Optimizing Computational Frameworks to Study the Influence of the Protein Environment on the Individual Site Energies of Chromophores in Photosystem II of Photosynthesis

Photosynthesis is a process in which electromagnetic radiation is converted into chemical energy. Photosystems capture photons with chromophores and transfer their energy to reaction centers using chromophores as a medium. In the reaction center, the excitation energy is used to perform chemical reactions. Knowledge of chromophore site energies is crucial to the understanding of excitation energy transfer pathways in photosystems and the ability to compute the site energies in a fast and accurate manner is mandatory for investigating how protein dynamics ef-fect the site energies and ultimately energy pathways with time. In this work we developed two software frameworks designed to optimize the calculations of chro-mophore site energies within a protein environment. The first is for performing quantum mechanical energy optimizations on molecules and the second is for com-puting site energies of chromophores in a fast and accurate manner using the polar-izability embedding method. The two frameworks allow for the fast and accurate calculation of chromophore site energies within proteins, ultimately allowing for the effect of protein dynamics on energy pathways to be studied. We use these frame-works to compute the site energies of the eight chromophores in the reaction center of photosystem II (PSII) using a 1.9 Å resolution x-ray structure of photosystem II. We compare our results to conflicting experimental data obtained from both isolat-ed intact PSII core preparations and the minimal reaction center preparation of PSII, and find our work more supportive of the former.

"Breaking the Silence: International conference on the Indian residential schools commission of Canada" ; "Briser le silence: Colloque international sur la commission de vérité et de réconciliation sur les pensionnats indiens".

This is the full audio recording of the "Breaking the silence : International conference on the Indian residential schools commission of Canada" that took place at the University of Montreal on September 26-27, 2008. Enregistrement audio complets du colloque "Briser le silence" sur la Commission de vérité et de réconciliation sur les pensionnats indiens, ayant eu lieu à Montréal les 26 et 27 septembre 2008.

L’intégration du milieu naturel dans l’aménagement de quartiers de banlieue : le cas du Faubourg de la Pointe-aux-Prairies, Montréal

Les nombreux exemples réussis où l’aménagement du territoire intègre des milieux naturels nous ont amenée à nous questionner sur les techniques d’intégration des milieux naturels et les outils de planification disponibles au Québec. La présente recherche porte sur le volet environnemental du projet résidentiel le Faubourg de la Pointe-aux-Prairies à Montréal (FPP) situé dans l’Arrondissement Pointe-aux-Trembles/Rivière-des-Prairies/Montréal est. Un premier objectif relié aux résultats nous a permis d’analyser le taux de succès du quartier FPP à intégrer efficacement des préoccupations environnementales concernant la mise en valeur des milieux naturels. En nous basant sur le taux de conservation, l’intégrité écologique et les témoignages des intervenants de la Ville de Montréal, nous avons déterminé que le plan d’aménagement du projet présente un bilan environnemental mitigé. Un second objectif relié aux processus nous a permis de déterminer si les outils sollicités pendant la conception et la mise en œuvre du projet ont facilité l’intégration des milieux naturels. En nous basant sur les outils d’encadrement et proactifs utilisés tout au long de la mise en oeuvre, nous avons déterminé que ceux-ci sont inadaptés à certaines situations. La non intégration des milieux protégés dans les outils de planification, la destruction des milieux aquatiques avec l’accord du Ministère de l’environnement (MDDEP), le manque de vérification des ententes lors de l’attribution des certificats d’autorisation, l'absence de protection des milieux naturels terrestres et la difficulté d’évaluer les bénéfices économiques de l’intégration de la nature ont été les défis majeurs observés.

Étude exploratoire du soutien social dans le processus menant à l'hébergement des aînés en perte d'autonomie

