Applications of MALDI-TOF mass spectrometry in clinical diagnostic microbiology.

Until recently, microbial identification in clinical diagnostic laboratories has mainly relied on conventional phenotypic and gene sequencing identification techniques. The development of matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) devices has revolutionized the routine identification of microorganisms in clinical microbiology laboratories by introducing an easy, rapid, high throughput, low-cost, and efficient identification technique. This technology has been adapted to the constraint of clinical diagnostic laboratories and has the potential to replace and/or complement conventional identification techniques for both bacterial and fungal strains. Using standardized procedures, the resolution of MALDI-TOF MS allows accurate identification at the species level of most Gram-positive and Gram-negative bacterial strains with the exception of a few difficult strains that require more attention and further development of the method. Similarly, the routine identification by MALDI-TOF MS of yeast isolates is reliable and much quicker than conventional techniques. Recent studies have shown that MALDI-TOF MS has also the potential to accurately identify filamentous fungi and dermatophytes, providing that specific standardized procedures are established for these microorganisms. Moreover, MALDI-TOF MS has been used successfully for microbial typing and identification at the subspecies level, demonstrating that this technology is a potential efficient tool for epidemiological studies and for taxonomical classification.

In vitro characterization of immune-related properties of human fetal bone cells for potential tissue engineering applications.

We describe herein some immunological properties of human fetal bone cells recently tested for bone tissue-engineering applications. Adult mesenchymal stem cells (MSCs) and osteoblasts were included in the study for comparison. Surface markers involved in bone metabolism and immune recognition were analyzed using flow cytometry before and after differentiation or treatment with cytokines. Immunomodulatory properties were studied on activated peripheral blood mononuclear cells (PBMCs). The immuno-profile of fetal bone cells was further investigated at the gene expression level. Fetal bone cells and adult MSCs were positive for Stro-1, alkaline phosphatase, CD10, CD44, CD54, and beta2-microglobulin, but human leukocyte antigen (HLA)-I and CD80 were less present than on adult osteoblasts. All cells were negative for HLA-II. Treatment with recombinant human interferon gamma increased the presence of HLA-I in adult cells much more than in fetal cells. In the presence of activated PBMCs, fetal cells had antiproliferative effects, although with patterns not always comparable with those of adult MSCs and osteoblasts. Because of the immunological profile, and with their more-differentiated phenotype than of stem cells, fetal bone cells present an interesting potential for allogeneic cell source in tissue-engineering applications.

Timing applications of growth regulators to alter spring cereal development at high latitudes

Selostus: Aikaisen ja tavanomaisen kasvunsäädekäsittelyn vaikutus kevätviljojen kasvustoon ja satoon

