Data queries over heterogeneous sources

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Informática

Personalization platform for multimodal ubiquitous computing applications

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Informática

TSKY: a dependable middleware solution for data privacy using public storage clouds

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Informática

Qualidade de vida relacionada com a saúde em doentes com lúpus eritematoso sistémico neuropsiquiátrico em Portugal

RESUMO - Este estudo tem como objetivo principal analisar o impacto do lúpus eritematoso sistémico (LES) na qualidade de vida relacionada com a saúde num grupo de doentes portugueses, através de instrumentos genéricos. Trata-se de um estudo transversal, onde os instrumentos de colheita de dados foram o EQ-5D-3L e o SF-36 v.2, aplicados no decorrer de 2012, sendo a população constituída por 116 doentes com LES-NP, inscritos na Unidade de Doenças Autoimunes do Hospital Curry Cabral, Lisboa. Todos os doentes preencheram os critérios revistos ACR de 97 para a classificação de LES. Dos 116 doentes, 104 eram mulheres (89,7%) e 12 homens (10,3%). A idade média da amostra é de 46 anos. Os indivíduos apresentam um critério ACR médio de 5,0, um índice SLICC/ACR (SDI) médio de 0,6 (± 1,1) e uma duração média de doença de 13 anos, onde 50% dos participantes indica ser portador de LES pelo menos há 11 anos. Os resultados obtidos evidenciaram que a qualidade de vida relacionada com a saúde no LES varia em função de determinadas características demográficas dos doentes como são o caso da idade e o sexo, relacionando-se também com a duração da doença e o índice de irreversibilidade de lesão, nalgumas dimensões do EQ-5D-3L e SF-36. Estes dois instrumentos genéricos apresentam forte associação em todas as suas dimensões. Um achado relevante, prende-se com o facto de o LES apresentar uma pior qualidade de vida relacionada com a saúde em relação a outras doenças crónicas comparáveis.

Exit strategies of Pharmaceutical multinational companies from Portugal and the successful implementation of new Portuguese companies

A Work Project, presented as part of the requirements for the Award of a Masters Degree in Management from the NOVA – School of Business and Economics

Growing globally: Is it reasonable for Logoplaste to enter the Colombian rigid plastic packaging market?

A Work Project, presented as part of the requirements for the Award of a Masters Degree in Management from the NOVA – School of Business and Economics

Caracterização dos incidentes na administração de medicamentos num serviço de Medicina Interna

RESUMO - O problema do erro de medicação tem vindo a adquirir uma importância e um interesse crescentes nos últimos anos. As consequências directas no doente que condicionam frequentemente o prolongamento do internamento, a necessidade de utilização adicional de recursos e a diminuição de satisfação por parte dos doentes, são alguns dos aspectos que importa analisar no sentido de se aumentar a segurança do doente. No circuito do medicamento em meio hospitalar estão envolvidos diversos profissionais, estando o enfermeiro no final da cadeia quando administra a medicação ao doente. Na bibliografia internacional, são referidas incidências elevadas de eventos adversos relacionados com o medicamento. Em Portugal, não existem estudos disponíveis que nos permitam conhecer, nem o tipo de incidentes, nem a dimensão do problema do erro de medicação. Efectuamos um estudo descritivo, prospectivo, exploratório, utilizando a técnica de observação não participante, da administração de medicamentos. Os objectivos são, por um lado, determinar a frequência de incidentes na administração de medicação num Serviço de Medicina Interna e, por outro, caracterizar o tipo de incidentes na administração da medicação e identificar as suas possíveis causas. A população em estudo foi constituída pelos enfermeiros que administraram medicamentos aos doentes internados no Serviço de Medicina Interna seleccionado, durante os meses de junho a agosto de 2012, sendo observadas 1521 administrações. Foi utilizada uma grelha de observação, que incluiu os seguintes elementos: doente certo; medicamento certo; dose certa; hora certa; via certa; técnica de administração correcta (assépsia); tempo de infusão; monitorização correcta. Constatou-se que em 43% das doses administradas apresentavam pelo menos um erro, num total de 764 erros. Não foi observado nenhum erro de doente, de medicamento, de dose extra, de via, de forma farmacêutica, nem a administração de medicamento não prescrito. Detectaram-se 0,19% de erros na preparação, 0,72% de erros de dose, 1,7% erros de omissão, 1,97% de erros de administração, 13,52% de erros de monitorização, 28,73% de erros de v horário. O tempo de infusão da terapêutica parentérica não foi cumprida em 27,69% das oportunidades, tendo sido sempre administrado em tempo inferior ao preconizado. Não encontramos relação entre as interrupções durante a administração de terapêutica e os erros. Pelo contrário constatou-se haver relação entre o número de doses com erro e o turno em que ocorreram, sendo mais frequentes no turno da noite. Constatamos também que aos fins de semana os erros eram mais frequentes e o risco da ocorrência de um erro na administração de medicação aumenta 1,5 vezes quando o número de enfermeiros é insuficiente.