Contexte : Au Québec, la très grande majorité des personnes âgées vivent dans un logement conventionnel. Pour celles qui sont en plus grande perte d’autonomie et qui ont besoin d’un environnement adapté à leurs besoins, soit environ 12 % de la population âgée de 65 ans ou plus en 2006, les options sont relativement limitées. Au 1er rang, on retrouve les résidences privées, pour ceux et celles qui en ont les moyens. Pour les autres, il y a les centres de soins de longue durée publics ou privés. Viennent ensuite les organismes sans but lucratif qui opèrent des projets résidentiels pour aînés, les communautés religieuses qui accueillent des personnes âgées dans leurs résidences, les ressources intermédiaires, les ressources de type familial, les habitations à loyer modique pour personnes âgées et les coopératives d’habitation. Les ressources alternatives du type projets novateurs arrivent en dernière position, ce qui explique que l’on en sait encore très peu sur la transition vers ce type d’hébergement. Problème et objet de recherche : La transition vers un milieu de vie substitut est un processus qui peut être potentiellement stressant dans la vie d’une personne âgée. Son réseau de soutien peut être appelé à jouer un rôle important pour l’aider à vivre cette transition avec plus de facilité. Si la littérature sur le soutien social est abondante, elle est plus limitée en ce qui concerne la relation entre le soutien social et la transition en milieu d’hébergement. La plupart des travaux recensés étudient les conséquences de l’hébergement durant les mois qui suivent le relogement. Quelques études analysent le processus décisionnel mais rares sont celles qui s’intéressent à toutes les étapes du processus qui précèdent le relogement. La plupart des recherches analysent surtout le point de vue des aidants et parfois celui des professionnels. Celui des personnes âgées est moins connu. But et objectifs : Le but de cette étude consiste à mieux comprendre comment opèrent les différentes formes de soutien social auprès des personnes âgées durant les diverses étapes du processus de transition en milieu d’hébergement. Plus précisément, elle vise à mieux comprendre comment ces personnes perçoivent les différents types de soutien apporté par leur réseau de soutien durant la transition, la signification que prend pour elles l’aide reçue, les besoins auxquels répond le soutien reçu et pourquoi elles apprécient ou non le soutien reçu. Cadre conceptuel : Cette recherche de type exploratoire et rétrospective se situe dans une approche des parcours de vie. La transition en milieu d’hébergement est étudiée comme un processus faisant partie de la trajectoire résidentielle de la personne. On privilégie une approche interactionnelle et constructiviste du soutien social qui accorde une attention plus grande aux interprétations subjectives des personnes faisant partie des réseaux de soutien. Méthodologie : On a interviewé huit (8) résidents (6 femmes et 2 hommes) de 64 ans ou plus, vivant dans un milieu d’hébergement alternatif de type projet novateur : les Habitations St-Christophe, une ressource alternative située dans la ville de Laval au Québec. Les perceptions des sujets du soutien social reçu durant la transition sont analysées à l’aide de la théorisation ancrée, la plus appropriée pour comprendre de l’intérieur le point de vue des participants. Résultats : L’analyse des perceptions des résidents interviewés du processus qui les a conduits aux Habitations St-Christophe a permis de mieux comprendre l’influence de leurs trajectoires résidentielles, les transitions ayant mené à leur hébergement, leurs perceptions du processus décisionnel et du rôle joué par des tiers dans les décisions prises, ainsi que les motifs de ces décisions, de même que le rôle joué par le soutien social durant la transition. Trois modèles de réseaux ont été identifiés, en tenant compte de la fréquence des contacts, de l’intensité des liens et de la disponibilité du soutien. Les formes les plus importantes de soutien reçu ont été identifiées à partir des perceptions des sujets de l’aide émotionnelle, instrumentale et cognitive fournie pendant la transition et de leur appréciation du soutien reçu. L’analyse a permis d’identifier deux modèles de transition (transition réfléchie, préparée et anticipée versus transition précipitée) et deux modèles de soutien (soutien valorisé versus soutien peu valorisé). Conclusions : Outre les éléments de convergence et les points de divergence observés entre nos résultats et la littérature, un certain nombre d’enseignements ont été retenus au niveau de l’intervention. Ceux-ci concernent les conditions gagnantes à mettre en place par les gestionnaires des services publics, certains principes à respecter dans les interventions, les mesures à prendre pour améliorer les interventions des professionnels et les interventions à mettre en place à l’intention des personnes âgées et de leurs proches aidants.

Arbitration under the regulations on the guarantee of new residential buildings in Quebec

Dans ma mémoire, j’ai discuté les concepts d’arbitrage comme méthode de résolution d’un litige et par après, je donne un court historique de l’acceptation d’arbitrage au Québec. Le Chapitre I étudie la structure des règlements du R.B.Q., qui est un gendre d’arbitrage obligatoire institutionnelle, et j’inclus les diverses procédures dans ce système d’arbitrage. La sécurité offert par le plan de garantie règle par le R.B.Q. est discuté dans le Chapitre II en autant qu’il est relié avec le system d’arbitrage R.B.Q., y compris la structure du plan et le contenu de la sécurité. Chapitre III parle des recours disponible aux Bénéficiares ainsi que les avantages et désavantages de l’arbitrage sous les Règlements du R.B.Q. Un court étude comparative de quatre autres juridictions est recherché en Chapitre IV, incluant notre voisin, Ontario, les Etats-Unis et on croise dans les juridictions de Royaume Unie et Allemagne. En conclusion, j’établis que notre système d’arbitrage sous le Règlement protéges notre publique plus que d’autres juridictions. Je suggère des améliorations au système, par contre, incluant l’agrandissement du plan de garantie, l’ajout des pouvoirs donnés aux arbitres américains et ensuite d’intègré un système d’arrêt semblable aux Royaumes Unis.

