Soft Computing Approach for Optimization of siRNA Efficiency Prediction for Post-transcriptional Gene Silencing

Post-transcriptional gene silencing by RNA interference is mediated by small interfering RNA called siRNA. This gene silencing mechanism can be exploited therapeutically to a wide variety of disease-associated targets, especially in AIDS, neurodegenerative diseases, cholesterol and cancer on mice with the hope of extending these approaches to treat humans. Over the recent past, a significant amount of work has been undertaken to understand the gene silencing mediated by exogenous siRNA. The design of efficient exogenous siRNA sequences is challenging because of many issues related to siRNA. While designing efficient siRNA, target mRNAs must be selected such that their corresponding siRNAs are likely to be efficient against that target and unlikely to accidentally silence other transcripts due to sequence similarity. So before doing gene silencing by siRNAs, it is essential to analyze their off-target effects in addition to their inhibition efficiency against a particular target. Hence designing exogenous siRNA with good knock-down efficiency and target specificity is an area of concern to be addressed. Some methods have been developed already by considering both inhibition efficiency and off-target possibility of siRNA against agene. Out of these methods, only a few have achieved good inhibition efficiency, specificity and sensitivity. The main focus of this thesis is to develop computational methods to optimize the efficiency of siRNA in terms of “inhibition capacity and off-target possibility” against target mRNAs with improved efficacy, which may be useful in the area of gene silencing and drug design for tumor development. This study aims to investigate the currently available siRNA prediction approaches and to devise a better computational approach to tackle the problem of siRNA efficacy by inhibition capacity and off-target possibility. The strength and limitations of the available approaches are investigated and taken into consideration for making improved solution. Thus the approaches proposed in this study extend some of the good scoring previous state of the art techniques by incorporating machine learning and statistical approaches and thermodynamic features like whole stacking energy to improve the prediction accuracy, inhibition efficiency, sensitivity and specificity. Here, we propose one Support Vector Machine (SVM) model, and two Artificial Neural Network (ANN) models for siRNA efficiency prediction. In SVM model, the classification property is used to classify whether the siRNA is efficient or inefficient in silencing a target gene. The first ANNmodel, named siRNA Designer, is used for optimizing the inhibition efficiency of siRNA against target genes. The second ANN model, named Optimized siRNA Designer, OpsiD, produces efficient siRNAs with high inhibition efficiency to degrade target genes with improved sensitivity-specificity, and identifies the off-target knockdown possibility of siRNA against non-target genes. The models are trained and tested against a large data set of siRNA sequences. The validations are conducted using Pearson Correlation Coefficient, Mathews Correlation Coefficient, Receiver Operating Characteristic analysis, Accuracy of prediction, Sensitivity and Specificity. It is found that the approach, OpsiD, is capable of predicting the inhibition capacity of siRNA against a target mRNA with improved results over the state of the art techniques. Also we are able to understand the influence of whole stacking energy on efficiency of siRNA. The model is further improved by including the ability to identify the “off-target possibility” of predicted siRNA on non-target genes. Thus the proposed model, OpsiD, can predict optimized siRNA by considering both “inhibition efficiency on target genes and off-target possibility on non-target genes”, with improved inhibition efficiency, specificity and sensitivity. Since we have taken efforts to optimize the siRNA efficacy in terms of “inhibition efficiency and offtarget possibility”, we hope that the risk of “off-target effect” while doing gene silencing in various bioinformatics fields can be overcome to a great extent. These findings may provide new insights into cancer diagnosis, prognosis and therapy by gene silencing. The approach may be found useful for designing exogenous siRNA for therapeutic applications and gene silencing techniques in different areas of bioinformatics.

