Solid-phase synthesis and NMR studies of modified oligonucleotides forming triplex helix and of oligonucleopeptides mimicking the topoisomerase I-DNA covalent complex

Report for the scientific sojourn carried out at the Institut de Biologia Molecular de Barcelona of the CSIC –state agency – from april until september 2007. Topoisomerase I is an essential nuclear enzyme that modulates the topological status of DNA, facilitating DNA helix unwinding during replication and transcription. We have prepared the oligonucleotide-peptide conjugate Ac-NLeu-Asn-Tyr(p-3’TTCAGAAGC5’)-LeuC-CONH-(CH2)6-OH as model compound for NMR studies of the Topoisomerase I- DNA complex. Special attention was made on the synthetic aspects for the preparation of this challenging compound especially solid supports and protecting groups. The desired peptide was obtained although we did not achieve the amount of the conjugate needed for NMR studies. Most probably the low yield is due to the intrinsic sensitive to hydrolysis of the phosphate bond between oligonucleotide and tyrosine. We have started the synthesis and the structural characterization of oligonucleotides carrying intercalating compounds. At the present state we have obtained model duplex and quadruplex sequences modified with acridine and NMR studies are underway. In addition to this project we have successfully resolved the structure of a fusion peptide derived from hepatitis C virus envelope synthesized by the group of Dr. Haro and we have synthesized and started the characterization of a modified G-quadruplex.

Comparaci�� dels sistemes "ribosome skipping" i "splicing acceptor" per a l'expressi�� de transgenes en adenovirus oncolítics

Report for the scientific sojourn carried out at the University of St. Andrews, United Kingdom, from November 2007 until January 2008. Therapeutic transgene expression is a valuable strategy to counteract the limitations associated with oncolytic adenoviruses. Late phase expression is desirable to avoid early cell death for proper virus production. In this 3 months-collaboration, we have constructed a late expression system based on ribosome skipping downstream fiber protein and compared it with a splicing-based method of late gene expression. Despite expressing high amounts of the transgene when utilizing the ribosome skipping-system, flow cytomety assays indicate a delayed transgene-expression kinetics compared with the splicing-based one. Furthermore, when using the ribosome skipping system not only fiber protein expression is more altered but also viral production. These results suggest splicing-based expression strategy as a more suitable system for expression of transgenes late in the viral life cycle of an oncolytic adenovirus.

Relaci�� entre fotosíntesi i respiraci�� en cultius sotmesos a estrés hídric mitjançant isòtops estables

Report for the scientific sojourn carried out at the Universite Paris Sud – XI, France, from July until october 2007. The relationship between photosynthesis and respiration were studied in crops using carbon and nitrogen stable isotopes under well watered and water-stressed conditions. The analyses of the 13C isotopic composition (δ13C) of total organic matter (TOM) recently fixed of well-watered plants revealed that it was mainly delivered to apical tissues and tap root. The fact that that the apical leaf and stems together with the inflorescences were d13C depleted, suggests that those tissues were newly formed and had a larger sink strength and metabolic activity. Secondly, the analyses of δ13C of respired CO2 immediately after the labelling (T=0) showed that a significant part of the C respired by leaves and nodules proceeded of the recently fixed CO2. In the following harvests (T=7 and T=14) such percentage tended to decrease, especially in apical leaves. Interestingly, the respiration d13C data also highlighted that even if at T=0 part of the respired proceeded from the CO2 fixed during the labelling, this percentage was even larger at T=7. Finally, the d15N also revealed that, similarly to what described for 12C, immediately after the 15N2 labelling (T=0), apical leaf and stems, together with tap root and in this case the nodules, were the tissues with larger sink strength. It is noteworthy the fact that the largest amount of N2 newly fixed was delivered to the tap roots where it was stored until it was required for the aboveground regrowth period.