Analysis of molecular biology techniques for the diagnosis of human papillomavirus infection and cervical cancer prevention

The objective of the present study was to evaluate the usefulness of molecular methodologies to access human papillomavirus genome in the genital tract. Samples from 136 women aged 17 to 52 years old obtained from the Dr. Sérgio Franco Laboratories between 2000 and 2001, were analyzed by the hybrid capture assay and amplified by PCR with generic primers MY09/MY11 and specific primers for types 16, 18, 31, 33, 35, 58. Viral genome was detected in 71.3% of the samples by hybrid capture and 75% by amplification. When cytopathology was used as a reference method for screening lesions, hybrid capture (p=0) and amplification (p=0.002) presented positive association. The 3 methods showed absolute agreement when cytopathology confirmed papillomavirus infection and high grade intraepithelial lesion. Disagreements occurred for 10 cases: seven inflammatory cases positive by PCR and negative for hybrid capture and 3 low squamous intraepithelial lesions positive for hybrid capture but negative for amplification. In conclusion, hybrid capture was shown to be sensitive and specific enough for use in clinical routines. Moreover, the evaluation of viral load values obtained by this method were shown to be related to the severity of the lesion and merit further studies to analyze the possible association with risk of progression to malignancy.

Evolution of Diplodocid Sauropod dinosaurs with emphasis on specimens from Howe Ranch, Wyoming (USA)

Diplodocidae are among the best known sauropod dinosaurs. Several species were described in the late 1800s or early 1900s. Since then, numerous additional specimens were recovered in the USA, Tanzania, Portugal, as well as possibly Spain, England, and Asia. To date, the clade includes about 12 to 15 different species, some of them with questionable taxonomic status (e.g. ‘Diplodocus’ hayi or Dyslocosaurus polyonychius). However, intrageneric relationships of the multi-species, iconic genera Apatosaurus and Diplodocus are still poorly known. The way to resolve this issue is a specimen-based phylogenetic analysis, which was done for Apatosaurus, but is here performed for the first time for the entire clade of Diplodocidae. New material from different localities and stratigraphic levels on the Howe Ranch (Shell,Wyoming, USA) sheds additional light on the evolution of Diplodocidae. Three new specimens are described herein, considerably increasing our knowledge of the anatomy of the group. The new specimens (SMA 0004, SMA 0011, and SMA 0087) represent two, to possibly three new diplodocid species. They preserve material from all parts of the skeleton, including two nearly complete skulls, as well as fairly complete manus and pedes, material which is generally rare in diplodocids. Thereby, they considerably increase anatomical overlap between the sometimes fragmentary holotype specimens of the earlier described diplodocid species, allowing for significant results in a specimenbased phylogenetic analysis. Furthermore, clavicles and interclavicles are identified, the latter for the first time in dinosaurs. Their presence seems restricted to early sauropods, flagellicaudatans, and early Macronaria, and might thus be a retained plesiomorphy, with the loss of these bones being synapomorphic for Titanosauriformes and possibly Rebbachisauridae. The new material allows to test previous hypotheses of diplodocid phylogeny. In order to do so, any type specimen previously proposed to belong to Diplodocidae was included in the study, as are relatively complete referred specimens, in order to increase the degree of overlapping material. For specimens subsequently suggested to be non-diplodocid sauropods, their hypothesized sister taxa were included as outgroups. The current phylogenetic analysis thus includes 76 operational taxonomic units, 45 of which belong to Diplodocidae. The specimens were scored for 477 morphological characters, representing one of the most extensive phylogenetic analyses done within sauropod dinosaurs. The resulting cladogram recovers the classical arrangement of diplodocid relationships. Basing on a newly developed numerical approach to reduce subjectivity in the decision of specific or generic separation, species that have historically been included into well-known genera like Apatosaurus or Diplodocus, were detected to be actually generically different. Thereby, the famous genus Brontosaurus is resuscitated, and evidence further suggests that also Elosaurus parvus (previously referred to Apatosaurus) or ‘Diplodocus’ hayi represent unique genera. The study increases our knowledge about individual variation, and helps to decide how to score multi-species genera. Such a specimen-based phylogenetic analysis thus proves a valuable tool to validate historic species in sauropods, and in paleontology as a whole.

