Biochemical and functional characterization of the tumor suppressors BRCA1 and BAP1

L’ubiquitination est une modification post-traductionnelle qui joue un rôle majeur dans la régulation d’une multitude de processus cellulaires. Dans cette thèse, je discuterai de la caractérisation de deux protéines, BRCA1 et BAP1, soit deux suppresseurs de tumeurs fonctionnellement reliés. BRCA1, une ubiquitine ligase qui catalyse la liaison de l’ubiquitine à une protéine cible, est mutée dans les cancers du sein et de l'ovaire. Il est bien établi que cette protéine aide à maintenir la stabilité génomique suite à un bris double brin de l’ADN (BDB), et ce, à l’aide d’un mécanisme de réparation bien caractérisé appelé recombinaison homologue. Cependant, les mécanismes de régulation de BRCA1 suite à des stresses génotoxiques n’impliquant pas directement un BDB ne sont pas pleinement élucidés. Nous avons démontré que BRCA1 est régulée par dégradation protéasomale suite à une exposition des cellules à deux agents génotoxiques reconnus pour ne pas directement générer des BDBs, soit les rayons UV, qui provoquent la distorsion de l’hélice d’ADN, et le méthyle méthanesulfonate (MMS), qui entraîne l’alkylation de l’ADN. La dégradation de BRCA1 est réversible et indépendante des kinases associées à la voie des PI3 kinase, soit ATM, ATR et DNA-PK, protéines qui sont rapidement activées par les dommages à l’ADN. Nous proposons que la dégradation de BRCA1 prévienne son recrutement intempestif, ainsi que celui des facteurs qui lui sont associés, à des sites de dommages d’ADN qui ne sont pas des BDBs, et que cette régulation coordonne la réparation de l’ADN. L’enzyme de déubiquitination BAP1 a initialement été identifiée comme une protéine capable d’interagir avec BRCA1 et de réguler sa fonction. Elle est également connue pour sa capacité à se lier avec les protéines du groupe Polycomb, ASXL1 et ASXL2. Cependant, l’importance de ces interactions n’a toujours pas été établie. Nous avons démontré que BAP1 forme deux complexes protéiques mutuellement exclusifs avec ASXL1 et ASXL2. Ces interactions sont critiques pour la liaison de BAP1 à l’ubiquitine ainsi que pour la stimulation de son activité enzymatique envers l’histone H2A. Nous avons également identifié des mutations de BAP1 dérivées de cancers qui empêchent à la fois son interaction avec ASXL1 et AXSL2, et son activité de déubiquitinase, ce qui fournit un lien mécanistique direct entre la déubiquitination de H2A et la tumorigenèse. Élucider les mécanismes de régulation de BRCA1 et BAP1 menera à une meilleure compréhension de leurs rôles de suppresseurs de tumeurs, permettant ainsi d’établir de nouvelles stratégies de diagnostic et traitement du cancer.

Étude protéomique des partenaires d`interaction de XPA en présence et en absence de dommage à l`ADN

La réparation par excision de nucléotides (NER) permet l'élimination des lésions provoquant une distorsion de la double hélice de l’ADN. Ces lésions sont induites par plusieurs agents environnementaux comme les rayons UV, ainsi que par certaines drogues chimio- thérapeutiques tel que le cisplatine. Des défauts dans la NER conduisent à de rares maladies autosomiques héréditaires : La xérodermie pigmentaire (XP), le syndrome de Cockayne (CS), le syndrome de sensibilité aux UVSS et la trichothiodystrophie (TTD). Ces maladies sont associées soit à une prédisposition élevée au cancer de la peau et / ou à de graves anomalies du développement neurologique. Le groupe de patients XP-A représente le deuxième groupe (XP) le plus fréquent, et possède la forme la plus sévère combinant cancer de la peau avec un haut risque de dégénérescence neurologique. À date, aucune explication n`a été proposée pour les symptômes neurologiques observés chez ces patients. Nous avions suggéré ainsi que la protéine XPA possède d`autres fonctions dans d`autres processus cellulaires, ceci en interagissant avec des partenaires protéiques différents de ceux déjà connus. Afin de confirmer cette hypothèse nous avions réalisé une étude protéomique à grande échelle en combinant la spectrométrie de masse à une immunoprécipitation en Tandem d`affinité (TAP), afin d`identifier de nouvelles protéines interagissant directement avec XPA. Nous avions montré que XPA peut interagir avec MRE11, la protéine clé de la réparation par recombinaison homologue. Des études additionnelles sont requises pour confirmer cette interaction et comprendre sa fonction

La double signification de la philosophie politique socratique dans Les Amoureux rivaux

Cette étude tâche de dégager la double signification de la philosophie socratique comprise comme philosophie politique à l’aide d’une interprétation des Amoureux rivaux. Le refus d’accorder à ce court dialogue socratique une affiliation au corpus platonicien a jeté injustement de l’ombre sur la pertinence de son contenu : le discrédit des Amoureux rivaux a quelques limites qu’il est bon de montrer. La structure soignée du dialogue, qu’il est possible de mettre en lumière au moyen du Phèdre, invite à une interprétation attentive de cette architecture. Une telle lecture permet d’expliciter la parenté entre la philosophie et la politique dans la philosophie socratique. Les Amoureux rivaux présente deux dimensions politiques de la philosophie : une philosophie qui s’oppose à la philosophie physiologique en constituant plutôt un questionnement sur l’homme qui s’exprime dans un mode de vie réflexif, de même qu’une politique du dialogue, c’est-à-dire une bonne gouverne de la communauté dialectique.

