Identification de caractéristiques communes et rares dans les ARN structurés dans la base de données Rfam

Les ARN non codants (ARNnc) sont des transcrits d'ARN qui ne sont pas traduits en protéines et qui pourtant ont des fonctions clés et variées dans la cellule telles que la régulation des gènes, la transcription et la traduction. Parmi les nombreuses catégories d'ARNnc qui ont été découvertes, on trouve des ARN bien connus tels que les ARN ribosomiques (ARNr), les ARN de transfert (ARNt), les snoARN et les microARN (miARN). Les fonctions des ARNnc sont étroitement liées à leurs structures d’où l’importance de développer des outils de prédiction de structure et des méthodes de recherche de nouveaux ARNnc. Les progrès technologiques ont mis à la disposition des chercheurs des informations abondantes sur les séquences d'ARN. Ces informations sont accessibles dans des bases de données telles que Rfam, qui fournit des alignements et des informations structurelles sur de nombreuses familles d'ARNnc. Dans ce travail, nous avons récupéré toutes les séquences des structures secondaires annotées dans Rfam, telles que les boucles en épingle à cheveux, les boucles internes, les renflements « bulge », etc. dans toutes les familles d'ARNnc. Une base de données locale, RNAstem, a été créée pour faciliter la manipulation et la compilation des données sur les motifs de structure secondaire. Nous avons analysé toutes les boucles terminales et internes ainsi que les « bulges » et nous avons calculé un score d’abondance qui nous a permis d’étudier la fréquence de ces motifs. Tout en minimisant le biais de la surreprésentation de certaines classes d’ARN telles que l’ARN ribosomal, l’analyse des scores a permis de caractériser les motifs rares pour chacune des catégories d’ARN en plus de confirmer des motifs communs comme les boucles de type GNRA ou UNCG. Nous avons identifié des motifs abondants qui n’ont pas été étudiés auparavant tels que la « tetraloop » UUUU. En analysant le contenu de ces motifs en nucléotides, nous avons remarqué que ces régions simples brins contiennent beaucoup plus de nucléotides A et U. Enfin, nous avons exploré la possibilité d’utiliser ces scores pour la conception d’un filtre qui permettrait d’accélérer la recherche de nouveaux ARN non-codants. Nous avons développé un système de scores, RNAscore, qui permet d’évaluer un ARN en se basant sur son contenu en motifs et nous avons testé son applicabilité avec différents types de contrôles.

Paratexte numérique : la fin de la distinction entre réalité et fiction?

L’idée que je voudrais essayer d’explorer est la suivante : les éléments paratextuels ont une fonction de seuil entre le hors-texte et le texte; par ce biais, ils nous permettent aussi le passage entre le niveau extradiégétique et le niveau diégétique, et, finalement, dans le cas de la littérature, entre réalité et fiction. Si ce modèle est assez défini dans le cas de l’édition papier, l’espace numérique a tendance à le rendre de plus en plus flou. Dans le Web, tout est texte et/ou paratexte; le même élément textuel (une adresse URL, par exemple) peut servir pour déclarer un passage à la fiction ou pour nous faire acheter quelque chose sur un site de ventes en ligne, ou encore pour regarder la météo ou pour gérer notre compte en banque.

Approche bioculturelle de la création littéraire, un darwinisme relatif

Dans ce collectif d’articles, une majorité d’auteurs adopte une posture critique sévère envers le darwinisme littéraire. Il faut l’admettre, tant par sa prétention à la scientificité que par sa tendance à favoriser la négation des théories poststructuralistes, le darwinisme littéraire se présente comme une offre hostile, proposant d’inféoder la théorie littéraire aux sciences soi-disant objectives. Ne serait-ce qu’au plan sémantique, la quincaillerie conceptuelle nécessaire au fonctionnement de ce biais critique peut rebuter plusieurs lecteurs issus des humanités. L’usage de concepts tirés de la théorie de l’évolution, de la paléontologie, de la philosophie analytique ou des sciences cognitives de première et de seconde génération provoque souvent plus de méfiance que d’enthousiasme auprès d’un public préférant centrer ses réflexions sur des phénomènes culturels. [Introduction]