Die Rolle des Zelladhäsionsmoleküls L1 in der Tumorprogression

Das neuronale Adhäsionsmolekül L1 wird neben den Zellen des Nervensystems auf vielen humanen Tumoren exprimiert und ist dort mit einer schlechten Prognose für die betroffenen Patienten assoziiert. Zusätzlich zu seiner Funktion als Oberflächenmolekül kann L1 durch membranproximale Spaltung in eine lösliche Form überführt werden. In der vorliegenden Arbeit wurde der Einfluss von L1 auf die Motilität von Tumorzellen untersucht. Lösliches L1 aus Asziten führte zu einer Integrin-vermittelten Zellmigration auf EZM-Substraten. Derselbe Effekt wurde durch Überexpression von L1 in Tumorlinien beobachtet. Weiterhin führt die L1-Expression zu einer erhöhten Invasion, einem verstärkten Tumorwachstum in NOD/SCID Mäusen und zur konstitutiven Aktivierung der MAPK ERK1/2. Eine Mutation in der zytoplasmatischen Domäne von hL1 (Thr1247Ala/Ser1248Ala)(hL1mut) führte hingegen zu einer Blockade dieser Funktionen. Dies weist daraufhin, dass nicht nur lösliches L1, sondern auch die zytoplasmatische Domäne von L1 funktionell aktiv ist. Im zweiten Teil der Arbeit wurde der Mechanismus, der L1-vermittelten Signaltransduktion untersucht. Die zytoplasmatische Domäne von L1 gelangt nach sequenzieller Proteolyse durch ADAM und Presenilin-abhängiger γ-Sekretase Spaltung in den Zellkern. Diese Translokation im Zusammenspiel mit der Aktivierung der MAPK ERK1/2 durch L1-Expression führt zu einer L1-abhängigen Genregulation. Die zytoplasmatische Domäne von hL1mut konnte ebenfalls im Zellkern detektiert werden, vermittelte jedoch keine Genregulation und unterdrückte die ERK1/2 Phosphorylierung. Die L1-abhängige Induktion von ERK1/2-abhängigen Genen wie Cathepsin B, β3 Integrin und IER 3 war in Zellen der L1-Mutante unterdrückt. Die Expression des Retinsäure-bindenden Proteins CRABP-II, welches in hL1 Zellen supprimiert wird, wurde in der L1-Mutante nicht verändert. Weitere biochemische Untersuchungen zeigen, dass die zytoplasmatische Domäne von L1 Komplexe mit Transkriptionsfaktoren bilden kann, die an Promoterregionen binden können. Die dargestellten Ergebnisse belegen, dass L1-Expression in Tumoren an drei Funktionen beteiligt ist; (i) L1 erhöht Zellmotilität, (ii) fördert Tumorprogression durch Hochregulation von pro-invasiven und proliferationsfördernden Genen nach Translokation in den Nukleus und (iii) schützt die Zellen mittels Regulation pro- bzw. anti-apoptotischer Gene vor Apoptose. Die mutierte Phosphorylierungsstelle im L1-Molekül ist essentiell für diese Prozesse. Die Anwendung neuer Therapien für Patienten mit L1-positiven Karzinomen kann mit Hinblick auf die guten Erfolge der Antikörper-basierenden Therapie mit dem mAk L1-11A diskutiert werden.

Prognosemethode für das Schutzgut ‚Landschaft’ im Rahmen der Strategischen Umweltprüfung

