Utilitarianism and Buddist ethics: a comparative approach to the ethics of animal research

This thesis explores the comparison utilitarianism and Buddhist ethics as they can be applied to animal research. It begins by examining some of the general discussions surrounding the use of animals in research. The historical views on the moral status of animals, the debate surrounding their use in animals, as well as the current 3R paradigm and its application in Canadian research are explored. The thesis then moves on to expound the moral system of utilitarianism as put forth by Jeremy Bentham and John Stuart Mill, as well as contemporary additions to the system. It also looks at the basics of Buddhist ethics well distinguishing the Mahayana from the Therevada. Three case studies in animal research are used to explore how both systems can be applied to animal research. It then offers a comparison as to how both ethical systems function within the field of animal research and explores the implications in their application on its practice.

A phenomenological approach to understanding the psychological response to chronic low back pain

Chronic low back pain (CLBP) is a complex health problem of psychological manifestations not fully understood. Using interpretive phenomenological analysis, 11 semi-structured interviews were conducted to help understand the meaning of the lived experience of CLBP; focusing on the psychological response to pain and the role of depression, catastrophizing, fear-avoidance behavior, anxiety and somatization. Participants characterized CLBP as persistent tolerable low back pain (TLBP) interrupted by periods of intolerable low back pain (ILBP). ILBP contributed to recurring bouts of helplessness, depression, frustration with the medical system and increased fear based on the perceived consequences of anticipated recurrences, all of which were mediated by the uncertainty of such pain. During times of TLBP all participants pursued a permanent pain consciousness as they felt susceptible to experience a recurrence. As CLBP progressed, participants felt they were living with a weakness, became isolated from those without CLBP and integrated pain into their self-concept.

Chemoenzymatic synthesis of amaryllidaceae alkaloids and their C-1 analogues : symmetry based approach to total synthesis of thebaine

Described herein is the chemoenzymatic total synthesis of several Amaryllidaceae constituents and their unnatural C-I analogues. A new approach to pancratistatin and related compounds will be discussed along with the completed total synthesis of 7 -deoxypancratistatin and trans-dihydrolycoricidine. Evaluation of all new C-l analogues as cancer cell growth inhibitory agents is described. The enzymatic oxidation of dibromobenzenes by Escherichia coli 1M 109 (pDTG60 1) is presented along with conversion of their metabolites to (-)-conduritol E. Investigation into the steric and functional factors governing the enzymatic dihydroxylation of various benzoates by the same organism is also discussed. The synthetic utility of these metabolites is demonstrated through their conversion to pseudo-sugars, aminocyclitols, and complex bicyclic ring systems. The current work on the total synthesis of some morphine alkaloids is also presented. Highlighted will be the synthesis of several model systems related to the efficient total synthesis of thebaine.

A Pragmatic Approach to Ethical Inquiry on Transhuman Athletes and Gene Doping in Sport

Gene doping is the most recent addition to the list of banned practices formulated by the World Anti-doping Agency. It is a subset of doping that utilizes the technology involved in gene therapy. The latter is still in the experimental phase but has the potential to be used as a type of medical treatment involving alterations of a patient‘s genes. I apply a pragmatic form of ethical inquiry to evaluate the application of this medical innovation in the context of sport for performance-enhancement purposes and how it will affect sport, the individual, society and humanity at large. I analyze the probable ethical implications that will emerge from such procedures in terms of values that lie at the heart of the major arguments offered by scholars on both affirmative and opposing sides of the debate on gene doping, namely fairness, autonomy and the conception of what it means to be human.

A Psychosocial Approach to Understanding Causality Assessment in Early Phase Oncology Clinical Trials: A Phenomenological Study

Research Question: What are the psychosocial factors that affect causality assessment in early phase oncology clinical trials? Methods: Thirty-two qualitative interviews were explicated with the aid of “Naturalistic Decision Making”. Data explication consisted of phenomenological reduction, delineating and clustering meaning units, forming themes, and creating a composite summary. Participants were members of the National Cancer Institute of Canada’s Clinical Trial Group Investigative New Drug committee. Results: The process of assigning causality is extremely subjective and full of uncertainty. Physicians had no formal training, nor a tool to assist them with this process. Physicians were apprehensive about their decisions and felt pressure from their patients, as well as the pharmaceutical companies sponsoring the trial. Conclusions: There are many problem areas when attributing causality, all of which have serious consequences, but clinicians used a variety of methods to cope with these problem areas.