Fine structure in the time of flight distribution of C2 in laser produced plasma from graphite

Time resolved optical emission spectroscopy is employed to study the expansion dynamics of C2 species in a graphite plasma produced during the Nd : YAG ablation. At low laser fluences a single peak distribution with low kinetic energy is observed. At higher fluences a twin peak distribution is found. It has been noted that these double peak time of flight distribution splits into a triple peak structure at distances >_ 17mm from the target surface. The reason for the occurrence of multiple peak is due to different formation mechanisms of C2 species

Emission characteristics and dynamics of C2 from laser produced graphite plasma

The emission features of laser ablated graphite plume generated in a helium ambient atmosphere have been investigated with time and space resolved plasma diagnostic technique. Time resolved optical emission spectroscopy is employed to reveal the velocity distribution of different species ejected during ablation. At lower values of laser fluences only a slowly propagating component of C2 is seen. At high fluences emission from C2 shows a twin peak distribution in time. The formation of an emission peak with diminished time delay giving an energetic peak at higher laser fluences is attributed to many body recombination. It is also observed that these double peaks get modified into triple peak time of flight distribution at distances greater than 16 mm from the target. The occurrence of multiple peaks in the C2 emission is mainly due to the delays caused from the different formation mechanism of C2 species. The velocity distribution of the faster peak exhibits an oscillating character with distance from the target surface.

Time Resolved Analysis of C2 Emission from Laser Induced Graphite Plasma in Helium Atmosphere

We report time resolved study of C2 emission from laser produced carbon plasma in presence of ambient helium gas. The 1.06µm: radiation from a Nd:YAG laser was focused onto a graphite target where it·produced a transient plasma. We observed double peak structure in the time profile of C2 species. The twin peaks were observed only after a threshold laser fluence. It is proposed that the faster velocity component in the temporal profiles originates mainly due to recombination processes. The laser fluence and ambient gas dependence of the double peak intensity distribution is also reported.

Continuum Double Exchange Model

We present a continuum model for doped manganites which consist of two species of quantum spin-1 / 2 fermions interacting with classical spin fields. The phase structure at zero temperature turns out to be considerably rich: antiferromagnetic insulator, antiferromagnetic two band conducting, canted two band conducting, canted one band conducting, and ferromagnetic one band conducting phases are identified, all of them being stable against phase separation. There are also regions in the phase diagram where phase separation occurs

Low energy excitations of double quantum dots in the lowest Landau level regime

We study the spectrum and magnetic properties of double quantum dots in the lowest Landau level for different values of the hopping and Zeeman parameters by means of exact diagonalization techniques in systems of N=6 and 7 electrons and a filling factor close to 2. We compare our results with those obtained in double quantum layers and single quantum dots. The Kohn theorem is also discussed.

Electronic structure of few-electron concentric double quantum rings

The ground state structure of few-electron concentric double quantum rings is investigated within the local spin density approximation. Signatures of inter-ring coupling in the addition energy spectrum are identified and discussed. We show that the electronic configurations in these structures can be greatly modulated by the inter-ring distance: At short and long distances the low-lying electron states localize in the inner and outer rings, respectively, and the energy structure is essentially that of an isolated single quantum ring. However, at intermediate distances the electron states localized in the inner and the outer ring become quasidegenerate and a rather entangled, strongly-correlated system is formed.

Vertically coupled double quantum rings at zero magnetic field

Within local-spin-density functional theory, we have investigated the ¿dissociation¿ of few-electron circular vertical semiconductor double quantum ring artificial molecules at zero magnetic field as a function of interring distance. In a first step, the molecules are constituted by two identical quantum rings. When the rings are quantum mechanically strongly coupled, the electronic states are substantially delocalized, and the addition energy spectra of the artificial molecule resemble those of a single quantum ring in the few-electron limit. When the rings are quantum mechanically weakly coupled, the electronic states in the molecule are substantially localized in one ring or the other, although the rings can be electrostatically coupled. The effect of a slight mismatch introduced in the molecules from nominally identical quantum wells, or from changes in the inner radius of the constituent rings, induces localization by offsetting the energy levels in the quantum rings. This plays a crucial role in the appearance of the addition spectra as a function of coupling strength particularly in the weak coupling limit.

Optical response of two-dimensional few-electron concentric double quantum rings: A local-spin-density-functional theory study

We have investigated the dipole charge- and spin-density response of few-electron two-dimensional concentric nanorings as a function of the intensity of a erpendicularly applied magnetic field. We show that the dipole response displays signatures associated with the localization of electron states in the inner and outer ring favored by the perpendicularly applied magnetic field. Electron localization produces a more fragmented spectrum due to the appearance of additional edge excitations in the inner and outer ring.

Anomalous crossover between thermal and shot noise in macroscopic diffusive conductors

We predict the existence of an anomalous crossover between thermal and shot noise in macroscopic diffusive conductors. We first show that, besides thermal noise, these systems may also exhibit shot noise due to fluctuations of the total number of carriers in the system. Then we show that at increasing currents the crossover between the two noise behaviors is anomalous, in the sense that the low-frequency current spectral density displays a region with a superlinear dependence on the current up to a cubic law. The anomaly is due to the nontrivial coupling in the presence of the long-range Coulomb interaction among the three time scales relevant to the phenomenon, namely, diffusion, transit, and dielectric relaxation time.