Im Mittelpunkt der Dissertation stehen das Schutzgut ‚Landschaft’ sowie ‚Prognosemethoden in der Umweltprüfung’. Mit beiden Themenbereichen verbinden sich bereits heute ungelöste methodische Probleme, die mit der Umsetzung der Richtlinie zur Strategischen Umweltprüfung (SUP) zusätzlich komplexer und deren Lösung mithin anspruchsvoller werden. Dies hängt einerseits damit zusammen, dass eine gesetzeskonforme Gleichbehandlung aller Schutzgüter zunehmend eingefordert wird und gerade das Schutzgut ‚Landschaft’ in einer SUP methodisch besondere Aufmerksamkeit verlangt. Zum anderen führt die gängige planungsmethodische Diskussion allein nicht zu geeigneten Antworten auf o.g. Fragen, und es bedarf der Prüfung verschiedener Methodenbausteine, auch aus anderen Wissensgebieten, um – über ein eindimensionales Landschaftsverständnis einerseits und die bisher bekannten linearen Wirkungsprognosen andererseits hinaus gehend – mehrfach verknüpfte Prognoseschritte zur Anwendung in der SUP zu entwickeln, in denen das Schutzgut ‚Landschaft’ modellhaft für Bewertungsschritte nachvollziehbar abgebildet wird. Hierbei müssen entscheidungsrelevante Prognosezeiträume ebenso beachtet werden, wie in diesen Zeiträumen möglicherweise auftretende sekundäre, kumulative, synergetische, positive und negative Auswirkungen der zu beurteilenden Planung. Dieser Ziel- und Aufgabenstellung entsprechend erfolgt die theoretische Herangehensweise der Arbeit von zwei Seiten: 1. Die Funktionen und Stellung von Prognosen innerhalb der SUP wird erläutert (Kap. 2), und es wird der Frage nachgegangen, welche Anforderungen an Prognosemethoden zu stellen sind (Kap. 2.4) und welche Prognosemethoden in der SUP Verwendung finden bzw. finden können (Kap. 3). Der Schwerpunkt wird dabei auf die Anwendung der Szenariotechnik gelegt. 2. Es wird dargestellt wie Landschaft für Aufgaben der Landschaftsplanung und Umweltprüfung bisher üblicherweise erfasst und analysiert wird, um in Prognoseschritten handhabbar behandelt zu werden (Kap. 4). Beide Zugänge werden sodann zusammengeführt (Kap. 5), um am Beispiel einer Hochwasserschutzkonzeption im Rahmen der SUP Landschaftliche Prognosen zu erarbeiten. Die Prognose setzt methodisch mit der Beschreibung des zu verwendenden Landschaftsmodells und der Klärung des Modellzwecks ein. Bezugsbasis ist die Beschreibung des Charakters einzelner logisch hergeleiteter Landschaftseinheiten bzw. Landschaftsräume, die typisiert werden. Die Prognose selber unterscheidet zwischen der Abschätzung zu erwartender Landschaftsveränderungen im Sinne der ‚Status-quo-Prognose’ (einschließlich der Entwicklung von drei Szenarien möglicher Zukunftslandschaften bis 2030) und der Wirkungsabschätzungen verschiedener Maßnahmen bzw. Planungsalternativen und zwar zunächst raumunabhängig, und dann raumkonkret. Besondere Bedeutung bei den Wirkungsabschätzungen erhält die klare Trennung von Sach- und Wertebene, eine angemessene Visualisierung und die Dokumentation von Informationslücken und Unsicherheiten bei der Prognose. Diskutiert wird u.a. (Kap. 6) · die Bildung und Abgrenzung landschaftlicher Einheiten und Typen in Bezug zu der Aufgabe, landschaftliche Eigenart zu definieren und planerisch handhabbar und anwendbar zu bestimmen, · die Bedeutung angemessener Visualisierung zur Unterstützung von Beteiligungsverfahren und · die Bestimmung des so genannten ‚Raumwiderstandes’. Beigefügt sind zwei Karten des gesamten Bearbeitungsgebietes: Karte 1 „Landschaftstypen“, Karte 2 „Maßnahmentypen des Hochwasserschutzes mit möglichen Synergieeffekten für die Landschaft“.

Local food security and principle of organic farming (from farm to fork) in context of food culture in Indonesia: Minangkabau's case study

