Use of Coarse-resolution models of species' distributions to guide local conservation inferences

Distribution models are used increasingly for species conservation assessments over extensive areas, but the spatial resolution of the modeled data and, consequently, of the predictions generated directly from these models are usually too coarse for local conservation applications. Comprehensive distribution data at finer spatial resolution, however, require a level of sampling that is impractical for most species and regions. Models can be downscaled to predict distribution at finer resolutions, but this increases uncertainty because the predictive ability of models is not necessarily consistent beyond their original scale. We analyzed the performance of downscaled, previously published models of environmental favorability (a generalized linear modeling technique) for a restricted endemic insectivore, the Iberian desman (Galemys pyrenaicus), and a more widespread carnivore, the Eurasian otter ( Lutra lutra), in the Iberian Peninsula. The models, built from presence–absence data at 10 × 10 km resolution, were extrapolated to a resolution 100 times finer (1 × 1 km). We compared downscaled predictions of environmental quality for the two species with published data on local observations and on important conservation sites proposed by experts. Predictions were significantly related to observed presence or absence of species and to expert selection of sampling sites and important conservation sites. Our results suggest the potential usefulness of downscaled projections of environmental quality as a proxy for expensive and time-consuming field studies when the field studies are not feasible. This method may be valid for other similar species if coarse-resolution distribution data are available to define high-quality areas at a scale that is practical for the application of concrete conservation measures

The genetic diversity of the American oil palm, Elaeis oleifera (Kunth), Cortes revealed by nuclear RFLP markers.

The genetic diversity of E. oleifera is strongly structured by geographical origin, with four groups clearly distinguished: Brazil, Surinam/French Guyana, north of /Colombia/Central America and Peru. Within the Amazon basin, thereis a moderate structure that corresponds to the major tributaries of the Amazon river. From the 37 polymorphic RFLP probe/enzyme combinatios used, 19 probes (51%) presented simple restriction profiles, with one (1) or two bands/plant, suggesting a single locus with different alleles, allowing allelic co-dominant coding for them.

Spatial scale effects of sampling on the interpolation of species distribution models in the southwestern Amazon.

Knowledge of the geographical distribution of timber tree species in the Amazon is still scarce. This is especially true at the local level, thereby limiting natural resource management actions. Forest inventories are key sources of information on the occurrence of such species. However, areas with approved forest management plans are mostly located near access roads and the main industrial centers. The present study aimed to assess the spatial scale effects of forest inventories used as sources of occurrence data in the interpolation of potential species distribution models. The occurrence data of a group of six forest tree species were divided into four geographical areas during the modeling process. Several sampling schemes were then tested applying the maximum entropy algorithm, using the following predictor variables: elevation, slope, exposure, normalized difference vegetation index (NDVI) and height above the nearest drainage (HAND). The results revealed that using occurrence data from only one geographical area with unique environmental characteristics increased both model overfitting to input data and omission error rates. The use of a diagonal systematic sampling scheme and lower threshold values led to improved model performance. Forest inventories may be used to predict areas with a high probability of species occurrence, provided they are located in forest management plan regions representative of the environmental range of the model projection area.

Culicídeos em bromélias: diversidade de fauna segundo influência antrópica, litoral de São Paulo

OBJETIVO: Comparar a diversidade da fauna de culicídeos em bromélias de solo segundo ambientes urbano, periurbano e mata primitiva. MÉTODOS: O estudo foi realizado no município de Ilhabela, litoral norte do estado de São Paulo, em tanques de bromélias de ambientes urbano, periurbano e mata. Realizaram-se coletas de imaturos quinzenalmente, de março de 1998 a julho de 1999. A presença e freqüência de espécies nos diferentes ambientes foram comparadas com base em estimativas da diversidade para medir a riqueza, dominância e análise de variância (ANOVA). RESULTADOS: Coletaram-se 31.134 formas imaturas de mosquitos nas bromélias, distribuídas em sete gêneros e 37 espécies. O ambiente urbano registrou maior abundância, 14.575 indivíduos, seguido do periurbano com 10.987, e a mata, com o menor número de exemplares, 5.572. Foram coletadas 30 espécies no habitat urbano, 32 no periurbano e 33 na mata. As espécies dominantes foram Culex (Microculex) pleuristriatus nos ambientes urbano e periurbano, e Culex ocellatus na mata. De acordo com teste ANOVA a freqüência de mosquitos em bromélias não foi diferente entre os ambientes pesquisados (F=0,5564; p=0,5769). A diversidade de espécies na mata foi maior, e semelhante entre periurbano e urbano. CONCLUSÕES: A composição específica de culicídeos em bromélias de solo mostrou-se diversificada, sendo maior naquelas de ambiente de mata. As espécies dominantes foram Cx. (Mcx.) pleuristriatus e Cx. ocellatus.