Utilizing a Phenomenological Approach to Examine the Experience of Sexuality for Women Concerned about Urinary Incontinence following Spinal Cord Injury

Sexuality after spinal cord injury (SCI) is a complex issue that is influenced by a number of social, psychological and physiological factors, one of which is urinary incontinence (UI). Using a phenomenological approach, seven mixed methods interviews combining both the interview guide and standardized open-ended approaches were conducted to examine the experience of sexuality for women who are concerned about UI following SCI. Sexual function was one of the top priorities for the women after SCI, and UI was one of the main concerns the women had regarding sexuality. The findings of this study demonstrate that various dimensions of intimacy and the sexual experience as a whole were affected by UI, and the women discussed both physical and psychological concerns. The main issues regarding sexuality included concerns related to relationships, frustrations with limited sexual activities and the difficulty of being sexually satisfied, the number of unanswered questions and concerns, and a fear of being hurt or injured while participating in sexual activities. The main concerns regarding UI were embarrassment, the work and inconvenience involved with the clean-up of UI, bladder infections, the lack of accessible washrooms, and the negative effects of UI medications. When examining sexuality and UI together, the major issues were the constant comparison to the way things were before SCI, as well as the new concerns that the women did not have to worry about previously, worrying about how their partner would react if UI were to occur during sexual activity, and the impact of their own feelings toward UI on sexuality, a connection between pleasurable sexual sensations and UI as well as difficulty differentiating between the sensation of UI with the sensation of UI, dealing with infected urine during sexual activity, having to discuss UI with a new potential sexual partner, and a fear of rejection. Other identified issues included those related to body image, a lack of resources, Doctors who were inadequately educated regarding SCI, and issues related to both having and raising children. There is a significant shortage of information available for women with SCI to use as a resource regarding sexual function in general, and sexual function as it relates to UI. It is necessary that future work focus on creating resources to assist in this area, and that the dissemination of those resources becomes both appropriate and effective. Addressing sexual function and UI which are among the top concerns for this population has the opportunity to greatly improve quality of life (QOL) for these individuals.

Polynuclear Ni(II) Complexes with Schiff Bases as Bridging Ligands: A Molecular Approach to Nanoscience

The initial employment of N-salicylidene-2-amino-5-chlorobenzoic acid (sacbH2) as bridging/chelating ligand in metal cluster chemistry has provided access to five new polynuclear NiII complexes with large nuclearities, unprecedented metal core topologies, and interesting magnetic properties. The obtained results are presented in two projects. The first project includes the investigation of the general Ni2+/RCO2-/sacbH2 reaction system (where R- = CH3-, But-, ButCH2-) in which the nature of the carboxylic acid was found to be of crucial importance, affecting enormously the nuclearity of the resulting complexes. The second project deals with the study of the general Ni2+/X-/sacbH2 reaction system (where X- = inorganic anions) under basic conditions, yielding new cluster compounds with molecular chain-like structures and ferromagnetic exchange interactions between the metal centers.

Approach to the Synthesis of Aza-Analogues of Narciclasine through an Intramolecular Heck Reaction

This thesis describes work towards the total synthesis of a 7-aza analogue of the Amaryllidaceae alkaloid narciclasine, a potent anticancer compound which suffers from a poor solubility profile. A key strategy in the formation of the C-ring is the biotransformation of bromobenzene by E.coli JM109. The densely substituted heterocyclic A-ring is obtained by sequential directed ortho-metalation and the fragment union accomplished with an amide coupling and subsequent intramolecular Heck reaction.

The Axiomatic Approach to Population Ethics

This paper examines several families of population principles in the light of a set of axioms. In addition to the critical-level utilitarian, number-sensitive critical-level utilitarian and number-dampened families and their generalized counterparts, we consider the restricted number-dampened family (suggested by Hurka) and introduce two new families : the restricted critical-level and restricted number-dependent critical-level families. Subsets of the restricted families have nonnegative critical levels and avoid both the repugnant and sadistic conclusions but fail to satisfy an important independence condition. We defend the critical-level principles with positive critical levels.

Monte Carlo Tests with Nuisance Parameters: A General Approach to Finite-Sample Inference and Nonstandard Asymptotics

The technique of Monte Carlo (MC) tests [Dwass (1957), Barnard (1963)] provides an attractive method of building exact tests from statistics whose finite sample distribution is intractable but can be simulated (provided it does not involve nuisance parameters). We extend this method in two ways: first, by allowing for MC tests based on exchangeable possibly discrete test statistics; second, by generalizing the method to statistics whose null distributions involve nuisance parameters (maximized MC tests, MMC). Simplified asymptotically justified versions of the MMC method are also proposed and it is shown that they provide a simple way of improving standard asymptotics and dealing with nonstandard asymptotics (e.g., unit root asymptotics). Parametric bootstrap tests may be interpreted as a simplified version of the MMC method (without the general validity properties of the latter).