The basic idea behind improving local food security consists of two paths; first, accessibility (price, stock) and second, availability (quantity and biodiversity); both are perquisites to the provision of nutrients and a continuous food supply with locally available resources. The objectives of this thesis are to investigate if indigenous knowledge still plays an important role in traditional farming in the Minangkabau`s culture, thus supporting local food security. If the indigenous knowledge still plays a role in food culture in the Minangkabau`s culture which is linked to the matrilineal role and leads to a sound nutrition. Further, it should be tested if marantau influences traditional farming and food culture in Minangkabau`s, and if the local government plays a role in changing of traditional farming systems and food culture. Furthermore this thesis wants to prove if education and gender are playing a role in changing traditional farming system and food culture, and if the mass media affects traditional farming systems and food culture for the Minangkabau. The study was completed at four locations in West Sumatera; Nagari Ulakan (NU) (coastal area), Nagari Aia Batumbuak (NAB) (hilly area), Nagari Padang Laweh Malalo (NPLM) (lake area), Nagari Pandai Sikek (NPS) (hilly area). The rainfall ranged from 1400- 4800 mm annually with fertile soils. Data was collected by using PRA (Participatory Rural Appraisal) to investigate indigenous knowledge (IK) and its interactions, which is also combining with in depth-interview, life history, a survey using semi-structured-questionnaire, pictures, mapping, and expert interview. The data was collected from June - September 2009 and June 2010. The materials are; map of area, list of names, questionnaires, voices recorder, note book, and digital camera. The sampling method was snowball sampling which resulted in the qualitative and quantitative data taken. For qualitative data, ethnography and life history was used. For quantitative, a statistical survey with a semi-structured questionnaire was used. 50 respondents per each site participated voluntarily. Data was analyzed by performing MAXQDA 10, and F4 audio analysis software (created and developed by Philip-University Marburg). The data is clustered based on causality. The results show that; the role of IK on TFS (traditional farming system) shown on NPLM which has higher food crop biodiversity in comparison to the other three places even though it has relatively similar temperature and rainfall. This high food crop biodiversity is due to the awareness of local people who realized that they lived in unfavourable climate and topography; therefore they are more prepared for any changes that may occur. Carbohydrate intake is 100 % through rice even though they are growing different staple crops. Whereas most of the people said in the interviews that not eating rice is like not really eating for them. In addition to that, mothers still play an important role in kitchen activities. But when the agriculture income is low, mothers have to decide whether to change the meals or to feel insecure about their food supply. Marantau yields positive impact through the remittances it provides to invest on the farm. On the other hand, it results in fewer workers for agriculture, and therefore a negative impact on the transfer of IK. The investigation showed that the local government has a PTS (Padi Tanam Sabatang) programme which still does not guarantee that the farmers are getting sufficient revenue from their land. The low agricultural income leads to situation of potential food insecurity. It is evident that education is equal among men and women, but in some cases women tend to leave school earlier because of arranged marriages or the distances of school from their homes. Men predominantly work in agriculture and fishing, while women work in the kitchen. In NAB, even though women work on farmland they earn less then men. Weaving (NPS) and kitchen activity is recognized as women’s work, which also supports the household income. Mass media is not yielding any changes in TFS and food culture in these days. The traditional farming system has changed because of intensive agricultural extension which has introduced new methods of agriculture for the last three decades (since the 1980’s). There is no evidence that they want to change any of their food habits because of the mass media despite the lapau activity which allows them to get more food choices, instead preparing traditional meal at home. The recommendations of this thesis are: 1) The empowerment of farmers. It is regarding the self sufficient supply of manure, cooperative seed, and sustainable farm management. Farmers should know – where are they in their state of knowledge – so they can use their local wisdom and still collaborate with new sources of knowledge. Farmers should learn the prognosis of supply and demand next prior to harvest. There is a need for farm management guidelines; that can be adopted from both their local wisdom and modern knowledge. 2) Increase of non-agricultural income Increasing the non-agricultural income is strongly recommended. The remittances can be invested on non-agricultural jobs. 3) The empowerment of the mother. The mother plays an important role in farm to fork activities; the mother can be an initiator and promoter of cultivating spices in the backyard. Improvement of nutritional knowledge through information and informal public education can be done through arisan ibu-ibu and lapau activity. The challenges to apply these recommendations are: 1) The gap between institutions and organizations of local governments. There is more than one institution involved in food security policy. 2) Training and facilities for field extension agriculture (FEA) is needed because the rapid change of interaction between local government and farmer’s dependent on this agency.

Compositional Data in Biomedical Research

Modern methods of compositional data analysis are not well known in biomedical research. Moreover, there appear to be few mathematical and statistical researchers working on compositional biomedical problems. Like the earth and environmental sciences, biomedicine has many problems in which the relevant scienti c information is encoded in the relative abundance of key species or categories. I introduce three problems in cancer research in which analysis of compositions plays an important role. The problems involve 1) the classi cation of serum proteomic pro les for early detection of lung cancer, 2) inference of the relative amounts of di erent tissue types in a diagnostic tumor biopsy, and 3) the subcellular localization of the BRCA1 protein, and it's role in breast cancer patient prognosis. For each of these problems I outline a partial solution. However, none of these problems is \solved". I attempt to identify areas in which additional statistical development is needed with the hope of encouraging more compositional data analysts to become involved in biomedical research

Proteína c reactiva ultrasensible (PCR-h) en el dolor torácico de probabilidad intermedia para síndrome coronario agudo

