Integració d’ una unitat inercial i d’ un giroscopi de fibra òptica en un robot submarí i desenvolupament d’ un sistema de posicionament dins una piscina

El Grup de Visió per Computador i Robòtica (VICOROB) del departament d'Electrònica, Informàtica i Automàtica de la Universitat de Girona investiga en el camp de la robòtica submarina. Al CIRS (Centre d’Investigació en Robòtica Submarina), laboratori que forma part del grup VICOROB, el robot submarí Ictineu és la principal eina utilitzada per a desenvolupar els projectes de recerca. Recentment, el CIRS ha adquirit un nou sistema de sensors d' orientació basat en una unitat inercial i un giroscopi de fibra òptica. Aquest projecte pretén realitzar un estudi d' aquests dispositius i integrar-los al robot Ictineu. D' altra banda, aprofitant les característiques d’aquests sensors giroscopics i les mesures d' un sonar ja integrat al robot, es vol desenvolupar un sistema de localització capaç de determinar la posició del robot en el pla horitzontal de la piscina en temps real

Per un futur

 Treball de recerca realitzat per un alumne d’ensenyament secundari i guardonat amb un Premi CIRIT per fomentar l'esperit científic del Jovent l’any 2010. El medi ambient és un terme present avui en dia en tots els camps de treball. La problemàtica mediambiental ens preocupa cada dia més i per això és present també a l'escola. L'objectiu d'aquesta recerca era endinsar-se en el coneixement de l'ecologia, la seva problemàtica i les possibles solucions fàcils d'aplicar en un habitatge. Per dur a terme aquest treball, primer de tot s'ha realitzat un marc teòric amb el qual s'anava introduint i aprofundint en el seu tema d'estudi. El treball es complementava amb un marc pràctic que permetia contrastar la hipòtesi del treball. L'alumne ha estat capaç d'aplicar les mesures correctores en el seu habitatge, tant en els aparells com en les conductes dels membres que l'habiten. El resultat ha permés confirmar la hipòtesi i adonar-se que amb petits canvis de funcionament i de comportament ha pogut reduir el seu impacte, reduint el consum d'aigua, de llum i de gas i la generació de deixalles. A més, l'elaboració d'enquestes ha permès comprovar el grau de sensibilitat de la gent envers la problemàtica ambiental.

Increased connexin43 expression in human sphenous veins in culture is associated with intimal hyperplasia

Résumé Objectif : L'hyperplasie intimale est un processus de remodelage vasculaire qui apparaît après une lésion vasculaire. Les mécanismes impliqués dans l'hyperplasie intimale sont la prolifération, la dédifférentiation et la migration des cellules musculaires lisses depuis la média vers l'espace sous-intimal. Nous avons émis l'hypothèse que les jonctions communicantes de type gap, qui coordonnent certains processus physiologiques tels que la croissance et la différentiation cellulaire, pouvaient participer au développement de l'hyperplasie intimale. Méthodes : Des segments de veines saphènes humaines prélevées chirurgicalement lors de pontages, ont été ouverts longitudinalement avec la surface luminale placée vers le haut et maintenus en culture pendant 14 jours. Des fragments veineux ont été préparés pour une évaluation histologique, pour des mesures de l'épaisseur de la néointima, et pour des analyses immunocytochimiques de l'ARN messager ainsi que des protéines. Résultats : Parmi les 4 connexines (Cxs 37, 40, 43 et 45) qui forment les jonctions communicantes dans les veines, nous avons focalisé notre étude sur l'expression des Cxs 43 et 40; nous avons démontré que la Cx43 est exprimée dans les cellules musculaires lisses et les cellules endothéliales alors que la Cx40 est uniquement présente dans l'endothélium. Après 14 jours en culture, des analyses histomorphométriques ont montré une augmentation significative de l'épaisseur de l'intima démontrant la présence d'hyperplasie intimale. Une analyse temporelle a révélé une augmentation progressive de la Cx43 jusqu'à une augmentation maximale de six à huit fois au niveau de l'ARN messager et des protéines après 14 jours en culture. Au contraire, l'expression de la Cx40 n'était pas modifiée. Des analyses par immunofluorescence ont montré également une augmentation de la Cx43 dans les membranes des cellules musculaires lisses de la média. Le développement de l'hyperplasie intimale in vitro est diminué en présence de fluvastatin et cette diminution est associée à une réduction de l'expression de la Cx43. Conclusions : Ces données démontrent que la Cx43 est augmentée in vitro pendant le processus d'hyperplasie intimale et que la fluvastatin prévient cette induction. Ces résultats suggèrent un rôle crucial joué par la communication intercellulaire impliquant la Cx43 dans la veine humaine durant le développement de l'hyperplasie intimale. Abstract Objective: Intimal hyperplasia is a vascular remodelling process that occurs after a vascular injury. The mechanisms involved in intimal hyperplasia are proliferation, dedifferentiation, and migration of medial smooth muscle cells towards the subintimal space. We postulated that gap junctions, which coordinate physiologic processes such as cell growth and differentiation, might participate in the development of intimal hyperplasia. connexin43 (Cx43) expression levels may be altered in intimal hyperplasia, and we therefore evaluated the regulated expression of Cx43 in human saphenous veins in culture in the presence or not of fluvastatin, an inhibitor of 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase activity. Methods: Segments of harvested human saphenous veins, obtained at the time of bypass graft, were opened longitudinally with the luminal surface uppermost and maintained in culture for 14 days. Vein fragments were then processed for histologic examination, neointimal thickness measurements, immunocytochemistry, RNA, and proteins analysis. Results: Of the four connexins (Cx37, 40, 43, and 45), we focused on Cx43 and Cx40, which we found by real-time polymerase chain reaction to be expressed in the saphenous vein because they are the predominant connexins expressed by smooth muscle cells and endothelial cells. Afrer 14 days of culture, histomorphometric analysis showed a significant increase in the intimal thickness as observed during the process of intimal hyperplasia. Atime-course analysis revealed a progressive upregulation of Cx43 to reach a maximal increase of sixfold to eightfold at both transcript and protein levels after 14 days in culture. In contrast, the expression of Cx40, abundantly expressed in the endothelial cells, was not altered. Immunofluorescence showed a large increase in Cx43 within smooth muscle cell membranes of the media layer. The development of intimal hyperplasia in vitro was decreased in presence of fluvastatin and was associated with reduced Cx43 expression. Conclusions: These data show that Cx43 is increased in vitro during the process of intimal hyperplasia and that fluvastatin could prevent this induction, supporting a critical role for Cx43-mediated gap-junctional communication in the human vein during the development of intimal hyperplasia. (J Vasc Surg 2005;41:1043-52.)

