Replacement of HIV p24 Ag test by a multiplex RT-PCR method for primary screening of blood donors

Nucleic Acid Testing (NAT) as a tool for primary screening of blood donors became a reality in the end of the 1990 decade. We report here the development of an "in-house" RT-PCR method that allows the simultaneous (multiplex) detection of HCV and HIV-RNA in addition to an artificial RNA employed as an external control. This method detects all HIV group M subtypes, plus group N and O, with a detection threshold of 500 IU/mL. After validation, the method replaced p24 Ag testing, in use for blood donation screening since 1996 at our services. From July 2001 to February 2006, 102,469 donations were tested and 41 (0.04%) were found HIV-RNA reactive. One NAT-only reactive donation (antibody non-reactive) was observed, with subsequent seroconversion of the implied donor, giving a yield of 1:102,469. This rate is in contrast to the international experience that reports a detection of approximately 1:600,000 - 1:3,100,000 of isolated HIV-RNA donations.

Exposure to polycyclic aromatic hydrocarbons and assessment of potential risks in preschool children

As children represent one of the most vulnerable groups in society, more information concerning their exposure to health hazardous air pollutants in school environments is necessary. Polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) have been identified as priority air pollutants due to their mutagenic and carcinogenic properties that strongly affect human health. Thus, this work aims to characterize levels of 18 selected PAHs in preschool environment, and to estimate exposure and assess the respective risks for 3–5-year-old children (in comparison with adults). Gaseous PAHs (mean of 44.5 ± 12.3 ng m−3) accounted for 87 % of the total concentration (ΣPAHs) with 3–ringed compounds being the most abundant (66 % of gaseous ΣPAHs). PAHs with 5 rings were the most abundant ones in the particulate phase (PM; mean of 6.89 ± 2.85 ng m−3) being predominantly found in PM1 (78 % particulate ΣPAHs). Overall child exposures to PAHs were not significantly different between older children (4–5 years old) and younger ones (3 years old). Total carcinogenic risks due to particulate-bound PAHs indoors were higher than outdoor ones. The estimated cancer risks of both preschool children and the staff were lower than the United States Environmental Protection Agency (USEPA) threshold of 10−6 but slightly higher than WHO-based guideline.

Optimization of the Sybr Green real time PCR for the detection of Human Herpes Virus type 6 (HHV-6)

HHV-6 is the etiological agent of Exanthem subitum which is considered the sixth most frequent disease in infancy. In immuno-compromised hosts, reactivation of latent HHV-6 infection may cause severe acute disease. We developed a Sybr Green Real Time PCR for HHV-6 and compared the results with nested conventional PCR. A 214 pb PCR derived fragment was cloned using pGEM-T easy from Promega system. Subsequently, serial dilutions were made in a pool of negative leucocytes from 10-6 ng/µL (equivalent to 2465.8 molecules/µL) to 10-9 (equivalent to 2.46 molecules/µL). Dilutions of the plasmid were amplified by Sybr Green Real Time PCR, using primers HHV3 (5' TTG TGC GGG TCC GTT CCC ATC ATA 3)'and HHV4 (5' TCG GGA TAG AAA AAC CTA ATC CCT 3') and by conventional nested PCR using primers HHV1 (outer): 5'CAA TGC TTT TCT AGC CGC CTC TTC 3'; HHV2 (outer): 5' ACA TCT ATA ATT TTA GAC GAT CCC 3'; HHV3 (inner) and HHV4 (inner) 3'. The detection threshold was determined by plasmid serial dilutions. Threshold for Sybr Green real time PCR was 24.6 molecules/µL and for the nested PCR was 2.46 molecules/µL. We chose the Real Time PCR for diagnosing and quantifying HHV-6 DNA from samples using the new Sybr Green chemistry due to its sensitivity and lower risk of contamination.