Estat de salut, necessitat i utilitzaci�� dels serveis d'atenci�� primària i urgències hospitalàries de la poblaci�� immigrant

La identificaci�� i caracteritzaci�� de l'estat de salut dels diversos col•lectius d'immigrants que resideixen a la Regi�� Sanitària Girona (RSG), a la Regi�� Sanitària Lleida (RSL) i a la ciutat de Barcelona permetrà determinar quines són les seves necessitats, tot comparant-ho amb la poblaci�� autòctona, i quin cost suposen per l'administraci�� pública. El principal objectiu és el d'apuntar a polítiques sanitàries i socials més adients amb la situaci�� migratòria actual. Per tal d'identificar el col•lectiu immigrant a la RSG es va procedir a la modificaci�� del sistema d'informaci�� primària de l'ICS, ECAP, a través de l'activaci�� de variables existents. La tasca realitzada ha permés la identificaci�� dels usuaris dels serveis sanitaris de les Àrees Bàsiques de Salut (ABS ) i obtenir una referència poblacional fiable. Per detectar l'estat de salut i la necessitat i utilitzaci�� de serveis s'ha elaborat una enquesta ad-hoc prenent com a referència l'enquesta ESCA i s'ha administrat a una mostra aleatòria dels usuaris (immigrants i autòctons). L’extracci�� de la mostra, amb un total de 900 efectius s'ha realitzat per estratificaci�� segons origen del pacient atès, obtenint 637 qüestionaris vàlids. A Barcelona s'ha treballat el districte de Ciutat Vella amb un percentatge d'immigrants superior a la mitjana de la ciutat. L’anàlisi de la casuística de l'Hospital del Mar va evidenciar que la major utilitzaci�� dels serveis hospitalaris per part dels immigrants estava centrada en l'atenci�� materno-infantil. Per aprofundir-hi es plantejà un estudi de freqüentaci�� d'immigrants i autòctons als serveis d'urgències de l'Hospital del Mar i Peracamps. A la RSL es realitzà un estudi sobre 1699 pacients d'origen immigrant (agrupats per regi�� d'origen), atesos a l'Atenci�� Primària de cinc ABS de la ciutat de Lleida tot comparant-ho amb un total de 4156 pacients autòctons. D'altra banda es van estudiar les urgències hospitalàries ateses a l'Hospital Arnau de Vilanova.

Adolescents immigrats a Catalunya i construcci�� de la identitat cultural: trajectòries de vida i processos d’inclusi��

Aquest projecte de recerca es proposa construir coneixement sobre les diverses formes en què els adolescents de família immigrada elaboren la seva identitat cultural, amb la finalitat d’establir pautes i propostes d’intervenci�� educativa que els ajudin a evitar, a causa de la interacci�� social en contextos multiculturals, l’exclusi�� social per motius d’ètnia o cultura. La recerca es du a terme en quatre fases. Una primera fase està destinada a recollir informaci�� qualitativa sobre com construeixen aquests adolescents la seva identitat cultural. La segona fase consisteix en elaborar, de forma fonamentada i d’acord amb la informaci�� obtinguda, un programa d’activitats educatives per aplicar. Aquesta fase es complementa amb una tercera d’experimentaci�� del programa i avaluaci�� dels resultats obtinguts, per poder dedicar-se posteriorment a la quarta i última, centrada en la difusi�� entre tots els centres de secundària vinculats a l’Institut de Ci��ncies de l’Educaci�� de la UAB. El projecte es desenvolupa en el marc del Campus Ítaca, una iniciativa de la UAB per acostar-se a l’alumnat que cursa estudis d’ESO. El Campus Ítaca pretén, mitjançant el desenvolupament de diverses activitats, que els alumnes de secundària es motivin a continuar els seus estudis en etapes postobligatòries. Es treballa, per tant, amb l’alumnat immigrat dels centres de secundària que hi participen.