Profils individuels et dynamiques interactionnelles des parents et des enfants à risque d’aliénation parentale dans un contexte d’une rupture conjugale litigieuse

L’aliénation parentale (AP) est un phénomène connu des intervenants sociolégaux œuvrant auprès des familles éclatées chez lesquelles on retrouve un haut niveau de conflits parentaux. Ce phénomène est peu étudié empiriquement et sa définition et les balises l’entourant demeurent à ce jour non circonscrites et suscitent confusion et controverse. Cette recherche n’a pas comme objectif de trancher sur ce qui est ou n’est pas de l’aliénation parentale, mais porte plutôt sur l’étude du phénomène de Détérioration du lien parent-enfant (DLPE), qui inclut une rupture complète du lien comme dans les cas d’AP, lors de séparations conjugales litigieuses. Cette thèse doctorale a pour objectif principal d’élargir notre compréhension sur les différents facteurs qui interagissent et qui mettent en place une situation familiale de DLPE. Le présent ouvrage est composé de quatre articles, dont trois sont empiriques. Le premier article est une synthèse critique des écrits théoriques et empiriques permettant de dégager les différents facteurs, conduites ou contextes individuels et relationnels associés à une DLPE. Il ressort que la plupart des écrits proviennent de comptes rendus cliniques. De plus, peu d’auteurs abordent ce phénomène dans une perspective systémique incluant une vision multifactorielle de cette situation. Plusieurs aspects demandent à être étudiés davantage : les caractéristiques individuelles, les comportements inappropriés des acteurs et les dynamiques familiales. En définitive, il importe d’établir les facteurs de résilience. Les articles 2, 3 et 4 ont été réalisés suite à une analyse qualitative de 17 dossiers d’expertise psychosociale de familles séparées en litige autour des accès des enfants. Le second article a pour objectif d’apporter un éclairage fouillé sur les structures de personnalité des parents impliqués dans de tels litiges. Il se dégage de cette analyse que les parents contribuent différemment à la dynamique familiale en fonction de leur profil de personnalité. Quatre profils parentaux ont émergé et permettent de discerner en quoi les parents aux conduites aliénantes se distinguent des parents dénigrés au niveau des profils de personnalité et en quoi la personnalité de ces parents est respectivement différente selon qu’ils maintiennent ou pas la relation avec leur enfant. L’analyse approfondie des profils parentaux a permis de formuler certains facteurs de risque et de protection relatifs à la structure de la personnalité des parents à risque d’une DLPE. Le troisième article a pour objectif d’évaluer par une lecture psychodynamique les différentes caractéristiques individuelles des enfants dans l’optique d’établir des pistes pouvant élucider pourquoi un enfant est résistant à une DLPE ou, au contraire, ne l’est pas. L’analyse qualitative fouillée des dossiers d’expertise a permis d’extraire différents facteurs de risque et de protection d’une DLPE chez ces enfants. Le quatrième article cherche à modéliser les différents facteurs de risque ou, au contraire, qui atténuent le risque de DLPE. Trois trajectoires dénotant une dynamique de DLPE ont émergé. Une modélisation systémique reprend l’ensemble des facteurs (dynamiques personnelles et relationnelles, contexte familial, système sociojuridique, personnes tierces et temps) émergeant de l’analyse et leur déploiement spécifique à chaque trajectoire.

Bodies, stories, cities : learning to read and write (in) Montréal with Gail Scott

