986, 2004] a través de la incorporación de la noción de interlingüismo a la discusión de la constitución de la heterogeneidad y de la gesta del sentido discursivo; 3. la articulación del concepto de desterritorializacion [Deleuze y Guattari, [1975] 1998] con algunas nociones originadas en los modelos provenientes de la teoría de la Frontera [Hicks, 1991; Arteaga, 1997] y de la teoría discursiva de Authier-Revuz [1984, 1995]. En cuanto a los objetivos particulares, este trabajo de tesis se propone examinar las distintas formas y marcas de la heterogeneidad interlingüe presentes en la narrativa de Cisneros y ofrecer un panorama analítico que pondere la evolución de la obra de la escritora chicana en relación con la construcción del responsable de la enunciación, los sitios de la heterogeneidad y la practica de lectura singular que impone esta escritura

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Esta tesis doctoral explora la construcción de algunos aspectos enunciativos relacionados con la heterogeneidad lingüístico-cultural presentes en la narrativa de la escritora chicana Sandra Cisneros [n. 1954]. Más específicamente, esta investigación tiene como objetivo principal explicar el fenómeno de la desterritorialización de la lengua a partir del examen de la conformación de espacios lingüístico-culturales intersticiales a lo largo del desarrollo de la obra de Cisneros [1984, 1991, 2002], que conforma el corpus de nuestro trabajo. Nuestra hipótesis rectora indica que en la escritura de Cisneros. La constitución de la heterogeneidad y la gesta del sentido son ineludiblemente interlingües. Así, proponemos que la heterogeneidad interlingüe es la categoría que permite explicar la complejidad discursivo-enunciativa característica de nuestro corpus. A partir del concepto de heterogeneidad[es] enunciativa[s] elaborado por Authier-Revuz [1984]. Definimos la heterogeneidad interlingüe como un fenómeno enunciativo que se inscribe en el ámbito del dialogismo interdiscursivo [Bajtin [1952-3] 1982] y que se manifiesta a través de las marcas y formas que surgen en el discurso a través de los procesos de negociación y traducción Iingüistico-culturales actualizados en el encuentro constante y constitutivo de distintas lenguas. Según entendemos, la heterogeneidad interlingüe se articula a partir de tres dimensiones que se encuentran en permanente interacción: la conformación de una imagen discursiva o ethos [Ducrot, [1984] 1986; Amossy, 1999] asociado al responsable de la enunciación de la totalidad de los textos narrativos [Iocutor-Autor], la institución de sitios -formas y marcas- que se presentan como heterogéneos desde un punto de vista lingüístico-cultural y la configuración de una practica de lectura particular que exige una competencia discursivo-cultural de parte del lector que debe completar el sentido del texto y también del discurso. En atención alas dimensiones aludidas, esta tesis otorga atención específica a los siguientes aspectos: la constitución interlingüe de la paratextualidad, la alternancia de lenguas, los distintos modos de presencia de la traducción, los enunciados paremiológicos y la dimensión reflexiva de la enunciación. Entre los objetivos centrales de nuestra investigación, se cuentan: 1. la elaboración de un andamiaje teórico-metodológico pluridisciplinario que permita dar cuenta de las particularidades discursivas de nuestro corpus y ser referencia para el análisis de otras escrituras de minorías y narrativas de frontera; 2. la contribución al desarrollo de los estudios del discurso [Authier-Revuz, 1984, 1995; Ducrot. [1984] 1986, 2004] a través de la incorporación de la noción de interlingüismo a la discusión de la constitución de la heterogeneidad y de la gesta del sentido discursivo; 3. la articulación del concepto de desterritorializacion [Deleuze y Guattari, [1975] 1998] con algunas nociones originadas en los modelos provenientes de la teoría de la Frontera [Hicks, 1991; Arteaga, 1997] y de la teoría discursiva de Authier-Revuz [1984, 1995]. En cuanto a los objetivos particulares, este trabajo de tesis se propone examinar las distintas formas y marcas de la heterogeneidad interlingüe presentes en la narrativa de Cisneros y ofrecer un panorama analítico que pondere la evolución de la obra de la escritora chicana en relación con la construcción del responsable de la enunciación, los sitios de la heterogeneidad y la practica de lectura singular que impone esta escritura