Step based physical activity guidelines for preschool-aged children

Objective Public health organizations recommend that preschool-aged children accumulate at least 3 h of physical activity (PA) daily. Objective monitoring using pedometers offers an opportunity to measure preschooler's PA and assess compliance with this recommendation. The purpose of this study was to derive step-based recommendations consistent with the 3 h PA recommendation for preschool-aged children. Method The study sample comprised 916 preschool-aged children, aged 3 to 6 years (mean age = 5.0 ± 0.8 years). Children were recruited from kindergartens located in Portugal, between 2009 and 2013. Children wore an ActiGraph GT1M accelerometer that measured PA intensity and steps per day simultaneously over a 7-day monitoring period. Receiver operating characteristic (ROC) curve analysis was used to identify the daily step count threshold associated with meeting the daily 3 hour PA recommendation. Results A significant correlation was observed between minutes of total PA and steps per day (r = 0.76, p < 0.001). The optimal step count for ≥ 3 h of total PA was 9099 steps per day (sensitivity (90%) and specificity (66%)) with area under the ROC curve = 0.86 (95% CI: 0.84 to 0.88). Conclusion Preschool-aged children who accumulate less than 9000 steps per day may be considered Insufficiently Active.

Sistema financeiro e crescimento económico

Os resultados que a atual crise, iniciada em 2008, de cariz inicialmente financeira mas que teve, e tem, importantes repercursões na economia real a nivel mundial, tornaram protagonista a discussão sobre a possível relação entre o Sistema Financeiro e o Crescimento Económico. Os varios países afetados, em particular os países da União Europeia, têm reunido esforços para reformular as políticas económicas e financeiras como forma de recuperar as economias e evitar futuras crises. Os custos e efeitos da crise fizeram emergir vários estudos que põem em causa a correlação assumida como sempre positiva entre o desenvolvimento da vertente financeira e o crescimento da economia real que até aqui era tida como certa. O principal objetivo desta dissertação é analisar a forma como o rápido crescimento e uma sobredimensão do Setor Financeiro, motivado essencialmente pela desrugulação financeira e pelo boom financeiro registado a partir dos anos 90, podem influenciar o crescimento da economia real, fazendo emergir a tese da existência de um limiar a partir do qual o efeito das finanças no crescimento económico pode ser perverso. A literatura sobre a relação entre o Sistema Financeiro e o Crescimento Económico não é unívoca quanto ao sinal entre as duas vertentes, hevendo uma leitura recente em que a taxa de crescimento e a excessiva dimensão financeira, desviando demasiados recursos dos outros setores da economia, podem ser um entrave à sustentação do crescimento da economia real. Tentando confirmar ou infirmar a existência de um limiar de crescimento da economia real decorrente da vertente financeira (transmitido, sobretudo, pelo crédito ao setor privado e pelo emprego financeiro), foi feita uma análise econométrica, com dados em painel com base nos países da União Europeia no período de 1990 a 2010. Os resultados obtidos apontam para a confirmação da hipótese da existência de um limiar de crescimento, em particular a relação “parabólica” existente entre o Financiamento e o Crescimento. Adicionalmente, o estudo revela uma influência negativa dos gastos públicos sobre o crescimento.

Scientific authorships and collaboration network analysis on Chagas disease: papers indexed in PubMed (1940-2009)

Chagas disease is a chronic, tropical, parasitic disease, endemic throughout Latin America. The large-scale migration of populations has increased the geographic distribution of the disease and cases have been observed in many other countries around the world. To strengthen the critical mass of knowledge generated in different countries, it is essential to promote cooperative and translational research initiatives. We analyzed authorship of scientific documents on Chagas disease indexed in the Medline database from 1940 to 2009. Bibliometrics was used to analyze the evolution of collaboration patterns. A Social Network Analysis was carried out to identify the main research groups in the area by applying clustering methods. We then analyzed 13,989 papers produced by 21,350 authors. Collaboration among authors dramatically increased over the study period, reaching an average of 6.2 authors per paper in the last five-year period. Applying a threshold of collaboration of five or more papers signed in co-authorship, we identified 148 consolidated research groups made up of 1,750 authors. The Chagas disease network identified constitutes a "small world," characterized by a high degree of clustering and a notably high number of Brazilian researchers.