Violència contra les dones: anàlisi de la situaci�� psicològica personal i interpersonal d'un grup de dones maltractades

Aquest projecte és la continuaci�� d'un estudi pilot finançat per l'Institut Català de les Dones (U/01-6). Es va anar incrementant la grandària de la mostra -avaluant les característiques del maltractament, la simptomatologia, la personalitat i la seva percepci�� de la relaci�� de parella-, fins que el 2003 -i gràcies a l'ajut del Departament de Benestar i Família-, dins la Fundaci�� Vidal i Barraquer es va crear un servei d'assistència pública especialitzat en atendre dones maltractades (UNADOM); lloc on durant el 2006 hem desenvolupat el treball que ara presentem. L'objectiu general d'aquest estudi transversal consistia en analitzar la situaci�� psicosocial d'un grup de dones maltractades que acudien a la UNADOM, afegint com a element novedós l'avaluaci�� dels estils d'enfrontament que les dones fan servir després de l'experi��ncia abusiva viscuda. Els instruments utilitzats són l'MCMI-II (Millon, 1999), la DAS (Spanier, 1976), el COPE (Carver et al., 1989) i una adaptaci�� de l’Entrevista Semiestructurada sobre Maltractament Domèstic (Echeburúa et al., 1994). Es recull informaci�� d'un total de 50 dones, 17 de les quals han completat la mesura sobre l'enfrontament. Els resultats indiquen que les escales de personalitat que apareixen més alterades són l'esquizoide, la dependent i l'evitativa, i que aquestes són coherents amb les actituds defensives i les estratègies d'enfrontament predominants de les dones de la mostra. A nivell clínic, i segons l’experi��ncia assistencial, es conclou amb la importància de realitzar entrevistes exploratòries acurades ja que això facilita la indicaci�� terapèutica més adient i la focalitzaci�� de l'ajuda.

Anàlisi global de la petjada ecològica i la forma urbana

Cada cop són més els estudiosos que consideren aquest nou segle com el segle de les ciutats. L’any 2008 més de la meitat de la poblaci�� mundial viurà en ambients urbans, i això es veu amb temor pel gran impacte que tenen les ciutats sobre el medi, i per la qualitat de vida dins aquestes urbs. Aquest document estudia com els factors urbans determinen la Petjada Ecològica global de les activitats humanes, utilitzant variables com : densitat mitjana de les ciutats, percentatge de poblaci�� urbana, renda per càpita, latitud, preus de la gasolina i mida de la poblaci��.

Determinaci�� de la deposici�� atmosfèrica de metalls pesants a les Muntanyes de Prades (Tarragona) a partir dels bioindicadors Xanthoria parietina i Hypnum cupressiforme

En aquest estudi s’ha determinat la deposici�� atmosfèrica de metalls pesants a partir dels bioindicadors Xanthoria parietina (liquen) i Hypnum cupressiforme (molsa), en 16 punts de mostreig repartits per la zona on s’ubicarà el futur parc natural de les Muntanyes de Prades (Tarragona). A partir de la comparaci�� de les concentracions obtingudes en aquest treball amb les d’altres estudis de plantejament equiparable, es va comprovar que la majoria de valors de concentraci�� dels metalls eren similars als d’altres zones geogràfiques estudiades, a excepci�� del crom i el níquel, que presentaven valors clarament més elevats. A partir de proves estadístiques (ANOVA, regressions múltiples) es va determinar que existien diferències significatives entre les concentracions de metalls dels diferents punts de mostreig. També es van detectar correlacions significatives entre les concentracions dels punts de mostreig i la distància d’aquests respecte els focus potencials de contaminaci�� que s’havien considerat prèviament. Amb les dades obtingudes a partir un petit anàlisi de la riquesa liquènica dels punts de mostreig, es va disposar d’informaci�� extra per poder avaluar les fonts i el patró de distribuci�� d’aquests contaminants.

Mecanismes de reacci�� de sistemes catalítics amb èmfasi en carbens de Fischer i quantificaci�� de l'aromaticitat en petites molècules inorgàniques cícliques i planes.