Toward a broader approach to the study of infant attachment : links between maternal autonomy-support, attachment state of mind, maternal sensitivity, and infant security of attachment

Dans le but d’examiner les mécanismes qui sous-tendent le développement de la sécurité d’attachement chez l’enfant, Grossmann et al. (1999; 2008) proposent une perspective plus vaste de l’étude de l’attachement chez l’enfant, examinant les comportements parentaux pertinents aux deux côtés de l’équilibre entre le système d’attachement et le système d’exploration. La thèse se base sur cette approche pour explorer la relation entre la sécurité d’attachement chez l’enfant et deux comportements maternels, soit la sensibilité maternelle et le soutien à l’autonomie maternel, de même que la relation entre ces deux comportements et l’état d’esprit maternel face à l’attachement. Le premier article propose que la théorie de l’autodétermination, avec ses études empiriques portant sur les comportements parentaux liés à l’exploration, offre une perspective utile pour l’étude des comportements d’exploration dans le cadre de l’équilibre attachement/exploration. L’article présente une revue théorique et empirique des domaines de l’attachement et de la théorie de l’autodétermination et souligne des analogies conceptuelles et empiriques entre les deux domaines, en plus de décrire la façon dont ils se complètent et se complémentent. Le deuxième article étudie les liens entre la sensibilité maternelle, le soutien à l’autonomie maternel et la sécurité d’attachement chez l’enfant. Soixante et onze dyades ont participé à deux visites à domicile. La sensibilité maternelle a été évaluée lorsque les enfants étaient âgés de 12 mois, alors que le soutien à l’autonomie maternel et la sécurité d’attachement chez l’enfant l’ont été lorsque les enfants avaient atteint l’âge de 15 mois. Les résultats indiquent que le soutien à l’autonomie maternel explique une portion significative de la variance de la sécurité d’attachement, et ce, après avoir contrôlé pour la sensibilité maternelle et le statut socio-économique. Le troisième article examine les relations entre deux dimensions de l’état d’esprit maternel face à l’attachement (esquivant et préoccupé/non-résolu), la sensibilité maternelle et le soutien à l’autonomie maternel. Soixante et onze dyades ont participé à trois visites à domicile. L’Entrevue d’Attachement Adulte (EAA) a été administrée lorsque les enfants étaient âgés de 8 mois, la sensibilité maternelle a été évaluée alors qu’ils avaient atteint l’âge de 12 mois et le soutien à l’autonomie maternel, lorsqu’ils avaient 15 mois. Les résultats révèlent qu’après avoir contrôlé pour le statut socio-économique, la sensibilité maternelle est liée de façon négative à la dimension « esquivant » de l’EAA, alors que le soutien à l’autonomie maternel est lié de façon négative à la dimension « préoccupé/non-résolu ». Les résultats présentés dans le deuxième et le troisième article sont discutés, de même que de leurs répercussions théoriques et cliniques. Des questions susceptibles de guider des recherches futures sont proposées.

The decoupling approach to quantum information theory

La théorie de l'information quantique étudie les limites fondamentales qu'imposent les lois de la physique sur les tâches de traitement de données comme la compression et la transmission de données sur un canal bruité. Cette thèse présente des techniques générales permettant de résoudre plusieurs problèmes fondamentaux de la théorie de l'information quantique dans un seul et même cadre. Le théorème central de cette thèse énonce l'existence d'un protocole permettant de transmettre des données quantiques que le receveur connaît déjà partiellement à l'aide d'une seule utilisation d'un canal quantique bruité. Ce théorème a de plus comme corollaires immédiats plusieurs théorèmes centraux de la théorie de l'information quantique. Les chapitres suivants utilisent ce théorème pour prouver l'existence de nouveaux protocoles pour deux autres types de canaux quantiques, soit les canaux de diffusion quantiques et les canaux quantiques avec information supplémentaire fournie au transmetteur. Ces protocoles traitent aussi de la transmission de données quantiques partiellement connues du receveur à l'aide d'une seule utilisation du canal, et ont comme corollaires des versions asymptotiques avec et sans intrication auxiliaire. Les versions asymptotiques avec intrication auxiliaire peuvent, dans les deux cas, être considérées comme des versions quantiques des meilleurs théorèmes de codage connus pour les versions classiques de ces problèmes. Le dernier chapitre traite d'un phénomène purement quantique appelé verrouillage: il est possible d'encoder un message classique dans un état quantique de sorte qu'en lui enlevant un sous-système de taille logarithmique par rapport à sa taille totale, on puisse s'assurer qu'aucune mesure ne puisse avoir de corrélation significative avec le message. Le message se trouve donc «verrouillé» par une clé de taille logarithmique. Cette thèse présente le premier protocole de verrouillage dont le critère de succès est que la distance trace entre la distribution jointe du message et du résultat de la mesure et le produit de leur marginales soit suffisamment petite.