Développement Durable du Tourisme au Cap Vert

Les îles du Cap Vert, ont servi de zone d’étude pour ce travail de recherche, qui traite de la gestion du tourisme et de son rapport avec l’environnement. L’objectif de ce travail consiste à suggérer des orientations pour une gestion du tourisme dans le cadre d’une stratégie de développement durable, afin de minimiser les impacts du secteur sur le milieu. On constate que : 1. Le tourisme entraîne plusieurs impacts au niveau économique, socioculturel et environnemental. Ces impacts peuvent être positifs ou négatifs et les ampleurs dépendent de la spécificité de chaque pays ou région. 2. Au Cap Vert on observe les impacts suivants: - Des perspectives d’augmentation des bénéfices économiques ; - Du point de vue environnementale la biodiversité et les écosystèmes naturels sont fragiles et il y a une tendance à la dégradation qui pourrait être accélérée avec le développement d’un tourisme mal planifié. Pour les ressources hydriques et énergétiques il n’existe pas de problèmes graves liées au tourisme, néanmoins une augmentation de la pression est à prévoir avec la croissance du tourisme. La gestion des déchets et la dégradation des zones côtières sont des problèmes actuels et tendent à s’aggraver considérablement. En matière de tourisme et d’environnement il y a plusieurs institutions et législations sont mis sur pied pour réglementer ce domaine. Des mesures politiques et législatives de promotion du développement durable sont prévues à cet effet. Néanmoins existent encore des insuffisances au niveau de la coordination entre les acteurs et l’adéquation de la législation existante. La participation de la population locale dans la gestion des ressources naturelles et dans les projets touristiques est faible. Pour le Cap Vert comme pour d’autres pays insulaires en développement, des études plus approfondies et des analyses plus fines sont nécessaires afin d’améliorer la compréhension de la situation réelle et de proposer des solutions concrètes.

Evolution of intraspecific variation : a comparative phylogenetic approach

Understanding the evolution of intraspecific variance is a major research question in evolutionary biology. While its importance to processes operating at individual and population levels is well-documented, much less is known about its role in macroevolutionary patterns. Nevertheless, both experimental and theoretical evidence suggest that the intraspecific variance is susceptible to selection, can transform into interspecific variation and, therefore, is crucial for macroevolutionary processes. The main objectives of this thesis were: (l) to investigate which factors impact evolution of intraspecific variation in Polygonaceae and determine if evolution of intraspecific variation influences species diversification; and (2) to develop a novel comparative phylogenetic method to model evolution of intraspecific variation. Using the buckwheat family, Polygonaceae, as a study system, I demonstrated which life-history and ecological traits are relevant to the evolution of intraspecific variation. I analyzed how differential intraspecific variation drives species diversification patterns. I showed with computer simulations the shortcomings of existing comparative methods with respect to intraspecific variation. I developed a novel comparative model that readily incorporates the intraspecific variance into phylogenetic comparative methods. The obtained results are complimentary, because they affect both empirical and methodological aspects of comparative analysis. Overall, I highlight that intraspecific variation is an important contributor to the macroevolutionary patterns and it should be explicitly considered in the comparative phylogenetic analysis. - En biologie évolutive comprendre l'évolution de la variance intraspécifique est un axe de recherche majeur. Bien que l'importance de cette variation soit bien documentée au niveau individuel et populationnel, on en sait beaucoup moins sur son rôle au niveau macroévolutif. Néanmoins, des preuves expérimentales et théoriques suggèrent que la variance intraspécifique est sensible à la sélection et peut se transformer en variation interspécifique. Par conséquent, elle est cruciale pour mieux comprendre les processus macroévolutifs. Les principaux objectifs de ma thèse étaient : (i) d'enquêter sur les facteurs qui affectent l'évolution de la variation intraspécifique chez les Polygonaceae et de déterminer si l'évolution de cette dernière influence la diversification des espèces, et (2) de développer une nouvelle méthode comparative permettant de modéliser l'évolution de la variation intraspécifique dans un cadre phylogénétique. En utilisant comme système d'étude la famille du sarrasin, les Polygonacées, je démontre que les traits d'histoire de vie sont pertinents pour comprendre l'évolution de la variation intraspécifique. J'ai également analysé l'influence de la variation intraspécifique au niveau de la diversification des espèces. J'ai ensuite démontré avec des données simulées les limites des méthodes comparatives existantes vis à vis de la variation intraspécifique. Finalement, j'ai développé un modèle comparatif qui intègre facilement la variance intraspécifique dans les méthodes comparatives phylogénétiques existantes. Les résultats obtenus lors de ma thèse sont complémentaires car ils abordent aspects empiriques et méthodologiques de l'analyse comparative. En conclusion, je souligne que la variation intraspécifique est un facteur important en macroévolution et qu'elle doit être explicitement considérée lors d'analyses comparatives phylogénétiques.