El tema principal del treball és sobre l'estudi teòric de l'estructura i reactivitat en carbens de Fischer de la forma (CO)5Cr=C(X)R (X= OH, NH2, OMe, NMe2 i R= CHCH2 i Ph). Particularment, el nostre interès va sorgir del tipus de reaccions de cicloadicci�� que donen lloc a la síntesi de productes naturals i fàrmacs de gran valor afegit. Hem estudiat els mecanismes de reacci�� dels casos més comuns de cicloanul•laci��: la reacci�� de benzanul•laci�� de Dötz i ciclopentanulacions que es troben en competència amb el primer cas, derivats de l'inserci�� de acetilè i fenilacetilè. En l'últim pas de les reaccions que comporten la formaci�� d'un sistema de més d'un anell, hi tenim una migraci�� del complex metàl•lic de crom d'un extrem a un altre anomenat com rearranjament haptotròpic. Aleshores, hem investigat sobre els mecanismes de migraci�� haptotròpica de Cr(CO)3 sobre hidrocarburs aromàtics policíclics analitzant l'efecte de la mida i la curvatura del sistema així com la complexaci�� d'un segon fragment metàl•lic a la manera de coordinaci�� als anells. D'una altre banda, vam estudiar l'aromaticitat en 54 cúmuls cíclics de molecules inorgàniques mitjançant metodologia desenvolupada al nostre grup de recerca i altres. Vam proposar la tècnica del scan-NICS com nova mesura quantitativa d'aromaticitat i reportar l'escassa correlaci�� entre els distints índexs d'aromaticitat a la literatura. Finalment, com resultat de col•laboracions en estades de recerca, he desenvolupat propostes de mecanismes de reacci�� en sistemes catalítics de isonitrils i fosfinetà-amides i en dímers de gassos nobles.

El desastre quotidi�� i la disciplina repressora, respostes a la geometria minimal

La proposta de tesi pren com a punt de partida les respostes artístiques i teòriques dutes a terme a partir dels anys seixanta contra un context de coneixement tradicional fonamentalment racionalista, que segueix la tradici�� lògica de la modernitat i que troba el seu reflex i aplicaci�� social en l’ordre espaial i per extensi��, en la geometria. Un cop descrites les nocions que d’aquesta modernitat han estat aplicades a l’art dels anys 50 i 60, es mostra com les crítiques de determinats filòsofs i artistes han anat conformant un corpus teòric i artístic que ha implicat un intent d’enderrocament d’aquest sistema tradicional de coneixement, interpretaci��, lectura i atorgament de sentit a les obres artístiques. Aquests són: M.Foucault, J.Derrida, R. Smithson, R. Serra, R. Morris, Mona Hatoum, Imi Knoebel o Tacita Dean, entre d’altres. Seguidament es presenta un anàlisi més profund i detallat d’aquelles respostes artístiques més paradigmàtiques, tant al sistema de pensament tradicional com a l’ordre espaial que aquest conseqüentment implica. Aquestes crítiques s’organitzen en dues parts antagòniques: l’una és “L’adveniment del caos”, i l’altra és la “Crítica de l’ordre”. Els artistes són: L. Bourgeois, E.Hesse, A.Mendieta i P.Halley. En una tercera part, es descriu com aquest inici deconstructor del paradigma de coneixement tradicional iniciat als anys seixanta es desenvolupa durant els següents vint anys tenint en aquest cas com a fonament teòric les crítiques de R.Krauss, J. Baudrillard, P.Virilio, i com artistes els arquitectes P. Eienmann i F. Gehri, entre d’altres. La conclusi�� fonamental d’aquests apartats intenta posar de manifest la subversi�� o infracci�� de la geometria com a contenidora dels conceptes de la modernitat: raó i ordre moral. Finalment, en una quarta part s’inclou el propi projecte artístic que representa l’experimentaci�� i praxi de les conclusions teòriques d’aquesta tesi.