Clinical proteomics : a focus on transformed human T and B lymphocytes

Résumé large public La protéomique clinique est une discipline qui vise l'étude des protéines dans un but diagnostique ou thérapeutique. Nous avons utilisé cette approche pour étudier les lymphocytes T «tueurs » ou cytotoxiques qui font partie des globules blancs du système sanguin et agissent dans la lutte contre les infections et les tumeurs. Ces cellules sont impliquées dans l'immunothérapie cellulaire qui se fonde sur la capacité naturelle des ces lymphocytes à repérer les cellules tumorales et à les détruire. L'introduction du gène de la télomérase dans les lymphocytes T résulte en une prolongation de leur longévité, ce qui en ferait des candidats intéressants pour l'immunothérapie cellulaire. Il subsiste cependant des doutes quant aux conséquences de l'utilisation de ces lymphocytes «immortalisés ». Pour répondre à cette question, nous avons comparé le profile protéique de lymphocytes T cytotoxiques «jeunes » et vieux » avec celui des lymphocytes «immortalisés ». Nous avons trouvé que ces derniers présentent une double face et partagent à la fois les caractéristiques de la jeunesse et de la vieillesse. Dans une seconde étude de protéomique clinique, nous nous sommes penchés sur les lymphocytes B «immortalisés » cette fois-ci non pas avec la télomérase, mais avec le virus d'Epstein-Barr. Ces derniers sont utilisés comme modèle dans l'étude de la leucodystrophie, une maladie génétique rare qui affecte le cerveau. Notre but est d'identifier des marqueurs biologiques potentiels qui pourraient aider le diagnostic et le traitement de cette maladie neurodégénérative. Nous avons pour ce faire comparé les profiles protéiques des lymphocytes B «immortalisés » provenant d'individus sains et malades. Malheureusement, notre analyse n'a pas révélé de différences notoires entre ces deux classes de lymphocytes. Ceci nous permet toutefois de conclure que la maladie n'affecte pas la synthèse des protéines de manière prépondérante dans ces cellules sanguines. En résumé, le travail présenté dans cette thèse montre à la fois le potentiel et les limites de l'analyse des protéines lymphocytaires, dans différentes situations biologiques. Résumé La protéomique clinique ouvre la porte vers de multiples horizons relatifs au traitement de diverses maladies. Ce domaine particulier alliant la protéomique à la médecine, implique l'intervention de la biologie moléculaire et cellulaire. Dans notre étude, nous nous sommes d'abord intéressés aux lymphocytes T CD8+ cytotoxiques dans le contexte de l'immunothérapie adoptive. Le fondement de cette thérapie repose sur la capacité naturelle de ces lymphocytes à reconnaître les cellules tumorales et à les détruire chez les patients atteints de cancer. L'introduction du gène de la transcriptase réverse de la télomérase (hTERT) dans les lymphocytes T humains permet de rallonger leur durée de vie, sans toutefois induire d'altérations liées à la transformation. Cependant, des incertitudes subsistent quant à la ressemblance physiologique et biochimique entre ces cellules surexprirnant la télomérase et les cellules normales. Afin de répondre à cette question, nous avons comparé l'expression des protéines de lymphocytes humains T CD8+ «jeunes » et «vieux »avec celle de lymphocytes transduits avec hTERT. Nous avons trouvé que les lymphocytes T surexprimant la télomérase ont un profile protéique intermédiaire, avec certaines expressions protéiques similaires aux jeunes cellules T et d'autres se rapprochant des cellules vieilles. Dans la seconde partie de notre étude, nous nous sommes intéressés aux lymphocytes B transformés avec le virus d'Epstein-Barr provenant de patients atteints d'une maladie génétique rare du cerveau, la leucodystrophie. Dans cette maladie, des mutations dans le facteur de transcription eIF2B, impliqué dans la synthèse protéique, ont été trouvées. Afin d'analyser les conséquences de ces mutations et de trouver des biomarqueurs spécifiques à cette maladie, nous avons effectué une analyse protéomique des lymphoblastes provenant de malades et d'individus sains. Nous avons trouvé que les mutations dans le complexe ubiquitaire eIF2B n'affectent pas de manière significative l'expression des protéines des lymphoblastes mutés. En conclusion, notre travail illustre le potentiel et les limitations des technologies protéomiques utilisées pour disséquer l'implication des protéines dans différentes situations biologiques. Summary Clinical proteomics opens the door to multiple applications related to the treatment of diseases. This particular field is at the crossroad of proteomics and medicine and involves tools from cellular and molecular biology. We focused first our investigations on cytotoxic T cells in the context of adoptive immunotherapy, which is an interesting and evolving field. The basis of this therapy relies on the natural capacity of cytotoxic CD8+ T lymphocytes in recognizing tumor cells and destroying them in cancer patients. As their number is reduced, the idea would be to use transformed T lymphocytes with extended life span. Overexpression of telomerase into human T lymphocytes results in the extension of their replicative life span, but it still remains unclear whether these cells are physiologically indistinguishable from normal ones. To address this question, we compared the proteome of young and aged CD8+ T lymphocytes with that of T cells transduced with hTERT and found that the latter cells displayed an intermediate protein pattern, sharing similar protein expression with young, but also with aged T cells. We were then interested in studying Epstein-Barr virus transformed B lymphocytes in the context of a rare human brain genetic disorder called leukodystrophy. In this disease, mutations in the ubiquitous factor eIF2B involved in protein synthesis and its regulation have been reported. In order to analyze the functional consequences of the mutations and to find out specific biomarkers of eIF2B-related disorders, proteomic and peptidomic studies were carried out on lymphoblasts from eIF2Bmutated patients versus healthy patients. Following two-dimensional gel electrophoresis and mass fingerprints, mutations in the eIF2B complex did not appear to significantly affect the proteome of the mutated lymphoblasts extracts. To conclude, our work emphasizes the potentials and the limitations of the proteomic technologies used to analyze the role of lymphocyte proteins in different biological situations.