Validation of rotational thromboelastometry during cardiopulmonary bypass : a prospective, observational in-vivo study

Le ROTEM est un test de coagulation réalisable au près du malade qui permet d'objectiver la coagulopathie, de distinguer la contribution des différents éléments du système de coagulation et de cibler les produits procoagulants comme le plasma frais congelé (PFC), les plaquettes, le fibrinogène et les facteurs de coagulation purifiés ou les antifibrinolytiques. 3 des tests disponibles pour le ROTEM sont: EXTEM, INTEM, HEPTEM. Le premier test est stable sous hautes doses d'héparine alors que le deuxième est très sensible à sa présence. Dans le dernier test on rajoute de l'héparinase pour mettre en évidence l'éventuel effet résiduel de l'héparine en le comparant à l'INTEM. Idéalement, le ROTEM devrait être effectué avant la fin du bypass cardiopulmonaire (CEC), donc sous anticoagulation maximale pas héparine, afin de pouvoir administrer des produits pro¬coagulants dans les délais les plus brefs et ainsi limiter au maximum les pertes sanguines. En effet la commande et la préparation de certains produits procoagulants peut prendre plus d'une heure. Le but de cette étude est de valider l'utilisation du ROTEM en présence de hautes concentrations d'héparine. Il s'agit d'une étude observationnelle prospective sur 20 patients opérés électivement de pontages aorto-coronariens sous CEC. Méthode : l'analyse ROTEM a été réalisée avant l'administration d'héparine (TO), 10 minutes après l'administration d'héparine (Tl), à la fin de la CEC (T2) et 10 minutes après la neutralisation de l'anticoagulation avec la protamine (T3). L'état.d'héparinisation a été évalué par l'activité anti-Xa à T1,T2,T3. Résultats : Comparé à TO, la phase de polymérisation de la cascade de coagulation et l'interaction fibrine-plaquettes sont significativement détériorées par rapport à Tl pour les canaux EXTEM et HEPTEM. A T2 l'analyse EXTEM et INTEM sont comparables à celles de EXTEM et HEPTEM à T3. Conclusion: les hautes doses d'héparine utilisées induisent une coagulopathie qui reste stable durant toute la durée de la CEC et qui persiste même après la neutralisation de l'anticoagulation. Les mesures EXTEM et HEPTEM sont donc valides en présence de hautes concentrations d'héparine et peuvent être réalisés pendant la CEC avant l'administration de protamine.