Efeitos do treino dos músculos inspiratórios em remadores de competição

Introdução: A fadiga muscular compromete o funcionamento do sistema respiratório durante o exercício físico afetando os músculos respiratórios e podendo prejudicar a performance. Um programa de treino dos músculos inspiratórios (TMI) poderá trazer benefícios aos atletas, melhorando capacidades respiratórias e por consequência o seu desempenho. Objetivo: Investigar os efeitos do TMI na função pulmonar em remadores de competição e se este poderá influenciar a sua performance. Métodos: Participaram no estudo 14 atletas de remo, séniores, do sexo masculino. Foram avaliados antes e depois da aplicação do TMI, realizado durante seis semanas recorrendo a um threshold. Os atletas foram submetidos a duas séries de 30 repetições a 50% da pressão inspiratória máxima estimada (PIM). Nos dois momentos de avaliação foram registados, com recurso ao sistema BIOPAC MP36, os valores de: Capacidade Vital (CV), Volume Corrente (VC), Capacidade Pulmonar Total (CPT), Volume de Reserva Inspiratório (VRI), Volume de Reserva Expiratório (VRE), Volume Expiratório Forçado no primeiro segundo (FEV1) e Ventilação Voluntária Máxima (VVM). Resultados: Verificou-se um aumento significativo da VVM (p = 0,000), do VRI (p = 0,009) e do VC (p = 0,033) entre a primeira e segunda avaliação. Não se detetaram melhorias relevantes nos valores das capacidades e restantes volumes pulmonares que, no entanto, aumentaram ligeiramente, com a exceção do VRE, expressando a especificidade do TMI, corroborada pela melhoria nos valores do VRI. Conclusão: O TMI produz efeitos positivos na função pulmonar em remadores de competição aumentando a resistência muscular do atleta, que não entra em fadiga respiratória tão precocemente permitindo-lhe assim uma maior capacidade de resposta às exigências que o exercício requer.

In vitro PHYTOTHERAPY OF VECTOR SNAILS BY BINARY COMBINATIONS OF LARVICIDAL ACTIVE COMPONENTS IN EFFECTIVE CONTROL OF FASCIOLIASIS

SUMMARY A food-borne trematode infection fascioliasis is one among common public health problems worldwide. It caused a great economic loss for the human race. Control of snail population below a certain threshold level is one of the important methods in the campaign to reduce the incidence of fascioliasis. The life cycle of the parasite can be interrupted by killing the snail or Fasciola larva redia and cercaria inside of the snail Lymnaea acuminata. In vitro toxicity of different binary combinations (1:1 ratio) of plant-derived larvicidal active components such as citral, ferulic acid, umbelliferone, azadirachtin and allicin against Fasciola redia and cercaria were tested. The mortality of larvae was observed at 2h, 4h, 6h and 8h of treatment. In in vitro condition azadirachtin + allicin (1:1 ratio) was highly toxic against redia and cercaria (8h LC50 0.006 and 0.005 mg/L). Toxicity of citral + ferulic acid was lowest against redia and cercaria larvae.

Processamento e Análise de Imagens Adquiridas através de Cápsula Endoscópica para o Auxílio ao Diagnóstico Clínico