INTRODUCCION: El dolor torácico es una de las principales causas de consulta en los servicios de urgencias y cardiología, se convierte en un reto clasificar a los pacientes empleando una herramienta diagnóstica lo suficientemente sensible y especifica para establecer riesgo y pronóstico, la estrecha relación existente entre enfermedad aterosclerótica e inflamación ha dirigido su atención al papel de marcadores plasmáticos de inflamación como predictores de riesgo de eventos cardiovasculares. La Proteína C reactiva (PCR) ha sido ampliamente estudiada en pacientes con factores de riesgo cardiovascular y Eventos coronarios Agudos, pero se desconoce el comportamiento en pacientes con dolor torácico de probabilidad intermedia. OBJETIVOS: Determinar la utilidad y comportamiento de la Proteína C reactiva en pacientes con dolor torácico de probabilidad Intermedia para síndrome coronario. MATERIALES Y METODOS: Este estudio fue realizado entre junio 2008 y febrero de 2009 en una institución de referencia en cardiológica ( Fundación Cardio Infantil, Bogotá-Colombia), Se Estudiaron pacientes con EKG normal o no diagnostico y marcadores de injuria miocardica negativos. Los pacientes continuaron su estudio según las recomendaciones y guías internacionales para dolor torácico. Nosotros realizamos dos tomas de PCR, Una PCR antes de 12 horas de iniciado el dolor torácico y otra PCR después de las 18 Hrs de iniciado el dolor torácico, se realizo la deferencia entre estas dos PCR (PCR 18 hrs vs PCR basal) Con estos 3 resultados se hizo el análisis estadístico para hallar sensibilidad, especificidad, valor predictivo positivo, valor predictivo negativo, comparándolo contra las pruebas de provocación de isquemia y cateterismo. RESULTADOS: Un total de 203 pacientes fueron analizaron. Con un promedio de edad fue de 60.8 ± 11 años, Los dos géneros tuvieron una distribución sin diferencia significativas. Los factores de riesgo asociados fueron: Hipertensión arterial 76%(n=155), Dislipidemia 68.1%(n=139), Diabetes Mellitus 20.6%(n=42), Obesidad 7.4%(n=15) y tabaquismo 9.3%(n=19). El total de cateterismos realizados fueron 66 pruebas: Normal el 27%(n=18), lesiones no significativas el 25.8%(n=17) y lesiones Obstructivas 47%(n=31). La PCR tuvo una utilidad diagnostica baja, la PCR a las 18 horas es la mejor prueba diagnóstica , con un mejor comportamiento del área de la curva ROC 0.74 (IC , 0.64-0.83), con sensibilidad del 16.13% (IC 95%, 1.57-30.69), especificidad del 98.26%( IC 955, 96.01-100), un valor predictivo negativo de 86.67%(IC 95%, 81.64-91.69). En el seguimiento a los 30 días no encontró nuevas hospitalizaciones de causa cardiovascular. CONCLUSIONES: Nuestro estudio muestra una utilidad diagnostico baja de la PCR en el dolor torácico de probabilidad intermedia para enfermedad coronaria, el mejor comportamiento diagnostico se encontró en la PCR a las 18 hrs con una alta especificidad y un alto Valor predictivo negativo para un valor de PCR > de 3mg/dl, siendo menor la utilidad de la PCR basal y diferencia de la PCR. diferencia de la PCR. Estos hallazgos no se correlacionaron con estudios previos. No se pudo establecer un punto de Corte de la PCR diferente a los ya existentes debido a la variabilidad de la PCR entre la población de estudio. Las limitaciones encontradas en nuestro estudio hacen necesaria la realización de un estudio multicéntrico.