Fracture network characterization using hydrological and geophysical data

Les décisions de gestion des eaux souterraines doivent souvent être justiffées par des modèles quantitatifs d'aquifères qui tiennent compte de l'hétérogénéité des propriétés hydrauliques. Les aquifères fracturés sont parmi les plus hétérogènes et très difficiles à étudier. Dans ceux-ci, les fractures connectées, d'ouverture millimètrique, peuvent agir comme conducteurs hydrauliques et donc créer des écoulements très localisés. Le manque général d'informations sur la distribution spatiale des fractures limite la possibilité de construire des modèles quantitatifs de flux et de transport. Les données qui conditionnent les modèles sont généralement spatialement limitées, bruitées et elles ne représentent que des mesures indirectes de propriétés physiques. Ces limitations aux données peuvent être en partie surmontées en combinant différents types de données, telles que les données hydrologiques et de radar à pénétration de sol plus commun ément appelé géoradar. L'utilisation du géoradar en forage est un outil prometteur pour identiffer les fractures individuelles jusqu'à quelques dizaines de mètres dans la formation. Dans cette thèse, je développe des approches pour combiner le géoradar avec les données hydrologiques affn d'améliorer la caractérisation des aquifères fracturés. Des investigations hydrologiques intensives ont déjà été réalisées à partir de trois forage adjacents dans un aquifère cristallin en Bretagne (France). Néanmoins, la dimension des fractures et la géométrie 3-D des fractures conductives restaient mal connue. Affn d'améliorer la caractérisation du réseau de fractures je propose dans un premier temps un traitement géoradar avancé qui permet l'imagerie des fractures individuellement. Les résultats montrent que les fractures perméables précédemment identiffées dans les forages peuvent être caractérisées géométriquement loin du forage et que les fractures qui ne croisent pas les forages peuvent aussi être identiffées. Les résultats d'une deuxième étude montrent que les données géoradar peuvent suivre le transport d'un traceur salin. Ainsi, les fractures qui font partie du réseau conductif et connecté qui dominent l'écoulement et le transport local sont identiffées. C'est la première fois que le transport d'un traceur salin a pu être imagé sur une dizaines de mètres dans des fractures individuelles. Une troisième étude conffrme ces résultats par des expériences répétées et des essais de traçage supplémentaires dans différentes parties du réseau local. En outre, la combinaison des données de surveillance hydrologique et géoradar fournit la preuve que les variations temporelles d'amplitude des signaux géoradar peuvent nous informer sur les changements relatifs de concentrations de traceurs dans la formation. Par conséquent, les données géoradar et hydrologiques sont complémentaires. Je propose ensuite une approche d'inversion stochastique pour générer des modèles 3-D de fractures discrètes qui sont conditionnés à toutes les données disponibles en respectant leurs incertitudes. La génération stochastique des modèles conditionnés par géoradar est capable de reproduire les connexions hydrauliques observées et leur contribution aux écoulements. L'ensemble des modèles conditionnés fournit des estimations quantitatives des dimensions et de l'organisation spatiale des fractures hydrauliquement importantes. Cette thèse montre clairement que l'imagerie géoradar est un outil utile pour caractériser les fractures. La combinaison de mesures géoradar avec des données hydrologiques permet de conditionner avec succès le réseau de fractures et de fournir des modèles quantitatifs. Les approches présentées peuvent être appliquées dans d'autres types de formations rocheuses fracturées où la roche est électriquement résistive.

Dose-dependent acute and sustained renal effects of the endothelin receptor antagonist avosentan in healthy subjects