Bioinformàtica : comparació de genomes d'eucariota

La cerca de similituds als codis genètics de dos espècies, ens permet obtenir molta informació de la evolució dels seus genomes. Aquesta informació afavoreix el descobriment de gens que es conserven amb la mateixa funcionalitat a diferents espècies. També té importants aplicacions mèdiques i ens permet entendre els processos evolutius que han portat a la diversitat d'espècies de l'actualitat. El present treball té l'objectiu d'automatitzar una sèrie de processos d'un servidor d'aplicacions web: http://platypus.uab.cat, que realitzin de forma òptima i eficient, la comparació dels genomes eucariotes, tots amb tots, conforme aquests genomes siguin seqüenciats. Així aquestes comparacions entre genomes de organismes superiors podran ser consultades via web.

Estudo das perceções da Comunidade da Palmeira (Ilha do Sal, Cabo Verde) sobre a sustentabilidade das pescas

A pesca teve sempre grande importância socioeconómica para as comunidades costeiras de Cabo Verde, oferecendo meios de subsistência e, devido à vocação marítima do povo Cabo-verdiano, possibilidades de emprego. O peixe aparece como componente importante na alimentação da população, tendo papel decisivo na questão da segurança alimentar e, por ser fonte de proteína animal de baixo custo para a população, requer que a sua exploração seja feita em moldes sustentáveis, perpetuando no tempo a disponibilidade desse recurso para toda a sociedade. A pesca é uma das principais atividades económicas da zona costeira da Ilha do Sal, além de ser uma importante atividade de subsistência para as três comunidades pesqueiras da ilha. Com o objetivo de discutir caminhos sustentáveis para a atividade, iremos refletir sobre a sustentabilidade da pesca artesanal na comunidade da Palmeira, Ilha do Sal, Cabo Verde. Numa comunidade como Palmeira, onde a pesca é tipicamente artesanal, encontramos diversos elementos que garantem a sustentabilidade da atividade, tais como o uso predominante dos recursos naturais renováveis e a diversidade de espécies capturadas. Conhecer e desenvolver novos mecanismos que visam educar, criar políticas sustentáveis para a atividade e gestão dos recursos, é importante para a nova conjuntura em que se vive. A educação e a organização dos pescadores, bem como a descentralização e a gestão participativa dos recursos pesqueiros, são condições fundamentais para a sustentabilidade da pesca.

Estudo das perceções da Comunidade da Palmeira (Ilha do Sal, Cabo Verde) sobre a sustentabilidade das pescas

A pesca teve sempre grande importância socioeconómica para as comunidades costeiras de Cabo Verde, oferecendo meios de subsistência e, devido à vocação marítima do povo Cabo-verdiano, possibilidades de emprego. O peixe aparece como componente importante na alimentação da população, tendo papel decisivo na questão da segurança alimentar e, por ser fonte de proteína animal de baixo custo para a população, requer que a sua exploração seja feita em moldes sustentáveis, perpetuando no tempo a disponibilidade desse recurso para toda a sociedade. A pesca é uma das principais atividades económicas da zona costeira da Ilha do Sal, além de ser uma importante atividade de subsistência para as três comunidades pesqueiras da ilha. Com o objetivo de discutir caminhos sustentáveis para a atividade, iremos refletir sobre a sustentabilidade da pesca artesanal na comunidade da Palmeira, Ilha do Sal, Cabo Verde. Numa comunidade como Palmeira, onde a pesca é tipicamente artesanal, encontramos diversos elementos que garantem a sustentabilidade da atividade, tais como o uso predominante dos recursos naturais renováveis e a diversidade de espécies capturadas. Conhecer e desenvolver novos mecanismos que visam educar, criar políticas sustentáveis para a atividade e gestão dos recursos, é importante para a nova conjuntura em que se vive. A educação e a organização dos pescadores, bem como a descentralização e a gestão participativa dos recursos pesqueiros, são condições fundamentais para a sustentabilidade da pesca. Fishery has always been of great social economic importance for the coastal communities of Cape Verde, offering means of subsistence and employment opportunities due to their maritime vocation. Fish are important food component for the population, playing a decisive role in food safety. Since fishery is a source of low-cost animal protein, its exploration must be sustainable in order to be permanently available for the community. Fishing is one of the main economic activities of the coastal zone of island, besides being an important subsistence activity for the three fishing communities of the island. Aiming to discuss ways for sustainable activity, we will reflect on the sustainability of the handmade fishing in the community of Palmeira Sal Island, Cape Verde. In a community like Palmeira, where fishing is typically handmade, we find many elements that ensure the sustainability of the activity, such as the predominant use of renewable natural resources and the diversity of species caught. Meet and develop new mechanisms to educate, create sustainable policies for the activity and resource management, is important for the new environment in which we live. Education and organization of fishermen, as well as decentralization and participatory management of fishery resources, are fundamental to the sustainability of fisheries.