Évaluation environnementale de systèmes de construction de cloisons résidentielles : réflexions sur l'adaptabilité et la flexibilité

L’introduction du développement durable apporte de nouvelles préoccupations environnementales au niveau de la construction et de la rénovation résidentielles, une industrie qui représente un marché économique important au Canada. En plus d’engendrer plusieurs impacts sur l’environnement, la conception actuelle ne permet pas d’accommoder le changement initié par l’évolution des pratiques, les avancées technologiques, mais également par l’évolution des patrons de vie des occupants. Dans un premier temps, la revue de littérature dresse le portrait de l’industrie de la construction, rénovation et démolition (CRD) au Canada, ainsi que le profil de gestion des débris de CRD. Ensuite, une analyse documentaire traite de différents outils de conception développés pour améliorer la performance du secteur : 3RV-E, écoconception, écoconstruction et LEED®. De plus, la recension des écrits permet également de cerner les concepts d’adaptabilité et de flexibilité au niveau du bâtiment et dans les approches et mouvements émergents en architecture. Cette démarche nous amène à établir l’hypothèse que l’intégration des critères d’adaptabilité et de flexibilité au niveau du logement aurait pour effet d’améliorer l’adéquation entre les besoins évolutifs des occupants et les nouvelles considérations environnementales. Au niveau méthodologique, l’analyse du cycle de vie simplifiée par l’Eco-indicator99 encadre l’analyse environnementale de l’ossature de trois types de construction de cloison. De cette évaluation, on conclut que c’est la construction traditionnelle à ossature de bois qui produit le moins d’impacts. Dans l’ordre suivant la proposition de construction de cloison à ossature d’aluminium, plus adaptable et flexible, et finalement la construction à ossature d’acier qui est le système le plus dommageable. Par contre, en intégrant le facteur temporel, cette analyse démontre que l’intégration de l’adaptabilité et de la flexibilité procure plusieurs cycles de vie et de rénovation au produit et à ses composantes. Finalement, ces concepts offrent également le potentiel de diminuer les impacts générés par la construction et la rénovation, un constat qui mériterait d’être abordé dans une approche plus systémique.

Les relations entre le transport actif et l'environnement urbain : le cas d'usagers du train de banlieue de Montréal

Dans une société où il est plutôt normal de passer beaucoup de temps assis, nous étudions, à partir de l’aménagement, l’intégration de l’activité physique de loisirs et de transport dans les activités et les lieux du quotidien. Cette intégration est relativement peu étudiée dans sa globalité car elle nécessite de prendre en considération les facteurs de l’environnement physique et social, les deux types d’activité physique, les différents lieux fréquentés quotidiennement et elle pose en ce sens de nombreux défis d’ordre méthodologique. Cette vue globale du phénomène s’impose car de plus en plus de recherches font état d’associations entre des dimensions spécifiques de l’aménagement et des comportements précis; occasionnellement, ces résultats se contredisent. Pour comprendre le phénomène, nous sommes partis du modèle écoenvironnemental et l’avons adapté pour mieux représenter la mobilité de la population. Nous avons conséquemment choisi une unité d’analyse comprenant le territoire résidentiel, le territoire du milieu de travail et le trajet entre les deux. Ainsi, en utilisant plusieurs sources de données, nous avons caractérisé des milieux comme étant contraignants ou facilitants pour l’activité physique et les personnes y résidant comme étant suffisamment actives ou pas. Nous avons ensuite fait ressortir les éléments importants des entrevues en fonction de cet appariement. Parmi les thèmes explorés en entrevue, nommons les caractéristiques de l’environnement physique qui ont de l’importance, l’impact de l’environnement social au travail et au domicile, la logique sous-jacente aux courses, etc. Les principaux résultats de cette recherche démontrent que les usagers du train de banlieue font suffisamment d’activité physique en dépit qu’ils résident en banlieue. En ce sens, notre échantillon est plus actif que la moyenne québécoise. Nous remarquons que l’influence de l’environnement est manifeste mais sous le principe des vases communicants, c'est-à-dire que le pôle résidentiel et le pôle des emplois ont tous deux des contributions qui s’avèrent très souvent complémentaires. L’influence de l’environnement social passe par le rôle signifiant des proches plutôt que par leur proximité géographique tandis que l’aménagement a une énorme contribution à rendre les parcours agréables et, de ce fait, donner une plus-value au temps requis pour les emprunter. La vocation des milieux, le type de marche et le sens qu’y voient les usagers doivent guider le design; il n’y a donc pas qu’une formule ou une seule prescription pour augmenter le potentiel piétonnier et/ou cyclable des milieux. Cela dit, les outils de caractérisation doivent être revus. En conclusion des pistes de développements futurs à cette recherche sont proposées.