Canulacion arterial axilar versus femoral para cirugía del arco aórtico

Objetivo: Determinar si la canulación arterial axilar para perfusión selectiva anterograda cerebral (PSAC) con hipotermia moderada reduce la morbilidad, mortalidad y el pronóstico neurológico en pacientes llevados a cirugía del arco aórtico. Pacientes y métodos: Se hace una revisión retrospectiva de 2 cohortes de pacientes a quienes se les realizo cirugía del arco aórtico urgente o electiva, para comparar dos técnicas de canulación arterial diferente; la canulación axilar para perfusión selectiva anterograda cerebral con hipotermia moderada y la canulación femoral con hipotermia profunda, en un periodo de tiempo comprendido entre Diciembre del 2002 y Agosto del 2008 en el servicio de cirugía cardiovascular de la Fundación Cardioinfantil Instituto de Cardiología. Resultados: 68 pacientes, 50 hombres y 18 mujeres fueron llevados a cirugía de arco aórtico 19 pacientes (27%) con diagnóstico de aneurisma de aorta ascendente y arco aórtico y 49 pacientes (72%) con disección aortica tipo A aguda o crónica. A 55 pacientes (80.9%) se les hizo canulación axilar y a 13 pacientes (19,1%) se les hizo canulación femoral. No se encontraron diferencias en las variables preoperatorias entre los dos grupos. La mortalidad global fue de 13,2% (9 pacientes), todas las muertes se presentaron en pacientes con diagnóstico de disección aortica tipo A. El 55% de los pacientes (38/68) se operaron de urgencia. No se presentaron diferencias estadísticamente significativas en la mortalidad entre el grupo de canulación axilar, 8 muertes (14,5%) y el grupo de canulación femoral 1 muerte (7,7%) con (p=0.5). No se encontraron diferencias en la incidencia de déficit neurológico permanente entre los dos grupos, presentándose solamente dos pacientes con accidente cerebrovascular ambos en el grupo de canulación axilar (P=0.48). Conclusiones: la canulación axilar con perfusión cerebral selectiva anterograda en hipotermia moderada representa un método seguro de protección cerebral, con una mortalidad aceptable y una incidencia baja de complicaciones neurológicas permanentes, no encontramos diferencias en la mortalidad o la aparición de eventos neurológicos, cuando se comparo con la técnica de canulación arterial femoral. No se presentaron complicaciones asociadas al sitio de canulación en ninguno de los dos grupos.

Factores pronósticos de cáncer de seno: Hospital Militar Central enero 2003 a diciembre 2008

Introducción: el riesgo de desarrollar cáncer de seno durante la vida es del 13,4% (1 de cada 7 mujeres) y la posibilidad de morir por la enfermedad después del diagnostico es cercana al 30%. Pacientes y Métodos: es un estudio de cohorte abierta retrospectiva en el que se analizó la sobrevida según los factores pronósticos de las pacientes con cáncer de seno del hospital militar central en el periodo de enero de 2003 a diciembre de 2008. Los factores pronósticos son: Edad, estadío del tumor al momento del diagnóstico, Grado de diferenciación del tumor, presencia de metástasis al momento del diagnóstico, presencia de metástasis, número de sitios de metástasis, erb2, presencia de ganglios afectados, número de ganglios positivos, receptores estrogénicos, receptores de progestágeno, tratamiento con trastuzumab, tratamiento con hormonoterapia; el análisis estadístico se realizó a partir de la herramienta de recolección de datos, esta base de datos fue trasladada al programa SPSS. Resultados: participaron 171 mujeres. La presencia de receptores para estrógenos positivos se correlaciona con una mayor sobrevida con una diferencia estadísticamente significativa (p=0.015). Durante el periodo de tiempo del estudio fallecieron 23 pacientes (13.4%), de las cuales 20 (86%) presentaban Carcinoma Canalicular Infiltrante y 21 (91%) presentaban estadios avanzados del carcinoma. Conclusiones: las características demográficas de nuestra población son similares a lo publicado en la literatura, sin variantes estadísticamente significativas frente a los hallazgos internacionales. En nuestro análisis hubo una fuerte correlación de la presencia de estrógenos positivos en relación al tiempo de sobrevida.

Diseño de una vía clínica para la vigilancia de hepatocarcinoma y evaluación económica

El carcinoma Hepatocelular (HCC) representa la sexta causa más frecuente de cáncer, y la tercera causa de muerte relacionada con cáncer en el mundo con aproximadamente 600.000 muertes anuales. En el 70 % de los casos, este se desarrolla en presencia de una enfermedad crónica del hígado como la cirrosis u otras enfermedades inflamatorias, por lo que practicar métodos de tamizaje para su diagnóstico precoz, pudieran establecer un mejor pronóstico. El objetivo de este trabajo es diseñar una vía clínica capaz de homogenizar el proceso de tamizaje de HCC, soportando su realización con la realización de una evaluación económica de esta intervención. Se realiza una búsqueda sistemática de literatura y se propone una vía clínica para la vigilancia de HCC en Colombia. A esta propuesta se aplica una evaluación económica tipo costo-efectividad mediante un modelo de Markov de la intervención propuesta, comparando la aplicación de la vía clínica propuesta frente al manejo actual en 100 pacientes considerados con riesgo (cirrosis, portadores de HBV y/o portadores de HCV) con un horizonte de tiempo de 30 años analizando como desenlace los años de vida salvados (LYS) desde la perspectiva del tercero pagador para Colombia a precios de 2009. El análisis determina una disminución de la mortalidad en un 40%, y un valor ICER de US$ 1,438 por LYS, por lo cual se concluye que resulta costo efectivo la aplicación de esta propuesta de tamizaje. Es necesario realizar una prueba para la aplicación de la vía clínica.