Estudo das perceções da Comunidade da Palmeira (Ilha do Sal, Cabo Verde) sobre a sustentabilidade das pescas

A pesca teve sempre grande importância socioeconómica para as comunidades costeiras de Cabo Verde, oferecendo meios de subsistência e, devido à vocação marítima do povo Cabo-verdiano, possibilidades de emprego. O peixe aparece como componente importante na alimentação da população, tendo papel decisivo na questão da segurança alimentar e, por ser fonte de proteína animal de baixo custo para a população, requer que a sua exploração seja feita em moldes sustentáveis, perpetuando no tempo a disponibilidade desse recurso para toda a sociedade. A pesca é uma das principais atividades económicas da zona costeira da Ilha do Sal, além de ser uma importante atividade de subsistência para as três comunidades pesqueiras da ilha. Com o objetivo de discutir caminhos sustentáveis para a atividade, iremos refletir sobre a sustentabilidade da pesca artesanal na comunidade da Palmeira, Ilha do Sal, Cabo Verde. Numa comunidade como Palmeira, onde a pesca é tipicamente artesanal, encontramos diversos elementos que garantem a sustentabilidade da atividade, tais como o uso predominante dos recursos naturais renováveis e a diversidade de espécies capturadas. Conhecer e desenvolver novos mecanismos que visam educar, criar políticas sustentáveis para a atividade e gestão dos recursos, é importante para a nova conjuntura em que se vive. A educação e a organização dos pescadores, bem como a descentralização e a gestão participativa dos recursos pesqueiros, são condições fundamentais para a sustentabilidade da pesca.

Estudo das perceções da comunidade da Palmeira (Ilha do Sal, Cabo Verde) sobre a sustentabilidade das pescas

A pesca teve sempre grande importância socioeconómica para as comunidades costeiras de Cabo Verde, oferecendo meios de subsistência e, devido à vocação marítima do povo Cabo-verdiano, possibilidades de emprego. O peixe aparece como componente importante na alimentação da população e, por ser fonte de proteína e um animal de baixo custo para a população, requer que a sua exploração seja feita em moldes sustentáveis, perpetuando no tempo a disponibilidade desse recurso para toda a sociedade. Este trabalho apresenta o estudo das perceções dos pescadores sobre a sustentabilidade da exploração dos recursos haliêuticos pesqueiros e a pesca artesanal dominante na ilha. A pesca é uma das principais atividades económicas da zona costeira da Ilha do Sal, além de ser uma importante atividade de subsistência para as três comunidades haliêuticas da ilha. Com o objetivo de discutir caminhos sustentáveis para a atividade, reflete-se sobre a sustentabilidade da pesca artesanal na comunidade da Palmeira, Ilha do Sal, Cabo Verde. Numa comunidade como a Palmeira, onde a pesca é tipicamente artesanal, encontramos diversos elementos que garantem a sustentabilidade da atividade. Conhecer e desenvolver novos mecanismos que visam educar e criar políticas sustentáveis para a atividade e gestão dos recursos é importante para a nova conjuntura em que se vive. A educação e a organização dos pescadores, bem como a descentralização e a gestão participativa dos recursos pesqueiros, são condições fundamentais para a sustentabilidade da pesca. Este trabalho tenta responder à escassez de estudos sobre as comunidades piscatórias em Cabo Verde de modo a favorecer o conhecimento ambiental que potenciará a criação de estratégias-chave para a sustentabilidade, a análise dos projetos criados até à data e a respetiva implementação, permitindo a identificação das causas do insucesso total ou parcial, bem como a identificação das causas para o fraco envolvimento da comunidade piscatória na implementação dos projetos. Fishery has always been of great social economic importance for the coastal communities of Cape Verde, offering means of subsistence and employment opportunities due to their maritime vocation. Fish is an important food component for the population. Since fishery is a source of low-cost animal protein, its exploration must be sustainable in order to be permanently available for the community. This paper presents a study on the perception of fishermen on the sustainable exploitation of fishery resources in a symbiosis with the dominant artesanal fishing practiced on the island. Fishing is one of the main economic activities of the coastal zone of Sal island, besides being an important subsistence activity for the three fishing communities of the island. Aiming to discuss ways for sustainable activity, we will reflect on the sustainability of the traditional fishing in the community of Palmeira, Sal Island, Cape Verde. In a community like Palmeira, where fishing is typically artesanal, we find many elements that ensure the sustainability of the activity, such as the predominant use of renewable natural resources and the diversity of species caught. in Sal Inland knowing and developing new mechanisms to educate, create sustainable policies for the activity and resource management are important to the environment. Education and organization of fishermen, as well as decentralization and participatory management of fishery resources, are fundamental to the sustainability of fisheries. This work tries to answer the scarcity of studies on fishing communities in order to promote environmental knowledge that will enhance the creation of key strategies for sustainability, the analysis of projects created to date and the respective implementation, allowing the identification of the causes of the total or partial failure, as well as the identification of the causes for the poor involvement of the fishing community in the implementation of projects.