Enjeu : L'incidence d'insuffisance rénale terminale augmente d'environ 5-6% par année dans nos régions. L'une des causes majeures d'insuffisance rénale est la néphropathie diabétique qui représente selon les pays entre 25 et 40% des néphropathies terminales. La progression de la néphropathie diabétique peut être ralentie de manière efficace par un bon contrôle du diabète et de l'hypertension artérielle et par le blocage du système rénine-angiotensine. Néanmoins, malgré l'application stricte de ces thérapies préventives, la néphropathie de bons nombres de patients diabétiques continue de progresser. Il est donc important de développer de nouvelles stratégies permettant de préserver la fonction rénale des patients diabétiques soit en améliorant le contrôle de la pression artérielle soit en diminuant la protéinurie. Contexte : Il existe un certain nombre d'évidences expérimentales que le blocage des récepteurs de l'endothéline pourrait avoir un effet positif sur le devenir de la néphropathie diabétique en diminuant de manière efficace la protéinurie même chez des animaux déjà traités efficacement avec un bloqueur du système rénine-angiotensine. Dans des études de phase 2 impliquant l'avosentan, un antagoniste des récepteurs de l'endothéline actuellement en cours de développement pour le traitement de la néphropathie diabétique, on a pu démontrer que cet antagoniste, prescrit à des doses oscillant entre 5 et 50 mg par jour per os, diminue la protéinurie d'environ 20-40% chez des patients déjà traités avec un IEC ou un antagoniste de l'angiotensine. Toutefois, une grande étude de phase III conduite avec ce médicament chez des patients diabétiques a du être interrompue précocement en raison de l'apparition d'oedèmes et d'une surcharge hydrosodée conduisant dans certains cas à une décompensation cardiaque aiguë. La rétention hydrosodée est un effet secondaire connu des antagonistes de l'endothéline déjà sur le marché. Toutefois, pour l'avosentan, on ne savait pas si des doses plus faibles du médicament avaient aussi un effet négative sur la balance hydrosodée. En outre, les mécanismes rénaux responsables de la rétention hydrosodée sont encore mal connus chez l'homme. C'est pourquoi, nous avons organisé et réalisé cette étude de pharmacologie clinique chez le volontaire sain posant 2 questions : 1) des doses faibles d'avosentan produisent-elles aussi une rétention hydrosodée chez l'homme ? et 2) quels sont les mécanismes rénaux pouvant expliquer la rétention hydrosodée ? Cette thèse est donc une étude clinique de phase I testant chez 23 volontaires sains les effets rénaux de différentes doses d'avosentan ou d'un placebo pour établir la courbe dose-réponse des effets rénaux de ce médicament. L'idée était également de définir quelle dose est sure et bien tolérée pour être utilisée dans une nouvelle étude de phase II. L'avosentan a été administré par voie orale une fois par jour pendant 8 jours à des doses de 0.5, 1.5, 5 et 50 mg. Les effets rénaux hémodynamiques et tubulaires ont été étudiés chez chaque sujet lors de la première administration (jour 1) et après une semaine de traitement (jour 8). Le médicament a induit une prise de poids dose-dépendante déjà présente à 5 mg et maximale à 50 mg (+ 0.8 kg au jour 8). Nous n'avons pas mesuré d'impact de l'avosentan sur l'hémodynamique rénale ni sur les électrolytes plasmatiques. En revanche, nous avons constaté une diminution dose-dépendante de la fraction d'excrétion de sodium (jusqu'à -8.7% avec avosentan 50 mg). Cette diminution était en rapport avec une augmentation dose-dépendante de la réabsorption proximale de sodium. Nous avons également constaté une baisse de la pression artérielle aux doses élevées et une hémodilution marquée par une baisse de l'hématocrite suggérant une rétention hydrique à la plus haute dose. Nos résultats suggèrent donc que l'avosentan induit une rétention sodée rénale dose-dépendante expliquée avant tout par une rétention du sodium au niveau du tubule proximal. Cet effet n'est pas observé à des doses plus basses que 5 mg chez le volontaire sain, suggérant que ce médicament devrait être évalué pour son activité réno-protectrice à des doses inférieures ou égales à 5 mg par jour. La raison pour laquelle les hautes doses produisent plus de rétention sodée est peut être liée à une perte de sélectivité pour les sous-types (A et B) de récepteurs à l'endothéline lorsque l'on administre des doses plus élevées que 5 mg. Perspectives : Les résultats de ce travail de thèse ont donc permis de caractériser les propriétés rénales d'un nouvel antagoniste des récepteurs de l'endothéline chez l'homme. Ces résultats ont aussi permis de guider le développement futur de ce médicament vers des doses plus faibles avec l'espoir de garder les effets bénéfiques sur la protéinurie tout en améliorant le profil de tolérance du médicament par l'utilisation de doses plus faibles. ANGLAIS The endothelin receptor antagonist avosentan may cause fluid overload at doses of 25 and 50 mg, but the actual mechanisms of this effect are unclear. We conducted a placebo-controlled study in 23 healthy subjects to assess the renal effects of avosentan and the dose dependency of these effects. Oral avosentan was administered once daily for 8 days at doses of 0.5, 1.5, 5, and 50 mg. The drug induced a dose-dependent median increase in body weight, most pronounced at 50 mg (0.8 kg on day 8). Avosentan did not affect renal hemodynamics or plasma electrolytes. A dose-dependent median reduction in the fractional renal excretion of sodium was found (up to 8.7% at avosentan 50 mg); this reduction was paralleled by a dose-related increase in proximal sodium reabsorption. It is suggested that avosentan dose-dependently induces sodium retention by the kidney, mainly through proximal tubular effects. The potential clinical benefits of avosentan should therefore be investigated at doses of ≤ 5 mg.

L’insertion commerciale internationale du Cap-Vert : obstacles, stratégies et mode d’insertion

Le Cap-Vert se présente comme une Petite Economie Insulaire, très ouverte à l’extérieur. En effet, parmi les principales spécificités géographiques, économiques et commerciales on pourrait mettre en exergue d’une part l’insularité et l’éloignement ainsi que la petitesse de la population et d’autre part la primauté du secteur des services, le déficit de la balance commerciale ainsi que l’importance des transferts des émigrants, les investissements étrangers, l’aide internationale. L’insertion commerciale internationale de cette PEI est contrainte par de nombreux obstacles. Il s’agit, notamment, de l’impossibilité de réaliser des économies d’échelle, les surcoûts des transports dus à l’insularité et l’éloignement, de la faible diversification de l’offre exportable ainsi que certains obstacles commerciaux internationaux dont les mesures SPS, les OTC et les règles d’origine. Cherchant à remédier à ces obstacles et à améliorer les conditions de son insertion commerciale internationale, le Cap-Vert a fait recours à un ensemble de stratégies. Ainsi, cette insertion est fondée sur des partenariats stratégiques et l’exportation des services.

Molecular modeling study of the binding and signaling properties of the TCRpMHC complex