O carcinoma foi a principal causa de morte para cerca de 8,2 milhões de habitantes no ano de 2012 a nível mundial. Deste valor, estima-se que o carcinoma colo retal foi responsável por 694.000 mortes nesse mesmo ano. O tratamento eficaz deste carcinoma carece de uma deteção precoce de determinadas patologias associadas, nomeadamente, à presença de hemorragia ou pólipo na mucosa intestinal. Essa deteção precoce passa pela realização frequente de determinados exames clínicos invasivos, como a endoscopia e a colonoscopia, que poderão ser demasiado invasivos para o Homem para serem realizados regularmente. Assim surgiu a capsula endoscópica (CE) como método de diagnóstico pouco invasivo, confortável, seguro e com a funcionalidade de permitir a visualização de todo o trato gastrointestinal (TGI), uma vez que, com os métodos tradicionais de diagnóstico (endoscopia e colonoscopia) isso não acontece. Técnicas computacionais de processamento e análise de imagem automáticas, tais como filtros de suavização, remoção de ruído, deteção de contorno ou segmentação de zonas de interesse, podem ser utilizadas para facilitar a deteção destas patologias e homogeneizar a resposta entre diferentes clínicos, uma vez que, por cada exame de endoscopia por capsula são recolhidas cerca de 57 600 imagens. As imagens recolhidas a partir da CE passam por uma série de passos de processamento de imagem a m de clarificar a existência ou ausência de patologias no interior do TGI. Essa classificação pretende simplificar e auxiliar o clínico no diagnóstico precoce relativamente às patologias em causa, assim como reduzir o seu cansaço, aumentar a sua performance e aumentar a sua eficiência na análise de dados. Neste contexto e em parceria com a empresa INOVA+, esta tese está integrada no projeto PhotonicPill cofinanciado pelo QREN (Quadro de Referência Estratégico Nacional). Este projeto visa desenvolver um conjunto de módulos baseados em fotónica para incorporar numa CE, a m de possibilitar um diagnóstico mais preciso e atempado de diversas patologias, nomeadamente a presença de pólipos e hemorragias, assim como a possibilidade de terapêutica em locais do trato gastrointestinal de difícil acesso, como é o caso do intestino delgado. Um dos módulos baseados em fotónica assenta na tecnologia narrow band imaging (NBI). A contribuição desta tese no projeto prendeu-se no desenvolvimento de 3 métodos de deteção automática. O primeiro direcionado para a deteção de hemorragia, baseou-se na identificação dos valores mínimos e máximos dos canais de R,G,B para criar um valor de threshold duplo. De seguida, complementa-se o método através de operações morfológicas e operações locais. O segundo método de deteção automática é direcionado para a deteção de pólipo e baseou-se na aplicação da transformada de watershed juntamente com o cálculo de medidas associadas à forma típica de um pólipo. Por último, desenvolveu-se um método de deteção de vascularização na mucosa intestinal recorrendo essencialmente à deteção de valores máximos para cada canal do modelo RGB, definindo um valor de threshold máximo para cada um dos três canais. Uma vez testados os algoritmos e obtendo uma percentagem de especificidade e sensibilidade média superior a 70% em todos os métodos, desenvolveu-se um protótipo de uma interface gráfica para este sistema de apoio à decisão clínica que engloba os três parâmetros em análise: deteção de hemorragia, deteção de pólipo e deteção de vascularização. Esta interface fará toda a gestão do processo, ou seja, fara de forma automática a deteção e classificação das patologias a detetar, lançando uma mensagem de alerta ao clínico a informar se o paciente é ou não portador de alguma das anomalias em análise.

Algorithms for information extraction and signal annotation on long-term biosignals using clustering techniques

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Biomédica

QUANTITATIVE REAL-TIME PCR (Q-PCR) FOR SPUTUM SMEAR DIAGNOSIS OF PULMONARY TUBERCULOSIS AMONG PEOPLE WITH HIV/AIDS

Objective: To assess quantitative real-time polymerase chain reaction (q-PCR) for the sputum smear diagnosis of pulmonary tuberculosis (PTB) in patients living with HIV/AIDS with a clinical suspicion of PTB.Method: This is a prospective study to assess the accuracy of a diagnostic test, conducted on 140 sputum specimens from 140 patients living with HIV/AIDS with a clinical suspicion of PTB, attended at two referral hospitals for people living with HIV/AIDS in the city of Recife, Pernambuco, Brazil. A Löwenstein-Jensen medium culture and 7H9 broth were used as gold standard.Results: Of the 140 sputum samples, 47 (33.6%) were positive with the gold standard. q-PCR was positive in 42 (30%) of the 140 patients. Only one (0.71%) did not correspond to the culture. The sensitivity, specificity and accuracy of the q-PCR were 87.2%, 98.9% and 95% respectively. In 39 (93%) of the 42 q-PCR positive cases, the CT (threshold cycle) was equal to or less than 37.Conclusion: q-PCR performed on sputum smears from patients living with HIV/AIDS demonstrated satisfactory sensitivity, specificity and accuracy, and may therefore be recommended as a method for diagnosing PTB.

FIRST REPORT ON OTOTOXICITY OF MEGLUMINE ANTIMONIATE

Introduction: Pentavalent antimonials are the first drug of choice in the treatment of tegumentary leishmaniasis. Data on ototoxicity related with such drugs is scarcely available in literature, leading us to develop a study on cochleovestibular functions. Case Report: A case of a tegumentary leishmaniasis patient, a 78-year-old man who presented a substantial increase in auditory threshold with tinnitus and severe rotatory dizziness during the treatment with meglumine antimoniate, is reported. These symptoms worsened in two weeks after treatment was interrupted. Conclusion: Dizziness and tinnitus had already been related to meglumine antimoniate. However, this is the first well documented case of cochlear-vestibular toxicity related to meglumine antimoniate.