Bicelles: new nano systems for skin applications

Bicellar systems are lipid nanostructures formed by long- and short-chained phospholipids dispersed in aqueoussolution. Because of their attractive combination of lipid composition, small size and morphological versatility, bicellesbecame new targets for skin research. Bicelles modify the skin biophysical parameters and modulate the skin barrier function acting as enhancers for drug penetration. Moreover, these aggregates have the ability to penetrate through the narrowintercellular spaces of the skin stratum corneum and to reinforce its lipid lamellae. Their structures allows for the incorporation of different molecules that can be carried through the skin layers. Theremarkable versatility of bicelles is their most important characteristic, which makes it possible their use in different fields.These aggregates represent new nanosystems for skin applications. In this work we provide an overview of the main properties ofbicelles and their effects on the skin.

Valoriser le géopatrimoine par la médiation indirecte et la visualisation des objets géomorphologiques

Résumé: Valoriser le géopatrimoine par la médiation indirecte et la visualisation des objets géomorphologiques Le géopatrimoine regroupe des objets géologiques lato sensu auxquels certaines valeurs sont attribuées, en fonction de leur intérêt pour la science, de leur rareté, de leurs particularités culturelles ou écologiques, etc. Valoriser le géopatrimoine signifie avant tout faire partager cette approche aux non-spécialistes, en expliquant ce qui fait la valeur de ces objets. Cette valorisation peut s'effectuer, entre autres, sous la forme d'une activité touristique et contribuer ainsi au développement régional. Faire comprendre l'origine, la singularité et la valeur des formes du relief implique le recours à une communication éducative, désignée par le terme de médiation. Les implications de la dimension éducative du processus, comme la prise en compte des connaissances et attentes du public, la création d'un environnement favorable à l'apprentissage ou l'attractivité du contenu, sont souvent négligées. Du point de vue conceptuel, un modèle de la médiation indirecte (c'est-à-dire au moyen de supports médiatiques) a été proposé et appliqué au développement empirique de produits de médiation et à leur évaluation. Ce modèle ne garantit pas la réussite de la communication éducative, mais contribue à créer un cadre favorable au processus. De plus, plusieurs lignes directrices pour le choix du type de média et sa mise en forme ont été définies sur la base d'une compilation de résultats de la psychologie cognitive sur l'usage des médias pour l'apprentissage. Des méthodes qualitatives et quantitatives variées ont été mobilisées : enquêtes par questionnaire ex situ et in situ, auprès des visiteurs de géomorphosites de montagne, réalisation de médias interactifs testés ensuite auprès de divers publics (parcours enregistré, pré- et post-questionnaires) et entretiens collectifs. Les résultats obtenus éclairent divers aspects de la problématique. L'étude du public a montré, par exemple, que le géotourisme possède un réel public parmi les visiteurs des sites de montagnes : trois-quarts d'entre eux expriment de l'intérêt pour des explications sur la géologie et l'évolution du paysage. Cette thèse a exploré ces aspects liés au processus d'apprentissage en se focalisant sur les médias visuels, surtout interactifs. La plupart des médias visuels couramment utilisés en géomorphologie ont été considérés. Le développement de versions interactives de ces médias sous forme d'applications web a fourni un aperçu concret des possibilités des nouvelles technologies. Les utilisateurs apprécient en particulier a richesse du contenu, le haut degré d'interactivité et la variété de ces applications. De tels médias incitent à visiter le site naturel et semblent aussi répondre aux intérêts de publics variés. Abstract: Geoheritage promotion through non-personal interpretation and visualisation of geomorphological features Geoheritage concerns all geological features lato sensu to which some values are attributed, according to their scientific interest, their rarity, their cultural or ecological dimensions, etc. Geoheritage promotion implies sharing this point of view with non-specialists, explaining what gives value to those objects. Geotourism is one of the many ways to achieve geoheritage promotion, while contributing also to regional development. In order to make non-specialists understand the origin, the specificity and the value of landforms, educational communication is needed, that is called interpretation (French: médiation). This education dimension has several, and often neglected, implications, like taking into account public's