The activation of the specific immune response against tumor cells is based on the recognition by the CD8+ Cytotoxic Τ Lymphocytes (CTL), of antigenic peptides (p) presented at the surface of the cell by the class I major histocompatibility complex (MHC). The ability of the so-called T-Cell Receptors (TCR) to discriminate between self and non-self peptides constitutes the most important specific control mechanism against infected cells. The TCR/pMHC interaction has been the subject of much attention in cancer therapy since the design of the adoptive transfer approach, in which Τ lymphocytes presenting an interesting response against tumor cells are extracted from the patient, expanded in vitro, and reinfused after immunodepletion, possibly leading to cancer regression. In the last decade, major progress has been achieved by the introduction of engineered lypmhocytes. In the meantime, the understanding of the molecular aspects of the TCRpMHC interaction has become essential to guide in vitro and in vivo studies. In 1996, the determination of the first structure of a TCRpMHC complex by X-ray crystallography revealed the molecular basis of the interaction. Since then, molecular modeling techniques have taken advantage of crystal structures to study the conformational space of the complex, and understand the specificity of the recognition of the pMHC by the TCR. In the meantime, experimental techniques used to determine the sequences of TCR that bind to a pMHC complex have been used intensively, leading to the collection of large repertoires of TCR sequences that are specific for a given pMHC. There is a growing need for computational approaches capable of predicting the molecular interactions that occur upon TCR/pMHC binding without relying on the time consuming resolution of a crystal structure. This work presents new approaches to analyze the molecular principles that govern the recognition of the pMHC by the TCR and the subsequent activation of the T-cell. We first introduce TCRep 3D, a new method to model and study the structural properties of TCR repertoires, based on homology and ab initio modeling. We discuss the methodology in details, and demonstrate that it outperforms state of the art modeling methods in predicting relevant TCR conformations. Two successful applications of TCRep 3D that supported experimental studies on TCR repertoires are presented. Second, we present a rigid body study of TCRpMHC complexes that gives a fair insight on the TCR approach towards pMHC. We show that the binding mode of the TCR is correctly described by long-distance interactions. Finally, the last section is dedicated to a detailed analysis of an experimental hydrogen exchange study, which suggests that some regions of the constant domain of the TCR are subject to conformational changes upon binding to the pMHC. We propose a hypothesis of the structural signaling of TCR molecules leading to the activation of the T-cell. It is based on the analysis of correlated motions in the TCRpMHC structure. - L'activation de la réponse immunitaire spécifique dirigée contre les cellules tumorales est basée sur la reconnaissance par les Lymphocytes Τ Cytotoxiques (CTL), d'un peptide antigénique (p) présenté à la suface de la cellule par le complexe majeur d'histocompatibilité de classe I (MHC). La capacité des récepteurs des lymphocytes (TCR) à distinguer les peptides endogènes des peptides étrangers constitue le mécanisme de contrôle le plus important dirigé contre les cellules infectées. L'interaction entre le TCR et le pMHC est le sujet de beaucoup d'attention dans la thérapie du cancer, depuis la conception de la méthode de transfer adoptif: les lymphocytes capables d'une réponse importante contre les cellules tumorales sont extraits du patient, amplifiés in vitro, et réintroduits après immunosuppression. Il peut en résulter une régression du cancer. Ces dix dernières années, d'importants progrès ont été réalisés grâce à l'introduction de lymphocytes modifiés par génie génétique. En parallèle, la compréhension du TCRpMHC au niveau moléculaire est donc devenue essentielle pour soutenir les études in vitro et in vivo. En 1996, l'obtention de la première structure du complexe TCRpMHC à l'aide de la cristallographie par rayons X a révélé les bases moléculaires de l'interaction. Depuis lors, les techniques de modélisation moléculaire ont exploité les structures expérimentales pour comprendre la spécificité de la reconnaissance du pMHC par le TCR. Dans le même temps, de nouvelles techniques expérimentales permettant de déterminer la séquence de TCR spécifiques envers un pMHC donné, ont été largement exploitées. Ainsi, d'importants répertoires de TCR sont devenus disponibles, et il est plus que jamais nécessaire de développer des approches informatiques capables de prédire les interactions moléculaires qui ont lieu lors de la liaison du TCR au pMHC, et ce sans dépendre systématiquement de la résolution d'une structure cristalline. Ce mémoire présente une nouvelle approche pour analyser les principes moléculaires régissant la reconnaissance du pMHC par le TCR, et l'activation du lymphocyte qui en résulte. Dans un premier temps, nous présentons TCRep 3D, une nouvelle méthode basée sur les modélisations par homologie et ab initio, pour l'étude de propriétés structurales des répertoires de TCR. Le procédé est discuté en détails et comparé à des approches standard. Nous démontrons ainsi que TCRep 3D est le plus performant pour prédire des conformations pertinentes du TCR. Deux applications à des études expérimentales des répertoires TCR sont ensuite présentées. Dans la seconde partie de ce travail nous présentons une étude de complexes TCRpMHC qui donne un aperçu intéressant du mécanisme d'approche du pMHC par le TCR. Finalement, la dernière section se concentre sur l'analyse détaillée d'une étude expérimentale basée sur les échanges deuterium/hydrogène, dont les résultats révèlent que certaines régions clés du domaine constant du TCR sont sujettes à un changement conformationnel lors de la liaison au pMHC. Nous proposons une hypothèse pour la signalisation structurelle des TCR, menant à l'activation du lymphocyte. Celle-ci est basée sur l'analyse des mouvements corrélés observés dans la structure du TCRpMHC.