Cette lecture, tant critique, comparative, et théorique que pédagogique, s’ancre dans le constat, premièrement, qu’il advient aux étudiantEs en littérature de se (re)poser la question des coûts et complicités qu’apprendre à lire et à écrire présuppose aujourd’hui; deuxièmement, que nos pratiques littéraires se trament au sein de lieux empreints de différences, que l’on peut nommer, selon le contexte, métaphore, récit, ville; et, troisièmement, que les efforts et investissements requis sont tout autant couteux et interminable qu’un plaisir et une nécessité politique. Ces conclusions tendent vers l’abstrait et le théorique, mais le langage en lequel elles sont articulées, langage corporel et urbain, de la dépendance et de la violence, cherche d’autant plus une qualité matérielle et concrète. Or, l’introduction propose un survol des lectures et comparaisons de Heroine de Gail Scott qui centre ce projet; identifie les contextes institutionnels, historiques, et personnels qui risquent, ensuite, de décentrer celui-ci. Le premier chapitre permet de cerner le matérialisme littéraire qui me sert de méthode par laquelle la littérature, à la fois, sollicite et offre une réponse à ces interrogations théoriques. Inspirée de l’œuvre de Gail Scott et Réjean Ducharme, premièrement, et de Walter Benjamin, Elisabeth Grosz, et Pierre Macherey ensuite, ‘matérialisme’ fait référence à cette collection de figures de pratiques littéraires et urbaines qui proviennent, par exemple, de Georges Perec, Michel DeCerteau, Barbara Johnson, et Patricia Smart, et qui invitent ensuite une réflexions sur les relations entre corporalité et narrativité, entre la nécessité et la contingence du littéraire. De plus, une collection de figures d’un Montréal littéraire et d’une cité pédagogique, acquis des œuvres de Zygmunt Bauman, Partricia Godbout, et Lewis Mumford, constitue en effet un vocabulaire nous permettant de mieux découvrir (et donc enseigner) ce que lire et apprendre requiert. Le deuxième chapitre propose une lecture comparée de Heroine et des romans des auteures québécoises Anne Dandurand, Marie Gagnon, et Tess Fragoulis, dans le contexte, premièrement, les débats entourant l’institutionnalisation de la littérature (anglo)Québécoise et, deuxièmement, des questions pédagogiques et politiques plus larges et plus urgentes que nous pose, encore aujourd’hui, cette violence récurrente qui s’acharna, par exemple, sur la Polytechnique en 1989. Or, cette intersection de la violence meurtrière, la pratique littéraire, et la pédagogie qui en résulte se pose et s’articule, encore, par le biais d’une collection de figures de styles. En fait, à travers le roman de Scott et de l’œuvre critique qui en fait la lecture, une série de craques invite à reconnaître Heroine comme étant, ce que j’appelle, un récit de dépendance, au sein duquel se concrétise une temporalité récursive et une logique d’introjection nous permettant de mieux comprendre la violence et, par conséquent, le pouvoir d’une pratique littéraire sur laquelle, ensuite, j’appuie ma pédagogie en devenir. Jetant, finalement, un regard rétrospectif sur l’oeuvre dans son entier, la conclusion de ce projet se tourne aussi vers l’avant, c’est-à-dire, vers ce que mes lectures dites matérialistes de la littérature canadienne et québécoise contribuent à mon enseignement de la langue anglaise en Corée du Sud. C’est dans ce contexte que les propos de Jacques Rancière occasionnent un dernier questionnement quant à l’historique des débats et des structures pédagogiques en Corée, d’une part, et, de l’autre, les conclusions que cette lecture de la fiction théorique de Gail Scott nous livre.

La scénographie professionnelle au Québec (1870-1990) ou la quête historique d'un pouvoir et d'une reconnaissance

Jamais les scénographes du Québec — appelons-les ainsi par commodité — n'ont autant fait parler d'eux! Ils sont partout et s'affirment avec toute la vigueur de ceux qui sont convaincus du bien fondé de leur cause et qui réclament enfin leur dû. Qui pourrait, qui oserait les en blâmer? D'expositions en colloques, d'émissions radiophoniques en numéros de revues spécialisées, ils imposent, individuellement ou par le biais de leur Association (des professionnels des arts de la scène du Québec), une nouvelle donne au monde du théâtre québécois dont ils constituent désormais l'une des forces majeures.