Interactive spatial decision support for sustainable agroforestry management: a case study in East Kalimantan, Indonesia

Forest managers, stakeholders and investors want to be able to evaluate economic, environmental and social benefits in order to improve the outcomes of their decisions and enhance sustainable forest management. This research developed a spatial decision support system that provides: (1) an approach to identify the most beneficial locations for agroforestry projects based on the biophysical properties and evaluate its economic, social and environmental impact; (2) a tool to inform prospective investors and stakeholders of the potential and opportunities for integrated agroforestry management; (3) a simulation environment that enables evaluation via a dashboard with the opportunity to perform interactive sensitivity analysis for key parameters of the project; (4) a 3D interactive geographic visualization of the economic, environmental and social outcomes, which facilitate understanding and eases planning. Although the tool and methodology presented are generic, a case study was performed in East Kalimantan, Indonesia. For the whole study area, it was simulated the most suitable location for three different plantation schemes: monoculture of timber, a specific recipe (cassava, banana and sugar palm) and different recipes per geographic unit. The results indicate that a mixed cropping plantation scheme, with different recipes applied to the most suitable location returns higher economic, environmental and social benefits.

Equidade na utilização de medicamentos em Portugal

RESUMO - Este estudo teve como objectivo contribuir para o conhecimento sobre a equidade no sector do medicamento, com uma análise empírica aplicada ao sistema de saúde português. Para o efeito avaliou-se se indivíduos com as mesmas necessidades em saúde, mas com diferentes níveis de rendimento, tiveram idêntica prestação no que diz respeito ao medicamento. Adicionalmente, aprofundou-se esta análise através da identificação de factores associados ao sistema de prestação ou ao utente que contribuíram para gerar iniquidades, com particular destaque para os comportamentos de não aquisição de medicamentos – não adesão primária. A avaliação da equidade foi efectuada através de duas abordagens distintas, mas complementares: uma sob a perspectiva da utilização e outra sob a perspectiva da distribuição da despesa pública com medicamentos. Para estas análises aplicaram-se métodos baseados nos índices de concentração, utilizando dados do Inquérito Nacional de Saúde 2005/06 e dados relativos aos encargos do Serviço Nacional de Saúde com medicamentos. Os resultados revelaram que, perante as mesmas necessidades, o sistema de prestação tende a favorecer os indivíduos de nível socioeconómico superior, quer na utilização quer na distribuição de recursos do Estado com medicamentos. Adicionalmente, a aplicação do método da decomposição do índice de concentração revelou que tanto o rendimento como o nível educacional são atributos individuais que estão associados à iniquidade na utilização de medicamentos. A iniquidade observada neste estudo pode resultar de barreiras em diferentes fases do processo terapêutico, entre as quais se destacam o não acesso à prescrição médica ou a não aquisição dos medicamentos prescritos. Foi este comportamento - designado de não adesão primária - que se analisou na segunda parte da tese. Para tal cruzaram-se os dados de prescrição electrónica com os dados de dispensa no Serviço Nacional de Saúde. Os resultados revelaram que a taxa de não adesão primária foi cerca de 20% e que este comportamento está associado ao sexo feminino ou ser jovem, assim como a características do sistema de prestação como o valor dos copagamentos. Estes dados indiciam que as barreiras na aquisição podem ser indutoras de iniquidades na utilização de medicamentos. A identificação de iniquidade na utilização de medicamentos e dos factores que contribuem para esta situação constituem o primeiro passo para uma estratégia de redução da iniquidade que, de acordo com os resultados desta tese, deve abranger não só o sistema de saúde mas também outras áreas das políticas públicas em Portugal.