Analyse de la Vulnérabilité des populations et proposition d’une méthodologie pour l’élaboration d’un PMACC: cas de la municipalité de São Domingos- Cap Vert

Le présent travail avait comme objectif principal l’intégration des stratégies d’adaptation au Changement Climatique dans le Plans Municipaux. Les principales activités économiques de S. Domingos sont l’agriculture, l’élevage et la pêche toutes fortement menacées par le changement climatique. Pour conduire cette étude, nous avons d’abord mené une enquête auprès des principaux auteurs de développement local, à savoir les agriculteurs, les éleveurs et les pêcheurs et, aux des services techniques dans la municipalité, puis dépouiller les informations recueillies. Le dépouillement a été assuré grâce aux logiciels SPSS et CRiSTAL. De l’analyse de la vulnérabilité des populations locales, nous avons conclut que la municipalité est très vulnérable aux effets néfastes du changement climatique. Il ressort une nécessité urgente d’y promouvoir l’adaptation au changement climatique. Un ensemble de mesures d’adaptation considérées prioritaires a été proposé, afin qu’elles soient intégrées dans le PDM, en vue d’une amélioration de la productivité des systèmes agro-sylvopastoraux et halieutiques, dans la municipalité de São Domingos. Le PMACC proposé, en tant qu’outil de planification et de gestion intégrée, naturellement, privilégie une approche intersectorielle et intégrée; il pourra donc apporter un «plus» dans les actions d’adaptation au changement climatique dans la région

Sleep, metabolism and aging

Aging is a multidimensional process of physical, psychological, and social changes. Understanding how we sleep and how this dynamic process evolves across life span will help to identify normal developmental aspects of sleep over time and to create strategies to increase awareness of sleep disturbances and their early management. In normal sleepers from HypnoLaus cohort, we evaluated the effects of age and gender on both subjective and objective sleep measurements. Our results indicate that normal aging is not accompanied by sleep complaints, and when they exist suggest the presence of underlying comorbidities. Polysomnographic data revealed that slow wave sleep was more affected with age in men, and age affected differently NREM and REM spectral power densities. Both sleep structure and spectral analysis profiles may constitute standards to delineate pathological changes in sleep, both for aging women and men. Another important aspect in the management of sleep and its disorders is a detailed characterization of sleep-inducing medications. Gamma-hydroxybutyrate (GHB) is an inhibitory neurotransmitter derivative of GABA, but its mode of action and the range of effects are not well understood. Several properties, as growth hormone stimulation in humans and the development of weight loss in treated patients suggest an unexplored metabolic effect. In different experiments we assessed the effects of acute, short term and chronic GHB administration on central (cerebral cortex) and peripheral (liver) biochemical processes involved in the metabolism of the drug, as well as the effects of the drug on metabolism in C57BL/6J, GABAB knock-out and obese (ob/ob) mice. We showed that GHB treatment affects weight gain in C57BL/6J and GABAB knock-out mice. Metabolomic analysis indicated large central and peripheral metabolic changes induced by GHB with important relevance to its therapeutic use. -- Le vieillissement est un processus multidimensionnel accompagné par de multiples changements dans les domaines physique, psychologique et social. Comprendre comment nous dormons et comment ce processus dynamique évolue sur la durée de vie nous aidera à identifier les aspects normaux du développement du sommeil au fil du temps, et à créer des stratégies pour accroître la connaissance et compréhension des troubles du sommeil et leur prise en charge précoce. Chez les sujets normaux de la cohorte HypnoLaus nous avons évalué les effets de l'âge et du sexe sur les mesures subjectives et objectives du sommeil. Nos résultats indiquent que le vieillissement normal ne s'accompagne pas de troubles du sommeil, et quand ils existent ceux-ci suggèrent la présence de comorbidités sous-jacentes. Les données polysomnographiques ont révélé que le sommeil profond était plus affecté avec l'âge chez les hommes. De plus, nous avons montré comment l'âge modifie la composition spectrale du sommeil lent et paradoxal. La structure du sommeil et les profils d'analyse spectrale peuvent donc constituer des standards permettant de définir les changements pathologiques du sommeil chez les personnes âgées. Parmi les aspects importants de la gestion du sommeil et de ses troubles, la caractérisation détaillée des médicaments hypnotiques utilisés est essentielle. L'acide gamma-hydroxybutyrique (GHB) est un acide gras à courte chaîne dérivé du GABA, principal neurotransmetteur inhibiteur du cerveau, mais son mode d'action et tous ses effets sont toujours largement méconnus. Plusieurs propriétés, comme la stimulation de la sécrétion de l'hormone de croissance chez l'homme et le développement d'une perte de poids chez les patients traités suggèrent un effet métabolique inexploré. Dans différentes expériences, nous avons évalué les effets d'une exposition aiguë, à court terme et chronique de GHB sur les processus biochimiques centraux (cortex cérébral) et périphériques (foie) impliqués dans le métabolisme du médicament. Nous avons aussi évalué les effets du médicament sur le métabolisme des souris C57BL/6J, GABAB KO et obèses (ob/ob). Nos résultats ont montré que le GHB diminue le gain de poids chez les souris C57BL/6J et GABAB KO. L'analyse métabolomique a indiqué des changements importants induits par GHB au niveau central et périphérique, et ces effets sont importants pour son utilisation thérapeutique.