Le théâtre expérimental et la fin de l'unique

Bien sûr le théâtre est toujours expérimental, même le théâtre le plus conventionnel, le plus bourgeois, le plus reproducteur. Il est toujours expérimental car il y a toujours, au théâtre comme dans tous les autres arts de création ou de reprise, une forme minimale d'expérimentation. Il ne faut donc pas entendre expérimental au sens strict du dictionnaire, il ne faut surtout pas séparer l'épithète de son substantif. Si tout le théâtre est, à divers degrés, expérimental, ce qu'il est convenu d'appeler le «théâtre expérimental» — pour éviter toute confusion, il vaudrait mieux écrire «Théâtre Expérimental» — recouvre une pratique relativement circonscrite dans le temps. [...]

Les virtualités du sténopé dans « Le Retour imaginaire » d’Atiq Rahimi

Depuis quelque temps déjà, le bruit court que nous serions entrés dans « l'ère du virtuel », sans que l'on sache très bien ce qu'une telle expression signifie - et qui, d'ailleurs, cache une grande confusion avec l'avènement des nouvelles technologies numériques. Si, incontestablement, l'outil numérique aura marqué le tournant du XXIe siècle, la révolution souvent promise se traduit par davantage de permanences que de ruptures : c'est ainsi que, dans le champ de la photographie, on n'en finit plus d'attendre la disparition définitive de l'argentique, dont la mort est sans cesse reprogrammée. [...]

Les Violettes rouges suivi de L'échec du système des genres dans La Maladie de la mort de Marguerite Duras

Le roman, Les Violettes rouges, met en scène une jeune femme cherchant vengeance à l'époque de la conquête de l'Ouest américain. Il joue sur les codes du western, tout en les transgressant, puisque le héros cow-boy et vengeur est une femme, Lou. Plus libre encore que les héros du western traditionnel, Lou s'approprie des éléments du « masculin » et du « féminin » pour incarner un corps puissant et sensuel qui sera vecteur de violence. Les systèmes hiérarchiques et injustes érigés par l'homme blanc se voient ébranlés par les actes de révolte de Lou. L'essai L'échec du système des genres dans La Maladie de la mort de Marguerite Duras explore, par le biais de la pensée de certains théoriciens féministes et par l'entremise de certaines questions sur les identités sexuées selon la catégorie d'analyse du gender, l'impossible rencontre entre l'homme et la femme du récit de Duras. L'échec du système double et duel entre le masculin et le féminin est exprimé, entre autres, par un système de voiles et de voilements, de regards aveugles, par un féminin fuyant et, ultimement, par un renversement des pouvoirs. Ici, la conception double des genres se voit remise en cause puisqu'elle rend stérile toute rencontre entre l'homme et la femme du récit et ultimement, entre le masculin et le féminin.

Four Stages In Assessing Liberal Neutrality

La notion de neutralité, bien que référent central au sein d’un État libéral, est souvent invoquée de manière imprécise et contradictoire dans le discours public. Proposant que cela résulte en partie des limites inhérentes à une compréhension abstraite et uniforme de ce concept, le présent article exposera comment l’idéal de neutralité libérale doit plutôt s’inscrire et s’évaluer par le biais de quatre étapes successives. Les quatre étapes en question dépassent la simple herméneutique philosophique du libéralisme en trouvant déjà des assises dans le droit ; elles seront dès lors illustrées tout au long du texte à l’aide des décisions pertinentes de la Cour Suprême du Canada.

La logique ordinale de Turing

Dans Systems of logic based on ordinals (1939), Turing explore les possibilités de minimiser les effets du théorème d’incomplétude pour l’arithmétique par le biais d’une logique ordinale. Nous rendons ici compte de cette recherche méconnue menée par Turing sur les fondements des mathématiques en replaçant ses apports dans le contexte actuel de la théorie de la calculabilité.