Process Engineering of Stem Cells for Clinical Application

Over the last decade, human embryonic stem cells (hESCs) have garnered a lot of attention owing to their inherent self-renewal ability and pluripotency. These characteristics have opened opportunities for potential stem cell-based regenerative medicines, for development of drug discovery platforms and as unique in vitro models for the study of early human development.(...)

O contributo da farmácia comunitária no envelhecimento ativo

RESUMO: A população mundial está a envelhecer de forma sustentada. O setor das farmácias em Portugal está a passar por um conjunto de alterações que conduzirá a uma ação mais interventiva ao nível da prestação de cuidados de saúde. Deste modo delineou-se um estudo descritivo, transversal e exploratório sem intervenção, de carácter qualitativo e quantitativo que compara diferentes grupos etários com o objectivo de compreender melhor o papel do farmacêutico no âmbito do envelhecimento das populações. Pretendemos assim optimizar práticas e serviços que podem ser realizados nas farmácias e alertar os utentes, para gerir melhor a sua condição de saúde, sensibilizando-os para o próprio processo de envelhecimento. Como principais resultados destacamos o papel de intervenção crucial da farmácia, quer pela sua acessibilidade quer pela contribuição que pode ter para a condição de saúde das populações. Pela amostra estudada em 100% das farmácias são feitos despistes e controlo da hipertensão arterial e hipercolesterolemia, factores fundamentais no controlo da aterosclerose e das doenças cardiovasculares. Podemos ainda concluir que a farmácia pode ser o elemento de otimização, revisão e reconciliação das terapêuticas dos resistentes em lares e ao domicílio, junto da população 65+. Em termos das pessoas idosas, o nosso estudo indicia que, apesar da crise sócio económica dos últimos anos, continuam a tomar os medicamentos mais essenciais, o que se relaciona com a política do medicamento implementada. Este trabalho pretende também, contribuir para o desenvolvimento de uma rede de competências da farmácia ao nível do envelhecimento ativo, podendo ser uma oportunidade futura.--------------ABSTRACT: World population is getting older in a sustained way. Portuguese community pharmacies are going through a change process, leading to a higher intervention in healthcare delivery. The study designed is descriptive, transversal and exploratory, with no intervention, with a qualitative and quantitative component that compares different age groups. The purpose is to better understand pharmacists’ role in population aging. One of our main goals is to optimize practices and services with potential to be performed in pharmacies and aware patients to better manage their health, becoming more conscious of their aging process. As main results we highlight the intervention of pharmacies, not only by its accessibility but also sustained on the unique contribution pharmacies deliver in the best benefit of populations’ health condition. In the sample studied, 100% of pharmacies perform screening and vigilance of hypertension and hypercholesterolemia, essential for the control of atherosclerosis and cardiovascular diseases. We may also determine the importance of pharmacies intervention over therapeutics optimization, revision and reconciliation in nursing homes and in domicile, mostly focusing patients over 65. In what concerns to elderly population our study indicates that, despite social and economic crises of recent years, the elderly keeps taking its essential medicines, which is related with medicines politics implemented at the present moment. This project intends to pay a relevant contribution to the development of a group of core competencies in pharmacies, related to the promotion of an active and healthy aging process, which represents an important future opportunity for Portuguese Pharmacies.