knowledge and expectations, creating a favourable learning environment, attractive design, etc. From the conceptual point of view, a model for non-personal interpretation has been proposed and applied for the empirical development and for the assessment of interpretive products. This model does not guarantee success of educational communication, but help creating a favourable environment for this process. Moreover, some guidelines were defined from a compilation of several results of cognitive psychology on media use for learning. They guide the choice of the kind of media and its design. Several qualitative and quantitative methods were applied: survey questionnaires ex situ and in situ by mountain geomorphosites visitors, interactive medias developed and then tested by different kinds of users (with usertracking, pre- and post-survey questionnaires), group interviews. The results answered different aspects of the research questions. Visitor surveys revealed for example that geotourism could attract many visitors of mountain areas: three quarters of them say they are interested in getting explanations about geology and landscape (in particular its dynamic dimensions). This thesis examined those aspects with a focus on visual medias, both statics and interactive. Most of currently used medias in geomorphology were considered. Interactive versions of those medias were developed in web applications; they gave a concrete overview on the opportunities that new technologies offer. The content richness, the high interaction level and the diversity of the applications are the most liked aspects by the users. Such medias drive to visit the natural site and seem to correspond to the interests of various kinds of publics. Zusammenfassung: Aufwertung des erdwissenschaftlichen Erbes durch mediale Vermittlung und Visualisierung von geomorphologischen Objekten Das erdwissenschaftliche Erbe besteht aus geologischen Gegebenheiten lato sensu, denen entsprechend ihrer Bedeutung für die Wissenschaft, ihrer Seltenheit, ihrer kulturellen oder ökologischen Besonderheiten usw. bestimmte Werte zugeordnet werden. Das erdwissenschaftliche Erbe aufzuwerten bedeutet in erster Linie, diesen Ansatz Nichtspezialisten näher zu bringen, indem ihnen erklärt wird, was den Wert dieser Gegebenheiten ausmacht. Dies kann etwa im Rahmen eines touristischen Angebots geschehen und so die regionale Entwicklung unterstützen. Um Entstehung, Besonderheit und Wert von Geländeformen verständlich zu machen, wird eine pädagogische Kommunikationsform verwendet, die als mediale Vermittlung (franz. médiation) bezeichnet wird. Die Bedeutung der pädagogischen Dimension des Vermittlungsprozesses wie etwa der Einbezug des Wissens und der Erwartungen des Publikums, die Gestaltung eines positiven Lernklimas oder die Attraktivität des Inhalts wird oft vernachlässigt. Auf konzeptueller Ebene wurde ein Modell der indirekten Interpretation erarbeitet (d. h. anhand von Medien), das bei der empirischen Entwicklung der Interpretationsprodukte und ihrer Evaluation Anwendung fand. Dieses Modell garantiert zwar nicht den Erfolg der pädagogischen Kommunikation. Es trägt aber dazu bei, einen für den Prozess günstigen Kontext zu schaffen. Des Weiteren wurden mehrere Richtlinien für die Wahl des Medientyps und dessen Ausgestaltung anhand einer Zusammenstellung von Resultaten der kognitiven Psychologie über den Gebrauch von Medien in Lernprozessen definiert. Es wurden verschiedene qualitative und quantitative Methoden eingesetzt: Befragung mittels Fragebogen der Besucher von geomorphologischen Geotopen im Gebirge - ex situ und in situ -, Erarbeitung von interaktiven Medien, die anschliessend anhand verschiedener Zielgruppen gestestet wurden (Aufnahme des Besuchparcours, Vor- und Nachfragebögen) sowie kollektive Interviews. Die Ergebnisse geben Aufschluss zu verschiedenen Aspekten der Fragestellung. Die Befragung des Publikums hat zum Beispiel deutlich gemacht, dass der Geotourismus unter den Besuchern von Berggebieten tatsächlich auf eine Nachfrage stösst: drei Viertel von ihnen zeigen ein Interesse für Erläuterungen zur Geologie und der Landschaftsentwicklung. Die vorliegende Doktorarbeit hat die genannten Aspekte der Lernprozesse untersucht, wobei der Fokus auf visuellen, insbesondere interaktiven Medien lag. Die meisten gängigen visuellen Medien der Geomorphologie wurden berücksichtigt. Die Entwicklung von interaktiven Versionen dieser Medien in Form von Web-Anwendungen hat die Möglichkeiten der neuen Technologien veranschaulicht. Die Benutzer schätzten insbesondere die Vielfalt des Inhalts, die hohe Interaktivität und die Diversität dieser Anwendungen. Solche Medien laden dazu ein, ein Naturgebiet zu besuchen und scheinen den Interessen der verschiedenen Publikumsgruppen entgegenzukommen.