Preparaci��, estudi estructural i aplicabilitat de derivats de Poli-(4R)-hidroxi-L-prolina a la separaci�� d’enanti��mers per tècniques cromatogràfiques o relacionades

La separaci�� d’enanti��mers (isòmers òptics) és molt important en molts diversos camps, com les síntesis quirals, biologia, i en el camp de la farmacologia especialment. És per això, que es fa necessari de disposar de tècniques i mètodes analítics ràpids, fiables i sensibles per a la separaci�� d’enanti��mers. La present tesi s’emmarca en el camp de la separaci�� d’enanti��mers, concretament en la preparaci�� de fases estacionàries quirals per al seu ús en cromatografia liquida. En aquest sentit, s’ha desenvolupat la síntesi i caracteritzaci�� de molècules polimèriques quirals derivades de l’aminoàcid L-prolina que incorporades en matrius de gel de sílice poden constituïr columnes quirals per a la separaci�� d’enanti��mers per cromatografia liquida. S’han estudiat les característiques enantioselectives d’aquests nous materials en la separaci�� de molècules quirals, trobant-se ésser satisfactòriament enantioselectius. L’interès que suscita l’obtenci�� d’enanti��mers a gran escala fa que la recerca s’orienti a la recerca de materials amb elevada capacitat de càrrega, és a dir, que puguin donar lloc a la separaci�� d’elevades quantitats d’enanti��mers. Amb aquesta finalitat s’han dut a terme assaigs de capacitat de càrrega, que han posat de manifest la possible aplicaci�� d’aquests materials a la separaci�� preparativa d’enanti��mers. També s’ha parat especial atenci�� a l’estudi de les característiques de la matriu de gel de sílice, assajant-se altres materials de sílice més porosos i que permeten així treballar amb fluxos més elevats tot reduint-ne el temps d’anàlisi i els costos associats a la separaci�� preparativa d’enanti��mers. L'estudi conformacional d'aquests nous selectors també ha estat contemplat per tal d'explicar l'enantioselectivitat específica que s'observa en certs dissolvents orgànics en els qual es duu a terme la separaci�� dels enanti��mers.

Un estudi de les argumentacions d’estudiants anglesos i catalans en activitats de resoluci�� de problemes no formals en ci��ncies i de les estratègies didàctiques dels professors que afavoreixen l’argumentaci�� a les classes

Una de les contribucions de la recerca sobre concepcions prèvies dels estudiants en ci��ncies durant els darrers 25 anys ha estat mostrar la influència del context sociocultural dels nois i noies en les idees i concepcions que desenvolupen i mantenen des de la seva infància. Hi ha l’acord que algunes diferències en les concepcions poden dependre de la cultura social en la qual s’integren. Alguns investigadors també pensen que els esquemes argumentatius també poden ser influenciats per la cultura de les comunitats. Els contextos Català i Anglès semblen similars, ambdós formen part del context cultural de les societats desenvolupades; per tant, podem pensar que els esquemes argumentatius que els estudiants apliquen, poden tenir moltes similituds, però també importants diferències. Les dades analitzades provenen de les respostes escrites dels estudiants individuals i de les transcripcions de 8 grups de discussi�� sobre quatre tasques. L’anàlisi es fa a tres nivells: 1)comparaci�� del nombre d’arguments entre tasques i entre països, 2) qualitativa i descriptiva comparaci�� entre tipus d’esquemes argumentatius per tasques i per països i 3) explicaci�� de tipus d’esquemes argumentatius que es donen molt, i identificaci�� d’estructures argumentatives complexes que lliguen diversos esquemes en un argument més gran i que poden caracteritzar l’argumentaci�� d’alguns grups (aplicant Toulmin) i que poden ser indicadors d’aspectes cooperatius i de canvis de punts de vista en les discussions. Els resultants ens indiquen que encara que els estudiants Catalans dediquen més temps a les discussions, la ratio nombre d’esquemes per unitat de temps és similar als dos països. S’han trobar algunes diferències entre tipus d'esquemes per països i per tasques, també que molts arguments es basen en valors i idees preconcebudes. S’han pogut identificar també algunes estructures argumentatives complexes no gaire comunes.