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Compilation techniques such as those portrayed by the Warren Abstract Machine(WAM) have greatly improved the speed of execution of logic programs. The research presented herein is geared towards providing additional performance to logic programs through the use of parallelism, while preserving the conventional semantics of logic languages. Two áreas to which special attention is given are the preservation of sequential performance and storage efficiency, and the use of low overhead mechanisms for controlling parallel execution. Accordingly, the techniques used for supporting parallelism are efficient extensions of those which have brought high inferencing speeds to sequential implementations. At a lower level, special attention is also given to design and simulation detail and to the architectural implications of the execution model behavior. This paper offers an overview of the basic concepts and techniques used in the parallel design, simulation tools used, and some of the results obtained to date.

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We propose a number of challenges for future constraint programming systems, including improvements in implementation technology (using global analysis based optimization and parallelism), debugging facilities, and the extensión of the application domain to distributed, global programming. We also briefly discuss how we are exploring techniques to meet these challenges in the context of the development of the CIAO constraint logic programming system.

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Abstract machines provide a certain separation between platformdependent and platform-independent concerns in compilation. Many of the differences between architectures are encapsulated in the speciflc abstract machine implementation and the bytecode is left largely architecture independent. Taking advantage of this fact, we present a framework for estimating upper and lower bounds on the execution times of logic programs running on a bytecode-based abstract machine. Our approach includes a one-time, programindependent proflling stage which calculates constants or functions bounding the execution time of each abstract machine instruction. Then, a compile-time cost estimation phase, using the instruction timing information, infers expressions giving platform-dependent upper and lower bounds on actual execution time as functions of input data sizes for each program. Working at the abstract machine level makes it possible to take into account low-level issues in new architectures and platforms by just reexecuting the calibration stage instead of having to tailor the analysis for each architecture and platform. Applications of such predicted execution times include debugging/veriflcation of time properties, certiflcation of time properties in mobile code, granularity control in parallel/distributed computing, and resource-oriented specialization.

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Incorporating the possibility of attaching attributes to variables in a logic programming system has been shown to allow the addition of general constraint solving capabilities to it. This approach is very attractive in that by adding a few primitives any logic programming system can be turned into a generic constraint logic programming system in which constraint solving can be user deñned, and at source level - an extreme example of the "glass box" approach. In this paper we propose a different and novel use for the concept of attributed variables: developing a generic parallel/concurrent (constraint) logic programming system, using the same "glass box" flavor. We argüe that a system which implements attributed variables and a few additional primitives can be easily customized at source level to implement many of the languages and execution models of parallelism and concurrency currently proposed, in both shared memory and distributed systems. We illustrate this through examples and report on an implementation of our ideas.

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Global data-flow analysis of (constraint) logic programs, which is generally based on abstract interpretation [7], is reaching a comparatively high level of maturity. A natural question is whether it is time for its routine incorporation in standard compilers, something which, beyond a few experimental systems, has not happened to date. Such incorporation arguably makes good sense only if: • the range of applications of global analysis is large enough to justify the additional complication in the compiler, and • global analysis technology can deal with all the features of "practical" languages (e.g., the ISO-Prolog built-ins) and "scales up" for large programs. We present a tutorial overview of a number of concepts and techniques directly related to the issues above, with special emphasis on the first one. In particular, we concéntrate on novel uses of global analysis during program development and debugging, rather than on the more traditional application área of program optimization. The idea of using abstract interpretation for validation and diagnosis has been studied in the context of imperative programming [2] and also of logic programming. The latter work includes issues such as using approximations to reduce the burden posed on programmers by declarative debuggers [6, 3] and automatically generating and checking assertions [4, 5] (which includes the more traditional type checking of strongly typed languages, such as Gódel or Mercury [1, 8, 9]) We also review some solutions for scalability including modular analysis, incremental analysis, and widening. Finally, we discuss solutions for dealing with meta-predicates, side-effects, delay declarations, constraints, dynamic predicates, and other such features which may appear in practical languages. In the discussion we will draw both from the literature and from our experience and that of others in the development and use of the CIAO system analyzer. In order to emphasize the practical aspects of the solutions discussed, the presentation of several concepts will be illustrated by examples run on the CIAO system, which makes extensive use of global analysis and assertions.