Navegação web anónima e segura

A Web aproximou a humanidade dos seus pares a um nível nunca antes visto. Com esta facilidade veio também o cibercrime, o terrorismo e outros fenómenos característicos de uma sociedade tecnológica, plenamente informatizada e onde as fronteiras terrestres pouco importam na limitação dos agentes ativos, nocivos ou não, deste sistema. Recentemente descobriu-se que as grandes nações “vigiam” atentamente os seus cidadãos, desrespeitando qualquer limite moral e tecnológico, podendo escutar conversas telefónicas, monitorizar o envio e receção de e-mails, monitorizar o tráfego Web do cidadão através de poderosíssimos programas de monitorização e vigilância. Noutros cantos do globo, nações em tumulto ou envoltas num manto da censura perseguem os cidadãos negando-lhes o acesso à Web. Mais mundanamente, há pessoas que coagem e invadem a privacidade de conhecidos e familiares, vasculhando todos os cantos dos seus computadores e hábitos de navegação. Neste sentido, após o estudo das tecnologias que permitem a vigilância constante dos utilizadores da Web, foram analisadas soluções que permitem conceder algum anónimato e segurança no tráfego Web. Para suportar o presente estudo, foi efetuada uma análise das plataformas que permitem uma navegação anónima e segura e um estudo das tecnologias e programas com potencial de violação de privacidade e intrusão informática usados por nações de grande notoriedade. Este trabalho teve como objetivo principal analisar as tecnologias de monitorização e de vigilância informática identificando as tecnologias disponíveis, procurando encontrar potenciais soluções no sentido de investigar a possibilidade de desenvolver e disponibilizar uma ferramenta multimédia alicerçada em Linux e em LiveDVD (Sistema Operativo Linux que corre a partir do DVD sem necessidade de instalação). Foram integrados recursos no protótipo com o intuito de proporcionar ao utilizador uma forma ágil e leiga para navegar na Web de forma segura e anónima, a partir de um sistema operativo (SO) virtualizado e previamente ajustado para o âmbito anteriormente descrito. O protótipo foi testado e avaliado por um conjunto de cidadãos no sentido de aferir o seu potencial. Termina-se o documento com as conclusões e o trabalho a desenvolver futuramente.

Quantification of the TMS-EEG response in epilepsy

Dissertação para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Biomédica

MOLECULAR SURVEILLANCE OF Plasmodium vivax AND Plasmodium falciparum DHFR MUTATIONS IN ISOLATES FROM SOUTHERN IRAN

In Iran, both Plasmodium vivax and P. falciparum malaria have been detected, but P. vivax is the predominant species. Point mutations in dihydrofolate reductase (dhfr) gene in both Plasmodia are the major mechanisms of pyrimethamine resistance. From April 2007 to June 2009, a total of 134 blood samples in two endemic areas of southern Iran were collected from patients infected with P. vivax and P. falciparum. The isolates were analyzed for P. vivax dihydrofolate reductase (pvdhfr) and P. falciparum dihydrofolate reductase (pfdhfr) point mutations using various PCR-based methods. The majority of the isolates (72.9%) had wild type amino acids at five codons of pvdhfr. Amongst mutant isolates, the most common pvdhfr alleles were double mutant in 58 and 117 amino acids (58R-117N). Triple mutation in 57, 58, and 117 amino acids (57L/58R/117N) was identified for the first time in the pvdhfr gene of Iranian P. vivax isolates. All the P. falciparumsamples analyzed (n = 16) possessed a double mutant pfdhfrallele (59R/108N) and retained a wild-type mutation at position 51. This may be attributed to the fact that the falciparum malaria patients were treated using sulfadoxine-pyrimethamine (SP) in Iran. The presence of mutant haplotypes in P. vivax is worrying, but has not yet reached an alarming threshold regarding drugs such as SP. The results of this study reinforce the importance of performing a molecular surveillance by means of a continuous chemoresistance assessment.