Cultura i Societat en la guerra del Francès

Des de que començà aquest projecte, el grup de recerca ha intentat aprofundir el coneixement de la Catalunya de la Guerra del Francès (1808 -1814) a partir d’una òptica britànica. El grup pretenia així desenvolupar la relaci�� que es va establir entre els catalans i els britànics al llarg de tota la guerra, des dels primers contactes permesos per la presència de la flota britànica en la costa catalana fins a la intervenci�� de forces britàniques en territori català. D’aquesta manera, i primerament, el grup inici�� la consulta de les bases de dades i catàlegs catalans i britànics per a completar el nostre llistat de referències arxivístiques i bibliogràfiques. El segon pas van ésser les tres estades d’investigaci�� que entre el 2006 i el 2007 es van fer a Anglaterra, principalment a Londres. La investigaci�� es realitzà a la British Library, al Institute of Historical Research of the School of Advanced Studies de la University of London, al National Maritime Museum i als National Archives of the United Kingdom. A continuaci��, el grup analitzà la informaci�� recollida de la lectura de fonts primàries i bibliogràfiques en aquests centres de recerca. Finalment, el grup creu que la intensa relaci�� que es va establir entre les dues parts, reflecteix la importància que les autoritats britàniques van donar a Catalunya, i que el seu aïllament amb el centre polític del bàndol patriota va permetre que desenvolupés les seves pròpies dinàmiques i cronologies, encara que s’integraven en el desenvolupament general de la guerra.

Clúster creatius en entorns urbans: 22@Bcn i Shoreditch East London

La localitzaci�� de les empreses de nova economia en zones urbanes, a pesar que el factor distància no sigui important, no deixa de ser considerable pels seus avantatges que els suposa estar situades conjuntament en relaci�� amb les infraestructures, consum, beneficis socioculturals, i facilitat en les transaccions cara a cara. És inevitable que el primer quart del segle vint-i-un estigui lligat a l’economia creativa de forma similar amb que el començament del segle vint estava íntimament lligat a l’economia industrial i la invenci�� del sistema de producci�� en massa. La ciutat també va jugar un dels papers més importants per al desenvolupament de “la nova economia industrial” a les albors del segle vint, com ho és la ciutat del coneixement que acull “la nova economia creativa” al segle vint-i-un. És evident que els resultats morfològics, socials, econòmics i urbans són ben diferents en ambdós fenòmens, però l’impacte a les ciutats és molt gran. L’objectiu d’aquest estudi és analitzar els mecanismes d’aglomeraci�� (clustering) d’activitats competitives basades en creaci�� de coneixement i de serveis avançats que estan al darrera de desenvolupaments punters a ciutats com Barcelona, el projecte 22@bcn, i East London, el projecte Shoreditch. L’esforç que han posat les autoritats locals en crear l’entorn apropiat per atreure i crear empreses innovadores, com a motor de desenvolupament d’algunes ciutats modernes europees ha resultat en el sorgiment de nuclis o centres urbans molt dinàmics que suposadament estan preparats i acullen punts de creaci�� de coneixement (“Urban Knowledge Hubs”), amb una demanda i llocs de treball altament qualificats. Aquest és el cas dels projectes de Barcelona (22@bcn) i East London (Shoreditch).

Ramaderia extensiva com a eina de prevenci�� d'incendis i gesti�� del paisatge a Matadepera (Vallès Occidental)

Aquest es un estudi de la contribuci�� d’un ramat mixt d’oví i cabrum a la gesti�� de les masses forestals per a la prevenci�� d’incendis al municipi de Matadepera. L’avaluaci�� de l’acci�� del ramat s’ha efectuat mitjançant un estudi integrat a traves del coneixement local i l’estudi ecològic de les zones pasturades. La ramaderia extensiva i especialment els ramats d’ovelles i cabres han contribuït durant segles a la neteja del sotabosc mitjançant l’aprofitament productiu d’aquestes zones, per tant no es quelcom nou, sinó un reconeixement als serveis ecològics no productius de la ramaderia extensiva i com aquesta es eficaç en la prevenci�� d’incendis forestals.