A phylogenomics approach to resolving fungal evolution, and phylogenetic method development

Bien que les champignons soient régulièrement utilisés comme modèle d'étude des systèmes eucaryotes, leurs relations phylogénétiques soulèvent encore des questions controversées. Parmi celles-ci, la classification des zygomycètes reste inconsistante. Ils sont potentiellement paraphylétiques, i.e. regroupent de lignées fongiques non directement affiliées. La position phylogénétique du genre Schizosaccharomyces est aussi controversée: appartient-il aux Taphrinomycotina (précédemment connus comme archiascomycetes) comme prédit par l'analyse de gènes nucléaires, ou est-il plutôt relié aux Saccharomycotina (levures bourgeonnantes) tel que le suggère la phylogénie mitochondriale? Une autre question concerne la position phylogénétique des nucléariides, un groupe d'eucaryotes amiboïdes que l'on suppose étroitement relié aux champignons. Des analyses multi-gènes réalisées antérieurement n'ont pu conclure, étant donné le choix d'un nombre réduit de taxons et l'utilisation de six gènes nucléaires seulement. Nous avons abordé ces questions par le biais d'inférences phylogénétiques et tests statistiques appliqués à des assemblages de données phylogénomiques nucléaires et mitochondriales. D'après nos résultats, les zygomycètes sont paraphylétiques (Chapitre 2) bien que le signal phylogénétique issu du jeu de données mitochondriales disponibles est insuffisant pour résoudre l'ordre de cet embranchement avec une confiance statistique significative. Dans le Chapitre 3, nous montrons à l'aide d'un jeu de données nucléaires important (plus de cent protéines) et avec supports statistiques concluants, que le genre Schizosaccharomyces appartient aux Taphrinomycotina. De plus, nous démontrons que le regroupement conflictuel des Schizosaccharomyces avec les Saccharomycotina, venant des données mitochondriales, est le résultat d'un type d'erreur phylogénétique connu: l'attraction des longues branches (ALB), un artéfact menant au regroupement d'espèces dont le taux d'évolution rapide n'est pas représentatif de leur véritable position dans l'arbre phylogénétique. Dans le Chapitre 4, en utilisant encore un important jeu de données nucléaires, nous démontrons avec support statistique significatif que les nucleariides constituent le groupe lié de plus près aux champignons. Nous confirmons aussi la paraphylie des zygomycètes traditionnels tel que suggéré précédemment, avec support statistique significatif, bien que ne pouvant placer tous les membres du groupe avec confiance. Nos résultats remettent en cause des aspects d'une récente reclassification taxonomique des zygomycètes et de leurs voisins, les chytridiomycètes. Contrer ou minimiser les artéfacts phylogénétiques telle l'attraction des longues branches (ALB) constitue une question récurrente majeure. Dans ce sens, nous avons développé une nouvelle méthode (Chapitre 5) qui identifie et élimine dans une séquence les sites présentant une grande variation du taux d'évolution (sites fortement hétérotaches - sites HH); ces sites sont connus comme contribuant significativement au phénomène d'ALB. Notre méthode est basée sur un test de rapport de vraisemblance (likelihood ratio test, LRT). Deux jeux de données publiés précédemment sont utilisés pour démontrer que le retrait graduel des sites HH chez les espèces à évolution accélérée (sensibles à l'ALB) augmente significativement le support pour la topologie « vraie » attendue, et ce, de façon plus efficace comparée à d'autres méthodes publiées de retrait de sites de séquences. Néanmoins, et de façon générale, la manipulation de données préalable à l'analyse est loin d’être idéale. Les développements futurs devront viser l'intégration de l'identification et la pondération des sites HH au processus d'inférence phylogénétique lui-même.