Tratamiento del ductus arterioso persistente en prematuros con ibuprofeno oral: metanalisis de la literatura

Introducción El ductus arterioso persistente (DAP) es una de las complicaciones más frecuente en recién nacidos pretérmino (RNPT). Desde 1976 el uso de Indometacina para su cierre farmacológico ha cambiado el pronóstico en cuanto a morbimortalidad; sin embargo, su uso se ha visto asociado a efectos adversos como disminución del flujo sanguíneo cerebral, renal e intestinal. Por esta razón se han buscado tratamientos alternativos como el Ibuprofeno endovenoso evidenciando una disminución de efectos colaterales, sin afectar significativamente la efectividad del cierre ductal. En nuestro medio el uso de Ibuprofeno endovenoso se dificulta por la no disponibilidad actual y alto costo del medicamento; por lo cual se ha recurrido al uso de ibuprofeno oral. Sin embargo, la efectividad y seguridad del ibuprofeno oral como opción terapéutica para el cierre del DAP no ha sido demostrada y existe aún incertidumbre al respecto.

Valor predictivo del índice de severidad para gangrena de fournier en el Hospital Universitario de la Samaritana

La GF es una infección fulminante, afecta cualquier edad y género. Se ha descrito el índice de severidad de gangrena de Fournier (ISGF), el cual es útil para evaluar el pronóstico de estos pacientes. OBJETIVO. Reportar nuestra experiencia con esta patología en los últimos 12 años y evaluar el valor predictivo del ISGF de manera retrospectiva. METODOS Se analizaron las historias clínicas de los pacientes con GF de los últimos 12 años en el HUS. Se determinaron los factores asociados a mortalidad y se realizó un análisis de calibración y discriminación del ISGF. RESULTADOS Se recolectaron 40 pacientes todos del género masculino con una edad promedio de 60.3 años (+ /– 14.9). La comorbilidad y causa más frecuente fueron hipertensión arterial y causas urológicas. El patógeno más frecuente fue E. coli. El porcentaje mortalidad en nuestra población fue del 15%. El promedio de ISGF y ISGF ajustado fue: 4.9 y 9.83 ; 9.83 y 4.91 para los fallecidos y los no fallecidos respectivamente, existiendo una diferencia estadísticamente significativa para los dos. (p < 0,05). En el análisis de correlación, discriminación y concordancia, el ISGF sobreestima mortalidad y en ISGF ajustado subestima mortalidad, pero tiene una buena correlación con mortalidad DISCUSIÓN: En nuestro hospital, la GF es una patología poco frecuente; a pesar de esto, se cuenta con un diagnóstico rápido y a su vez un manejo inmediato. Hasta el momento la conducta quirúrgica inmediata y el pronto inicio de antibioticoterapia continúan siendo la mejor opción terapéutica. Existe una relación entre el índice de severidad y la sobrevida de los pacientes, lo cual puede convertirlo en un parámetro útil en la evaluación de estos pacientes. Sin embargo se necesitan estudios prospectivos para validar la escala en nuestra población

Correlación entre la escala clínica de Apache II y la imagenológica de Balthazar en la evaluación de pancreatitis aguda severa en pacientes adultos de la Fundación Cardioinfantil entre 2008-2010

El diagnóstico oportuno en pancreatitis aguda es clave para abordar adecuadamente al paciente, para disminuir complicaciones. En la evaluación de la severidad de la pancreatitis, se cuenta con la escanografía; útil en la determinación de complicaciones locales; sin embargo, es necesario establecer su correlación con el curso clínico del paciente, evaluado mediante la escala APACHE II que cuenta con diversas variables. METODOLOGIA: Determinar la correlación entre las escalas clínica e imagenológica en la evaluación de severidad de la pancreatitis. Para esto, se revisan historias clínicas de la Fundación Cardio - Infantil de pacientes con pancreatitis aguda, se revisa si cumplen criterios de inclusión, y se emplea análisis estadístico descriptivo en SPSS, para establecer correlación entre las variables. RESULTADOS: Existe pobre correlación entre las variables, porque son escalas que evalúan parámetros diferentes, lo que hace que estas escalas se complementen. DISCUSION: Se analizaron 189 pacientes, de una población de 264; los restantes no cumplían criterios de inclusión. Las características demográficas y la etiología de la pancreatitis son muy similares a las descritas en otros estudios. Se tomaron paraclínicos para definir criterios de Ramson; y se les realizó escanografía abdominal para buscar complicaciones locales; de acuerdo a la escala BALTHAZAR-INDICE DE SEVERIDAD; y la evaluación clínica APACHE II, para hacer seguimiento clínico. El criterio de ingreso a UCI se evalúa con la escala APACHE II que puede hacerse periódicamente; posteriormente se evaluó coeficientes de correlación entre las variables con mayor impacto en pronóstico. PALABRAS CLAVES: Pancreatitis aguda, Severidad, Apache II, BALTHAZAR