Quelles applications raisonnables pour l'anticoagulation régionale au citrate en épuration extrarénale [What reasonable applications for regional citrate anticoagulation in renal replacement therapy?].

Regional citrate anticoagulation of the extracorporeal circuits (CRA) experienced considerable growth over the past decade. This development is partly explained by the significant progresses made in the field of bioengineering. These allow a secure administration of citrate, while an increasing availability of ionized calcium measurement at the bedside allows reactivity in monitoring the treatment. An increasing severity of the medical condition of patients requiring blood purification treatment gives more contrast to the profile of patient who may benefit from a CRA. If some methods of renal replacement therapy are well suited to this mode of anticoagulation, others are, to date, only at the stage of development and are applied under close medical supervision.

Radiation protection education and training in several ionising radiation applications

Ionising radiation (IR) applications are quiet common among several areas of knowledge, medicine or industry. Medical X-rays, Nuclear Medicine, Xrays used in non-destructive testing or applications in research are a few examples. These radiations originate from radioactive materials or radiation emitting devices. Radiation Protection education and training (E&T) is of paramount importance to work safely in areas that imply the use of IR. TheTechnical Unit for Radiation Protection at the University of Barcelona has anextensive expertise in basic, initial and refresher training, in general or specificareas, as well as in courses validated by the Spanish Nuclear Safety Council orto satisfy specific needs with bespoke courses. These specific customer needsare evaluated and on-site courses can also be carried out.

Liquid and solid scintillation: principles and applications

Scintillation counting is one of the most important developments in the application of radioisotopes to procedures needed by scientists, physicians, engineers, and technicians from many diverse discipline for the detection and quantitative measurement of radioactivity. In fact, Scintillation is the most sensitive and versatile technique for the detection and quantification ofradioactivity. Particularly, Solid and Liquid scintillation measurement are,nowadays, standard laboratory methods in the life-sciences for measuringradiation from gamma- and beta-emitting nuclides, respectively. Thismethodology is used routinely in the vast majority of diagnostic and/or researchlaboratories from those of biochemistry and biology to clinical departments.

X-Ray systems: radiation protection program in basic research applications

Although the radiation doses involved in basic research radiology are relatively small, the increasing number of radiological procedures makes risks becoming increasingly high. Quality control techniques in radiological practice have to ensure an adequate system of protection for people exposed to radiation. These techniques belong to a quality assurance program for X-ray machines and are designed to correct problems related to equipment and radiological practices, to obtain radiological images of high quality and to reduce the unnecessary exposures.

Applications of Fourier transform infrared spectroscopy

This article summarizes the basic principles of Fourier Transform Infrared Spectroscopy, with examples of methodologies and applications to different field sciences.

Electron energy loss spectroscopy: physical principles, state of the art and applications to the nanosciences

In the present work we review the way in which the electron-matter interaction allows us to perform electron energy loss spectroscopy (EELS), as well as the latest developments in the technique and some of the most relevant results of EELS as a characterization tool in nanoscience and nanotechnology.

Electron probe microanalysis: principles and applications

This article summarizes the basic principles of electron probe microanalysis, with examples of applications in materials science and geology that illustrate the capabilities of the technique.

Advanced applications of scanning electron microscopy in geology

Nowadays Scanning Electron Microscopy (SEM) is a basic and fundamental tool in the study of geologic samples. The collision of a highlyaccelerated electron beam with the atoms of a solid sample results in theproduction of several radiation types than can be detected and analysed byspecific detectors, providing information of the chemistry and crystallography ofthe studied material. From this point of view, the chamber of a SEM can beconsidered as a laboratory where different experiments can be carried out. Theapplication of SEM to geology, especially in the fields of mineralogy andpetrology has been summarised by Reed (1996).The aim of this paper is to showsome recent applications in the characterization of geologic materials.

Paleomagnetism: principles and applications

This article summarizes the basic principles of Paleomagnetism, with examples of applications in geology that illustrate the capabilities of the technique.