Le système endocannabinoïde dans la rétine du singe : expression, localisation et fonctions

Le cannabis produit de nombreux effets psychologiques et physiologiques sur le corps humain. Les molécules contenues dans cette plante, désignées comme « phytocannabinoïdes », activent un système endogène qu’on appelle le système endocannabinoïde (eCB). Les effets de la consommation de cannabis sur la vision ont déjà été décrits sans cependant de formulation sur les mécanismes sous-jacents. Ces résultats comportementaux suggèrent, malgré tout, la présence de ce système eCB dans le système visuel, et particulièrement dans la rétine. Cette thèse vise donc à caractériser l’expression, la localisation et le rôle du système eCB dans la rétine du singe vervet, une espèce animale ayant un système visuel semblable à celui de l’humain. Nous avons mis au point un protocole expérimental d’immunohistochimie décrit dans l’article apparaissant dans l’Annexe I que nous avons utilisé pour répondre à notre objectif principal. Dans une première série de quatre articles, nous avons ainsi caractérisé l’expression et la localisation de deux récepteurs eCBs reconnus, les récepteurs cannabinoïdes de type 1 (CB1R) et de type 2 (CB2R), et d’un 3e présumé récepteur aux cannabinoïdes, le récepteur GPR55. Dans l’article 1, nous avons démontré que CB1R et une enzyme clé de ce système, la fatty acid amide hydrolase (FAAH), sont exprimés dans les parties centrale et périphérique de la rétine, et abondamment présents dans la fovéa, une région où l’acuité visuelle est maximale. Dans l’article 2, nous avons localisé le CB2R dans des cellules gliales de la rétine : les cellules de Müller et nous avons proposé un modèle sur l’action de cette protéine dans la fonction rétinienne faisant appel à une cascade chimique impliquant les canaux potassiques. Dans l’article 3, nous avons observé le GPR55 exclusivement dans les bâtonnets qui sont responsables de la vision scotopique et nous avons soumis un deuxième modèle de fonctionnement de ce récepteur par le biais d'une modulation des canaux calciques et sodiques des bâtonnets. Vu que ces 3 récepteurs se retrouvent dans des cellules distinctes, nous avons suggéré leur rôle primordial dans l’analyse de l’information visuelle au niveau rétinien. Dans l’article 4, nous avons effectué une analyse comparative de l’expression du système eCB dans la rétine de souris, de toupayes (petits mammifères insectivores qui sont sont considérés comme l’étape intermédiaire entre les rongeurs et les primates) et de deux espèces de singe (le vervet et le rhésus). Ces résultats nous ont menés à présenter une hypothèse évolutionniste quant à l’apparition et à la fonction précise de ces récepteurs. Dans les articles subséquents, nous avons confirmé notre hypothèse sur le rôle spécifique de ces trois récepteurs par l’utilisation de l’électrorétinographie (ERG) après injection intravitréenne d’agonistes et d’antagonistes de ces récepteurs. Nous avons conclu sur leur influence indéniable dans le processus visuel rétinien chez le primate. Dans l’article 5, nous avons établi le protocole d’enregistrement ERG normalisé sur le singe vervet, et nous avons produit un atlas d’ondes ERG spécifique à cette espèce, selon les règles de l’International Society for Clinical Electrophysiology of Vision (ISCEV). Les patrons électrorétinographiques se sont avérés semblables à ceux de l’humain et ont confirmé la similarité entre ces deux espèces. Dans l’article 6, nous avons démontré que le blocage de CB1R ou CB2R entraine une modification de l’électrorétinogramme, tant au niveau photopique que scotopique, ce qui supporte l’implication de ces récepteurs dans la modulation des ondes de l’ERG. Finalement, dans l’article 7, nous avons confirmé le modèle neurochimique proposé dans l’article 3 pour expliquer le rôle fonctionnel de GPR55, en montrant que l’activation ou le blocage de ce récepteur, respectivement par un agoniste (lysophosphatidylglucoside, LPG) ou un antagoniste (CID16020046), entraine soit une augmentation ou une baisse significative de l’ERG scotopique seulement. Ces données, prises ensemble, démontrent que les récepteurs CB1R, CB2R et GPR55 sont exprimés dans des types cellulaires bien distincts de la rétine du singe et ont chacun un rôle spécifique. L’importance de notre travail se manifeste aussi par des applications cliniques en permettant le développement de cibles pharmacologiques potentielles dans le traitement des maladies de la rétine.