Sampling strategies for tropical forest nutrient cycling studies: a case study in São Paulo, Brazil

The precise sampling of soil, biological or micro climatic attributes in tropical forests, which are characterized by a high diversity of species and complex spatial variability, is a difficult task. We found few basic studies to guide sampling procedures. The objective of this study was to define a sampling strategy and data analysis for some parameters frequently used in nutrient cycling studies, i. e., litter amount, total nutrient amounts in litter and its composition (Ca, Mg, Κ, Ν and P), and soil attributes at three depths (organic matter, Ρ content, cation exchange capacity and base saturation). A natural remnant forest in the West of São Paulo State (Brazil) was selected as study area and samples were collected in July, 1989. The total amount of litter and its total nutrient amounts had a high spatial independent variance. Conversely, the variance of litter composition was lower and the spatial dependency was peculiar to each nutrient. The sampling strategy for the estimation of litter amounts and the amount of nutrient in litter should be different than the sampling strategy for nutrient composition. For the estimation of litter amounts and the amount of nutrients in litter (related to quantity) a large number of randomly distributed determinations are needed. Otherwise, for the estimation of litter nutrient composition (related to quality) a smaller amount of spatially located samples should be analyzed. The determination of sampling for soil attributes differed according to the depth. Overall, surface samples (0-5 cm) showed high short distance spatial dependent variance, whereas, subsurface samples exhibited spatial dependency in longer distances. Short transects with sampling interval of 5-10 m are recommended for surface sampling. Subsurface samples must also be spatially located, but with transects or grids with longer distances between sampling points over the entire area. Composite soil samples would not provide a complete understanding of the relation between soil properties and surface dynamic processes or landscape aspects. Precise distribution of Ρ was difficult to estimate.

Resolving the ortholog conjecture: orthologs tend to be weakly, but significantly, more similar in function than paralogs.

The function of most proteins is not determined experimentally, but is extrapolated from homologs. According to the "ortholog conjecture", or standard model of phylogenomics, protein function changes rapidly after duplication, leading to paralogs with different functions, while orthologs retain the ancestral function. We report here that a comparison of experimentally supported functional annotations among homologs from 13 genomes mostly supports this model. We show that to analyze GO annotation effectively, several confounding factors need to be controlled: authorship bias, variation of GO term frequency among species, variation of background similarity among species pairs, and propagated annotation bias. After controlling for these biases, we observe that orthologs have generally more similar functional annotations than paralogs. This is especially strong for sub-cellular localization. We observe only a weak decrease in functional similarity with increasing sequence divergence. These findings hold over a large diversity of species; notably orthologs from model organisms such as E. coli, yeast or mouse have conserved function with human proteins.