Transcriptional regulation of the mannosyltransferase-encoding gene pigm in inherited glycosylphosphatidylinositol (GPI) deficiency

RESUMO:O glicosilfosfatidilinositol (GPI) é um complexo glicolipídico utlizado por dezenas de proteínas, o qual medeia a sua ancoragem à superfície da célula. Proteínas de superfície celular ancoradas a GPI apresentam várias funções essenciais para a manutenção celular. A deficiência na síntese de GPI é o que caracteriza principalmente a deficiência hereditária em GPI, um grupo de doenças autossómicas raras que resultam de mutações nos genes PIGA, PIGL, PIGM, PIGV, PIGN, PIGO e PIGT, os quais sao indispensáveis para a biossíntese do GPI. Uma mutação pontual no motivo rico em GC -270 no promotor de PIGM impede a ligação do factor de transcrição (FT) Sp1 à sua sequência de reconhecimento, impondo a compactação da cromatina, associada à hipoacetilação de histonas, e consequentemente, impedindo a transcrição de PIGM. Desta forma, a adição da primeira manose ao GPI é comprometida, a síntese de GPI diminui assim como as proteínas ligadas a GPI à superficie das células. Pacientes com Deficiência Hereditária em GPI-associada a PIGM apresentam trombose e epilesia, e ausência de hemólise intravascular e anemia, sendo que estas duas últimas características definem a Hemoglobinúria Paroxística Nocturna (HPN), uma doença rara causada por mutações no gene PIGA. Embora a mutação que causa IGD seja constitutiva e esteja presente em todos os tecidos, o grau de deficiência em GPI varia entre células do mesmo tecido e entre células de tecidos diferentes. Por exemplo nos granulócitos e linfócitos B a deficiência em GPI é muito acentuada mas nos linfócitos T, fibroblastos, plaquetas e eritrócitos é aproximadamente normal, daí a ausência de hemólise intravascular. Os eventos transcricionais que estão na base da expressão diferencial da âncora GPI nas células hematopoiéticas são desconhecidos e constituem o objectivo geral desta tese. Em primeiro lugar, os resultados demonstraram que os níveis de PIGM mRNA variam entre células primárias hematopoiéticas normais. Adicionalmente, a configuração dos nucleossomas no promotor de PIGM é mais compacta em células B do que em células eritróides e tal está correlacionado com os níveis de expressão de PIGM, isto é, inferior nas células B. A presença de vários motivos de ligação para o FT específico da linhagem megacariocítica-eritróide GATA-1 no promotor de PIGM sugeriu que GATA-1 desempenha um papel regulador na sua transcrição. Os resultados mostraram que muito possivelmente GATA-1 desempenha um papel repressor em vez de activador da expressão de PIGM. Resultados preliminares sugerem que KLF1, um factor de transcrição restritamente eritróide, regula a transcrição de PIGM independentemente do motivo -270GC. Em segundo lugar, a investigação do papel dos FTs Sp demonstrou que Sp1 medeia directamente a transcrição de PIGM em ambas as células B e eritróide. Curiosamente, ao contrário do que acontece nas células B, em que a transcrição de PIGM requer a ligação do FT geral Sp1 ao motivo -270GC, nas células eritróides Sp1 regula a transcrição de PIGM ao ligar-se a montante e não ao motivo -270GC. Para além disso, demonstrou-se que Sp2 não é um regulador directo da transcrição de PIGM quer nas células B quer nas células eritróides. Estes resultados explicam a ausência de hemólise intravascular nos doentes com IGD associada a PIGM, uma das principais características que define a HPN. Por último, resultados preliminares mostraram que a repressão da transcrição de PIGM devida à mutação patogénica -270C>G está associada com a diminuição da frequência de interacções genómicas em cis entre PIGM e os seus genes “vizinhos”, sugerindo adicionalmente que a regulação de PIGM e desses genes é partilhada. No seu conjunto, os resultados apresentados nesta tese contribuem para o conhecimento do controlo transcricional de um gene housekeeping, específico-detecido, por meio de FTs genéricos e específicos de linhagem.-------------ABSTRACTC: Glycosylphosphatidylinositol (GPI) is a complex glycolipid used by dozens of proteins for cell surface anchoring. GPI-anchored proteins have various functions that are essential for the cellular maintenance. Defective GPI biosynthesis is the hallmark of inherited GPI deficiency (IGD), a group of rare autosomal diseases caused by mutations in PIGA, PIGL, PIGM, PIGV, PIGN, PIGO and PIGT, all genes indispensable for GPI biosynthesis. A point mutation in the -270GC-rich box in the core promoter of PIGM disrupts binding of the transcription factor (TF) Sp1 to it, imposing nucleosome compaction associated with histone hypoacetylation, thus abrogating transcription of PIGM. As a consequence of PIGM transcriptional repression, addition of the first mannose residue onto the GPI core and thus GPI production are impaired; and expression of GPI-anchored proteins on the surface of cells is severely impaired. Patients with PIGM-associated IGD suffer from life-threatening thrombosis and epilepsy but not intravascular haemolysis and anaemia, two defining features of paroxysmal nocturnal haemoglobinuria (PNH), a rare disease caused by somatic mutations in PIGA. Although the disease-causing mutation in IGD is constitutional and present in all tissues, the degree of GPI deficiency is variable and differs between cells of the same and of different tissues. Accordingly, GPI deficiency is severe in granulocytes and B cells but mild in T cells, fibroblasts, platelets and erythrocytes, hence the lack of intravascular haemolysis.The transcriptional events underlying differential expression of GPI in the haematopoietic cells of PIG-M-associated IGD are not known and constitute the general aim of this thesis. Firstly, I found that PIGM mRNA levels are variable amongst normal primary haematopoietic cells. In addition, the nucleosome configuration in the promoter of PIGM is more compacted in B cells than in erythroid cells and this correlated with the levels of PIGM mRNA expression, i.e., lower in B cells. The presence of several binding sites for GATA-1, a mega-erythroid lineage-specific transcription factor (TF), at the PIGM promoter suggested that GATA-1 has a role on PIGM transcription. My results showed that GATA-1 in erythroid cells is most likely a repressor rather than an activator of PIGM expression. Preliminary data suggested that KLF1, an erythroid-specific TF, regulates PIGM transcription but independently of the -270GC motif. Secondly, investigation of the role of the Sp TFs showed that Sp1 directly mediates PIGM transcriptional regulation in both B and erythroid cells. However, unlike in B cells in which active PIGM transcription requires binding of the generic TF Sp1 to the -270GC-rich box, in erythroid cells, Sp1 regulates PIGM transcription by binding upstream of but not to the -270GC-rich motif. Additionally, I showed that Sp2 is not a direct regulator of PIGM transcription in B and erythroid cells. These findings explain lack of intravascular haemolysis in PIGM-associated IGD, a defining feature of PNH. Lastly, preliminary work shows that transcriptional repression of PIG-M by the pathogenic -270C>G mutation is associated with reduced frequency of in cis genomic interactions between PIGM and its neighbouring genes, suggesting a shared regulatory link between these genes and PIGM. Altogether, the results presented in this thesis provide novel insights into tissuespecific transcriptional control of a housekeeping gene by lineage-specific and generic TFs.