Inherent Powers of the High Court under Section 482 of the Code of Criminal Procedure 1973

This thesis is shows the result of the research work on the inherent Powers of the High Court in criminal jurisdiction. The criminal justice system in India recognizes inherent powers only of the High Court. The Theory and Philosophy of inherent powers are concerned the Distinction between civil and Criminal laws are of very little consequence. In formulating the research programme the confusion created by the concept of inherent powers and its application by High Court form the central point. How fully the concept is understood, how correctly the power is used, and how far it has enhanced the rationale of the administration of criminal justice, what is its importance and what are the solutions for the inherent power to earn a permanent status in the province of criminal jurisprudence are the themes of this study. The precipitation of new dimensions is the yardstick to acknowledge the inherent powers of the High Court and Supreme Court. It is of instant value in criminal justice system. This study concludes innovativeness provided by the inherent powers has helped the justice administration draw inspiration from the Constitution. A jurisprudence of inherent powers has developed with the weilding of inherent powers of the Supreme Court and the High Court. It is to unravel mystery of jurisprudence caused by the operation of the concept of inherent powers this research work gives emphasis. Its significance is all the more relevant when the power is exercised in the administration of criminal justice. Application or non application of inherent powers in a given case would tell upon the maturity and perfection of the standard of justice

Equality of Opportunity in Public Employment : Judicial Perspectives on Backwardness

This thesis is a study of -Equality of Opportunity in Public Employment : Judicial Perspectives on Backwardness. This study is an attempt to evaluate the concept of backwardness and equality of opportunity in employment and to assess the judicial perspectives in relation to them. The study reveals that the recent review petition of the Constitution Bench did not assess the decision of Chakradhar and its import. The study reveals that the Indian judiciary could successfully locate and apply the above principles. It was-Justice Subba Rao's nascent attempt in Devadasan which marked the starting point of such a jurisprudential enquiry. Later Thomas developed the thoughts by a reading new meaning and content to equality provisions of the Constitution which included the elimination of inequalities as the positive content of Articles 14 and 16(1) and elevated reservation provision to the same status of equality principles under the Constitution. Soshit, Vasanth Kumar and Mandal supplemented further to the jurisprudential contents. In this process, the courts were guided by the theories of John Rawls, David Miller, Ronald Dworkin, Max Weber and Roscoe Pound. Thus there was a slow and steady process of transformation of the reservation provision. From an anti-meritarian, unenforceable and enabling provision, it reached a stage of equally relevant and explanatory part of fundamental right to equality. Mandal viewed it as a part of sharing of State power. Though this can be seen by rereading and re-joining thoughts of judges in this regard, the judicial approach lacks coherence and concerted efforts in evolving a jurisprudential basis for protective discrimination. The deliberations of the framers of the Constitution reveals that there was much confusion and indeterminacy with regard to the concept of Backwardness. The study shows that the judiciary has been keeping intact the framers’ expectation of having a reasonable quantum of reservation, preventing the undeserved sections from enjoying the benefit, avoiding its abuse and evolving a new criteria and rejecting the old ones.

Studies on lemongrass oil

The thesis deals with the different properties and characteristics of oil of lemon grass.. The oil of lemongrass (Cymbopogon flexuosus) is one of the most important essential oils. It will continue to be one of the "big ten" of our essential oils1. Lemongrass oil is obtained from certain species of grasses of the genus cymbopogon. The genus consists of about 80 species, 10 to 12 of which are known to occur in India. Lemongrass is a stoloniferous plant. The plant grows wild in many tropical andsemitropical parts of Asia, Africa and in parts of Central America and South America. For the extraction of the oil however only cultivated lemongrass is employed. The trade distinguishes two Principal types of lemongrass oil, viz. the East Indian Oil and West Indian Oil. There was much confusion, years ago, about the taxonomy of the plants which yield theEast Indian and West Indian types of lemongrass oil, however Stapf2 ended the long controversy of identifying the plant yielding the East Indian type oil as Cymbopogon flexuosus (D.C.) Stapf and the plant yielding the West Indian type oil as Cymbopogon citrates (D.C.) stapf. The 2 plants have_been named variously also Andropogon nardus var. Flexuosus Hack or A. citratus D.C. respectively