Os Problemas Ambientais em Cabo Verde - Políticas e Medidas de Protecção Ambiental

A presente dissertação teve como finalidade analisar os Problemas Ambientais em Cabo Verde, com destaque para as políticas e medidas implementadas no período que decorre de 1975 a 2010. Para tal, centrou-se no confronto de resultados de estudos que permitiram uma comparação entre os Concelhos da Praia e de São Salvador do Mundo, localizados no sul e no centro da ilha de Santiago, respectivamente. Como ponto de partida, fez-se uma caracterização climática/ambiental do país, salientando a sua fragilidade ambiental através de uma estreita ligação entre as suas características naturais e o estado de ambiente para delinear a evolução das medidas políticas e jurídicas tomadas no sentido de combater ou minimizar os problemas existentes. Todo o trabalho empírico foi realizado nos concelhos acima referidos, com base nos inquéritos efectuados junto dos moradores, escolas, técnicos e políticos que lidam com a problemática ambiental nesses Concelhos. Posteriormente, foi possível analisar profundamente as principais causas da degradação ambiental nos dois Concelhos como a pobreza, a escassez de água, o saneamento básico, o aumento da população, o êxodo rural e as construções clandestinas, estabelecendo uma correlação entre estas e o desenvolvimento económico-social e a qualidade de vida dos seus habitantes. Finalmente, expôs-se o trabalho realizado e o que se perspectiva fazer para sua mitigação, privilegiando a vertente pedagógica, destacando a importância do envolvimento de grupos comunitários para prossecução de acções diversificadas de sensibilização, de programação e da formação em paralelo com o reforço de fiscalização para melhor aplicação de normas existentes.

Développement des filières agricoles et promotion des marchés

Le Gouvernement Capverdien avec l´assistance de la FAO à élaborer une stratégie de développement du secteur agricole au sens large, à long terme (horizon 2015) ainsi qu‟un Plan d‟action correspondant pour le moyen terme. Dans le cadre de l´initiative de la CEDEAO, Cap Vert c´est lance dans l‟élaboration de la présente sub-composante que s‟inscrit dans le cadre de l‟appui à la Formulation et mise en oeuvre d‟un Programme National d‟ Investissement Agricole (PNIA) pour la mise en oeuvre du PDDAA/NEPAD. Le document de stratégie de réduction de la pauvreté (DECRP) du pays indique la sécurité alimentaire et la garantie de la cohésion sociale en milieu rural comme les axes stratégiques centraux et dans le cadre des stratégies nationales de lutte contre la pauvreté et de sécurité alimentaire, le gouvernement du Cap-Vert a adoptée et mis en oeuvre un certain nombre de programmes pour lever les contraintes multiples auxquelles le pays est confronté, et relancer le secteur agricole. La vision stratégique de développement à court et moyen termes du Gouvernement est présentée dans le document intitulé „Grandes Options du Plan‟, basés sur les orientations suivantes: a. Promouvoir la bonne gouvernance comme facteur de développement, en réformant l‟Etat, en intensifiant la démocratie et en renforçant la citoyenneté, b. Promouvoir la capacité entrepreneur, la compétitivité et la croissance ; élargir la base productive, c. Développer le capital humain et orienter le système d‟enseignement/ formation vers les domaines prioritaires de développement, d. Promouvoir une politique globale de développement social, luttant contre la pauvreté et renforçant la cohésion et la solidarité, e. Développer des infrastructures de base et économiques et promouvoir l‟aménagement du territoire pour un développement équilibré. Étant un secteur important de l‟activité économique et sociale du Cap-Vert, l‟agriculture doit jouer les rôles fondamentaux ci-après: améliorer les conditions d‟existence durable des ruraux par la promotion d‟une approche intégrée du développement des communautés rurales, en misant sur le développement agrosylvo-pastoral comme axe fondamental,  renforcer la sécurité alimentaire des populations rurales et urbaines, l‟approvisionnement du marché interne et le développement du secteur touristique en plein essor. Le gouvernement préconise la modernisation de l‟agriculture, la déconcentration des services et institutions d‟appui a la production, la promotion de la compétitivité dans l‟agriculture et la pêche, notamment par l‟élargissement et la diversification de la base productive. La modernisation du secteur agricole et le développement rural par l‟introduction de nouvelles technologies pour l‟intensification et la diversification, doivent assurer le renforcement du tissu économique rural. A cet effet, la croissance durable de la production agricole dépend prioritairement de mesures de rationalisation et d‟optimalisation de l‟utilisation de l‟eau d‟irrigation. Les orientations devront privilégier le montage de mécanismes d‟investissements dirigés vers une nouvelle agriculture spécialisée, complétée par la formation agro-alimentaire, et le développement d‟autres secteurs stratégiques et, particulièrement le tourisme. Les orientations stratégiques pour le secteur agricole, sont identifiées comme suit :  la réorganisation de la production pluviale (végétale et animale) en vue de renforcer la capacité productive et la protection de ces zones,  la diversification des activités de production et la prestation des services en milieu rural, élargissant ainsi la base productive, en accord avec les grandes orientations du Plan Stratégique,  le développement et la valorisation de l‟écotourisme.