Automatic extraction of concepts from texts and applications

The extraction of relevant terms from texts is an extensively researched task in Text- Mining. Relevant terms have been applied in areas such as Information Retrieval or document clustering and classification. However, relevance has a rather fuzzy nature since the classification of some terms as relevant or not relevant is not consensual. For instance, while words such as "president" and "republic" are generally considered relevant by human evaluators, and words like "the" and "or" are not, terms such as "read" and "finish" gather no consensus about their semantic and informativeness. Concepts, on the other hand, have a less fuzzy nature. Therefore, instead of deciding on the relevance of a term during the extraction phase, as most extractors do, I propose to first extract, from texts, what I have called generic concepts (all concepts) and postpone the decision about relevance for downstream applications, accordingly to their needs. For instance, a keyword extractor may assume that the most relevant keywords are the most frequent concepts on the documents. Moreover, most statistical extractors are incapable of extracting single-word and multi-word expressions using the same methodology. These factors led to the development of the ConceptExtractor, a statistical and language-independent methodology which is explained in Part I of this thesis. In Part II, I will show that the automatic extraction of concepts has great applicability. For instance, for the extraction of keywords from documents, using the Tf-Idf metric only on concepts yields better results than using Tf-Idf without concepts, specially for multi-words. In addition, since concepts can be semantically related to other concepts, this allows us to build implicit document descriptors. These applications led to published work. Finally, I will present some work that, although not published yet, is briefly discussed in this document.