A Research Report on Roadside Vegetation Management, December 1975

According to prevailing ecological theory one would expect the most stable vegetation on sites which are least disturbed (Odum 1971). According to theory one would also expect the most diversity of species on undisturbed sites (Odum 1971). This stable and diverse community would be produced over a period of many years through a process of plant succession where annual herbs are replaced by perennial herbs and finally woody plants would come to dominate and perpetuate the community. Another ecological theory holds that the complexity (structure and species diversity) of a plant community is dependent upon the amount of disturbance to which it is subjected (Woodwell, 1970). According to this theory the normal succession of a plant community through its various stages may be arrested at some point depending upon the nature and severity of the disturbance. In applying these theories to roadside vegetation it becomes apparent that mass herbicide spraying and extensive mowing of roadsides has produced a relatively simple and unstable vegetation. It follows that if disturbances were reduced not only would the roadside plant community increase in stability but maintenance costs and energy usage would be reduced. In this study we have investigated several aspects of reduced disturbances on roadside vegetation. Research has centered on the effectiveness of spot spraying techniques on noxious weed control, establishment of native grass cover where ditch cleaning and other disturbance has left the bare soil exposed and the response of roadside vegetation when released from annual mass spraying.

Anàlisi dels coneixements intuïtius i del canvi conceptual en infants de parvulari, sobre els animals que viuen el seu entorn

En aquest projecte es reflexiona sobre l’ensenyament de les ciències al parvulari i com els infants aprenent conceptes relacionats amb el regne animal. La ciència escolar classifica la gran diversitat d’espècies que formen aquest regne en dos grans blocs, els vertebrats i els invertebrats, però en els patrons que ens ofereixen els animals per descobrir a ull nu aquestes particularitats són molt complexes d’observar. La visió que tenen els infants de parvulari sobre els animals del seu entorn sovint és molt allunyada de la realitat i els alumnes es creen concepcions alternatives per entendre els animals que observen. En l’estudi es realitza un recull de dades, a l’inici i el final d’una unitat didàctica, analitzant les representacions i les diferents formes de classificació dels animals de l’entorn que utilitzen els infants. Les conclusions són una reflexió sobre el perquè d’aquests coneixements alternatius i la manera de com aconseguir un canvi conceptual.

Relació entre la composició dels horts familiars i l'ús de les plantes medicinals: estudi de cas a la comunitat Tsimane' de Santa Maria

Els horts familiars són el focus de cada cop més estudis científics per la seva importància socioecològica, sobretot en les comunitats rurals o indígenes. Aquest estudi, desenvolupat a la comunitat indígena Tsimane’ de Santa Maria, té l’objectiu de determinar si existeix una relació entre la composició dels horts familiars i l’ús de les plantes medicinals. A més, també descriu i analitza les característiques bàsiques dels horts: les espècies presents, el tipus de maneig, les diferències en la implicació d’homes i dones, etc. A partir dels resultats obtinguts es pot concloure que la diversitat d’espècies trobada és de 102 (30 d’elles medicinals), i les diferències de gènere en la implicació en els horts familiars són significatives: les dones tenen mes plantes medicinals que els homes. Tanmateix, no trobem una relació entre el cultiu de plantes medicinals i la seva utilització.

Cadastramento fitossociológico de plantas daninhas na bananicultura

O objetivo deste experimento, realizado na cultura da banana (Musa spp.) no Vale do Ribeira, no município de Registro-SP, foi fazer um cadastramento fitossociológico das espécies de plantas daninhas sob duas formas de manejo do solo. A amostragem das espécies daninhas foi feita em duas áreas distintas de manejo, sendo uma com a cultura implantada em área de várzea drenada a 7 m de altitude e a outra com a bananicultura em área de sequeiro a 16 m de altitude. Na amostragem de um hectare, utilizou-se o método do quadrado inventário para cálculo de frequência, frequência relativa, densidade, densidade relativa, abundância, abundância relativa, índice de valor de importância e índice de importância relativa. em ambas as áreas foram identificadas 10 famílias, distribuídas em 18 gêneros e 21 espécies. Na área de várzea drenada, 38% das famílias identificadas são monocotiledôneas e 62% dicotiledôneas, num total de 15 espécies, distribuídas em nove famílias. Na área de cultivo em sistema de sequeiro, foram identificados 50% de famílias monocotiledôneas e 50% de dicotiledôneas, num total de 11 espécies, distribuídas em seis famílias. As famílias com maior representatividade foram Poaceae, com sete espécies, seguida de Asteraceae, com três. Com o estudo realizado, verificou-se ainda grande diversidade de espécies nas áreas selecionadas.