Moral Loopholes in the Global Economic Environment: Why Well-Intentioned Organizations Act in Harmful Ways

Thomas Pogge’s notion of moral loopholes serves to provide support for two claims: first, that the ethical code of the global economic order contains moral loopholes that allow participants in special social arrangements to reduce their obligations to those outside the social arrangement, which leads to morally objectionable actions for which no party feels responsible and that are also counterproductive to the overall objective of the economic system; and, second, that these moral loopholes are more likely to exist as our economic order becomes more global. Finally, it will be shown that attempts to rectify the situation with voluntary corporate codes of conduct are inadequate. The argument proceeds through analysis of one case study, concerning action by the executive of the Cerrejón mining operation at La Guajira Penisular, Colombia.

Moral Loopholes in the Global Economic Environment: Why Well-Intentioned Organizations Act in Harmful Ways

Thomas Pogge’s notion of moral loopholes serves to provide support for two claims: first, that the ethical code of the global economic order contains moral loopholes that allow participants in special social arrangements to reduce their obligations to those outside the social arrangement, which leads to morally objectionable actions for which no party feels responsible and that are also counterproductive to the overall objective of the economic system; and, second, that these moral loopholes are more likely to exist as our economic order becomes more global. Finally, it will be shown that attempts to rectify the situation with voluntary corporate codes of conduct are inadequate. The argument proceeds through analysis of one case study, concerning action by the executive of the Cerrejón mining operation at La Guajira Penisular, Colombia.

Le chez-soi et la construction des identités géographiques individuelles : habiter en communauté fermée à São Paulo (Brésil)

Ce mémoire propose d’aborder la relation entre le chez-soi et la construction des identités géographiques. Plus précisément, il s’agit de se pencher sur l’importance que revêt cette dimension intime et familière de l’habitat dans la part des identités qui mobilise les lieux, territoires et paysages comme référents. S’interroger à cet égard s’avère d’autant plus pertinent aujourd’hui, dans un contexte de fragmentation socio-spatiale à l’échelle urbaine et de prolifération d’enclaves résidentielles qui témoignent d’un enfermement et d’une introversion de l’habitat. Nous abordons la question à travers le cas du projet AlphaVille São Paulo (Brésil), un large développement résidentiel composé de plusieurs communautés fermées. Les entretiens semi-directifs réalisés auprès de onze habitants de ce projet permettent de confirmer l’importance du chez-soi dans leur construction identitaire. En effet, le chez-soi en communauté fermée représente l’aboutissement d’un parcours géographique et permet au regard des habitants rencontrés une expérience de l’espace résidentiel qui s’approche de celle qu’ils ont connue au cours de l’enfance et qu’ils ont perdue à mesure que la ville s’est transformée en un milieu de plus en plus hostile. Ainsi, il leur permet dans une certaine mesure de revivre un idéal perdu. Néanmoins, habiter en communauté fermée contraint les territorialités : au sein de la métropole, le chez-soi fait figure de refuge. Il n’en demeure pas moins que les réponses des résidents révèlent une conscience que leur choix d’habitat constitue en quelque sorte une fuite de la réalité. Ainsi, ils entretiennent à l’égard de leur milieu de vie une relation qui oscille entre illusion et désillusion.

Moral Loopholes in the Global Economic Environment: Why Well-Intentioned Organizations Act in Harmful Ways

Thomas Pogge’s notion of moral loopholes serves to provide support for two claims: first, that the ethical code of the global economic order contains moral loopholes that allow participants in special social arrangements to reduce their obligations to those outside the social arrangement, which leads to morally objectionable actions for which no party feels responsible and that are also counterproductive to the overall objective of the economic system; and, second, that these moral loopholes are more likely to exist as our economic order becomes more global. Finally, it will be shown that attempts to rectify the situation with voluntary corporate codes of conduct are inadequate. The argument proceeds through analysis of one case study, concerning action by the executive of the Cerrejón mining operation at La Guajira Penisular, Colombia.