Neurocirugia radioguiada en los tumores cerebrales de alto grado, experiencia INC

La cirugía radioguiada es una rama de la medicina nuclear con la cual se marca el tejido tumoral con un radiotrazador (MIBI) y mediante el uso de una gamasonda o gamacámara poder diferenciarlo del tejido cerebral sano in vivo en la sala de cirugía. Esta técnica se ha aplicado con éxito en tumores del SNC (Gliomas de alto grado, metástasis, meningiomas). Los tumores del SNC representan el 1% de todos los tumores pero son la tercera causa de mortalidad por cáncer en el mundo. Hay un mejor pronóstico de los pacientes con mayor extensión de la resección. Objetivos: Evaluar la factibilidad de la técnica y optimizar los procesos en el INC con la finalidad de desarrollar un protocolo de línea de investigación en esta materia. Materiales y métodos: se realiza un reporte de casos de pacientes con diagnóstico de tumor cerebral supratentorial. Se realizó SPECT cerebral con MIBI para confirmar captación del radiotrazador. En los pacientes que marcaron positivo se programó cirugía radioguiada con gamacámara portátil Sentinel Resultados: En 5 pacientes con tumores supratentoriales se realizó SPECT cerebral con MIBI: 3 de ellos fueron positivos los cuales fueron programados para cirugía radioguiada y los 2 restantes con cirugía convencional. Dos de los casos positivos correspondieron a Tumor de alto grado y un caso de tumor abscedado. En quienes se practicó la cirugía radioguiada se consiguió resección tumoral completa tumoral por imagen de gamacámara intraquirúrgica

Relación de la tiroglobulina pre-ablación con la recurrencia/persistencia temprana del cáncer diferenciado de tiroides

Introducción: El cáncer diferenciado de tiroides es la neoplasia endocrina más frecuente en Colombia y su incidencia crece de forma acelerada. Se investigo la relación entre los niveles de tiroglobulina (Tg) pre-ablación y la persistencia/recurrencia temprana del cáncer diferenciado de tiroides. Materiales y Métodos: Se evaluaron 91 pacientes con cáncer papilar de tiroides a quienes se les practico ablación post-quirúrgica con yodo radiactivo en la Fundación Cardioinfantil entre enero de 2006 y enero de 2010. El análisis de los resultados se realizo con ayuda del paquete estadístico SPSS y la hipótesis de investigación se evaluó utilizando métodos propios de la estadística no paramétrica. Resultados: La enfermedad progresó en 20 pacientes durante el primer año post-ablación y se encontró relación significativa entre la Tg pre-ablación y el estado de la enfermedad al final de ese periodo (p = 0,000). No hubo cambio significativo de la Tg entre el primer y el segundo semestre post-ablación en quienes la enfermedad progreso (p = 0,554); se resalta que no se presentaron casos de recurrencia/persistencia en aquellos con niveles pre-ablación menores o iguales a 2,7 ng/mL y que el 80% de estos casos correspondieron a individuos con niveles iniciales mayores a 24 ng/mL. Conclusión: En los pacientes con cáncer papilar de tiroides el nivel sérico de la Tg pre-ablación tiene relación con el estado de la enfermedad al final del primer año post-ablación. La persistencia/recurrencia es menos frecuente con niveles bajos y más frecuente con niveles altos.

Hipocapnia en neuroanestesia : estado actual

La hiperventilación ha sido una maniobra común en el manejo anestésico de procedimientos neuroquirúrgicos. Hace unos años existía el escepticismo médico si esto resultaba en isquemia cerebral, hoy sabemos que es perjudicial y deteriora el estado y pronóstico del paciente.