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In an advanced program development environment, such as that discussed in the introduction of this book, several tools may coexist which handle both the program and information on the program in different ways. Also, these tools may interact among themselves and with the user. Thus, the different tools and the user need some way to communicate. It is our design principie that such communication be performed in terms of assertions. Assertions are syntactic objects which allow expressing properties of programs. Several assertion languages have been used in the past in different contexts, mainly related to program debugging. In this chapter we propose a general language of assertions which is used in different tools for validation and debugging of constraint logic programs in the context of the DiSCiPl project. The assertion language proposed is parametric w.r.t. the particular constraint domain and properties of interest being used in each different tool. The language proposed is quite general in that it poses few restrictions on the kind of properties which may be expressed. We believe the assertion language we propose is of practical relevance and appropriate for the different uses required in the tools considered.

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We describe lpdoc, a tool which generates documentation manuals automatically from one or more logic program source files, written in ISO-Prolog, Ciao, and other (C)LP languages. It is particularly useful for documenting library modules, for which it automatically generates a rich description of the module interface. However, it can also be used quite successfully to document full applications. The documentation can be generated in many formats including t e x i n f o, dvi, ps, pdf, inf o, html/css, Unix nrof f/man, Windows help, etc., and can include bibliographic citations and images, lpdoc can also genérate "man" pages (Unix man page format), nicely formatted plain ascii "readme" files, installation scripts useful when the manuals are included in software distributions, brief descriptions in html/css or inf o formats suitable for inclusión in on-line Índices of manuals, and even complete WWW and inf o sites containing on-line catalogs of documents and software distributions. A fundamental advantage of using lpdoc is that it helps maintaining a true correspondence between the program and its documentation, and also identifying precisely to what versión of the program a given printed manual corresponds. The quality of the documentation generated can be greatly enhanced by including within the program text assertions (declarations with types, modes, etc. ...) for the predicates in the program, and machine-readable comments. These assertions and comments are written using the Ciao system assertion language. A simple compatibility library allows conventional (C)LP systems to ignore these assertions and comments and treat normally programs documented in this way. The lpdoc manual, all other Ciao system manuals, and most of this paper, are generated by lpdoc.

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We discuss from a practical point of view a number of issues involved in writing Internet and WWW applications using LP/CLP systems. We describe Pd_l_oW, a public-domain Internet and WWW programming library for LP/CLP systems which we argüe significantly simplifies the process of writing such applications. Pd_l_oW provides facilities for generating HTML structured documents, producing HTML forms, writing form handlers, accessing and parsing WWW documents, and accessing code posted at HTTP addresses. We also describe the architecture of some application classes, using a high-level model of client-server interaction, active modules. We then propose an architecture for automatic LP/CLP code downloading for local execution, using generic browsers. Finally, we also provide an overview of related work on the topic. The PiLLoW library has been developed in the context of the &- Prolog and CIAO systems, but it has been adapted to a number of popular LP/CLP systems, supporting most of its functionality.

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Incorporating the possibility of attaching attributes to variables in a logic programming system has been shown to allow the addition of general constraint solving capabilities to it. This approach is very attractive in that by adding a few primitives any logic programming system can be turned into a generic constraint logic programming system in which constraint solving can be user defined, and at source level - an extreme example of the "glass box" approach. In this paper we propose a different and novel use for the concept of attributed variables: developing a generic parallel/concurrent (constraint) logic programming system, using the same "glass box" flavor. We argüe that a system which implements attributed variables and a few additional primitives can be easily customized at source level to implement many of the languages and execution models of parallelism and concurrency currently proposed, in both shared memory and distributed systems. We illustrate this through examples.